쟁점거래에 기초한 사외유출금액을 유보처분 대상으로 볼 수 있는지 여부

이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.

• 가. 사실관계

1. 청구법인은 1996.8.29. 일반토목공사 및 건축공사 등을 목적으로 설립된 회사로, ○○○(이하 “대표자”라고 한다)은 2000.3.21.부터 대표이사로 재직 중이다.

2. 청구법인은 2018.12.13. 대표자로부터 아래 표와 같은 특허권을 2,200백만원, 상표권 및 디자인권을 1,525백만원, 총 3,725백만원(이하 “쟁점무형자산”이라 한다)에 양수하기로 하는 특허권 등 양도계약(이하󰡒쟁점거래”라 한다)을 체결하면서, < 쟁점무형자산 양도계약 개요> (단위: 백만 원) 구분 출원자 (개발자) 지분율 특허출원일 감정평가 기준일 감정평가 작성일 평가액 양도일 특허등기 이전일 특허등록일 특허권

○○○ △△△ 80% 20% ’18.8.23. ’18.12.16. ’18.12.20. 1,525 ’18.12.13. ’20.6.17. ’18.12.13. 상표권

○○○ △△△ 50% 50% ’18.8.23. ’18.12.16. ’18.12.20. 2,200 ’18.12.13. ’20.6.17. ’18.12.13. ○○○(대표자의) 모친 2018.12.31. 총 양수대금 3,725백만원 중 특허권 양도에 대한 소득구분을 기타소득으로 하여 원천징수세액 246백만원과 대표자미지급금 171백만원을 제외한 3,308백만원을 대표자에 대한 가지급금과 상계하고, 특허권 등을 무형자산으로 하여 2018 및 2019 사업연도에 감가상각비 합계 668,849,999원을 비용으로 계상하는 회계처리를 하였다. 3) 이후, 청구법인은 2019.3 9.과 2020.2.28. 2회에 걸친 주주총회에서 쟁점계약 해제를 결의 하였다. (사유) 2018결산보고서 승인 과정에서, 쟁점거래가 사전 논의 없이 이루어졌고, 양수금액이 과중하므로 쟁점거래를 2019.12.31.까지 파기할 것을 조건부 승인 < 쟁점 무형자산 계약·계약해제 일정 정리 > 계약일 가지급금 상계일 주총 계약해제 결의일 가지급금 복구일 1차 2차

1. (2021 사업연도 결산시) 4) 한편, 2020.7.3. 2019 사업연도 법인세 신고 사후검증 과정에 서 2019 사 업연도 쟁점 무형자산 계상액이 부적정 하다는 “해명자료 안내문”이 통지되어 2020.7.6. 청구법인은 이를 수령하였 고, 이후 해명자료를 제출하였다. (문제점) 법인 소유 특허권 등을 대표이사의 개인명의로 출원하여 양도거래로서 사외유출

5. 이후, 청구법인은 2021.12.9. 2018사업연도 법인세 수정신고 를 하였고, 2018 및 2019 사업연도 귀속 당해 특허권 및 상표권 등의 감가상각비 합 계 668,849,999원 계상분에 대하여는 반대 세무조정으로 수정신고하였다. [손금산입] 특허권 2,200백만원(△유보), 상표권 및 디자인권 1,525원(△유보), [익금산입] 가지급금 3,308백만원(유보), 미지급금 171백만원(유보), 기타소득세 246백만원(유보), 가지급금 인정이자 17백만원(상여).

6. 또한, 청구법인은 2021 사업연도 결산 시 2021.1.1.자로 재무상태표에 쟁 점무형자산을 제각하고 대표자에 대한 가지급금을 쟁점무형자산 양도계약 전으로 복구하였다.

• 나. 처분 개요

1. 조사청은 2023.2.28. 서면확인 결과, 쟁점 무형자산의 실질적 소유권이 청구법인에게 있음에도 대표자 가지급금을 상계처리하기 위하여 가공자산을 계상한 것으로 판단하였다.

2. 또한, 조사청은 청구법인이 비록 주주총회 결의 등을 통해 쟁점거래를 자진하여 시정한 후 가공자산을 제각하고 법인세를 수정신고 한 바 있으나, 이는 조사청으로부터 과세자료 해명안내문 통지가 있고 나서 행해진 것으로서 ‘사내유보’ 소득처분을 할 수 없는 경우에 해당한다고 보았다.

3. 이에 청구법인이 유보 소득처분한 대표자 가지급금 3,308백만원과 기타소득세 246백만원을 대표자 상여처분으로로 변경하고, 가지급금 인정이자 17백만원은 상여처분 감액 처리하여, 2023.3.10. 청구법인에 총 3,537,212,824원의 소득금액변동통지를 하였다.

4. 그러나 청구법인은 2023.4.10.까지 원천세를 신고하지 않은바, 조사청은 2018 사업연도 귀속 인정상여 금액 3,537,212,824원에 대한 근로소득세 1,261,385,647원을 2023.4.19. 과세예고통지(이하󰡒쟁점통지”라 한다)하였다.

5. 청구인은 이에 불복하여 2023.5.18. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점거래는 상법상 절차를 위반하였고, 주주총회를 통하여 해제 결의된 ‘확정적 무효’거래에 해당하므로, 소득처분의 대상이 존재하지 않는다.

1. 2차례의 쟁점 계약해제는 과세자료 해명안내문 발송 전에 행해짐 가) 2019.3.9.과 2020.2.28. 2차례에 걸친 청구법인의 주주총회에서 계약해제를 결의하여 쟁점 무형자산의 양도계약의 효력이 없어짐에 따라, 당초 쟁점무형자산 양도가액과 대표자 가지급금을 상계 처리한 것을 2021.1.1.자로 청구법인이 원상복구시켰으므로 처분할 대상이 없다. [ 쟁점 무형자산 계약 및 진행경과(표 생략)] 2) 쟁점거래는 상법상 위법·무효의 거래고, 주주총회 결의를 통하여 사후추인이 명확히 부인된 ‘확정적 무효’의 거래인바, 대표자의 소득은 경 제적 이 익이 상실될 가능성이 내재된 위법소득이다.

• 가) 이사회 승인을 거치지 아니한 ‘이사의 자기거래’: 상법 제398조 에 반하여 무효 (1) 상법제398조는 이사, 주요주주 등이 자기의 계산으로 회사와 거래를 하기 위 해서는 미리 이사회에 해당 거래에 관한 중요사실을 밝히고 이사회의 승인을 받아야 한다고 정하고 있다. 이 때 이사회 승인의 요건은 이사 총원의 3분의2 이상의 수로 하도록 하여 정족수 요건을 통상적 의결사항 대비 가중하고 있으며, 구체적 거래내용 및 체결 절차도 공정하여야 할 것을 요구하고 있다. (2) 이러한 이사회 승인을 받지 아니한 이사의 자기거래에 대하여는 회사와 거래 상대방 사이에 사법상 무효라는 것이 통설 및 판례다(대법원 1994.10.11. 선고 94다24626 판결 참조). (3) 이 사건의 경우, 대표자는 이사 및 감사들에게 쟁점 무형자산의 취득에 관한 통지 혹은 논의 없이 독단적으로 쟁점거래를 체결하였으며, 청구법인의 2019.3.3.자 이사회 의사록에도 이러한 절차적 하자가 분명히 지적되어 있는바, 상법제398조의 요건을 갖추지 못한 위법한 거래로서 무효이다.
• 나) 주주총회 특별결의를 거치지 아니한 ‘중요자산의 양수도거래’: 상법 제374조 에 반하여 무효 (1) 상 법 제374조 상법 제374조 는 회사의 중요한 영업 전부 또는 일부를 양도 혹은 양수하는 거래에 대해서는 반드시 주주총회 특별결의(출석한 주주 의결권의 3분의2 이상, 발행주식총수의 3분의1 이상)를 거칠 것을 요구하고 있다. 쟁점 무형자산의 가액은 청구법인 자 산의 35% 이상에 해당할 정도로 영업의 기 초가 되는 주요자산이며, 이러한 자산의 양수에 해당하는 거래임에도 주주총회 특별결의를 거치지 않고, 대표이사 라는 우월적 지위를 이용하여 임의로 무형자산을 청구법인에 양도한 것이므로, 그 효력은 당연무효다. (2) 주주총회 특별결의를 거치지 않은 “당연무효”인 거래에 대하여 판례는 계약의 효 력 자체가 발생하지 아니한다고 판시하고 있고(대법원 1991.11.8. 선고 91다1148 판결 참조), 청구법인이 비록 “해지”와 “해제”의 용어를 혼동하였 다 하더라도, 쟁점거래는 “당연무효”로서 당초부터 소 급하여 존재하지 않았던 거래이다. 다) 청구법인에 의한 사후추인이 없을 것이 명확히 결의된 ‘확정적 무효’인 거래

(1) 확정적 무효란, 원래부터“법률행위의 효력이 발생되지 않는 것이 확정되어 있는 것”을 말하는 것으로 법률행위의 효력이 발생하지 않을 뿐만 아니라 사후에 그 거래를 추인하더라도 그 법률행위가 처음부터 유효인 것으로 취급되지 않는 거래를 의미한다.

(2) 청구법인은 2019. 3. 9.자로 “쟁점거래 해지”의 의사를 밝힌 결의를 하였는바, 이러한 결의 내용은 애당초 당연무효인 거래에 대한 해지 의사로서, 사법상 사후추인(후발적으로 해당 거래를 유효한 것으로 보겠다는 취지의 의사표시)조차 하지 않겠다는 것으로서, 해당 결의에 따라 해당 거래는 확정적 무효상태가 되었다고 볼 수 있다. 3) 위법소득인 가지급금 상계액이 법인으로 회수됨에 따라 납세의무 전제가 소 멸되었으므로, 사외유출에 따른 상여 소득처분의 대상이 될 수 없음 가) 위법소득은 내제된 경제적 이익의 상실가능성이 현실화된 이상 과세소득이 아님 (1) 대법원은 “과세소득은 경제적 측면에서 현실로 이득을 지배·관리하면서 이를 향 수하고 있어 담세력이 판단되어야 한다“고 전제하며, ”위법소득을 과세대상으로 삼는 것은, 그가 사실상 소유자나 정당한 권리자처럼 경제적 측면에서 현실로 이득을 지배·관리하고 있음에도 불구하고 이에 대하여 과세하지 않거나 그가 얻은 위법소득이 더 이상 상실될 가능성이 없을 때에 이르러야 비로소 과세할 수 있다면 이는 위법하게 소득을 얻은 자를 적법하게 소득을 얻은 자보다 우대하는 셈이 되어 조세정의나 조세공평에 반하는 측면이 있음을 고려한 것이고, 사후에 위법소득이 정당한 절차에 의하여 환수됨으로써 그 위법소득에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실가능성이 현실화된 경우에는 그때 소득이 종국적으로 실현되지 아니한 것으로 보아 이를 조정“하여야 한다는 입장이다(대법원 2015.7.16. 선고 2014두5514 전원합의체 판결 참조).

(2) 나아가, 서울고등법원은 위법소득이 정당하게 환수된 절차와 관련하여, 단순히 형사법상의 몰수·추징과 같은 강제 반환의 경우 뿐만 아니라, “국가의 몰수 추징이 이루어지지는 아니하였지만 피해자에게 자발적으로 수익이 실제로 반환된 경우“ 역시 납세의무자로부터 직접 그 이익을 반환받는 것으로서 몰수·추징과 동일하게 후발적 경정청구 사유가 인정된다는 입장이다(서울고등법원 2021.1.28. 선고 2020누38258 판결 참조). (3) 즉, 위법소득에 관한 판례 적용은 “사법상 유효”한 거래에 따라 사외유출된 소득 이 사후에 반환된 경우와는 명백히 구분된다. 처분청 의견서에서는 대법원 201 6.9.23. 선고 2016두40573 판결을 언급하고 있으나, 해당 판결은 사법상 당연무효인 거래에 따른 위법소득이 아닌, 사법상 효력 자체는 적법한 거래에 기반한 소득이 사후에 반환된 경우에 관한 판결이므로 이 사안에 적용하기 어렵다.

• 나) 이 사안의 경우 쟁점통지의 전제가 되는 가지급금 상계액은 상법상 절차적 요건에 반하여 당연무효인 쟁점거래에 따른 소득으로서 사법상 위법소득에 해당되며, 따라서 그에 따른 소득처분 역시 위법소득에 관한 법리에 따라 이루어져야 한다. 청구법인은 정당한 절차에 따라 과세예고통지 전인 2021 사업연도 결산 시, 쟁점 무형자산에 대해 계약이 해제된 사실을 반영하여 재무상태표에서 제각 처리하고 대표이사의 가지급금을 당초 금액으로 되돌려 놓았으므로, 이는 위법소득에 내재된 경제적 상실가능성이 현실화된 것이다.
• 나. 청구법인과 주주들은 해명자료 안내문을 수령하기 이전부터, 사외유출된 상계금액을 회수하기 위해 자발적으로 노력하였으므로, 유보 소득처분 대상이다. 1) 법인세법 시행령제106조 제4항 단서 조항 적용의 부적절성 가) 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서 규정은 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 이른바 “경정예지형 수정신고”의 예외적 규정으로서 그 적용 범위에 관해서는 조세법률주의에 따라 엄격하게 해석하여야 한다(윤병각, 조세법상 경정청구, 박영사, 2015, p.339). 해당 규정 단서의 법문언을 살펴보면, 각 호의 사유와 경정예견 및 익금산입의 수정신고를 병렬적으로 요건으로 규정하고 있는바, 각호의 “통지”와 “경정의 예견 및 익금산입의 수정신고” 간의 인과관계를 요구하고 있는 것으로 판단된다.
• 나) 대법원 2016.9.23. 선고 2016두40573 판결은, 법인세법 시행령 제106조 제4항 규정은 “법인이 소정의 기한 내에 자발적인 노력에 의하여 그 금액을 회수한 경우에는 그 금액이 사외유출되지 아니한 것으로 보아 원칙에 따른 소득처분을 하지 아니하도록 함으로써 해당 법인에게 자발적인 자기시정의 기회를 주되”, 예외적으로 “당 법인이 사외유출된 금액을 회수하더라도 그것이 해당 법인의 자발적인 노력에 의한 것이 아닌 경우에는 다시 원칙으로 돌아가 소득처분을 하도록 한 것이 같은 항 단서 규정”이라고 규정의 취지를 설명하고 있다.
• 다) 따라서, 해당 단서규정은 단순히 과세자료 통지와 수정신고 간의 ‘시간적 선후’에 따라 소득처분 여부를 달리 보겠다는 것이 아니라, 실제 과세자료 해명안내문 통지로 ‘말미암아’ 과세관청의 경정처분을 예견한 후에 (자발적 회수노력 없이) 이루어진 수정신고인 경우 적용되는 규정일 뿐이다. 만일 그렇지 않다면, ① 정당한 절차에 따라 자발적 회수절차를 진행 중이던 법인에게도 불의의 과세처분이 내려질 수 있어 당초 규정의 입법취지에 반할 뿐더러, ② 나아가 계약해제, 주주총회 결의 등 정당한 회수절차를 진행함에 있어 필연적으로 일정기간 시간이 소요되는 경우에도 과세관청의 통지 시기에 따라 임의로 소득처분이 달라지게 되어 자발적인 자기시정의 기회를 불합리하게 제한하는 상황이 발생한다. 2) 과세자료 해명안내문 수령 전, 청구법인의 자발적 쟁점 상계액 회수 노력
• 가) 청 구법인은 2019.3.9. 2018사업연도 결산보고서 승인 관련 주주총회 이후, 2 019.4.3. 상법을 위반한 당초 거래에 대해 계약해제를 이행할 것을 내용증명으로 대표자에게 보냈음에도, 대표자가 계약을 해제하 지 않 자 2020.2.28. 주주총회에서 재차 계 약을 소급하여 해제한다는 결의를 하는 등 과세 자료 해명안내문 송부와 무관하게 이미 자발적인 회수절차를 진행 중이어서 익금산입의 수정신고를 할 것이 명백히 예정된 상황이었다. 나) 2020.7.6. 과세 자료 해명안내문 통지가 있은 후에도 청구법인의 주주(☆☆☆)는 2021.4.3. 대표이사가 계약해제를 이행하지 않자, 이를 최고하는 글을 내용증명으로 발송하는 등 가지급금 상계 금액 회수를 위한 노력을 지속하였다. 다) 이러한 노력 끝에, 청구법인 대표자는 2021사업연도 결산 시 쟁점 무형 자산의 거래가 취소된 사실을 반영하여 2018 내지 2021 사업연도 재무상태표상 쟁점 무형자산을 제각하고 가지급금을 당초 금액으로 돌려놓은 것이다. 3) 조사청의 해명자료 결과처리 지연 경위
• 가) 조사청이 청구법인에 발송한 ‘ 과세 자료 해명안내문 ’에는 “그 결과를 처 리기한일인 2020.9.3. 이후 7일 이내 발송해 드립니다”라고 기재되어 있으나, 청구법인에게 해당 기간 내에 그 결과를 통지한 바 없고, 2023.3.10.이 되어서야 소득금액변동 통지를, 2023.4.19.에야 쟁점통지를 하였다.
• 나) 또한 청구법인은 쟁점 무형자산에 대한 계약이 해제에 근거하여 2021.12.10. 법인세 수정신고 및 쟁점 무형자산 양도에 대해 기타소득으로 신고납부한 원천 세를 환급해 달라는 경정청구를 한 바 있으나, 조사청의 구두 경정청구 철회요청에 수정신고 및 경정청구를 철회하였다.

• 가. 과세자료 해명안내문 수령 전 주주총회에서 계약해지를 하였으나, 유효한 계약을 장래에 향하여 실효시키는 것일 뿐이고, 실제 가지급금 상계액이 반환된 것은 안내문 수령 이후이므로 납세의무가 있다.

1. 사외유출된 금액의 사후 환원은 기 성립한 소득세 납세의무에 영향을 미치지 않음 가) 청 구법인은 계약해제를 결의하여 계약의 효력이 없고 회계처리를 당초로 돌려놓았 기 때문에 처분할 대상이 없다고 주장하나, 본래 사외유출되어 당해 법인의 대표자 등에게 귀속된 금액에 관하여 일단 소득세 납세의무가 성립하면 사후에 그 금액이 당해 법인에 환 원되었다 하더라도 이미 성립한 소득세 납세의무에 영향을 미칠 수 없다(대법원 2001.9.14. 선고 99두3324 판결 등 참조)는 것이 대법원의 일관된 판결이다다. 나) 특히, 이 건 과세전적부심사 청구서에서는 ‘계약해제’라는 용어를 사용하 고 있으나, 청구법인의 의사회회의록이나 주주총결의 및 계약 해지요청서 등을 보 면 ‘계약해지’라는 용어를 사용하고 있는바, ‘계약해지’는 ‘계약해제’와는 달리 소급효는 없고 계속적인 계약을 장래에 향하여 실효시키는 것을 의미한다. 다) 또한, 청 구법인이 들고 있는 대법원 2015.7.16. 선고 2014두5514 전원합 의체 판결은 후발적 경정사유에 관한 것으로 이 사건과 사안이 다르므로 당해 사 건에 원용하기 적절하지 않다.

2. 쟁점거래는 당연무효이 거래가 아닌 유효한 거래임 가) 청구법인은 쟁점거래 계약이 상법제374조를 위반하였으므로 당연 무효라고 주장하나, 청구법인 및 주주가 관련 거래에 대한 취소소송 등을 기한 내에 제기하지 않은 것으로 미루어 볼 때, 쟁점거래 계약을 당연무효로 볼 수는 없다. 나) 쟁점 거래는 당연무효인 거래가 아닌 유효한 거래로 판단되며, 그 계약에 대하 여 주주총회 결의 및 2019.4.3.자 계약해지요청에 따라 주주총회에서 정한 기 한인 2019.12.31. 기준으로 회수하여 법인세를 수정신고 할 수 있었음에도 청 구법인은 2020.7.6. 과세 자료 해명안내문 통지가 있기 전 까지 법인세 수정신 고 를 하지 않았 는바, 상여 소득처분의 대상이 된다.

• 나. 2019.12.31. 이후 즉시 수정신고가 가능했음에도 실제 가지급금 상계액을 반환하는 수정신고가 행하여진 것은 과세 자료 해명안내문 을 수령한 다 음이다.

1. 가지급금 상계액 반환시기는 과세 자료 해명안내문 통지 이후임 청 구법인은 계약해제 후 사외유출된 금액을 회수하였다고 주장하지만, 조사청에서 해명자료 안내문을 발송할 때까지 반환 한 내역이 확인되지 않는다.

2. 사내유보 소득처분이 가능한 경우

• 가) 법인세법 시행령 제106조 제4항에 따르면, 내국법인이 국세기본법 제45조의 수정신고 기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다.
• 나) 이 법에 따라 소득처분을 유보로 할 수 있는 경우는 유출된 금액이 회 수되어야 하는 것이며, 청구법인은 소명자료 안내문을 받기까지 유 출된 금액을 회수할 수 있었음에도 그렇게 하지 않은 경우에 해당하나, 해 당 하지만, 법인 세법 시행령 제106조 제4항 본문에 의거 소득처분을 유보로 하여 수정 신고하였다.
• 다) 이에, 조 사청은 해명자료 안내 이후에 법인세를 수정신고한 것이 확인되 므로 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서, 같은 항 제4호가 적용 될 사항 으로 판단하여 소득처분을 상여로 변경하여 소득금액 변동통지를 하고 법인원천세 무신고에 대하여 과세예고를 한 것이다.

• 가. 쟁점 과세자료 해명안내문 수령 전, 무효인 쟁점거래에 기초한 사외유출 금액을 자발적으로 회수하는 중이었으므로 유보처분 대상이라는 주장의 당부
• 나. 관련 법령 1) 법인세법 제67조【소득처분】 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 1-1) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우

3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우

5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우 2) 국세기본법 제45조【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조 제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조 의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항부터 제4항까지의 규 정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무 조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다) 3) 상법 제374조【영업양도, 양수, 임대등】

① 회사가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 할 때에는 제434조에 따른 결의가 있어야 한다.

1. 영업의 전부 또는 중요한 일부의 양도

2. 영업 전부의 임대 또는 경영위임, 타인과 영업의 손익 전부를 같이 하는 계약, 그 밖에 이에 준하는 계약의 체결ㆍ변경 또는 해약

3. 회사의 영업에 중대한 영향을 미치는 다른 회사의 영업 전부 또는 일부 의 양수

② 제1항의 행위에 관한 주주총회의 소집의 통지를 하는 때에는 제374조의2제1항 및 제2항의 규정에 의한 주식매수청구권의 내용 및 행사방법을 명시하여야 한다. 3-1) 상법 제434조【정관변경의 특별결의】 제433조제1항의 결의는 출석한 주주의 의결권의 3분의 2 이상의 수와 발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로써 하여야 한다. 4) 상법 제398조【이사 등과 회사 간의 거래】 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 자기 또는 제3자의 계산으로 회사와 거래를 하기 위하여는 미리 이사회에서 해당 거래에 관한 중요사실을 밝히고 이사회의 승인을 받아야 한다. 이 경우 이사회의 승인은 이사 3분의 2 이상의 수로써 하여야 하고, 그 거래의 내용과 절차는 공정하여야 한다.

1. 이사 또는 제542조의8제2항제6호에 따른 주요주주

2. 제1호의 자의 배우자 및 직계존비속

3. 제1호의 자의 배우자의 직계존비속

4. 제1호부터 제3호까지의 자가 단독 또는 공동으로 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 50 이상을 가진 회사 및 그 자회사

5. 제1호부터 제3호까지의 자가 제4호의 회사와 합하여 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 50 이상을 가진 회사 5) 민법 제543조 【해지, 해제권】 계약 또는 법률의 규정에 의하여 당사자의 일방이나 쌍방이 해지 또는 해제의 권리가 있는 때에는 그 해지 또는 해제는 상대방에 대한 의사표시로 한다. 6) 민법 제548조 【해제의 효과, 원상회복의무】 당 사자 일방이 계약을 해제한 때에는 각 당사자는 그 상대방에 대하여 원상회복의 의무가 있다. 그러나 제삼자의 권리를 해하지 못한다. 7) 민법 제550조 【해지의 효과】 당사자 일방이 계약을 해지한 때에는 계약은 장래에 대하여 그 효력을 잃는다. 8) 소득세법 제20조 【근로소득】

① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여

2. 법인의 주주총회·사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득

3. 법인세법에 따라 상여로 처분된 금액 9) 소득세법 제127조 【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지 급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

4. 근로소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다. 9-1) 소득세법 제128조 【원천징수세액의 납부】

① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일 까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 9-2) 소득세법 제130조 【이자소득 또는 배당소득에 대한 원천징수시기 및 방법】 원천 징수의무자가 이자소득 또는 배당소득을 지급할 때에는 그 지급금액에 원천징 수세율을 적용하여 계산한 소득세를 원천징수한다. 9-3) 소득세법 시행령 제49조【근로소득의 수입시기】

① 근로소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

3. 해당 사업연도의 소득금액을 법인이 신고하거나 세무서장이 결정ㆍ경정함에 따라 발생한 그 법인의 임원 또는 주주ㆍ사원, 그 밖의 출자자에 대한 상여 해당 사업연도 중의 근로를 제공한 날. 이 경우 월평균금액을 계산한 것이 2년도에 걸친 때에는 각각 해당 사업연도 중 근로를 제공한 날로 한다.

• 다. 사실관계

1. 다툼이 없는 사실관계 가) 일자별 요약표 <쟁점 무형자산 계약 및 진행 경과> 일자 내 용 증 빙 18.12.13. 쟁점 무형자산 양수도 계약 및 양도가액 사외유출 계약서 및 회계전표 대금지급 합의서 19.3.3. 이사회 회의: 주주총회로 쟁점 계약 승인 결정하기로 함 이사회의사록 19.3.9. 주주총회: 2019.12.31.까지 계약 파기하기로 결정 주주총회의사록 19.4.3. 대표자에게 계약해지 요청서 발송 계약해지서 19.12.31. 계약 파기 미이행

• 20.2.28. 임시주주총회: 2020.3.31.까지 이행 촉구 결의 주주총회의사록 20.3.31. 계약 파기 미이행

• 20.7.6. 과세자료 해명안내문 통지 해명안내문 21.1.26. 대표자가 계약 파기 이행기한 연장 요청 주주총회의사록 21.4.3. 계약해지요청(최고장) 최고장 21.12.9. 법인세 수정신고(소득처분: 유보) 수정신고서 23.3.10. 조사청 소득금액변동통지(소득처분: 상여) 소득변동통지서

• 나) 청구법인 기본사항 (1) 법인 등기사항증명에 따르면, 청구법인은 19.*.. 개업한 토목공사업, 건 축 공사업을 영위하는 법인으로, 현재 대표자는 ○○○이다. 2018사업연도 말 기준 총발행주식은 12만주(액면가액 10,000원)이고, ○○○의 지분율은 74.95%, ☆☆☆(10.25%), ◇◇◇(5.01%), ◆◆◆(5.01%), ▽▽▽(4,78%)이다.

(2) (주주현황) 2019사업연도부터 2021사업연도에 위 주주 외에, 대표자의 배 우자(일시적) 와 모 친(△△△) 이 주주로 추가된 사실은 있으나, 위 주주들은 계 속하여 청구 법인의 주주였고 유상증자로 지분율의 일부 변동이 있었다. 2021년사업연도 말 기준, 청구법인의 총발행주식은 149,027주(액면가액 10,000원)이고, 지분율은 ○○○(74.64%), ☆☆☆(8.26%), △△△ (5.18%), ◆◆◆(4.03%), ◇◇◇(4.03%), ▽▽▽(3.84%) 순이다. (3) 국세청 전산시스 템에서 확인되는 청구법인의 법인세 신고내용 청구법인은 2021.12.9.에 2021.1.1.자로 2018 내지 2020 사업연도 법인세 수정신고를 하였고, 국세청 전산시스템으로 확인되는 청구법인의 법인세 신고내역은 다음과 같다. (표 생략) 청구법인은 수정신고 시 당초 상계처리한 가지급금 등에 대한 회계처리를 부인하면서 유보 소득처분하였고, 2018～2020 사업연도 가지급금 인정이자를 익금산입하였다. ※ [손금산입] 특허권 2,200백만원(△유보), 상표권 및 디자인권 1,525원(△유보), [익금산입] 가지급금 3,308백만원(유보), 미지급금 171백만원(유보), 기타소득세 246백만원(유보), 가지급금 인정이자 17백만원(상여). 2018 및 2019 사업연도 귀속 당해 특허권 및 상표권 등의 감가상각비 합 계 669백만원 계상분에 대하여는 반대 세무조정으로 수정신고 하였다. (표 생략)

• 다) 청구법인에 대한 서면조사 결과 (종결보고서 생략)
• 라) 2020.7.6. 과세자료 해명안내문 통지 (1) 2020.7.3. 2019 사업연도 법인세 신고 사후검증 과정에 서 무 형자산 계상액이 부 적정하다는 과세자료 해명 안내문을 청구법인에 발송되었고, 청구법인은 2020.7.6. 이를 수령하였다. 안내문 수령 사실에 대한 다툼은 없다. 안내문에는 2019 사업연도 법인세 신고내용을 검토한 결과, “2019 사업연도 무형자산 계상액과 관련하여, 법인소유 특허권을 대표이사 등의 개인명의로 출원하여 특허등록 후 양도거래를 통하여 법인으로 소유권을 이전하고 가지급금을 상계 및 법인자금을 인출”이 문제점이라고 기재되어 있다.

(2) 또한, 안내문 상에 청구법인이 제출할 자료로 쟁점 무형자산 거래대가 산정근거, 회계 전표, 대금지급증빙, 특허가 법인 매출등에 기여한 내역, 특허청 제출서류, 연구·개발활동 입증서류, 특허 관련 비용 일체 증빙, 회사 소유 특 허 및 연구전담부서 근무 인력 등이 기재되어 있다.

• 마) 조사청의 소득금액변동통지 및 과세예고 내용 2023.3.10. 조사청은 아래와 같이 소득금액변동통지와 1,261,385,647원의 원천세 경정결의(인정상여 3,537,212,824원)를 하였다. < 법인 세 부담세액 변동내역(생략) > < 소득금액변동통지 세부 내역(생략) >

2. 쟁점거래 성립부터 해제·해지 내역 및 가지급금 상계금액 회수 경위 검토

• 가) 쟁점거래 계약 (2018.12.13.) 및 대표자 가지급금 상계처리(2018.12.31.) 청구법인은 2018.12.13. 대표자로부터 특허권을 2,200백만원, 상표권 및 디자인권을 1,525백만원, 총 3,725백만원에 양수하기로 하는 쟁점거래 계약을 체결하였다(붙임). 이후 2018.12.31. 총 양수대금 3,725백만원 중 특허권 양도에 대한 소득구분을 기타소득으로 하여 원천징수세액 246백만원과 대표자미지급금 171백만원을 제외한 3,308백만원을 대표자에 대한 가지급금과 상계하고, 특허권 등을 무형자산으로 하여 2018 및 2019 사업연도에 감가상각비 합계 668,849,999원을 비용으로 계상하는 회계처리를 하였다.
• 나) 2018년도 결산 재무제표 승인 건 이사회 회의록 (2019.3.3.) 청구법인 제출 이사회 의사록(의안: 2018년 결산 재무제표 승인의 건)에 따르면, 참석이사 이**은 쟁점거래 관련 대표자가 이사 및 감사에게 사전통지를 하지 않은 점, 취득금액이 과중한 점 등 취득과정에서 절차상 하자가 있다는 문제를 제기하여, 주주총회에서 최종 승인여부를 결정하기로 하였다.
• 다) 2018년도 결산 재무제표 승인의 건 주주총회 의사록 (2019.3.9.): 2019.12.31.까지 쟁점거래를 파기하여 환원토록 한다는 조건부 승인 표결 청구법인 제출 주주총회 의사록(의안: 2018년 결산 재무제표 승인의 건)에 따르면, 주주 ☆☆☆는, 쟁점 무형자산 필요성은 인정하나, 계약금액이 회사 총자산의 35%를 초과하는 등 회사경영에 중대한 의사결정임에도 사전에 이사회나 임시주총을 통한 논의가 없었음을 근거로 대표자에게 쟁점거래 파기를 요청하였다. 그럼에도 대주주는 요청에 응하지 않은바, 쟁점거래에 이의를 제기하는 표결이 있었고, 법인세 신고기한이 촉박함을 사유로 2019.12.31.까지 쟁점거래를 파기하여 거래전 상태로 환원한다는 조건부 찬성 승인이 있었다.
• 라) 쟁점거래 계약해지 요청서 (2019.4.3.) 청구법인 제출 계약해지 요청서에 따르면, 주주 ☆☆☆는, 쟁점 무형자산의 필요성은 인정하나, 취득 전 주주들에게 사전양해가 없었고, 취득금액이 과중하므로 대표이사인 귀하의 결심을 통해 무형자산 취득을 계약해지로서 본래 상태로 환원할 것을 요청한다는 내용의 계약해지요청서를 송부하였다. 다만, 내용증명 확인기간(3년)이 도과되어 진위여부 확인은 불가한 상황이고, 2019.12.31.까지 대표자는 주주총회 계약파기 결의를 이행하지 않았다.
• 마) 계약파기 이행을 촉구하는 결의 관련 임시주주총회 (2020.2.28.) 청구법인 제출 2020.2.28. 임시주주총회 의사록에 따르면, 2019.12.31.까지 대표자는 주주총회 계약파기 결의를 이행하지 않고, 이행기한 연기를 요청한바, 이에 주주 ☆☆☆는 2020.3.31.까지 총회 의결 내용대로 이행을 촉구하였다. 그러나, 2020.3.31.까지 쟁점거래 파기 및 환원이 이루어지지 않은 것으로 확인된다.
• 바) 계약파기 이행을 촉구하는 결의 관련 임시주주총회 (2021.1.26.) 청구법인 제출 2021.1.26.자 임시주주총회 의사록(과세자료 해명안내문 통지 이후)에 따르면, 주주 ☆☆☆는 현재까지도 쟁점거래 파기가 이행되지 않은바, 2021.12.31.까지 이행이 이루어지지 않는 경우 대표자에게 민형사상 책임을 묻겠다고 통보하였고 그 외 주주 또한 ☆☆☆의 주장에 동의하였다.
• 사) 쟁점거래 계약해지 요청(최고장)서 (2021.4.30.) 청구법인이 제출한 계약해지 요청(최고장)에 따르면, 2021.4.30. 주주 ☆☆☆는 2021.9.30.까지 쟁점거래 계약해지가 이루어지지 않는 경우 대표자에게 소송절차에 착수할 것임을 최고하였다. 다만, 내용증명 여부는 확인되지 않았다.
• 아) 법인세 수정신고: 유보 소득처분 (2021.12.9.) 청구법인 제출 자료 및 국세청 전산시스템에 따르면, 청구법인은 2021.12.9. 2018 내지 2020 사업연도 법인세 수정신고를 하였고(유보 소득처분), 2021 사업연도 결산 시 2021.1.1.자로 재무상태표에 쟁 점무형자산을 제각하고 대표자에 대한 가지급금을 쟁점무형자산 양도계약 전으로 복구하였다.
• 자) 2018년도 결산 재무제표 승인의 건 주주총회 의사록 (2019.3.9.) 작성시기 청구법인은 2018년도 결산 재무제표 승인의 건 주주총회 의사록의 작성시기 관련 문서감정을 ‘**인영필적감정원’에 의뢰하여 그 결과를 제출하였다. 감정서의 감정결과란에는, “사용된 지질, 날인된 인영 등에서 근래 작성된 대조문서와 차이 있게 관찰되며 기재년도인 2019년 3월경의 수집문서와 유사한 반응이 관찰되므로 2019년 3월 경에 정상적으로 작성된 것으로 사료된다.”고 기재되어 있다.
• 라. 판단

1. 관련 규정 가) 법인세법 시행령제106조 제4항에 따르면 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우, 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 같은 항 단서에서는 “다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.”고 정하고 있고, 제4호는 “납세지 관할 세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받는 경우”를 규정하고 있다.

• 나) 이러한 사외유출금액에 대한 소득처분방식과 관련하여 판례는, 본래 사외유출되어 해당 법인의 대표자 등에게 귀속된 금액에 관하여 일단 소득세 납세의무가 성립하면 사후에 그 금액이 해당 법인에 환원되었더라도 법인세법 시행령제106조 제1항 제1호에 따라 소득처분을 하는 것이 원칙이지만, 같은 조 제4항 본문은 해당 법인이 소정의 기한 내에 자발적인 노력에 의하여 그 금액을 회수한 경우에는 그 금액이 사외유출되지 아니한 것으로 보아 원칙에 따른 소득처분을 하지 아니하도록 함으로써 해당 법인에게 자발적인 자기시정의 기회를 주고 있고, 해당 법인이 사외유출된 금액을 회수하더라도 그것이 해당 법인의 자발적인 노력에 의한 것이 아닌 경우에는 다시 원칙으로 돌아가 소득처분을 하도록 한 것이 같은 항 단서라고(대법원 2011.11.10. 선고 2009두9307 판결) 판시하고 있다. 2) 쟁점거래에 기초한 사외유출 금액이 유보처분 대상인지에 대한 판단
• 가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 보건대, 과세자료 해명안내문 수령 전, 무효인 쟁점거래에 기초한 사외유출 금액을 자발적으로 회수하는 중이었으므로 해당 사외유출 금액은 유보처분 대상이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(1) 아래의 사실과 사정에 따르면, 쟁점거래를 당연무효로 볼 수 없고, 사외유출금의 사후환원은 기 성립한 소득세 납세의무에 영향을 미친다고 보기 어렵다.

① 쟁점거래가 상법제398조를 위반하였다고 하더라도, 이는 청구법 인과 거래 상대방인 대표자 사이에 사법(私法)상 무효로 볼 수 있을 뿐이고, 공법(公 法)상으로는 당연무효임이 명백하지 않은 점

② 쟁점거래는 영업의 전부 또는 중요한 일부를 “양도”한 거래가 아닌, “양수”한 거래로서 상법제374조 위반여부가 명백하지 않아 당연무효라고 보기 어려운 점

③ 쟁점거래의 효력이 없다고 하더라도, 이에 기초한 가지급금 상계 금액 회 수처리 및 수정신고가 4년여간 없었던 사실에 비추어 볼 때, 해당 소득 에 상실가 능성이 내재되어 있다고 보기에 무리가 있는 점

④ 설 령, 대표자 가지급금 상계금액이 2021년 법인으로 회수되었다고 하 더라도, 사 외유출금 중 대표자 등에게 귀속된 부분에 관하여 일단 소득세 납 세 의무가 성립 하면, 사후에 그 귀속자가 소득금액을 법인에게 환원시켰다고 하 더라도 이미 발생한 납세의무에 영향을 미칠 수 없는 것인 점(대법원 2001.9.14. 선고 99두3324 판결 참조)

(2) 또한, 아래의 사실과 사정에 따르면, 과세자료 해명안내문을 통지 전 대표자 가지급금 상계금액 회수 및 수정신고가 가능했음에도, 이를 이행하지 않다가 통지 이후에야 비로소 이행하였으므로, 이 건 사외유출금액을 유보처분 대상으로 보기 어렵다.

① 법인세법 시행령제106조 제4항은 사내유보 소득처분 대상여부 판단기준으로, 부당하게 사외유출된 금액을 ‘회수’하고 ‘세무조정으로 익금 에 산입’하 여 신고할 것을 규정하고 있음에도, 청구법인과 주주가 해명자료 안내문 수령전부터 사외유출 소득을 회수 하기 위하여 노력한 것은 일견 인정되나, 실제로 사외유출된 금액을 ‘회수’하 고 ‘세무조정으로 익금에 산입’하 여 신고한 시점은 과세 자료 해명안내문 수령시 점보다 일 년 반이 경과한 2021.12월이었던 점

② 지속적인 주주총회 결의 및 계약해지 압박의 결실로 2021.12월 회수 가 있었 다고 보기보다는 해명자료 안내문 수령에 따라 사외유출 금액이 회수되었다 고 보는 것이 보다 자연스러운 점

③ 자기시정을 위한 주주들의 노력은 인정되나, 법인세법 시행령 제106조 제4항 에서 정한 기한 내에 유 출된 금액을 회수하는 회계처리 및 익 금산입 수 정신고를 하 지 못하는 불가피한 사유가 있었다고 보기 어려운 점

• 나) 따라서, 조사청이 쟁점거래에 기초한 사외유출 금액을 대표자 상여 소득처분 대상으로 보아 한 이 사건 과세예고통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.