쟁점국내운송용역을 부가가치세법상 외국항행용역으로 보아 영세율을 적용할 수 있는지 여부

이 건 과세전적부심사청구는 불채택합니다.

• 가. 청구법인은 1997.

3.

25. 설립되어 현재 ○○ ○구 ○○○로○○○번길 ○○-○○(○○동, ○○국제공항 자유무역지역 공항물류단지 ○○블럭)에서 화물운송주선업을 영위하고 있는 법인으로, 청구법인이 해외관계사와 함께 공급하는 국제복합운송용역 중 해외고객사가 운송과 관련된 모든 비용을 부담하게 되는 조건의 운송용역(이하 “쟁점운송용역”이라 한다)에 대해 청구법인은 부가가치세법제23조 및 같은 법 시행령 제32조(이하 “쟁점법령”이라 한다)에 따른 ‘외국항행용역’에 해당한다고 보아 부가가치세를 영세율로 신고하여 왔다. 수출의 경우: EXW(공장 인도조건), FCA(운송인 인도조건) * 수입의 경우: DAP(도착장소 인도조건), DDP(관세지급 인도조건), DDU(관세미지급 인도조건)

1. EXW(ex works, 공장 인도조건)의 수출화물운송 사례

2. DAP(delivered at place, 도착장소 인도조건)의 수입화물운송 사례

• 나. 통지관서(이하 “조사청”이라 한다)는 2022.

3. 22.부터 2022.

5. 18.까지 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과, 쟁점운송용역을 영해구간 운송용역과 국내구간 운송용역(이하 “쟁점국내운송용역”이라 한다)으로 구분하여, 쟁점국내운송용역은 부가가치세법상 영세율 적용대상이 아닌 것으로 보아, 2022.

5.

27. 2017년 제2기부터 2021년 제2기까지의 부가가치세 총 8,332,178,659원을 과세하겠다는 내용의 세무조사결과통지를 하였으며, 그 상세내역은 아래와 같다. 〈 과세기간별 세무조사결과통지 내역〉 * 2017년 제1기 540백만원의 세무조사결과통지는 부과제척기간 3개월 이하로 이 건 청구에서 제외

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.

6.

22. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

출발지에서부터 도착지까지 운송용역이 하나로 연결되어 있고, 수출입화물에 대한 쟁점국내운송용역은 그 일부로서 수행된 것이며, 청구법인은 국내에서 해당 화물을 그대로 인수하여 용역을 제공하고 해외관계사와의 정산을 통해 수출자 또는 수입자로부터 운임을 수령한 것이므로, 이는 쟁점법령에 따른 외국항행용역에 해당하고, 이러한 해석은 기존의 국세청 유권해석에도 부합한다.

• 가. 쟁점법령의 입법취지나 관련 법률 등을 살펴보면, 쟁점국내운송용역은 별개의 국내구간 운송용역이 아닌 국제운송용역의 일부라고 보는 것이 타당한바, 쟁점법령에 따른 외국항행용역에 해당하여 영세율 적용대상이다.

1. 쟁점법령에서는 영세율이 적용되는 ‘외국항행용역’의 범위에 ‘운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역’을 포함시키고 있는데, 운송주선업자가 화주에게 제공하는 용역은 기본적으로 국내에서 이루어므로 영세율 적용대상이 아니었다가, 2000.

12.

개정으로 (구)제25조 제2항이 신설되면서 영세율 적용대상이 되었고, 이는 수출산업 지원 및 장려라는 정책적 목적에 따라 결정된 것이다.

2. 운송주선업자와 관련하여 상법은, 운송주선업자와 운송주선업자를 사용한 운송인에게 운송물에 대한 손해배상책임을 부담시키고(제115조, 제135조), 운송주선업자에게 운송인과 동일한 권리의무를 부담시키는 등(제116조) 운송주선업자에게 운송인과 유사한 법적 지위를 가지고 있음을 규정하고 있으며, 또한, 상법은 수인(數人)이 순차로 운송주선을 하는 경우에는 후자가 전자에 갈음하여 그 권리를 행사할 의무를 부담하고(제117조 제1항), 후자가 전자에게 변제한 때에는 전자의 권리를 취득한다고 규정하는 등(제117조 제2항) 선행 운송주선인과 후행 운송주선인의 긴밀한 연결 관계 역시 규정하고 있다.

3. 그리고, 국제복합운송계약과 관련하여 UN국제복합운송조약 제1호 제1항은, 국제복합운송계약을 ‘복합운송인이 화물을 자기의 책임하에 인수한 한 국가의 지점에서 다른 국가에 위치하고 있는 지정 인도시점까지 복합운송계약에 기초하여 적어도 2종류 이상의 운송수단(내륙･해상･항공)에 의한 화물운송을 하는 계약’으로 규정하고 있다.

4. ‘운송주선업자가 화주로부터 화물을 인수’하는 경우와 관련하여,

• 가) 앞서 본 상법 규정에 의하면 운송주선업자와 운송인은 유사한 법적 지위에 있고, 순차 운송을 담당하는 운송주선업자들 사이에는 긴밀한 연결 관계가 있는 점
• 나) 국세청은 운송주선업자가 다른 운송주선업자에게 국제운송용역을 제공한 사안에서, ‘운송주선업을 영위하는 국제운송주선계약에 따라 다른 운송주선업자로부터 화물을 인수하여 자기책임과 계산 하에 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 다른 운송주선업자로부터 받는 대가는 영세율이 적용된다’고 한 점(서면부가-2720, 2017.

11. 30.)

• 다) 한국표준산업분류표에서도 화물운송주선업을 운수업으로 분류하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 쟁점법령의 ‘운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하는 경우’에는 ‘수인의 운송주선업자가 공동으로 국제복합운송계약을 체결하고 그 공동 운송주선업자 중 일방이 화주로부터 화물을 인수’하는 경우도 포함된다고 해석하는 것이 타당하다.
• 나. 청구법인과 해외관계사는 각각의 운송주선인으로서 공동으로 하나의 국제복합운송용역을 제공하고 있는 것이며, 쟁점국내운송용역을 해외관계사로부터 하도급 또는 위탁받은 것이 아님은 아래의 사실관계에서 확인된다.

1. 국제복합운송계약의 공동 수임: 쟁점국내운송용역은 해외관계사가 화주로부터 특정 물품의 운송을 수임한 이후에 청구법인에게 운송용역을 발주하는 것이 아니라, 하나의 국제운송계약의 체결 등에 있어 청구법인과 해외관계사는 계약의 수임을 위하여 노력하는 단계에서부터 특정 물품의 운송에 소요되는 단가를 제시하면서 상호 의사소통을 하고 있고, 수출자 또는 수입자도 이를 고려한 최종 견적을 토대로 특정 물품의 운송을 의뢰하고 있다(붙임 1: 국제복합운송용역 공동수임 관련 이메일).

2. 청구법인의 책임범위: 청구법인과 해외관계사가 공동으로 수행하는 국제복합운송은 운임 등을 부담하는 수출자 또는 수입자에게 운송용역을 제안하는 입찰단계에서부터 인코텀즈 1) 에 따라 수행되는바, 청구법인 또한 인코텀즈에 따라 전체 운송구간에 대하여 책임을 부담하고 있다. 이는 쟁점국내운송용역이 국제복합운송용역의 일부를 구성하는 용역이라는 점을 방증하는 것이며, 만약 청구법인이 해외관계사로부터 특정구간의 운송용역만을 하도급 또는 위탁받은 것이라면 전체 운송구간에 대한 책임을 부담할 이유가 없는 것이다.

3. 쟁점국내운송용역과 관련한 별도 계약의 유무: 청구법인은 쟁점국내운송용역만을 구분하여 별도로 해외관계사와 하도급 또는 위탁계약을 체결한바 없으며, 화주에 대하여 청구법인과 해외관계사들 간의 업무의 범위와 수행방식을 규정한 표준업무절차(Standard Operating Procedure, 이하 “SOP”라 한다)에 따라 하나의 국제운송용역을 제공하고 있다. SOP의 적용대상은 청구법인과 ◇◇◇의 모든 계열사들에 한정하며, SOP는 수출지국･수입지국, 운송과정과 방법, 이익분배 및 책임･보험에 관한 국제복합운송용역의 제공에 따른 일반적인 프로세스를 규정하고 있다.

4. 선하증권의 발행: 청구법인은 운송주선업자로서 운송대상인 화물을 인수하게 되면, 해당 화물에 대한 정보를 기초로하여 선하증권(B/L)을 발행하고 있는데, 동 선하증권에는 화물고유번호, 수출업체, 수입업체, 출발지, 화물을 보내는 자, 도착지, 화물 최종 수령자, 항공사, 항공기명, 운임에 대한 수출자 및 수입자 부담구분 등이 기재되어 있다. 동 선하증권의 내용에 따르더라도 쟁점국내운송용역은 별개 국내구간의 운송용역이 아니라, 특정 화물을 국내업체로부처 현지까지 국내 육상운송 및 국제항공운송을 결합하여 운송하는 하나의 국제운송용역의 일부임이 틀림없다(붙임 2: EXW(공장 인도조건) 下의 예시).

5. 청구법인이 수행한 운송용역의 대금결제 및 정산방법: 청구법인은 쟁점운송용역의 제공 후 용역대가를 해외 관계사에 청구하고, 해외관계사는 청구된 금액 그대로를 고객사에 청구하므로 이는 공동수급체의 대금결제 및 정산방식과 유사하다. 만약 청구법인과 해외관계사가 하도급 또는 위수탁의 관계라면 해외관계사는 청구법인의 청구금액에 마진을 추가로 덧붙여 고객사에 운송대금을 청구함으로써 이익을 극대화 하기위해 노력하겠지만, 해외관계사는 쟁점운송용역의 대가를 청구법인에서 청구한 금액 그대로 고객사에 청구한다는 점에서 하도급 또는 위수탁 관계에 해당되지 않음을 방증하고 있다.

6. 공동의 국제운송용역계약에 대한 이익배분: 청구법인과 해외관계사는 쟁점운송용역과 관련하여 상호간에 Network Contribution Fee를 수수하고 있는데, 이는 상대적으로 이익이 많이 발생하는 수출국 소재 해외관계사가 국제운송용역 전반에서 발생하는 이익의 일부를 수입국 소재 관계사에 지급하는 것으로, 이는 실질적으로 공동 수임인 간의 이익을 배분하는 것에 해당된다. 즉, 인코텀즈에 따른 수입지국 관계사의 활동범위와 관계없이 물량의 흐름에 따라 Network Contribution Fee를 지급, 화물의 무게에 비례하여 정산하는데, 이는 각각의 소재지국에서 하나의 복합운송구간에 대해 공동 운송주선업자로서 국제운송용역을 제공하고 적정한 이익을 배분받고 있는 것으로 청구법인과 해외관계사가 이행하는 국제복합운송용역계약이 공동계약임을 의미한다.

7. 운송계약에 대한 글로벌 책임보험 공동 가입: ◇◇◇는 사업부 내 청구법인을 포함하여 각국에 소재하는 해외관계사의 국제복합운송계약에 대하여 글로벌 책임보험을 가입하고 있으며, 관련 보험료는 청구법인을 포함한 해외관계사들의 배분수익에 기초하여 책정되어 청구된다(붙임 3: 국제화물운송업자 배상책임보험에 관한 배서증권, 붙임 4: 배분된 보험료납입증빙).

8. 청구법인의 손해배상책임 범위: 수입화물에 대하여 국제복합운송에 기인한 손해배상 건이 발생한 경우, 국내수입자는 청구법인에 1차적으로 클레임을 제기하며, 청구법인은 국내수입자에 대하여 배상을 실시한 후, 책임소재를 파악하여 외주용역업체, 항공사 및 해운사 또는 해외관계사에 구상권을 행사하고 있다(붙임: 5 수입화물에 대한 클레임 접수 건 예시).

• 다. 조사청의 이 건 세무조사결과통지처분은 신뢰보호의 원칙에 위배되며, 쟁점국내운송용역에 대해 영세율 적용을 배제할 경우, 수출운송의 경우 소비지국과세원칙에 위배되고, 수입운송의 경우 중복과세의 문제가 발생한다.

1. 신뢰보호의 원칙위반 및 비과세관행에 반하는 소급과세처분: 대법원은 국세청이 특정 거래에 영세율이 적용된다는 내용의 예규를 만들어 시행해 왔고, 이후 동일한 내용을 기본통칙에 규정하여 시행해 왔으며, 납세자도 영세율을 적용하여 세무신고를 하여 온 사안에서, 비과세관행이 존재하였다고 보아 이에 반하는 처분을 소급과세금지의 원칙에 반하여 위법하다고 판시한바 있다(대법원 2010.

4.

15. 선고 2007두19294 판결). 국세청은 ‘운송주선사업을 영위하는 사업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 화주에 대하여는 자기 책임과 계산 하에 출발지에서 도착지까지의 운송용역을 하나의 용역으로 연결하여 국제간에 화물을 운송(국내운송 등을 다른 운송업자에게 의뢰하여 운송하는 경우 포함)해주고 화주로부터 대가를 받는 경우의 당해 용역은 부가가치세법 규정에 의한 외국항행용역에 해당하는 것이며, 이 경우 당해 운송주선업자의 부가가치세 영세율 과세표준에는 해상운송료 및 국내운송료 등을 포함하여 거래상대자로부터 받은 대금･요금･수수료 기타 명목여하에 불구하고 화주로부터 받는 대가 관계가 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.’고 해석한 바 있다(부가46015-1462, 1995.

8. 7., 부가46015-61, 2001.

1. 8., 부가-506, 2009.

2. 9., 부가-1434, 2010.

10. 26., 서면-2017-부가-3373, 2018.

4. 13.). 이러한 유권해석 또는 비과세관행에 대한 청구법인의 신뢰는 보호되어야 하고, 이에 반하는 이 건 처분은 위법하며, 조사청은 쟁점국내운송용역이 항목에 따라 구분 및 특정된다는 사유로 하나의 국제복합운송용역 중 국내구간 운송용역만 영세율을 적용할 수 없다고 하는데, 이는 지나치게 부자연스러운 작위적인 구분이고, 그 법적 근거를 찾기 어렵다 할 것이다.

2. 쟁점국내운송용역에 대해 영세율 배제시의 문제점: 쟁점국내운송용역의 공급에 영세율이 적용되지 않으면, 청구법인은 이에 대해 부가가치세를 납부하여야 하나 거래상대방인 해외관계사는 같은 금액에 대하여 매입세액공제를 받을 수 없으므로, 이는 곧 운임의 상승으로 귀결되어 운임 등을 부담하기로 한 당사자의 원가에 포함된다. 수출거래의 경우 부과된 부가가치세 상당액은 국외로 반출되어 매입원가를 구성하므로 소비지국과세원칙에 위배되는 것이고, 수입거래의 경우 부가가치세 상당액이 수입재화의 가격에 반영되어 결국 수입자는 수입재화 통관시 부가가치세 상당액만큼 상승한 수입재화 가격게 대해 관세 및 부가가치세를 부담하게 되어있는바, 이는 곧 실질적으로 부가가치세 상당액에 다시 부가가치세가 중복하여 과세되는 불합리한 결과를 초래한다. 이에, ‘수출산업의 지원 및 장려’라는 쟁점법령의 입법취지와 물류산업의 경쟁력강화 측면을 고려할 때, 쟁점국내운송용역은 화물을 국내에서 국외 또는 국외에서 국내로 운송하는 국제복합운송계약의 일부로서 외국항행용역에 해당하는 것으로 보아 영세율 적용대상으로 해석하는 것이 타당하다.

• 라. 쟁점국내운송용역에 대한 일본과 독일의 입법사례를 보더라도, 국제복합운송용역을 하나의 운송계약으로 보고 일련의 운송과정에서 수행된 국내구간운송에 대해 부가가치세 면제를 적용하고 있음이 확인된다. ◇ 일본소비세법 제7조 사업자가 국내에서 실시하는 과세자산의 양도 등 중 다음에 해당하는 경우에는 소비세를 면제한다.

3. 국내 및 국내 이외의 지역에 걸쳐 행해지는 여객 또는 화물의 수송 또는 통신 ◇ 일본소비세법 집행기준 7-2-5 국제 수송으로서 행하는 화물의 수송의 일부에 국내 수송이 포함되어 있는 경우에도 해당 국내 수송이 국제 수송의 일환이라는 것이 국제 수송에 관한 계약에서 밝혀진 경우 해당 국내 수송은 국제 수송에 해당하는 것으로 취급한다. ◇ 독일 부가가치세법 제4조 공급과 기타용역에 대한 면세 제1조 제1항 제1호에 해당하는 거래 중 다음의 거래는 면세로 한다.

a) 국제간 화물운송거래, 국제철도화물운송거래 및 기타 다음과 같은 국제적 용역 aa) 수출물건과 직접 관련이 있거나 역외지역에서 탁송절차에 의해 제삼국으로 운송되는 목적으로 수입된 물건과 직접 관련이 있는 용역

• 마. 조사청 의견에 대한 항변 내용

1. 청구법인이 국내 화주에게 제공한 용역은 일반세율로 신고하고, 해외관계사에 제공한 용역은 영세율로 신고한 것은 청구법인의 자의적 판단에 의한 것이라는 조사청 의견에 대하여,

• 가) 하나의 국제복합운송용역임에도 청구법인이 국내업체에 운송비용을 청구하는 경우 국내구간 운송용역을 임의적으로 구분해내어 일반세율로 신고하고, 국내업체는 매입부가가치세의 환급을 받아 온 것은, 2000.

12.

29. (구) 부가가치세법 시행령 제25조 제2항 신설 이전에 행해지던 세무처리였다.

• 나) 그러나, 위 조항이 신설된 후 영세율적용이 가능함에도 국내업체들은 매입부가가치세의 공제를 위해 청구법인에 지급한 국제복합운송용역의 대가 중 국내구간에 해당하는 분에 대해 세금계산서 발행을 요청해 왔고, 이에 청구법인은 국내업체에 세금계산서를 발행하고 10%의 과세거래로 신고해 온 것이다. 이는 영세율이든 일반세율이든 국내업체 입장에서는 매입부가가치세를 환급받고 있기 때문에 기존 처리 그대로 유지된 것뿐이며, 이와 같이 기존 관행에 따라 과세로 신고한 사실이 이 건 과세의 근거가 될 수는 없는 것이다.

2. 청구법인과 해외관계사는 실질적으로 하도급 또는 위수탁 관계에 해당한다는 조사청의 의견에 대하여,

• 가) 청구법인은 ◇◇◇ 그룹 내 국제복합운송용역의 SOP에 따라 국제복합운송용역을 제공하고 있으며, 운송주선인으로서 관계사간 업무범위, 절차 및 수익배분 등 그 구체적인 내용은 이미 SOP으로 문서화되어 있다. 〈 SOP 중 일부 요약 〉○○01 Global Ocean Freight
• 나) 또한, 청구법인이 속한 해외관계사들은 그룹 내 운송관리시스템을 통하여 국제복합운송계약의 진행 정보를 실시간으로 공유하면서 하나의 국제운송용역거래에 대해 송하인 거주지역과 수하인 거주지역에서 공동수급체로서 용역을 수행하고 이익을 분배하고 있으며, 관계사 간 하도급 또는 위수탁 관계는 없다.
• 다) 한편, 조사청은 화물운송에 대한 청구법인의 손해배상책임은 청구법인이 수행한 구간에 대해서만 책임이 있다고 주장하나, 운송인 또는 운송주선인의 책임에 관하여 상법에서 운송물의 멸실, 훼손 등에 대해 연대하여 손해배상책임을 지도록 하고 있고, 이는 운송주선인인 청구법인과 해외관계사 간에도 동일하게 적용되는 것이며, 조사청의 주장대로 청구법인과 해외관계사가 위수탁 관계에 있다면 부담하지 않을 책임인 것이다
• 라) 조사청은 위수탁 관계에 대한 증빙으로 청구법인의 2020년 개별기업보고서를 인용하고 있으나, 이는 국외특수관계자들 간의 이익정산 및 비용의 배분 등이 과정을 설명함에 있어 법률에 대한 이해의 부족으로 운송주선인 간의 관계를 ‘주계약자’와 ‘하청업자’라는 사실과 다른 잘못된 용어로 기술하였다. 이에 운송주선인들 간의 관계에 대해 화주에 대하여 공동계약관계에 있는 동등한 지위의 ‘Original office(송하인이 속한 지역의 관계사)’와 ‘Destination office(수하인이 속한 지역의 관계사)’로 정정하고자 한다. 당초 제출하였던 개별기업보고서상의 ‘화물 운송서비스 거래의 흐름’을 용어를 정정하여 다시 제시하면 아래와 같다. 〈 화물 운송서비스 거래의 흐름, 개별기업보고서 정정 〉
• 마) 공동계약과 위탁계약은 아래에서 보는 것처럼 법률 및 책임관계가 상이하며, 위에서 본 사실관계를 고려할 때 청구법인과 해외관계사는 공동관계에 있다고 봄이 타당하다. 〈 공동계약과 위탁계약의 차이 〉 구 분 공 동 계 약 위 탁 계 약 이익분배 구성원 간 이익분배 약정된 보수만 지급 책임범위 공동사업 전체에 대하여 각 구성원 책임 위임범위 내에서만 책임 사무처리계약 불 요 필 요

3. 조사청이 과세근거로 인용하고 있는 해석사례에 대하여,

• 가) 기획재정부 해석례 (기획재정부부가-56, 2016.

1. 21.) 국내운송구간이 국제운송구간에 연결된 하나의 항공권으로 발행되어 국내운송구간이 국제운송의 일환이라는 것이 명백히 나타나는 경우에는 당해 국제항공운송사업자와 국내항공운송사업자가 서로 다른 경우에도 영세율이 적용되는 것임 ◇◇◇ 관계사들 간 국제복합운송용역 수행 시 ‘연결된 하나의 항공권’의 역할을 하는 문서가 곧 Airway Bill(항공운송증서) 혹은 Bill of Lading(B/L, 선하증권)이다. 해당 문서는 출발지 및 도착지, 수하인, 송하인의 정보와 운송수단, 통관조건 등 국제운송에 필요한 모든 정보를 담고 있다. 위 해석례에 따르더라도, 청구법인의 쟁점국내운송용역 역시 하나의 국제운송용역의 일부로서 행해진 국내구간 운송용역인바, 영세율 적용이 타당하다.

• 나) 기획재정부 해석례 (기획재정부부가-79, 2020.

2. 6.) 국외 사업자인 화주에게 국제복합운송용역을 제공하는 국외 운송주선업자로부터 국제복합운송구간 중 국내구간의 운송을 의뢰받아 국외 운송주선업자에게 제공하는 운송용역은 부가가치세법 제23조 에 따른 외국항행용역의 공급에 해당하지 아니하는 것임 위 예규는 운송주선업자와 국내구간운송에 한해 별도로 위수탁계약을 체결하고 계약당사자인 운송주선업자에게 제공한 용역에 대해 회신한 것으로, 이는 앞서 언급한 청구법인의 사실관계와는 계약당사자 등 그 법률관계를 달리한다고 판단된다. 청구법인은 국내운송용역만을 의뢰받은 하청업체가 아니며, 고객사에 대해 공동운송주선인으로서 국제복합운송용역을 화주에 대해 제공하고 화주로부터 받은 운송대가를 관계사 간에 수익 및 비용을 배분하는 공동계약의 주체임을 다시 한 번 말씀드리고자 한다.

쟁점국내운송용역은 해외관계사가 제공하는 국제운송용역과는 별도로 국내에서 국내로 화물 운송용역을 제공하고 그 대가를 받는 국내운송용역이므로 쟁점법령에 따른 외국항행용역에 해당하지 않는다.

• 가. 쟁점국내운송용역은 쟁점법령에 따른 외국항행용역에 해당하지 않는다.

1. 쟁점법령에서는 외국항행용역을 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기의 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 운임을 받는 국제운송용역이라고 규정하고 있다.

2. 쟁점국내운송용역이 발생하는 조건은, 국외 고객사와 해외관계사가 화물의 국제 운송에 관한 계약을 체결하고, 해외관계사가 쟁점국내운송용역을 청구법인에 의뢰하여 발생하며, 대금은 관계사 간 정산을 통하여 청구법인이 해외관계사로부터 수취하게 되는 경우이다. 즉, 화주로부터 화물을 인수한 주체는 계약을 체결한 해외관계사로, 해외관계사가 국제복합운송계약에 의하여 국외 고객사로부터 화물을 인수하고 자기의 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 운임을 받는 것이며, 청구법인은 해외관계사에 쟁점국내운송용역을 의뢰받아 해외관계사에게 제공하고 해당 용역의 운임을 정산 받는 것이다.

3. 국세청 예규는 외국 선박회사(A)가 국외 수출업자(B)와 복합운송계약을 체결하고 화물을 수입국의 항만까지 운송한 후, 국내 도착지에서 최종도착지인 수입화주의 창고까지의 내륙 운송용역은 복합운송주선업자로 등록한 국내 사업자(갑)에게 도급을 준 경우에 대하여, 운송주선업자(갑)가 국제운송용역과는 별도로 국내에서 국내로 화물운송용역을 제공하고 그 대가를 받는 경우로 당해 국내운송용역에 대하여는 당해 규정에 의한 영의 세율을 적용하지 아니한다고 하였고(서면인터넷방문 상담3팀-2923, 2006.

11. 27.), 또한, 기획재정부 부가가치세제과-79(2020.

2. 6.) 질의회신에 의하면, 국외 사업자인 화주에게 국제복합운송용역을 제공하는 국외운송주선업자로부터 국제복합운송구간 중 국내구간의 운송을 의뢰 받아 국외 운송주선업자에게 제공하는 운송용역은 부가가치세법제23조에 따른 외국항행용역의 공급에 해당하지 아니한다고 한바 있다.

4. 쟁점국내운송용역은 운송주선업자인 청구법인이 화주가 아닌 해외관계사에 제공한 국내운송용역의 일부분이며, 무역거래에서 운송용역(해외 → 영해 → 국내, 국내 → 영해 → 해외)이 제공되는 과정에서 청구법인이 국내에서 제공한 운송용역 중 국내구간운송용역은 쟁점법령에서 정한 외국항행용역에 해당하지 않는다.

• 나. 청구법인과 해외관계사가 제공하는 쟁점운송용역은 고객사와의 공동계약이 아니며 청구법인과 해외관계사는 실질적인 하도급 또는 위수탁 관계에 있다.

1. 청구법인은 해외관계사와 작성한 ‘파트너 계약서’가 존재하지 않으며, 글로벌 기업으로서 관행상 계열사들과 문서화된 계약서 없이 업무를 수행하고 있다고 주장하고 있고, 현재까지 파트너 계약서 등 구체적인 업무 범위를 확인할 수 있는 증빙서류를 제출하지 않아 서류상 확인되는 계약내용은 없다.

2. 다만, 청구법인이 2020. 12월에 제출한 2019 사업연도에 대한 개별기업보고서에 따르면, 청구법인의 특수관계자 거래관계를 주계약자와 하청업체로 구분하고 있고, 주계약자는 고객과 계약을 체결하는 법인이며, 고객은 주계약자에게 송장금액(운임)을 지급한다. 한편, 하청업체는 주계약자를 위해 다양한 물류 서비스를 수행하는 현지법인이며, 물류서비스의 대가는 주계약자가 하청업체에게 지급한다. 〈 화물 운송서비스 거래의 흐름, 개별기업보고서 발췌 〉 국외 고객사가 운송비를 모두 부담하게 되는 경우, 청구법인은 운송용역에 대한 대가를 국외 고객사에게 직접 청구할 수 없고 해외관계사로부터 정산받고 있으므로, 개별기업보고서의 거래 흐름에 따르면 고객사과 계약을 체결하며 송장을 발행하는 주계약자는 해외관계사이며, 하청업체는 청구법인이 되는 것이다.

3. 한편, □□ 본사(□□□□□ Group)의 ‘Group Masterfile 2020’ 20페이지 상단에 그룹 현지법인 간 화물운송 서비스 거래흐름에서 각국 현지법인들의 관계를 ‘주계약자’와 ‘하청업체’로 정의하고 있어 청구법인과 청구법인이 속한 그룹사는 하도급 거래관계임이 명백하다.

4. 손해배상 책임의무에 대해 청구법인의 재경팀 김○○이사가 작성한 확인서에 따르면, 수입자가 화물 수령 후 하자를 발견하면 수입국의 운송주선인에게 1차 클레임을 제기하고, 수입국의 운송주선인은 책임 당사자를 파악하여 손해배상금액을 지불받아 클레임을 제기한 수입자에게 지불한다. 즉, ◇◇◇계열사들은 화물에 대해 각자 수행한 구간에 대해서만 책임을 지며, 청구법인은 본인이 수행하지 않은 국외구간에 대해 발생되는 문제는 책임이 없는 것으로 확인되었다. 5) 만일, 청구법인이 주장하는 바에 따라 쟁점국내운송용역에 대해 영세율을 적용하게 되면, 국외 협력업체 또는 국외 계열사가 있는 경우에는 무역조건에 따라 국내구간에서만 운송용역을 제공하더라도 국외가 연결된 화물운송용역이면 국내구간 운송용역은 모두 영세율을 적용하여야 한다. 그러나 동일한 국내구간 운송용역을 제공하는 국외 협력업체 또는 계열사가 없는 업체는 국내구간 운송용역에 대해 부가가치세 일반세율이 적용되고 있어 국외 계열사 또는 국외 협력 업체가 있는 경우에만 영세율이 적용되는 불공평한 상황이 발생하게 되어 불합리하다.

• 다. 청구법인이 제공한 용역은 용역 항목별로 구분되어 제공되며 그 금액의 구분이 가능하므로 제공한 용역의 내용에 따라 부가가치세 일반세율 또는 영세율 대상 여부를 판단하여야 한다.

1. 청구법인이 해외관계사와 정산한 Invoice를 보면 용역 항목별로 금액을 청구하고 있어 청구법인이 제공한 용역의 항목이 구분되어 제공됨을 알 수 있다. 〈 청구법인이 해외관계사에 발행한 청구서 〉

2. 한편, 청구법인이 국내 고객사에게 발행한 Invoice를 보면 제공한 운송용역 항목별로 과세 또는 영세율 여부를 판단하여 부가가치세를 신고하였다. 〈 청구법인이 국내수출자에 발행한 청구서 〉

3. 국내 화주에게 제공한 용역은 용역 항목별로 구분하여 일반세율과 영세율로 나누어 신고하고, 해외관계사에게 제공한 용역은 국제복합운송의 일부로 보아 전체를 영세율로 신고하는 것은 계약자가 국내 또는 국외 고객인지에 따라 판단 기준을 달리 적용하게 되는 것으로 법률에 규정되지 않은 청구법인의 자의적인 판단이다.

• 라. 부가가치세 영세율 적용은 법령에 규정된 요건에 부합하는 경우에만 적용해야 하며 국내제공 용역은 국내세법을 기준으로 과세대상 여부를 판단하여야 한다.

1. 부가가치세법상 영세율 제도의 취지는 소비지국 과세에 따른 수출 가격 경쟁력 강화이며, 이러한 영세율 적용은 동일한 용역을 제공하는 다른 국내기업과 비교하여 특별한 혜택에 해당한다. 세법은 이러한 부가가치세 영세율 혜택과 관련하여 법령에 그 적용 대상을 명확하게 규정하여 요건에 부합하는 경우에만 혜택을 받도록 하고 있으며 요건에 맞지 않는 경우에는 일반세율을 적용해야 하는 것은 당연하다.

2. 청구법인이 제공한 쟁점운송용역은 화주와의 주계약자가 해외계열사로 해외계열사의 책임과 계산에 따라 국제복합운송용역이 제공되고 있음이 명백하며 청구법인은 단지 계열사로서 국내에서만 용역을 제공하고 있으므로, 쟁점법령상 규정된 영세율 적용 요건에 부합하지 아니하므로 영세율 적용대상이 아니다.

3. 또한, 청구법인은 내국법인으로 쟁점국내운송용역이 국내에서 제공되고 있어 국내세법이 적용되므로 청구법인이 제시하고 있는 일본 및 독일 등 다른 나라의 세법과 비교하는 것은 논리적으로 타당하지 않다.

• 가. 쟁점

○ 쟁점국내운송용역은 부가가치세법상 외국항행용역에 해당하므로 영세율 적용대상이라는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제23조 【외국항행용역의 공급】

① 선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 공급에 대하여는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

② 제1항에 따른 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 말하며, 외국항행사업자가 자기의 사업에 부수하여 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 포함한다. 1-1) 부가가치세법 시행령 제32조 【선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 범위】

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용역은 법 제23조제3항에 따라 외국항행용역의 범위에 포함된다.

1. 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주(貨主)로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역 1-2) 부가가치세법 기본통칙 23-32-1【용선과 이용운송】

① 다음 각호의 용역은 외국항행용역에 해당하므로 영의 세율을 적용한다.

3. 운송주선업을 영위하는 사업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 타인의 운송수단을 이용하여 화주에 대하여는 자기책임과 계산 하에 외국으로 화물을 수송해 주고 화주로부터 운임을 받는 경우의 국제간이용운송용역 2) 상법 제114조 【의의】 자기의 명의로 물건운송의 주선을 영업으로 하는 자를 운송주선인이라 한다. 2-1) 상법 제115조 【손해배상책임】 운송주선인은 자기나 그 사용인이 운송물의 수령, 인도, 보관, 운송인이나 다른 운송주선인의 선택 기타 운송에 관하여 주의를 해태하지 아니하였음을 증명하지 아니하면 운송물의 멸실, 훼손 또는 연착으로 인한 손해를 배상할 책임을 면하지 못한다. 2-2) 상법 제117조 【중간운송주선인의 대위】

① 수인이 순차로 운송주선을 하는 경우에는 후자는 전자에 갈음하여 그 권리를 행사할 의무를 부담한다.

② 전항의 경우에 후자가 전자에게 변제한 때에는 전자의 권리를 취득한다. 2-3) 상법 제135조 【손해배상책임】 운송인은 자기 또는 운송주선인이나 사용인, 그 밖에 운송을 위하여 사용한 자가 운송물의 수령, 인도, 보관 및 운송에 관하여 주의를 게을리하지 아니하였음을 증명하지 아니하면 운송물의 멸실, 훼손 또는 연착으로 인한 손해를 배상할 책임이 있다 2-4) 상법 제138조 【순차운송인의 연대책임, 구상권】

① 수인이 순차로 운송할 경우에는 각 운송인은 운송물의 멸실, 훼손 또는 연착으로 인한 손해를 연대하여 배상할 책임이 있다.

② 운송인중 1인이 전항의 규정에 의하여 손해를 배상한 때에는 그 손해의 원인이 된 행위를 한 운송인에 대하여 구상권이 있다.

③ 전항의 경우에 그 손해의 원인이 된 행위를 한 운송인을 알 수 없는 때에는 각 운송인은 그 운임액의 비율로 손해를 분담한다. 그러나 그 손해가 자기의 운송구간내에서 발생하지 아니하였음을 증명한 때에는 손해분담의 책임이 없다. 2-5) 상법 제816조 【복합운송인의 책임】

① 운송인이 인수한 운송에 해상 외의 운송구간이 포함된 경우 운송인은 손해가 발생한 운송구간에 적용될 법에 따라 책임을 진다.

② 어느 운송구간에서 손해가 발생하였는지 불분명한 경우 또는 손해의 발생이 성질상 특정한 지역으로 한정되지 아니하는 경우에는 운송인은 운송거리가 가장 긴 구간에 적용되는 법에 따라 책임을 진다. 다만, 운송거리가 같거나 가장 긴 구간을 정할 수 없는 경우에는 운임이 가장 비싼 구간에 적용되는 법에 따라 책임을 진다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 1997.

3.

25. 설립되었으며, 화물운송주선업을 영위하고 있는 내국법인으로, ○○의 국영철도회사인□□□□□ 그룹의 ◇◇◇ 사업부에 소속되어 있고, ☆☆가 100% 주주이다. ◇◇◇ 사업부는 청구법인을 비롯하여 각 국가에 소재한 관계사들을 통해 국제복합운송용역을 제공하고, 청구법인은 ◇◇◇ 사업부의 일원으로서 국내로 수입되는 화물 또는 해외로 수출되는 화물에 대해 항공/해운 주선, 국내구간 운송, 통관대행 등의 용역을 제공하고 있으며, 청구법인의 등기사항전부증명서상의 목적부분을 발췌하면 아래와 같다.

2. 인코텀즈(INCOTERMS)는 무역거래에서 발생하는 제품 비용 외적인 비용부담, 즉 운송비, 보험료, 관세 등의 항목을 구매자와 판매자 중 누가 부담 하는지를 명확하게 정의한 국제규격을 말하는데, 비정기적으로 보완 및 개선되어 시행되고 왔고, 2020년 개정되어 시행되고 있는 ‘INCOTERMS 2020’은 총 11가지의 운송조건을 명시하고 있으며, 그 중 이 건과 관련된 부분의 운송조건을 살펴보면 아래와 같다. 조 건 창고 수출 통관 지정 장소 양륙 운송 하역 지정 장소 수입 통관 창고

① EXW (공장 인도) 수출자 수입자: 제품 구매 비용 외 모든 비용을 수입자가 부담

② FCA (운송인 인도) 수출자 수입자: 수입자가 지정한 장소부터 운임을 매수인이 부담

③ DAP (도착장소 인도) 수출자: 수출자의 출고지에서 수입자가 지정한 특정 장소까지 운임을 수출자가 부담 수입자

④ DDP (관세지급 인도) 수출자: 수입통관비용을 포함한 운송과정에서 발생한 모든 비용을 수출자가 부담 수입자 위 인코텀즈에 따라 운임을 부담하는 주체(수출자 혹은 수입자)가 결정되며, 청구법인은 운임을 부담하는 고객사의 소재국 현지 ◇◇◇ 법인(해외관계사)이 고객사에 운임을 청구하면, 해외관계사를 통하여 운임을 정산 받고 있다.

• 가) 한국이 수출국인 경우(EXW･FCA): 해외관계사가 국외 수입업체로부터 운임을 청구･수취한 후 청구법인과 정산하고 있으며, 청구법인은 국내공장에서 국내공항까지 발생한 국내운송용역에 대해서는 영세율 기타 매출로 신고하고, 영해･영공 관련 운송용역에 대해서는 영세율로 부가가치세를 신고하였다.
• 나) 한국이 수입국인 경우(DAP･DDP･DDU): 해외관계사가 국외 수출업체로부터 운임을 청구･수취한 후 청구법인과 정산하고 있으며, 청구법인은 국내공항에서 국내공장까지 발생한 국내운송용역에 대해서는 영세율 기타 매출로 신고하였다.
• 다) 운임을 국내고객사에게 직접 청구하는 경우: 한편, 청구법인은 국제복합운송용역에 해당하는 운임이라 하더라도 운임을 국내 화주로부터 수취하는 경우에는 10%의 일반세율로 부가가치세를 신고하였다.

3. 청구법인은 해외관계사와 작성한 거래계약서가 없다고 진술한바, 청구법인이 2020. 12월에 제출한 2019 사업연도에 대한 개별기업보고서에 청구법인과 해외관계사 간의 거래에 대한 설명이 있으므로 관련 부분을 발췌하면 아래와 같다.

4. 청구법인은 이 건 심리과정에서 해외관계사와 고객사 간 체결된 국제복합운송용역계약서 3부를 제출한바, 주요조항을 발췌하면 아래와 같다.

5. 조사청은 당초 세무조사 시 쟁점운송용역에 대한 손해배상 책임과 관련하여 청구법인 재경팀 김○○(’○○년생) 이사로부터 문답형 확인서를 받은바, 그 내용은 아래와 같다.

6. 조사청은 쟁점국내운송용역이 영세율 적용대상이 아닌 것으로 보아 세무조사결과통지를 하였는데, 2017년 제2기부터 2021년 제2기까지 영세율 기타 매출로 신고한 총 593,721백만원 중 65,435백만원을 영세율 적용에서 배제하였고, 그 결과 8,332백만원의 예상고지세액이 산출되었으며, 과세기간별 부가가치세 신고 및 경정예정 내역은 아래와 같다.

• 라. 판단

1. 관련 법리 부가가치세법제23조제1항에서는 선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 공급에 대하여는 영세율을 적용한다고 하고, 제2항에서 제1항에 따른 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제32조 제2항 제1호에서 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역을 법 제23조에 다른 외국항행용역에 포함시키고 있다. 이 경우 당해 운송주선업자의 부가가치세 과세표준에는 대금･요금･수수료 기타 명목여하에 불구하고 화주로부터 받는 대가관계가 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하는 것이며, 다만, 운송주선업자가 화주에 대하여 국제운송용역을 제공함이 없이 단순히 국내 항구에 도착한 화물과 관련된 서비스 등의 용역만을 제공하고 그 대가를 화주로부터 받는 경우, 그 대가에 대하여는 당해 규정에 의한 영세율이 적용되지 아니한다(부가가치세과-782, 2011.

7. 19., 기획재정부 부가가치세제과-79, 2020.

2.

6. 등 참조) 할 것이다.

2. 쟁점국내운송용역이 부가가치세법상 외국항행용역에 해당하는지에 대한 판단

• 가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계 및 아래와 같은 점으로 볼 때, 쟁점국내운송용역은 부가가치세법상 외국항행용역에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

① 청구법인은 청구법인과 해외관계사 간 작성된 ‘파트너 계약서’는 존재하지 않는다고 진술하고 있고, 쟁점운송용역에 대한 구체적인 업무 범위를 확인할 수 있는 증빙서류를 제출하지 못하고 있다.

② 국제조세조정에 관한 법률제16조제1항에 따라 청구법인이 제출한 개별기업보고서에는 쟁점운송용역과 관련된 해외관계사와의 거래를 ‘주계약자’와 ‘하청업체’로 일관되게 정의하고 있고, ○○ 본사의 ‘Group Masterfile 2020’을 보더라도 각국 현지법인들의 관계를 ‘Customer Owning Party(고객 소유 당사자, 주계약자)’와 ‘Subcontractor(하청업체)’로 정의하고 있다.

③ 국외 고객사인 화주와 해외관계사가 쟁점운송용역에 관한 계약을 체결하는 계약의 당사자이고, 쟁점운송용역은 해외관계사가 쟁점운송용역 운송구간에 대한 운송료 전액을 화주로부터 수취하여 청구법인이 수행한 용역 부분에 대한 운송료만을 청구법인에게 별도 지급하고 있는 구조로, 이때의 지급액은 청구법인이 화주가 아닌 해외관계사에 제공한 운송용역의 대가라고 봄이 상당하다.

④ 손해배상 책임의무에 대해 청구법인의 김○○이사가 작성한 확인서에 따르면, 수입자가 화물 수령 후 하자를 발견하면 수입국의 운송주선인에게 1차 클레임을 제기하고, 수입국의 운송주선인은 책임 당사자를 파악하여 손해배상금액을 지불받아 클레임을 제기한 수입자에게 지불한다고 진술하고 있는바, ◇◇◇ 계열사들은 전체 운송구간에 대하여 책임을 부담하는 것이 아니라 각자 수행한 운송구간에 대해서만 책임을 지는 것으로 보인다.

⑤ 청구법인이 주장하는 바에 따라 쟁점국내운송용역에 대해 영세율을 적용하게 되면, 해외관계사가 있는 경우에는 무역조건에 따라 국내구간에서만 운송용역을 제공하더라도 국제복합운송용역인 경우 국내구간 운송용역에 대해 영세율이 적용되는 반면, 해외관계사가 없는 경우에는 국내구간 운송용역에 대해 부가가치세 일반세율이 적용되므로 과세형평에도 맞지 않는다.

• 나) 따라서, 조사청이 쟁점국내운송용역을 부가가치세법상 외국항행용역에 해당하지 않는 것으로 보아 한 이 건 세무조사결과통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 인코텀즈(INCOTERMS): 국제상업회의소(ICC)가 작성한 무역조건에 대한 규칙으로, 각 조건마다 물품에 관한 위험과 비용이 매도인으로부터 매수인에게 언제 어디에서 이전되는지, 물품 운송과 수출입통관 업무를 누가 담당해야 하는지 등이 의무를 규정한 것