조세감면제도가 폐지되기 전 감면결정을 받았으므로 당초 감면결정받은 투자금액에 대해서는 투자계획의 이행으로서 이루어지는 증자는 여전히 감면대상이 되어야 함
조세감면제도가 폐지되기 전 감면결정을 받았으므로 당초 감면결정받은 투자금액에 대해서는 투자계획의 이행으로서 이루어지는 증자는 여전히 감면대상이 되어야 함
이 건 과세전적부심사청구는 채택합니다.
○○ 제조사업 시설투자를 위하여 ☆☆☆☆ S.A.로부터 현금 ,,,원(USD ,,*** 상당액)을 투자받는 내용으로 조세감면을 신청하였으며, 기획재정부장관은 2019.1.11. 청구법인에 조세감면결정 통지를 하였다.
- 다. 청구법인은 2020년과 2021년 사업연도 법인세 신고 시조세특례제한 법 (이하 “조특법”이라 한다) 제121조의2【외국인투자에 대한 조세감면규정】(이하 “쟁점규정”이라 한다)을 적용하여 감면사업에 대한 법인세 산출 세액 100%를 감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)하는 것으로 신고하였다.
- 라. ○○지방국세청 감사관실(이하, “감사관”이라 한다)은 2022.11.28.부터 2022.12.15.까 지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 청구법인에 대한 쟁점감면은 외국인투자지역(개별형) 지정에 따른 것으로 외국인투자금액이 USD 30,000,000 이상으로서 제조업을 영위하기 위하여 새로이 공장시설을 설치하는 경우 감면을 적용받을 수 있음에도 청구법인은 조세감면 조건인 투자 금액 USD 30,000,000 중 USD ,, (한화 *억 원 상당)만 투자한 것으로 확인되어 쟁점규정 에 따른 감면을 적용받을 수 없다고 보아 2023.3.8. 처분청에 청구법인의 쟁점감면을 부인 하여 법인세를 경정하도록 처분 지시 하였다.
- 마. 처분청은 감사관의 처분지시에 따라 2023.3.8. 청구법인에 2020사업연도 법인세 ,,,원, 2021사업연도 법인세 ,,,원을 과세하겠다는 내용으로 감사결과 과세예고 통지를 하였다.
- 바. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.5. 이 건 과세전적부심사청구를 하였다.
2. 그러나, 조특법 제121조의5 제1항 제6호는 외국인투자기업에 대한 USD 30,000,000 의 납입기한을 “외국인투자신고 후 5년”이라고 명확하게 규정 하면서, 그 기한을 어기면 감면받은 세액에 이자 상당액을 가산하여 법인세로 납부해야 한다고 규정하고 있다. 따라서, 외국인투자기업이 쟁점규정에 따라 법인세 감면을 신청 하여 결정을 받은 경우, 그 신청 시 제출한 외국인투자금액 전액이 납입되어야 하는 기한은 “외국인투자신고 후 5년”이라는 점에는 이견이 있을 수 없다.
3. 또한, 상기 규정을 “ 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지 ” 해당 사업소득에 대한 법인세액에 외국인투자비율을 곱한 세액의 전액을 감면한다고 규정하고 있는 쟁점규정 제2항 제1호 가목과 합목적적으로 해석해 보면, “USD 30,000,000이 모두 납입된 경우에만 조세감면혜택을 받을 수 있다거나, 2019.1.1. 이후에는 더 이상 최초의 조세감면을 위한 신청을 할 수 없게 되었다는 이유로 이미 감면결정을 받은 외국인투자신고 금액에 대해 감면혜택이 박탈되는 것이다”라는 취지의 감사관 의견은 위와 같은 법령에도 명백히 어긋나는 결과를 초래하게 되는 것이다.
4. 청구법인은 2018.9.21. ○○은행에 ‘프랑스 소재 ☆☆☆☆ S.A.로부터 USD ,,상당의 투자를 받는다’는 내용으로 외국인투자신고를 하였으므로, 청구법인이 신고한 외국인투자금액 USD ,,의 총 합계금액을 납입해야 하는 최종기한은 2018.9.2 1.로부터 5년이 지난 날인 2023.9.21.이다.
5. 현재까지 청구법인에 납입된 외국인투자금액이 USD ,,라는 사실에 대하여는 감사관도 다툼이 없다. 6) 청구법인이 2023.9.21.까지 납입해야 하는 나머지 외국인투자금액은 USD ,, 이상 이어야 하고, 청구법인이 신고한 금액을 기준으로 하면 USD ,, 가 추가로 납입 되면 감면요건을 충족하게 되는 것이며, 청구법인은 2023.9.21. 이전에 나머지 투자금 USD ,, 을 납입 받을 계획 에 있다. 7) 조특법 제121조의5 제1항 제6호는 외국인투자기업이 외국인투자신고 후 5년 이내에 출자목적물의 납입을 하지 못하는 경우에 외국인투자에 대한 감면세액을 추징하도록 규정하고 있는 바, 감사관이 청구법인이 감면받은 부분을 추징하려고 하는 이 사건에서도 청구법인은 5년의 외국인투자 납입계획에 따라 5년 내에 출자목적물을 납입 받으면 요건을 충족하는 것으로서 추징대상에 해당하지 않는다. 8) 이는상속세및증여세법제18조의2에서 정하고 있는 가업상속공제 제도를 통해서도 알 수 있는 바, 상속세및증여세법 시행령제15조제3항제2호라목은 가업을 상속하는 상속인이 상속개시 당시 대표이사 등이 아니었다고 할지라도 일단 가업상속공제를 적용해 주되, 상속인이 상속세 신고기한부터 2년 내에 대표이사 등으로 취임하도록 하고, 만일 그렇지 않은 경우 사후적으로 상속공제액을 추징하도록 규정하고 있다.
9. 이 와 같이 추징규정은 일단 공제나 감면 혜택을 부여한 후 요건 충족 여부를 사후적으로 관리하기 위한 규정이므로, 외국인투자신고 후 5년 이내에 감면기준 외국인투자금액 USD 30,000,000 를 모두 납입받게 되는 청구법인은 그 감면 요건을 충족하게 되는 것이며, 조특법 제121조의5 제1항 제6호에서 규정하고 있는 추징 사유에 해당되지 않는 것이므로 ‘현재 시점에서 기 납입된 투자금이 USD 30,000,000 에 미달한다는 이유만으로 청구법인이 감면요건을 충족 하지 않았다’는 감사관의 의견은 타당하지 않다.
1. 청구법인은 쟁점규정의 요건을 모두 갖춘 외국인투자기업으로서, “최초 소득발생 연도부터 5년까지” 법인세를 감면받을 수 있다는 사실에는 이견이 있을 수 없다. 가) 감사관은 2019.1.1. 이후 조세감면 신청을 할 수 없으므로, 청구법인은 앞 으로도 감면요건을 충족할 수 없다고 하나, 기획재정부 장관은 관계기관과의 협의를 거쳐 2019.1.11. 청구법인에게 조세감면 결정 통지 를 하였으므로 청구법 인이 쟁점규정 제1항의 요건을 모두 갖춘 외국인투자기업이라는 사실은 명백 하다.
• 최소 외국인투자금액 납입 * 최소투자금액요건이 없는 고도기술 수반사업 등은 금액요건에 따른 추징대상에서 제외(예규) < 신 설 > ◦ 감면기준 충족 이행기한
• 외국인투자신고 후 3년 이내 외국인투자 금액 납입 ▢ 감먼세액 추징기준 합리화 ◦ 조세감면기준
• 최소투자금액이 없는 고도기술수반사업 등은 금액요건에 따른 추징대상에서 제외됨을 명시(예규를 법령화)
• 연구개발업의 경우 조세감면기준(최소 고용수준) 추가: 연구개발전담인력 고용 규모(10명) ◦ 기준충족기간 합리화
• 외투금액 납입기한: 5년
• 연구인력 고용기한: 3년
○ 2010.1.1. 이후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용
- 마) 감사관은 조세감면대상 외국인투자는 3천만 불 이상일 것을 요구하고 있는데 청구법인은 감면기준 자체를 충족하지 못하고 있으므로 추징규정을 적용할 여지가 없다고 주장하나, 증자시마다 감면신청을 해야 한다는 감사관 의견과 위 주장을 종합해보면, 당초 감면대상금액으로 신고하여 감면결정을 받은 금액에 대해서도 조세감면 외국인투자금액 기준을 충족하기 위해 매 증 자마다 증자금액이 3천만 불이 되어야 한다는 결과가 될 것인데, 이렇게 해석할 아무런 법적 근거가 없다.
- 바) 그 뿐만 아니라 감사관과 같이 해석할 경우, 예를 들어 납세자 A와 납세자 B가 같은 날짜인 2013. 6. 2.에 외국인투자금액 3천만 불에 대한 감면신청을 하였는데, 기획재정부가 납세자 A에게는 2013.12.31. 감면결정을 통지하였고, 납세자 B에게는 2014.12.31.에 감면결정을 통지한 경우, 납세자 A와 납세자 B는 같은 날짜에 감면신청을 하였음에도 불구하고 납세자 A는 최초 감면결정 통지일로부터 3년이 지난 시점에서도 여전히 감면신청이 가능하므로 2018.12.31.까지 감면신청을 하여 전액 감면대상이 될 수 있게 되는 반면, 납세자 B의 경우 2018.12.31.은 최초 감면결정 통지일로부터 4년이 되는 날이기 때문에 당초 외국인투자금액으로 감면결정을 받은 것에 대해 그 이행계획에 따라 일부 금액을 2019.1.1. 이후에 투자를 받는다면 그 부분 뿐만 아니라 아예 당초 신고한 금액 전체가 조세감면요건을 갖추지 못하게 된다는 것인바, 이는 기획재정부의 통지일자에 따라 같은 위치에 있는 납세자를 다르게 취급하는 셈이 되므로 조세형평에도 어긋나는 것으로서 조세법률주의에 위배되는 결과가 초래되는 것이다.
- 사) 따라서 위와 같은 측면을 고려하더라도 이미 감면 신청을 하여 감면결정을 받은 외국인투자금액에 대해서는 2019.1.1. 이후에 그 투자계획의 이행으 로서 이루어지는 증자는 여전히 감면대상이 되는 것으로 보아야 할 것이다. 6) 감사관의 주장대로 청구법인이 감면결정 통지를 받은 날로부터 3년 이내에 증자를 완료해야 한다면, 5년의 계획으로 외국인투자 신고를 한 청구법인에게 이루어진 기획재정부장관의 기(旣)감면결정이 잘못 되었다는 부당한 결론에 이른다.
- 가) 청구법인은 애초에 5년의 투자계획에 따라 AA시로부터 외국인 투자지역으로 지정받았으며 이에 따라 기획재정부장관으로부터 2019.1.11. 조세 감면 결정 통지를 받았던 것임에도 불구하고, 감사관의 주장에 따르면 청구법인이 2019년 초부터 5년 동안 외국인투자를 받을 계획 하에 외국인투자신고를 하였고, 이에 따라 기획재정부장관이 청구법인에게 감면결정 통지를 한 것 자체가 잘못된 것이라는 결론에 도달할 수 밖에 없다.
- 나) 따라서 위와 같은 부당한 결론은 쟁점규정 제2항의 “2018년 12월 31일”이라는 기한은 청구법인이 받는 최초의 감면결정에 대한 기한을 의미할 뿐 증자분에 대한 감면신청 기한을 의미하지 않는다고 해석하는 경우에만 해결될 수 있는 것으로서, 감사관과 같이 해석하는 것은 구체적 타당성을 결여한 것으로 볼 수 밖에 없다. 7) 청구법인의 신뢰이익 보호를 위해서도 감사관의 주장은 받아들여져서는 안 된다.
- 가) 행정청의 공적 견해표명이 있고, 그 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 개인에게 귀책사유가 없으며, 개인이 그 견해표명을 신뢰하였는데 그에 반하는 처분을 받아 개인의 신뢰이익이 침해되는 결과가 초래되면 신뢰보호의 원칙이 적용되어 그 행정처분은 위법하게 된다(대법원 2001.9.28. 선고 2000두8684 판결 등 참조). 나) 앞서 본 바와 같이 기획재정부장관이 청구법인에 대하여 한 2019.1.11.자 감면결정은 청구법인의 5년 투자계획 하에서도 조세감면을 받을 수 있다는 공적 견해표명에 해당하며, 청구법인은 기획재정부장관의 감면결정을 신뢰하여 해당 사업을 영위하기 시작하였고 그 사업에서 발생한 소득에 대하여 감면을 받았다. 그럼에도 불구하고 감사관은 기획재정부장관의 감면결정에 반하여 청구법인이 3년 내에 투자를 완료하지 않았으므로 감면받은 법인세에 가산세를 더하여 추징하겠다고 통지하였다.
- 다) 또한, 감사관 주장과 같이 설사 증자시마다 감면신청을 하여 감면결정을 받아야 하는 것이라 하더라도, 이미 감면결정을 받은 외국인투자금액에 대해서는 이미 감면결정을 받은 부분에 대한 이행으로서 증자를 하는 경우에는 3년이 지나더라도 감면신청을 할 수 있는 것으로 해석해야 하는 것이 납세자의 신뢰보호 원칙에 부합하는 것이다. 만일 감면신청을 하여 이미 감면결정을 받은 금액에 대해서도 기존 감면신청과 별도의 감면신청을 해야 하는 데 2019.1.1. 이후에는 감면신청을 할 수 없게 되었으므로, 그에 따른 부수적 효과로 이미 감면결정을 받은 금액에 대해서도 감면을 받을 수 없게 된다면 이는 소급입법에 의해 납세자의 권리를 박탈하는 결과가 되므로 조세법률주의에 위반되어 위법하다. 8) 설령 감사관의 주장이 타당하더라 하더라도, 기 면제된 2020년, 2021년 법인세에 대해서는 추징할 수 없다. 조특법 제121조의5 제1항 제6호는 “5년 이내”에 출자가 이루어지지 않으면 추징한다고 명시적으로 규정하고 있는바, 청구법인이 2023.9.21 이전에 나머지 외국인투자금액 USD 21,612,000을 납입 받으면 “5년 이내”에 출자가 완료된 것이므로 법인세가 추징될 이유가 없다. 백번 양보하며 감사관 주장과 같이 2019.1.1. 이후에 감면제도가 폐지되어 청구법인에 대한 최초 감면결정 통지일로부터 3년이 지난 날 이후에는 감면 신청이 불가능하다고 보더라도, 이 사건은 조특법 제121조의5 제1항 제6호에서 정하는 추징사유가 발생하지 않았으므로 적어도 3년 이내에 이미 이루어진 감면에 대해서는 추징이 이루어져서는 안 될 것이다.
2. 따라서, 외국인투자기업이 관련규정에 따라 외국인투자에 대한 조세감면을 받기 위해서는 ① 기획재정부 장관에게 감면신청, ② 조특법 시행령 제116조의2에서 규정한 감면기준 충족, 이 두 가지 모두 충족해야 하며, 개별형 외국인투자지역에 입주하여 제조업을 영위하는 청구법인의 경우 조특법 시행령 제116조의2에 따른 감면기준은 “외국인투자금액이 미화 3천만 불 이상으로서 해당 사업을 영위하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우”이다. 3) 청구법인에 대한 조세감면결정(2019.1.11.) 이후 외국인투자금액은 20 19.6.17. USD ,,, 2020.12.30. USD ,,, 2021.12.15. USD , 총 USD ,*,***로, 이는 조세감면기준인 USD 30,000,000에 미달하여 조특법 시행령 제116조의2 제3항 제1호 따른 조세 감면기준 자체를 충족하지 않는다. 4) 청구법인은 쟁점규정 제1항의 요건을 모두 갖추어 감면요건을 충족했다고 주장하나, 쟁점감면에 대하여 규정한 해당 법령 및 시행령 제116조의2에 따른 요건을 어떻게 충족했는지에 대하여 일절 언급하지 않고, 막연히 감면요건을 충족했다고만 하고 있어 청구법인의 주장은 납득하기 어렵다. 5) 청구법인은 조특법 제121조의5【외국인투자에 대한 감면세액의 추징 등】 제1항 제6호의 규정을 들면서, 외국인투자기업에 대한 USD 30,000,000의 납입기한은 외국인투자신고 후 5년이므로 청구법인은 5년의 외국인투자 납입계획에 따라 5년 내에 출자목적물을 납입 받으면 감면 요건을 충족하므로 추징대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 조특법 등에서 규정하고 있는 공제감면규정은 모두 해당 공제감면을 적용받기 위한 일정한 기준을 규정하고 있고 일부 공제감면에 대하여는 추징에 대하여 규정하고 있는데, 이는 해당 감면기준을 충족해서 감면을 받은 이후 사후에 발생한 사정이 해당 감면 취지 등에 어긋날 경우 기존에 감면받은 세액을 추징한다는 것으로서, 해당 추징의 전제는 애초에 감면기준을 충족하여 감면을 받았을 경우에 적용할 수 있는 것이지, 당초부터 감면기준을 충족하지 않은 경우는 감면 대상 자체가 아니므로 추징 규정을 적용할 여지가 없다.
6. 쟁점감면세액 추징 규정인 조특법 제121조의5 제1항 제6호는 2004.12.31. 신설되어 2005.1.1. 이후 최초로 외국인투자신고하는 분부터 적용하였는데 그 개정취지는 아래와 같다. 종 전 개 정 ▢ 외국인투자에 대한 법인세 등 감면분에 대한 추징사유
• 등록말소, 폐업, 내국인에게 소유지분 양도
• 조세감면 미충족
• 외국인투자 시정명령 미이행 ▢ 추징사유 추가
• 외국인투자신고 후 3년 내에 외국인 투자금액이 조세감면기준에 미달하는 경우 【개정이유】
○ 고도기술 수반사업 영위 외국인투자기업 등의 경우 외국인투자신고금액을 장기간 불입하지 아니하는 경우에도 추징이 불가능
○ 외국인투자 신고금액을 충족시키지 못하는 경우에는 외국인투자지역 지정 해제 및 기존 감면세액을 추징하는 외국인투자지역에 입주한 외국인투자기업과의 형평 도모 및 외국인투자금액을 조기에 유치토록 하기 위해 추징사유 추가 가) 과거 쟁점규정 제1항 1호에서 신성장동력산업(구, 고도기술 산업)에 속 하는 사업을 하기 위한 외국인투자에 대한 감면은 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업에 대한 감면과는 달리 최소 외국인투자금액에 대한 기준이 없어서 당초 감면 결정 받은 외국인투자신고금액을 장기간 불입하지 않더라도 추징할 수 있는 규정이 존재하지 않아 외국인투자지역에 입주한 기업과의 형평성을 위해 제121조의5 제1항 제6호를 신설한 것이다. 나) 신설 당시의 제121조의5 제1항 제6호의 규정의 ‘조세감면기준’이란 ‘조세감면 결정 받은 외국인투자신고금액’을 의미하였고(고도기술수반산업의 경우 최소 외국인투자금액 기준이 없었으므로), 기재부 예규(기획재정부 국제조세과 -223, 2008.10.2.)에 따라 해당 ‘조세감면기준’을 조세감면을 받기 위한 최소투자금액기준으로 해석하게 되었으나, 청구법인과 같이 조특법 시행령 제116조의2에 따른 감면기준에 최소 외국인 투자 금액이 있는 법인의 경우에는 해당 기준에 충족되지 않을 경우 애초부터 감면대상 자체에 해당하지 않지 않는다. 또한, 당초 감면기준에 충족한 다음 감자 등으로 차후에 감면요건을 충족하지 아니할 경우 제121조의5 제1항 제2호의 규정에 의하여 추징하므로 제121조의5 제1항 제6호가 적용될 여지는 없다. 다) 또한, 2017.1.1. 감면신청 분부터는 신성장동력산업에 대하여도 최소 외국인 투자금액 요건이 신설되었는 바, 현재 제121조의5 제1항 제6호가 적용될 법인은 없을 것으로 판단된다.
7. 감사관은 청구법인에 조특법 제121조의5에 의한 감면세액 추징규정을 적용한 것이 아니고, 쟁점규정 제1항 및 동법 시행령 제116조의2 제3항의 조 세감면기준을 충족하지 않았기 때문에 본 건 과세예고통지를 한 것으로서, 설령 청구법인 주장대로 조특법 제121조의5에 의한 감면세액 추징규정을 적용했다고 하더라도 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제116조의7 제1항 제2호에 따라 조세감면기준에 해당하지 않을 경우 추징할 수 있으므로, 청구법인의 주장은 타당하지 않다.
- 나. 외국인투자기업의 조세감면신청은 법인세 감면을 위한 필요적 절차이며, 2019.1.1 이후 조세감면 신청분부터는 쟁점감면제도가 폐지되어 청구법인은 앞으로도 감면요건을 충족할 수 없다.
1. 증자에 대한 조세감면신청은 행정에 대한 협력의무가 아닌 필요적 절차로서 별도로 감면신청 후 감면결정을 받아야 한다. 가) 조특법 제121조의4【증자의 조세감면】제1항에서는 외국인투자기업이 증자 하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 쟁점규정 및 제121조의3을 준용하되, 같은 조 제5항에서 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정 시 확인된 외국인투자신고금액의 범위에서 증자하는 경우에는 감면신청을 하지 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 감면결정을 받은 것으로 보도록 규정하여 증자 시마다 감면결정을 받아야 하는 절차를 간소화하였다.
- 나) 2005.12.31. 개정된 조특법 제121조의4의 개정취지는 아래와 같다. 종 전 개 정 ▢ 외국인투자 신고 후 조세감면결정을 받은 사업을 영위하기 위하여
○ 조세감면결정 금액 범위내에서 순차적으로 증자하는 경우
○ 증자시마다 조세감면 결정을 받아야 함 < 신 설 >
○ 조세감면결정통지일로부터 3년 이내의 증자분에 대하여는 조세감면 신청 및 결정 면제
○ 외국인투자 신고후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년 이내에 최초의 출자(증자 포함)가 없는 경우 조세감면결정 효력 상실 【개정이유】
○ 외국인투자 신고후 조세감면결정을 받은 외국인투자기업이 증자를 하는 경우
• 증자시마다 증자분에 대한 조세감면 결정을 받도록 되어 있는 현행 제도를 개선하여 외국인투자 활성화 지원 【적용시기 및 적용례】 ▣ 2006.1.1. 이후 최초로 증자하는 분부터 적용 가) 과거에는 조세감면결정 금액 내에서 증자하는 경우에도 증자시마다 감면 신청 및 감면결정을 받아야 했지만, 2005.12.31. 세법 개정 시 조세감면 결정통지일로부터 3년 이내의 증자분에 대하여는 조세감면신청 및 결정을 면제한 것으로서, 이는 쟁점감면을 적용함에 있어 감면신청은 납세자의 협력의무가 아닌 별도의 감면요건이며 추가 증자에 대하여도 반드시 감면 결정을 받아야 함을 의미한다. 나) 법원 또한 증자하는 경우에는 원칙적으로 쟁점규정을 준용하여 새로 조세감면신청을 해야 하나, 예외적으로 ‘외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세 감면결정 시 확인된 외국인투자 신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우’에는 새로 조세감면신청을 하지 않는 경우에도 그 증자분에 대하여 조세감면 결정을 받은 것으로 본다는 의미로 해석하는 것이 합리적이라고 판시한바 있다 (부산지방법원 2021구합21270, 2021.10.22.). 다) 청구법인은 해당 감면신청이 납세자의 협력의무일 뿐이라고 주장하지만 조세심판원은 과거 등기되는 증자 건별로 감면신청과 감면결정을 받아야 했지만 2005.12.31. 개정된 조특법은 증자시마다 조세감면을 신청하고 그 결정을 받도록 되어 있는 기존의 절차를 간소화하는 것일 뿐이라고 하여 증자분에 대하여 반드시 감면결정이 필요한 것으로 인정하였다(조심 20 16중1050, 2017.03.10.), 라) 법 원 역시 외국인투자기업이 외국인의 투자비율에 따른 법인세 등의 감면을 받기 위해서는 반드시 정해진 기간내에 재정경제부장관에게 감면신청을 하여 감면결정을 받아야만 하는 것이며 그렇지 아니하면 조세감면을 받을 수 없으므로 해당 감면신청은 법인세감면을 위한 필요적 절차라고 하였고(대법원2003두12035, 2004.10.27.), 조 세감면 결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 2004년 순차적 으로 증자하고 감면신청을 하지 않은 사건에 대하여, 증자가 이루어진 이후 제121조의4 제1항, 제121조의2 제6항에 따른 적법한 조세감면신청이 없었으 므로 제121조의2 제8항에 따른 조세감면결정이 없었던 것 보아야 하므로 감면을 배제한 처분이 정당하다고 판시한 바 있다(대법원 2022두49427, 2022.10.27.).
- 마) 해당 증자에 대한 감면신청이 일종의 “외국인투자금액 현황보고”로서 납세자가 협력의무일 뿐이고 그 신청이 별도의 감면요건에 해당한다고 볼 수 없다면, 조특법 제121조의4 제1항을 따로 둘 이유도 없고 해당 조문은 형해화되므로 청구법인의 주장은 타당하지 않다. 2) 청구법인이 제시한 유권해석은 변경신청에 관한 것으로서 본 건과 관련이 없다.
- 가) 쟁점규정 제6항에서는, 외국인투자기업이 쟁점감면을 받으려면 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부 장관에게 감면신청을 하되, 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다고 규정되어 있다. 나) 청구법인이 제시한 국세청 해석례(기준-2020-법령해석국조-0270, 2020.11.30.)는 감면사업내용의 변경에 따른 쟁점규정 제6항 단서에 의한 변경 신청이 2019.1.1. 이후도 가능하고 이 때 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다는 것인데, 증자에 따른 감면신청은 변경 신청이 아닌 새로운 신청으로 증자에 대하여 감면결정을 받으면 그 감면 기간은 증자분에 대한 사업을 개시하여 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 새로이 기산되는 것으로, 해당 유권해석은 본 건과 사실관계가 달라 적용될 수 없다.
- 다) 또한, 청구법인은 쟁점규정 제2항의 “2018년 12월 31일 까지”라는 기한 제한이 “감면대상 사업으로 인정받기 위한 최종 신청기한”을 의미한다고 주장하고 있는데, 이는 아무런 근거 없는 청구법인의 일방적인 주장으로 임의로 법문을 해석하고 있는 것이다.
- 라) 청구법인 주장대로라면 2018.12.31.까지 감면결정을 받기만 하면 이후 증자 분은 아무런 조건 없이 모두 감면대상에 해당된다는 것이므로, 이는 증자에 대한 감면신청을 규정한 조특법 제121조의4를 위배하게 되므로 이 또한 타당하지 않다.
3. “최초 감면결정 통지일부터 3년이 되는 날”은 외국인투자신고금액 내 증자하는 경우 감면신청 및 결정이 면제되는 기간이지 출자목적물을 납입해야 하는 기간이 아니다.
- 가) 쟁점 규정은 2018.12.24. 개정되어 2018.12.31. 이전 감면신청분에 대하여만 적용하도록 하였다.
- 나) 청구법인 또한 해당 감면제도를 적용받기 위한 신청기한인 2018.12.31. 이전에 쟁점감면을 신청하여 ’19.1.11. 감면결정을 받았는 바, 해당 제도가 폐지됨을 알고 있었다. 다) 조세의 감면은 해당 감면기준에 맞추어 투자하거나 증자하면 되는 것으로서, 쟁점감면규정이 폐지됨을 알고 있는 경우 증자에 대한 별도의 감면신청이 면제되는 “최초 감면결정 통지일로부터 3년이 되는 날”까지 조세감면기준인 미 화 3천만 불을 증자하여 감면기준을 충족했으면 되는 것이다.
- 라) 이를 이행하지 않은 것은 청구법인의 귀책인 것이지 이를 가지고 처분청이 감면결정 통지일로부터 3년이 되는 날까지 출자목적물을 모두 납입해야 한다는 새로운 요건을 창설한다고 주장하는 것은 타당하지 않다. 마) 또한, 청구법인은 조특법 제121조의5 제1항 제6호의 “외국인투자 신고 후 5년”이 라는 문구에만 매몰되어 감면 기준을 규정한 모든 법령을 무시하고 있다.
- 바) 조특법 제121조의5 제1항 제6호는 감면세액의 추징사유 중 하나를 규정한 것이지, 해당 조문이 외국인투자신고 후 5년 이내 출자목적물을 납입하기만 하면 감면요건이 충족되기 이전부터 감면을 받아도 된다는 규정이 아니므로, 청구법인의 주장은 타당성이 결여된 것이다.
4. 처분청은 청구 법인의 신뢰이익을 침해한 사실이 없다.
- 가) 청구법인은 청구법인의 감면신청이 불가능한 것은 감면제도의 폐지 때문이므로 조세감면혜택의 박탈은 조세감면이 이루어질 것을 신뢰하고 투자를 한 청구법인의 신뢰를 해하는 것이고 사후적으로 입법된 법률에 의해 납세자의 권리를 박탈하는 것이므로 소급입법금지의 원칙에도 반한다고 주장하고 있다. 나) 청구법인은 쟁점감면이 폐지되기 직전 감면신청을 하였고, ’2019.1.11. 기획재정부의 감면결정 공문에서는 “향후 증자를 할 경우 당해 증자분에 대한 조세감면을 받기 위해서는 조특법 제121조의4의 규정에 따라 별도의 조세감면 신청을 하여 조세감면결정을 받아야 함을 알려드립니다”라고 명확히 명시된 바 있다.
- 다) 청구법인은 기획재정부장관이 해당 조세감면결정 공문을 통해서 외국인 투자신고금액 전체에 대해 조세감면을 받을 수 있다는 공적인 견해표명을 했다고 주장하나, 공문내용에 기재되어 있는 것처럼 향후 증자에 대해서는 해당 조세감면결정과는 별도의 조세감면 신청을 해야 한다고 명시하였는 바, 이를 잘못 해석하여 판단한 것은 청구법인의 귀책일 뿐이므로 청구법인의 신뢰이익을 침해했다는 주장은 타당하지 않다.
- 라) 또한, 증자에 대한 조세감면 신청 및 결정은 해당 감면제도가 폐지되기 이전부터 존재하였던 규정이므로, 해당 규정에 따른 감사관의 주장이 사후적으로 입법된 법률에 의한 것이라든지 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구법인의 주장 또한 타당하지 않다.
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세(지방세법제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)를 각각 감면한다.
2. 외국인투자촉진법제18조제1항제2호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 같은 법 제2조제1항제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제2호의8, 제121조의8제1항 또는 제121조의9제1항제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의·의결을 거치는 사업
② 2018년 12월 31일까지 제6항에 따른 조세감면신청을 한 외국인투자기업에 대해서는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득(제1항제1호에 따른 감면대상 사업의 경우 대통령령으로 정하는 소득)에 대하여 다음 각 호의 구분에 따른 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상이 되는 세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다. <개정 2016.12.20., 2018.12.24>
1. 제1항제1호 및 제2호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득: 다음 각 목의 구분에 따른 세액
⑥ 외국인투자기업이 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면 내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다. <개정 2014.1.1>
⑧ 기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경 신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 관계 중앙관서의 장(제4항, 제5항, 제12항제3호 및 제4호에 따른 취득세 및 재산세의 감면의 경우에는 해당 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장을 말한다)과 협의하여 그 감면·감면내용변경·감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. 다만, 제1항제1호에 따른 감면에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 감면·감면내용변경·감면대상 해당 여부를 결정할 수 있다. <개정 2010.12.27., 2016.12.20>
⑩ 외국인투자기업이 제6항에 따른 감면신청기한이 지난 후 감면신청을 하여 제8항에 따라 감면결정을 받은 경우에는 그 감면신청일이 속하는 과세연도와 그 후의 남은 감면기간에 대해서만 제1항부터 제5항까지 및 제12항을 적용한다. 이 경우 외국인투자기업이 제8항에 따라 감면결정을 받기 이전에 이미 납부한 세액이 있을 때에는 그 세액은 환급하지 아니한다. <개정 2014.1.1.>
⑬ 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년이 지나는 날까 지 최초의 출자(증자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 하지 아니하는 경우에는 제8항에 따른 조세감면결정의 효력이 상실되며, 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년 이내에 최초의 출자를 한 경우로서 최초의 조세감면결정 통지일부터 5년이 되는 날까지 사업을 개시하지 아니한 경우에는 최초의 조세감면결정 통지일부터 5년이 되는 날을 그 사업을 개시한 날로 보아 제2항, 제4항, 제5항, 제12항 및 제18항을 적용한다. <개정 2015.12.15.>
⑭ 제2항 및 제12항제1호가 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 하여 세액을 감면한다.
1. 투자금액을 기준으로 한 한도로서 다음 각 목의 구분에 따른 금액
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
4. "외국인투자"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 대한민국법인 또는 대한민국국민이 경영하는 기업이 새로 발행하는 주식등을 취득하는 것
2. 대한민국법인 또는 대한민국국민이 경영하는 기업이 이미 발행한 주식 또는 지분(이하 "기존주식등"이라 한다)을 취득하는 것
1. 외국인투자기업의 해외 모기업(母企業)
2. 1)의 기업과 대통령령으로 정하는 자본출자관계가 있는 기업
3. 외국투자가
4. 3)의 투자가와 대통령령으로 정하는 자본출자관계가 있는 기업
6. "외국인투자기업이나 출연을 한 비영리법인"이란 외국투자가가 출자한 기업이나 출연을 한 비영리법인을 말한다. 1-2) 외국인투자촉진법 제18조 【외국인투자지역의 지정】
① 시·도지사는 다음 각 호의 지역을 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 외국인투자지역(이하 "외국인투자지역"이라 한다)으로 지정할 수 있다. 이 경우 제2호에 해당하는 외국인투자지역을 산업입지 및 개발에 관한 법률제7조 및 제7조의2에 따른 일반산업단지 및 도시첨단산업단지로 개발할 때에는 미리 개발계획을 수립하여야 한다.
2. 외국투자가가 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자를 하는 경우 그 외국투자가가 투자를 희망하는 지역
④ 시·도지사는 제1항 및 제2항에 따라 외국인투자지역을 지정할 때에는 다음 각 호의 사항을 고시하여야 한다.
1. 외국인투자지역의 명칭·위치 및 면적
3. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제7조의4 에 따른 고시사항(해당 외 국인투자지역을 일반산업단지 및 도시첨단산업단지로 개발하는 경우만을 말한다)
4. 외국인투자지역에 입주할 외국인투자기업의 투자내용, 고용규모 및 사업내용
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 1-3) 외국인투자촉진법 시행령 제25조 【외국인투자지역의 지정 등】
① 법 제18조제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 외국인투자를 말한다. 이 경우 외국인투자금액을 산정할 때 대한민국국민(제3조에 해당하는 사람은 제외한다)이나 대한민국법인이 주식이나 출자지분을 직접 또는 간접으로 소유한 외국법인의 경우에는 조세특례제한법 시행령제116조의2제11항 및 제12항의 계산방법에 따라 산정한 소유비율에 상당하는 금액은 산입하지 않는다.
1. 외국인투자금액이 미화 3천만달러 이상으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 경영하기 위하여 공장시설을 새로 설치하는 경우
⑪ 외국인투자기업은 법 제18조제4항의 고시일부터 5년 이내에 지정계획에 따라 제1항 및 제5항의 기준을 충족시켜야 한다. 1-4) 조세특례제한법 시행령 제116조의2 【조세감면의 기준 등】
③ 법 제121조의2제1항제2호에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는외국인투자촉진법제18조제1항제2호에 따른 외국인투자지역안에서 새로이 시설을 설치하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 외국인투자금액이 미화 3천만불 이상으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우
① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해 서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다
⑤ 제1항에도 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정 시 확인된 외국인투자신고금액의 범위에서 증자하는 경우에는 제121조의2 제6항에 따른 감면신청을 하지 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2제8항에 따른 감면결정을 받은 것으로 본다 2-1) 조세특례제한법 시행령 제116조의6 【증자의 조세감면】
① 기획재정부장관이 법 제121조의4제1항의 규정에 의하여 증자분에 대한 조세감면여부를 결정함에 있어서 당해 외국인투자기업이 유상감자(주식 또는 출자지분의 유상소각, 자본감소액의 반환등에 의하여 실질적으로 자산이 감소되는 경우를 말한다)를 한 후 5년 이내에 증자하여 조세감면신청을 하는 경우에는 그 감자전보다 순증가하는 부분에 대한 외국인투자비율에 한하여 감면결정을 하여야 한다. <개정 2008.2.29>
② 법 제121조의4제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 법 제121조의2의 규정에 의하여 조세감면을 받고 있는 사업을 위하여 증액투자하는 것을 말한다. <개정 2010.2.18> 3) 조세특례제한법 제121조의5 【외국인투자에 대한 감면세액의 추징 등】
① 제121조의2제2항 및 제12항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받은 외국인투자기업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은소득세법제76조 또는법인세법제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. <개정 2014.1.1, 2016.12.20>
1. 외국인투자 촉진법에 따라 등록이 말소된 경우
2. 제121조의2제1항 각 호 외의 부분에 따른 조세감면기준에 해당하지 아니하게 된 경우
3. 신고한 내용을 이행하지 아니하여외국인투자촉진법제28조제5항에 따른 시정명령을 받은 자가 이를 이행하지 아니한 경우
4. 외국투자가가 이 법에 따라 소유하는 주식등을 대한민국 국민 또는 대한민국 법인에 양도하는 경우
5. 해당 외국인투자기업이 폐업하는 경우
6. 외국인투자기업이 외국인투자신고 후 5년(고용 관련 조세감면기준은 3년)이내에 출자목적물의 납입 및외국인투자 촉진법제2조제1항제4호나목에 따른 장기차관의 도입 또는 고용인원이 제121조의2제1항에 따른 조세감면기준에 미달하는 경우 3-1) 조세특례제한법 시행령 제116조의7 【법인세등의 추징】
① 법 제121조의5제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 다음 각 호의 세액을 말한다. <개정 2006.2.9, 2009.2.4, 2010.2.18, 2013.2.15>
1. 법 제121조의5제1항제1호 및 제5호의 경우: 말소일 또는 폐업일부터 소급 하여 5년 이내에 감면된 세액
2. 법 제121조의5제1항제2호의 경우: 조세감면기준(제116조의2제1항, 제3항, 제5항부터 제7항까지, 제9항, 제10항 및 제16항부터 제21항까지에 규정되어 있는 조세감면대상이 되는 사업요건, 최소 외국인투자금액요건, 상시고용인원요건 등을 말한다)에 해당하지 아니하게 된 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액
3. 법 제121조의5제1항제3호의 경우: 시정명령기간 만료일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액
4. 법 제121조의5제1항제4호의 경우: 주식등의 양도일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액에 감면 당시의 외국투자가 소유의 주식등에 대한 양도주식등의 비율을 곱하여 산출한 세액(법 제121조의2제2항 또는 제12항에 따른 감면기간 중에 주식등을 양도하는 경우에 한정한다)
5. 법 제121조의5제1항제6호의 경우: 외국인투자신고 후 5년(고용과 관련된 조세감면기준에 미달하는 경우에는 3년)이 경과한 날부터 소급하여 5년(고용과 관련된 조세감면기준에 미달하는 경우에는 3년) 이내에 감면된 세액
1. AA시장의 외국인투자지역(개별형) 지정 고시 통보 AA시장은 2018.12.20. 청구법인의 외국인투자지역(개별형) 지정계획 (안)을 제**회 외국인투자위원회 의결을 거쳐 지정 고시하였다고 아래 문서와 같이 통보하였다. <문서 생략>
2. 외국인투자지역(개별형) 지정고시(AA시 고시 제2018-***호) AA시장은 2018.12.20.외국인투자촉진법제18조 및 같은 법 시행령 제25조에 따라 청구법인 외국인투자지역(개별형) 지정사항을 고시하였다. <그림 생략>
3. 조세감면신청서 청구법인은 2018.12.20. 쟁점규정 제6항에 따라 기획재정부장관에게 감면신청을 하였는바, 조세감면신청서 내용은 다음과 같다. <그림 생략>
4. 기획재정부장관의 조세감면결정통보 기획재정부장관은 2019.1.11. 청구법인에 대하여 조세감면결정통보를 하였으며, 통보서에 첨부된 조세감면결정 내용은 아래 <그림>과 같다. <그림> 조세감면결정내용 <생략> 5) 쟁점감면과 관련하여 청구법인 대리인이 작성한 “청구법인 외국인투자실행 가능성 검토서”에서 외국인투자사업의 투자계획 관련 내용을 발췌하면 다음과 같다.<그림 생략> 6) 청구법인이 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서에서 청구법인의 자본금 증가내역은 다음과 같이 확인된다. <표 생략> 7) 청구법인의 2019사업연도 이후 법인세 신고 및 쟁점 감면 신고 내역은 아래와 같다. <표 생략>
8. 청구법인이 2021사업연도 법인세 신고시 제출한 공제감면세액계산서상 감면비율 계산내역은 다음과 같다. <표 생략> 9) 쟁점규정 개정이유에 대하여 국세청이 발간한 2019년 개정세법해설 책자 내용은 다음과 같다.
2. 외국인투자기업에 대한 법인세․소득세 감면 폐지(쟁점규정)
○ 내․외국자본 간 과세형평 제고
- 나. 개정내용 종 전 개 정
□ 외국인투자에 대한 조세특례
○ 감면대상사업 에서 발생한 소득에 대한 법인세․소득세 감면(5년, 7년) 업종․투자금액 등 일정요건을 충족하는 다음의 사업: ① 신성장 동력산업에 속 하는 사업, ② 외국인투자지역․경제자 유 구역․자유무역지역 등에 입주한 기업 등이 경영하는 사업
○ 외국인투자 신고 후 5년 내 수입하는 자본재에 대한 관세 면제 개발형 외투지역․신성장 동력산업 등 감면 사업은 부가가치세 ․ 개별소비세 포함
○ 외투기업이 구입 ․ 보유하는 재산에 대한 취득세․재산세 면제(최장 15년)
□ 법인세․소득세 감면 폐지 <폐 지>
○ (좌 동)
○ (좌 동)
- 다. 적용시기 및 적용례
○ 2019.1.1. 이후 조세감면을 신청하는 분부터 적용
- 라. 판단
1. 관련 법리
- 가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합 리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특 히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003두7392, 2004.5.28. 참조).
- 나) 조특법 제121조의2 제1항은 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하 기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.’고 규정하고 있는데, 제2호에 의하면, ‘외국인투자촉진법제18조제1항제2호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제2호의8, 제121조의8 제1항 또는 제121조의9 제1항 제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의·의결을 거치는 사업’으로 규정하고 있다. 그리고 조특법 시행령 제116조의2제3항에 의하면, ‘법 제121조의2 제1항 제2호에 따라 법인세·소득세·취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 외국인투자촉진법제18조제1항제2호에 따른 외국인투자지역 안에서 새로이 시설을 설치하는 것으로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.’로 정하고, 제1호 가목에 의하면 ‘외국인투자금액이 미화 3천만 불 이상으로서 제조업을 영위하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우’로 규정하고 있다.
2. 외국인투자에 대한 조세감면 요건을 충족하지 아니한 것으로 볼 수 있는지 여부에 대한 판단
- 가) 조특법 제121조의2 제2항 제1호 가목에 따르면, 2018.12.31.까지 조세감면신청을 한 외국인투자기업이 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대하여 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과 세연도의 개시일로부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액에 외국인투자비율을 곱한 세액의 전액을 감면하도록 규정되어 있으며, 청구법인은 2018.12.20. 기획재정부장관에게 모회사 ☆☆☆☆ S.A.으로부터 2019년부터 2023년까지 총 ,*천달러를 투자받아 AA 시 ○구 ○○로 2** 일원에 기초유기물화합물질 제조업에 대한 시설투자를 한다는 계획으로 조세감면신청을 하여 2019.1.11. 조세감면결정을 받았으며, 2020사업연도부터 감면사업에서 소득이 발생하였다고 하여 2020사업연도와 2021사업연도 법인세 신고 시 감면사업과 관련된 법인세를 감면받는 것으로 신고하였는바, 청구법인이 당초 신고한 감면대상이 되는 사업에서 소득이 최초로 발생한 사실이 있는지 또는 조세감면 비율이 적정한지 여부는 별론으로 하더라도, 청구법인이 2020사업연도 및 2021사업연도 법인세 신고 시점까지 납입된 투 자금이 미화 3천만 불에 미달한다는 이유로 쟁점규정에 따른 조세감면 요건이 충족되지 아니한 것으로 보기는 어렵다. 나) 감사관은 청구법인이 외국인 투자금액 미화 3천만 불 이상을 투자받은 이후에야 비로소 조세감면요건이 충족되는 것이고, 조세감면기준이 충족되어 야 법인세 감면신고를 할 수 있음에도 조세감면기준에 미달한 금액만을 투자받은 상태에서 법인세 감면신고를 하였기에 청구법인이 신고한 감면세액 전부를 부인하는 것이 타당하다는 의견이나, 조특법 제121조의5 제1항 제6호는 외국인 투자기업이 외국인 투자신고 후 5년 이 내에 출자목적물의 납입을 하지 못하는 경우 외국인 투자에 대한 감면세액을 추징하도록 규정되어 있고, 외국인투자촉진법 시행령제25조제11항에서는 ‘외국인투자지정지역 고시일로부터 5년 이내에 외국인투자금액 미화 3천만달러 이상을 투자하는 기준을 충족시켜야 한다’고 규정하고 있는바, 외국인 투 자금액은 5년 이내에 투자금이 납입하면 되는 것으로 해석하는 것이 상당하다.
- 다) 또한, 조특법 제121조의4 제1항 단서 및 동법 시행령 제116조의6 제2 항은 조세감면을 받고 있는 사업을 위하여 증액 투자하는 경우에 대 한 것으로 당해 사건처럼 최초 투자에 대하여 까지 적용하기는 어려워 보이나, 설령 증자의 조세감면에 대해서는 조특법 제121조의2를 준용하게 되어 있고 2018.12.31. 이후 감면 신청이 폐지되었기에 5년의 계획으로 투자 신고를 한 청구법인이 감면통지일로부터 3년이 지난 시점에 나머지 금액을 증자한 경우 추가로 감면을 적용받을 수 있는지 여부는 별론으로 하더라도, 청구법인이 외국인 투자에 대한 조세감면 요건을 미충족한 것으로 보아 법인세 감면을 부인하겠다는 이 건 과세예고통지는 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조15 제5항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.