조세심판원 과세적부 법인세

분양건물 공사는 완료되었으나 이와 연계된 기부채납시설 공사가 완료되지 않은 경우의 수익 인식 방법

사건번호 적부-국세청-2022-0012 선고일 2022.05.11

기부채납시설에 대한 공사는 분양건물 신축·분양을 위해 반드시 필요한 공사로서 분양건물 공사와 별도로 취급할 것이 아니므로 기부채납시설 공사가 완료되지 않은 이상 쟁점공사가 완료되었다고 볼 수 없고, 이 경우는 분양수입 전액이 아닌 쟁점공사의 진행률을 반영한 수익만 인식하는 것이 타당하다.

주 문

□□지방국세청장이 2022.1.10. 청구법인에게 한 2017사업연도부터 2020사업연도까지의 법인세 2,394,173,995원을 부과하겠다는 세무조사결과통지는, 1. 2020사업연도의 분양수입에 대해서는 분양건물 및 기부채납시설 공사의 진행률을 반영하여 인식하는 것으로 【채택】결정하고,

2. 나머지 청구는 이를 【불채택】결정합니다.

1. 통지내용
  • 가. 청구법인은 2016.6.17. ○○ △△에서 개업하여 부동산개발 및 공급을 주업으로 영위하는 회사로, 2016.8.26. △△시와 『△△ 문화복합타운 조성 및 공유재산 매각을 위한 민간투자자 공모사업 실시협약』을 체결하였다.
  • 나. 청구법인은 당해 협약을 통해 △△시 00-0번지(이하 “사업토지”라 한다) 일대에 문화복합센터와 공영주차장(이하 “기부채납시설”이라 한다)을 건설하여 △△시에 기부채납하는 조건으로 △△시로부터 ① 기부채납시설에 대한 사용·수익권 및 관리·운영권과 ② 사업토지 중 일부에 대한 토지매수권 및 사업개발권을 부여받았다.
  • 다. 청구법인은 2016년부터 협약의 내용대로 사업토지 중 일부(면적 20,686.4㎡)를 매입하여 당해 부지에 주상복합건물 HHH(이하 “분양건물”이라 한다)를 건설하여 2020년 완공하여 수분양자들에게 인도하였고, 2020년 말 현재 분양률은 95.6%이다(이하 분양건물 공사와 기부채납시설 공사를 통틀어서 “쟁점공사”라 한다).
  • 라. 조사청은 2021.10.7.부터 2021.12.24.까지 청구법인에 대한 2017∼2020사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과, 분양건물에 대한 분양수입 및 기부채납시설 건설비용 등을 경정하여 2017∼2020사업연도 법인세 2,394,173,995원(가산세 598,541,693원 포함)을 고지하겠다는 세무조사결과통지를 하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.9. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장
  • 가. (쟁점① 관련) 분양건물의 인도가 완료되었지만, 기부채납시설에 대한 공사가 완료되지 않은 이상 작업진행률을 100%로 인식할 수는 없다.

1. 청구법인과 조사청 간에 기부채납시설 공사비가 분양건물 취득가액에 포함되어야 한다는 점에는 다툼이 없다. 따라서, 기부채납시설 공사비는 분양건물의 총공사예정비에 포함되어야 한다.

2. 조사청은 2020년에 분양건물의 인도가 완료되었다는 점에 근거하여 분양수입(미분양분 제외) 전액이 수익으로 실현되었다고 보아 익금 산입하였다. 이는 본 공사의 2020년 말 현재 작업진행률을 100%로 본 것으로 해석된다.

3. 그러나, 기부채납시설에 대한 공사는 분양건물 신축·분양을 위해 반드시 필요한 공사로서 당해 공사가 완료되지 않은 이상 작업진행률을 100%로 볼 수 없으며, 인도 시점 내지 작업 종료일 역시 분양건물과 기부채납시설 모두가 인도된 시점으로 보아야 한다.

4. 작업진행률은 다음과 같이 계산하여야 하며 이 경우 100%가 아니다. <표> 따라서, 조사청이 본 건 공사의 작업진행률을 100%로 보아 청구법인의 2020사업연도 법인세를 산정한 것은 위법하다.

  • 나. (쟁점② 관련) 기부채납시설 건설비는 분양건물 건설비와 달리 분양률을 고려할 필요 없이 발생비용 전액을 해당 사업연도 손금으로 인정하여야 한다.

1. 청구법인은 기부채납시설 건설비에 대해서는 분양건물 건설비의 경우와 다르게 분양률에 대한 고려 없이 전액 해당 사업연도의 비용으로 처리하는 방식을 취하였는데, 조사청은 기부채납시설 건설비에 대해서도 분양건물 건설비의 경우와 마찬가지로 분양률을 곱한 금액만을 비용으로 인식하고 미분양분은 재고재산에 배분함으로써 비용 부인하였다.

2. 그런데, 법인세법제69조에 따르면, 예약매출 사업(시행사업)의 경우 손금은 ‘당해사업연도에 발생된 총비용’으로 하여야 함이 기본이다. 분양건물의 경우에는 수익이 실현되지 않은 미분양분에 대해서 손익을 인식하는 것은 불합리하므로 분양률을 고려하여 분양분에 대해서만 수익과 비용을 인식하는 것이 타당하지만, 기부채납시설 건설비의 경우는 분양수입에 직접 대응되는 비용도 아니고, 분양건물과는 목적 및 이용자가 다르기도 하는 등 분양건물 건설비와는 달리 분양률을 고려하여 손금을 인식하여야 할 특별한 이유가 없으므로 기본에 충실하게 당해사업연도에 발생된 총비용을 손금으로 인식하여야 한다.

3. 만일 기부채납시설 공사비에 있어서도 분양률만큼만 비용으로 인식하여야 한다면, 다음과 같이 실제 수익이 없음에도 세금을 부담해야 하는 불합리가 발생할 수도 있다. <표>

4. 따라서, 조사청이 기부채납시설 건설비의 손금 인식에 관하여 (작업진행률 외에) 분양률까지 고려한 것은 타당하지 않다.

  • 다. (쟁점③ 관련) 발코니확장 공사 및 시스템에어컨 공사에 관한 수익은 인도 기준에 따라 분양건물이 인도된 시점에 인식되어야 한다.

1. 청구법인은 분양건물에 대한 발코니확장 공사(이하 “발코니 공사”라 한다)와 시스템에어컨 공사(이하 “에어컨 공사”라 한다)에 대한 수익을 2020년에 거의 일시에 인식하였으나, 조사청은 이들 수익을 작업진행률에 따라 인식하는 것으로 경정하였다.

2. 하지만, 발코니 공사 계약과 에어컨 공사 계약은 분양건물 계약과는 별도로 체결된 계약으로서 이들 두 공사에서 발생한 수익은 실제 사용 가능한 시점을 고려하여 ‘인도 기준’에 따라 분양건물이 인도된 시점에 인식되어야 한다.

3. 청구법인이 발코니 공사에 대한 비용을 분양건물 공사에 대한 비용과 분리하지 않고 이에 포함시켜 인식하기는 하였다. 이는 분양건물 공사 도급 계약 당시에는 수분양자들 중 몇 세대가 발코니 확장공사를 선택할지 알 수 없는 상태였기 때문에, 시공사(HH건설)가 확장 의사를 밝힌 모든 세대에 확장공사를 해 주기로 하면서 분양건물 공사대금과 발코니 공사대금을 분리하지 않고 전체 공사대금(정액 293,328,877,000원)으로 계약을 체결했기 때문이다. 이러한 불가피한 특별한 사정이 있는 이상 발코니 공사에 대해서는 수익비용 대응 원칙을 엄격하게 요구할 수 없다.

4. 에어컨 공사와 관련하여서는 에어컨이 ‘상품’에 해당되는 이상 인도일에 수익을 인식함이 타당하다.

5. 따라서, 조사청이 두 공사에 대해 인도 기준이 아닌 작업진행률에 따라 수익을 인식한 것은 타당하지 않다.

  • 라. (쟁점④ 관련) 상기의 쟁점들은 세법상 의의(疑意)가 있는 경우이므로 설령 불채택이 된다고 하여도 최소 가산세는 면제되어야 한다.

1. (공통 사항) 본 쟁점들은 ‘손익의 액수’가 아닌 ‘손익의 귀속시기’에 관한 것으로서 법령, 해석례, 회계기준 등을 통해서 명확하게 판단할 수 있는 사항이 아니므로 청구법인에게는 “납세자가 의무를 이행하지 않은 데 대한 정당한 사유”가 있다고 보아야 하므로 가산세가 면제되어야 한다.

2. (쟁점① 관련) 청구법인은 청구법인의 질의에 대한 국세청의 사전답변(“기부채납자산 건설비용은 주상복합시설의 취득가액에 가산하는 방법으로 손금산입해야 한다.”) 등에 근거하여 기부채납시설의 공사비까지 고려해 진행률을 산정하여 분양수입을 인식하였는바, 청구법인에게는 가산세 면제를 위한 ‘정당한 사유’가 존재한다.

3. (쟁점② 관련) 기부채납시설 공사비용의 귀속시기 산정과 관련하여 분양률이 고려되어야 한다는 규정은 어디에도 없고, 청구법인은 외부감사인의 권고에 따라 분양률에 대한 고려 없이 당해 공사비를 자산화하지 않고 전액 비용으로 인식하였는바, 청구법인에게는 가산세 면제를 위한 ‘정당한 사유’가 존재한다.

4. (쟁점③ 관련) 법령해석상 명백하지 않은 상태에서 발코니 및 에어컨 공사에 대한 계약은 분양건물 계약과 별로로 체결된 계약으로서 독자의 기준에 따라 수익과 비용이 인식되어야 한다고 보아 회계처리(및 세무조정)한 청구법인에게는 가산세 면제를 위한 ‘정당한 사유’가 존재한다.

5. 이상에서 살펴 본 바와 같이 설령 쟁점

①,

②,

③ 전부 혹은 일부가 불채택된다고 하여도 청구법인에게는 가산세 면제를 위한 ‘정당한 사유’가 존재하므로 관련 가산세는 면제되어야 한다.

3. 조사청 의견
  • 가. (쟁점① 관련) 분양건물 건설용역의 목적물인 분양건물의 인도가 완료된 이상 분양수입은 미인식분 없이 전액 익금으로 인식되어야 한다. 1)법인세법상 건설용역 제공으로 인한 수익·비용의 인식 기간은 “건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지”이다. 그리고, 같은 법 기본통칙에 따르면, 아파트 등을 분양하는 경우 인도일은 대금청산일, 소유권이전등기일, 사용·입주일 중 빠른 날이다.

2. 우선, 청구법인은 조사청이 2020년의 작업진행률을 100%로 간주하였다는 주장이나, 조사청은 건설용역의 목적물인 분양건물의 ‘인도일’이 2020년이기 때문에 당해 사업연도에 남은 분양수입 전액을 익금으로 산입한 것이지 2020년의 작업진행률을 100%로 간주하였기 때문은 아니다.

3. 기부채납시설 건설 역시 분양건물 건설을 위해 반드시 필요한 과정이므로 작업진행률 산정 단계에서는 고려해야 할 요소이다. 하지만 청구법인의 수익은 분양건물을 건설하여 수분양자에게 판매하고 분양대금을 수취함으로써 발생하는 것이고, 당해 분양 과정이 기부채납 절차에 종속되는 것은 아니기 때문에 분양건물 건설용역의 목적물은 어디까지나 분양건물에 제한되는 것이지 기부채납시설이 목적물에 포함된다고 할 수는 없다.

4. 분양건물에 대한 잔금납부일 및 입주일은 2020.4.29.∼2020.6.30.이므로 ‘목적물 인도시기’는 2020년이다. 따라서, 분양수입에 대한 수익·비용은 2020년까지 모두 인식하여야 한다. 조사청은 청구법인이 2020년까지 인식하지 않은 수익(분양수입)을 익금산입하는 외에 이에 대응하는 비용도 추인하여 손금산입하였으며, 이러한 조사청의 경정은 타당하다.

  • 나. (쟁점② 관련) 기부채납시설 건설비 역시 분양건물과 마찬가지로 미분양분은 재고자산에 배분하고 추후 분양이 될때 분양원가로 손금산입해야 한다.

1. 기부채납시설 건설비는 분양건물 취득 내지 분양수입 획득을 위해 반드시 필요한 비용으로 분양건물 건설비와 마찬가지로 분양건물의 취득원가를 구성한다. 따라서, 아직 판매(분양)되지 않은 분양건물에 대응하는 기부채납시설 건설비는 재고자산을 구성하는 것으로 보는 것이 타당하다.

2. 따라서, 기부채납시설 건설비 역시 분양건물 건설비와 마찬가지로 분양분에 해당하는 원가는 분양원가로 비용으로 계상하고, 미분양분에 해당하는 원가는 재고자산에 배분되어 추후 미분양분이 분양될 때 분양원가로 손금산입하여야 한다.

3. 조사청은 청구법인이 2017년∼2020년에 걸쳐 해당 사업연도의 비용으로 계상한 기부채납시설 건설비 중 분양건물 미분양분에 대응되는 금액은 재고자산으로 보아 손금불산입하였으며, 이러한 조사청의 경정에는 잘못이 없다.

  • 다. (쟁점③ 관련) 발코니 공사와 에어컨 공사 역시 도급공사이므로 작업진행률에 따라 수익을 인식하는 것이 타당하다.

1. 우선, 발코니 공사의 경우 청구법인의 주장대로 분양건물 공사대금과 발코니 공사대금을 분리하지 않고 전체 공사대금으로 계약을 체결했기 때문에 발코니 공사에 대한 지출내역이 분양건물 공사의 그것과 분리되지 않는다. 그렇다면, 발코니 공사의 진행률은 분양건물 공사의 진행률과 같다고 보는 것이 합리적이며, 이 경우 발코니 공사의 수익 역시 분양건물 공사의 진행률에 따라 인식하는 것이 수익·비용 대응의 원칙상 타당하다.

2. 에어컨 공사의 경우도 분양건물 공사 내지 발코니 공사와 마찬가지로 도급공사의 성격을 지니고 있어 작업진행률에 따라 수익을 인식하는 것이 타당하다. 그리고, 에어컨 공사의 경우는 발코니 공사와 달리 분양건물 공사에 대한 지출과 구분되는 별도의 지출내역 흐름(2019년∼2020년)이 확인된다. 따라서, 에어컨 공사의 수익은 별도로 산정된 에어컨 공사의 작업진행률에 따라 수익을 인식하는 것이 합리적이다.

3. 청구법인은 발코니 공사, 에어컨 공사에 대해 비용은 발생 시점에 따라 분산(2017년∼2020년)하여, 수익은 인도 시점에 한꺼번에 인식할 것을 주장하고 있으나 이는 수익·비용 대응의 원칙에 정면으로 반하는 부당한 주장이다.

4. 조사청이 발코니 공사는 분양건물 공사의 작업진행률에 따라, 에어컨 공사는 에어컨 공사의 작업진행률에 따라 수익을 인식하는 형태로 한 경정은 타당하다.

  • 라. (쟁점④ 관련) 상기의 쟁점들은 법령의 문언 내지 해석에 따라 명확하게 결론이 도출되는 사항들이므로 가산세 면제 대상이라 할 수 없다.

1. (공통 사항) 쟁점①, ②, ③ 모두 다음에서 살펴보는 바와 같이법인세법및 같은 법 시행령·시행규칙 등의 문언 및 해석에 따라 명확하게 결론이 도출되는 사항들이며, 청구법인의 회계처리 및 세무조정은 법인세 산출세액을 낮추기 위한 자의적 해석의 결과일 뿐이므로 청구법인에게 가산세 면제를 위한 “정당한 사유”가 있다고 볼 수 없다.

2. (쟁점① 관련) 법인세법 시행령제69조 제1항은 건설용역 제공에 따른 수익인식 기간을 “목적물의 건설의 착수일이 속하는 사업연도부터 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지”라고 명시하고 있다. 따라서, 분양건물의 인도일이 속하는 사업연도인 2020년까지 분양수입 전액을 수익으로 인식해야 함은 명확하다.

3. (쟁점② 관련) 법인세법제40조는 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 “확정된 날이 속하는 사업연도”로 하고 있다. 이와 관련하여, 같은 법 시행령 제19조 제1호는 제조원가의 경우 “판매”를 전제로 하여 손금으로 인식하도록 규정하고 있고, 같은 시행령 제69조 제1항 역시 “건설 용역의 제공”을 전제로 하여 진행률에 따른 손익을 인식하도록 규정하고 있다. 따라서, 분양수입에 대한 제조원가의 성격을 지니는 기부채납시설 건설비 역시 분양을 통해 권리의무가 확정이 되어야 손금으로 인식할 수 있음은 명확하다.

4. (쟁점③ 관련) 법인세법 시행령 제69조 제1항 은 도급공사의 경우, 작업진행률에 따라 수익을 인식하도록 규정하고 있다. 따라서, 도급공사인 발코니 공사 및 에어컨 공사의 수익을 진행률에 따라 인식해야 함 역시 명확하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 2020사업연도 말 현재 공사가 계속 진행 중이므로 분양수입 전액이 아닌 진행률을 반영한 수익만 인식해야 한다는 청구주장의 당부

② 기부채납시설 건설비는 분양건물의 분양률과 무관하게 발생비용 전액을 해당 사업연도 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 발코니확장 공사 및 시스템에어컨 공사에 관한 수익은 진행률 기준이 아닌 인도 기준에 따라야 한다는 청구주장의 당부

④ 가산세 면제 관련

④ -1 (① 불채택시) 쟁점① 관련 가산세가 면제되어야 하는지 여부

④ -2 (② 불채택시) 쟁점② 관련 가산세가 면제되어야 하는지 여부

④ -3 (③ 불채택시) 쟁점③ 관련 가산세가 면제되어야 하는지 여부

  • 나. 관련법령 (쟁점 ①∼③ 관련) 1) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】([2019.12.31-16833호]일부개정, 이하 같다)

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1-1) 법인세법 시행령 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】([2020.10.07-31084호]일부개정)

① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우 1-2) 법인세법 시행규칙 제34조 【작업진행률의 계산 등】([2020.4.21.-792호] 일부개정)

① 영 제69조제1항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우: 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. (단서 이하 생략) <표>

2. 제1호 외의 경우: 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 익금

<표>

2. 손금

당해사업연도에 발생된 총비용 1-3) 법인세법 기본통칙 40-69…1【아파트등을 분양하는 경우의 손익귀속시기】(2019년, 이하 같다)

① 주택・상가 또는 아파트 등의 예약매출로 인한 익금 또는 손금의 귀속사업연도는 영 제69조를 적용한다.

② 제1항을 적용함에 있어서 영 제69조의 “인도일”이라 함은 그 대금을 청산한 날 또는 소유권이전등기를 한 날 중 빠른 날로 한다. 다만, 대금청산일 또는 소유권이전등기일 전에 입주 또는 사용하는 경우에는 입주한 날 또는 사용한 날로 한다. 2) 법인세법 제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다. 2-1) 일반기업회계기준 제16장. 수익 16.47 공사진행률은 실제공사비 발생액을 토지의 취득원가와 자본화대상 금융비용 등을 제외한 총공사예정원가로 나눈 비율로 계산함을 원칙으로 한다. 다만 공사수익의 실현이 작업시간이나 작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등과 보다 밀접한 비례관계에 있고, 전체공사에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 경우에는 그 비율로 할 수 있다. 16.48 공사진행률을 발생원가 기준으로 결정할 경우에는 실제로 수행된 작업에 대한 공사원가만 발생원가에 포함한다. 따라서 공사원가에는 포함되나 공사진행에 따라 직접 발생한 지출은 아니므로, 공사진행률 계산의 기준이 되는 발생원가에서 제외되는 공사원가의 예는 다음과 같다. ⑴ 공사현장에 투입되었으나 아직 공사수행을 위해 이용 또는 설치되지 않은 재료 또는 부품의 원가. 다만 당해 공사를 위해 특별히 제작되거나 조립된 경우는 발생원가에 포함한다. ⑵ 아직 수행되지 않은 하도급 공사에 대하여 하도급자에게 선급한 금액 ⑶ 토지의 취득원가 2-2) 법인세법 기본통칙 4-0…3【비용배분 원칙】

① 법인에게 귀속되는 모든 비용은 일반적으로 공정・타당하다고 인정되는 기업회계기준에 준거하여 판매비와 일반관리비, 제조원가, 자산취득가액(자산매입부대비를 포함한다) 등으로 명확히 구분하여 경리하여야 한다. (쟁점④ 관련) 3) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】([2019.12.31-16841호]일부개정)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 3-1) 국세기본법 시행령 제28조 【가산세의 감면 등】([2020.10.5.-31082호]일부개정)

① 법 제48조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

  • 다. 사실관계 등

1. 공통된 사실관계

  • 가) 사업연도별·일자별 요약 <표>
  • 나) 쟁점별 양측 주장 비교표 <표>
  • 다) 청구법인 주요 사항

(1) 사업자등록 내역 국세청 전산시스템(NTIS)에서 확인되는 청구법인의 사업자등록 기본사항은 아래와 같다. <표>

(2) 법인세 신고 내역 청구법인의 최근 5개 사업연도(2016년∼2020년)에 대한 법인세 신고 내역을 요약하면 다음과 같다. <표>

  • 라) 쟁점공사 주요 내역

(1) 청구법인이 시행사로서 건설하여 분양한 분양건물 및 △△시에 기부채납한 기부채납시설의 주요 현황은 다음과 같다. <표>

(2) 청구법인이 쟁점공사를 시행하게 된 배경이 된 사건들을 시간 순서에 따라 요약하면 다음과 같다. <표>

2. 쟁점①에 대한 사항 – 2020년까지 분양수입·비용을 얼마만큼 인식할 것인지

  • 가) 분양수입 관련 청구법인 신고 내역 청구법인은 대체로 시공사(HH건설)로부터 수취한 세금계산서에 근거하여 분양건물 및 기부채납시설 전체의 총공사예정원가를 토대로 쟁점공사의 작업진행률을 산정한 후 당해 진행률 및 분양률에 따라 분양수입을 인식하였다.
  • 나) 조사청의 계산 내역 조사청은 조사 과정에서 진행률 산정과 관련하여 청구법인이 시공사로부터 수취한 세금계산서 금액을 전액 반영하지 않고 감리보고서상의 진행률에 해당하는 금액만큼만 반영하는 등 진행률·분양수입·분양원가 등을 재계산하였다.
  • 다) 양측 다툼이 없는 사항 및 청구법인의 불복 사항

(1) 본 건 과세전적부심사청구에 있어서 청구법인은 당초의 신고내역이 전부 적정하다고 주장하는 것은 아니다. 조사청이 제시한 총공사예정원가, 진행률(발생원가) 등에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 조사청은 2020년에 분양건물의 인도가 완료되었다는 점에 근거하여 2020년에 미분양분(4.40%)을 제외하고는 분양수입을 전액 수익으로 인식하였고 이에 따라 총공사예정원가 중 미인식분을 전액 비용으로 추인하였다. 이에 대해 청구법인은 2020년 현재 기부채납시설의 공사가 완료되지 않았다는 점에 근거하여 분양수입·비용을 2020년까지의 진행률(98.45%로 추정)만큼만 인식하고 나머지 미인식분은 공사가 완료된 2021년에 인식하여야 한다고 주장하는 것으로 해석된다.

(3) 심리담당의 추정에 따르면, 쟁점①에 대한 청구법인의 주장이 채택될 경우, 청구법인의 2020사업연도 소득금액은 약 22억원 감액될 것으로 예상된다.

  • 라) 양측 논쟁 세부사항 정리

(1) 청구법인은 2020년에 기부채납시설의 공사가 종료되지 않았음에도 불구하고 작업진행률을 100%로 판단한 것은 청구법인에 대한 국세청의 사전답변(사전2018법령해석법인0124, 2018.6.20.)에 반하는 것이라고 주장하고 있다. 이에 대해 조사청은 작업진행률을 100%로 판단한 것이 아니라 진행률에 따른 손익 인식 과정 중에 최종적으로 분양건물 인도일에 남은 분양수입·비용을 전액 인식한 것으로서 사전답변이 조사청의 이러한 손익 인식 방식을 부정하는 의미라고는 해석될 수 없다는 의견이다.

(2) 조사청은 청구법인의 주장대로 건설용역의 ‘목적물’에 분양건물과 기부채납시설을 모두 포함시킬 경우, 청구법인이 기부채납시설 공사의 착수 및 인도 시점을 자의적으로 조절함으로써 법인세 부담액을 낮출 수 있는 부당한 결과가 발생할 수 있다는 의견을 제시하고 있다. 이에 대해 청구법인은 쟁점공사에 대한 계약상의 책임을 무시하고 기부채납시설 공사를 무기한 연기할 유인이 없고, 본 건에서 쟁점이 되는 잔여공사비율(1.55%로 추정)이 미미함에도 조사청이 침소봉대하고 있다고 항변하고 있다.

3. 쟁점②에 대한 사항 – 기부채납시설 공사비의 비용 인식 시점

  • 가) 기부채납시설 공사 관련 청구법인의 비용 인식 청구법인은 기부채납시설에 대한 공사비를 전액 발생한 사업연도의 비용으로 처리(재고자산에 배부하지 않음)하였다. 그 사업연도별 내역은 다음과 같다. <표>
  • 나) 조사청의 손금불산입 내역 조사청은 기부채납시설 역시 분양건물과 마찬가지로 분양률을 고려하여 공사비 중 미분양분에 해당하는 상당액은 손금불산입하여 재고자산으로 보았다. 조사청의 계산 방식에 따른 사업연도별 손금불산입액을 추정하면 다음과 같다. <표>
  • 다) 양측 다툼이 없는 사항 및 청구법인의 불복 사항

(1) 기부채납시설에 대한 공사예정원가, 분양건물의 분양률 추이 등에 대하여는 다툼이 없다. 조사청의 상기와 같은 세무조정(재고자산 손금불산입, 유보)에 대해 청구법인은 기부채납시설에 대한 공사비에 대하여는 분양률을 고려하지 않고 전액 발생 사업연도의 비용으로 인정되어야 한다고 주장하고 있다.

(2) 심리담당의 추정에 따르면, 쟁점②에 대한 청구법인의 주장이 채택될 경우, 청구법인의 2017사업연도∼2020사업연도 소득금액 합계는 약 55억원 감액될 것으로 예상된다.

  • 라) 양측 논쟁 세부사항 정리

(1) 청구법인은 기부채납시설 공사비의 경우 분양수입에 직접 대응되는 비용이 아니고, 나아가 장래에 수익을 발생시킬 수 없는 비용에 해당하므로 분양률을 고려하여 재고자산으로 회계처리 하는 것이 적절하지 않다고 주장하고 있다. 청구법인의 주장에 따르면, 청구법인은 원래 기부채납시설 공사비의 경우에도 분양률을 고려하여 비용을 인식하였으나, 수익 창출과 무관한 기부채납시설 공사비를 재고자산으로 계상하는 것은 회계원칙에 부합하지 않는다는 외부감사인(회계법인)의 지적에 의해 분양률을 고려하지 않는 형태의 회계처리로 변경한 것이라고 한다. 조사청은 이러한 청구법인의 주장이 쟁점①에서 청구법인이 “기부채납시설 공사비가 청구법인이 분양건물 신축·분양을 위해 반드시 필요한 비용이다.”라고 주장하는 것과 모순된다고 반박하고 있다.

(2) 조사청은 기부채납시설 원가를 분양건물 원가와 별개로 처리한 청구법인의 회계처리 및 세무조정은 국세청이 청구법인에게 “기부채납시설의 건설비용은 주상복합시설의 취득가액에 가산하는 것”이라고 사전답변(사전2018법령해석법인0124, 2018.6.20.)한 바에 따르지 않은 것이라고 보고 있다. 청구법인은 당해 사전답변의 의미는 각 사업연도 말에 손익계산서 작성시 기부채납시설 건설비용을 분양수익의 매출원가에 가산하라는 뜻으로 해석되며, 청구법인은 기부채납시설 건설비용을 “공사원가”라는 계정과목으로 계상하고 이를 매출원가에 포함되는 비용으로 하여 손익계산서를 작성하였으므로 사전답변의 회신에 따라 정확하게 회계처리 및 세무조정을 한 것이라고 항변하고 있다.

4. 쟁점③에 대한 사항 – 발코니·에어컨 공사 수입의 귀속사업연도 가-1) 발코니 공사 관련 청구법인의 수익·비용 인식

(1) 청구법인은 2016.10.21. HH건설과 분양건물 하도급 공사 계약을 체결(기부채납시설 공사 계약을 포함하여 공사도급금액 293,329백만원)하면서 발코니 공사를 계약 내용에 포함하여 체결하였다. 따라서, 청구법인은 발코니 공사의 비용을 별도로 인식하지 않고 분양건물 공사비(공사원가)에 포함하여 인식하였다.

(2) 청구법인은 2016년∼2017년에 걸쳐 분양건물 수분양자와 분양 계약과는 별도로 발코니 확장 등 공급계약을 체결하였다(공급가액 9,574백만원). 청구법인은 2019년까지 발코니 공사에 대한 수익을 인식하지 않고 있다가 2020년에 발코니 공사 공급가액 중 대부분을 인식하였다. 가-2) 에어컨 공사 관련 청구법인의 수익·비용 인식

(1) 청구법인은 2016년∼2017년에 걸쳐 분양건물 수분양자와 분양 계약과는 별도로 시스템에어컨 공급계약을 체결하였다(공급가액 2,711백만원). 이와 관련, 청구법인은 2018.7월 EEE와 에어컨 공사 하도급 계약을 체결하였다(공급가액 2,379백만원). 이와 관련, 에어컨 공사 1차 기성에 대한 세금계산서는 2019.1.23. 발급받았다.

(2) 청구법인은 에어컨 공사비를 2019년∼2020년에 걸쳐 다음과 같이 해당사업연도 비용으로 계상하였다. <표> 청구법인은 2019년에는 에어컨 공사에 대한 수익을 인식하지 않았고, 2020년에 에어컨 공급가액 중 대부분을 인식하였다.

  • 나) 조사청의 계산 내역 조사청은 조사 과정에서 청구법인의 발코니 공사에 대한 수입은 분양건물 공사의 진행률에 따라, 에어콘 공사에 대한 수입은 에어컨 공사의 진행률에 따라 수익을 인식하는 형태로 재계산하였다.
  • 다) 양측 다툼이 없는 사항 및 청구법인의 불복 사항

(1) 발코니·에어컨 공사에 대한 사업연도별 비용 계상 방식 및 분양률을 고려해야 하는지 여부 등의 문제에는 양측 간 다툼이 없다. 조사청이 상기와 같이 발코니·에어컨 공사에 대한 수입의 귀속시기를 진행률에 따라 인식하는 형태로 재계산한 바에 대해 청구법인은 두 공사에 대한 수입의 귀속시기는 인도 기준에 따라 2020년으로 보아야 한다고 주장하고 있다.

(2) 심리담당의 추정에 따르면, 쟁점③에 대한 청구법인의 주장이 채택될 경우에도 청구법인의 ‘2017사업연도∼2020사업연도 소득금액 합계’에는 영향이 없을 것으로 보인다.

  • 라) 청구법인 세부주장 및 제출 증빙자료 검토

(1) 청구법인은 청구법인과 수분양자들과의 발코니·에어컨 공사 계약이 분양건물(주택) 분양 계약과는 별개의 독립된 계약으로 체결되었다고 주장하며, 특히 발코니 공사의 경에는 수분양자에 따라서 무상으로 계약이 체결되기도 하였다고 언급하고 있다.

(2) 이와 관련하여 분양 계약서, 발코니 공사 계약서(유상·무상), 에어컨 공사 추가 관련 서류를 제출하였다.

5. 쟁점④에 대한 사항 – 가산세 면제 여부

  • 가) 쟁점별 가산세 추정액

(1) 조사청은 청구법인에게 본 건 법인세와 관련하여 합계 598백만원의 가산세를 포함한 세무조사결과통지를 하였다.

  • 나) 쟁점별 관련 가산세 추정액은 대체로 다음과 같다. <표>
  • 다) 청구법인 세부주장 및 제출 증빙자료 검토 – 쟁점④-2 관련

(1) 청구법인은 쟁점②(쟁점④-2)와 관련하여, 2017년 재무제표에 대한 외부감사 과정에서 분양률에 대한 별도의 고려 없이 기부채납시설 공사비를 발생 시점에 전액 비용으로 인식할 것을 권고 받았다는 취지로 SS회계법인이 작성한 확인서를 제출하였다. 당해 확인서에는 “특히 기부채납자산 원가에 해당하는 부분은 자산성 및 분양수익과 관련성이 없는 것으로 보아 분양률을 적용하지 아니하였으며”라고 기재되어 있다.

(2) 또한 청구법인은 이러한 회계처리가 외부감사 상 적정의견을 받기 위한 불가피한 선택이었기 때문에 청구법인에게 귀책이 있다고 볼 수 없다고 주장하며, 2017년∼2020년 재무제표에 대한 감사보고서를 제출하였다. 당해 감사보고서들은 “청구법인의 재무제표가 일반기업회계기준에 따라 중요성의 관점에서 공정하게 표시하고 있다.”는 적정의견을 표명하고 있다.

(3) 청구법인이 제출한 논문[곽태훈(2017), 가산세 면제요건인 정당한 사유에 대한 고찰]의 일부 내용은 다음과 같다. <그림>

  • 라. 판단

1. 쟁점①에 대하여

  • 가) 관련 법리 법인세법 시행령제69조 제1항은 건설공사의 익금과 손금은 건설의 착수일이 속하는 사업연도부터 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 작업진행률에 따라 인식하도록 규정하고 있다.
  • 나) 2020사업연도에 인식해야 할 분양수입에 대한 판단

(1) 기부채납시설에 대한 공사는 분양건물 신축·분양을 위해 반드시 필요한 공사로서 분양건물 공사와 별도로 취급할 것이 아니므로 기부채납시설 공사가 완료되지 않은 이상 쟁점공사가 완료되었다고 볼 수 없다.

(2) 같은 맥락에서 쟁점공사와 관련하여 법인세법 시행령제69조 제1항이 언급하고 있는 ‘목적물’에도 분양건물 뿐만 아니라 기부채납시설도 포함되는 것으로 보는 것이 타당하다.

(3) 따라서, 2020사업연도까지는 분양수입 전액이 아닌 쟁점공사의 진행률을 반영한 수익만 인식하는 것이 타당하므로 이와 관련한 조사청의 기존 계산 방식에는 잘못이 있다고 판단된다.

2. 쟁점②에 대하여

  • 가) 관련 법리 법인세법은 사업연도라는 시간적 단위를 기준으로 법인의 소득을 파악하므로 익금과 손금이 어느 사업연도에 귀속하는가 하는 문제가 제기되는데, 이에 관하여 법인세법은 ‘권리의무확정주의(權利義務確定主義)’를 채택하고 있다. 즉, 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하여야 함이 원칙이다(법인세법제40조 제1항).
  • 나) 기부채납시설 건설비와 관련한 손금의 귀속사업연도에 대한 판단

(1) 우선, 쟁점①에 대한 판단에서 살펴본 바와 같이 기부채납시설에 대한 공사는 분양건물 신축·분양을 위해 반드시 필요한 공사로서 분양건물 공사와 별도로 취급할 것이 아니다. 따라서, 두 공사에 대한 공사비의 비용 인식에도 같은 원리가 적용되는 것이 타당하다.

(2) ‘분양’은 ‘판매’의 하나의 유형으로 볼 수 있는 점을 고려할 때, 매출의 성격을 지니고 있는 ‘분양수입’과 이에 대응되는 매출원가(분양건물 및 기부채납시설 공사비)는 분양(판매)이 되어야 비로소 확정되었다고 볼 수 있다.

(3) 따라서, 조사청이 분양건물의 분양률(판매율)을 고려하여 기부채납시설 건설비 중 미분양분(미판매분)에 대하여는 손금불산입하고 재고자산에 배분하는 형태로 경정한 것에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

3. 쟁점③에 대하여

  • 가) 관련 법리 법인세법 시행령제69조 제1항은 도급공사의 익금과 손금을 작업진행률에 따라 인식하도록 규정하고 있다.
  • 나) 발코니확장 공사 및 시스템에어컨 공사에 관한 익금의 귀속사업연도에 대한 판단

(1) 도급공사의 성격을 지니고 있는 두 공사는 법인세법 시행령제69조 제1항에 따라 작업진행률에 따라 인식하는 것이 타당하다.

(2) 청구법인은 발코니 공사에 대한 비용을 (쟁점공사에 대한 비용에 포함시켜) 2017년∼2020년에 걸쳐 분산하여 인식하였고, 에어컨 공사에 대한 비용은 (쟁점공사와 분리하여) 2019년∼2020년에 걸쳐 분산하여 인식하였으며, 이에 대하여는 조사청 역시 문제를 제기하지 않고 있다.

(3) 이러한 사정을 고려하면, 조사청이 발코니 공사의 경우에는 쟁점공사의 진행률에 따라, 에어컨 공사의 경우에는 에어컨 공사 진행률에 따라 수익을 인식하는 형태로 경정한 것에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 쟁점④에 대하여

  • 가) 관련 법리 국세기본법제48조 제1항 등에 따르면 가산세 부과의 원인이 되는 사유와 관련하여 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우” 등에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 않도록 규정하고 있다.
  • 나) 쟁점①∼③ 관련 가산세(쟁점④-1,2,3)에 대한 판단

(1) 쟁점①【채택】으로, 쟁점④-1은 심리의 실익이 없어 심리 대상에서 제외하기로 한다.

(2) (쟁점④-2 관련) 청구법인은 기부채납시설에 대한 공사가 분양건물 신축·분양을 위해 반드시 필요한 공사라는 인식 하에서 기부채납시설 공사가 포함된 쟁점공사의 진행률을 토대로 분양수입을 인식해 왔다. 또한, 청구법인의 질의에 대해 국세청이 “기부채납시설의 건설비용은 주상복합시설의 취득가액에 가산하는 것임”이라고 사전답변(사전2018법령해석법인0124, 2018.6.20.)한 사실도 있다. 이러한 사정을 고려하면, 분양건물 공사와 기부채납시설 공사에 대한 공사비의 비용 인식(재고자산 계상)에는 같은 원리가 적용되는 것이 타당하다고 스스로 충분히 해석할 수 있었다고 보이므로 청구법인에게 가산세 면제를 위한 “정당한 사유”가 있다고 보기는 어렵다. 부연컨대, 청구법인이 가산세 면제를 위한 “정당한 사유”에 해당한다고 보고 있는 ‘외부감사인의 의견’은 어디까지나 회계처리에 국한된 내용이지 법인세 세무조정에 대한 의견으로 볼 수는 없다. 따라서, 조사청이 분양건물의 분양률을 고려하여 기부채납시설 건설비 중 미분양분에 대하여는 손금불산입하고 재고자산에 배분하는 형태로 경정한 것과 관련하여서는 가산세를 면제할 이유가 없는 것으로 판단된다.

(3) (쟁점④-3 관련) 발코니 공사와 에어컨 공사가 도급공사임은 분명하고,법인세법제69조 제1항이 도급공사의 경우에는 작업진행률에 따라 수익을 인식하도록 명시적으로 규정하고 있어 청구법인에게 가산세 면제를 위한 “정당한 사유”가 있다고 보기 어렵다. 따라서, 조사청이 발코니 공사와 에어컨 공사에 대해 작업진행률에 따라 수익을 인식하는 형태로 경정한 것과 관련하여서도 가산세를 면제할 이유가 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조의15 제5항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)