과세예고통지 당시 근로자는 퇴사를 하였고, 청구법인을 상대로 손해배상청구소송을 진행하고 있는 점 등으로 볼 때 청구법인의 원천징수이행이 어렵다고 인정되며, 근로자는 종합소득세 기한후 신고서를 제출한 사실 또한 있는바, 청구법인에게 근로소득세를 부과 징수하는 것은 타당하지 아니함
과세예고통지 당시 근로자는 퇴사를 하였고, 청구법인을 상대로 손해배상청구소송을 진행하고 있는 점 등으로 볼 때 청구법인의 원천징수이행이 어렵다고 인정되며, 근로자는 종합소득세 기한후 신고서를 제출한 사실 또한 있는바, 청구법인에게 근로소득세를 부과 징수하는 것은 타당하지 아니함
이 건 과세전적부심사청구는 채택합니다.
1. 구 조특법 제16조의3 제1항에서는벤처기업 육성에 관한 특별조치법(이하 “벤처기업법”이라 한다)제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 것에 한하여 과세특례의 대상이 됨을 명시하고 있다.
2. 청구법인이 AAA에게 쟁점주식매수선택권을 부여한 2016.3.31. 당시 벤처기업법 제16조의3 및 동법 시행령 제11조의3 제2항에서는 부여 당시 시가보다 낮은 행사가액으로 주식매수선택권을 발행하는 것이 허용되지 않았던바, 쟁점주식매수선택권은 애초에 벤처기업법 제16조의3 에 따른 주식매수선택권으로 볼 수 없고, 따라서 구 조특법 제16조의3의 과세특례의 적용이 불가능하였다.
3. 청구법인은 2021년 중 뒤늦게 상기와 같은 문제점을 발견하였고, 2018년 당시 근로자 AAA에 대한 소득세 원천징수 내역 및 해당연도 연말정산 신고에 오류가 있었음을 인지하게 되었다.
4. 2021.6월경 청구법인은 과거 AAA와 같은 시기인 2016.3.31.에 시가에 미달하는 행사가액으로 주식매수선택권을 부여받은 3인(청구인, BBB, CCC)에 대하여 근로소득세 원천징수 수정신고를 진행하는데 협조해줄 것과, 각 개인이 납세의무자로서 부담해야 할 근로소득세 본세를 청구법인에게 입금해 줄 것을 요청하였다.
5. 당시 AAA를 제외한 2인은 청구법인의 요청에 협조하여 2021.8월 근로소득세 원천징수 수정신고 및 납부가 이행되었으나, AAA는 이에 응하지 아니하였으며, 오히려 원천납세의무자로서 소득세(원천세)의 납부가 이루어지지도 않은 상태에서 추후 납세의무자인 본인에게 부과․징수될 수 있는 쟁점소득세 및 가산세를 모두 청구법인이 부담하여 구 조특법 제16조의3에 따른 과세특례를 적용한 것과 동일한 상태가 되도록 해야 한다는 이례적인 형태의 조정을 법원에 신청하였다(○○중앙법원2021머5*).
6. 해당 조정신청은 2021.9.24. 조정불성립으로 종결되었고, AAA는 이에 불복하여 2021.9.30. ○○중앙지방법원에 청구법인에 대한 손해배상소송을 제기하였다.
7. 또한, AAA는 소송이 진행중이던 2022.6.13. 돌연 ○○세무서에 2018년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고 및 납부계산서를 제출(기한 후 신고)하였는데, 신고서상 가산세는 공란으로 두었으며, 종합소득세와 가산세 납부의무는 이행하지 아니하였다.
8. AAA의 손해배상청구소송은 2022.10.6. 1심에서 원고패소판결이 이루어졌으며, 이후 2022.11.14. ○○고등법원에 재차 항소하여 현재 항소심이 진행중에 있다.
9. 한편, AAA는 2019.12.31. 청구법인을 퇴사하였으며, 현재까지 청구법인과 AAA 간에 고용관계는 없다.
2. 본 건 사실관계는소득세법제137조에 의해 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에 해당한다. 청구법인은 과거 2018년 AAA의 급여 지급시 매월 소득세를 원천징수하고 해당 급여에 대하여는 적정하게 연말정산을 수행하였으나, 쟁점주식매수선택권 행사이익에 대하여는 구 조특법 제16조의3에 따른 과세특례를 적용할 수 있는 것으로 오인하여 원천징수대상 근로소득에서 누락하였는바, 이는 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에 해당한다.
3. 본 건 사실관계는 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우에 해당한다.
4. 조세심판원이나 법원에서도 그 원천징수 내용에 탈루 또는 오류가 있고, 근로소득자가 퇴사하여 현재 원천징수의 이행이 어려운 경우, 납세의무자에게 직접 과세표준 및 세액을 경정․고지하는 것이고, 이러한 처분은소득세법제80조제2항제2호에 따른 것으로 적법한 것이라고 일관적으로 판결하고 있고(대법원 2017두58243, 2017.11.23. 등), 근로소득만이 있어 그에 대한 과세표준 확정신고 의무가 면제된 거주자라 하여도 원천징수가 누락된 이상 그에게 종합소득세로 이를 부과하는데 법리상 문제가 없다는 입장을 견지하고 있다(대법원 2000두10649, 2001.12.27.)
5. 더욱이, 납세의무자인 AAA는 손해배상청구소송이 진행 중이던 2022.6.13. 돌연 ○○세무서에 본인의 2018년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고 및 납부계산서를 제출하면서 신고서 상 가산세는 공란으로 두고, 쟁점소득세 및 가산세 납부의무는 이행하지 아니하였는바, 납세의무자로서 법률에 따라 납부해야 할 세금을 계속적으로 회피하여 현실적으로 손해가 발생하였다고 볼 수도 없는 상황에서, 손해배상청구의 하자를 보완하려는 행태만을 보이고 있다.
6. 이처럼 AAA가 납세의무자로서 부담해야 할 소득세 본세 납부의무를 의도적․계속적으로 회피하고 있어소득세법제80조제2항제2호의 원천징수이행이 어려운 경우에 해당함이 명백함에도 불구하고 납세의무자 개인에 대한 고지 등의 부과처분이나, 어떠한 징수노력도 이루어지지 않은 채, 원천징수의무자인 청구법인에 우선적으로 과세예고통지가 이루어지는 것은 부당하다.
2. AAA는 소송이 진행 중이던 2022.6.12. ○○세무서에 2018년 과세연도 종합소득세를 기한 후 신고 하면서 가산세는 공란으로 두고 쟁점소득세 및 가산세 납부의무는 이행하지 아니하고 있는바, 이는 기한 후 신고를 통해 소송의 대상이 되는 세액을 제시하되, 추후 해당 신고내용에 대한 관할세무서장의 경정 및 고지를 통해 금액이 확정되는 것을 기다리면서 기존 손해배상소송을 계속 진행하려는 의도로 보인다.
3. 따라서, AAA의 소득세 관할 ○○세무서장은 AAA의 신고내역을 검토하여소득세법제80조에 따라 납세의무자가 부담해야 할 소득세액을 최종 결정경정하고, 이를 기준으로소득세법제85조제1항 및 제2항에 따라 미납된 소득세액을 해당 납세의무자에게 부과처분 해야 할 것이다.
2. 감사관은 본 건의 경우 과세예고통지 시점 현재 원천납세의무자가 누락된 소득세를 납부한 사실이 없으므로소득세법제85조제3항 단서를 적용할 수 없다고 하나, 이는 누락된 소득세가 법령에 따라 원천납세의무자에게 고지되고, 과세당국의 징수 노력이 있었음에도 징수되지 않은 경우를 전제로 유효한 것이다.
• 이는 누락된 소득세가 법령에 의해 원천납세의무자에게 고지되고, 이후 과세당국의 체납처분 등 징수노력에도 불구하고 최종적으로 세액의 일부 또는 전부를 징수하지 못했을 때, 해당 부과처분을 취소하고 원천징수의무자에게 다시 부과할 수 있다는 해석과 관련하여 적용되는 법리이다(조심2018부3440, 2019.09.18., 기획재정부 소득세제과-0198, 2018.03.20.이하 같은 뜻임).
3. 2022.6.13. 원천납세의무자인 AAA는 종합소득세 확정신고(기한후신고)를 이행하였는바, 관할세무서장은 해당 신고내용을 검토하여소득세법제80조에 따라 납세의무자가 부담해야할 소득세액을 최종 결정하고 미납된 소득세를 해당 납세의무자에게 우선 고지해야 한다. 가)소득세법제80조제2항 본문 및 동항 제1호에 따르면 납세지 관할 세무서장은소득세법제70조에 따라 과세표준 확정신고를 한 자의 신고내용에 오류가 있는 경우, 납세의무자를 상대로 하여 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정하도록 하고 있으며,소득세법제85조제2항에서는 기 징수하거나 납부된 거주자의 해당 과세기간의 소득세액이 상기소득세법제80조에 따라 납세지 관할 세무서장이 경정한 소득세액에 미달할 경우, 그 미달하는 세액을 징수한다고 규정하고 있다.
② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우
2. 제137조, 제137조의2, 제138조, 제143조의4, 제144조의2, 제145조의3 또는 제146조에 따라 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업ㆍ행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우 2) 소득세법 제85조 【징수와 환급】
③ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 ｢국세기본법｣ 제47조의5 제1항 에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 ｢국세기본법｣ 제47조의5 제1항 에 따른 가산세액만을 징수한다.
1. 납세의무자가 신고ㆍ납부한 과세표준금액에 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액이 이미 산입된 경우
2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과ㆍ징수하는 경우 3) 소득세법 시행령 제38조 【근로소득의 범위】
① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.
17. 법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과 ｢법인세법 시행령｣ 제2조 제5항 에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 “해당 법인등”이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인 등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다) 4) 조세특례제한법 제16조의3 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】(2017.10.31. 법률 제15022호로 개정되기 전의 것)
① 벤처기업의 임직원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 “벤처기업 임직원”이라 한다)가 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 “적격주식매수선택권”이라 한다)을 행사(벤처기업 임직원으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 ｢소득세법｣ 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다.
1. ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것
2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 “전체 행사가액”이라 한다)가 5억원 이하일 것
⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고소득세법제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며(제2호의 경우에는 제1항제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익을 대상으로 한다), 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다. <개정 2016.12.20>
1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다): 증여일 또는 처분일 5) 조세특례제한법 시행령 제14조의3 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】(2016.12.1. 대통령령 제27649호로 개정되기 전의 것)
① 법 제16조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 자"란 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3제1항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)을 말한다.
1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자
법인세법 시행령 제43조제7항 에 따른 지배주주등에 해당하는 자
3. 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하는 주주
4. 제3호의 주주와 국세기본법 시행령 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자
② 법 제16조의3제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조제1항 에 따른 금융투자업자(이하 이 조에서 "금융투자업자"라 한다)를 통하여 기획재정부령으로 정하는 계좌(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌"라 한다)를 개설하고, 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 한다.
③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 행사주식지급명세서"라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 "특례적용대상명세서"라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 금융투자업자는 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서"라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑤ 법 제16조의3 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.
1. 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ매수가액ㆍ대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것
2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것
3. 사망, 정년 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3 제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것
6. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3【벤처기업의 주식매수 선택권】
① 주식회사인 벤처기업은 ｢상법｣ 제340조의2 부터 제340조의5까지의 규정에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의가 있으면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중 해당 기업의 설립 또는 기술ㆍ경영의 혁신 등에 기여하였거나 기여할 능력을 갖춘 자에게 특별히 유리한 가격으로 신주를 매수할 수 있는 권리나 그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 기업의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 이 조에서 “주식매수선택권”이라 한다)를 부여할 수 있다. 이 경우 주주총회의 결의는 ｢상법｣ 제434조 를 준용한다.
7. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령｣ 제11조의3【주식매수선택권의 부여방법 등】(2016.12.5. 대통령령 제27663호로 개정되기 전의 것)
① 법 제16조의3 제1항에 따른 주식매수선택권의 부여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법에 따른다.
1. 주식매수선택권의 행사가격으로 새로 신주를 발행해서 주거나 자기주식을 주는 방법
2. 주식매수선택권의 행사가격과 시가(時價)와의 차액(행사가격이 시가보다 낮은 경우의 차액을 말한다)을 현금이나 자기주식으로 주는 방법
② 제1항 각 호에 따른 주식매수선택권의 행사가격(주식매수선택권을 부여한 후 그 행사가격을 조정하는 경우에도 또한 같다)은 다음 각 호의 가액(價額) 이상이어야 하며, 제1항 제2호에 따른 시가는 주식매수선택권을 행사한 날을 기준으로 제1호 가목에 따라 평가한 해당 주식의 시가로 한다.
1. 새로 주식을 발행하여 주는 경우에는 다음 각 목의 가액 중 높은 금액
1. 통지관서가 2022.12.22. 청구법인에 통지한‘감사결과 과세예고 통지서’에 따르면, 통지관서에 대한 세원관리 실태점검 관련 ○○청의 감사 결과 근로자 AAA의 주식매수선택권 행사이익 과세 특례 부적정으로 근로소득 원천징수누락분에 대하여 아래와 같이 결정하여 고지한다는 내용이 확인된다.
2. 청구법인이 제출한 심리자료
1. 관련 법리 소득세법제80조제2항제2호는‘관할 세무서장은 과세표준확정신고를 한 자(과세표준확정신고를 하지 아니한 자 포함)가 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 연말정산 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다’고 규정하고 있다. 또한,소득세법제85조제3항에서는‘원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대하여 납세의무자의 관할세무서장이 소득세법 제80조 에 따라 납세의무자에게 직접 소득세를 부과․징수하는 경우, 원천징수의무자에게는국세기본법제47조의5제1항에 따른 가산세액만을 징수한다’고 규정되어 있다.
2. 퇴사한 근로소득자의 원천징수누락분에 대하여 원천징수의무자인 청구법인에게 쟁점소득세를 과세할 수 있는지 여부에 대한 판단
① AAA는 2019.12.31. 청구법인을 퇴사하여 이 건 과세예고통지 시점에는 청구법인과의 일체의 고용관계가 존재하지 아니한다는 점에 대해서는 다툼이 없다.
② 감사관은 청구법인이 AAA가 쟁점주식매수선택권을 행사할 당시 근로소득세를 원천징수할 수 있었음에도 조특법 제16조의3 규정에 따라 과세특례가 적용되는 것으로 오인하여 이를 이행하지 아니한 것이므로, 원칙적으로 원천징수의무자에게 원천징수의 책임을 물어 미납된 세액 등에 대하여 징수처분을 하면 족하며, 원천납세의무자가 퇴사하여 현실적으로 원천징수대상 근로소득세를 징수하기 어렵다는 사정만으로 곧바로 원천납세의무자에게 종합소득세를 징수할 것은 아니라는 의견이다.
③ 청구법인은 쟁점주식매수선택권 행사에 따른 원천징수 신고 오류를 인지하고 2021.6월경 AAA에게 근로소득 원천징수 수정신고 진행 및 근로소득세 본세 납부에 협조해줄 것을 권고한 것으로 확인되나, AAA는 이에 불응하였을 뿐만 아니라 청구법인을 상대로 손해배상청구소송 등을 진행하고 있다는 점으로 볼 때, 청구법인이 원천납세의무자로부터 근로소득세를 징수하기 어려운 상황에 있다는 점을 부인하기는 어려워 보인다.
④ 감사관은 원천징수의 특례를 정한 ｢소득세법｣ 제85조제3항 단서의 규정은 원천납세의무자(근로소득자)가 신고 또는 부과된 원천징수 누락된 소득세를 실제로 납부한 경우에 한하여 적용된다고 보는 것이 타당하다고 할 것으로, 원천납세의무자인 AAA가 종합소득세를 납부한 사실이 확인되지 아니하는 이 건의 경우 청구법인에 원천징수 등 납부지연가산세를 포함하여 근로소득세를 부과하여 징수해야 한다는 의견이다.
⑤ 그러나, 원천납세의무자인 AAA는 2022.6.13. 관할세무서에 2018년 귀속 종합소득세 기한후 신고서를 제출한 사실이 있는바, 관할세무서장이 해당 신고내용을 검토하여소득세법제80조에 따라 AAA이 부담해야 할 종합소득세를 최종 결정하고 미납된 소득세를 AAA로부터 부과 징수할 것이지 청구법인에게 원칙적으로 원천징수를 이행할 의무가 있다고 하여 원천납세의무자가 기한후 신고서를 제출한 경우까지도 원천징수의무자인 청구법인에게 쟁점소득세(근로소득세 본세)를 부과하여 징수할 것은 아니라고 봄이 타당하다.
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조15제5항제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.