공익법인 출연재산 상속세 과세가액 불산입

이 건 과세전적부심사청구는 채택결정합니다.

• 가. 청구인은 2022.10.11. 피상속인 윤○○(이하 “피상속인” 이라 한다)의 사망 으로 서울 토지 및 주택, 서울 아파트(이하 “쟁점부동산” 이라 한다)와 예금 1억원을 상속받은 공동상속인 중 한 명이다.
• 나. 청구인을 포함한 공동상속인 5인은 쟁점부동산과 예금 1억원을 공익법인에 출연하기로 협의하고 2023.2.27. 서울시교육감의 법인설립허가를 받아 2023. 3.14. 재단법인 ○○장학재단(이하 “쟁점법인” 이라 한다)을 설립·등기완료 하였고, 2023.6.12. 쟁점부동산 출연등기를 경료하고 2023.12.5. ○○세무서장에게 공익법인 지정추천 신청서를 제출(이하 “지정신청일” 이라 한다)하였고 기획재정부장관은 2024.3.29. 쟁점법인을 2024.1.1.(이하 “지정개시일” 이라 한다)부터 2026.12.31.까지의 지정기간동안 공익법인으로 지정·고시하였다.
• 다. 청구인은 2023.4.28. 상속세를 신고하면서 피상속인의 상속재산가액에서 출연재산 평가액 2,299,159,360원을 과세가액 불산입하여 2022.10.11. 상속분 상속세 2,580,721,512원을 신고·납부하였다.
• 라. 통지관서는 2024.1.15.부터 2024.4.13.까지 피상속인에 대한 상속세 조사를 실시하여 청구인이 상속세 과세가액 불산입한 2,299,159,360원에 대하여 법정요건을 불충족한 것으로 보아 2022.10.11. 상속분 상속세 1,495,489,625원(가산세 222,460,634원 포함)을 과세하겠다는 내용의 세무조사결과통지를 하였다.
• 마. 청구인은 이에 대하여 2024.5.20. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

• 가. 쟁점법인은 설립일부터 1년 이내에 공익법인으로 고시된 것으로 보아야 한다. 1) ｢상속세 및 증여세법(이하 “상증세법” 이라 한다) 시행령｣이 2019.2.12. 개정되면서 제12조에 설립일로부터 1년 이내에 공익법인 등으로 고시되는 경우 설립일부터 공익법인으로 본다는 내용이 추가된바, ‘1년 이내에 고시되는 경우’의 기준일을 언제로 볼 것인지와 관련하여 지정신청과 지정고시는 일련의 과정으로 불가분의 관계에 있고, 상증세법 시행령에서 정한 ‘1년 이내’의 기한을 보장하기 위해서는 지정신청일 또는 지정개시일을 기준으로 판단하는 것이 가장 합리적이다. 2) 지정신청일을 기준으로 판단할 경우, 쟁점법인의 설립일인 2023.3.14.부터 지정신청일인 2023.12.5.까지의 기간은 1년 이내에 해당되므로 쟁점법인을 설립일부터 공익법인으로 보는 것이 타당하다. 3) 또는, 공익법인의 지정·고시에서 공익법인으로 인정되는 기간을 고시일이 속하는 연도의 1월 1일부터라고 명확하게 규정하고 있으므로 고시의 내용에 따라 설립일부터 지정개시일까지의 기간이 1년 이내인지 판단하는 것이 타당하고, 쟁점법인은 2023.3.14. 설립일부터 2024.1.1. 지정개시일까지 1년 이내에 공익법인으로 지정고시 되었으므로 이 경우에도 설립일부터 공익법인에 해당한다고 보아야 한다.
• 나. 지정고시일을 기준으로 보는 것은 상증세법에서 ‘1년’의 기간을 보장한 취지를 훼손한다. 1) 쟁점법인은 ｢민법｣ 제32조 및 ｢공익법인의 설립, 운영에 관한 법률｣ 제4 조에 따라 서울특별시교육감의 허가를 받아 설립되었으므로 청구인은 설립근거 법에 의거하여 당연히 쟁점법인을 공익법인으로 보는 것으로 판단하였고, 2023. 11.29. 공익법인에 대한 저율과세가 적용되지 아니한 종합부동산세 납부고지서를 수령한 후 세법상 공익법인으로 인정받기 위해서는 기획재정부의 지정고시가 필요함을 알게되어 2023.12.5. 공익법인 지정추천 신청을 하였다. 2) 공익법인 지정고시일을 기준으로 판단한다면, 쟁점법인이 1년 이내에 공익 법인으로 지정고시되기 위해서는 2023.10.10.까지 공익법인 지정추천 신청을 하고 2023.12.31. 지정고시되어야 하는 것을 의미하는바, 이는 설립일부터 지정고시일까지 약 10개월의 기간 밖에 인정받지 못하게 되는 결과이므로 공익법인 지정에 1년의 기간을 보장한 취지를 훼손하고 기획재정부 고시에 명시된 공익법인으로 보는 기간을 부정하는 것이므로 부당하다.
• 다. 취득세감면 및 등기절차 지연은 법령상 또는 행정상의 사유에 해당하므로 공익법인 출연재산 상속세 과세가액 불산입 규정이 적용되어야 한다. 1) 청구인은 출연기간(2023.5.2.) 이내인 2023.4.28. 예금 1억원을 출연완료 하였고 쟁점부동산에 대한 취득세를 신고하였으나, 관할 지방자치단체에서 공익 법인에 대한 출연등기에 대한 취득세감면을 검토하면서 납부서 발부가 지연되어 2023.5.8. 취득세 납부서가 발급되었고, 청구인은 2023.5.11. 납부기한 내 취득세를 납부하고 동시에 쟁점부동산 출연등기를 위한 등기신청을 접수하였다. 2) 법무사가 상속인을 거치지 않고 피상속인에서 공익법인으로 소유권이 이전 되는 출연등기를 신청하는 오류가 발생하여 2023.5.11. 등기신청이 반려되었고 청구인은 2023.6.12. 쟁점부동산 출연등기를 완료하였다. 3) 청구인은 신청기한을 준수하였음에도 취득세 감면절차에 따른 취득세 납 부서 지연발급, 등기절차의 지연에 의하여 쟁점부동산 출연등기가 지연된 것으로, 이는 세법상 ‘재산출연에 있어서 법령상 또는 행정상의 사유로 출연재산의 소유 권 이전이 지연되는 경우’에 해당하므로 공익법인 출연재산의 상속세 과세가액 불산입 규정이 적용되어야 한다. 4) 조세심판원은 상속인들간의 분쟁으로 공익재단 출연이 지연된 사안에서 상증세법 제16조제1항, 제4항 및 같은 법 시행령 제13조제1항의 규정은 당초부터 상속세 등의 경감 내지 탈루 목적 없이 유언에 따라 실제로 출연이 되었다면 부득이한 사정에 따른 소유권 이전의 지연을 용인해야한다는 것으로 이해하는 것이 합리적이고, 종국적으로 동 유언에 따라 쟁점부동산의 출연이 피상속인에 대한 세무조사가 종료되기 전까지 완료된 사실이 확인되고 따라서 쟁점부동산은 소유권 이전의 법령상, 행정상 지연 사유로 인하여 공익법인에게 소유권 이전등기가 이루어졌는바 쟁점부동산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 않는 것이 타당하다고 판단된다고 하였다(조심 2016서3321, 2017.8.28. 결정 참조).
• 라. 실제 얻은 재산상의 이익이 없음에도 조세를 부담하는 것은 세법적용 원칙에 위배된다. 1) ｢국세기본법｣ 제18조 는 세법적용의 원칙으로 세법해석의 기준을 제시하며 ‘세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다’라고 규정하고 있는바, 세법 조항의 의미를 명확히 할 수 없는 경우에는 과세형평과 그 조항을 둔 목적에 비추어 해석하되, 이 경우에도 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 않는 범위 내에서 해석, 적용하여야 함을 의미한다. 2) 공익법인 출연재산에 대한 상속세 과세가액 불산입 규정은 공익사업의 육성과 발전을 도모하되 상속세 탈세 방지와 엄격한 세무관리를 목적으로 하며, 청구인은 탈세 의도 없이 장학사업을 수행할 목적으로 공익법인에 재산출연을 완료하였고 지정신청의무를 인지한 즉시 공익법인 지정신청 또한 진행하였으며, 공익법인 협력의무인 공시의무 등을 모두 완료하였고, 장학재산의 출연재산을 통한 임대소득금액을 초과하는 금액으로 2023년 장학금을 지급한 바 있다. 3) 청구인은 상속재산을 이미 공익법인에 출연하였으므로 청구인이 해당 출연 재산으로 얻은 이익은 전혀 없고, 공익법인의 사업이 종료되더라도 남은 재산은 모두 국가 등에 귀속되므로 향후에도 청구인이 출연재산과 관련하여 얻을 이익은 없음에도 공익법인으로 인정받지 못한다면 청구인은 상속세 과세가액불산입을 적용받지 못하고 쟁점법인은 증여세 과세가액 불산입을 적용받지 못하여 장학사업을 수행하는 것이 심각히 곤란해지는 상황에 처하게 된다. 4) 이는 상속인이 재산을 실제 출연하고 공익법인이 고유목적사업을 성실히 이행하였음에도 불구하고 출연재산의 총액을 초과하는 조세를 부담하게 되어 재산권이 부당하게 침해되는 것은 물론 법령의 취지인 공익사업의 원활한 수행을 저해하는 결과를 초래하는 것이며, ｢국세기본법｣ 제14조 에서 규정한 실질과세 원칙에도 위배되는 것이다.
• 마. 통지관서 의견에 대한 항변 1) ‘설립일로부터 1년 이내에 고시되는 경우’의 기산일을 산정할 때 ｢법인세법 시행령｣과 기획재정부 고시는 공익법인으로 인정되는 기간을 지정고시일이 속하는 년도의 1월 1일부터라고 명시하고 있음에도 불구하고 지정고시일로부터 기산하여 과세통지한 것이 통지관서의 유추해석, 확장해석에 해당하며, 청구인은 공익법인에 대한 출연등기 의무 등을 모두 이행하였으나 취득세 납부서의 지연발급 등에 따라 쟁점부동산 출연등기가 지연된 것이므로 이는 합리적 이유가 있는 부득이한 사유로 통지관서의 과세통지는 부인되어야 한다. 2) 청구인은 상속인 간에 출연협의를 완료하고 상속세 신고서에도 반영하였고, 출연재산 중 예금 1억원은 기한 내에 출연을 완료하였으며 쟁점부동산을 기한 내 출연하기 위해 법무사에게 취득세신고·납부와 등기접수를 의뢰하였다. 출연등기에 대한 책임은 궁극적으로 청구인이 부담하는 것이나, 현실적으로 공익법인의 부동산 출연등기는 고도의 전문성을 요하는 것으로 법무사에게 의뢰할 수 밖에 없으므로 기한 내 등기이전 의뢰를 마친 청구인에게 모든 책임을 돌릴 수는 없는 것이다. 3) 청구인은 ○○사이버대학 총장으로 재직하면서 고령에도 불구하고 전문가도 헷갈리는 복잡하고 까다로운 공익법인설립 등의 업무를 열의를 다하여 진행하였고 줄곧 공익사업을 충실히 수행하고 있으며, 쟁점법인에 종합부동산세가 청구되고 나서야 교육청의 공익법인 승인과 관계 없이 공익법인 지정신청을 하여야 한다는 것을 알게 되어 곧바로 지정신청을 하였고 이 과정에서 청구인이 상속세 납부를 기피할 의도나 이유는 전혀 없었다. 조세는 과세요건을 법률로써 명확하게 규정하고 엄격하게 집행하여야 함은 물론이나, 법률의 형식을 모두 갖추었더라도 그 내용이 국민의 기본권을 본질적으로 침해하여서는 아니될 것이며, 정책목적을 달성하기 위한 수단은 그 목적달성에 유효, 적절하고 가능한 최소의 침해를 가져오는 것이어야하고 그 수단의 도입으로 인한 침해가 의도하는 공익을 능가하여서는 안될 것이다. 공익사업에의 출연을 수단으로 한 상속세의 탈루를 방지하여 공익사업의 실질적인 육성, 발전을 도모하기 위한 세무규제가 오히려 납세자의 재산권을 침해하고 공익사업의 원활한 수행을 저해하는 결과를 초래하면 아니될 것이므로 공익법인의 설립, 출연 및 고유목적사업을 충실히 수행하고 있는 청구인에 대한 공익법인 출연재산에 대한 상속세 과세가액 불산입액의 적용을 부인한 세무조사 결과통지는 부인되어야 한다.

• 가. 쟁점부동산 출연 시점에 쟁점법인은 공익법인 해당 요건을 충족하지 못하였다. 1) 상증세법 시행령 제12조 공익법인 등의 범위에 해당하기 위해서는 ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호 바목의 ‘주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리 법인으로서 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인’에 해당하여야하고, 설립일부터 1년 이내에 공익법인 등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인 등에 해당하는 것으로 본다. 2) 청구인은 2023.3.14. 쟁점법인을 설립등기 하였고 2023.12.5. ○○세무서장에게 공익법인 등 지정추천을 신청하여 2024.3.29. 기획재정부 고시 제2024-10호에 따라 공익법인으로 신규 지정고시 된바, 설립일로부터 1년 이내에 ｢법인 세법 시행령｣ 제39조제1항제1호바목에 따른 공익법인 등으로 고시된 경우에 해당 하지 않으므로 쟁점부동산 출연일 현재 공익법인에 해당하지 않는다. 3) 대법원은 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다로 판시하였고(대법원 2007.5.17. 선고 2006두8648 판결 참조), 조세법률주의와 조세 공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 판시하였다(대법원 2007.7.12. 선고 2005두15021 판결 참조). 4) ‘고시’는 행정기관이 결정한 사항을 공식적으로 공보에 알려 대외적으로 그 효력을 발생시키는 행정행위 그 자체를 의미하는 것으로서 그 결정사항의 ‘적용’과는 별개의 개념이므로 지정신청일 또는 지정개시일을 기준일로 보아야 한다는 청구주장은 유추해석이나 확대해석에 해당하며, 법문대로 설립일로부터 ‘고시’된 날까지 1년 이내인 경우로 해석하는 것이 타당하다.
• 나. 지정개시일을 기준으로 하더라도 공익법인 지정에 1년을 보장한 취지에 부합하는 것은 아니다. 1) 지정개시일을 기준으로 ‘설립일로부터 1년 이내 고시된 경우’인지 판단한다고 가정할 때, 쟁점법인과 같이 2023.3월 설립된 경우 2024.10.10.까지 지정신청하여 2024.4분기에 지정고시되면 지정개시일은 2024.1.1.이므로 공익법인 지정에 약 1년 6개월의 신청기간을 보장받게 되는 반면, 2023.12월 설립된 경우 또한 2024.4분기까지 지정고시되어야 설립일로부터 지정개시일까지 ‘1년 이내’의 요건이 충족되므로 이 경우 약 10개월의 신청기간 밖에 보장받지 못하게 되므로 불합리한 상황이 발생한다. 2) 결국 ‘설립일로부터 1년 이내 지정개시일이 포함되는 경우’로 해석하는 것은 오직 쟁점법인이 공익법인 지정에 1년의 기간을 보장받기 위한 유추해석에 불과하다.
• 다. 쟁점재산 출연지연에 법령·행정상 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 1) 상증세법 제16조제1항은 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 공익법인 등에 출연한 재산의 가액으로서 같은 법 제67조에 따른 신고기한 이내에 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 않는다고 하면서, 상속받은 재산을 출연하여 공익법인 등을 설립하는 경우로서 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지 출연하도록 규정하고 있다. 2) 대법원은 상증세법 제16조제1항에서 정한 부득이한 사유는 공익법인 등에 재산을 출연하고자 하였으나 자신의 책임으로 돌릴 수 없는 법령상 또는 행정상의 장애사유 등이 있어 그 출연이 지연되는 사유를 의미한다고 판시하였다(대법원 2014.10.15. 선고 2012두22706 판결 참조). 3) 쟁점부동산의 출연등기가 출연기한으로부터 1개월 이상 지연된 것은 청 구인이 출연기한에 임박하여 취득세 감면신청을 함으로써 출연기한을 도과하여 취득세를 납부하게 되고, 상속등기를 경료하지 않은 채 출연등기를 접수하는 등 절차상의 지연·하자에 기인한 것으로, 청구인이 등기절차를 착오하여 출연기한 내 출연하지 못하였다는 사정만으로 자신의 책임으로 돌릴 수 없는 법령상 또는 행정상의 장애사유가 있다고 볼 수 없다.

법령·행정상의 사유로 공익법인 설립이 지연되는 등 부득이한 사유가 있으므로 출연재산 과세가액 불산입 규정 적용대상이라는 청구주장의 당부

1) 상속세 및 증여세법 제16조 【공익법인 등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】(2022.1.1. 법률 제18591호로 개정된 것)

① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교·자선·학술 관련 사업 등 공익 성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다) 에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다)까지 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다. 1-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인 등의 범위】(2022.12.27. 대통령령 제33140호로 개정되기 전의 것) 법 제16조제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업을 하는 자“란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호 바목에 따른 공익법인등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.

9. ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호 각 목에 따른 공익법인등 및 ｢소득 세법 시행령｣ 제80조제1항제5호에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업. 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다. 1-2) 상속세 및 증여세법 시행령 제13조 【공익법인등 출연재산에 대한 출연방법 등】

① 법 제16조제1항에서 “법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 재산의 출연에 있어서 법령상 또는 행정상의 사유로 출연재산의 소유권의 이전이 지연되는 경우

2. 상속받은 재산을 출연하여 공익법인등을 설립하는 경우로서 법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립허가등이 지연되는 경우 1-3) 상속세 및 증여세법 기본통칙16-13···2【공익법인 등에의 출연시기 및 출연시한】

① 법 제16조 제1항에 따라 공익법인 등에 출연한 재산의 출연시기는 동 공익법인 등이 출연재산을 취득하는 때를 말한다.

② 법 제16조 제1항에 따라 공익법인 등에 출연한 재산은 상속세 신고기한 까지 공익법인 등에 그 출연을 이행(권리의 이전이나 그 행사에 등기·등록 등을 요하는 출연재산의 경우에는 등기·등록에 따라 소유권이 이전된 것을 말한다)하여야 한다. 다만, 법령상 또는 행정상의 정당한 사유로 인하여 설립허가 등이 지연되는 경우에는 그 사유가 종료된 날부터 6월 이내에 그 출연을 이행하여야 한다. 2) 상속세 및 증여세법 제67조 【상속세 과세표준신고】

① 제3조의2에 따라 상속세 납부의무가 있는 상속인 또는 수유자는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 제13조와 제25조제1항에 따른 상속세의 과세가액 및 과세표준을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 3) 법인세법 시행령 제39조 【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】(2022.10.27. 대통령령 제32965호로 개정되기 전의 것)

① 법 제24조제3항제1호에서 “대통령령으로 정하는 기부금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “공익법인등”이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정·고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기 간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업 연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 “지정기간”이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다.

• 바. ｢민법｣ 제32조 에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 “ ｢민법｣ 상 비영리법인”이라 한다), 비영리외국법인, ｢협동조합 기본법｣ 제85조 에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 “사회적협동조합”이라 한다), ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제4조 에 따른 공공기관(같은 법 제5조제4항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 “공공기관”이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다. 3-1) 법인세법 시행규칙 제18조의3 【공익법인 등의 범위】(2022.3.18. 기획재정부령 제896호로 개정된 것)

① 영 제39조제1항제1호바목에 따른 지정은 매분기별로 한다.

② 영 제39조제1항제1호바목에 따라 추천을 받으려는 법인은 다음 각 호의 서류(이하 “추천신청서류”라 한다)를 해당 분기 마지막 달의 전전달 10일까지 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조 및 제19조에서 같다)에게 제출해야 한다.

③ 제2항에 따라 추천신청서류를 제출받은 국세청장은 ｢전자정부법｣ 제36조제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 추천 대상인 법인의 등기사항증명서를 확인해야 하며, 제2항에 따라 제출받은 추천신청서류를 검토한 후 지정 요건을 충족하는 기관에 대해서는 해당 분기 마지막 달의 직전 달 10일까지 추천 기관의 법인명, 대표자, 사업내용 등을 기재한 별지 제63호의2 서식의 공익법인등 추천서에 추천신청서류를 첨부하여 기획재정부장관에게 제출해야 한다. 4) 민법 제32조 【비영리법인의 설립과 허가】(2022.12.13. 법률 제19069호로 개정된 것) 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다. 4-1) 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제4조【설립허가 기준】(2017.12.12. 법률 제15149호로 개정된 것)

① 주무관청은 ｢민법｣ 제32조 에 따라 공익법인의 설립허가신청을 받으면 관계 사실을 조사하여 재단법인은 출연재산의 수입, 사단법인은 회비·기부금 등으로 조성되는 재원(財源)의 수입(이하 각 “기본재산”이라 한다)으로 목적사업을 원활히 수행할 수 있다고 인정되는 경우에만 설립허가를 한다.

② 주무관청은 공익법인의 설립허가를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 회비 징수, 수혜(受惠) 대상에 관한 사항, 그 밖에 필요한 조건을 붙일 수 있다.

③ 공익법인은 목적 달성을 위하여 수익사업을 하려면 정관으로 정하는 바에 따라 사업마다 주무 관청의 승인을 받아야 한다. 이를 변경하려는 경우에도 또한 같다. 5) 국세기본법 제14조 【실질과세】(2022.1.1. 법률 제18586호로 개정된 것)

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 6) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

1) 쟁점법인 관련 사항

• 가) 쟁점법인 설립 내역 등기사항전부증명서에 따르면 쟁점법인은 ‘ ｢민법｣ 제32조 및 ｢공익법인의 설립, 운영에 관한 법률｣의 규정에 따라 학비조달이 어려운 중, 고등학교 재학생과 성적이 우수한 대학생 및 대학원생에게 장학금을 지급하는 한편 다양한 학술분야에서 탁월한 연구 실적을 쌓은 연구원 및 교수들에게 해당 연구비를 지원함을 목적’으로 2023.3.14. 설립되었고 청구인을 대표로 하여 서울 사업장에서 주택임대업을 영위하는 비영리법인이다. 청구인이 제출한 법인 설립 허가증에 따르면 쟁점법인은 2023.2.27. 서울특별시교육감으로부터 ｢민법｣ 제32조 및 ｢공익법인의 설립·운영에 관한 법률｣ 제4조에 의거 설립허가를 받은 사실이 확인된다.
• 나) 쟁점법인 설립 경위 청구인이 제출한 증빙에 따르면, 피상속인 윤○○의 사망으로 2022.10.11. 개시 된 상속에 대하여 청구인 등 5인의 공동상속인은 2023.1.22. 쟁점부동산 및 예금 1억원의 상속재산을 쟁점법인에 출연하고 쟁점법인 설립에 관련한 모든 행정절차는 대표상속인인 청구인에게 위임하기로 협의하는 ‘상속재산의 공익법인출연 협의서’를 작성하였고, 쟁점법인은 2023.2.27. 서울특별시교육감으로부터 쟁점법인 설립 허가를 받았다.
• 다) 쟁점법인의 공익법인 지정 내역

(1) 국세청 전산시스템에 따르면 2023.12.20. 청구인의 쟁점법인에 대한 공익법인 등 추천 신청서가 ○○세무서에 접수된 것이 확인되고, 청구인은 이와 관련하여 2023.12.5. 접수된 등기발송 영수증을 제출하였다. (2) 기획재정부 고시 제2024-10호에 따르면 기획재정부장관은 2024.3.29.

법인을 ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호 바목에 따른 공익법인으로 지정·고시하면서 공익법인으로 인정되는 지정기간을 2024.1.1.부터 2026.12.31.까지로 명시하였다.

2. 쟁점부동산 관련 사항 가) 청구인은 쟁점부동산에 대한 쟁점법인의 취득세와 관련하여 2023.5.8. 발급 되어 납부기한을 2023.5.15.까지로 하는 취득세 11,440,000원의 납부서를 제출하였다.

• 나) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서의 2023.6.12.자 등기접수 내역에 따르면, 피상속인이 보유하던 쟁점부동산은 협의분할에 의한 상속을 원인으로 2022. 10.11. 청구인에게 소유권이 이전되었고 출연을 원인으로 2023.5.31. 쟁점법인에 소유권이 이전된 사실이 확인된다.

3. 청구인의 상속세 신고내역 청구인은 2023.4.28. 공익법인 출연재산에 대한 과세가액 불산입액 2,299,159,360 원을 적용하여 2022.10.11. 상속분 상속세 2,580,721,512원을 신고·납부하였다.

4. 통지관서의 세무조사결과통지 통지관서는 2024.1.15.부터 2024.4.13.까지 피상속인의 2022년 상속세 조사를 실시하고, 2024.4.18. 청구인이 적용한 상속세 과세가액 불산입액 2,299,159,360원을 부인하고 청구인에게 가산세 222,460,634원을 포함한 2022.10.11. 상속분 상속세 예상 고지세액 1,495,489,625원을 과세하겠다는 내용의 세무조사결과를 통지 하였다. <표1> 세무조사결과통지 내역 과세연도 과세표준 산출세액 가산세액 예상고지세액 당초 신고 7,517,995,313 3,298,997,656 0 세무조사결과통지 10,089,379,067 4,584,689,533 222,460,634 1,495,489,625

1) 관련 법리

• 가) 상증세법 제16조제1항은 상속재산 중 피상속인 또는 상속인이 종교·자선·학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업을 영위하는 자에게 출연한 재산을 상증세법 제67조에 따른 상속세 과세표준 신고기한 이내(상속받은 재산을 출연 하여 공익법인 등을 설립하는 경우로서 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 종료된 날이 속하는 달의 말일부터 6월을 말한다)에 출연한 경우에 이를 상속세 과세가액에 산입하지 않도록 규정하고 있으며, 나) 상증세법 제16조제4항의 위임에 따라 공익법인 출연재산에 대한 출연 방법 등을 정한 상증세법 시행령 제13조제1항 단서에서 ‘재산의 출연에 있어서 법령상 또는 행정상의 사유로 출연재산의 소유권의 이전이 지연되는 경우’와 ‘상속받은 재산을 출연하여 공익법인 등을 설립하는 경우로서 법령상 또는 행정 상의 사유로 공익법인 등의 설립허가 등이 지연되는 경우’에는 그 사유가 종료 된 날부터 6개월까지 재산을 출연할 수 있도록 규정하고 있다. 다) 상증세법 제16조제1항, 제4항 및 같은 법 시행령 제13조제1항의 규정은 전반적인 취지상 당초부터 상속세 등의 경감 내지 탈루 목적 없이 실제로 출연이 되었다면 부득이한 사정에 따른 소유권 이전 등의 지연을 용인해야 한 다는 것으로 이해하는 것이 합리적이라 할 것이고(조심 2016서3321, 2017.8.28. 결정 참조), 상증세법 제16조제1항에서 정한 ‘부득이한 사유’는 공익법인 등에 재산을 출연하고자 하였으나 자신의 책임으로 돌릴 수 없는 법령상 또는 행정 상의 장애사유 등이 있어 그 출연이 지연되는 사유를 의미한다고 볼 수 있다(대법원 2014.10.15. 선고 2012두22706 판결 참조).
• 라) 상증세법 시행령 제12조는 법 제16조제1항에서 ‘대통령령으로 정하는 사업을 하는 자’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자를 말한다고 규정하면서 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호 바목에 따른 공익법인등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인 등에 해당하는 것으로 본다고 규정하고 있고, 마) ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호 바목은 ｢민법｣ 제32조 에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인 등으로서 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인을 규정하고 있고 ｢법인세법 시행규칙｣ 제18조의3 은 영 제39조제1항제1호바목에 따른 지정은 매분기별로 하며(제1항) 추천을 받으려는 법인은 해당 분기 마지막 달의 전전달 10일까지 국세청장에게 제출해야한다(제2항)고 규정하고 있다. 2) 쟁점부동산 가액이 상속세 과세가액 불산입 대상인지에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점부동산 가액은 상속세 과세가액 불산입 대상으로 보는 것이 타당하다. (1) 쟁점법인은 공익법인 지정추천을 2023.12.5. 신청하였고 공익법인 지정·고시는 차년도 1분기 마지막달의 마지막날인 2024.3.29.에야 이루어진 것으로 확인되는데, 납세 의무자로서 ｢법인세법 시행규칙｣ 제18조의3제1항 에 따라 4분기 마지막달에 공익법인 지정을 신청한 경우 차년도 1분기에야 공익법인으로 지정되게 될 것임을 충분히 예측할 수 있었다고 볼 수 있을지라도 ‘매분기별’이라는 법 문언이 반드시 매분기 ‘마지막 달’의 ‘마지막 날’을 의미한다고 볼 수는 없다고 할 것인바, 쟁점법인은 2023.2.27. ｢민법｣ 제32조 및 ｢공익법인의 설립, 운영에 관한 법률｣ 제4조의 규정에 따라 서울특별시교육감으로부터 설립허가를 받아 2023.3.14. 설립되었고, 공익법인 지정신청을 한 차년도 1분기 중 2024.3.14. 이 전에 공익법인으로 지정·고시되었다면 설립일로부터 1년 이내에 공익법인으로 고시된 것에 해당하였을 것이나, 매분기 마지막 달의 마지막 날이 되어서야 공익법인으로 지정·고시됨으로써 단지 약 15일의 차이로 설립일부터 공익법 인에 해당하지 아니하게 된 사실만으로 쟁점부동산이 상속세 과세가액 불산입 규정의 요건을 충족하지 못하였다고 보는 것은 청구인에게 과도한 책임을 지우는 것으로 부당하다고 판단된다. (2) ｢법인세법 시행규칙｣ 제18조의3제1항 은 공익법인 지정·고시를 매분기별로 한다고 규정하고 있고, 이러한 규정에 따라 청구법인이 2023.3.29.이 되어서야 공익법인으로 지정·고시된 사정이 상증세법 시행령 제13조제1항제2호에서 규정한 ‘법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인 설립허가 등이 지연되는’ 부득이한 사유에 해당하지 않는다고 단언하기 어렵다.

(3) 쟁점법인이 설립일로부터 1년을 초과하여 공익법인으로 지정·고시된 사실에 상증세법 시행령 제13조제1항제2호의 부득이한 사유가 있다고 본다면 상증세법 제16조제1항에 따라 그 부득이한 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니 하는 것으로, 쟁점부동산은 이미 2023.6.12. 출연완료 되었기 때문에 상속세 과세가액 불산입을 위한 출연기한 요건을 충족했다고 볼 수 있다.

(4) 또한 청구인을 포함한 공동상속인 5인이 쟁점부동산을 쟁점법인에 출연하겠다는 내용의 합의서가 2023.1.22.부터 계속하여 존재하였고, 쟁점부동산이 2023.5.31. 쟁점법인에 출연된 사실이 등기부등본상으로 나타나며, 종 국적으로 쟁점부동산의 출연은 피상속인에 대한 세무조사가 시작되기도 전에 완료된 사실이 확인되는바, 관련 법령 규정의 취지에 비추어 볼 때 쟁점부동산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 않는 것이 타당해 보인다. 나) 따라서, 통지관서가 쟁점부동산의 가액을 상속세 과세가액에 산입하겠다는 이 건 과세예고통지는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15제5항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.