쟁점건물을 다세대주택으로 보아 다주택자 중과세율을 적용하는 것이 타당한지 여부

이 건 과세전적부심사청구는 채택결정합니다.

• 가. 청구인은 1998.10.26. 상속으로 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 32-3 소재 토지 398.7㎡와 지하 1층 지상 5층 건물 1,328.96㎡(이하 이 부동산을 “쟁점부동산”이라 하고, 이 건물을 “쟁점건물”이라 한다)의 지분 1/2를 2022.2.23. 4,550,000,000원(매수자: ㈜甲기업)에 양도하고, 쟁점부동산 4․5층은 주택이라 하여 1세대 1주택 비과세를 적용하고, 나머지 쟁점건물(지하 1층부터 3층까지)은 근린생활시설로 하여 2022.4.27. 기본세율로 산출한 양도소득세 951,003,017원을 신고․납부하였다.
• 나. ●●지방국세청 감사관(이하 “감사관”이라 한다)은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 쟁점건물의 4․5층이 주택으로 사용되었을 뿐만 아니라 2․3층은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 호(戶)가 여러 개가 있는 주택(이하 이 부분을 “쟁점층”이라 한다)으로 사용된 것으로 보아야 하고, 쟁점건물 중 주택으로 사용한 층수가 4개 층(2～5층)이어서 청구인이 1세대 1주택 비과세 규정을 적용받을 수 있는 다가구주택(3개 층 이하, 19세대 이하)을 양도한 것이 아니라 다세대주택을 양도한 것으로 보아야 한다고 감사지적하였다. 이에 처분청은 청구인이 1세대 1주택 비과세로 신고한 내용을 부인하고, 청구인이 3주택 이상 보유하다가 양도한 것으로 보아 다주택자 중과세율을 적용하여 2023.2.20. 청구인에게 2022년 과세연도 양도소득세 1,049,597,073원을 경정․고지하겠다는 감사결과 과세예고 통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 대하여 2023.3.15. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점건물 중 쟁점층은 주택이 아니므로 청구인이 3주택 이상을 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세예고한 이 건 통지는 취소되어야 한다.

1. 청구인은 쟁점부동산을 양도하고, 양도소득세 신고시 다음 <표1>과 같이 쟁점건물 중 4․5층이 공부상 근린생활시설(사무소)이지만, 실제 현황이 주택이라서 주택으로 신고하였다. <표1> 청구인이 신고한 쟁점건물의 용도

2. 쟁점층(2․3층)은 근린생활시설이므로 주택으로 볼 수 없다.

• 가) 쟁점층은 1989.7.29. 사용승인된 이래 건축물대장의 용도가 근린생활시설로 등재되어 있었고, 양도일까지 변경된 사실이 없다.
• 나) 청구인은 쟁점부동산을 취득한 이후 쟁점층을 근린생활시설로 임대하다가 2000년 초부터 다수의 임차인들에게 주거용으로 임대한 사실은 있다. 그러나 양도일 이전에 모든 임차인들을 퇴거시켜 양도일 현재는 쟁점층뿐만 아니라 쟁점건물 전체가 공실 상태였다. 양도일 현재 쟁점건물이 공실인 사실은 첫째, 모든 임차인들을 퇴거시키고 임대보증금을 반환한 사실 둘째, 주민등록상으로 쟁점부동산 소재지를 주소지로 한 거주자가 없는 사실 셋째, 2021.9.27. 양도계약일 이후 2022.2.23. 양도일까지 쟁점층의 전기사용량과 수도사용량이 전혀 없는 사실에 의하여 명백히 증명된다.
• 다) 한편, 청구인은 2021년 8월경 철거업자 ●●철거 송●●에게 쟁점층 내에 있는 주거에 필요한 싱크대 등 주방시설, 수도관, 난방용 보일러, 가스관, 화장실 세면대 및 변기 일체 등의 시설을 모두 철거하는 공사를 맡겨서 이러한 주거용 설비를 모두 철거하였다. 그래서 쟁점층은 건축물대장상 용도인 근린생활시설로 원상복구하였다. 양도일 현재 쟁점층이 공실이고 주거시설이 없었다는 사실은 철거업자 송●●의 확인서와 쟁점부동산 매수자 ㈜甲기업의 대표이사 박○○이 작성한 확인서를 통하여 확인된다.
• 라) 또한, 청구인이 제기한 명도소송에 불만이 있던 세입자가 2022.1.9. ○○구청장에게 쟁점층이 근린생활시설(안마시술소)임에도 주거용으로 무단 용도변경한 사실에 대하여 행정조치를 요구하였으나(민원번호 11), ○○구청 건축과 조 조사관은 20.*.. 쟁점건물 현장을 방문하여 확인한 결과, 쟁점층의 세입자가 모두 퇴거된 상태로 주거용으로 사용하고 있지 않다고 ‘회신’(no 112***)한 사실이 있다.
• 마) 쟁점부동산의 1/2지분은 청구인이 소유하였고, 나머지 지분은 설 외 4인이 소유하고 있었는데, 설 외 4인은 쟁점부동산 매각에 미온적이었던 반면에 청구인은 자산보유나 소득이 충분하지 않아 조속한 매각이 절실하여 ○○지방법원에 ‘공유물분할등’ 소(20가합*)를 제기하였다. 이후 설** 외 4인과 쟁점부동산 매각에 합의하였고, 2021.5.29. 소송 취하조건으로 매각을 하면서 ‘계약 만기일까지 세입자 퇴거문제를 해결지 못할 경우 그 비용은 청구인이 책임지고 부담’하기로 약정하였다. 그래서 매매계약 체결 후 잔금일 이전에 쟁점층의 세입자 퇴거 및 철거를 하지 못하여 계약이 해제될 경우 계약금의 2배인 18억원을 부담하여야 하는 상황에 놓여 있었던 터라 청구인은 쟁점층의 주거시설을 철거하지 않을 수 없었다.
• 바) 청구인은 세무사 장ㅇㅇ가 쟁점부동산 매각시 양도소득세를 검토한 문서(‘○○시시 ○○구 ○○동 32-3 토지 및 건물 매각관련 양도소득세 검토의견’)을 통하여 쟁점층이 주택으로 간주되는 경우 양도소득세가 중과된다는 사실을 미리 알고 있었다. 그 내용을 보면 쟁점부동산을 85억원에 양도하는 경우 ① 쟁점층을 포함하여 2～5층을 주택으로 양도할 때, ② 쟁점부동산 4․5층만 주택으로 양도할 때, 각 소유자별 양도소득세 부담내역이 기재되어 있다. 따라서 청구인은 중과세를 피하기 위해서라도 반드시 쟁점층 철거를 잔금일 이전에 완료하여야 하였다. 그리고 매수인 입장에서 쟁점층이 주택으로 간주될 경우 역시 취득세가 중과세되고, 매수자금 대출이 불가한 사정이 있었기 때문에 쟁점층 철거는 필수적인 계약조건이었다. 매수인이 쟁점건물을 사옥으로 사용할 목적이었고, 쟁점층을 더 이상 주택으로 사용할 의도가 없었던 상황이었다.
• 나. 쟁점층은 양도일 현재 공실인 상태였으므로 쟁점층의 용도는 공부상 용도에 따라 주택이 아닌 근린생활시설로 보아야 한다.

1. 소득세법제88조 제7호의 “주택이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.”라고 규정하고 있다.

2. 쟁점층이 공부상 근린생활시설이고, 양도일 현재 공실인 상태였음이 명확하게 확인된다. 설령 양도일 현재 쟁점층의 실제 용도가 불분명하다고 하더라도 공실 상태로 보유하고 있는 쟁점층은 건축법상 업무용으로 사용승인된 형태를 유지하고 있었기 때문에 근린생활시설로 보아야 한다. 따라서 감사관 의견처럼 쟁점층을 주택으로 볼 수는 없는 것이다.

3. 통지관서(감사관) 의견

• 가. 양도일 현재 쟁점건물 중 쟁점층뿐만 아니라 쟁점건물 2～5층을 주택으로 보아야 하고, 이 주택은 다가구주택이 아닌 다세대주택으로 보아야 한다.

1. 우선 관련한 법리를 살펴보면, 주택인지 여부의 판단은 건물공부상 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단해야 할 사항으로 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 건물의 구조, 기능, 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지, 관리되고 있어 본인 또는 제3자가 언제든지 주택으로 사용할 수 있는 건물인지의 여부로 주택 여부를 판단하여야 한다(대법원 2005.4.28. 선고 2004두14960 판결 참조). 그리고 비과세는 일반적으로 과세대상이 되는 물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서 과세대상에서 제외시키는 것이고, 이는 납세자 측의 예외적이고 특수한 사실에 관한 것이므로 비과세요건, 감면요건에 대한 입증책임은 비과세, 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2000.7.7. 선고 98두16095 판결 등 참조).

2. 쟁점부동산 소재지를 주소로 한 주민등록 전입이력 및 부동산임대차계약 확정일자 내역을 보면, 청구인이 양도소득세 신고시 스스로 주택으로 신고한 4․5층뿐만 아니라 쟁점층도 양도일 직전까지 20여년 동안 주거용으로 계속 임대․사용한 것으로 확인된다. 그리고 쟁점층(2․3층)을 근린생활시설 본연의 용도로 구조 변경 및 사용하지 않았다. 주택 여부 판정은 양도 당시 주택에 거주한다는 객관적 사실이나 주택으로 사용한다는 실질적 행위가 있어야 할 것을 요건으로 하지 않는바(조심 2023부3133, 2023.4.10. 참조), 최종 임차인이 퇴거한 이후 양도일까지 약 4개월여 동안 공실상태로 두었다는 이유로 쟁점층을 주택이 아닌 근린생활시설이라는 청구주장은 받아들일 수 없는 것이다. 청구인은 쟁점층에 있는 주거 필수 시설(싱크대 등 주방시설, 수도관, 난방용 보일러 및 가스관, 화장실 세면대 및 변기 일체 등)이 모두 철거되어 주거용으로 사용할 수 있는 상태가 아니라고 주장하며 사실확인서 2매와 철거공사 견적서 1매를 제출하였다. 그러나 이 확인서는 컴퓨터로 작성․출력한 문서에 인적사항만을 직접 수기로 기재한 것이고 사인 간에 임의로 작성이 가능한 문서이므로 이를 객관적인 증빙으로 보기 어렵다. 그리고 견적서를 보면, 구체적인 공사내용 등이 기재되어 있지 않아 해당 공사가 쟁점건물 2․3층과 관련된 것인지 여부가 불분명하고, 설령 해당 공사가 쟁점건물 2․3층과 관련된 것이라 하더라도 쟁점견적서상 금액이 8,850,000원인데 반하여 청구인이 실제 지급한 금액이 6,500,000원에 불과하므로 그 견적된 내용대로 실제 작업이 이루어졌다고 볼 수도 없다.

3. 특히, 처분청에 대한 감사기간 중 청구인이 제출한 다른 곳(◎◎건축 김◎◎)의 쟁점부동산에 관한 철거공사 견적서를 보면 “○○구 ○○1동 32-3 AAA빌딩 세대 철거 공사 총 2층 11세대, 3층 6세대 내부 철거”로 철거공사 내용이 구체적으로 기재되어 있고, 견적금액도 19,700,000원(1세대당 1,000,000원)으로 기재되어 있다. 한편, 쟁점건물 2․3층은 주택 총 24세대(2층 11개, 3층 13개)가 있었는바, 이를 철거하기 위하여 지급한 금액은 적정한 철거비용(1세대당 1백만원) 24,000,000원보다 1/3에 지나지 않는 6,500,000원뿐이다. 따라서 청구인이 양도일 현재 쟁점건물 2․3층에 있던 주거시설 전부(24세대)를 철거한 것으로 볼 수 없다.

4. 아울러 감사기간 중 청구인이 쟁점층의 주거시설 철거 완료 후 찍은 것이라며 제출한 사진을 보면, 임시 가벽 및 방문 등을 철거하고 일체의 구조물이나 시설이 없이 깨끗하고 완전한 공실 상태라는 사실확인서 내용과는 달리 쟁점층은 여전히 각 호실로 구분되어 있고, 도어락 및 호실 번호가 붙어 있는 철제문과 불이 환하게 켜져 있는 형광등, 에어컨 등이 온전히 설치되어 있는 것으로 나타난다. 이는 양도일 이전에 쟁점층의 주거 시설이 모두 철거되었기 때문에 주거용으로 사용할 수 있는 상태가 아니었다는 청구인의 주장은 사실이 아님을 알 수 있다.

5. 또한, 쟁점층(2․3층)과 쟁점건물 4․5층은 양도일 직전까지 20여년 동안 주택으로 계속 사용되었고, 같은 시기 임차인이 퇴거하여 공실이 된 후 주거시설이 철거되었다고 주장하고 있음에도 쟁점층(2․3층)은 주택이 아닌 근린생활시설을 적용하고, 쟁점건물 4․5층은 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용해야 한다는 청구인의 주장은 논리적으로도 맞지 않다. 따라서 처분청이 쟁점건물 4․5층뿐만 아니라 쟁점층(2․3층)도 공부상 용도인 근린생활시설이 아닌 실제 주택으로 계속 사용한 것으로 보아 양도소득세 과세를 예고한 이 건 통지는 적법․타당하다.

• 나. 만약, 이 건에서 청구주장대로 쟁점층이 철거공사를 통하여 원상회복되어 공부상 용도대로 근린생활시설인 상태로 양도되었다고 인정하는 경우에는 당초 청구인인 신고한 1세대 1주택 비과세 적용은 배제되어야 할 것이다. 만약, 청구주장대로 쟁점층이 주거시설 철거공사 등을 통하여 당초 주택에서 원상회복되어 양도일 현재 근린생활시설인 상태로 양도되었다는 것이 인정된다면, 쟁점건물 4․5층 또한 공부상 2021.8.5. 당초 주택에서 제2종 근린생활시설(사무소)로 용도변경된 이후 양도되었기 때문에 청구인이 당초 1세대 1주택 비과세를 적용하여 신고한 쟁점건물 4․5층도 주택이 아닌 상가(근린생활시설)로 보아야 하므로 청구인이 신고한 1세대 1주택 비과세규정 적용은 배제되어야 할 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점층(2․3층)은 근린생활시설임에도 주택으로 보고, 청구인이 다세대주택을 양도한 것으로 보아 다주택자 중과세율로 과세하려는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제88조 【정의】 (2021.12.8. 법률 제18578호로 일부개정된 것, 이하 같다)

7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 2) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 2-1) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】 (2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정된 것)

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 및 각호 생략)

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(건축법 제19조 에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다. <개정 2019.2.12., 2021.2.17.> 3) 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

⑮ 제154조 제1항을 적용할 때 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다. 4) 건축법 시행령 [별표1]【용도별 건축물의 종류】(제3조의5 관련)

[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집·공동생활가정·지역아동센터ㆍ공동육아나눔터(아이돌봄 지원법 제19조 에 따른 공동육아나눔터를 말한다. 이하 같다)ㆍ작은도서관(도서관법 제2조제4호 가목에 따른 작은도서관을 말하며, 해당 주택의 1층에 설치한 경우만 해당한다. 이하 같다) 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다]

• 가. 단독주택
• 나. 다중주택: (생략)
• 다. 다가구주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

1. 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

2. 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것

3. 19세대(대지 내 동별 세대수를 합한 세대를 말한다) 이하가 거주할 수 있을 것

[공동주택의 형태를 갖춘 가정어린이집·공동생활가정·지역아동센터ㆍ공동육아나눔터ㆍ작은도서관·노인복지시설(노인복지주택은 제외한다) 및 주택법 시행령 제10조 제1항 제1호 에 따른 소형 주택을 포함한다].(단서 생략)

• 가. 아파트: 주택으로 쓰는 층수가 5개 층 이상인 주택
• 나. 연립주택: 주택으로 쓰는 1개 동의 바닥면적(2개 이상의 동을 지하주차장으로 연결하는 경우에는 각각의 동으로 본다) 합계가 660제곱미터를 초과하고, 층수가 4개 층 이하인 주택
• 다. 다세대주택: 주택으로 쓰는 1개 동의 바닥면적 합계가 660제곱미터 이하이고, 층수가 4개 층 이하인 주택(2개 이상의 동을 지하주차장으로 연결하는 경우에는 각각의 동으로 본다)
• 라. 기숙사

3. 제1종 근린생활시설

• 가. 식품·잡화·의류·완구·서적·건축자재·의약품·의료기기 등 일용품을 판매하는 소매점으로서 같은 건축물(하나의 대지에 두 동 이상의 건축물이 있는 경우에는 이를 같은 건축물로 본다.. 이하 같다)에 해당 용도로 쓰는 바닥면적의 합계가 1천 제곱미터 미만인 것(이하 각호 생략)

4. 제2종 근린생활시설

• 가. 공연장(극장, 영화관, 연예장, 음악당, 서커스장, 비디오물감상실, 비디오물소극장, 그 밖에 이와 비슷한 것을 말한다. 이하 같다)으로서 같은 건축물에 해당 용도로 쓰는 바닥면적의 합계가 500제곱미터 미만인 것(이하 각호 생략) 5) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 5-1) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 ※ 소득세법 기본통칙 89-154…4【 공부상 주택이나 사실상 영업용 건물인 경우 비과세여부】 소유하고 있던 공부상 주택인 1세대1주택을 거주용이 아닌 영업용 건물(점포・사무소 등)로 사용하다가 양도하는 때에는 영 제154조 제1항에 규정하는 1세대1주택으로 보지 아니한다. ※ 소득세법 기본통칙 89-154…12【 매매특약이 있는 주택의 1세대 1주택 비과세 판정】 영 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대 1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 한다. 다만, 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다. ※ 양도소 득세 집행기준 89-154-9 (주택을 일시적으로 다른 용도로 사용하고 있는 경우) 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 주택으로 사용할 수 있는 건물은 주택으로 본다. ※ 양도소 득세 집행기준 89-154-13 (공실인 오피스텔의 주택 여부) 주택 양도일 현재 공실로 보유하는 오피스텔의 경우 내부시설 및 구조 등을 주거용으로 사용할 수 있도록 변경하지 아니하고 건축법상의 업무용으로 사용승인된 형태를 유지하고 있는 경우에는 주택으로 보지 않으며, 내부시설 및 구조 등을 주거용으로 변경하여 항상 주거용으로 사용 가능한 경우에는 주택으로 본다.

• 다. 사실관계

1. 기초 사실관계

• 가) 쟁점부동산에 관한 사업자등록 현황 등

(1) 국세청 대내포털시스템(NTIS)에서 확인되는 쟁점사업장의 사업자등록 기본사항은 다음과 같으며, 거주용 건물임대업(주택)은 2020.1.9. 추가한 것으로 나타난다.

(2) 2022년 쟁점부동산이 양도된 전후 청구인이 종합소득세를 신고한 내역은 다음과 같다.

• 나) 쟁점부동산에 관한 양도소득세 신고 및 과세예고 내역 청구인이 2022.2.23. 쟁점부동산의 지분 1/2를 4,550,000,000원에 양도하고, 쟁점건물 4․5층을 1세대 1주택 비과세를 적용하여 양도소득세를 신고한 내역과, 처분청이 쟁점건물 4․5층뿐만 아니라 쟁점층(2․3층)까지 주택으로 보아 이 건 양도소득세 1,049,597,056원을 과세예고한 내역은 다음과 같다.
• 다) 쟁점부동산 소유자들(청구인이 1/2지분을 소유하고 있고, 나머지 1/2지분은 토지는 최 등 4명이, 건물은 설가 소유하고 있음)는 2021.9.27. ㈜甲기업(대표: 박○○)과 쟁점부동산의 토지를 8,700백만원, 쟁점건물을 400백만원에 양도하는 2건의 매매계약을 체결하였다. 그 매매계약 중 특약사항의 일부는 다음과 같다.
• 라) 쟁점건물 양도일 현재(2022.2.23.) 현재 쟁점건물에 대한 일반건축물대장의 주요 내용은 다음과 같으며, 청구인이 비과세로 신고한 4․5층은 2005년부터 2021년까지 개별주택가격이 고시되어 있는 것으로 나타나고(2021년: 1,043백만원), 2021.8.4. 이전까지 공부상 주택이었던 것으로 나타난다.
• 마) 인터넷 포털 ‘네이버’의 지도 검색을 통하여 쟁점부동산에 관한 사진자료를 시간순으로 정리하면, 다음과 같다.
• 바) 쟁점건물 일반건축물대장을 보면, 쟁점부동산 매수자는 쟁점건물을 다음과 같이 대수선하여 2023.5.16. 완료한 것으로 나타난다.

2. 청구인이 제시하고 있는 주요 증빙

• 가) 청구인은 쟁점부동산 양도일 현재 쟁점층에 임차인이 없다는 증빙으로 임대보증금 반환내역을 제시하고 있는바, 이 자료를 보면 2층은 11개의 호실이 있었고, 3층의 13개의 호실이 있었으며, 쟁점층의 마지막 임차인 서**(311호)에게 2021.10.20. 임대보증금 7천만원을 돌려 준 것으로 나타난다.
• 나) ○○시 ○○구 ○○1동장이 2023.2.24. 발급한 ‘전입세대확인서(동거인 포함)를 보면, 발급일 현재 쟁점부동산을 주소지로 한 전입세대는 없는 것으로 나타난다.
• 다) 청구인은 2021.9.27. 쟁점부동산 양도계약일 이후 2022.2.23. 양도일까지 쟁점층의 전기사용량 및 상수도사용량이 없다는 증빙으로 매수자(甲기업)가 고객으로 되어 있는 2～5층의 공용 전기사용량에 관한 “계약 종합정보내역”(2023.2.27.)과 쟁점건물 2～4층의 수도사용량에 관한 증빙이라며 2023.2.23. ○○시 ○○수도사업소장이 발급한 ‘수납확인 내역서’를 제출하였다.
• 라) 쟁점층에 있던 17세대의 주거시설을 철거를 하였다는 증빙으로 ① ●●철거 송●●이 2023.2.26. 작성한 확인서와 견적서, ② 매수자 ㈜甲기업 대표 박○○이 2023.3.7. 작성한 확인서를 제출하였다. 그리고 철거공사 대금을 지급한 증빙으로, 송●●에게 2021.8.30. 2,000,000원, 2021.9.10. 4,500,000원을 송금한 것으로 나타나는 청구인의 농협계좌(201***) 입출금 내역서를 제시하고 있다.
• 마) 쟁점건물의 임차인이 2022.1.9. ○○구청에 쟁점층을 공부상 용도(안마시술소)가 아닌 주거용으로 사용하고 있다는 민원을 제기하였고, 이에 ○○구청은 2022.1.11. 쟁점부동산 현장을 방문한 결과 쟁점충이 모두 퇴거된 상태로 주거용으로 사용하고 있지 않다고 회신한 내부결재 자료를 제시하고 있다.

3. 감사관이 제시하고 있는 주요 증빙

• 가) 감사관은 쟁점건물을 주소지로 하여 주민등록상 전입신고 및 확정일자를 부여한 내역을 보면, 쟁점건물 2층은 11세대, 3층 11세대, 4층 7세대, 5층 1세대 합계 30세대(쟁점층은 22세대) 규모의 주택이 있었던 것으로 추정된다는 의견이다.
• 나) 청구인이 쟁점건물 철거공사와 관련하여 제출한 다른 견적서(◎◎건축 김◎◎)를 보면, ●●철거 송●●이 제시한 견적서와 달리 철거공사 내역이 구체적이고, 17세대당 철거비용이 1세대당 1백만원 합계 19,700,000원으로 나타나는 반면, 송●●이 제시한 견적서상 8,850,000원(실제 지급액은 6,500,000원)에 불과하여 그 금액으로는 쟁점층에 있는 전 세대 주거시설을 철거하기는 불가능하며, 철거비용에 관한 매입세금계산서 수취내역도 확인되는 않는다는 의견이다.
• 다) 또한, 청구인이 쟁점층에 대한 주거시설을 철거하고 난 뒤 2021.9.15. 찍은 사진이라며 제출한 사진자료를 보면, 여전히 각 호실로 구분되어 있고 호실 번호가 붙어 있으며 형광등, 에어컨 등이 있는 것으로 나타나 양도 당시 쟁점층 현황을 주택이 아닌 근린생활시설로 볼 수 없다는 의견이다.
• 라. 판단

1. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

• 가) 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 따라서 소득세법 시행령 제154조 제1항 에서 1세대 1주택이란, 1세대가 “양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우”라고 규정하고 있으므로, 양도한 부동산이 소득세법 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 소정의 ‘주택’인지 여부는 “양도일”을 기준으로 판단하여야 할 것이다.(서울행정법원 2021.11.24. 선고 2020구단65886 판결 참조).
• 나) 양도일 현재 쟁점건물의 쟁점층(2․3층)이 주택인지 여부에 대한 판단 감사관은 양도일 현재 쟁점건물의 4․5층이 주택일 뿐만 아니라 쟁점층 역시 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 호(戶)가 여러 개가 있는 주택으로 보아야 하고, 이러한 경우 주택인 층수가 4개 층(2～5층)이어서 청구인이 다세대주택을 양도한 것으로 보아야 한다고 의견이나, 다음과 같은 사정에서 양도 당시 쟁점층을 주택으로 보기는 어렵다고 판단된다. 첫째, 비록 청구인이 과거 쟁점층을 여러 호(戶)’로 나누어 임대용 주택으로 사용한 것으로 보이나, 양도 당시 쟁점부동산을 주소지로 하여 전입한 세대가 없다는 사실에 관한 다툼이 없고, 청구인이 쟁점층에 있는 주거시설을 모두 철거하였다며 철거공사업자의 확인서 및 견적서와 매수자의 확인서를 제시하고 있으며, 청구인이 다세대주택인 상태에서 양도하는 경우 양도소득세가 중과세된다는 사실을 미리 알고 있었던 사정을 더하여 보면, 청구인이 양도일 이전에 쟁점층의 주거시설을 철거하였을 개연성이 높아 보인다. 둘째, 쟁점층이 공부상 용도(안마시술소)와 달리 주거용으로 사용하고 있다는 민원에 대하여 ○○구청이 양도일 이전인 2022.1.11. 쟁점부동산을 현장확인하고, 쟁점층은 모두 퇴거한 상태로 주거용으로 사용하고 있지 않아 무단용도변경에 해당하지 않는다고 회신한 것으로 나타난다. 셋째, 주택인지 여부는 사실상 주거용으로 사용하고 있는지 여부로 판단하여야 하고, 그 용도가 불분명한 경우에는 공부상 용도에 따라야 한다(소득세법 제88조 제1항 제7호). 따라서 양도 당시 쟁점층은 주택이 아니라 근린생활시설이었다는 청구주장을 받아들이는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법제81조의15 제5항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.