정산 후 분양대금으로 취득가액을 산정하여야 하는지 여부

이 건 과세전적부심사청구는 【불채택】결정합니다.

• 가. 청구법인은 2014.8.18. 개업하여 2022.6.30. 폐업한 조명기구 제조업체로서 청구법인의 대표 구AA로부터 ○○시 ○○구 토지(이하 “ 쟁점토지 ”라 한다)와 지상 건물(이하 쟁점토지와 합쳐서 “ 쟁점부동산 ”이라 한다)을 2014.9.19. 현물출자받아 취득하였다가 2020.10.14. 매매로 소유권이전하였다.
• 나. 한편, 구AA는 쟁점토지를 BB도시공사로부터 2014.6.9. 취득하여 2014.9.19. 청구법인에 현물출자하고 2014.9.30. 양도소득세를 신고하면서 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세를 신청하였고, 취득가액은 BB도시공사와 잔금정산하기 전 분양대금인 1,496,880,000원으로 계산하였다.
• 다. ○○청 감사관실은 청구법인이 쟁점부동산을 2020년 양도하였으나 양도소득세 이월과세액을 법인세로 납부하지 않은 사실을 확인하고 통지관서에 감사지적하였고, 통지관서는 감사지적에 따라 2022.7.5. 청구법인에 2020년 사업년도 법인세 68,125,656원을 과세하겠다는 예고통지를 하였다.
• 라. 이에 청구법인은 구AA가 쟁점토지에 대한 취득가액을 정산후 분양대금으로 신고하였어야 하나 정산전 분양대금으로 양도소득세를 잘못 신고하였다며 2022.8.16. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

구AA는 쟁점토지를 BB도시공사로부터 분양받아 청구법인에 현물출자하고 양도소득세 이월과세 신청하면서 쟁점토지의 취득가액을 당초 분양대금 1,496,880,000원으로 계산하였으나 2014.5.29. 최종 확정된 면적이 3㎡ 증가하면서 분양대금도 88,708,950원이 증액되었으므로 구AA의 쟁점토지 취득가액을 최종 확정된 분양대금 1,585,588,950원으로 하여 양도소득세를 재계산하여야 한다.

• 가. 조세특례제한법 시행규칙제15조제1항에는 “이월과세적용대상자산의 취득가액은 당해자산 취득당시의 실지거래가액으로 한다”고 규정되어 있고, 소득세법 시행령제163조제1항제3호에는 “당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함하고, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다”고 규정되어 있다.
• 나. 또한, 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령제40조제11항은 “사업시행자는 준공인가전에 산업시설용지를 분양한 경우에는 준공인가후에 해당 산업단지개발사업을 위하여 투입된 총사업비 및 적정이윤을 기준으로 정산하여야 한다‘라고 규정하고 있고, 관련 국세청 해석례(법인46013-1889, 2000.9.7.)에서는 농공단지개발사업의 시행자가 공장용지 분양대금을 선납받고 정산금액에서 차감하여 선납자에게 지급하는 금액은 이자소득으로 보지 않고 분양가액에서 차감하는 것이라고 되어 있다.
• 다. 따라서 BB도시공사가 쟁점토지 가액을 정산하면서 구AA에게 지급한 금액은 구AA의 쟁점토지 취득가액에서 차감하는 것이 타당하며, 쟁점토지의 정확한 취득가액을 계산하면 정산금액 1,585,588,950원에서 할부이자 8,942,840원을 포함하고 할인료 190,340,454원을 차감한 1,404,191,336원이 되어야 하나, 양도소득세를 경정하지 않은 상태에서 취득가액을 1,404,191,336원으로 경정하여 법인세를 과세하는 경우 양도소득세 제척기간이 도과하였음에도 청구법인이 법인세액을 추가 납부해야하는 불이익이 발생하므로 구AA가 신고한 취득가액을 인정하고 미납한 법인세를 과세하겠다는 이 건 통지내용은 정당하다. < 쟁점토지 정산내역 >

• 가. 쟁점 정산후 분양대금으로 쟁점토지의 취득가액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제2조 【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “이월과세”란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 소득세법 제94조 에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다. 2) 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도‧양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 2-1) 조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 2-2) 조세특례제한법 시행규칙 제15조 【이월과세 적용대상자산의 취득가액】

① 영 제28조 및 영 제29조에 따른 이월과세를 적용함에 있어서 이월과세적용대상자산의 취득가액은 당해자산 취득당시의 실지거래가액으로 한다. 3) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액.

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항제1호가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액 3-1) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다. 4) 소득세법 제89조 【자산의 취득가액등】

① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

② 제1항의 규정에 의한 취득가액은 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

1. 사업자가 자산을 장기할부조건으로 매입하는 경우에 발생한 채무를 기업회계기준에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우에 있어서의 당해 현재가치할인차금

2. 기획재정부령이 정하는 연지급수입의 경우에 제1항의 취득가액과 구분하여 지급이자로 계상한 금액

3. 제98조제2항제1호의 규정에 의한 시가초과액 5) 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령 제40조 【분양가격의 결정 등】

⑪ 사업시행자는 준공인가전에 산업시설용지를 분양한 경우에는 준공인가후에 해당 산업단지개발사업을 위하여 투입된 총사업비 및 적정이윤을 기준으로 정산하여야 한다. 이 경우 정산금액 및 시기 등에 관한 사항은 국토교통부장관이 정하여 고시한다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 2014.8.18. 등기구 제조 및 도·소매업 등을 사업목적으로 개업하여 2022.6.30.폐업하였으며, 구AA는 법인설립시부터 대표이사로 등재된 자이다.

2. 부동산등기사항전부증명서에 따르면 청구법인은 쟁점부동산을 2014.9.19. 구AA로부터 소유권 이전받아 2020.10.14. 매매를 원인으로 소유권 이전한 것으로 확인된다.

3. 구AA는 2003.2.10. EEE라는 상호로 등기구 제조업을 영위하다 2014.8.17.폐업하였고, 구AA의 2013년 및 2014년 과세연도 종합소득세 신고서에는 쟁점토지의 장부가액이 1,496,880,000원 및 1,566,570,000원으로 계상되어 있다.

4. 구AA는 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 신고하면서 쟁점토지에 대한 취득가액은 정산 전 분양대금으로, 양도가액은 감정평가법인이 작성한 감정가액으로 하여 2014.9.30. 신고하였다. * 구AA는 쟁점토지 지상에 건물을 신축하여 청구법인에 함께 현물출자하였다.

5. 청구법인은 2014년 사업연도 법인세 신고시 쟁점토지를 1,579,206,375원으로 계상하였고, 쟁점토지를 양도한 2020년 사업연도 법인세 신고시 각 사업연도소득금액 69,970,150원에 대한 법인세 6,997,015원을 신고납부하였다.

6. 통지관서는 청구법인이 2020년 사업연도 법인세 신고시 구AA의 양도소득세 이월과세액을 납부하지 않았다고 보아 가산세 12,447,424원을 포함하여 법인세 68,125,656원을 과세하겠다는 내용으로 예고통지를 하였다.

7. 청구법인이 제출한 용지매매계약서(등기신청용)는 아래와 같다. <그림>

8. BB도시공사와 구AA는 2010.5.31. 쟁점토지에 대한 용지매매계약서를 작성하였고 주요 내용을 발췌하면 아래와 같다.(붙임 용지매매계약서 참조) <그림>

9. 청구법인이 제출한 BB도시개발공사에서 발급한 쟁점토지의 정산내역서는 아래와 같다. <표>

10. 청구법인이 제출한 BB도시공사에서 발급한 쟁점토지에 대한 RRR단지개발사업(1단계) 정산내역서는 아래와 같다. <공급현황> <공급금액> <정산금액>

• 라. 판단

1. 관련 법리 가)소득세법제97조에는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 취득가액은 자산 취득에 든 실지거래가액으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제163조제1항제3호에는 실지거래가액을 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함하되, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득가액에 포함하지 아니하도록 규정하고 있다.

• 나) 한편 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령제40조제11항에는 사업시행자는 준공인가 전에 산업시설용지를 분양한 경우에는 준공인가 후에 해당 산업단지개발사업을 위하여 투입된 총사업비 및 적정이윤을 기준으로 정산하여야 한다고 규정하고 있다.

2. 정산 후 분양대금으로 쟁점토지의 취득가액을 산정하여야 하는지 가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 볼 때, 아래와 같은 이유로 정산 후 분양대금으로 쟁점토지의 취득가액을 산정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 보인다.

• 나) 소득세법상 양도자산의 취득가액이라 함은 양도자산의 양도가액에 직접 대응되는 비용으로서 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액을 의미하는 것으로, 개발사업 시행자로부터 공장용지를 분양받은 자가 분양대금을 선납한 일수에 따라 일정율의 금액을 분양가액에서 할인받는 경우 분양가액에서 차감하는 것이고(소득46011-706, 2000.6.30.),
• 다) 청구인이 BB도시공사와 체결한 쟁점토지에 대한 매매계약서를 살펴보면, 준공 후 지적공부정리 결과에 따른 면적의 증감, 실제 투입된 총사업비 확정에 따른 공급단가의 증감이 발생된 경우 확정된 면적 및 공급단가를 기준으로 정산하기로 하였고, 매수인이 납부한 과부족선수금에 대한 이자는 조성사업 완료 후 정산시 정산금액에서 가감하기로 약정한 사실이 확인된다.
• 라) 한편, BB도시공사의 쟁점토지에 대한 정산내역에 따르면 정산 후 분양대금은 1,585,588,950원이나 청구인이 BB도시공사로부터 선납할인받은 금액은 190,340,454원이고, 약정에 따른 할부이자는 8,942,840원으로서 쟁점토지의 취득가액 계산시 선납할인료를 분양대금에서 차감하고 할부이자를 분양대금에 가산한 1,404,191,336원이 쟁점토지의 취득가액으로 산정함이 타당 하나 이럴 경우 양도소득세의 제척기간이 도과하였음에도 청구법인이 법인세액을 추가 납부하게 되는 결과가 초래되므로 당초 구AA가 신고한 내용대로 쟁점토지의 취득가액을 인정하고 청구법인에 이 건 법인세를 과세함이 타당하다고 보인다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.