두 건의 토지양도거래를 실질과세원칙에 따라 한 건으로 보아 세액감면을 부인할 수 없음

이 건 과세전적부심사청구는【채택】결정합니다.

• 가. 청구인은 2019.8.5. ○○농업협동조합(이하 “농협”이라 한다)과 충북 ○○시 ○○구 ○○면 ○○리 ○○ 외 3필지 7,530m²(이하 “쟁점토지1”이라 한다) 매도계약(이하 “쟁점계약1”이라 한다)과 ○○ 외 7필지 10,402m²(이하 “쟁점토지2”라 한다) 매도계약(이하 “쟁점계약2”라 한다)을 체결하였다.
• 나. 쟁점계약1은 중도금 일자를 2019.9.5.로, 잔금일자를 2019.12.20.로 하여 총 양도가액 ○○백만원으로 작성되어 계약내용대로 입금되었고, 쟁점계약2는 중도금 일자를 2019.9.5.로, 잔금일자를 2020.3.31.로 하여 총 양도가액 ☆☆백만원으로 작성되어 중도금은 2019.9.5.에, 잔금은 2020.3.13.에 입금되었다.
• 다. 청구인은 각 과세기간별로 8년 이상 자경농지 감면한도 1억을 적용하여 2020.2.5. 쟁점계약1에 대한 2019년 과세연도 양도소득세를 신고·납부하였고, 2020.4.6. 쟁점계약2에 대한 2020년 과세연도 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 라. 국세청 감사관실(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.2.6.부터 2023.2.24.까지 가장거래를 통한 조세회피 실태 점검 특정감사를 실시하여, 쟁점계약1·2는 8년 이상 자경농지 감면한도를 각각 적용받기 위하여 경제적 실질이 하나인 거래를 2개 이상의 계약으로 나눈 뒤 형식적으로 잔금을 다른 연도에 수령했다고 보아 최종잔금일을 양도일로 하여 2020년 귀속 양도소득세 ○○원을 2023.9.1. 통지관서에 처분 지시하였고, 통지관서는 2023.9.6. 청구인에게 감사결과 과세예고통지를 하였다.
• 마. 청구인은 이에 대하여 2023.10.19. 과세전적부심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점계약1과 쟁점계약2는 각각 별개로 작성된 별건의 계약이다.

1. 조사청은 계약금과 중도금 일자가 동일하다하여, 양도시기를 조절하여 8년 이상 자경농지 감면한도를 회피한 것이라고 주장하나, 쟁점토지1·2는 청구인이 소유하기 이전인 1977.5.23.부터 구분 등기된 서로 다른 토지를 1997.9.7. 청구인이 매매로 취득한 토지로, 쟁점계약1·2는 각각의 매매대금을 계약서대로 구분 수수하여 각각 독립된 별건의 거래에 해당하므로 이를 하나의 거래로 보아 양도소득세 과세예고통지한 것은 부당하다

2. 농협은 비영리공익법인으로 매매금액이 고액이기에 매수인의 자금계획에 따라 쟁점계약1·2를 각각 작성한 것이지, 8년 이상 자경농지 감면한도를 회피하기 위한 것은 결코 아니다.

3. 쟁점계약1·2는 매수인의 자금계획에 따라 각각 작성되었으며 청구인은 해당 계약내용을 근거로 잔금청산일인 2019.12.20., 2020.3.13.을 각각 쟁점토지1과 쟁점토지2의 양도일로 보아 양도소득세 과세표준과 세액을 신고·납부했다.

4. 청구인과 농협은 민법상 사적자치의 원칙에 따라 당사자간 자유의사로 서로 다른 쟁점토지들에 대하여 각각 매매계약을 체결하고, 정상적인 절차를 거쳐 소유권이전등기를 하였음에도 조사청이 법령에서 정하는 엄격한 과세기준에 반하여 하나의 거래를 2회로 분할 매매한 것으로 보아 양도소득세 과세예고통지한 것은 계약자유의 원칙을 심각하게 침해하는 재량권의 일탈·남용이다.

• 나. 조사청은 청구인이 쟁점토지1을 2019년에, 쟁점토지2를 2020년에 양도하고 양도소득세를 각각 신고한 거래를 구체적 증빙도 없이 재구성하였다.

1. 임의적 거래의 재구성은 납세자의 법적안정성과 예측가능성을 침해하는 부당한 결과를 초래하며, 국세청 해석례(서면-2015-부동산-0339, 2015.7.14.)는 1필지의 농지를 지분으로 분할하여 양도연도를 달리하는 경우에도 각각의 과세기간에 따라 양도소득세 감면의 종합한도를 적용하는 것으로 회신하고 있다.

2. 국세청이 매년 발간·보급하는 세금절약가이드에서도 “두 건 이상의 부동산을 양도하는 경우 양도시기를 조절하면 조세부담을 줄일 수 있다.”고 홍보하면서 별건의 거래를 합산하여 과세한 것은 부당하다. 따라서 부동산 거래 시기를 달리한 것에 불이익을 주는 것은 신뢰보호원칙에도 위배되는 부당한 처분이다.

• 다. 대법원 판례도 납세자의 선택을 존중해야 한다고 판시하고 있다.

1. 대법원은 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적인 목적을 달성하기 위하여도 여러가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 한다(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결 참조)고 판시하고 있고,

2. 대법원은 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어야 하는 것(대법원 1999.11.9. 선고 98두14082 판결 참조)이라고 판시하고 있으며,

3. 대법원은 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약의 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2003.5.16. 선고 2000다54659 판결 참조)고 판시하고 있다.

• 라. 사전열람 후 청구인이 추가로 제시한 의견은 다음과 같다.

1. 농협이 쟁점토지1·2 전체를 매수하여야만 진입도로의 사용, ◇◇◇ 사용가능 면적 확보 등 농협의 매수목적 달성이 가능하여 쟁점토지1·2를 별도로 구분하여 매수할 사업상 목적은 없을 것이라는 주장은 부당하다

• 가) 청구인은 매수자인 농협과 당초 계약 당시 농협의 자금계획에 의하여 쟁점토지1·2를 계약하고 계약서 내용에 따라 토지대금을 수수하였는데, 계약 당시 농협과 쟁점토지1·2에 대하여 각각 작성하고 날인한 정당한 계약서를 하나의 거래로 본다는 것은 부당하다.
• 나) 1977년부터 필지가 구분된 개인자산인 부동산을 농협과의 매매계약에 따라 연도를 달리하여 거래한 것을 부인하는 행위는 실질과세의 원칙을 위반한 부당한 과세이며 계약자유의 원칙을 심각하게 침해하는 것이다.

2. 조사청은 쟁점토지1·2를 중개한 공인중개사에게 잔금 수령 전 2019.9.6.에 중개수수료 전액을 지급하여 쟁점계약1·2가 구분되지 않는다고 하나,

• 가) 중개사무소에 확인한 바, 부동산 중개 시 계약 당시 수수료를 받는 경우도 있고 중도금 지급 시 받는 경우도 비일비재하다고 하며, 중개인이 자금이 어려우니 미리 지급을 요청하여 계약이 해지될 시 반환하기로 하고 지급한 것이다.
• 나) 중개수수료에 대하여 현금영수증을 각각 발행하지 않고, 함께 발행된 것은 청구인은 모르고 있었고 중개사의 착오에 의하여 발행된 것이다.

3. 조사청은 쟁점토지1의 잔금의 실제지급일이 2019.12.20.인데 소유권이전등기가 2020.1.23.에 접수되었다고 하나, 청구인은 계약서 내용대로 잔금만 받으면 되었지 농협의 등기지연은 청구인과 상관없는 농협의 사정이다. 또한 쟁점계약1·2의 특약사항이 동일하다고 하여 하나의 거래로 볼 수도 없다.

• 마. 쟁점토지들은 청구인이 소유하기 전부터 분할되어 있던 것이고, 양수인이 거래의 안정성을 높이기 위해 각 계약을 달리하여 매매대금 또한 각각 구분하여 수령하였다면 하나의 거래가 아닌 각각 독립된 별건의 거래로 보아 양도시기를 판단하여야 한다. 따라서 농협의 자금사정으로 연도를 달리하여 거래된 쟁점계약1·2는 정당한 별건의 거래이므로 선처하여 주시기 바란다.

• 가. 쟁점계약1·2는 ｢국세기본법｣ 제14조 제3항 실질과세 원칙에 따라 경제적 실질이 하나인 거래를 2개로 나눔으로써 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당하므로 두 과세기간(2019, 2020년)에 걸친 양도소득세 신고를 부인하고 최종 잔금일인 2020년을 과세연도로 보아 양도소득세를 부과한 것이다.

1. 쟁점계약1·2는 모두 동일 양수자인 농협이 ◇◇◇ 건설을 목적으로 취득한 토지로 쟁점토지1·2 전체를 매수하여야만 진입도로의 사용, ◇◇◇ 사용 가능 면적 확보 등 그 이용을 편이하게 할 수 있는 상황으로서, 농협이 토지의 일부만 매입하여서는 매수 목적 달성이 어렵기 때문에 쟁점계약들은 사실상 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있다.

2. ◇◇◇ 설치 지역 위성사진을 보면, 농협의 매수목적 달성을 위해서는 쟁점토지2가 필수적이고 쟁점토지1 매수 없이 쟁점토지2와 같이 나눠진 토지를 농협이 ◇◇◇ 사업 목적으로 매수할 필요도 없을 것으로 보이는 바, 쟁점토지1·2를 별도로 구분 매수할만한 사업상 목적은 없을 것으로 판단된다.

3. 2019.10.23. 작성된 농협 사업보고서 상 주요 의결사항으로 2019.8.5. 고정자산 취득의결이 있고, 농협 홈페이지에 게시된 주요연혁에는 2019.8.6. ◇◇◇ 부지매입, 2020.9.14. ◇◇◇ 착공, 2022.8.23. ◇◇◇ 준공으로 관련 이력이 기재된 점을 볼 때 양수자인 농협은 당초부터 ◇◇◇ 사업을 위해 쟁점토지1·2를 매수할 목적이었고 착공시점도 2020.9.14.인 것으로 보아 특별한 이유로 토지를 구분하여 계약할 이유는 없는 것으로 보인다.

4. 쟁점토지들은 모두 연접한 토지들로서 2019.8.5. 동시에 계약하면서 계약금과 중도금은 동일한 날에 지급받고 잔금일만 2019.12.20.과 2020.3.31.로 다르게 계약하여 중도금 일자가 동일한 상황에서 하나의 계약으로 최종 잔금일을 양도일자로 하면 될 상황인데, 쟁점계약을 두 건의 계약서로 나누어 작성한 것은 연간 1억의 감면한도를 확대 적용받기 위한 목적 밖에는 없다.

• 가) 쟁점계약1의 잔금일자와 실제 지급일은 2019.12.20.이나 쟁점토지1의 소유권이전등기는 2020.1.23.인 것을 보면 농협은 쟁점토지1의 소유권 이전시기가 2019년이든 2020년이든 무관한 상황인 것으로 보인다.
• 나) 쟁점계약1·2의 특약사항 상 농협중앙회의 심의·의결 및 ◇◇◇ 건설 관련 행정상 인·허가가 원활히 진행되지 않을 경우 본 계약을 위약금 없이 취소하는 것으로 동일하게 명시한 점에 비추어 볼 때 해당 거래는 하나의 단위로서만 양도될 수 있는 것으로 별개의 단위로 양도될 이유가 없다.
• 다) 청구인은 쟁점계약1·2를 분리해서 작성하고 잔금일자를 달리한 사정이 농협의 자금사정 때문이라 주장하나, 위와 같이 두 건의 거래를 하나의 계약으로 최종 잔금일만 2020.3.31.로 작성하여도 그 거래의 실질이 동일하며 다만 연도를 달리하여 양도함으로서 얻는 이득은 추가 8년 자경감면 혜택뿐이다.
• 라) 즉, 쟁점거래1·2를 계약일 2019.8.5., 1차중도금 납입일 2019.9.5., 2차 중도금 2019.12.20., 잔금일 2020.3.13.인 매매계약과 경제적 실질이 동일하다.
• 나. 쟁점계약1·2 관련 자금흐름을 보면 쟁점계약1·2를 분리할 이유가 없다.

1. 쟁점계약1·2는 같은 중개사사무소를 통해 중개되었고, 해당 거래 관련 중개수수료 현금영수증 발급내역을 확인한바, 쟁점계약1·2에 대한 중개수수료 전액을 중도금 지급일 다음날인 2019.9.6.에 전액 지급한 것으로 확인된다. 쟁점계약1·2가 별건의 계약이었다면 청구인이 쟁점계약2의 잔금을 수령하기도 전에 중개수수료 전액을 공인중개사에게 일시에 지급하지 않았을 것이다.

2. 따라서 청구인이 과세기간을 달리하여 쟁점토지들을 나누어 양도한 것은 ｢조세제한특례법｣ 제133조 제1항이 규정하고 있는 양도소득세 감면 한도 혜택을 부당하게 받기 위한 목적에서 하나의 거래를 형식상 2개로 나눈 것에 불과하다.

3. 농협은 청구인으로부터 쟁점토지1을 취득한 후 불과 3개월 뒤 쟁점토지2를 취득하였을 뿐 아니라 쟁점토지1·2는 등기원인일이 동일하고, 소유권이전등기 연도가 2020년으로 동일하며 농협이 청구인에게 계약금을 지급할 때 쟁점계약1의 계약금 160백만원과 쟁점계약2의 계약금 185백만원을 합산하여 지급한 것으로 보아 농협 입장에서 계약금을 별도로 구분 경리할 사정도 보이지 않는다.

• 다. 청구인이 주장하는 국세청 해석례(서면-2015-부동산-0339, 2015.7.14.) ‘1필지의 농지를 지분으로 분할하여 양도연도를 달리하는 경우에도 각각의 과세기간에 따라 양도소득세 감면의 종합한도를 적용하는 것’은 2023.5.8. 삭제된 해석례로, 국세청 해석례(서면-2016-부동산-5957, 2016.12.22.)에 따라 ‘하나의 필지를 나누어 양도시기를 달리하는 경우 감면종합한도 적용여부는 사실관계를 종합하여 판단할 사항임’으로 정비되었다.
• 라. 국세청 발간 세금절약가이드의 ‘두 건 이상의 부동산을 양도하는 경우 양도시기를 조절하면 세부담을 줄일 수 있다’라는 설명은 연접하지 않은 별건 부동산 양도 시 누진세율 절세방법으로서 본 사건 쟁점과는 구분되어야 한다.
• 마. 이상의 사실관계를 종합하면 쟁점토지1·2는 농협이 ◇◇◇ 조성 목적으로 매입한 것으로, 계약일과 중도금 일자가 동일하고 잔금만 2019.12.20.과 2020.3.13.으로 다르게 지급받은 점, 잔금지급일이 연도를 달리함에도 소유권이전등기는 동일하게 2020년에 이루어져 연도를 달리하여 소유권을 이전할 특별한 사정도 보이지 않는 점, 농협은 쟁점토지1·2를 모두 매수하여야 목적 달성이 가능한 점을 볼 때 실질과세원칙을 적용한 과세예고는 정당하다.

• 가. 쟁점 실질과세원칙을 적용하여 별건의 거래를 하나의 거래로 보아 과세예고한 것은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 2) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 3) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2018.12.24. 법률 제16009호로 개정된 것)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 ｢도시개발법｣ 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 4) 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】

① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 다. 사실관계

1. 쟁점계약1 매매계약서(생략)

2. 쟁점계약2 매매계약서 (생략)

3. 매매대금 통장 입금내역 및 소유권이전등기접수일 (생략)

4. ◇◇◇ 설계도 (생략)

5. 농협의 확인서 (생략)

6. 공인중개사의 확인서 (생략)

• 라. 판단

1. 관련 법리 가) ｢국세기본법｣ 제14조 제3항 은 둘 이상의 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우 연속된 하나의 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다고 규정하고, 대법원은 “ 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 한다” (대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 등 참조)고 판시하고 있다.

• 나) 대법원은 “여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등의 위험 부담에 대한 보상 뿐 아니라 외부적인 요인이나 행위 등이 개입되어 있을 수 있으므로, 그 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만을 가지고 그 실질이 하나의 행위 또는 거래라고 쉽게 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 된다”고 판시하고 있다(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결 참조).
• 다) 조세심판원은 “쟁점토지①과 쟁점토지②의 경우 청구인이 양도시점에 임박하여 분필 등 임의적인 변경행위 등을 통해 분리하였다거나 결합된 토지의 공유지분을 나누어 양도한 것이 아니라 당초부터 분리되어 있던 개별 필지를 각각 양도하면서 잔금지급 시기만 달리 정한 것으로, 이처럼 당초부터 분리된 별개의 필지를 매매하면서 잔금지급일을 달리하였다는 사정으로 여기에 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래가 있었다고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지①과 쟁점토지②의 거래형식을 부인하고 하나의 양도거래로 보아 1과세기간의 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다”(조심 2022인7928, 2023.4.5. 참조)고 했다.

2. 실질과세원칙을 적용하여 별건의 거래를 하나의 거래로 본 것이 부당한지에 대한 판단

• 가) 관련 법리와 사실관계 및 다음과 같은 사정에 비추어 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 둘 이상의 거래가 있었다고 단정할 수 없다

① 납세의무자가 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 선택한 여러 가지의 법률관계 중 하나가 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위였다 하더라도, 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효하다 할 것이므로 청구인이 쟁점토지들을 어떤 방식으로 얼마에 팔 것인지는 청구인의 선택의 문제이고 이를 부인할만한 특별한 사정이 인정되지 않는다.

② 농협의 확인서와 공인중개사의 확인서를 살펴보면, 쟁점계약을 분리하여 체결한 사정과 소유권이전등기가 늦어진 사정 및 공인중개사가 중개수수료 현금영수증을 중도금 직후 별개로 발급하지 않은 사정은 청구인의 귀책사유가 아닌 것으로 인정되어 위와 같은 사정만으로 조세회피의도를 단정하기 어렵다.

③ 쟁점토지1과 쟁점토지2의 경우 청구인이 양도시점에 임박하여 분필 등 임의적인 변경행위 등을 통해 분리하였다거나 결합된 토지의 공유지분을 나누어 양도한 것이 아니라 당초부터 분리되어 있던 개별 필지를 각각 양도하면서 잔금지급 시기만 달리 정한 것으로, 이처럼 당초부터 분리된 별개의 필지를 매매하면서 잔금지급일을 달리하였다는 사정으로 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장행위 또는 거래가 있었다고 단정하기는 어렵다.

• 나) 따라서 실질과세원칙을 적용하여 별건의 거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세 감면을 부인한 감사결과 과세예고통지는 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제5항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.