간접사업비는 기타의 사업 개별손금액에 포함하고 공통손금 안분계산 하여야 함

이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.

• 가. 청구법인 은 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하, ‘산집법’ 이라 한다) 제45조의17에 의하여 설립된 비영리법인으로서 산업단지의 관리, 산업단지의 개발․분양․임대 등에 관한 사업, 산업단지구조고도화사업, 산업집적지경쟁력강화사업 등을 목적사업으로 영위하고 있다.
• 나. 청구법인의 수익사업 은 공단 분양 매출 및 부동산 임대수입이며, 비수익 사업 은 산업단지 구축, 산업단지구조 고도화사업, 산업집적지경쟁령강화사업 및 스마트그린 산업단지 추진 등 정부 보조금으로 추진하는 사업(이하 ‘기타의 사업’ 이라 한다)이다.
• 다. 청구법인은 법인세법 제113조 【구분경리】 규정에 따라 수익사업과 기타의 사업을 각각 구분하여 기록하고 있다.
• 라. 청구법인과 통지관서(이하 “조사청” 이라 한다)이 이의가 없는 공통손금 내역은 아래와 같고, 청구법인이 공통손금 안분계산 시 국가 등으로부터 수령한 지원금·보조금 지출액(이하 ‘ 쟁점사업비 ’라 한다)을 개별손금액에서 제외하고 손금불산입액을 계산하였다. <청구법인 공통손금 안분> (단위: 백만원) 사업 연도 공통 손금

① 수익사업 개별손금액

② 기타의 사업 개별손금액 손금 불산입

① *③/ (②+③) 조정비율 개별 손금 ㉠

사업비 ㉡ 확정 금액

③ (㉠-㉡) 수익 사업 기타 사업 2018 35,636 308,025 128,543 110,961 17,581 1,924 94.6% 5.4% 2019 35,623 260,589 290,158 265,934 24,574 3,070 91.4% 8.6% 2020 36,242 248,880 353,368 328,613 24,755 3,279 90.9% 9.1% 2021 44,989 187,026 407,361 380,067 27,294 5,730 87.3% 12.7% <청구법인 공통손금 안분계산 산식> * 공통손금 × [기타의 사업 개별손금액(㉠) – 쟁점사업비(㉡)] = 손금불산입 [전체 사업 개별손금액(②+㉠) – 쟁점사업비(㉡)]

• 마. 이에 조사청은 청구법인에 대한 2019년 ～ 2020년 사업연도 법인세 통합조사 및 2017년 ～ 2018년, 2021년 사업연도에 대하여 부분 조사를 실시하여, 1) 쟁점사업비를 청구법인이 국가에서 정한 수혜요건에 적합한 주관기관 등 에게 그대로 전달하는 보조금(이하 ‘직접사업비’ 라 한다)과 청구법인이 기타의 사업의 목적상 지출하는 인건비, 업무협의비, 기타 운영비 등으로 계상한 비용은 (이하 ‘간접 사업비’ 라 한다) 구분하고, 직접사업비는 주관기관 등에게 그대로 전달하는 보조금 으 로 청구법인에 속하지 않는 것으로 하였고 간접사업비는 기타의 사업의 개별손 금에 해당하는 것으로 하였다. * 주관기관: 사업을 주관하여 과제를 실제 수행하는 기관(기업 등 포함) <조사청이 쟁점사업비를 직·간접사업비로 구분한 내역> (단위: 백만원) 구분 2018 2019 2020 2021 합계 110,961 265,934 328,613 380,067 직접사업비 92,921 243,409 309,225 358,762 간접사업비 15,040 22,525 19,388 21,305 2) 청구법인은 공통손금 안분계산시 기타의 사업 개별손금액 확정시 개별 손금액에서 쟁점사업비 (직접사업비 + 간접사업비) 전액을 제외하였으나, 처분청은 아래와 같이 개별손금액에서 쟁점사업비 중 직접사업비를 제외하고 간접사업비를 포함하여 기타의 사업 개별손금액으로 확정하여 공통손금액을 재계산하여 2018년부터 2021년 사업연도에 대한 법인세 2,735,142,032원을 과세하겠다는 세무조사 결과를 청구법인에게 통지하였다. <조사청의 공통손금 안분> (단위: 백만원) 사업 연도 공통 손금액

① 수익사업 개별손금액

② 기타의 사업 개별손금액③ 손금 불산입

① *③/(②+③) 개별손금 (㉠) 직접사업비 (㉡) 확정금액 (㉠-㉡) 2018 35,636 308,025 128,543 92,921 32,621 3,412 2019 35,623 260,589 290,158 243,409 47,098 5,452 2020 36,242 248,880 353,368 309,225 44,143 5,459 2021 44,989 187,026 407,361 358,762 48,599 9,279 <조사청 공통손금 안분계산 산식> 공통손금 × (기타의 사업 개별손금액(㉠) - 직접 사업비(㉡) = 손금불산입 [전체 사업 개별손금액(②+㉠) – 직접 사업비(㉡)]

• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2023.7.21. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

1.

• 가. 주요 청구 주장

1. 주위적 청구 주장 법인세법 시행규칙제76조 제6항 제3호에 따른 공통손금을 안분계산을 위한 개별손금 비율 산정시 보조금 및 지원금 사업 등 쟁점사업비 중 간접사 업비는 사실관계 및 관련 법령에 비추어 기타의 사업에 속하는 손금이 아니므로, 처분청이 청구법인에게 한 세무조사 결과 통지는 부당하다.

2. 예비적 청구 주장 쟁점사업비 중 간접사업비가 기타의 사업에 속하는 손금으로 보아 공통 손금을 안분계산함이 타당하더라도, 세무조사에 의하여 해당 사업연도의 소득금액이 증가함에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액도 증가되고 처분 가능한 이익잉여금이 있는 경우 증가한 손금산입 한도액의 범위 내에서 고유목적사업준비금을 설정한 것으로 보아 과세 소득금액을 재산정해야 한다. 이에 따라 과세 처분한 해당 사업연도의 소득금액은 50% 감소되어야 하므로 당초 처분 금액은 수정되어야 하고 필요한 처분을 하여야 한다.

2.

• 나. 청구법인 사업개요 및 거래구조

1. 청구법인 주요 사업개요 가) 청구법인이 영위하는 사업의 하나인 산업집적지경쟁력강화사업은 기업·대학·연구소·지원기관이 산업단지를 중심으로 지식·정보 및 기술 등을 교류·연계하고 상호 협력하여 산업집적이 형성된 지역의 경쟁력을 높이는 사업을 말한다(산집법 제2조 제12호). ’03년도 국가균형발전의 핵심적 지역산업정책으로 산업클러스터정책을 도입, 12대 국정과제 중 하나로 추진된 사업임 나) 청구법인은 산집법 제22조의3 제6항 및 산업통상자원부 고시 제2021-90호 보칙 제56조에 의거 전담기관 으로서 산업통상자원부 장관으로부터 경쟁력강 화사업의 기획·평가·관리 등의 업무를 위탁받아 수행하는 기관에 해당한다 (산업통상자원부고시 제2021-90호, 2021.5.25. 지역산업지원사업 공통운영요령). 전담기관: 산업통상자원부장관이 지역사업을 효율적으로 추진하기 위하여 지역사업의 기획․평가․관리 등의 업무를 대행하도록 한 기관을 말한다. <지역산업지원사업 공통운영요령 – 요약> 구분 주요 내용 전담기관 (청구법인) ㆍ사업 협약체결 및 수행에 대한 종합관리 ㆍ사업 수행에 필요한 인력, 시설, 전용공간 등 행정지원 ㆍ사업비의 편성, 집행, 관리 및 사용실적 보고 ㆍ사업의 추진실적, 성과활용 및 활용결과의 보고 ㆍ기술료의 징수, 사용 및 관리 지원 등 주관기관 사업을 주관하여 과제를 수행하는 기관(기업포함)

• 다) 그 외에도 청구법인은 생태단지 사업, 보조금 사업, 스마트산단 사업, 지원금 사업 등을 수행하고 있고, 당해 사업들의 구조는 유사하다.

2. 쟁점사업비 거래 구조

• 가) 청구법인은 전담기관으로서 국가로부터 수탁 받은 사업비인 쟁점사업비를 주관기관 등에 지급하고, 쟁점사업비에 대한 정산 잔액은 차기 이월 사용 또는 반납하며 사업비에 대해 발생한 이자수익에 대해서도 사업비에 포함하여(이자수익 국가 귀속) 사용 또는 반납하는 등 국가에 사업비사용실적보고 및 정산을 수행하고 있다.
• 나) 즉, 청구법인이 국가 등으로부터 수탁 받은 사업과 관련하여 발생하는 사업비는 국가 등으로부터 쟁점사업비를 수령하고, 수탁 받은 사업과과 관련된 일부 운영비를 제외하고 대다수 쟁점사업비를 주관기관 등에 전달하고, 당해 사업비에 대한 관리 감독을 수행하고 있다.

3. 공통손금 안분 방법 법인세법 시행규칙제76조에서 비영리법인 구분경리 방법을 정하고 있고, 동법 시행규칙 제6항에서 공통되는 손금에 대해 수익사업과 기타사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산 하도록 정하고 있는 바, 쟁점사업비는 청구법인의 자금이 아닌 국가 자금으로 동 쟁점사업비를 비수익부문에서 제외하고 안분 계산을 수행하였다. < 청구법인 사례 >

3.

• 다. 주위적 청구주장 관련

1. 직접 및 간접사업비에 대한 관리가 동일 쟁점사업비 중 간접사업비라고 하는 부분은 주관기관에게 자금을 적정하게 전달하기 위한 부대비용으로 해당사업을 추진하기 위해서 정부가 청구법인에게 지급하는 사업비이다. 그런데 쟁점사업비 전부가 하나의 위탁사업비로서 직접사업비와 간접사업비 구분 없이 동일통장에서 관리되며, 이월액이 발생하는 경우 국가 등에 반납해야 하므로 동일한 위탁사업비로 쟁점사업비에 대한 자금집행을 직접사업비와 간 접사업비로 구분하는 것은 타당하지 않다. 2) 간접사업비는 법인세법 제19조 제1항 에서 정한 손금 정의에 부합 되지 않는다. 손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費) 의 금액으로 정하고 있으며(법인세법제19조 제1항), 비영리법인이 구분경리를 함에 있어 공통손금의 경우에는 원칙적으로 개별손금비율로 하도록 되어 있다 (동법 시행규칙 제76조 제6항). 즉, 공통 손금을 개별손금비율로 안분 계산함에 있어 그 전제가 당해 항목이 ‘손금’의 정의에 부합되어야 하고, 손금에 해당되지 않는 경우에는 개별손금비율 산정시 제외되어야 한다. 쟁점사업비 중 간접사업비는 청구법인의 자금으로 이루어지는 것이 아니라 국가로부터 직접 및 간접 사업비 전체를 받아 집행하고 남는 금원에 대해서는 반납하는 구조이며, 간접 사업비를 국가로부터 청구법인이 집행하더라도 청구법인의 순자산 감소는 전혀 발생하지 않는다. 따라서, 개별손금비율 산정시 청구법인의 순자산 감소가 발생하지 않는 간접사업비는 제외함이 논리적으로 타당할 것이다.

3. 간접사업비는 주된 사업비에 포함되는 부수 되는 사항이다. 부가가치세법제14조 제1항에서 부수되는 용역은 주된 용역의 공급에 포함되는 것으로 규정하고 있고, 취득원가를 산정함에 있어 법인세법 시행령 제72조 제2항에서 부대비용은 주된 가액에 포함하여 산정하도록 되어있다. 이렇듯, 개별손금비율을 산정함에 있어 쟁점사업비를 직접과 간접으로 구분 하는 것은 논리적으로 타당하지 않을 뿐더러, 간접사업비는 주된 사업과 부수 하여 발생하며 주된 사업비인 직접사업비와 동일하게 청구법인의 순자산 감소가 발생하지 않는 금원이므로 개별손금비율 산정시 제외됨이 제반 세법과 상거래에 부합되는 것이다.

• 라. 예비적 청구주장 관련 쟁점사업비 중 간접사업비가 개별손금 비율 산정시 포함됨이 타당하다하더 라도, 세무조사로 해당 사업연도의 소득금액이 증가되고 증가된 각 사업연도 소득금액의 50%를 고유목적사업준비금으로 설정할 수 있는 이익잉여금이 있는 경우, 증가된 소득금액의 50%를 고유목적사업준비금 설정한 것으로 보아 과세 처분 금액을 산정하는 것이 관련 해석 사례(기준-2021-법령해석법인-0132, 2021.10.12.)에 비추어 타당한 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점사업비 중 간접사업비는 공통손금 안분계산 시 기타의 사업 개별손금액에 포함되어야 한다. 1) 청구법인은 쟁점사업비는 사업 수행 후 남은 잔액과 이자 일체를 국가 등에게 반납하기 때문에 청구법인의 순자산 감소가 발생하는 손금에 해당하지 않는다고 주장하나, 가) 쟁점사업비를 국가 등으로부터 받아서 사업을 수행하고 남은 잔액과 이자 일체를 반납하는 것은 보조금관리에 관한 법률(이하 ‘보조금법’이라 한다.)에서 정한 절차에 따라 쟁점사업비가 최종 확정되어 초과금액을 반환하는 것이지, 쟁점사업비와 이자가 당초부터 국가 등에 귀속된 재산이기 때문에 이를 반환하는 것은 아니므로 청구법인은 법인세법에서 규정한 손금의 해석을 잘못하고 있다. 나) 보조금법 제2조 제1호 는 ‘보조금이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금, 부담금, 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다’라고 규정하고 있으며, 제2호는 ‘보조 사업이란 보조금의 교부 대상이 되는 사무 또는 사업을 말한다’, 제3호는 ‘보 조사업자란 보조사업을 수행하는 자를 말한다’라고 규정하고 있는데, 이들 규정을 종합하여 보면, 보조금법에 따른 보조금이란 정부 등이 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업을 조성하거나 재정상 원조를 하기 위하여 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금을 의미하므로, 보조금의 교부대상인 보조사업은 국가가 보조사업자에게 위탁한 사업이라기보다 보조사업자의 목적사업으로 보아야 하고, 그 보조금은 보조사업과 관련하여 교부되는 급부금이므로 이는 보조사업의 주체인 청구법인에게 귀속되는 것으로 보아야 한다. 다) 보조금법은 보조금의 교부를 받으려는 자의 보조금 교부 신청, 중앙관서의 장의 보조금 교부 결정 및 통지, 보조사업자의 보조사업 수행, 중앙관서의 장의 보조금 금액 확정 등의 절차에 관하여 정하고 있으며, 보조금법 제31조제2항 은 ‘중앙관서의 장은 보조사업자에게 교부하여야 할 보조금의 금액을 제28조에 따라 확정한 경우에 이미 교부된 보조금과 이로 인하여 발생한 이자를 더한 금액이 그 확정된 금액을 초과한 경우에는 기한을 정하여 그 초과액의 반환을 명하여야 한다’라고 규정하고 있는 바와 같이, ‘ 보조사업자’는 보조사업이 완료된 후 보조금법상 절차에 따라 보조금이 최종 확정되면, 이미 교부받은 보조금과 그 이자의 합계액 중 확정된 금액을 초과하는 부분을 보조금법상 반환 절차에 따라 반환하는 것이지, 그 보조금과 이자가 당초부터 국가 등에 귀속된 재산이기 때문에 이를 반환하는 것은 아니다. 라) 청구법인은 고유목적사업을 수행하기 위하여 보조금법에 의해 국가 등에 보조금을 신청하고, 고유목적사업을 수행한 후 보조금법상 절차에 따라 이미 교부받은 보조금과 그 이자를 반환한 것이므로, 법인의 순자산의 감소를 가져오지 않기 때문에 쟁점사업비가 손금에 해당하지 않는다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다. 마) 또한 최근 서울행정법원 판결에서도 “원고가 국가로부터 수탁업무를 수행하 고, 이에 관해 지도·감독받도록 정한 규정은 사업비 지출 등 업무 수행에 대해 국가의 통제를 받도록 한 것에 불과하고, 사업비가 원고의 책임과 계산으로 지출된 점에 부정할 만한 사정에 해당하지 않는다”라고 하여 국가 사업비의 귀속을 수탁업무를 수행하는 원고로 보고 있다(서울행정법원 2022.1.13. 선고 2018구합55005 판결 참조). 2) 법인세법 제113조 제1항 의 규정에 따르면 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하고, 동 법 시행규칙 제76조 제6항의 규정에 따르면 ‘비영리법인이 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분 경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분 계산한다 ’라고 규정되어 있다. 법인세법 제15조 제1항 의 규정에 따르면 ‘익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입(이하 “수익”이라 함)의 금액으로 하고’, 동법 시행령 제11조 제5호의 규정에 따르면 ‘수익의 범위에 무상으로 받은 자산의 가액을 포함한다’라고 규정되어 있다. 법인세법 제19조 제1항 의 규정에 따르면 ‘손금은 자본 또는 출자의 환입, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용(이하 “손비”라 함)의 금액으로 하고’, 제2항의 규정에 따르면 ‘손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생 하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’라고 규정하였고, 또한 동법 시행령 제19조에서는 손비의 범위에 대하여 규정하고 있다. 법인세법제40조 제1항에 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’라고 규정되어 있다. 즉, 법인세법은 권리의무 확정주의에 따라 받을 권리가 확정된 시점에 익금을 인식하고, 지급할 의무가 확정된 시점에 손금을 인식한다. 국가 등으로부터 수령한 보조금은 청구법인의 순자산을 증가시키는 거래로 법인세법 제15조 의 규정에 따른 익금의 범위에 해당되고, 무상으로 받은 자산의 가액으로 볼 수 있으므로 동법 시행령 제11조의 규정에 따라 수익의 범위에도 포함한다. 청구법인은 국가 등으로부터 받은 보조금을 고유목적사업인 산업단지의 개발 및 조성에 관한 사업비로 지출하였고, 지출한 쟁점사업비는 청구법인의 순자산을 감소시키는 거래로, 청구법인의 고유목적사업과 관련하여 지출된 손비로서 국가 등으로부터 수령한 보조금과 직접 관련이 있으므로 법인세법 제19조 의 규정에 따른 손금의 범위에 해당되고, 동법 시행령 제19조의 규정에 따른 손비의 범위에도 포함한다. 청구법인도 상기 규정에 따라 기타의 사업 손익계산서상 국가 등으로부터 수령한 보조금은 매출 및 영업외수익으로, 지출한 쟁점사업비는 매출원가, 영업외비용으로 각각 계상하였다. 따라서 청구법인이 국가 등으로부터 수령한 보조금은 받을 권리가 확정된 시점인 수령시 익금에 해당되는 것이고, 지출한 쟁점사업비는 지급 의무가 확정된 시점인 지출시 손금에 해당하는 것이다.
• 나. 청구법인이 적립하지 않은 고유목적사업준비금은 손금에 산입할 수 없다. 1) 법인세법 제29조 제1항 에서는 ‘비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 일정한 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다’라고 규정하고 있고, 제2항에서는 ‘제1항을 적용함에 있어 외부감사대상 비영리내국법인이 고유목적 사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 보아 신고조정이 가능하다’고 규정하고 있다. 청구법인은 세무조사에 의하여 해당 사업연도의 소득금액이 증가함에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액이 증가하고, 처분 가능한 이익잉여금이 있는 경우 증가한 손금산입 한도액의 범위 내에서 고유목적사업준비금을 설정한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 신고조정에 의해 손금에 산입하기 위해서는 법인세법 제29조 제2항 에서 규정한 바와 같이 준비금 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립하여야 하 는 것으로, 청구법인은 세무조사 결과 해당 사업연도의 소득금액 증가로 손금산입 한도액이 증가하였다고만 주장할 뿐, 고유목적사업준비금 추가 적립과 관 련한 구체적인 내용에 대해서는 확인할 수가 없다. 2) 청구법인이 주장의 근거로 제시한 국세청 과세기준자문(기준-2021-법령해석법인-0132, 2021.10.12.) 내용을 살펴보면, 외부감사대상이 아닌 해당 법인이 비영리내국법인으로서 고유목적사업 준비금을 결산서에 반영하여 손금으로 인식하고, 한도 초과액에 대해서는 손금불산입 세무조정을 한 경우, 이후 세무조사 결과 해당 사업연도의 소득금액이 증가함에 따라 고유목적 사업준비금의 손금산입 한도액이 증가하게 되어 당초 세무조정에 의해 손금불산입한 금액을 손금산입 한도액의 범위 내에서 손금 산입할 수 있다고 해석한 것으로, 당초 법인세 신고 시 한도 초과로 인한 고유목적사업준비금 손금불산입액이 존재하지 않는 청구법인의 경우와는 사실관계가 다르므로, 해당 과세기준자문 내용을 근거로 한 청구법인 주장은 이유가 없다. < 청구법인 고유목적사업준비금 설정내역 > (단위: 백만원) 사업 연도 당기계상 준비금 손금산입 한도액 한도초과 손금부인액 미처분 이익잉여금 이익잉여금 처분 적립금 2017 12,000 12,434

• 18,990 12,000 2018 50,000 52,332

• 76,176 50,000 2019 50,000 56,390

• 85,290 50,000 2020 40,000 51,364

• 77,513 40,000 2021 70,000 80,207

• 97,314 70,000 3) 대법원 판결 및 심판례에서도 준비금 규정의 입법 취지에 비추어 처분청의 경정으로 인해 증액된 소득에 대해 준비금을 추가로 인정하는 것은 과세 형평성 유지를 어렵게 하는 것으로 보아 이를 인정하지 않고 있다.

• 가) 대법원 판결에 따르면 ‘법인이 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 손금으로 계상한 준비금 상당액 전액을 적립할 수 없는 때에는 당해 사업연도의 이후에 추가로 적립할 것을 조건으로 손금산입을 허용하되, 만일 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생 하였 음에도 이를 적립하지 않는 때에는 그 한도 내에서 손금산입을 부인하는 것으로 해석함이 상당하다.’라고 판시하고 있고(대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결 참조),
• 나) 또한 심판례 에 따르면, ‘매출누락 등에 따라 처분청의 경정으로 인한 증액된 소득에 대하여도 준비금(손금)으로 추가 인정하게 된 다면 정상적으로 신고‧납부 하는 납세자와의 형평성을 유지하기 어려워 준비금 제도가 유명무실하게 운영될 것으로 보이고, 그 입법 취지와도 부 합하지 않는 것으로 보인 점 등에 비추어 처분청의 경정된 소득에 대하여 고유목적사업준비금(손금) 으로 추가 인정되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.’라고 결정한 바 있다(조심 2021.6.14. 2019부4287 참조). 다) 또 다른 심판례 에 의하면 ‘주주총회에서 이익잉여금처분을 수정결의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 적립금을 추가 계상하였다면 고유목적사업 준비금 적립한 것으로 보아 손금산입하는 것이 입법 취지에 부 합하는 것이나, 청구법인은 처분청의 경정청구 거부처분 이후에 청구법인의 주주총회를 대신하는 이사회의 결의 없이 신고조정만으로 고유목적사업준 비금을 추가로 적립하였는바, 청구법인의 경우는 특례규정의 입법취지에 부합하지 아니하는 것’으로 결정하였다(조심 2021.11.29. 2021전2633 참조). 라) 상기 판례와 심판례는 결국 이익처분 시 적립을 전제로 하여 고유목적 사업준비금을 손금으로 인정할 수 있음을 명시한 것으로, 이 건 과세 처분에 따라 고유목적사업준비금을 추가로 인정하여야 한다는 청구법인 주장은 받아들일 수 없다. 다. 결론 상기와 같이 공통손금 안분계산 시 쟁점사업비 중 간접사업비를 기타의 사업 부문 개별손금액에서 제외할 이유는 없는 것이고, 고유목적사업 준비금 한도액이 증가하였다는 사실만으로 준비금을 설정한 것으로 볼 수는 없다. 따라서 조사청 당초 처분은 정당하며 청구법인의 주장은 이유 없으므로, 이 건 과세전적부심사청구를 불채택하여야 한다.

• 가. 쟁점

1. 쟁점①: 쟁점사업비 중 간접사업비는 직접사업비와 마찬가지로 청구법인의 고유의 사업인 기타의 사업(비수익 사업)에 포함되지 아니하기에 기타의 사업의 개별손금에 포함되지 않는다는 청구주장의 당부

2. 쟁점②: 세무조사에 의하여 사업연도의 소득금액이 증가하였기에 손금 산입 한도액의 범위내에서 고유목적사업준비금을 설정한 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 1) 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 소득세법 제16조제1항 에 따른 이자소득

3. 소득세법 제17조제1항 에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 2) 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산하여 같은 조 제1항에 따른 세액공제의 대상이 되는 금액

3. 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 소득금액

③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2-1) 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

1. 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 각 사업에서 생기는 사업수입금액[기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액은 제외한다. 이하 같다]. 다만, 법 제66조제3항 단서에 따라 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 사업수입금액은 금융회사 등의 정기예금이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율(이하 "정기예금이자율"이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

11. 그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 3) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 4-1) 법인세법 시행령 제156조 【구분경리】

① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. 4-2) 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】

① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다. 4-3) 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다. 5) 보조금 관리에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "보조금"이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(국가재정법 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리ㆍ운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인ㆍ단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

2. "보조사업"이란 보조금의 교부 대상이 되는 사무 또는 사업을 말한다.

3. "보조사업자"란 보조사업을 수행하는 자를 말한다.

4. "간접보조금"이란 국가 외의 자가 보조금을 재원(財源)의 전부 또는 일부로 하여 상당한 반대급부를 받지 아니하고 그 보조금의 교부 목적에 따라 다시 교부하는 급부금을 말한다.

5. "간접보조사업"이란 간접보조금의 교부 대상이 되는 사무 또는 사업을 말한다.

6. "간접보조사업자"란 간접보조사업을 수행하는 자를 말한다.

7. "중앙관서의 장"이란 국가재정법 제6조 제2항 에 따른 중앙관서의 장을 말한다.

8. "보조금수령자"란 보조사업자 또는 간접보조사업자로부터 보조금 또는 간접보조금을 지급받은 자를 말한다. 6) 보조금 관리에 관한 법률 제27조 【보조사업 또는 간접보조사업의 실적 보고】

① 보조사업자 또는 간접보조사업자는 중앙관서의 장이 정하는 바에 따라 보조사업 또는 간접보조사업을 완료하였을 때, 폐지의 승인을 받았을 때 또는 회계연도가 끝났을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 그 보조사업 또는 간접보조사업의 실적을 적은 보조사업실적보고서 또는 간접보조사업실적보고서를 작성하여 중앙관서의 장 또는 보조사업자에게 제출하여야 한다.

② 제1항의 보조사업실적보고서 또는 간접보조사업실적보고서에는 그 보조사업 또는 간접보조사업에 든 경비를 재원별로 명백히 한 정산보고서 및 중앙관서의 장이 정하는 서류를 첨부하여야 한다. 이 경우 보조사업 또는 간접보조사업에 대한 보조금 또는 간접보조금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 보조사업자 또는 간접보조사업자(보조사업자 또는 간접보조사업자가 지방자치단체인 경우는 제외한다)는 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인으로부터 정산보고서의 적정성에 대하여 검증을 받아야 한다. 7) 보조금 관리에 관한 법률 제31조 【보조금의 반환】

② 중앙관서의 장은 보조사업자에게 교부하여야 할 보조금의 금액을 제28조에 따라 확정한 경우에 이미 교부된 보조금과 이로 인하여 발생한 이자를 더한 금액이 그 확정된 금액을 초과한 경우에는 기한을 정하여 그 초과액의 반환을 명하여야 한다. 다만, 보조사업자가 지방자치단체의 장인 경우 중앙관서의 장으로부터 보조금을 지급받은 후 대통령령으로 정하는 불가피한 사유로 발생한 이자는 그러하지 아니하다.

④ 제2항에도 불구하고 지방자치단체의 장은 해당 보조사업의 원래 목적을 달성하고, 자체 노력으로 예산을 절감한 경우에는 그 초과액을 반환하지 아니하고 해당 보조사업의 목적과 유사한 사업(신규사업 등 대통령령으로 정하는 사업은 제외한다)에 사용할 수 있다. 이 경우 지방자치단체의 장은 반환하지 아니한 초과액의 사용명세서(과목별로 금액 및 구체적 이유 등을 포함하여야 한다)를 초과액을 사용한 날부터 1개월 이내에 해당 중앙관서의 장에게 통보하여야 한다.

8. 산업집적활성화 및 공장설립에 관 법률 제45조의17 【한국산업단지공단의 설립 등】

① 산업단지의 개발 및 관리와 기업체의 산업활동 지원과 산학협력 촉진을 위하여 한국산업단지공단을 설립한다.

② 공단은 법인으로 하고, 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

③ 공단이 아닌 자는 한국산업단지공단 또는 이와 유사한 명칭을 사용하지 못한다.

④ 공단은 제45조의21에 따른 사업을 추진하기 위하여 필요한 자금을 다음 각 호의 재원으로 조달한다.

1. 국가 또는 지방자치단체의 출연금 및 보조금

2. 제45조의21에 따른 사업의 수익금

3. 제45조의22에 따른 차입금

4. 제45조의27에 따른 채권의 발행으로 조성한 자금

⑤ 제4항 제1호에 따른 출연금의 사용 및 관리 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 9) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제45조의21 【사업】

① 공단은 제45조의17 제1항의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 제2조 제15호에 따른 산업단지의 관리

2. 산업단지의 개발, 조성, 분양, 임대 및 매각에 관한 사업

3. 공장ㆍ지식산업센터 및 지원시설ㆍ산업집적기반시설의 설치ㆍ운영과 분양ㆍ임대 및 매각에 관한 사업(제39조제1항에 따라 양도받은 산업용지 또는 공장등을 매각하는 사업을 포함한다)

4. 입주기업체의 노사협력 증진 및 인력수급에 관한 사업

5. 입주기업체 근로자의 후생복지ㆍ교육사업 및 주택건설사업 5의2. 입주기업체 근로자의 자녀들을 위한 보육시설의 운영에 관한 사업 5의3. 산업단지 입주기업의 산업기술혁신에 필요한 현장전문인력 양성과 산학협력, 근로자의 재교육 등을 위한 사립학교법에 따른 학교의 설립ㆍ운영 지원

6. 입주기업체의 생산성 향상 및 수출 촉진을 위한 사업

8. 공장의 이전ㆍ집단화를 위한 사업

9. 공장설립 및 산업단지와 관련한 정보의 수집ㆍ보급 및 조사ㆍ연구

11의2. 산업단지의 안전관리 및 안전교육에 관한 사업 11의3. 스마트그린산업단지 관리 및 스마트그린산업단지 촉진사업 지원에 관한 업무

12. 입주기업체를 지원하기 위한 사업으로서 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업 10) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제45조의26 【출연 및 보조금】 국가 또는 지방자치단체는 공단의 운영 및 사업에 필요한 경비에 충당하기 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 공단에 출연하거나 보조할 수 있다. 10-1) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제58조의18【출연금의 지급 및 관리】

① 공단이 법 제45조의26에 따라 출연금을 지급받은 경우에는 별도의 계정을 설정하여 관리해야 하며, 법 제45조의21 제1항 각 호의 사업의 용도로만 사용해야 한다.

② 국가 또는 지방자치단체는 출연금을 지급받은 공단이 제1항에 따른 용도 외의 목적으로 이를 사용한 경우에는 용도 외의 목적으로 사용한 출연금의 전부를 회수할 수 있다. <쟁점② 관련> 11) 법인세법 제29조 【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】 (2021.12.21. 법률 제18590호로 일부 개정된 것)

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

• 가. 소득세법 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액
• 나. 소득세법 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.
• 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

국세기본법 제13조제3항 에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

5. 삭제 <2018.12.24>

⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다.

⑦ 제5항 제4호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다.

⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.

⑨ 제1항을 적용하려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치ㆍ보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 11-1) 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑤ 법 제29조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리 내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조 제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.

• 다. 사실관계

1. 구분경리 청구법인은 수익사업과 기타의 사업을 구분경리 하였으며 구분경리한 손익 계산서 주요 내용은 아래와 같다. <구분경리한 손익계산서 - 요약> (단위: 백만원) 귀속 항목 전체손익계산서 수익사업 기타의 사업 2018 매출액 475,207 415,038 60,168 매출원가 357,629 297,000 60,628 사업비(판관비) 64,808 47,148 17,660 영업외수익 86,917 36,233 50,683 영업외비용 75,907 25,703 50,203 당기순이익 57,439 75,079 -17,639 귀속 항목 전체손익계산서 수익사업 기타의 사업 2019 매출액 459,788 391,128 68,660 매출원가 325,999 256,835 69,164 사업비(판관비) 71,829 48,635 23,193 영업외수익 223,320 26,166 197,153 영업외비용 218,063 20,143 197,919 당기순이익 57,942 82,406 -24,463 2020 매출액 513,871 357,570 153,300 매출원가 404,637 248,165 156,472 사업비(판관비) 74,192 50,698 23,493 영업외수익 200,934 28,850 172,083 영업외비용 182,998 9,659 173,339 당기순이익 46,265 71,186 -24,920 2021 매출액 483,157 274,039 209,117 매출원가 394,702 185,341 209,360 사업비(판관비) 77,168 55,013 22,155 영업외수익 256,919 81,638 175,280 영업외비용 194,322 18,502 175,819 당기순이익 68,570 91,507 -22,937

2. 손익계산서 ‘기타의 사업’ 구분 가) 청구법인의 ‘기타의 사업’ 은 산업단지 구축, 산업단지구조 고도화사업, 산업집적지경쟁령강화사업 및 스마트그린 산업단지 추진 등 정부 보조금으로 추진하는 사업으로, 나) 청구법인은 정부 등으로부터 위탁받은 사업이 계속 진행될 것으로 예측 되면 ‘지원금 사업’ 으로 분류하고 단발적인 사업으로 예측되면 ‘보조금 사업’ 으로 구분하였다. (1) 손익계산서상 매출액 및 매출원가는 ‘지원금 사업’과 관련된 내용을 기재 하였고, 영업외수익 및 영업외비용은 ‘보조금 사업’과 관련된 내용을 기재 하였다.

(2) 사업비(판관비)는 청구법인이 기타의 사업 부문에 종사하는 직원들에게 지급한 인건비와 복리후생비 등으로 확인되며, 국가 등으로부터 수령한 보조금으로 인건비 등을 지급할 수 없어 청구법인이 자체적으로 지급하였다. * 국가 등으로부터 수령한 보조금으로 지급할 수 있는 것은 기타의 사업 수행과 관련하여 채용한 계약직 직원 등에 한함

(3) 따라서 사업비(판관비) 는 고유의 수익사업과 고유의 기타의 사업에 각각 지출된 금액 및 수익사업과 기타의 사업에 공통으로 지출되는 금액으로 구성되어 있으며, 영업외비용 항목 중 기부금 및 잡손실에서 수익사업과 기타의 사업에 공통 으로 지출된 금액이 확인된다.

3. 공통으로 지출된 손금내역 수익사업과 기타의 사업에 공통으로 지출된 손금내역은 아래와 같으며 청구법인과 조사청은 이의가 없다. <공통 지출된 손금내역> (단위: 백만원) 항목 2018 2019 2020 2021 사업비(판관비) 35,399 35,065 35,572 42,407 영업외비용 237 558 670 2,582 합계 35,636 35,623 36,242 44,989 * 공통으로 지출된 손금의 구체적 내역 (단위: 백만원) 사업 연도 합계 인건비 복리 후생비 감가 상각비 제수당 제세 공과금 퇴직 충당금 수수료 기타 2018 35,636 7,363 2,050 2,467 3,941 1,387 -123 10,662 7,890 2019 35,623 5,509 1,797 2,666 2,648 2,586 1,582 10,896 7,939 2020 36,242 5,238 1,604 3,063 4,464 2,932 1,486 10,039 7,416 2021 44,989 8,212 2,111 3,550 4,379 2,685 2,173 11,906 9,973

4. 쟁점사업비 현황 가) 청구법인의 각 사업연도별 쟁점사업비(지원금 사업 및 보조금 사업) 구성 내역은 아래와 같다. <쟁점사업비 현황> (단위: 백만원) 구 분 2018 2019 2020 2021 합 계 110,961 265,934 328,613 380,067 지원금 사업 클러스터 58,815 55,391 67,482 64,143 생태단지 1,191 83 0 0 구조고도화 163 996 1,124 1,274 스마트산단 0 12,190 87,480 143,486 기업성장지원 0 0 1,266 -2,091 개성사업 588 625 519 550 보조금사업 50,204 196,649 170,742 172,705

• 나) 청구법인이 집행한 쟁점사업비 중 보조금 사업 중 하나인 ‘산업단지 중소기업 청년 교통비 지원사업’의 정산내역을 일부 발췌하면 아래와 같고, 예산 협약시에도 직접사업비와 간접사업비로 구분되어 있고 정산시에도 쟁점사업비를 직접 사업비 및 간접사업비로 구분하여 정산하였음이 확인된다. 다) 사업비 정산서의 사용명세서의 사용내역을 보면 집행금행은 아래와 같이 구분되고 간접사업비는 청구법인이 인건비, 사업계획관련 업무 협의비, 국내출장비, 쟁점사업관련 광고비 등으로 청구법인이 지출한 것으로 확인된다. <산업단지 중소기업 청년 교통비 지원사업 – 사용내역 요약> (단위: 백만원) 구분 세목 사용내역 금액 직접사업비 지원금지출 산단 청년교통비 지원사업 정산금 지급 90,928 간접사업비 인건비 계약직․정규직 급여지급, 보험료 납부 등 688 업무협의비 사업계획협의, 업무협의비 등 14 국내출장비 출장복명 8 기타운영비 네이버 광고비, 장비유지보수비용, 콜센터 운영 등 799 합계 92,439

5. 조사청의 공통손금 안분 가) 조사청은 청구법인의 쟁점사업비에 대하여 간접사업비와 직접사업비 구분하고 간접사업비에 대하여는 기타의 사업의 개별손금에 포함하여 공통손금액 에 대한 손금불산입 산정을 하였다. <조사청이 쟁점사업비를 직·간접사업비로 구분한 내역> (단위: 백만원) 사업 구분 사업비 2018 2019 2020 2021 쟁점사업비

① +② 110,961 265,934 328,613 380,067 지원금 사업

① 합 계 60,757 69,285 157,871 207,362 직접사업비 51,738 57,774 146,145 194,071 간접사업비 9,019 11,511 11,726 13,291 보조금 사업

② 합 계 50,204 196,649 170,742 172,705 직접사업비 44,183 185,635 163,080 164,691 간접사업비 6,021 11,014 7,662 8,014 <조사청의 공통손금 안분> (단위: 백만원) 사업 연도 공통 손금액

① 수익사업 개별손금액

② 기타사업 개별손금액③ 손금 불산입

① *③/(②+③) 청구법인 개별손금 (㉠) 간접사업비 (㉡) 합계 (㉠+㉡) 2018 35,636 308,025 128,542 15,040 32,621 3,412 2019 35,623 260,589 290,332 22,525 47,098 5,452 2020 36,242 248,880 353,368 19,387 44,143 5,459 2021 44,989 187,026 407,361 21,304 48,599 9,279 나) 청 구법인과 조사청의 공통손금에 대한 안분계산하여 손금불산입한 차액은 아래와 같다 <청구법인과 조사청의 공통손금에 대한 손금불산입 차액> (단위: 백만원) 귀속 청구법인 조사청 차액 2018 1,924 3,412 1,488 2019 3,069 5,452 2,383 2020 3,278 5,459 2,181 2021 5,279 9,279 3,549

6. 고유목적사업 준비금 신고 현황 가) 청구법인은 외부감사대상 법인으로 고유목적사업준비금을 이익잉여금처분에 의하여 설정하였으며, 청구법인이 신고한 고유목적사업준비금 신고현황은 아래와 같다. < 청구법인 고유목적사업준비금 설정내역 > (단위: 백만원) 사업 연도 당기계상 준비금 손금산입 한도액 한도초과 손금부인액 미처분 이익잉여금 이익잉여금 처분 적립금 2018 50,000 52,332

• 76,176 50,000 2019 50,000 56,390

• 85,290 50,000 2020 40,000 51,364

• 77,513 40,000 2021 70,000 80,207

• 97,314 70,000

• 나) 상기 고유목적사업준비금 설정내역을 보면 청구법인이 이익잉여금 처분에 의하여 당기 계산 고유목적사업준비금은 손금산입 한도내에서 설정하였으며 한도 초과로 손금부인된 내역은 없다.
• 라. 판단

1. 쟁점①에 대하여

• 가) 관련법리 (1) 법인세법제15조 제1항은 ‘익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생 하는 이익 또는 수입[이하 “수익(收益)”이라 한다]의 금액으로 한다’라고 규정하고 있고, 동법 시행령 제11조 제5항에서는 ‘무상으로 받은 자산의 가액’, 제11호에서는 ‘그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액’을 수익의 범위에 포함하고 있다.

(2) 법인세법제19조 제1항은 ‘ 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다’라고 규정하고 있고, 제2항은 ‘손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’라고 규정하고 있다. (3) 법인세법 제113조 제1항 에 ‘비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다’고 규정하고 있고, 동법 시행규칙 제76조 제6항 제3호에 의하면 ‘비영리법인이 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분 경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별손금액에 비례하여 안분 계산한다’라고 규정되어 있다.

• 나) 청구법인의 주장에 대한 판단

(1) 청구법인은 간접사업비도 청구법인의 고유의 사업인 기타의 사업(비 수익 사업)에 포함되지 아니하기에 기타의 사업 개별손금에 포함되지 않는다고 청구법인은 주장하나 다음과 같은 이유에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (가) 최근 서울행정법원 판례에 따르면 ‘서울특별시로부터 포괄적으로 위탁받은 이 사건 용역을 자신의 계산과 책임으로 수행하였다고 할 것인바, 그로 인한 수익금 역시 모두 원고에게 귀속되었다고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 서울특별시에 이 사건 용역을 제공하고 지급받은 사업비를 원고의 법인세 과세표준에 포함한 이사건 처분에는 위법이 없고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다’라고 판시하였는바(서울행정법원 2022.1.13. 선고 2018구합55005 판결 참조), 간접사업비도 청구법인의 고유의 사업인 기타의 사업(비수익 사업)에 포함되어야 한 것으로 보이며, (나) 비영리법인의 수익사업과 기타사업의 공통손금을 안분계산시 개별 손금액의 정의와 관련하여 법인세법 시행규칙 제25조 제1항 제3호 에서 규정 하는 개별손금액이라함은 ‘매출원가와 판매관리비 및 영업외 비용 등 모든 개 별손금의 합계액을 말하는 것이다’(질의회신 법인22601-798, 1988.3.21.). (다) ‘ 수익사업과 국가로부터의 위탁받은 사업을 영위하는 비영리내국법인이 공통손금을 ｢법인세법 시행규칙｣ 제76조 제6항 제3호 에 따라 수익사업 과 수익사업이 아닌 그밖의 사업(기타사업)의 개별손금액에 비례하여 안분계산 하는 경우, 해당 비영리내국법인의 자산·부채 및 손익을 수익사업에 속하는 것과 기타사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 경리함에 따라 해당 기타사업의 목적에 부합하게 지출하고 계상한 비용(간접사업비)은 기타사업의 개별손금액에 해당하는 것이다’(기준-2023-법무법인-0042, 2023.5.31.).

(2) 따라서 쟁점사업비 중 간접사업비는 청구법인의 고유의 사업인 기타의 사업(비수익 사업)에 포함되기에 공통손금 안분계산시 기타의 사업의 개별손금액에 포함하여 공통손금을 산정한 조사청의 조사결과 통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

2. 쟁점②에 대하여

• 가) 관련법리 (1) 법인세법 제29조 제1항 에 ‘비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 일정한 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다’라고 규정하고 있고, 제2항에서는 ‘제1항을 적용함에 있어 외부감사대상 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다’고 규정하고 있다.
• 나) 청구법인의 주장에 대한 판단

(1) 청구법인은 세무조사에 의하여 사업연도 소득금액이 증가하였기에 손금산입 한도액의 범위내에서 고유목적사업준비금을 설정한 것으로 보아야 한다고 주장하나,

(2) ‘비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출 하기 위하여 고유목적사업준비금을 설정하여 이를 손금으로 계상하는 경우에는 일 정한 범위 내의 금액을 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 미리 손금 으로 인정하되, 이 때 고유목적사업에 대한 지출 그 자체를 손금으로 인정하는 것이 아니라 그 재원이 되는 고유목적사업준비금의 설정을 일정한 한도의 범위 내에서 손금으로 인정하는 것이므로, 비영리내국법인이 아무리 고유목적사업 등에 금원을 지출하더라도 그 금원을 고유목적사업준비금으로 설정하지 않았다면 곧바로 손금에 산입할 수는 없는 바’(서울고등법원 2013.7.5. 선고 2013누10399 판결 참조), 청구법인이 적립하지 아니한 고유목적사업준비금을 설정한 것으로 보아 손금에 산입할 수 없다고 판단된다.

(3) 따라서 청구법인이 적립하지 않은 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없다는 조사청의 조사결과 통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어국세기본법제81조의15 제5항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.