전자상거래시스템 유지보수비는 그 성격상 노하우 이전이 포함된 사용료소득에 해당한다고 볼 수 없음

○○지방국세청장이 2022.2.14. 청구법인에 한 2017년부터 2020년까지 사업연도 법인세 000원, 법인(원천)세 000원과 2017년 제1기부터 2021년 제1기까지 과세기간 부가가치세 1000원 합계 000원을 부과하겠다는 세무조사결과 통지 중 이 건 과세전적부심사청구를 제기한 법인세 000원, 법인(원천)세 000원, 부가가치세 000원 합계 000원을 부과하겠다는 세무조사결과통지는

1. 청구법인이 AAA 그룹의 글로벌 최상위 지배기업인 ▣▣▣▣에 지급한 전자상거래시스템 구축비용은 손금에 산입하여 각 사업연도의 과세표준 및 세액을 다시 산정하는 것으로【일부채택】결정합니다.

2. 청구법인이 AAA 그룹의 글로벌 최상위 지배기업인 ▣▣▣▣에 지급한 전자상거래시스템 구축비용 부담액과 별개로 유지보수명목으로 지급한 비용은법인세법제93조제8호에서 정하는 원천징수대상 국내원천 사용료소득에 해당하지 아니하는 것으로【일부채택】결정합니다.

3. 청구법인이 2017년 제1기부터 2021년 제1기까지 과세기간 동안 BBB, CCC, DDD에서 지급받은 ◉◉◉ 및 ◎◎◎ 장려금은 부가가치세 과세표준에서 공제하지 아니하는 판매장려금에 해당하는 것으로【일부채택】결정합니다.

4. 나머지 청구는 이를【불채택】결정합니다.

• 가. 청구법인은 1998.5.26. 설립(개업일: 같은 해 6.1.)되어 ○○○에 소재하는 도소매 및 유통업 등을 목적사업으로 영위하는 법인으로, 서울 지역을 포함한 16개 지역에서 <회원제 창고형 할인매장>을 운영하고 있는 법인이다.
• 나. (쟁점① 관련) 청구법인은 2016.8월말 AAA 그룹의 글로벌 최상위 지배기업인 ▣▣▣▣(미국 모법인, 간접지분율 100%, 이하 “▥▥▥”라 한다)과 ‘기술지원, 프로그래밍, 호스팅, 데이터관리, Firewall 셋팅은 물론 IT 관련 제품, 서비스 구매 관련된 협상 및 조율 서비스’를 제공하는 <International Information Technology Shared Services>(이하 “쟁점IT공유서비스”라 한다)를 받기로 약정(이하 “쟁점IT계약”이라 한다)을 체결하였으며, 청구법인을 포함한 해외 현지법인들(호주, 프랑스, 일본, 멕시코, 스페인, 타이완, 영국 등)도 ▥▥▥로부터 쟁점IT서비스를 받기로 약정하였다. 청구법인은 2017년부터 2020년까지 사업연도* 동안 쟁점IT공유서비스 대가(수수료)로 ▥▥▥에 000백만원을 지급하였다.(생략)
• 다. (쟁점②ㆍ③ 관련) 청구법인은 2015.11월부터는 오프라인 매장을 통한 영업 이외에도 인터넷 홈페이지를 운영하면서 소비자에게 상품을 판매하는 전자상거래 사업(이하 “쟁점전자상거래사업”이라 한다)을 영위하고 있다.

1. ▥▥▥는 쟁점전자상거래사업 영위를 위해 필요한 시스템인 전자상거래 시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다)을 청구법인을 포함한 계열 회사를 위하여 구축하고 유지하는 역할을 수행하고 있다.

2. ▥▥▥는 쟁점시스템 구축비용 및 유지비용을 모두 쟁점시스템을 사용하는 법인에 청구하고 있고, 청구법인은 그룹 회계정책에 따라 쟁점시스템 관련 비용을 받은 시점에 쟁점시스템 구축비용은 회계상 ‘자산’으로 계상하고 5년간 감가상각 하였으며, 유지비용은 일시에 회계상 ‘비용’으로 계상하였다. 3) 청구법인 임직원 중 쟁점시스템을 통한 상품판매(이하 “전자상거래판매”라 한다)를 담당하는 자는 한국에 배정된 쟁점시스템 사용자 계정으로 미국 서버(클라우드)에 구축된 쟁점시스템에 상품을 업로드하고, 전자상거래(홈페이지) 판매 및 배송 현황에 대한 관리를 한다. 청구법인은 <쟁점시스템 구축 및 유지에 대한 대가>로 2016년부터 2020 년까지 사업연도에 부담한 비용은 다음과 같다.(생략)

4. 청구법인은 2016년, 2017년 사업연도에 청구법인만 사용하는 ▥▥▥ 소유의 쟁점시스템 관련 자산구축 비용을 부담하고서 청구법인의 자산으로 계상하고 감가상각하였는데, 관련 내용은 다음과 같다.(생략)

5. ▥▥▥는 2017.10월 전세계 현지법인들이 통합사용 가능하도록 쟁점시스템을 개선한 SIP(0.Single Instance Platform)를 구축완료하고, 각 현지 법인들이 순차적으로 사용하게 하였으며, 청구법인을 포함한 10개 현지 법인에게 2019년 사업연도부터 1/10씩 자산 할당(asset allocation) 명목으로 구축비용을 할당하였다. 청구법인은 할당된 비용을 지급하고 자산(IT ASSET-SIP자산)으로 계상한 후 세무조정을 통해 당기 손금으로 계상하였으며, 그 손금계상내역은 다음과 같다.(생략) 6) 청구법인은 2016년ㆍ2017년 사업연도에 ▥▥▥ 소유의 쟁점시스템과 관련하여 자산취득 비용 부담액과 별개로 유지보수 명목의 비용을 지급하고 지급수수료 및 수선비로 손금계상 하였으며, 2018년 사업연도부터는 ▥▥▥에서 쟁점시스템 관련 비용을 쟁점전자상거래사업 Expense allocation 명목으로 할당받아(각 현지법인 쟁점전자상거래사업 매출액의 상대적 비율에 의하며, 청구법인은 20% 내외) 지급하고 손금계상 하였다(아래 참조).(생략)

• 라. (쟁점④ 관련) 청구법인은 2017년 제1기부터 2021년 제1기까지 과세기간 동안 BBB, CCC, DDD(이하 “상품공급업체”라 한다)와 체결한 리베이트 계약서에 따라, ◉◉◉ 및 ◎◎◎(이하 “PPA”라 한다) 장려금(이하 “쟁점장려금”이라 한다) 8,180백만원을 다음과 같이 지급받았으며, 동 금원을 세법상 <판매장려금>으로 회계처리 하였다.(생략)
• 마. (쟁점⑤ 관련) 청구법인은 2017.9.4. 국외특수관계자인 AAA 그룹 계열사들(일본, 대만, 상하이 AAA)과 Management Supporting Agreement(이하 “쟁점자문계약”이라 한다)을 체결하여 ○○○(이하 “EEE”이라 한다)이 제공하는 경영자문에 대한 대가(이하 “쟁점자문료”라 한다)를 공동으로 부담하기로 하였다. 1) EEE은 청구법인을 포함한 아시아 지역에 소재한 AAA 그룹 계열사들의 공통 임원이고, 본래 ▥▥▥와 고용계약을 체결한 비거주자이다. EEE은 아시아 지부 총괄 Senior Vice President 직책을 맡아 아시아 소재 그룹 계열사들에게 경영자문을 공동으로 제공하고 있다.

2. 쟁점자문계약에 따르면 일본, 대만, 상하이 AAA 및 청구법인 등 4개 회사가 쟁점자문료의 25%씩을 부담하며, ▥▥▥에 지급하는 방식으로 정산된다. 즉, EEE이 청구법인이 아닌 ▥▥▥와 고용관계를 맺고 있어 ▥▥▥가 인건비를 직접 지급하고 청구법인 등 4개 회사는 EEE의 고용주인 ▥▥▥에게 쟁점자문료를 지급함으로써 경영자문 용역에 대한 보상을 하는 구조이다.

3. 2015.11.4. EEE은 아시아 지부 총괄 Senior Vice President 직책과 더불어 주주총회를 통해 청구법인의 기타비상무이사(Non-executive, Non-outside Director, 등기이사)로 선임된 바 있으며, 청구법인은 EEE이 아시아 지부 총괄 직책인 Senior Vice President을 맡은 시점인 2016.4월부터 쟁점자문료를 다음 과 같이 000백만원을 지급하고, 청구법인의 비용으로 회계처리 하였다.(생략)

• 바. (쟁점⑥ 관련) 청구법인은 AAA FFF점과 GGG점 신축공사와 관련하여 당초 도급공사에 변경·추가되는 공사를 진행하였으며, 변경·추가공사의 세부 내역은 다음과 같다.(생략) 상기 변경·추가공사 중 CO1 및 CO3(이하 “쟁점추가공사”라 한다)는 준공일 이전에 공사가 완료되었으며, CO2 및 CO4는 준공일 이후에 공사가 완료되었는데, 청구법인은 FFF점의 변경ㆍ추가공사 CO1ㆍ2와 관련해서는 2017.3.24.에, GGG점의 변경ㆍ추가공사 CO3ㆍ4와 관련해서는 2018.10.31.에 일괄하여 매입세금계산서를 수취하여 2017년 제1기 과세기간 및 2018년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받았다(아래 참조).(생략)
• 사. 세무조사 결과통지 내용(쟁점위주로 정리)은 다음과 같다.

1. 통지관서는 2021.7.7.부터 2022.1.31.까지(조사중지 1회 2021.11.22.부터 12.8.까지) 청구법인에 대한 2016년부터 2020년까지 사업연도(8월말 법인)에 대한 법인세통합조사를 실시하였다.

2. 2022.2.14. 통지관서는 위 조사결과 다음과 같이 확인한 후, 쟁점①～⑥의 내용을 포함하여 2017년부터 2020년까지 사업연도 법인세 000원, 법인(원천)세 000원과 2017년 제1기부터 2021년 제1기까지 과세기간 부가가치세 000원 합계 000원을 부과하겠다는 세무조사결과를 청구법인에 통지하였다. 가) (쟁점① 관련) 청구법인이 ▥▥▥로부터 쟁점IT계약에 따라 쟁점IT공유서비스를 제공받고, 배분받은 금액 중 외주용역비 000백만원과 감가상각비 000백만원(이하 “외주용역비 등”이라 한다)은 한국이 아닌 다른 국가에 소재하는 관계사 관련 비용으로 청구법인에 기대효익 없는 수수료 비용으로 보아 손금불산입하는 것이 타당하다고 보았다.(생략) 나) (쟁점②ㆍ③ 관련) 청구법인이 ▥▥▥가 부담하여야 할 쟁점시스템 구축비용을 대신하여 부담하였다고 보아, 쟁점시스템과 관련하여 계상한 감가상각비 등 손금계상액 000백만원은 손금불산입 처리하고, 쟁점시스템 유지비용 000백만원은 청구법인의 손금에 해당하나, 한·미 조세조약상 법인(원천)세 징수대상인 사용료 소득에 해당한다고 보았다.

• 다) (쟁점④ 관련) 통지관서는 청구법인과 상품공급업체 간 체결한 리베이트 계약서의 지급조건이 판매장려금이 아닌 매입에누리의 지급조건에 해당하는 것으로 보아 판매장려금 명목으로 수령한 쟁점장려금을 매입에누리로 보고 매입세금계산서상 매입세액에서 동 금액에 상응하는 매입세액을 불공제하였다.
• 라) (쟁점⑤ 관련) 통지관서는 쟁점자문료의 지급 근거인 용역 관련 증빙이 없고, 국외특수관계자인 ▥▥▥에 이익을 분여한 것으로 보아 법인세법상 손금에 해당하지 않는다고 보아 000백만원 손금불산입 처리하였다. 마) (쟁점⑥ 관련) 통지관서는 CO1ㆍCO3 등 쟁점추가공사에 대한 세금계산서가 세법이 정한 공급시기 이후에 교부받은 것으로 보아 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하였다. ※ 쟁점①에 대하여는 2021.11.25. 이전가격심의위원회의 심의를, 쟁점②ㆍ③에 대하여는 2021.12.7. 과세사실판단자문위원회의 의결을, 쟁점④에 대하여는 2021.10.18. 과세사실판단자문위원회의 의결을 거쳐 이 건 세무조사결과통지에 이른 것으로 확인된다.
• 바) 통지관서는 청구법인이 청구세액에 포함한 법인(원천)세 2017.2월 귀속분 000원에 대하여는 2022.3.2., 2017.4월 귀속분 000원에 대하여는 2022.4.27. 경정고지하였다(세무조사결과통지일로부터 부과제척기간만료가 3개월 이하인 경우에 해당).
• 아. 청구법인은 통지관서의 세무조사결과 통지 내용 중 위 쟁점①～⑥에 불복하여 2022.3.16. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다(청구세액 000원).(생략)

【쟁점①에 대한 사항】

• 가. ▥▥▥의 Information Systems 산하 International IT(이하 “HHH부서”라 한다)가 청구법인 및 해외관계사들에 쟁점IT공유서비스를 제공함에 따라 발생한 비용은 수혜법인 별로 직접 귀속할 수 없기 때문에 잠재적 수혜자들에게 배분하는 것이며, 이 같은 ‘간접청구방식’은 그룹공통용역 대가정산에 있어서 보편적으로 사용되는 방식이다. 이 건 세무조사 결과 부인된 외주용역비와 감가상각비도 직접 귀속이 되지 않아 불가피하게 간접청구방식을 사용할 수 없는 경우에 해당된다.
• 나. 청구법인은 ▥▥▥의 HHH부서에서 IT서비스를 제공받았으며, 이는 이메일 커뮤니케이션, 서비스 내역으로 확인이 되었으므로, 이와 관련하여 HHH부서에서 발생한 외주용역비와 감가상각비는 ▥▥▥가 글로벌 IT서비스를 영위함에 있어 필수적으로 소요되는 비용으로 청구법인이 제공받는 용역과 관련 있는 비용이다. 그러므로 배분대상에서 제외할 합리적 이유가 없다.
• 다. 또한 IT 프로젝트는 일부 국가에서 소규모로 Pilot 단계 진행 후 글로벌로 확장 적용하며, 이는 청구법인의 프로젝트 실패 시 발생 가능한 막대한 비용ㆍ위험을 해소하기 위한 것으로 청구법인은 그러한 실패원가를 줄이고, IT 시스템 현대화 비용을 절감하는 효익을 제공받는바, 외주용역비 등에 대하여 청구법인에 기대효익이 없는 비용 배분액으로 판단하여 손금부인한다는 통지관서의 통지는 부당하다. 【쟁점②ㆍ③에 대한 사항】
• 라. (쟁점② 관련) 청구법인이 지출한 쟁점시스템 구축 및 유지비용은 청구법인과 ▥▥▥ 간 체결한 쟁점IT계약에 의거하여 지급된 용역대가이며, 청구법인이 쟁점시스템을 통하여 쟁점전자상거래사업을 영위하는 것이 명확하다는 점에서 청구법인이 쟁점시스템 구축 및 유지비용으로 지출한 비용은 청구법인의 손금에 해당한다.
• 마. (쟁점③ 관련) 쟁점시스템 유지비용은 한ㆍ미 조세조약 및 국내세법상 소득구분과 관련해서 청구법인이 쟁점시스템을 사용하는 과정을 통해서 ▥▥▥로부터 노하우 등을 이전 받은 바 없고, 관련 과세관청의 유권해석에서도 홈페이지 사용대가 및 클라우드 컴퓨팅 서비스를 외국법인에 제공하는 경우 등에 대해서는 사업소득에 해당하는 것으로 해석하고 있는바, 쟁점시스템 유지비용은 원천징수대상 사용료소득에 해당하지 아니한다.
• 바. 따라서, 쟁점시스템 구축비용 및 유지비용과 관련하여 청구법인에 법인세, 법인(원천)세 등을 과세예고한 통지(세무조사결과 통지)는 취소되어야 한다. 【쟁점④에 대한 사항】
• 사. 쟁점장려금은 그 실질이 부가가치세법상 판매장려금의 요건에 부합하는 금원에 해당하며, 동 장려금과 관련된 거래는 청구법인을 포함한 계약 당사자들이 선택한 법률관계에 의한 것으로서 존중되어야 하므로 통지관서가 임의로 쟁점장려금을 에누리로 의제하는 것은 부당하다.
• 아. 설령 쟁점장려금이 에누리의 성격이 일부 존재한다고 가정하더라도 청구법인이 한 세무처리가 국고 세수에 영향이 없다는 점, 에누리로 보아 매입세액불공제 처분을 할 경우 최종 소비자가 부담하는 부가가치세와 불일치하게 되는 불합리한 점 등을 고려할 때, 부가가치세 매입세액을 불공제한 이 건 세무조사 결과 통지는 부당한 것으로 취소되어야 한다. 【쟁점⑤에 대한 사항】
• 자. 아시아 총괄 Senior Vice President로서 EEE이 수행한 업무는 ① 사전 약정에 의한 실제성 있는 업무이며, ② 주요 사업과 관련된 의사결정을 통하여 청구법인의 수익창출과 직결되는 용역을 제공하는 것임을 알 수 있고, ③ 쟁점자문료는 별도의 이윤 가산(Mark-up) 없이 EEE의 인건비, 즉 급여 및 상여금으로만 구성되어 있어 거의 실비변상적인 수준에서 지급되고 있을 뿐, 결코 과도하게 지급되지 않았는바, 국조법상 정상가격에 의한 과세조정대상이 아니라고 보아야 한다.
• 차. 또한, EEE의 용역과 관련된 증빙 서류도 갖추어져 있으므로, 쟁점자문료는 국조법상 손금으로 인정될 수 있는 모든 요건을 갖추고 있다고 보아야 한다. 따라서, 이 건 세무조사결과 통지는 취소되어야 한다. 【쟁점⑥에 대한 사항】
• 카. 부가가치세법상 용역의 제공이 완료되었더라도 공급가액이 확정되지 않은 경우에는 그 공급가액이 확정된 때를 공급시기로 보도록 정하고 있고, 일반적으로 기성고에 따라 대금이 청구되는 용역에 대해서는 거래당사자 간 기성고에 대한 양사 확인 및 승인절차가 필수적이고 정상적인 과정이다.
• 타. 비록 쟁점추가공사가 완료되었다 할지라도 양사 간에 합의된 절차에 따라 최종 승인이 이루어지지 않은 경우에는 그 공급가액이 확정되었다고 볼 수 없고, 부가가치세법에서 규정하는 대가를 받기로 한 때 역시 도래했다고 보기 어려울 것인바, 청구법인이 쟁점추가공사에 대한 최종 확인이 이루어지고 공급가액이 확정된 때에 교부받은 세금계산서는 부가가치세법상 적법한 세금계산서에 해당한다고 판단된다.

【쟁점①에 대한 사항】

• 가. 특정국가에서 시행된 외주비 및 프로젝트 관련 감가상각비는 청구법인에게 제공된 용역이 아니며 기대편익이 존재하지 않으며, ▥▥▥가 특정 타국 현지법인에 대해 직접청구가 가능한 비용에 대해 간접청구방식을 적용하여 비용을 부담시키는 것은 부당하다.
• 나. 청구법인은 HHH부서가 진행하는 프로젝트는 AAA 그룹의 IT 중앙집권화 및 현대화의 일환으로 각 현지법인에서 순차적으로 진행하고 있는 것이며 이에 대한 기대효익이 청구법인에게도 존재한다고 주장하고 있으나, 각 진행 중인 프로젝트의 도입계획이 담긴 계획서 등을 제출 요구하였고 청구법인은 계획서 등이 없다는 이유로 제출하지 않아 향후 각 프로젝트가 도입될 지 여부조차 명확하지 않으므로 청구법인과의 연관성 및 기대효익이 있다고 볼 수 없다.
• 다. 직접청구가 불가한 경우에만 기대효익을 반영한 간접청구 방식을 적용하는 것이므로 타 국가 현지법인에서 진행 중인 해당국 현지법인을 위한 프로젝트로 구분되는 비용은 직접청구가 원칙이며 모든 비용을 간접청구하여 청구법인이 지급하는 것은 명백히 부당하다.
• 라. 따라서, 청구법인이 국외특수관계인으로부터 용역을 제공받았다고 주장하며 손금처리한 쟁점IT공유서비스 비용 처리액 000억원(4개연도)중 국제조세조정에 관한 법률 시행령(이하 “국조령”이라 한다) 제6조의2에 의한 <용역거래에 대한 정상가격>을 적용한 결과, 용역 제공내용 미확인, 기대편익 부존재, 청구법인과 관련없는 청구액, 입증문서 부재한 지급액은 정상가격 초과 지급분으로 보아 000억원(총 비용의 36.4% 부인)을 손금불산입한다는 통지관서의 통지는 잘못이 없다. 【쟁점②ㆍ③에 대한 사항】
• 마. (쟁점② 관련) ▥▥▥가 청구법인에게 청구하는 쟁점시스템 관련 비용은 자산부분과 비용부분으로 구분되며, 쟁점시스템은 엄연히 ▥▥▥ 소유자산이므로 관련 자산 구축비용 부담액을 청구법인의 자산으로 계상할 수 없다. 또한, 청구법인은 별도의 약정없이 2016년, 2017년 사업연도 ▥▥▥의 쟁점시스템 구축비용을 부담하고 이를 청구법인의 자산으로 계상하여 감가상각을 진행하였으므로 명백히 부당한 회계처리로 손금부인함이 타당하다.
• 바. (쟁점③ 관련) 쟁점시스템 관련 계약은 2016.8월 이후 쟁점IT공유서비스 약정으로 포괄 계약하였으며, 그 계약내용에는 결과에 대한 보증의무가 없고 청구법인이 쟁점시스템을 이용하고 지급한 대가는 ▥▥▥가 오랜 기간 축적해온 노하우와 기술력을 바탕으로 구축된 시스템 이용 대가로 보이는 점, ▥▥▥는 쟁점시스템 관련 비용(제3자 라이센스, 업그레이드 등 유지보수비)을 사용하고 있는 현지법인들에 쟁점시스템에 따른 매출액 비율로 청구하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점시스템 유지보수비는 사용료소득에 해당된다고 봄이 타당하다. 【쟁점④에 대한 사항】
• 사. 쟁점장려금의 세부약정(PPA포함) 내용은 당해연도 청구법인이 상품을 매입하는 시점에 수량 조건(주문량), 무반품 조건, 대금지급 조건 등 구체적인 매입(공급) 조건에 따른 상품 매입대금 할인(공제) 금액을 약정한 것으로, 사전 약정한 공급조건(수량조건 등)을 원인으로 하여 매입 시점마다 매입금액(세금계산서 수취금액)을 기준으로 일정요율을 곱하여 쟁점장려금이 즉시 산정(확정)되는 구조(당초 매입내역과 1:1 매칭)이고, 매입대금에서 공제하여 지급하므로 통상의 물품대금에서 일정액을 직접 깎아주는 효과가 있다.
• 아. 따라서, 쟁점장려금은 ‘재화를 수취(공급)할 때 수량, 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 깎아 주는 금액으로 볼 수 있으므로부가가치세법제29조제5항제1호에서 정의하는 ‘에누리’ 개념과 정확히 일치하는 것으로 판단된다. 【쟁점⑤에 대한 사항】
• 자. 국조령에서는 용역거래의 손금산입에 대하여 용역제공에 관한 사전약정을 필수요건으로 규정하고 있으나, 청구법인과 ▥▥▥ 간에 체결된 ‘관리지원용역 계약’은 전혀 없어 손금요건을 충족하지 않는다.
• 차. 청구법인은 대만법인, 일본법인, 중국법인 간에 체결된 관리지원용역 계약(쟁점 4개국 간 계약)이 있으므로 사전약정이 존재하다고 주장하나, 이 계약은 청구법인과 아시아 4개국 소재 자회사 간에 작성된 계약으로서 용역을 제공하는 ▥▥▥와 제공받는 청구법인 간에 체결된 계약이 아니고, 오히려 ▥▥▥가 2019.7월 중국 상하이에 신규 점포를 개설하였는데 대만법인 대표였던 EEE이 2015.8월 아시아총괄 부사장으로 되고 상하이점 개설 업무를 수행한 것으로 보아, ‘쟁점 4개국 간 계약’ 체결은 청구법인과 무관하게 ▥▥▥의 필요(중국 매장 개점)에 의한 것임을 알 수 있다.
• 카. 용역거래에 대한 대가가 손금이 인정이 되려면 그 용역제공으로 인하여 청구법인에 수익이 증대되거나 비용이 감소되어야 할 뿐 아니라, 그 제공하는 용역이 주주로서 제공하는 모회사의 보고의무와 관련된 활동이나 각종 감사나 감독 업무가 아니어야 한다.
• 타. 그리고, 청구법인의 주주총회에서 결정한 임원 보수 한도는 이사 및 감사의 보수가 0원으로 되어 있는바, 청구법인이 EEE에게 이사 보수를 지급한 것이라면, 임원보수 한도 규정을 초과하여 지급한 것이므로 손금에 산입할 수 없다. 【쟁점⑥에 대한 사항】
• 파. FFF점, GGG점 점포의 쟁점공사가 준공일 이전에 완료되었다는 사실은 통지관서와 청구법인 간에 이견은 없다.
• 하. 쟁점추가공사 관련 ‘Change Order proposal’ 문서를 보면 ‘Approvals’에서 “모든 당사자가 서명하면 이 문서는 즉시 발효되며 계약자는 변경을 진행하도록 지시한다”라고 명시되어 있고, 문서에 변경된 공사금액이 기재되어 있는 점 등으로 보아 해당 문서의 서명일(FFF점: 2016.7.12., GGG점: 2018.5.24.)에 공급가액이 확정되었다고 보아야 한다.
• 거. 설령 변경공사가 추후에 재차 변경될 가능성이 있어 공급가액을 확정하기 어려웠다고 하더라도 준공시점에서는 쟁점추가공사가 완료되었고 공급가액 또한 확정되었기에 부가가치세법 시행령제29조제2항에 의한 ‘용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때’인 준공일을 공급시기로 보는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점IT공유서비스 수수료 중 외주용역비 및 감가상각비도 기대효익이 있고 공통비용이므로 손금대상이라는 청구주장의 당부

② 쟁점시스템 취득비용은 청구법인이 정당하게 부담해야하는 비용이므로 손금대상이라는 청구주장의 당부

③ 쟁점시스템 유지보수 명목으로 부담한 비용은 노하우 전수 등이 수반되지 않아 원천징수대상 사용료소득에 해당되지 않는다는 청구주장의 당부

④ 쟁점장려금은 상품구매 이후 확정된 조건에 따라 수취하므로 부가가치세 과세표준에서 차감하는 매입에누리가 아닌 판매장려금이라는 청구주장의 당부

⑤ 쟁점자문료는 경영자문을 받고 지급한 것임에도 사전약정이 없다는 등의 이유로 업무무관비용으로 보아 손금부인하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

⑥ 쟁점매입세금계산서는 공급시기에 교부받은 것임에도 지연수취한 것으로 보아 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 【쟁점①에 대한 사항】 1) 국제조세조정에 관한 법률 제2조 【정의】<2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것>

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2018.12.31>

1. "국제거래"란 거래 당사자의 어느 한 쪽이나 양쪽이 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장은 제외한다)인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매ㆍ임대차, 용역의 제공, 금전의 대출ㆍ차용, 그 밖에 거래자의 손익(損益) 및 자산과 관련된 모든 거래를 말한다. 2) 국제조세조정에 관한 법률 제4조 【정상가격에 의한 과세조정】

① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31>

② 납세자가 제2조제1항제8호 다목 및 라목에 따른 특수관계에 해당하지 아니한다는 명백한 사유를 제시한 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다. 3) 국제조세조정에 관한 법률 제5조 【정상가격의 산출방법】

① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다. <개정 2017.12.19>

1. 비교가능 제3자 가격방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

2. 재판매가격방법: 거주자와 국외특수관계인이 자산을 거래한 후 거래의 어느 한 쪽인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 그 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 뺀 가격을 정상가격으로 보는 방법

3. 원가가산방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 자산의 제조ㆍ판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법

4. 이익분할방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거래 쌍방이 함께 실현한 거래순이익을 합리적인 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들 간의 상대적 공헌도에 따라 배부하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

5. 거래순이익률방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

6. 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법

② 과세당국은 제1항을 적용할 때 거주자와 국외특수관계인 사이의 상업적 또는 재무적 관계 및 해당 국제거래에서 중요한 거래조건을 고려하여 해당 국제거래의 실질적인 내용을 명확하게 파악하여야 하며, 해당 국제거래가 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 사이의 거래와 비교하여 상업적으로 합리적인 거래인지 여부를 판단하여야 한다. <신설 2018.12.31>

③ 과세당국은 제2항에 따른 판단 결과 거주자와 국외특수관계인 사이의 국제거래가 상업적으로 합리적인 거래가 아니고, 해당 국제거래에 기초하여 정상가격을 산출하는 것이 현저히 곤란한 경우 그 경제적 실질에 따라 해당 국제거래를 없는 것으로 보거나 합리적인 방법에 따라 새로운 거래로 재구성하여 제1항을 적용할 수 있다. <신설 2018.12.31>

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2018.12.31.> 3-1) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제4조 【정상가격의 산출방법】<2020.8.4. 대통령령 제30893호로 개정되기 전의 것>

① 법 제5조제1항제1호에 따른 비교가능 제3자 가격방법을 국내 또는 국외의 공개시장(이하 이 조에서 "공개시장"이라 한다)에서 거래되는 원유, 농산물, 광물 등에 대해 적용할 때는 다음 각 호의 사항을 고려해야 한다. <신설 2019.2.12>

1. 거주자와 국외특수관계인 간의 물품거래와 공개시장에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 물품거래를 비교하여 물품의 물리적 특성 및 품질, 공급물량·시기, 계약기간, 운송조건 등 거래조건에 상당한 차이가 있는 경우에는 이러한 차이를 합리적으로 조정해야 한다.

2. 가격 산출의 기준이 되는 시점(이하 이 조에서 "가격결정시점"이라 한다)은 다음 각 목의 기준에 따른다.

• 가. 거주자가 가격결정시점에 대한 신뢰할 만한 자료를 제출하는 경우: 거주자가 제출한 자료에 근거하여 결정
• 나. 거주자가 가격결정시점에 대한 자료를 제출하지 않거나 거주자가 제출한 자료에 근거하여 가격결정시점을 결정하면 실제 거래에 비추어 합리적이지 않은 경우: 선하증권에 기재된 선적일 등 과세당국이 이용할 수 있는 자료에 근거하여 결정

② 법 제5조제1항제4호에 따른 이익분할방법을 적용할 때에는 다음 각 호의 사항을 고려하여야 한다. <개정 2019.2.12>

1. 거래 양쪽이 함께 실현한 거래순이익은 제3자와의 거래에서 실현한 매출액에서 매출원가 및 영업비용(판매비와 일반관리비를 말한다. 이하 같다)을 뺀 금액으로 한다.

2. 합리적인 배부기준은 다음 각 목의 기준과 각 기준이 거래순이익의 실현에 미치는 중요도에 따라 측정한다.

• 가. 사용된 자산 및 부담한 위험을 고려하여 평가된 거래 당사자가 수행한 기능의 상대적 가치
• 나. 영업자산, 유형·무형의 자산 또는 사용된 자본
• 다. 연구·개발, 설계, 마케팅 등 핵심 분야에 지출·투자된 비용
• 라. 그 밖에 판매증가량, 핵심 분야의 고용인원 또는 노동 투입시간, 매장 규모 등 거래순이익의 실현과 관련하여 합리적으로 측정할 수 있는 배부기준

3. 거래순이익을 상대적 공헌도에 따라 배부할 때에는 거래 형태별로 거래 당사자들의 적절한 기본수입을 우선 배부하는 경우를 포함한다.

4. 상대적 공헌도는 유사한 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래에 적용될 것으로 판단되는 배부기준에 따라 측정한다.

③ 법 제5조제1항제5호에 따른 거래순이익률방법을 적용할 때에는 다음 각 호의 사항을 고려하여야 한다. <개정 2019.2.12>

1. 통상의 거래순이익률은 다음 각 목에 따른 사항을 기초로 산출한다.

• 가. 매출에 대한 거래순이익의 비율
• 나. 자산에 대한 거래순이익의 비율
• 다. 매출원가 및 영업비용에 대한 거래순이익의 비율
• 라. 영업비용에 대한 매출총이익(거래순이익과 영업비용을 합산한 것을 말한다. 이하 같다)의 비율
• 마. 그 밖에 합리적이라고 인정될 수 있는 거래순이익률

2. 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)가 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래와 비슷한 거래를 특수관계가 없는 자와는 한 적이 없는 경우에는 다음 각 목의 거래 중 해당 거래의 조건과 상황이 비슷한 거래의 거래순이익률을 사용할 수 있다.

• 가. 국외특수관계인과 특수관계가 없는 자 간의 거래
• 나. 특수관계가 없는 제3자 간의 거래

④ 법 제5조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법"이란 법에서 정한 산출방법 외에 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법(제6조의2제5항 및 제6조의3제5항의 방법을 포함한다)을 말한다. <개정 2020.2.11>

⑤ 과세당국은 법 제5조제2항에 따라 거주자와 국외특수관계인 사이의 국제거래의 실질적인 내용을 명확하게 파악하기 위해 다음 각 호의 요소를 고려해야 한다. <신설 2019.2.12>

2. 사용된 자산과 부담한 위험 등을 고려하여 평가된 거래 당사자가 수행한 기능. 이 경우 부담한 위험은 거래 당사자의 위험에 대한 관리·통제 활동 및 위험을 부담할 재정적 능력 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 분석해야 하며, 거래 당사자가 수행한 기능은 거래 당사자뿐만 아니라 거래 당사자와 특수관계에 있는 자 모두를 고려하여 전체적으로 사업활동이 수행되고 있는 방식, 거래 상황 및 관행을 종합적으로 고려해야 한다.

3. 거래된 재화나 용역의 종류 및 특성

⑥ 과세당국은 법 제5조제2항 및 제3항에 따라 거주자와 국외특수관계인 사이의 국제거래가 상업적으로 합리적인 거래인지 여부를 판단할 때 다음 각 호의 기준을 고려해야 한다. <신설 2019.2.12>

1. 특수관계가 없는 독립된 사업자 사이에서는 해당 거래조건에 대한 합의가 이루어지지 않을 것으로 예상할 수 있을 것. 이 경우 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간 해당 거래와 유사한 거래가 체결된 사례가 없다는 사실만으로 해당 거래조건에 대한 합의가 이루어지지 않을 것으로 판단해서는 안 된다.

2. 해당 거래를 체결하지 않거나 다른 방식으로 거래를 체결하는 것이 거주자 또는 국외특수관계인에게 사업목적상 유리할 것

3. 해당 거래로 인하여 거주자 또는 국외특수관계인의 조세부담이 상당히 감소하는 등 조세 혜택을 고려하지 않는다면 해당 거래가 발생하지 않을 것으로 예상할 수 있을 것 3-2) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제6조의2 【용역거래의 경우 정상가격】

① 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래(경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 가격이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금(損金)으로 인정한다. <개정 2019.2.12>

1. 용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것

2. 용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것

3. 제공받은 용역의 대가가 법 제5조 및 이 영 제4조부터 제6조까지의 규정에 따라 산정될 것. 이 경우 법 제5조제1항제3호에 따른 원가가산방법 또는 이 영 제4조제3항제1호다목에 따른 거래순이익률방법인 경우에는 다음 각 목의 기준에 따라 산정한다.

• 가. 발생한 원가에는 그 용역 제공을 위하여 직접 또는 간접으로 발생한 비용 모두를 포함시킬 것
• 나. 용역 제공자가 그 용역을 수행하기 위하여 제3자에게 그 용역의 일부 또는 전부를 대행하여 수행할 것을 의뢰하고 대금을 한꺼번에 지급한 후 이에 대한 비용을 용역을 제공받는 자에게 재청구하는 경우 용역 제공자는 자신이 그 용역과 관련하여 직접 수행한 활동으로부터 발생한 원가에 대해서만 통상의 이윤을 더할 것. 다만, 용역의 내용과 거래 상황 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

4. 제1호부터 제3호까지의 사실을 증명하는 문서를 보관·비치하고 있을 것

② 제1항을 적용할 때 거주자가 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래(이하 이 조에서 "저부가가치 용역거래"라 한다)에 대해 해당 용역의 원가에 100분의 5를 가산한 금액을 용역의 대가로 산정한 경우에는 그 금액을 제1항제3호에 따라 산정된 대가로 본다. 이 경우 해당 용역의 원가는 제1항제3호 각 목의 기준에 따라 산정한다. <신설 2020.2.11>

1. 거래대상 용역은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 않는 용역으로서 거주자와 국외특수관계인의 핵심사업활동과 직접 관련되지 않는 지원적 성격의 용역일 것

• 가. 연구개발
• 나. 천연자원의 탐사·채취 및 가공
• 다. 원재료 구입, 제조, 판매, 마케팅 및 홍보
• 라. 금융, 보험 및 재보험

2. 용역이 제공되는 과정에서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사실이 없을 것

• 가. 독특하고 가치 있는 무형자산의 사용 또는 창출
• 나. 용역 제공자가 중대한 위험을 부담 또는 관리·통제

3. 용역 제공자 및 용역을 제공받는 자는 특수관계가 없는 제3자와 유사한 용역거래를 하지 않을 것

③ 해당 사업연도에 제2항에 따른 저부가가치 용역의 원가에 100분의 5를 가산한 금액의 합계가 기획재정부령으로 정하는 금액을 초과하는 경우에는 제2항을 적용하지 않는다. <신설 2020.2.11>

④ 제1항에도 불구하고 용역을 제공받는 자가 제공받는 용역과 같은 용역을 다른 특수관계인이 자체적으로 수행하고 있거나 특수관계가 없는 자가 다른 특수관계인을 위하여 제공하고 있는 경우에는 제1항에 따른 용역거래로 보지 아니한다. 다만, 사업 및 조직구조의 개편, 구조조정 및 경영의사 결정의 오류를 줄이는 등의 합리적인 사유로 일시적으로 중복된 용역을 제공하는 경우에는 제1항에 따른 용역거래로 본다. <개정 2020.2.11.> 【쟁점②ㆍ③에 대한 사항】 4) 국제조세조정에 관한 법률 제3조 【다른 법률과의 관계】

① 이 법은 국세와 지방세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 적용한다.

② 국제거래에 대해서는소득세법제41조와법인세법제52조를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다. 4-1) 국제조세조정에 관한 법률 제3조의3 【부당행위계산 부인의 적용 범위】 법 제3조제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산의 증여 등"이란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 자산을 무상(無償)으로 이전(현저히 저렴한 대가를 받고 이전하는 경우는 제외한다)하거나 채무를 면제하는 경우

2. 수익이 없는 자산을 매입하였거나 현물출자를 받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

법인세법 시행령제88조제1항제8호 각 목의 어느 하나 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 경우 5) 국제조세조정에 관한 법률 제10조 【소득금액 계산의 특례】

① 체약상대국이 거주자와 국외특수관계인의 거래가격을 정상가격으로 조정하고, 이에 대한 상호합의절차가 종결된 경우에는 과세당국은 그 합의에 따라 거주자의 각 과세연도 소득금액 및 결정세액을 조정하여 계산할 수 있다. <개정 2011.12.31>

② 제1항에 따른 소득금액과 결정세액의 조정 신청, 조정 방법 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 6) 법인세법 제19조 【손금의 범위】<2020.8.18. 법률 제17476호로 개정되기 전의 것>

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다. <개정 2018.12.24>

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. <개정 2018.12.24> 7) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. <개정 2011.12.31, 2018.12.24>

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. <개정 2011.12.31, 2018.12.24> 7-1) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】<2020.3.31. 대통령령 제30586호로 개정되기 전의 것>

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2020.2.11>

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 8) 법인세법 제93조 【외국법인의 국내원천소득】 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다. <개정 2019.12.31>

5. 국내원천 사업소득: 외국법인이 경영하는 사업에서 발생하는 소득(조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 소득. 다만, 제6호에 따른 국내원천 인적용역(人的用役)소득은 제외한다.

6. 국내원천 인적용역소득: 국내에서 대통령령으로 정하는 인적용역을 제공함으로써 발생하는 소득(국외에서 제공하는 인적용역 중 대통령령으로 정하는 인적용역을 제공함으로써 발생하는 소득이 조세조약에 따라 국내에서 발생하는 것으로 간주되는 소득을 포함한다). 이 경우 그 인적용역을 제공받는 자가 인적용역의 제공과 관련하여 항공료 등 대통령령으로 정하는 비용을 부담하는 경우에는 그 비용을 제외한 금액을 말한다.

8. 국내원천 사용료소득: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리 등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득

• 가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오ㆍ텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리
• 나. 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우
• 다. 사용지(使用地)를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 조세조약(이하 이 조에서 "사용지 기준 조세조약"이라 한다)에서 사용료의 정의에 포함되는 그 밖에 이와 유사한 재산 또는 권리[특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 그 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 조에서 "특허권 등"이라 한다)가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등이 국내에서의 제조ㆍ생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것을 말한다]

10. 국내원천 기타소득: 제1호부터 제9호까지의 규정에 따른 소득 외의 소득으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

• 다. 국내에 있는 자산을 증여받아 생기는 소득
• 아. 제67조에 따라 기타소득으로 처분된 금액
• 카. 가목부터 차목까지의 소득 외에 국내에서 하는 사업이나 국내에서 제공하는 인적용역 또는 국내에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익으로 생긴 소득(국가 또는 특별법에 따라 설립된 금융회사 등이 발행한 외화표시채권을 상환함으로써 받은 금액이 그 외화표시채권의 발행가액을 초과하는 경우에는 그 차액을 포함하지 아니한다) 또는 이와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득 8-1) 법인세법 기본통칙 93-132…8【외국법인에게 지급하는 소프트웨어의 지급대가】 국내사업장이 없는 외국법인에게 지급하는 소프트웨어 도입대가에 대한 법인세 원천징수는 다음 각 항에 의한다.

① 소프트웨어라 함은 특정의 결과를 얻기 위하여 컴퓨터 등 정보처리능력을 가진 기계장치 내에 직접 또는 간접적으로 사용되는 일련의 지시 또는 명령(이하 ¨프로그램¨이라 한다) 및 동 프로그램과 관련되어 사용되는 설명서, 기술서 및 기타 보고서 등을 말한다. <개정 1994.08.01>

② 소프트웨어의 국내도입자가 외국법인에게 지급하는 대가는 당해 거래의 성격에 따라 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 소프트웨어 저작권자로부터 당해 소프트웨어의 저작권을 양수하고 지급하는 대가 및 소프트웨어의 복제권, 배포권, 개작권 등의 사용 또는 사용할 권리의 대가는 법 제93조 제8호 가목에 규정하는 사용료에 해당한다.<개정 2001.11.01>, <개정 2019.12.23.>

2. 위 1호 이외의 방식으로 도입되는 것으로, 다음 각목에서 열거하는 경우에 지급되는 소프트웨어의 대가는 법 제93조 제8호 나목에 규정하는 사용료에 해당한다.<개정 2001.11.01>, <개정 2019.12.23.>

• 가. 해당 소프트웨어의 비공개 원시코드(source code)가 제공되는 경우
• 나. 원시코드가 제공되지 않는 경우에는 국내도입자의 개별적인 주문에 의해 제작・개작된 소프트웨어가 제공된 경우
• 다. 소프트웨어의 지급대가가 당해 소프트웨어의 사용형태 또는 재생산량의 규모 등 소프트웨어의 사용과 관련된 일정기준에 기초하여 결정되는 경우

③ 원천징수대상이 되는 소프트웨어의 대가의 범위는 다음 각 호에 의한다.

1. 하드웨어와 함께 도입되는 소프트웨어로서 당해 소프트웨어의 가격이 하드웨어의 가격과 분리 가능한 경우는 소프트웨어 대가 부분만 원천징수한다. <개정 1996.08.01>

2. 소프트웨어를 담고 있는 매체나 용기의 가격비중이 전체 도입대가에 비하여 미미한 경우는 그 매체나 용기의 가액을 포함한 전체 도입대가에 대하여 원천징수한다. <개정 1996.08.01>

④ 소프트웨어의 국내도입자가 외국의 소프트웨어 개발업자에게 도입자의 비용과 책임으로 자기가 원하는 소프트웨어를 개발하여 제작해 줄 것을 의뢰하고 도입한 것으로서 자기가 그 도입한 소프트웨어에 대한 포괄적인 권리(저작권을 포함한다)를 원시적으로 취득하고 지급하는 대가는 제2항 제2호의 사용료소득에 해당되지 아니한다. <개정 1996.08.01.> 8-2) 국제조세 집행기준 93-132-9【클라우드컴퓨팅서비스 제공대가의 소득구분】 국내사업장이 없는 미국 법인이클라우드컴퓨팅 발전 및 이용자 보호에 관한 법률제2항제3호에 따른 클라우드컴퓨팅서비스를 국내에서 재판매하는 내국법인을 통해 국내 고객들에게 제공하면서 해당 내국법인으로부터 지급받는 대가는대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약제8조제6항(a)에 따른 산업상 또는 상업상의 활동으로 얻는 소득 및법인세법제93조제5호에 따른 국내원천 사업소득에 해당하므로 같은 협약의 같은 조 제1항에 따라 국내에서 과세되지 아니하는 것임. 9) 법인세법 제98조 【외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례】

① 외국법인에 대하여 제93조제1호ㆍ제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조제7호에 따른 국내원천 부동산등양도소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다. <개정 2018.12.24, 2019.12.31>

6. 제93조제8호에 따른 국내원천 사용료소득: 지급금액의 100분의 20

10. 한ㆍ미 조세조약 제14조【사용료】[1979.10.20]

(4) 본 조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다. (a) 문학. 예술. 과학 작품의 저작권 또는 영화필름. 라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금 (b) 그러한 재산 또는 권리(선박 또는 항공기는 제외됨)의 매각, 교환 또는 기타의 처분에서 발생한 소득 중에서 동 매각, 교환 또는 기타의 유상처분으로 취득된 금액이 그러한 재산 또는 권리의 생산성, 사용 또는 처분에 상응하는 부분. 사용료에는 광산, 채석장 또는 기타 자연자원의 운용에 관련하여 지급되는 사용료, 임차료 또는 기타의 금액은 포함되지 아니한다.

(5) 특수관계인에게 사용료로서 지급된 금액이 비특수관계인에게 지급되는 금액을 초과하는 경우에, 본 조의 제 규정은 비특수관계인에게 지급되는 사용료의 상당액에 대해서만 적용된다. 그러한 경우에 초과 지급금은, 적용할 수 있는 경우에, 이 협약의 제 규정을 포함하여 각 체약국의 법에 따라 각 체약국에 의하여 과세될 수 있다. 【쟁점④에 대한 사항】 11) 부가가치세법 제29조 【과세표준】<2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것>

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. <개정 2017.12.19>

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

1. 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액

6. 공급에 대한 대가를 약정기일 전에 받았다는 이유로 사업자가 당초의 공급가액에서 할인해 준 금액

⑥ 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 지급하는 장려금이나 이와 유사한 금액 및 제45조제1항에 따른 대손금액(貸損金額)은 과세표준에서 공제하지 아니한다. 11-1) 부가가치세법 기본통칙 10-0-5【판매장려금의 과세】 사업자가 자기재화의 판매촉진을 위하여 거래상대자의 판매실적에 따라 일정률의 장려금품을 지급 또는 공급하는 경우 금전으로 지급하는 장려금은 과세표준에서 공제하지 아니하며 재화로 공급하는 것은 사업상 증여에 해당하므로 과세한다. 다만, 해당 재화가 법 제10조제1항에 따른 자기생산ㆍ취득재화에 해당하지 아니하는 것은 과세하지 아니한다. (2019. 12. 23. 개정) 【쟁점⑤에 대한 사항】 12) 법인세법 제26조 【과다경비 등의 손금불산입】 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비

4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것 12-1) 법인세법 시행령 제43조 【상여금 등의 손금불산입】

① 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다. <개정 2018.2.13, 2019.2.12>

② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다. 13) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제6조의2 【용역거래의 경우 정상가격】

① 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래(경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 가격이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금(損金)으로 인정한다. <개정 2019.2.12>

1. 용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것 13-1) 국제조세조정에 관란 법률 기본통칙 5-6의2…1【경영자문료의 손금산입】

① 영 제6조의2 제1항 제1호에 따라 용역을 실제로 제공한 때는 용역제공 일정표, 용역공정표, 용역제공회사 및 직원현황, 발생비용명세서 등의 자료에 의하여 용역을 제공한 사실이 확인되는 경우를 말한다. <개정 2009. 2. 2.>

② 해외모회사 등 국외특수관계인이 내국법인의 주주로서 제공하는 다음 각호의1에 해당하는 용역은 제1항의 용역으로 보지 아니한다. <제정 2004. 6. 15.>, <조문번호이동 및 개정 2019.12.23.>

1. 모회사 소재국의 일반 회계원칙에 따른 재무제표의 작성 <제정 2004. 6. 15.>

2. 보고서의 연결 등 모회사의 보고의무와 관련된 활동 <제정 2004. 6. 15.>

3. 회계감사 등 각종 감사나 감독업무 <제정 2004. 6. 15.> 【쟁점⑥에 대한 사항】 14) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 15) 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 15-1) 부가가치세법 시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

② 법 제16조제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 16) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. <개정 2014.1.1>

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 17) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. <개정 2017.12.19, 2019.12.31>

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 17-1) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】 법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2016.2.17, 2019.2.12>

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

• 다. 사실관계 【쟁점①에 대한 사항】

1. 쟁점IT공유서비스 약정서 주요 내용은 다음과 같다.(생략)

2. 청구법인은 약정에 의해 2017년 사업연도부터 ▥▥▥에 쟁점IT공유서비스 비용을 지급하고 있고 그 내역은 다음과 같다.(생략) 3)국제조세 집행기준5-6의2-1(용역거래의 경우 정상가격)(생략)

4. OECD TP Guideline(생략)

5. 통지관서가 작성한 <이전가격보고서 주요 내용>은 다음과 같다.(생략)

6. 통지관서는 쟁점①에 대하여 2021.11.15. ○○지방국세청 이전가격심의위원회에 심의를 요청하였고, 2021.11.25. 동 위원회에서는 ‘이전가격조사(적정)’으로 의결결과를 통보하였는데, 그 내용은 다음과 같다.(생략)

7. 청구법인의 상세주장 내용은 다음과 같다.(생략)

8. 통지관서의 상세주장 내용은 다음과 같다.(생략)

9. 사전열람 후 청구법인이 추가로 제기한 주장은 다음과 같다.(생략) 【쟁점②ㆍ③에 대한 사항】

10. 본안 심리에 앞서 다음의 사항은 심사제외하기로 한다.

• 가) 청구법인이 청구세액에 포함한 법인(원천)세 2017.2월 귀속분 000원은2022.3.2. 경정고지 되었고, 2017.4월 귀속분 000원은 2022.4.27. 경정고지 되었음이 국세청 대내포털시스템에 의해 확인된다.
• 나) 2017.2월 및 4월분 법인(원천)세는 2022.2.14. 세무조사결과통지일로부터 부과제척기간만료가 3개월 이하인 경우에 해당하여국세기본법제81조의15제3항제3호의 규정에 따라 이 건 과세전적부심사청구를 할 수 있는 경우에 해당하지 아니하므로 같은 조 제5항 제3호의 규정에 따를 ‘심사하지 아니하는 사유’에 해당한다.

11. 청구법인의 2016년부터 2021년까지 사업연도 쟁점전자상거래사업 매출액 현황은 다음과 같다.(생략)

12. 쟁점② 관련 손금부인 내용(생략)

13. 쟁점③ 관련 손금부인 및 가산세 부과 내용(생략)

14. OECD 이전가격 과세지침(생략)

15. 청구법인이 제출한 쟁점시스템 개발ㆍ구축 배경, 비용안분 기준 등 관련 내용은 다음과 같다.(생략)

16. 통지관서가 청구법인의 쟁점시스템 구축 및 유지비용 부담과 관련하여 확인한 내용은 다음과 같다.(생략)

17. 통지관서는 쟁점②ㆍ③에 대하여 2021.11.10. ○○지방국세청 과세사실판단자문위원회에 자문을 신청하였고, 2021.12.7. 동 위원회에서는 ‘(과세의견)’으로 의결결과를 통보하였는데, 그 내용은 다음과 같다.(생략)

18. 청구법인의 상세주장 내용은 다음과 같다.(생략)

19. 통지관서의 상세주장 내용은 다음과 같다.(생략)

20. 사전열람 후 청구법인이 추가로 제기한 주장은 다음과 같다.(생략)

21. 사전열람 후 통지관서가 추가로 제시한 의견은 다음과 같다.(생략) 【쟁점④에 대한 사항】

22. 청구법인이 제출한 2016년부터 2020년까지 사업연도에 청구법인이 상품공급업체와 체결한 리베이트 계약서에 따라, 청구법인이 상품공급업체에서 지급받는 쟁점장려금의 유형과 지급조건, 요율 등 구체적인 내역은 다음과 같다.(생략)

23. 통지관서가 쟁점장려금과 관련하여 확인한 내용은 다음과 같다.(생략)

24. 통지관서는 쟁점④에 대하여 2021.9.13. ○○지방국세청 과세사실판단자문위원회에 자문을 신청하였고, 2021.10.18. 동 위원회에서는 ‘쟁점장려금은 매출에누리에 해당하는 것(과세의견)’으로 의결결과를 통보하였는데, 그 내용은 다음과 같다.(생략)

25. 청구법인의 상세주장 내용은 다음과 같다.(생략)

26. 통지관서의 상세주장 내용은 다음과 같다.(생략)

27. 사전열람 후 청구법인이 추가로 제기한 주장은 다음과 같다.(생략) 【쟁점⑤에 대한 사항】

28. 청구법인이 제출한 EEE의 수행 업무 등 내용은 다음과 같다.(생략)

29. 청구법인의 상세주장 내용은 다음과 같다.(생략)

30. 통지관서의 상세주장 내용은 다음과 같다.(생략)

31. 사전열람 후 청구법인이 추가로 제기한 주장은 다음과 같다.(생략)

32. 사전열람 후 통지관서가 추가로 제시한 의견은 다음과 같다.(생략) 【쟁점⑥에 대한 사항】

33. 청구법인은 FFF점과 GGG점 건축공사와 관련하여 당초 도급공사에 추가되는 공사를 진행하였는데, 그 추가공사의 세부 내역은 다음과 같다.(생략) 34) 청구법인은 쟁점추가공사(CO1 및 CO3)와 관련하여, CO1 및 CO2의 공급가액이 같은 날(2017.3.24.)에 확정된 것으로 보고 세금계산서 하나로 발급받았으며, CO3 및 CO4도 같은 날(2018.10.31.)에 확정된 것으로 보고 세금계산서 하나로 발급받았다.(생략)

35. AAA FFF점은 2017.1.9. 개점하였고, GGG점은 2018.8.31. 개점한 것으로 인터넷 신문 등에 의해 확인된다.

36. 청구법인의 상세주장 내용은 다음과 같다.(생략)

37. 통지관서의 상세주장 내용은 다음과 같다.(생략)

38. 사전열람 후 청구법인이 추가로 제기한 주장은 다음과 같다.(생략)

39. 사전열람 후 통지관서가 추가로 제시한 의견은 다음과 같다.(생략)

• 라. 판단

1. 쟁점IT공유서비스 수수료 중 외주용역비 및 감가상각비가 손금에 해당하는지

• 가) 관련 법리 (1)국제조세조정에 관한 법률(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것, 이하 “국조법”이라 한다)제4조제1항은 “과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다(단서규정 생략)”라고 규정하고 있다. (2) 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2020.8.4. 대통령령 제30893호로 개정되기 전의 것, 이하 “국조령”이라 한다)제6조의2제1항은 “거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래(경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 가격이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금(損金)으로 인정한다”라고 규정하면서, 제1호에 “용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것”을, 제2호에 “용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것”을, 제3호에 “제공받은 용역의 대가가 법 제5조 및 이 영 제4조부터 제6조까지의 규정에 따라 산정될 것(후단 및 각 목 생략)”을, 제4호에 “제1호부터 제3호까지의 사실을 증명하는 문서를 보관·비치하고 있을 것”을 그 요건으로 규정하고 있다.
• 나) 쟁점①(외주용역비 및 감가상각비의 손금해당 여부)에 대한 판단

(1) 관련 법리와 다음의 여러 사정을 종합하여 볼 때, 특정국가의 외주용역비 및 감가상각비는 청구법인이 부담할 비용이 아니고 정상가격을 초과하여 지급한 비용으로 청구법인의 손금에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. (가) 국조법 제4조 및 국조령 제6조의2 규정에 따르면, 국외특수관계인에게 지급한 용역대가는 ① 약정에 따른 실제 용역제공(용역의 실재성), ② 기대편익의 존재, ③ 용역대가의 산정 및 청구방법이 정상가격과 부합할 것, ④ 이러한 사실을 입증하는 문서 구비 등 요건을 충족하는 경우 당해 용역거래 가격을 정상가격으로 판단하도록 규정하고 있다. (나) 국외특수관계인과 용역거래의 경우에서 용역활동에 소요된 비용에 일정한 이윤을 더한 금액을 용역의 수혜자들에게 배분하여 대가를 산정하는 간접청구방식도 허용된다고 볼 수 있으나(OECD 이전가격지침서 7.24 등 참조), 간접청구방식의 경우 대가를 산정하는 과정에서 다소간의 추정과 개산이 불가피하여 직접청구방식에 비해 그 대가의 정확성을 담보하기 어렵고, 과세관청이 수행된 용역과 대가의 산정기초를 명확하게 파악하기 용이하지 아니하여 납세의무자의 협조 없이는 간접청구방식으로 산정된 대가가 제공받은 용역에 대응하는지 여부를 알 수 없으므로, 간접청구방식으로 용역의 대가를 산정하는 경우에는 납세의무자가 먼저, 동일한 다국적 기업군에 속하는 외국법인에서 제공받은 용역의 대가를 간접청구방식으로 산정할 필요가 있었고, 실제로 사업과 관련한 용역을 제공받았으며, 간접청구방식에 의한 배분기준이 합리적으로 결정되었다는 점에 관한 사실관계를 밝힐 필요가 있다. (다) 그리고, 과세관청은 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재여부를 증명함에 있어서 납세의무자가 밝힌 위와 같은 사실관계를 기초로 하여 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정을 상당한 정도로 증명하면 된다고 봄이 타당하다(서울고등법원2016누72022, 2018.1.23. 판결 참조). (라) OECD 이전가격 지침에서는 그룹 내 용역거래의 이전가격 분석과 관련하여 그룹내부의 용역거래가 실제 있었는지 여부(용역의 실재성)와 지급한 용역대가가 조세목적상 독립기업원칙에 부합(용역대가의 적정성)하는지가 용역대가를 지급하는 자의 입장에서 적극적으로 고려하여야 할 사항으로 규정하고 있는 점 등을 고려할 때, 청구법인과의 사업연관성, 기대효익 등에 대한 사실여부 확인이 필요해 보인다. (마) 이와 관련하여 통지관서는 HHH부서가 진행 중인 프로젝트에 대해 검토한 결과, 2020년 사업연도까지 청구법인에 적용된 프로젝트는 WWWWW 통합 프로젝트뿐으로 확인되고 그 외 프로젝트는 도입계획이 불명확하여, HHH부서의 감가상각비 적정 여부를 판단하기 위해 HHH부서의 감가상각 세부내역과 동 프로제트가 청구법인에 미치는 기대효익이 언제, 어떻게 발생하게 되는지에 대해 각 진행 중인 프로젝트의 도입계획이 담긴 계획서 등을 제출 요구하였으나, 청구법인은 단지 ▥▥▥에서 회신이 없다는 이유로 프로젝트 계획서 등 구체적인 증빙을 제출하지 아니하였음을 알 수 있다. (바) 사정이 이와 같다면, 통지관서 입장에서는 프로젝트별 원가구성 내역을 살펴보아, 동 프로젝트가 청구법인 사업과의 관련성, 기대편익 등에 대한 사실여부와 그 배분기준이 합리적인지에 대한 확인이 불가능한 사정에 있다고 보여진다. (사) 한편으로, ▥▥▥는 HHH부서에서 발생하는 판매일반관리비(SG&A) 중 할당 제외 원가(예를 들면, ▥▥▥ 소유 자산 관련 감가상각비, HHH부서의 일상적인 운영을 위한 장비, 유지보수, 소모품 등 이다)를 뺀 나머지 금액에 대해 쟁점IT공유서비스 비용으로 각 해외 현지법인의 매출액 기준으로 안분하여 청구법인 부담분을 배분하였는데, 동 배분금액 중 특정국가에서 시행된 외주용역비 및 프로젝트 관련 자산에 대한 감가상각비는 직접청구가 가능한 비용으로 보여, 간접청구방식을 적용하여 비용을 부담시키는 것은 용역대가의 산정 및 청구방법에 대한 정상가격 방침에도 부합하지 않는 것으로 보인다. (바) 이상에서 살펴본 바와 같이, 특정국가에서 시행된 외주용역비 등에 대한 합리적인 배분금액을 산정하기 어려운 점과 간접청구방식으로 배분된 비용이 용역대가의 산정 및 청구방법에 대한 정상가격 방침에 부합해 보이지 않는 점 등을 고려할 때, 특정국가에서 시행된 외주용역비 및 프로젝트 등이 청구법인에 제공된 용역이라거나 기대편익이 존재한다고 보기는 어렵다고 판단된다.

(2) 따라서 특정국가의 외주용역비 및 감가상각비를 청구법인의 업무와 관련 없는 비용으로 보아 손금불산입하여 한 통지관서의 통지는 잘못이 없다고 판단된다.

2. 쟁점시스템 취득비용이 법인세법상 손금에 해당하는지

• 가) 관련 법리 (1)법인세법(2020.8.18. 법률 제17476호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제19조 제1항은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”라고 규정하고 있다. (2)법인세법제52조제1항은 “납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다”라고 규정하고 있다.
• 나) 쟁점②(쟁점시스템 취득비용의 손금해당 여부)에 대한 판단 (1) 관련 법리와 다음의 사정들에 비추어 볼 때, 쟁점시스템 구축비용은 청구법인의 사업과 직접 관련성이 있는 비용으로 법인세법상 손금에 해당한다고 봄이 타당하다. (가) ▥▥▥는 2017.10월 전세계 현지법인들이 통합사용 가능하도록 쟁점시스템을 개선한 SIP(Single Instance Platform)를 구축완료하고, 각 현지 법인들이 순차적으로 사용하게 하였으며, 청구법인을 포함한 10개 현지 법인에 2019년 사업연도부터 1/10씩 자산 할당(Asset Allocation) 명목으로 구축비용을 할당하였다. 청구법인은 할당된 비용을 지급하고 자산(IT ASSET-SIP자산)으로 계상한 후 세무조정을 통해 당기 손금으로 계상하였다. (나) 전자상거래 사업매출(온라인 매출)이 있는 기업들은 자체적인 시스템을 구축하여 사용하거나 타사의 시스템을 사용하는데, 이는 오프라인 매장의 건물 감가상각비 또는 매장 임차료 등에 대응되는 핵심적인 사업관련 비용이다. (다) 청구법인이 부담한 쟁점시스템 구축비용은 ▥▥▥가 시스템 개발을 위해 외부업체에 지불한 비용(직접원가)만을 청구한 것이고, ▥▥▥에서 발생하는 간접원가나 적정마진을 가산하지 않았으므로 정상가격 원칙에 비추어 보더라도 과다하게 청구된 비용이 아닌 것으로 보인다. (라) 이상에서 살펴본 내용을 종합하여 볼 때, 쟁점시스템 구축비용 중 청구법인에 배분된 금액은 청구법인의 전자상거래 매출액에 대응되는 직접비용으로서 청구법인의 사업과 직접 관련되고 통상적이며, 수익과 직접 관련된 비용으로 봄이 타당해 보인다(대법원2017두51310, 2017.10.26. 판결 참조).

(2) 따라서, 쟁점시스템 구축비용은 사업관련 비용으로 법인세법상 손금에 해당하는바, 동 비용을 손금불산입하여 한 통지관서의 통지는 잘못이 있다고 판단된다.

3. 쟁점시스템 유지보수 명목으로 부담한 비용이 사용료소득에 해당하는지

• 가) 관련 법리 (1) 법인세법제93조제8호에서는 ‘외국법인의 국내원천 사용료소득은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리 등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득이다’라고 규정하면서, 가목에 “학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오ㆍ텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리”를, 나목에 “산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우”를 규정하고 있다. (2)한ㆍ미 조세조약제14조제4항에서는 “본 조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다”라고 규정하면서, a목에 “문학, 예술, 과학 작품의 저작권 또는 영화필름. 라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금”이라고 규정하고 있다.
• 나) 쟁점③(유지보수비 명목 비용이 사용료소득에 해당하는지)에 대한 판단 (1) 관련 법리와 다음의 여러 사정을 고려할 때, 쟁점시스템 유지비는 한ㆍ미 조세조약상 사용료소득이 아닌 비용보상적 성격으로 지급하는 대가(사업소득)에 해당한다고 봄이 타당하다. (가) 한·미조세조약 및 법인세법상 국내원천 사용료소득에 해당하기 위해서는 노하우의 이전이 수반되어야 하나, 청구법인이 쟁점시스템에 상품을 게재하는 방식은 현재 보편적으로 사용되고 있는 오픈마켓(ebay, Amazon, Coupang, Gmarket 등)에서 상품을 게재하는 방식과 동일하고, 청구법인은 쟁점시스템을 통하여 청구법인의 상품을 게재하고 판매하는 영업을 수행하는 것일 뿐, 쟁점시스템 자산(플랫폼) 이용을 통하여 ▥▥▥에서 특별한 지식을 전수받거나 비공개 기술정보를 부여받는 등의 노하우 이전과 관련된 활동을 영위하지 않은 것으로 보인다. (나) 그리고, 국세청 및 기획재정부 해석사례를 살펴보면, 내국법인이 국내 고정사업장이 없는 외국법인의 인터넷경매사이트(경매사이트의 서버는 국외소재)에 회원으로 가입(무료)하여 외국법인에서 상업상의 경험 또는 노하우 등의 제공이 전혀 없는 경매소프트웨어를 웹사이트(web-site)로 무료로 전송받고, 동 내국법인이 경매사이트를 이용하여 물품 등을 온라인 경매하고 경매금액의 일정비율을 외국법인에 경매이용대가로 지급함에 있어, 동 내국법인이 외국법인에서 국내 배포권, 저작권, 정보사용권 등의 어떠한 권리도 부여받지 아니하고 단순한 경매사이트의 이용자에 불과할 뿐 아니라, 지급하는 이용대가 또한 외국법인이 당해 경매사이트의 제공을 위하여 지출한 비용에 통상이윤을 가산한 가액 범위 이내에 해당하는 경우에는 외국법인에 지급하는 경매사이트 이용대가는법인세법제93조제5호 등에 따라 사업소득으로 본 사례가 있고(서이46017-10196, 2001.9.20. 참조), 내국법인이 일본국 법인인 전자상거래 업체의 인터넷 웹사이트 홈페이지에 내국법인의 상품을 게재하여 일본국 고객을 상대로 상품을 판매하고 당해 사이트를 통하여 판매된 매출액에 비례하여 지급하는 대가는 동 인터넷 웹사이트를 호스트하는 서버가 국내에 없는 한법인세법제93조에서 규정하는 국내원천소득에 해당되지 않는다(기획재정부 국제조세46017-5, 2003.1.16. 참조)고 본 사례가 있다. (다) 이러한 해석사례와 청구법인의 관련 사정 등을 종합하여 볼 때, 쟁점시스템 유지비용은 위 해석사례의 경우와 유사하여 청구법인의 단순 판매활동에서 부수되어 발생하는 사업관련 비용(사업소득)으로 봄이 보다 합리적으로 보인다.

(2) 따라서, 쟁점시스템 유지비는 비용보상적 성격으로 지급하는 대가(사업소득)로 봄이 타당하므로 사용료소득으로 보아 한 통지관서의 통지는 잘못이 있다고 판단된다. 4) 쟁점장려금이 부가가치세 과세표준에서 차감하지 아니하는 판매장려금에 해당하는지

• 가) 관련 법리 (1)부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제29조제1항에서는 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다”라고 규정하고 있고, 제5항 제1호에서는 ‘재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다’라고 규정하고 있다. (2)부가가치세법제29조제6항에서는 “사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 지급하는 장려금이나 이와 유사한 금액 및 제45조제1항에 따른 대손금액(貸損金額)은 과세표준에서 공제하지 아니한다”라고 규정하고 있다.

(3) 재화나 용역의 공급과 관련하여 그 품질․수량이나 인도․공급대가의 결제 등의 공급조건이 원인이 되어 통상의 공급가액에서 직접 공제․차감되는 에누리액은, 그 발생시기가 재화나 용역의 공급시기 전으로 한정되지 아니하고 그 공제․차감의 방법에도 특별한 제한이 없다(대법원 2003. 4. 25. 선고 2001두6586, 6593, 6609, 6616, 6623, 6630, 6647, 6654, 6661 판결 참조). 따라서 공급자가 재화나 용역의 공급 시 통상의 공급가액에서 일정액을 공제․차감한 나머지 가액만을 받는 방법뿐만 아니라, 공급가액을 전부 받은 후 그중 일정액을 반환하거나 또는 이와 유사한 방법에 의하여 발생할 수 있다(대법원2013두19615, 2015.12.23. 판결 참조).

(4) 그리고 당사자 사이에 계약을 둘러싸고 의사표시의 해석이 문제되는 경우에는 그 의사표시의 내용, 그러한 의사표시가 이루어진 동기와 경위, 그 의사표시에 의하여 달성하려는 목적, 당사자의 진정한 의사 등을 종합적으로 고찰하여 논리와 경험칙에 따라 합리적으로 해석하여야 한다(대법원2004다60065, 2005.5.27., 대법원2006다15816, 2007.9.20. 판결 등 참조). (5) 판매장려금이란 일정기간에 걸쳐 판매물품을 대량으로 구매한 거래처나 계속적으로 다량의 거래를 하는 단골거래처에 대하여 매출신장에 기여한 공로를 고려하여 매출액이나 판매수량에 대한 장려의 의미로 지급하는 것으로서, 법인세법상 사업소득 계산 시에는 판매수익에서 직접 차감할 수 있으나(기업회계기준에서는 매출액에서 직접 차감하도록 되어 있다) 부가가치세법상 부가가치세의 과세표준에서 공제될 성질의 것은 아니다. 한편 에누리는 통상의 공급가액에서 일정액을 공제해 줌으로써 거래처로 하여금 판매물품을 보다 많이 구입하도록 하는 사실상 판매장려의 성격이 있고, 판매장려금 또한 공급가액에 대한 할인 효과가 있는 것이어서 양자의 구별이 항상 용이한 것은 아닌데, 위에서 본 에누리 및 판매장려금의 의미를 살펴볼 때, 그 구별기준은 결국 ① 가격보상 조건이 사전에 미리 정해져 있는지 여부, ② 보상의 실시 또는 내용이 필수인지 임의에 따른 것인지 여부, ③ 매출액이나 거래수량의 많고 적음에 따라 적용 내용이나 적용 대상에 제한이나 차등을 두는지 여부, ④ 해당 금액의 지급으로 인하여 판매물품의 가격에 미치는 영향이 직접적인지 간접적인지 여부 등에서 찾아볼 수 있을 것이다(서울고등법원2013누27779, 2014.6.18. 판결 참조).

• 나) 쟁점④(쟁점장려금이 판매장려금에 해당하는지)에 대한 판단

(1) 위 관련법리와 다음의 여러 사정 즉, 청구법인과 상품공급업체가 선택한 법률관계 및 진정한 의사(판매장려금으로 처리)를 존중함이 타당한 점 등을 고려할 때, 쟁점장려금은 판매장려금으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. (가) 상품공급업체는 청구법인의 상품판매를 촉진‧장려하기 위해 쟁점장려금을 지급하면서 판매장려금으로 처리하였으며, 쟁점장려금을 매출에누리로 상품공급가액에서 직접 공제할 의사도 없어 보인다. (나) 에누리와 판매장려금 모두 사실상 공급가액을 할인해 주는 측면이 있어서 양자 사이의 구별이 용이하지 아니하나, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택하는 경우 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하는 것이 보다 합리적으로 보인다((조심2021서2859, 2021.10.6. 결정 참조). (다) 관련 판결에 따르면, 판매장려금과 에누리의 구별기준은 ① 사전약정이 되어 있는지, ② 보상 내용이 임의적인지, ③ ‘특정 조건 달성 시’ 지급되는지, ④ 개별 품목별 물품가격에 미치는 영향이 직접적인지, 간접적인지 등에서 찾아볼 수 있을 것인데(서울고등법원2013누27779, 2014.6.18. 판결 참조), 다음의 사정들에서 쟁점장려금은 판매장려금에 보다 더 부합해 보인다.

① 청구법인이 특정 공급업체에서 지급받은 쟁점장려금은 청구법인과 공급업체 간 매입(구매)계약서와는 별도로 체결되는 ‘리베이트 계약서’에 근거하여 매입대금 공제 또는 현금지급의 방식으로 지급되고 있다.

② 상품공급업체는 청구법인에 ‘최소구매량’, ‘하자제품 무반품’, ‘매입대금지급조건’ 등 목표를 제시하고 그 달성 여부에 따라 장려금에 차등을 두고 있는 것으로 보이고(예를 들어, DDD는 Bracket III 거래수량 달성 시 3.0% 장려금을 제공하나, 달성하지 못한 건은 장려금을 제공하지 않는다), 이는 사전에 약정된 형태의 계약이기는 하나, 무조건적으로 제공되는 것이 아니라 상품공급업체가 청구법인을 포함한 일부 거래처에게 제공하는 것이므로 보상 내용이 임의적인 것으로 보이고, ‘특정 조건 달성 시’ 지급되므로 매출액/거래수량에 연동되어 있음을 알 수 있다.

③ 나아가, 배송 시점 혹은 결제 시점마다 상품대금의 일정 비율이 차감되므로, 개별 품목별 공급가격이 인하되는 것으로 오인될 가능성이 있으나, 실제로는 개별 상품의 주문에 대응하여 단가를 차감하는 것을 합의한 것이 아니라 여러 주문을 합하여 16팔렛트 단위로 배송된 경우, 그 배송 단위로 매입대금을 차감하는 등 공급업체의 모든 품목(item)에 일괄적으로 적용되어 다양한 판매물품의 가격에 직접 대응되지 않으므로 개별 품목별 물품가격에 직접적인 영향을 미치고 있지 않는 것으로 보인다. (라) 쟁점장려금에 대해 상품공급업체는 부가가치세를 신고ㆍ납부하였고, 이와 같이 처리한 데에 조세회피목적이 있다거나 국고입장에서 세수일실우려가 없는 점 등을 고려할 때, 쟁점장려금을 에누리액으로 보아 관련 매입세액을 불공제하는 것은 불합리하여 부당해 보인다(조심2021서2859, 2021.10.6. 결정 참조).

(2) 이상에서 살펴본 바와 같이, 쟁점장려금은 판매장려금에 보다 더 부합해 보이므로 쟁점장려금을 매입에누리로 본 통지관서의 결정은 잘못이 있다고 판단된다.

5. 쟁점자문료를 업무무관비용으로 보아 손금부인하는 것이 타당한지

• 가) 관련 법리 (1)법인세법제26조에서는 “다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다”라고 규정하면서, 제1호에 “인건비”를, 제5호에 “제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것”을 규정하고 있다. (2)법인세법제19조(손금의 범위), 국조령 제6조의2(용역거래의 경우 정상가격) 관련 규정은 위 1). 가) 및 2). 가) 관련 법리 참조
• 나) 쟁점⑤(쟁점자문료를 손금부인하는 것이 타당한지)에 대한 판단

(1) 관련 법리와 다음의 사정들에 비추어 볼 때, 쟁점자문료는 법인의 손금에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당하다. (가) 쟁점자문료는 국조령제6조의2에서 정하는 용역거래의 손금산입 요건을 충족하지 아니한 것으로 보인다.

① 국조령 제6조의2 제1항 제1호에서는 “용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것”이라고 하면서 용역제공에 관한 사전약정을 용역거래의 손금산입 필수 요건으로 규정하고 있으나, 청구법인과 ▥▥▥간에는 ‘관리지원용역 계약’을 직접 체결한 사실은 없는 것으로 보인다.

② 청구법인은 청구법인과 대만법인, 일본법인, 중국법인 간에 체결된 관리지원용역 계약이 있으므로 사전약정이 존재하다고 주장하나, 이 계약은 2017.9.4. 청구법인과 아시아 4개국 소재 자회사간에 작성된 계약으로서 용역을 제공하는 ▥▥▥와 제공받는 청구법인 간에 체결된 계약이 아니며, 계약내용 또한 ▥▥▥에서 파견한 직원이나 자회사 소속 직원을 통해 경영지원용역을 제공함에 따라 발생한 비용을 4개국 자회사가 분담한다는 것으로, ▥▥▥와 청구법인 간에 이루어진 용역거래에 관한 계약이 아닌 4개국 자회사간 비용분담 약정에 불과한 것으로 보인다.

③ 용역거래에 대한 대가가 손금이 인정이 되려면 그 용역제공으로 인하여 청구법인에 수익이 증대되거나 비용이 감소되어야 할 뿐 아니라, 그 제공하는 용역이 주주로서 제공하는 모회사의 보고의무와 관련된 활동이나 각종 감사나 감독 업무가 아니어야 하는데, 청구법인이 근거로 제시하는 관리지원용역계약은 이를 필요로 하는 청구법인이 아닌 ▥▥▥의 사정 변경에 의하여 ‘쟁점 4개국간 계약’이 체결되었고, 비용도 일률적으로 1/4씩 배분한 것으로 확인되는 등 형식적으로 계약을 체결하였을 뿐이고, 동 관리지원용역의 실질은 ▥▥▥가 투자자본의 보호를 위하여 피투자회사를 관리·통제할 목적으로 감독 활동을 한 것으로 보인다.

④ 계약 체결 이전에 청구법인은 ▥▥▥에서 유사한 관리용역을 제공받은 사실이 없고, 매출이 계속하여 성장하여 새로운 관리지원용역을 제공받을 이유도 없어 보인다. 오히려 ▥▥▥는 2019.7월 중국 상하이에 신규 점포를 개설(2019.8.28. 개점하였다. 인터넷 기사 참조)하였는데, 대만법인 대표였던 EEE이 2015.8월 아시아 총괄 부사장으로 되고 상하이점 개설 업무를 수행한 것으로 보아, ‘쟁점 4개국간 계약’ 체결은 청구법인과 무관하게 ▥▥▥의 필요(중국 매장 개점)에 의한 것으로 보인다.

⑤ EEE의 메일 등을 살펴보면, 청구법인의 운영현황(매출액, 영업이익률, 5개년 현금흐름 전망 등)에 대한 자료제공 요청, 영업방침에 대한 조언 등의 내용으로, 청구법인의 사업활동을 지원하는 것이라기보다는 청구법인에 대한 운영현황 파악 및 단순한 경영지침 시달로 보이고, EEE이 매장 설립에 관한 건축비 승인 문서에 결재한 사실, 신규지점 방문 등도 그 실질이 주주로서의 감독 활동에 해당하는 것으로 보여진다. (나) 한편으로, EEE은 청구법인의 등기이사로서 활동하였고, EEE에게 지급된 보수는 청구법인의 임원 보수 한도(0원, 주주총회의사록 참조)를 초과하여 지급한 것으로 손금에 산입할 수 없는 것으로 봄이 타당하다.

① 청구법인의 주주총회에서 결정한 임원 보수 한도는 이사 및 감사가 0원인데, 관련 주주총회 의사록, 법인 등기부등본 등 관련 자료에 의하면 EEE은 청구법인의 이사(기타비상무이사)로 등기되어 있음을 알 수 있다.

② 청구법인의 이사회에 참석하는 임원은 대표이사 JJJ, 감사 KKK, 기타비상무이사 MMM(▥▥▥ CEO, 최고경영자), NNN(EVP, 국제사업부 사업총괄) 그리고 EEE(▥▥▥ SVP, 아시아 총괄매니저) 등 총 5명이고, 청구법인은 이들 중 대표이사 JJJ에게만 급여를 직접 지급하고, 나머지 감사 등에게는 보수를 지급하지 않았는데, 이는 청구법인의 임원 보수 규정과 일치하고, EEE은 ▥▥▥의 임원으로서 청구법인과 관련하여 주로 다른 임원들(KKK 등)과 동일하게 활동하여 청구법인이 보수를 별도로 지급할 이유가 없다는 통지관서의 주장에 수긍이 간다.

(2) 따라서, 쟁점자문료를 청구법인의 업무와 관련없는 비용으로 보아 손금불산입하여 한 통지관서의 통지는 잘못이 없다고 판단된다.

6. 쟁점매입세금계산서를 지연수취한 것으로 보아 매입세액을 불공제하는 것인지

• 가) 관련 법리 (1) 부가가치세법제16조제1항에서는 “용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다”라고 규정하면서, 제1호에 “역무의 제공이 완료되는 때”를 규정하고 있다. (2) 부가가치세법제39조제1항에서는 “제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서, 제2호에 “세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다”라고 규정하고 있다. (3)부가가치세법제16조제1항은 역무가 제공되는 때 등을 용역의 공급시기로 삼으면서 제2항에서 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 공급시기를 대통령령으로 정하도록 위임하였고, 이에 따라 그 위임을 받은 시행령 제29조 제2항 제1호에서는 “역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때”를 그 용역의 공급시기로 규정하고 있는데, 여기에서 ‘역무의 제공이 완료되는 때’는 거래사업자 사이의 계약에 따른 역무제공의 범위와 계약조건 등을 고려하여 역무가 현실적으로 제공됨으로써 역무를 제공받는 자가 역무제공의 산출물을 사용할 수 있는 상태에 놓이게 된 시점을 의미하고, 역무의 제공이 완료되었음에도 공급시기가 도래하지 아니하였다고 보는 예외적인 경우는 역무제공의 완료시 공급가액이 확정되지 아니하는 경우에 한정된다고 할 것이다(서울행정법원2008구합21089, 2009.7.8. 판결 참조).
• 나) 쟁점⑥(쟁점매입세금계산서 관련 매입세액을 불공제하는 것인지)에 대한 판단

(1) 위 관련 법리와 쟁점추가공사의 공급시기를 준공일로 봄이 타당한 점 등 다음의 사정들에 비추어 볼 때, 쟁점매입세금계산서를 공급시기 이후에 지연수취한 것으로 보아 매입세액을 불공제하는 것은 정당하다. (가) 쟁점추가공사와 관련하여 “Change Order proposal” 문서를 보면 ‘Approvals’에서 “모든 당사자가 서명하면 이 문서는 즉시 발효되며 계약자는 변경을 진행하도록 지시한다”라고 명시되어 있고, 문서에 변경된 공사금액이 기재되어 있는 점 등을 고려할 때, 해당 문서의 서명일(FFF점: 2016.7.12., GGG점: 2018.5.24.)에 공급가액이 확정되었다고 보는 것이 합리적으로 보인다. (나) 그러므로 쟁점추가공사는 용역제공 완료시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급으로서부가가치세법제16조제1항제1호에 해당하므로 역무의 제공이 완료되는 때에 해당하는 날인 FFF점, GGG점의 건물 사용승인일(각각 2016.12.1., 2018.6.18.이다)을 용역의 공급시기로 보아야 할 것이다. (다) 그리고, 이미 공사 도급계약에 따라 받기로 한 공사대금이 정하여진 상태에서 이 건 건물(FFF점, GGG점)이 완공되어 사용승인까지 받은 이상, 그 후 청구법인과 건설사간에 공사대금 정산에 관한 분쟁으로 공사잔금이 뒤늦게 확정되었다고 하더라도 이는 공급이 완료된 용역의 하자에 관한 문제일 뿐이므로, 이를 이유로 역무제공의 완료 시 공급가액이 확정되지 아니한 경우에 적용되는 부가가치세법 시행령제29조제2항제1호를 적용할 것은 아니라고 봄이 타당해 보인다(서울행정법원2008구합21089, 2009.7.8. 판결 참조). (2) 따라서, 쟁점추가공사에 대한 공급가액 상당액에 대해 세금계산서 지연수취를 사유로 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하여 한 통지관서의 통지는 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로국세기본법제81조의15제5항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.