영업권 양도대가 중 자기소유 면적이 아닌 임차 면적 해당분은 양도소득이 아닌 기타소득으로 분류되어야 하는지

A세무서장이 2023.11.15. 청구법인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 1,296,312,323원의 세무조사결과통지는

1. 영업권 양도대가를 전체 사업장 면적으로 나누어 그 중 임차 면적 해당 분은 양도소득이 아닌 기타소득으로 분류하고, 미납공용관리비 198,721,978원은 필요경비로 산입하여 과세표준과 세액을 산정하는 것으로 【채택】결정하고,

2. 나머지 청구는 이를 【불채택】결정합니다.

• 가. 청구인은 2018.9.1. 대구 B구 상가에 본스크린골프 사업장을 개업하였는데, 상가 지하1층(총면적 1,994.80㎡)중 부동산경매로 낙찰 받은 제비102호, 제비105호와 타인소유인 제비103호, 제비104호를 임차하여 개업을 하였으며, 2020.12월 말경 제비101호를 추가로 매입하여 사업장(이하 “쟁점사업장” 이라 한다)을 확장하였다.
• 나. 청구인은 2021.9.8. 자기소유 부동산과 임차사용 부동산을 모두 일시에 사업포괄양도 방식으로 양도(양도대가: 자기소유 부동산 1,658,000,000원, 영업권 2,300,000,000원, 집기‧비품 일체 550,000,000원) 한 후 부동산 대가는 양도소득으로, 영업권 대가는 기타소득으로 하여 예정신고 및 종합소득세 확정 신고를 하였다.
• 다. 조사청은 2023.10.4.부터 2023.10.31.까지 양도소득세 조사를 실시한 결과, 기타소득으로 신고한 영업권 양도대가에 대하여 양도소득세 과세대상인 사업용 부동산과 함께 양도하는 영업권으로 보아, 당초 신고를 부인하고 양도가액에 포함하여 2023.11.15. 2021년 귀속 양도소득세 1,296,312,323원을 과세하는 내용의 세무조사결과통지를 하였다.

• 가. 영업권 양도대가 중 임차 면적 해당분은 기타소득에 해당한다. 청구인은 자기소유인 부동산과 임차하여 사용한 부동산을 모두 일시에 사업포괄양수도 방식으로 양도하였다. 따라서 영업권 양도대가 23억원은 자기소유 면적 46.04%(918,32㎡)과 임차 면적 53.96%(1,076.48㎡) 비율에 따라 자기소유 면적 부분은 양도소득(1,058,920,000원)으로, 임차 면적 부분은 기타소득(1,241,080,000원)으로 안분하여 과세하여야 한다.
• 나. 미납공용관리비, 붙박이장 설치비용, 골프장비 매입비용은 필요경비로 인정되어야 한다.

1. 자기소유 부동산과 관련하여 부동산 취득 전 전소유자의 미납공용관리비채무가 승계됨에 따라 납부한 금액 198,721,978원은 취득 관련 부대비용으로 필요경비에 반영되어야 한다.

2. 최초 개업 당시 자금부족 및 관리여력이 부족하여 적격증빙을 수취하지 못한 붙박이장 설치비용 38,690,000원과 임차부동산 임차시 지출한 영업권 대가 50,000,000원은 필요경비로 반영하여야 한다.

3. 조사청은 사업의 양도·양수계약서상 집기‧비품 항목으로 별도의 양도계약서를 작성하였다하여 관련 집기‧비품 취득가액 모두를 양도소득세 필요경비로 인정하지 않았는데, 적격증빙 미수취로 종합소득세 필요경비로 반영하지 않은 골프장비 매입비용 827,890,000원은 필요경비로 인정되어야 한다.

• 다. 조사청 의견에 대한 청구인 항변 1) 영업권 양도대가 관련
• 가) 스크린골프장 매매계약서 및 사업포괄양도양수계약서 내에 기재된 소재지는 자기소유 부동산을 표시하기 위하여 부동산목록을 단순 기재한 것(즉, 임차로 인한 내역은 미기재)이며, 계약서상 권리금(영업권)은 자기소유 면적과 임차 면적을 합한 총 면적에 대한 것으로 계약서 작성시 ‘권리금 23억원’이라고 기재하여 전체를 표시한 것이다.
• 나) 조사청의 주장대로라면 자기소유 부동산 외에 임차한 부동산에 대한 권리가 아직까지 양도인인 청구인에게 있어야 하나, 모두 양수인에게 이전되었음이 명확함에도 계약서상 표기만으로 과세하겠다는 것은 사실관계에 합치되지 않는 불합리한 과세라 할 것이다.
• 다) 또한, 조사청의 주장과 같이 영업권 양도대가 23억원 전체가 자기소유 면적(918.32㎡)에 대한 금액이라면 더 넓은 임차 면적(1,076.48㎡)에 대한 영업권은 무상으로 양도했다는 것인데, 이는 이치에도 맞지 않고, 영업권 양도대가 23억원이 자기소유 면적 및 임차 면적 전체에 대한 것이라는 점은 일반인의 건전한 상식으로도 충분히 납득 가능하다고 할 것이다.
• 라) 한편, 양수인의 확인서는 위와 같은 사실관계를 단순히 확인한 것으로, 양수인의 확인서 내용이 양수인의 추가적인 이익에 부합하지도 않는 등, 제3자의 객관적인 사실 확인을 과세관청이 신뢰하지 않는 것은 타당하지 않다고 할 것이다.
• 마) 결론적으로 소득세법 시행령제41조 제3항에 따라 부동산과 같이 양도하는 영업권은 기타소득으로 보지 않는다는 것은, 자기소유 부동산과 같이 양도한 영업권을 지칭한 것으로서, 임차 면적에 대한 영업권은 소득세법제21조 제1항 제7호에 따라 기타소득으로 과세하여야 하는 것이다. 2) 미납공용관리비 등 기타 필요경비 관련
• 가) 우선 미납공용관리비 와 관련하여, ‘집합건물의 특별승계인은 전 입주자의 체납관리비 중 공용부분에 관하여는 이를 승계하여야 한다’라는 대법원 판례(대법원 2007.2.22. 선고 2005다65821)에 따라 조사청이 주장하는 구상권 미행사나 세금계산서 발행 여부와 상관없이 채무가 승계되는 것이다. 또한, 공용관리비는 필요경비로 비용처리가 가능하기에 회수 가능성이 불분명한 미납공용관리비 대납 채권에 대하여 추가적인 법무비용 및 장기간의 소송에 따른 추가적인 비용발생을 줄이고자 구상권을 행사하지 않은 것이다. 따라서 청구인이 제출한 제3자의 객관적인 증빙이라 할 수 있는 상가번영회의 청구금액과 완납확인서에 의거 필요경비로 산입되어야 한다.
• 나) 부동산 임차를 위해 지급한 영업권 대가는 ‘양도소득의 필요경비가 아닌 사업소득의 필요경비로 처리하는 것이 합당하다’는 조사청 의견에 동의한다(쟁점에서 제외). 그러나 붙박이장 설치비용 은 자본적 지출로 필요경비에 산입되어야 하고, 관련 비용은 청구인의 자금부족으로 제3자에게 차용 하여 송금한 것으로, 실제 지급이 불분명하다는 조사청 의견은 불합리하다. 다) 골프장비 매입비용 과 관련하여, 사업포괄양도양수계약서의 비품 금액은 포괄양도양수계약에 의거 양도‧양수인의 장부금액이 일치해야 함에 따라 청구인이 사업장 확장 이후 적격증빙으로 수취한 매입세금계산서의 금액(청구인의 재무제표에 등록된 유형자산)만 기재하기로 협의하여 작성한 것일 뿐이다. 따라서 사업 개설 초기 적격증빙을 수취하지 못하고 지급한 골프장비 매입비용은 필요경비로 반영하는 것은 합당하다. 또한, 청구인은 세무조사 당시 사업 개설 초기 적격증빙 미수취에 따른 골프장비 매입비용의 지급(송금)내역을 조사청에 충분히 제출하고 소명하였으나, 동 매입비용을 인정할 경우 납부할 세금이 저조하다하여 조사청이 인정하지 않은 것이다. 주요자산인 골프장비 매입비용 827,890,000원은 모두 금융기관을 통한 리스로 구매한 것으로, 재무제표에 자산으로 등록되거나 비용으로 처리되지 않았으며, 종합소득세 신고시 필요경비로 반영이 안 된 사실이 명확함에도 조사청은 사실관계 파악을 적극적으로 하지 않고 과세의 편리함을 위해 필요경비로 인정하지 않은 것이다.

• 가. 영업권 양도대가 안분 관련

1. 청구인은 사업용 부동산과 함께 양도한 영업권 양도대가에 대하여 스크린 골프장으로 사용한 사업장(자기소유: 101·102·105호, 임차: 103·104호) 전체 면적 1,994.80㎡ 중 양도한 자기소유 부동산 면적 918.32㎡과 임차하여 사용한 면적 1,076.48㎡의 비율에 따라 자기소유 부동산에서 발생한 부분은 양도소득으로, 임차한 부동산에서 발생한 부분은 기타소득으로 안분하여 과세하여야 한다고 주장하나,

2. 스크린 골프장 매매계약서 및 사업포괄양도양수계약서에 의하면 임차한 부분에 관한 영업권 양도대가에 대한 언급이 없으며, 임차한 부분에 대한 영업권이 계약서 상 명시된 권리금 23억 원에 포함되어 있다는 언급 또한 계약서 상 기재되어 있지 않다. 스크린 골프장 매매계약서 제1조의 매매목적물의 표시, 제2조의 매매대금, 제9조의 특약사항을 살펴보더라도, 임차한 사업장과 관련된 영업권을 포함하여 점포임차권을 양도한 내역은 확인되지 않으며, 청구인이 임차한 사항과 동일 조건으로 양수인이 스크린골프 연습장으로 사용하도록 적극 협조한다는 내용만 기재되어 있다. 또한 구체적으로 개별 금액을 산정하여 작성한 사업포괄양도양수계약서 제1조의 목적 및 대금, 제4조의 임차자산정리를 살펴보더라도 임차한 사업장과 관련한 영업권을 포함하여 양도한 내역은 확인되지 않는다.

3. 다만, 청구인은 조사 당시 양수자로부터 확인 받아 제출한 사실확인서에 근거하여 영업권 명목으로 수령한 권리금 가액에 임차한 건물에 대한 권리금도 포함되어 있다고 주장하고 있는데, 양도 당시 작성한 당초 계약서 내용과 일치하지 않을 뿐 아니라, 단지 양도가액에 합산하는 영업권 가액을 감소시키기 위해 계약일로부터 2년이 경과한 후 사후 작성하여 제출한 것으로 신뢰하기 어렵다. 4)소득세법제21조【기타소득】 및 같은 법 시행령 제41조【기타소득의 범위 등】에 의할 경우, 영업권을 기타소득으로 분류하는 것은 영업권 단독(점포임차권 포함)으로 양도하는 경우이며, 사업용 부동산과 함께 양도하는 영업권의 경우 양도소득으로 분류하도록 되어 있고, 사업포괄양도양수계약서를 확인해보며 영업권은 사업용 부동산, 집기‧비품 일체와 함께 양도하고 수령한 대가임을 분명하게 확인할 수 있다.

5. 또한 ‘점포임차권에 관한 영업권 가액이 사업용 부동산과 함께 양도하는 영업권 가액에 포함되어 있으므로 건물 면적에 따라 안분해 달라’는 주장은, 소득세법에서 규정하지 않은 사항에 대하여 합리적인 이유 없이 부가가치세법등에 규정한 안분 규정을 확장해석하거나 유추해석을 한 것으로 볼 수 있다.

6. 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴보면, 청구인이 사업의 포괄양도로 인해 양도한 영업권은 사업용 부동산과 함께 양도한 영업권에 해당하므로, 사업포괄양도계약서에 기재된 영업권을 기타소득이 아닌 전액 양도소득으로 보아 양도가액에 합산하여 통지한 것은 정당하다.

• 나. 필요경비 관련

1. 부동산 취득 전 미납공용관리비 관련

• 가) 청구인은 포괄양도 당시 양도한 부동산과 관련하여 부동산 취득 당시 전소유자가 미납한 상가관리비 대납액을 부동산 양도 이후 작성된 상가관리약정서, 조사 당시 작성한 완납확인서, 조사결과통지 이후 발행한 금융거래 이체내역을 근거로 양도한 부동산의 취득가액에 포함하여야 한다고 주장하나,
• 나) 매매로 취득한 101호의 경우 취득 당시 매매계약서에 의할 경우 전소유자의 상가관리비 미납분이 확인되지 않으며, 경매로 취득한 102호·105호의 경우 경매 당시 매각 물건 현황 등에 의한 전소유자의 상가관리비 미납분이 확인되지 않는다.
• 다) 상가번영회가 청구인이 주장하는 미납관리비에 대하여 전소유자에게 세금계산서를 발급한 내역도 확인할 수 없으며, 전 소유자를 상대로 청구인이 주장하는 미납관리비 완납 분에 대해 구상권을 행사한 사실도 없다.
• 라) 경매로 취득한 자산에 대한 전소유자의 미납관리비의 경우집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률제18조에 따라 지급한 경우로서 전 소유자를 상대로 구상권을 행사하더라도 이를 상환 받을 수 없는 경우에 한해 매입가액에 가산되는 부대비용에 해당한다.
• 마) 이상의 사실 관계 및 관계 법령 등에 의할 경우, 실제 발생한 사실 또는 채무승계 사실 등이 불분명하고, 필요경비로 인정받기 위한 법적 요건을 충족하지 못한 부동산 취득 전 미납공용관리비 198,721,978원을 필요경비에 반영해 달라는 청구인의 주장은 이유 없다.

2. 임차 사업장(104호) 영업권 지급액 및 붙박이장 설치비 관련

• 가) 임차한 사업장의 영업권 지급액은 소득세법상 양도소득세 필요경비 대상이 아닌 사업용 고정자산인 무형자산(영업권)에 해당하며, 동 권리금을 지급한 과세기간에 장부상 자산으로 계상하고 소득세법 시행령제63조에서 정하고 있는 내용연수에 따라 감가상각비를 계상하여 사업소득의 필요경비로 처리해야 한다.
• 나) 붙박이장 설치비용 또한 양도소득세 필요경비 항목이 아닌 종합소득세 신고 시 사업소득의 필요경비에 해당하는 항목으로 판단된다. 또한 청구인이 제출한 송금 내역을 확인해 보면 청구인이 아닌 청구인의 남편 운영 법인 명의로 지급된 내역으로 실제 지출된 사실도 객관적으로 입증되지 않는다.
• 다) 따라서 지출 사실도 불분명하고 양도소득의 필요경비가 아닌 항목에 대하여, 양도소득세 신고 당시 필요경비로 반영하지 않았음을 이유로 임차사업장 영업권 지출비용 및 붙박이장 설치비용을 양도소득의 필요경비로 인정해 달라는 청구인의 주장은 이유 없다.

3. 골프장비 매입비용 관련

• 가) 청구인은 사업포괄양도양수계약서에 기재된 영업권 가액에 부외 비품 등 시설권리금이 포함되어 있으므로, 시설권리금에 대응하는 필요경비로 골프장비 매입비용을 인정하여야 한다고 주장하나,
• 나) 사업포괄양도양수계약서를 살펴보면 권리금과 비품 등을 별도로 구분하여 포괄 양도한 사실을 확인할 수 있으며, 계약서에 기재된 시설 및 집기 비품 일체에 대한 별지 목록을 살펴보면 포괄양도계약 당사자 쌍방이 실사를 통해 스크린골프 연습장에서 사용되는 스크린 기계·GDR 연습용 기계, 에어컨·냉장고·공기청정기·인테리어 등을 구체적으로 확인한 후 권리금 23억과 별도로 기계기구 및 비품일체에 대한 양도대가를 5.5억원으로 작성한 사실로 보아 별도의 증거 없이 별지목록 외 부외 비품 등에 대한 대가가 권리금에 포함되어 있다는 청구인의 주장은 신뢰하기 어렵다.
• 다) 사업포괄양도양수계약서 제2조에 의할 경우 잔금일 현재 제1조의 자산 이외의 자산과 부채는 확인하여 청산하기로 하였으나 그에 대한 입증서류는 조사 당시 제출한 것이 없는 것으로 보아 부외 비품이 있다는 청구인의 주장은 신뢰하기 어렵다.
• 라) 영업권 가액에 청구인이 주장하는 부외 비품이 포함 되어 있지 않으므로, 그에 대응하는 주요자산인 골프장비 매입비용을 양도소득의 필요경비로 반영해 달라는 청구인의 주장은 사업소득의 필요경비 항목을 양도소득 필요경비로 인정해 달라는 주장이므로 이유 없다.
• 다. 청구인 항변에 대한 조사청 재항변

1. 영업권 안분 관련

• 가) 법률행위의 해석은 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적인 의미를 명백하게 확정하는 것으로서, 서면에 사용된 문구에 구애받는 것은 아니지만 어디까지나 당사자의 내심적 의사의 여하에 관계없이 그 서면의 기재 내용에 의하여 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적인 의미를 합리적으로 해석하여야 하는 것이고, 당사자가 표시한 문언에 의하여 그 객관적인 의미가 명확하게 드러나지 않는 경우에는 그 문언의 내용과 그 법률행위가 이루어진 동기 및 경위, 당사자가 그 법률행위에 의하여 달성하려는 목적과 진정한 의사, 거래의 관행 등을 종합적으로 고려하여 사회정의와 형평의 이념에 맞도록 논리와 경험의 법칙, 그리고 사회일반의 상식과 거래의 통념에 따라 합리적으로 해석하여야 한다(대법원 1992.5.26. 선고 91다93571판결, 대법원 1995.3.17. 선고 93다46544판결, 1996.10.25. 선고 96다16049판결 등 참조).
• 나) 이러한 판례에 비추어 판단해보면 포괄양도계약서 서면에 기재된 제1조(목적 및 대금)의 권리금 가액은 특약 사항 등에 의하여 내용이 보충되지 않는 한 일반적으로 계약서에 명시된 매매부동산에 대한 권리금의 가액으로 볼 수밖에 없는 것으로 판단되고, 조사 당시 제출한 양수인 확인서는 작성경위, 작성시점 등을 고려할 경우 객관적인 사실확인서로 볼 수 없어 당초 계약서에 기재된 권리금에 내용을 보충하는 증거목록으로 활용할 수 없다.
• 다) 영업권이란 단독으로 양도하는 경우에는 기타소득으로 과세하나, 사업용 고정자산(부동산 및 부동산에 관한 권리를 말한다)과 함께 양도한 경우에는 양도소득세 과세대상에 해당한다.
• 라) 청구인은 임차한 면적에 대한 영업권은 기타소득으로 과세하여야 하는 것이라고 주장하나, 임차한 사업장에 대한 영업권만을 단독으로 양도한 사실이 없고, 토지 및 건물 등 사업용 고정자산이 없는 상태에서 임차한 사업장의 영업권만 별도로 분리하여 매도할 실익이 없으며, 청구인의 항변서에 기재된 주장에 의할 경우 포괄양도에 의하여 임차한 면적에 대한 영업권도 청구인 소유 사업용 부동산과 함께 양도된 사실이 명확하게 확인됨에도 영업권 단독으로 양도하는 경우에 해당한다고 보아 임차한 면적에 대한 영업권을 기타소득으로 과세하여야 한다는 청구인의 주장은 합리적인 이유 없이 과세요건을 확장해석하거나 유추 해석하는 것으로 조세법률주의 원칙상 허용되지 않는다고 할 것이다.

2. 필요경비 관련 가) 미납공용관리비 의 경우 조사 당시 청구인이 제출한 청구인의 배우자이자 상가번영회 회장과 작성한 상가관리약정서 및 완납확인서를 제외하고는 전소유자의 관리비 미납 내역을 확인할 수 있는 객관적인 증빙서류가 없다. 청구인의 주장대로 세금계산서 발급 등과 관계없이 실제 관리비 미납분이 발생하고 채무가 승계되어 전소유자의 체납관리비(연체료 포함)를 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률제18조에 따라 지급하였더라도 전 소유자를 상대로 구상권 행사를 통하여 이를 반환 받을 수 있어 그 가액에 대한 회수불능이 확정되었다고 보기 어려우므로 청구인의 주장은 이유가 없다. 나) 붙박이장 설치비용 에 대하여 청구인은 자금부족으로 제3자에게 차용하여 송금하였다고 주장하나 조사 당시 그에 대한 증빙으로 차용증·금전상환내역 등을 제출한 사실이 없으며, 실제 지출된 사실이 객관적으로 입증되더라도 소득세법 시행령제67조 제2항 및 같은법 기본통칙 33-67···1에 의거하여 살펴보면 양도하는 자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 비용에 해당하지 않으므로, 양도한 자산의 양도가액에 대응하는 직접비용인 자본적 지출에 해당하지 않는다. 따라서 붙박이장 설치비용은 사업소득의 필요경비가 아닌 양도소득의 필요경비로는 인정될 수 없으므로 청구인의 주장은 이유가 없다.

• 다) 영업권 가액에 청구인이 주장하는 부외 비품(시설비)이 포함 되어 있지 않으므로, 골프장비 매입비용 또한 영업권 양도가액에 대응하는 필요경비가 아닌 사업장 재무제표에 유형고정자산으로 계상하여 일정한 내용연수동안 감가상각을 통해 비용으로 처리해야 하는 항목에 해당하므로, 사업소득의 필요경비가 아닌 양도소득의 필요경비로는 인정될 수 없다.

• 가. 쟁점

① 영업권 양도대가 중 자기소유 면적이 아닌 임차 면적 해당분은 양도소득이 아닌 기타소득으로 분류되어야 한다는 청구주장의 당부

② 미납공용관리비, 붙박이장 설치비용, 골프장비 매입비용은 필요경비로 인정되어야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 < 쟁점① 관련 > 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 (2020.12.29. 법률 제17758호로 개정된 것, 이하 같다)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다) 2) 소득세법 제21조 【기타소득】

① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권·어업권·양식업권·산업재산권·산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 2-1) 소득세법 시행령 제41조 【기타소득의 범위 등】 (2021.1.5. 대통령령 제31380호로 개정된 것, 이하 같다)

③ 법 제21조 제1항 제7호에 따른 영업권에는 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함하되, 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도되는 영업권은 포함되지 않는다. < 쟁점② 관련 > 3) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 3-1) 소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액등】

① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 3-2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 3-3) 소득세법 시행령 제67조 【즉시상각의 의제】

② 제1항에서 "자본적 지출"이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

• 다. 사실관계

1. 청구인의 양도소득세 신고 및 이 건 세무조사결과통지 내용 청구인의 쟁점사업장 관련 양도소득세 신고 및 이 사건 세무조사결과통지 내용은 아래와 같은데, 청구인은 자기소유 부동산 양도대가 1,658,000,000원을 양 도가액으로 하여 산출세액 319,798,766원을 신고하였으나, 조사청은 영업권 대가 2,300,000,000원을 사업용 부동산과 함께 양도한 영업권으로 보아 양도가액에 이를 포함하는 것으로 하여 2023.11.15. 2021년 귀속 양도소득세 1,296,312,323원을 과세하는 내용의 세무조사결과통지를 하였다. <표>

2. 쟁점사업장의 취득, 임차 등 기본 사항

• 가) 쟁점사업장 각 호실의 취득, 임차 등 기본사항은 아래와 같은데, 청구인은 103호, 104호는 임차로, 101호, 102호, 105호는 자기 소유로 쟁점사업장을 영위하였던 것으로 확인되며, 2018.9.1. 103호를 임차하고 2018.9.10. 임차사업장에 대한 사업자등록 신청(개업일: 2018.9.1.)을 하였으며, 2019.2.21. 102호를 취득한 후 2020.5.29. 자기 소유 사업장에 대한 사업자등록 신청(개업일: 2020.5.29.)을 한 것으로 확인된다. <표>
• 나) 2018.9.1. 임차사업장에 대한 사업자등록 신청시 청구인이 제출한 103호 임대차계약서(체결일: 2018.8.1., 임대기간: 2018.9.1.∼2020.8.31.)는 아래와 같은데, 임대인은 청구인의 남편으로 확인된다. 2018.12.1. 체결된 104호의 임대차계약서(임대기간: 2018.12.15.∼2023.12.30.) 상의 임대인은 장모씨로 청구인과 특수관계가 있는지는 확인되지 않는다. <표>

3. 쟁점사업장 사업포괄양도양수계약서

• 가) 청구인은 2021.8.10. 김C에게 쟁점사업장을 양도하기로 하고, 아래와 같은 사업포괄양도양수계약서를 작성하였는데, 동 계약서에 따르면 ①자기 소유 부동산 101호, 102호, 105호 매매대금 1,658백만원, ②권리금(영업권) 2,300백만원, ③시설 및 집기 비품일체 대금 550백만원으로 기재되어 있으며, <별첨> 재산목록에 ③관련 재산목록(스크린 기계 16대, GDR 연습용 기계, 에어컨, 냉장고, 공기청정기, 인테리어 등 일체)이 세부적으로 기재되어 있다.
• 나) 청구인은 위 ①은 양도소득으로, ②는 기타소득으로 신고하였으며, ③은 양도소득세 등 과세대상이 아님을 이유로 별도의 신고는 하지 않은 것으로 확인된다. <표>
• 다) 청구인은 쟁점사업장 양수인이 2023.10.30. 작성한 사실확인서를 아래와 같이 제출하였는데, 주요 내용으로 영업권 대금 23억원은 청구인 자기 소유 사업장과 임차 사업장 전체에 대한 것이라고 기재되어 있다.

4. 미납공용관리비 지출 내역 관련

• 가) 청구인은 미납공용관리비 지출과 관련된 증빙으로 아래와 같은 “상가 관리 약정서”와 “완납확인서”를 제출하였는데, 청구인이 임의경매로 취득한 102호, 105호 및 매매로 취득한 101호에 대한 미납공용관리비 198,721,978원을 청구인이 완납한 것으로 기재되어 있다(상가번영회 회장은 청구인의 남편으로 확인됨). <표>
• 나) 청구인은 임의경매로 취득한 102호, 105호의 경우 상가번영회가 미납공용관리비에 대한 배당요구를 하지 않았고, 대법원 판례(2007.2.22. 선고 2005다65821)에 따라 청구인이 승계한 채무를 부담한 것이며 법적으로 구상권 행사는 불가능하다고 주장하고 있다. 한편 매매로 취득한 101호의 경우 취득시 미납공용관리비를 매매가액에서 공제하지 않았고, 전소유자의 채무를 대신 변제한 것으로 구상권 행사가 가능하나 여러 사정으로 구상권은 행사하지 않았다고 진술하고 있다.

5. 붙박이장 설치비용 관련 청구인은 쟁점사업장에 대한 자본적 지출로 붙박이장 설치비용을 지출하였다고 주장하며 아래와 같은 송금내역을 제시하였는데, 청구인 명의 지급액은 10백만원이고 그 외 청구인의 남편 명의로 18.69백만원, 남편이 대표로 있는 법인 명의로 10백만원을 지급한 것으로 기재되어 있다. 송금일자를 살펴보면, 103호 임차일인 2018.9.1. 이후 2018.9.21., 2018.12.7., 2018.12.31. 3건, 102호 취득일인 2019.2.21. 이후 2019.4.26., 2020.8.4. 2건을 송금한 것으로 기재되어 있다. <표>

6. 골프장비 매입비용 관련 청구인은 적격증빙은 수취하지 못했으나 쟁점사업장에 대한 자본적 지출로 골프장비 매입비용을 지출하였다고 주장하며 아래와 같은 지출내역을 제시하였다. <표>

• 라. 판단

1. 쟁점①에 대한 판단

• 가) 관련 법리 영업권을 사업용 고정자산(소득세법제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산을 말함)과 함께 양도하는 경우에는 같은 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의하여 양도소득에 해당하는 것이며 사업용 고정자산과 함께 양도되지 않는 영업권 양도는 소득세법제21조 제1항 제7호의 기타소득에 해당하는 것인데, 영업권 평가액이 사업용 자산과 함께 양도하는 경우인지 여부는 양도의 목적과 그 경위 등을 감안하여 구체적으로 사실판단 할 사항이라 할 것이다(부동산거래관리과-0653, 2011.7.28.).
• 나) 영업권 양도대가 중 임차 면적 해당분은 양도소득이 아닌 기타소득으로 분류되어야 하는지에 대한 판단

(1) 위 법리와 다음과 같은 사정들을 종합해보면, 영업권 양도대가 중 임차 면적 해당분은 양도소득이 아닌 기타소득으로 분류하는 것이 타당한 것으로 판단된다. (가) 쟁점사업장에 대한 사업포괄양도양수계약서 등 관련 계약서 상 영업권 양도대가 23억원에 임차 사업장 관련 영업권이 포함되어 있는지 명시적으로 기재되어 있지는 않으나, 청구인과 양수인은 사업포괄양수도 방식에 의해 자기소유 사업장과 임차 사업장 전체에 대해 사업양수도를 하였는바, 일반인의 보편적 상식과 사회통념에 비추어 임차 사업장 관련 영업권도 영업권 양도대가에 포함되는 것으로 봄이 합리적이라 할 것이다. (나) 청구인은 2018.9.1. 103호를 임차하고 임차 사업장에 대한 사업자등록을 신청하여 사업을 개시하였고, 2019.2.21. 102호를 임의경매로 취득하고 자기소유 사업장에 대한 별도의 사업자등록을 신청하였는바, 임차 사업장과 자기소유 사업장은 형식적으로 분리하여 사업양도가 가능한 별도의 구분된 사업장으로 볼 수 있다고 할 것이다. (다) 영업권은 동종 업종에 비해 해당 사업자가 갖는 초과 수익력을 의미하는 것으로서 신용도, 인지도, 입지조건, 고객충성도 등의 요소에 의해 결정된다고 할 것인데, 이 건에서 임차 사업장과 자기소유 사업장은 면적 이외에 다른 요소들은 동일하거나 유사하다고 보이므로, 영업권 대가를 임차 사업장 부분과 자기소유 사업장 부분으로 안분할 때 면적 기준으로 하는 것이 합리적으로 보인다.

(2) 따라서 조사청이 영업권 양도대가 전부를 양도소득으로 분류하여 세무조사결과통지를 한 것은 잘못이라고 할 것이다.

2. 쟁점②에 대한 판단

• 가) 관련 법리 집합건물을 경매로 취득한 자가 해당 부동산을 취득한 후 전 소유자의 체납관리비(연체료 포함)를 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률제18조에 따라 지급한 경우로서 전 소유자를 상대로 구상권을 행사하더라도 이를 상환 받을 수 없는 경우 지급한 전체 체납관리비 중 공용부분 체납관리비(연체료 제외)는 소득세법 시행령제89조 제1항 제1호에 따른 매입가액에 가산되는 부대비용으로서 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하는 것이다(서면-2015-법령해석재산-1971 [법령해석과-3382], 2015.12.16.). 한편, 부동산의 양도가액에서 공제할 필요경비 중 자본적 지출액은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비 혹은 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용을 말하는데, 전자의 예로는 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치, 빌딩 등의 피난시설 등의 설치, 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구, 기타 위와 유사한 개량·확장·증설 등에 대한 지출이 포함된다. 여기서 양도가액에서 공제될 필요경비에 해당하는 설비비나 개량비는 토지나 건물의 과세시가표준액 결정에 영향을 줄 수 있는 정도로 고정자산의 객관적 가치를 현저하게 증가시키는 비용을 의미한다(대법원 1992.4.14. 선고 91누7149 판결, 대법원 1997.10.10. 선고 96누13033 판결 등 참조). 나) 미납공용관리비, 붙박이장 설치비용, 골프장비 매입비용이 필요경비에 해당하는지 에 대한 판단 (1) 위 법리과 다음과 같은 사정들을 종합해보면, 청구법인이 주장하는 필요경비 중 미납공용관리비는 매입가액에 가산되는 부대비용으로서 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하고, 나머지 주장은 이유 없는 것으로 판단된다. (가) 미납공용관리비와 관련하여, 102호와 105호는 임의경매로 취득한 것이고, 매매로 취득한 101호를 포함하여 전소유자의 공용관리비 미납기간이 2014년부터 2021년까지의 상당한 기간이어서, 전 소유자에게 구상권을 행사한다고 하더라도 이를 상환 받을 수 있는 가능성이 없는 것으로 판단되므로, 취득부대비용으로 보는 것이 타당해 보인다. (나) 붙박이장 설치비용과 관련하여, 청구인은 가구업체에 대한 이체내역만 제시하고 있을 뿐 견적서나 공사내역서 등 공사 내용을 확인할 수 있는 객관적 증빙을 제시하지 않고 있어, 동 비용이 붙박이장 설치비용인지 가구 등 비품 구입비용인지 불분명하며, 붙박이장 설치비용이라고 하더라도 쟁점사업장 양도대가(1,658백만원) 대비 지출 규모(38백만원) 등을 고려할 때 단순한 사용상의 편의를 넘어서 자산가치의 현저한 증가를 가져오는 자본적 지출로 보기는 어렵다. (다) 골프장비 매입비용과 관련하여, 청구인은 영업권 양도대가 23억원에 동 (적격증빙 미수취) 골프장비 매입비용에 대응하는 골프장비 양도대가가 포함되어 있다고 주장하나, 이 사건 세무조사 당시 작성한 양수인의 사실확인서 외에 이를 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 사업포괄양도양수계약서 상 골프장비 양도대가를 영업권 양도대가와 별도로 산정하여 계약을 체결하고 있는바, 가사 적격증빙 미수취 골프장비가 있었다고 하더라도 장비 세부목록에는 기재하지 않으면서 (과세대상이 아닌) 골프장비 양도대가에 반영하는 방법으로도 계약이 가능할 것임에도 (과세 대상인) 영업권 양도대가에 반영하였다는 청구인의 주장은 선뜻 납득하기 어려워 보이고, 골프장비 매입비용은 건물과 구분되는 별도의 비품으로서 자본적 지출로 보기도 어렵다.

(2) 따라서 청구법인이 주장하는 필요경비 중 미납공용관리비는 양도소득의 필요경비로 인정하는 것이 타당하다고 할 것이다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조15 제5항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.