쟁점토지상에 공장건설을 위해 선행적으로 실시한 토목공사도‘건설의 착공’등에 해당한다는 주장의 당부

이 건 과세전적부심사청구는 【불채택】 결정합니다.

1.

• 가. 사실관계 1) 청구법인은 1975.12.27. 목축업을 목적으로 설립된 법인으로 2002.5월 부동산매매업을 법인등기부상 업종을 추가하였고 2018.10월에는 부동산매매업을 주업종으로 사업자등록을 업종정정신청을 하였다. 2) 청구법인은 설립당시부터 보유한 목장용지를 공장용지로 용도변경하기 위하여 2010.8월 # # 양*면 BB지구 도시관리계획을 승인받아 2011.7월 도시계획시설의 공장용지 기반조성 공사를 착공하여 2017.1월 도시계획시설공사를 완료하고 공장용지를 분할 매각한 사실이 있다.

3. 이후 청구법인은 임야 추가매입을 위해 2018.10.12. 경기도 # 양*면 GG리 89-13 소재, 신G리 1000-2외 15필지 임야 54,650㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매입계약을 체결하였다.

4. 청구법인은 2019.11월 쟁점토지와 관련하여 BB지구 도시관리계획을 승인을 받은 후 비로소 잔금을 치르고 2020.2월 소유권을 이전 받았다.

5. 청구법인은 ㈜TT종합건설과 ## BB지구 지구단위변경 토목공사계약을 체결하고 기존 임야를 깍아 평탄화 작업과 토목공사, 우‧오수공사, 도로포장공사, 가로등 23개 설치 등 전기공사, 녹지공사 등을 하여 공장용지 기반 조성공사를 하였다.

6. 청구법인은 2021년 QQ유업㈜ 외 13개업체에 분양하면서 이를 사업용 토지로 보고, 법인세 신고시 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부하지 않았다.

• 나. 통지내용

1. 조사청은 2023.6.20.부터 2023.8.21.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 쟁점토지인 임야는 원칙적으로 비사업용토지이며, 쟁점공사 또한 건물신축을 위한 실질적인 착공으로 볼 수 없어 쟁점토지가 비사업용토지에 해당한다고 보고 2023.9.3. 청구법인에게 2021년 사업연도 법인세 1,095백만원을 과세하겠다는 세무조사결과 통지를 하였다.

2. 청구법인은 이에 대하여 2023.9.24. 이건 과세전적부심사를 청구하였다.

2.

• 가. 2021년 QQ유업㈜ 외 13에게 분양한 토지는 도시관리계획에 따라 공사에 착공하고 공장용지 상태에서 분양한 것으로 관련법령에 따라 명백히 비사업용 토지가 아님에도 조사청은 이를 비사업용 토지로 보아 과세결과 통지한 것은 위법하다. 1) 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 각호에 의거 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우 및 해당기간을 구체적으로 정하고 있는데, 청구법인과 관련된 항목은 제5호(착공), 제13호(도시계획변경)이다.

2. 즉 사업용으로 사용하기 위해서 공사에 착공한 토지의 경우에는 취득일로부터 2년 및 공사가 진행 중인 기간 동안 비사업용 토지가 아닌 것이 되고(제5호), 도시계획변경(제13호) 등 정당한 사유가 있는 경우에도 그 사유가 발생한 기간 동안 비사업용 토지가 아니게 되는 것이다.

3. 쟁점토지는 2018.10.12. 도시계획 변경을 조건으로 계약을 체결하였고 2019.11.7. 도시관리계획이 변경되고 2020.2.6. 잔금을 청산하여 산업단지 건설 목적의 토지로 취득하였다.

4. 청구법인은 쟁점토지를 공업용지로 개발하기 위해 2020.3.6. ## BB지구 지구단위변경 토목공사 계약을 ㈜TT종합건설과 체결하고 2020.4.28.부터 2021.4.30.까지 건설공사를 하였는바, 이는 # 도시계획의 변경에 따른 산업단지 건설을 위한 일련의 공정으로 공장신축의 필수적인 선행공사이며, 실질적인 토목공사를 착공한 것으로 법인세법 시행규칙 제46조 의 2 제1항 제5호에 의하여 비사업용 토지에 해당되지 않는다.

• 나. 조사청 의견에 대한 청구법인의 반론

1. 임야를 개발하여 실제 공장용지 상태에서 양도임으로 임야에 대한 법규를 적용하여 ‘비사업용토지’로 판단하는 것은 부적법하며, 쟁점법률도 다르다.

2. 쟁점은 ‘지목별로 비사업용 토지를 규정’하고 있는 법인세법 제55조의2제2항 이 아니고, ‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지’를 규정한 법인세법 제55조의2 제3항 에 해당하는지 여부이다.

3. 쟁점토지는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지에 해당한다.

4. # 도시계획 변경에 의한 산업단지 건설의 일환으로 토지를 취득하고 건설에 착공하여 산업단지에 공장을 신축할 업체에 분양한 것으로 만약 건설에 착공한 시점을 건축물 신축을 시작한 시점으로 본다면 # 산업단지 건설계획에 따라 공장용지를 건설한 기간은 산업단지 건설의 일부로 건축물 신축을 위한 필수적인 선행공사에 해당하고 건축물을 착공하지 못한 정당한 사유가 있는 것이다.

3.

• 가. 법인세법 제55조의2 제2항 제2호 에서 임야는 기본적으로 ‘비사업용토지’라고 규정하고 있고, 법인세법과 같은법 시행령 제92조의6에 열거된 항목인 산림조성 목적 등을 위해 취득한 임야와 ‘하천법’ 등에 의해 사용이 제한된 임야에 한해서 비사업용토지의 예외가 적용될 뿐이라는 것이 일관된 입장이다. 1) 비사업용토지는 법인이 토지를 소유하는 기간 중 ｢법인세법시행령｣ 제92조의3 에서 정하는 기간 동안 ｢법인세법｣ 제55조 의의2 제2항 각 호에 해당하는 토지 즉, 토지 소유기간 중 일정기간 동안 지목 본래의 용도 등으로 사용하지 않고 양도하는 토지를 뜻하고, 비사업용 토지 판정은 양도당시를 기준으로 하는 것이 아니라, 소유기간 중 일정기간의 사용 형태를 기준으로 판단하여야 하므로(2023년 법인 비사업용 토지 등 양도소득 과세자료 처리요령) 청구법인은 임야를 취득하여 지목의 본래 용도인 산림조성 및 임업 관련하여 사용하지 않았으므로 비사업용토지에 해당한다. 2) 법인세법 시행령제92조의6제4항제7호 ‘그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용상황, 소유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무에 직접 관련이 있는 임야로서 기획재정부령으로 정하는 임야’를 규정하고 있음에도 시행규칙이 별도로 제정되지 않은 것은 입법취지로 볼 때 비사업용 토지에서 제외되는 임야를 추가로 규정할 필요성이 인정되지 않았기 때문으로 이것이 입법의 불비 또는 불충분이라고 볼 것은 아니라는 일관된 해석을 하고 있다 3) 법인세법 제55조의2 의 입법취지는 비사업용 토지를 양도하여 얻은 양도차익에 관하여 별도의 법인세를 부과하는 제도로 ‘토지를 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식의 수단으로 이용하는 것을 방지하기 위함’에 있고, 임야의 ‘생산적인 용도로 사용’은 ‘채림업·시험림, 산림보호구역, 산림의 보호 육성을 위하여 사용한 임야로, 임야를 자체 고유목적 사용’을 의미하나, 청구법인은 택지조성 및 분양에 사용하여 임야를 생산적 용도로 사용한 것으로 볼 수 없으므로 비사업용토지에 해당한다.

4. 부동산매매업 법인이 취득한 임야를 주택용지 또는 공장용지 등으로 기반조성공사하여 양도한 사례에 대해 비사업용토지임을 인정한 사례는 일부 있으나, 부동산매매업법인이 취득한 임야를 사업용토지로 인정한 사례는 없다.

• 나. 청구법인이 공장건물 건축을 착공하지 않은 상태에서 양도한 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분은 정당하다. 1) ｢법인세법｣ 제55조의2 제3항 및 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호, 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호에 따르면, 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 ‘건설에 착공한 토지’는 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안은 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지의 기간 기준 충족 여부를 판정하도록 하고 있다. 2) 이와 관련하여 대법원은 건축공사업, 토목공사업, 부동산임대 및 분양업 등을 목적으로 설립된 법인이 취득한 토지에 건축허가를 받아 공장 부지조성공사를 시행하고 준공승인까지 받은 후 토지를 양도한 사안에서, 직접 공장건축을 하지 않고 부지조성공사만 한 경우 건물의 신축공사를 실행하였다고 보기 어려워 비사업용 토지에 해당한다고 판시한 바 있다(대법원 2018.

1.

11. 선고 2017두62686 판결) 3) 대법원은 ｢법인세법 시행규칙｣ 제46조의2 제1항 제5호 와 동일하게 규정되어 있는 ｢소득세법 시행규칙｣ 제83조의5 제1항 제5호 의 ‘건설에 착공한 토지’의 의미와 관련하여 해당 법령의 취지는 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하기 위해서는 각종 인허가를 받고 건축설계를 하는 등의 준비 작업을 하는 데 상당한 시간이 소요되므로 토지 취득일부터 2년 동안은 건설에 착공하기 이전이라도 비사업용이 아닌 것으로 의제하는데 있고, 사회 통념상 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 ‘착공’하였다고 인정하기 위해서는 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물신축을 위한 실질적인 공사의 실행으로 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우 비로소 공사에 착공하였다고 볼 수 있다고 판시하고 있다(대법원 2013.

5.

23. 선고2013두2723 판결). 4) 청구법인은 임야를 공장용지로 형질변경을 위한 기반조성 공사를 한 것이며, 공장건물 신축공사는 쟁점토지 매수한 QQ유업㈜외 13업체 착공한 것에는 이견이 없다. 청구법인은 ## BB지구 지구단위변경 토목공사 계약서, 비산먼지 발생사업 신고서를 첨부하여 쟁점토지에 공장용지 조성을 위한 기반공사의 일환으로 토목공사, 우·오수공사, 포장공사, 전기공사(가로등), 녹지공사를 한 사실을 근거로 건설착공을 주장하고 있으나. 공장용지 기반조성공사를 건물신축을 위하여 실질적으로 건설에 착공한 것으로 볼 수 없어 쟁점토지는 ｢법인세법 시행규칙｣ 제46조의2 제1항 제5호 에 따른 ‘건설에 착공한 토지’에 해당되지 않아 ｢법인세법｣ 제55조의2 제3항 의 예외규정도 적용되지 않는다. 5) 앞서 살펴본 판례(대법원2017두62686) 외에 광주고등법원(2019.

5.

29. 선고 2018누2204 판결), 국세청 심사청구(법인2021-0020)도 건설에 착공한 토지는 건축물 건설에 착공한 경우라고 명시하는 등 법원 및 조세심판원에서도 유사한 내용의 판결을 하고 있다.

• 다. 청구법인은 ｢법인세법 시행규칙｣ 제46조의2 제1항 제13호 (도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지)에 해당하므로 사업용토지임을 주장하지만, 청구법인은 쟁점토지인 임야를 취득하기 전 # 도시관리계획의 변경을 신청하였으므로, 토지를 취득한 후 도시계획 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니한 토지에 해당되지 않는다.

1. 부동산매매업이 취득한 임야를 공장용지로 조성하여 매각한 사례와 관련하여 법원(서울고등법원 2011누39822)은 ‘정당한 사유로 사업에 사용하지 않은 토지’관련 ‘부득이한 사유’에 대해 토지를 취득한 후 법령에 의해 사용이 금지 또는 제한되거나 도시계획 변경과 같은 정도에 준하는 정당한 사유로 인하여 부득이하게 토지를 사용하지 못하게 된 경우에는 비사업용 토지로 보지 않는다고 판단하고 있습니다.

2. 법인 업무와 직접 관련 없는 비사업용 토지인지 여부를 판단하는 기준으로서 부득이한 사유라는 것은 법인이 마음대로 할 수 없는 외부 사유는 물론 법인이 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 부득이하게 사업을 진행하지 못하고 중단할 수밖에 없게 된 내부 사유를 의미한다’ 고 판시하고 있다.

3. 청구법인은 가지고 있던 기존 토지로 허가된 공장부지를 이미 조성 완료하였음에도, 더 많은 토지 매매차익을 추구하기 위해 주변 임야를 추가 취득하여 택지조성하였으므로 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황 취득 사유 또는 이용상황 등 비사업용 토지의 예외를 인정할 여지가 없다.

4.

5.

• 가. 쟁점 공장건설을 위해 선행적으로 실시한 토목공사도 ‘건설의 착공’으로 보아 쟁점토지를 비사업용 토지에서 제외하여 달라는 청구주장의 당부

1) 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】(2020.8.18. 법률 제17476호로 개정된 것)

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 소득세법 제88조제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (중략)

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (중략)

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

• 가. 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따라 지정된 채종림(採種林)ㆍ시험림, 산림보호법 제7조 에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것
• 나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것
• 다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. (중략)

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세 대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. 2) 법인세법 시행령 제99조의3 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간.

2. (중략)

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

• 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 3) 법인세법 시행령 제99조의4 【토지지목의 판정】 법 제55조의2제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지‧임야‧목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 4) 법인세법 시행령 제92조의6 【임야의 범위 등】

① 법 제55조의2제2항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 임야를 말한다. (중략)

② 법 제55조의2제2항제2호나목의 규정을 적용함에 있어 주업은 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업연도 종료일 현재 당해 법인의 총자산가액 중 당해 사업에 공여되는 자산의 가액이 큰 사업으로 한다.

③ 법 제55조의2제2항제2호나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 산지관리법에 따른 산지 안의 임야로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 임야를 말한다. 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역(동법 시행령 제30조의 규정에 따른 보전녹지지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 임야로서 도시지역으로 편입된 날부터 3년이 경과한 임야를 제외한다.

1. 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따른 산림경영계획인가를 받아 시업(施業) 중인 임야

2. 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따른 특수산림사업지구 안의 임야

④ 법 제55조의2 제2항 제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따른 종ㆍ묘 생산업자가 산림용 종자 또는 산림용 묘목의 생산에 사용하는 임야

2. 산림문화ㆍ휴양에 관한 법률에 따른 자연휴양림을 조성 또는 관리ㆍ운영하는 사업에 사용되는 임야

3. 수목원ㆍ정원의 조성 및 진흥에 관한 법률에 따른 수목원을 조성 또는 관리ㆍ운영하는 사업에 사용되는 임야

4. 산림조합 및 산림계가 그 고유목적에 직접 사용하는 임야

5. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 지방세법 시행령 제22조 에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 임야

6. 종중이 소유한 임야(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

7. 그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용상황, 소유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무에 직접 관련이 있는 임야로서 기획재정부령으로 정하는 임야 5) 법인세법 시행령 제92조의11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】

① 법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 6) 법인세법 시행규칙 제46조의2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】

① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지: 착공이 제한된 기간 (중략)

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다) (중략)

13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간

6.

• 다. 사실관계

1. 청구법인의 업종 변경 청구법인의 개업일은 1975.12.27.이고 법인의 기본사항, 업종 변경 이력은 아래와 같다. <청구법인의 기본사항> 사업자등록번호 대표자 사업장소재지 개업일 업종 000-00-00000 장희 경기도 # 양면 ▲▲▲▲▲ 00번길 00 1975.12.27. 부동산/ 부동산매매 <사업자등록증 상 업종 변경 이력> 일자 주업종 부업종 1975.12.27. 축산업/ 낙농 2002.05.17. 축산업/ 낙농 부동산/매매업 2018.10.25. 부동산/ 부동산 매매업 2) 일자별 사건흐름 요약 2010.8.23 2018.10.12. 2018.10.25. 2019.11.7. 2020.2.6. 2020.3.6. 2021.1～ # 청구법인 청구법인 # 청구법인 청구법인 청구법인 도시관리계획 사업승인 쟁점토지 매매 계약 부동산매매업 (주업종 변경) 도시관리계획 변경 고시 쟁점토지 잔금 지급 토목공사계약 (TT종합건설) 쟁점토지 양도

3. 청구법인의 쟁점토지 취득 및 도시관리계획 변경 고시 등

• 가) 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전인 2010.8.23. # # YG BB지구 도시관리계획의 사업시행자로 승인을 받아 공사를 진행하였으며, 도시관리계획 결정고시는 공장용지 입지를 위해 효율적인 토지이용하기 위한 내용으로 아래 고시내용과 같다. <# 고시 제2010-163호(2010.08.23.) 일부>

□ 도시관리계획(제2종지구단위계획) 결정조서 1. 용도지역에 관한 결정조서(변경없음) 구분 면 적 (㎡) 구성비 (%) 비고 기정 변경 변경후 계획관리지역 274,384 - 274,384 100.0 2. 제2종지구단위계획구역 결정조서 도면표시번 호 구역명 위치 면 적 (㎡) 비고 기정 변경 변경후 1 YG BB지구 제2종(산업형 지구단위계획구역) YG GG리 산 70번지 일원 - 274,384 274,384 ■ 결정사유서 구분 도면표시 번 호 위치 면 적 (㎡) 결 정 사 유 신설 1 YG GG리 산 70번지 일원 274,384 공 장용지 입지를 위해 효율적인 토지 이 용과 합 리적인 개발계획을 수립하여 난개발을 사전에 방지하고 기업의 생산, 유통의 활성화를 통해 지역 경제의 향상에 기여하고자 함 ※ 사업시행자(입안제안자): ㈜DD 나) 쟁점토지는 청구법인이 당초 개발한 공장용지와 붙어 있는 토지로 토지소유자가 산업용지로 직접 개발하려고 하였으나 # 별도의 지구단위개발계획 승인은 어렵고, 인접토지로 변경승인은 가능할 수 있다는 의견을 제시하여 당초 소유자가 청구법인에 매입 제안하였다고 주장하나, 그 구체적인 증빙은 없다. 다) 청구법인은 2019.12월 쟁점토지(면적 54,650㎡)를 8,400백만원에 매수하는 계약을 체결하였으며 특약으로는 # (공장용지)개발허가를 득하는 조건으로 계약한 사실이 아래 표와 같이 확인되며, 계약 당시 항공 사진상으로는 임야로 확인된다. <쟁점토지 매수계약 내용> (백만원) 구분 계약일자 매도인 소재지 지목/면적 매매대금 1 ’18.10.12. 김식 # 양면 GG리 89-13, 신G리 1000-2외 14 임야/ 50,477㎡ 7,758 2 ’18.10.12. 김식, @@산업㈜ # 양면 신G리 1000-22 임야/ 4,173㎡ 642 3 ’19.12.13. 김식 # 양면 GG리 89-13, 신G리 1000-2외 15 임야/ 54,650㎡ 8,400 계약당시 공동소유, ’19.11.29. @@산업㈜ → 대표자 김*식 지분 전부 이전 【 특약사항(’18.10.12.) 】

1. 위 토지는 현 상태에서의 매매 계약이며, 등기사항 증명서를 확인하고 계약을 체결 함 매도인은 지구단위변경 및 개발행위 허가에 관련된 서류를 매수인에게 교부하기로 하며 매수인은 교부받은 서류를 위 토지의 개발행위 허가 목적 외에 타 용도로는 사용할 수 없다. 타 용도로 사용 후 민.형사상의 문제에 대하여는 매수인의 책임으로 한

• 다. 2. 잔금 시까지의 각종 공과금은 매도자 부담으로 한다.(지구단위 변경 및 개발행위허가에 따른 공과금은 매수자 부담)

3. 잔금은 지구단위변경 및 개발행위허가 완료후 30일 내에 지급 하기로한다. 만일 지구단위변경 및 개발행위허가를 득하지 못할 경우 매도인은 계약금을 아무 런 조건없이 즉시 반환하고 계약을 해제한다. 매수인도 이에 동의한다.

4. ∼ 8. (생략)

• 라) # 2019.11.7. BB지구의 기존공장용지 확장에 따른 지구단위계획변경을 요지로 하는 도시관리계획 변경을 승인하였으며, 건축물에 대한 용도 1) ‧건폐율‧용적률‧높이‧배치‧형태‧색채‧건축선에 관한 도시관리계획 결정(변경)조서를 고시하였으며 그 사유는 기존 공장용지의 확장에 따른 지구단위계획구역 변경때문이라고 <표1>, <표2>에서 확인된다. <표1> # 고시 제2019-542호(2019.11.7.) 일부

1. 지구단위계획구역에 관한 도시관리계획 결정(변경) 조서 ● 지구단위계획구역 결정(변경) 조서: 변경 구분 도면표시번 호 구역명 위치 면 적 (㎡) 비고 기정 변경 변경후 1

① BB지구 지구단위 계획구역 YG GG리 103-26번지 일원 273,799.9 (+)54,650.0 328,449.9 ● 지구단위계획구역 결정(변경) 사유서 도면표시 번 호 구역명 결 정 사 유 1 BB지구 지구단위계획구역

• 273,799.9㎡ → 328,449.9㎡ (增 54,650.0㎡)

• 기존 공장용지의 확장에 따른 지구단위계획구역 변경 <표2> BB지구 지구단위계획구역 변경도 변경 전 변경 후

• 바) 청구법인은 2020.2.6. 쟁점토지에 대한 잔금 청산 및 소유권 이전을 완료하였다. 쟁점토지에 매수 계약시점(2018.10월 등)과 잔금시점(2020.2월)이 1년 4개월이 넘는 이유는 쟁점토지에 대한 지구단위변경 및 개발행위허가를 받은 다음, 등기하기 위해(2019년 11월 허가 득함) 장기간 소요된 것으로 확인된다.
• 마) 쟁점토지는 취득 당시 공부상 임야이나 쟁점토지 매매계약서상 지구단위개발행위를 해제조건부로 취득하였으므로 엄밀하게 산림자원을 조성하고 관리할 목적으로 순수한 임야를 취득한 것은 아닌 것으로 확인된다.

4. 쟁점토지에 대한 공장용지 개발

• 가) 쟁점토지는 공부상 임야이나 사실상 지목은 공장용지 상태에서 양도하였으며, 지목을 공장용지로 변경하지 않고 임야로 양도한 사유는 법령상 “건물의 준공 및 사용승인 이후” 지목 변경이 가능하기 때문인 것으로 확인된다.
• 나) 쟁점토지는 “# 지구단위개발계획”에 의거 공장용지 외에는 양도가 불가하며, 수분양자(매수자)는 소유권이전을 통한 담보대출로 공장건축 비용등을 충당하고 공장건물 사용승인 이후 부과되는 “개발부담금” 2) 은 청구법인이 납부한 것으로 확인된다.
• 다) 청구법인은 BB지구단위개발계획 승인조건인 녹지, 도로, 공원 등 개발부지의 30% 이상(개발면적 54,650㎡ 중 19,204㎡을 기부채납)을 기반시설로 기부채납하였고. 이에 따라 기부채납의 반대급부로 청구법인은 건폐율과 용적률의 인센티브를 적용받은 것으로 확인된다.
• 라) 이후 # 허가민원2과장은 청구법인의 공장설립승인 신청에 대하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제13조 등에 따라 2020.6.10. 청구법인에게 공장설립승인 알림을 통지한 사실이 확인된다.(붙임1 참조)
• 마) 청구법인은 BB지구 도시관리계획 변경(# 고시 제2019-542호, 표1참조)에 따라 2020.3.6. ㈜TT종합건설과 ## BB지구 지구단위변경 토목공사 계약을 체결하였고 계약내용 등은 아래 <표3>와 같다. <표3> 토목공사 계약서 BB지구 지구단위변경 토목공사 계약서 공사명: BB지구 도시계획시설‧블럭별 토목공사 및 공원조성공사 공사장소: # 양*면 GG리 103-20번지 일대 착공일: 계약서에 따른 선급금 수령 후 5영업일에 해당하는 날 준공예정일: 착공일로부터 6개월 계약금액: 3,600,000,000원(VAT 별도) (중략)

9. 특약사항: 공사현장과 관련하여 발생되는 모든 민원처리는 수급인이 책임지며 이와 관련된 어떠한 비용도 도급인에게 청구할 수 없다. 또한 본 계약은 도급인의 도시계획시설 기부 체납시까지 발생되는 공사일체를 포함한다. 2020년3월6일 도급인 상호: 주식회사 DD 수급인 상호: 주식회사 TT종합건설

• 마) 위 토목공사와 관련하여 ㈜TT종합건설은 2020.4.28. # ‘비산먼지 발생사업 신고서’를 제출하였으며 공사 내용은 토목, 우‧오수, 포장, 가로등 설치(전기), 녹지공사 등으로 확인된다.

5. 쟁점토지의 양도

• 가) 청구법인은 2021년 2월～12월에 쟁점토지를 공장용지로 개발하여 QQ유업㈜외 13개업체에 분양하였고 총분양금액은 약 220억원 정도이며, 그 분양 내역은 <붙임2>과 같다.
• 나) 청구법인과 QQ유업㈜간에 쟁점토지 중 그 일부를 공장용지를 분양하면서 아래와 같이 토지분양계약을 체결하였고, 건축주가 부담하는 개발부담금을 청구법인이 부담한 것으로 확인된다. 토지 분양 계약서 분양자 주식회사 DD 대표이사 장*희(이하“갑”)와 분양 받는자 QQ유업㈜(이하“을”)는 다음과 같이 분양계약(이하“본계약”이라 한다)을 체결한다. ■ 물건의 표시

1. 소 재 지: # 양*면 GG리 103-20번지 일원(8-6,8-7블럭)

2. 계약면적: 7,200.6㎡(2,178.2평)

3. 전용면적: 7,161㎡

4. 공유(오폐수처리장): 39.6㎡

5. 부지용도: 공장용지

6. 부지위치: (별첨도면 참조) (중략) 제10조(조세 및 공과금)

① 제1조에서 정한 잔금의 납부약정기일 이후의 조세 및 공과금은 “갑”의 명의로 부과되는 것이라 하더라도 이를 “을”이 부담하기로 한다.

② “을”이 분양대금 완납 전에 “갑”으로부터 전체 토지사용승낙을 득한 때에는 그 사용 승낙일을 제1항의 잔금 납부약정일로 본다.

③ 개발부담금 발생 시“갑”이 지불하며 납부한 영수증을 “을”에게 발송하여야 한다. 납부금액 기준은 잔금 납부약정일 당해연도 공시지가를 기준으로 한다. 단“을”의 건축지연 등이 발생시에는 당해년도분을 산출하여 “갑”은 “을”에게 정산 처리하고 그후 부터는 “을”이 부담한다.

• 라. 판단

1. 관련 법리

• 가) 법인세법제55조의2 3항의 위임에 따라 비사업용 토지의 예외를 구체화한 법인세법 시행령제92조의 11 제1항 제3호는 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 법령상 제한, 토지의 현황‧취득사유 또는 이용 상황 등을 감안하여 비사업용 토지의 예외를 기획재정부령이 정하도록 하였는데, 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제5호는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안, 동조항 제13호는 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지는 당해 사유가 발생한 기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니하도록 규정하고 있다. 나) 법인세법 시행령제92조의4 토지지목의 판정시 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지‧임야‧목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 따라야 한다고 규정하고 있다.

2. 쟁점토지의 지목 판정 양도대상 토지가 임야인지 공장용지 인지 여부는 사실상의 현황에 따라 판단하여야 하는데, 위 인정 사실에 따르면 쟁점토지는 청구법인이 # 공장설립승인을 통지받고 공장용지로 완성된 시점부터 사실상의 공장용지의 현황을 갖춘 것으로 봄이 상당하다.

3. 쟁점토지상에 공장건설을 위해 선행적으로 실시한 토목공사도 ‘건설의 착공’ 등에 해당한다는 주장의 당부

• 가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면 쟁점토지가 건설에 착공한 토지라거나 정당한 사유로 사업용에 사용하지 못한 토지에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

① 사회통념상 특정 토지에 건물을 신축하기 위한 공사에 착공하였다고 인정하기 위해서는 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우 비로소 공사에 착공하였다고 볼 수 있다(대법원 2018.5.31. 2018두38468 판결, 참조)

② 청구법인은 쟁점토지에 대하여 공장설립 승인을 받고 그 공장용지 상에 공장건설을 위해 필요한 선행공사를 하였으므로 건설에 착공한 토지에 해당하다고 주장하나, 청구법인이 실시한 토목공사 즉 우‧오수관 설치, 포장공사, 가로등 설치 및 녹지공사 등만으로는 쟁점토지에 건물신축을 위한 실질적인 공사의 실행인 착공으로 보기는 어렵고(조심 2019중4506, 2020.2.4.), 청구법인이 쟁점토지를 매수할 당시 도시관리계획 승인을 전제조건으로 취득하였고 양도시점까지 도시계획의 변경 등 정당한 사유가 있었다고 볼 수도 없다.

• 나) 따라서 조사청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 토지 등 양도소득세에 대한 법인세를 과세 예고한 통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

7.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제91조의15 제15항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 지목은 공장용지로 지정하고, 업종은 전기장비제조업, 자동차 및 트레일러 제조업, 금속가공제품제조업으로 한정하며, 위 용도외는 불허함 2) 일반적으로 개발부담금은 건축주가 부담하는 것이 원칙임.