철거예정된 건물을 토지와 함께 양도한 경우 기준시가로 안분하여야 하는지 여부

이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.

• 가. 청구법인은 2018.9.21. 부동산 취득, 개발, 분양을 목적으로 설립된 법인이다.
• 나. 청구법인은 2018.12.20. ○○시 ○○구 상가 대지권면적 합계 4,752.55㎡(이하 “쟁점토지”라 한다), 상가전용면적 합계 18,298.85㎡, 상가공용면적 합계 12,639.49㎡(상가 전용면적과 상가공용면적 합계 30,938.34㎡는 이하 “쟁점건물”이라 한다), 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다]를 취득하여 부동산임대업을 운영하였다.
• 다. 청구법인은 2020.10.12. 주식회사 ○○(이하 “양수법인”이라 한다)와 매매대금 780억원, 잔금지급일 2021.6.30.로 정하여 쟁점부동산에 관한 매매계약(이하 “1차매매계약”이라 한다)을 체결하였다.
• 라. 청구법인은 2021.6.2. 쟁점부동산 매매대금을 885억원으로 하는 부동산매매변경계약(이하 “2차매매계약”이라 한다)을 체결하였다.
• 마. 청구법인은 2021.6.30. 쟁점부동산의 소유권을 양수법인에게 이전하고, 2021. 제1기 확정분 부가가치세 신고시 쟁점건물이 철거예정이므로 쟁점건물가액이 없는 것으로 보아 쟁점건물에 대한 부가가치세는 신고하지 않고, 일반매입세액 24,180,703원에 대한 환급신청을 하였다.
• 바. 조사청은 2021.9.14.부터 2021.9.23.까지 청구법인의 2021년 제1기 부가가치세 환급신고내역을 확인하기 위하여 현장확인을 실시하였다.
• 사. 조사청은 청구법인이 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 구분기재하지 않아 쟁점부동산 가액 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분 계산한 금액을 쟁점건물 가액으로 하고, 2021.12.3. 아래와 같이 부가가치세 5,082,217,182원을 과세한다는 예고 통지(이하 “이 건 과세예고통지”라 한다)를 하였다. < 과세예고 통지내역 >
• 아. 청구법인은 이 건 과세예고통지서를 수령하고 이에 불복하여 2022.1.3. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점부동산 매매계약은 건물 철거를 전제로 토지를 사용하기 위한 것으로서 그 중 재산적 가치가 없는 쟁점건물 매매대금을 0원으로 한 것이므로 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다. 2019.6월 경기침체로 인한 소비감소로 임차인인 ○○㈜ ○○점이 쇼핑사업을 중단 퇴점하고, 2020년 발생한 코로나 여파로 임차인인 ●●㈜도 영화상영을 중단함에 따라 청구법인이 직접 쟁점건물을 철거하고 주상복합 분양사업을 추진하려고 하였으나 ●●㈜와의 명도 합의 실패 등으로 쟁점부동산을 매각하기로 하였다. 청구법인은 양수법인과 쟁점부동산 매매계약 전부터 양해각서를 체결하여 임차인 계약 관계 종결 및 명도 완료 등 의무를 이행하였으며, 양수법인도 쟁점부동산 매매계약 체결 전부터 주상복합 신축 사업계획 수립, PF자문계약, 문화재 형상변경 심의접수, 교통영향 평가용역 계약 체결 등 쟁점건물 철거 및 건물 신축을 위한 업무를 수행하였다. 매매계약 체결 당시 공실, 단전 등으로 실제 건물로서 기능을 할 수 없었고, 건물의 효용가치가 이미 상실되어 매매가격 협상시 건물 철거비용으로 인하여 나대지 상태의 토지보다 오히려 가치가 저평가되는 요소로 작용하였다. 특히, 2021.6.28. 작성한 부동산매매계약서(이하 “3차매매계약”이라 한다)에 특약사항으로 ‘본 부동산(건물)은 신축을 위해 철거예정이므로 건물 매매 대금은 없으며 토지매매 대금으로 하고, 부가세은 없는 것으로 한다’ 라고 하여 쟁점부동산의 토지와 건물 가액을 명확히 구분하였다.
• 나. 실질적으로도 건물을 공급하였다고 보기 어려워 부가가치세 과세대상이 아님에도 조사청이 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 ‘토지와 건물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우’의 규정을 적용한 처분은 부당하다. 국세기본법 제14조 제2항 은 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다’고 하여 거래형식이 아닌 거래의 실질로 과세하도록 규정하였으며, 쟁점건물은 건물로서 효용가치가 이미 상실되어 사용 수익이 되지 않았고, 실제 건물이 철거된 사실, 청구법인 및 양수법인의 사정을 고려해보면 매매형식으로 형식상 건물을 양도한 것일 뿐 실질적으로 쟁점부동산 중 쟁점건물을 공급한 것으로 보기 어려워 실질과세 원칙에 따라 부가가치세 과세대상이 아니다. 2019.1.1. 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 신설 전 유권해석, 판례에서도 매매계약 체결 당시 건물철거가 예정되어 있고, 실제 철거된 경우에 건물가액 0원을 실지거래가액으로 인정한 바 있다(조심2018부4509, 2019,08.06., 조심2019서0983, 2019.7.24., 서면2016부가4816, 2017.2.27.외 다수) 또한, 2021.12.8. 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 를 개정하여 ‘토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’ 에는 사업자가 구분한 실지거래가액을 인정하였고, 이러한 신설규정은 토지와 건물의 일괄 양도시 실지거래가액으로 볼 수 있는 경우를 구체화하고 명확화한 것으로 보아야 한다.
• 다. 토지와 건물에 대한 실지거래가액이 불분명한 경우에 해당하여 건물분 부가가치세를 과세하더라도 세금계산서 미발급 가산세를 부과하는 것은 부당하다. 부가가치세법 제29조 제9항 의 규정은 자산의 임의평가를 통한 조세회피를 방지하기 위한 규정으로, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하면서 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니한 경우에는 부당하게 저가로 재화와 용역을 공급하는 자의 과세표준을 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 재계산하는 효력만을 지니고 있을 뿐이고, 적법 유효하게 성립된 법률행위의 사법상 효력을 부인하거나 실지거래를 재구성하는 효력을 가지는 것은 아니라고 할 것이므로 정상적인 거래 시가와 낮은 대가와의 매출차액에 대하여 세금계산서를 교부할 의무가 있다고 보기 어렵다(대법2002두1588, 2004.9.23.) 또한, 부당행위계산부인 규정을 적용하여 세금계산서 미교부 가산세를 부과한 사건에서 조세심판원은 “법인의 부당한 행위라 하더라도 거래 자체의 기초적 사실행위는 세법상 적법하고 유효하게 성립하는 것이므로 사실행위를 부인하거나 무효화 하는 등의 실체적 변동을 일으키게 하는 것이 아니라 소득금액을 계산함에 있어서만 부당하다고 인정되는 부분에 한해 재계산하는 것에 불과하다고 보아야 할 것이므로 시가를 공급가액으로 기재하지 않았다고 하여 세금계산서 또는 계산서가 미교부되었거나 부실기재되었다고 볼 수는 없을 것이다.”라고 결정하였다(조심2002중1451, 2004.3.12.).

• 가. 청구법인은 쟁점건물 매매대금을 0원으로 한 것이므로 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다고 주장하나 현지확인 과정에서 확인된 매매계약서에는 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 구분기재 되어 있지 않다. 2020.10.12. 체결된 1차매매계약서에는 전문에 ‘매수인은 본건 부동산을 매수하여 이를 철거’라는 내용으로, 1.2조에서 ‘부가가치세를 제외하고’라는 내용으로, 1.6조에서 ‘부가가치세에 관한 세금계산서를 매수인에게 제공하여야 하고’라는 내용으로 기재되어 있고, 2021.6.2. 체결된 2차매매계약서 1.1조에도 ‘부가가치세를 제외하고 885억원’이라고 기재되어 있을 뿐이어서 쟁점토지와 쟁점건물 가액이 구분 기재되어 있지 않으며, 청구법인이 과세전적부심사청구시 제출한 2021.6.28. 작성한 3차매매계약서는 과세전적부심사청구 이전까지 제출한 적이 없는 계약서이다
• 나. 쟁점건물은 소유권보존 등기를 경료한 지 만 14년 밖에 되지 않았고, 2018.12.20. 청구법인이 쟁점부동산을 매매로 취득하여 부가가치세 확정신고시 40억원을 환급받은 건물로서, 건물 자체의 효용가치가 이미 상실되어 실질적으로 건물을 공급하였다고 보기 어렵다는 청구주장은 적절하지 않다. 청구법인은 매매계약 체결 당시 임차인인 ●●㈜에 대한 임대보증금 80억원, 쟁점건물 장부가액 395억원을 계상하고 있었으며, 2020.7.29. ●●㈜와 건물 명도를 위해 위약벌금 20억원, 손해배상금 60억원, 임대보증금 80억원을 지급하기로 약정한 점 등으로 보아 상당한 재산적 가치가 있는 쟁점건물을 실제 공급한 것으로 보아야 한다. 또한, 2019.1.1.이후부터는 사업자가 구분한 토지와 건물 가액이 대통령령으로 정하는 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우 대통령령이 정하는 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 개정되었으므로 개정된 부가가치세법에 따라 안분계산한 이 건 과세예고통지는 정당하다. 청구법인은 2021.12.8. 개정된 부가가치세법 제29조 제9항 에서 ‘건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우’에는 사업자가 실지 구분한 거래가액을 인정한다고 주장하나, 부칙 제7조에서 이 법 시행 전 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 따르도록 되어 있어 이 건 과세예고통지에 적용할 여지가 없다.
• 다. 조사청이 확인한 1차매매계약과 2차매매계약에 따르면 청구법인은 부가가치세 과세대상임을 인지하고 있었으며 건물 양도가 사업의 양도에 해당하지 않는 한 세금계산서 발급 대상에 해당하므로 세금계산서 미발급 가산세 부과는 정당하다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 세법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 의하여 부과하는 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 것이다. 또한, 청구법인이 제시한 판례는 부당행위를 부인하고 과세한 사례로서 거래행위는 인정하나 과세표준을 재계산한 경우이며, 이 건은 청구법인이 재화의 공급 자체를 부인하여 신고한 것에 대한 과세 예고처분으로서 청구법인이 제시한 판례는 이 건에 적용될 수 없는 판례이다.

• 가. 쟁점

1. 철거예정된 건물을 토지와 함께 양도한 것에 대하여 토지와 건물가액을 기준시가로 안분하여 건물분 부가가치세 과세예고한 통지의 당부

2. 건물분 부가가치세를 과세하더라도 세금계산서 미발급 가산세 적용 대상에 해당되는지 여부

• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 2) 부가가치세법 제15조 【재화의 공급시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때 3) 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4) 부가가치세법 제29조 【과세표준】(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것)

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 5) 부가가치세법 제29조 【과세표준】(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것)

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.(2019.1.1. 공급하는 분부터 적용)

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 6) 부가가치세법 제29조 【과세표준】(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된 것)

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. 7) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 (2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것) 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 8) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 (2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정된 것)

① 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. <신설 2022.2.15>

1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우

2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우 9) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 10) 부가가치세법 제60조 【가산세】

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

1. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하는 경우 그 공급가액의 1퍼센트

2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트.

• 다. 사실관계

1. 사건개요 <표>

2. 국세청 전산망에 의하여 확인되는 청구법인의 기본사항은 아래와 같다. <표>

3. 청구법인은 2018.12.20. 쟁점부동산을 취득하고 기존 임대인의 지위를 승계하여 ●●㈜와 ○○㈜○○점에 임대하면서 쟁점부동산 양도시까지 부가가치세 신고한 내역은 아래와 같다. <표> * 청구법인이 2018.12.20. 쟁점건물 취득과 관련하여 수취한 매입세금계산서임. ** ●●㈜의 임차보증금 80억원에 대한 간주임대료임(80억×1.2%×181일/365).

4. 쟁점부동산에 대한 매매계약 과정과 신축사업을 위한 세부 진행 경과를 살펴보면 아래와 같다. <표>

• 가) 청구법인은 2020.7.29. ●●㈜와 임대차기간만료 전 ‘위약벌금 및 손해배상금 지급 등에 관한 합의’를 체결하였고, ●●㈜는 2020.8.20.자로 임시 영업 중단하던 중, 2021.6.30. 임차권 등기를 말소하였다. < 2020.7.29. ●●㈜와의 합의서 >
• 나) 2020.10.12. 청구법인은 양수법인과 매매대금을 78,000,000,000원으로, 잔금지급일을 2021.6.30.로 각 정하여 쟁점부동산에 관한 1차매매계약을 아래와 같이 체결하였다. < 2020.10.12. 청구법인과 양수법인 간 부동산매매계약서 중 발췌 >
• 다) 2021.6.2. 청구법인은 양수법인과 쟁점부동산 매매대금을 88,500,000,000원으로 하는 2차매매계약을 체결하였다. < 2021.6.2. 청구법인과 양수법인 간 부동산매매변경계약서 중 발췌 > 라) 청구법인은 2021.6.28. 작성한 아래 3차매매계약서를 과세전적부심사청구를 하면서 제출하였고, 조사청은 과세전적부심사청구 이전까지 제출되지 아니한 계약서라는 의견이므로 심리담당자가 확인한 바, 양수법인 대표 김◎◎은 ‘법무사 참석하에 청구법인과 함께 작성하여 소유권 등기이전 신청시 제출하였다’고 답변하였고, 양수법인의 등기권리증에 첨부되어 있는 사실이 확인된다.(특약사항 8호에는 ‘본 부동산(건물)은 신축을 위해 철거예정이므로 건물매매대금은 없으며 토지매매대금으로 하고, 부가세는 없는 것으로 한다’ 라고 기재되어 있다.) < 2021.6.28. 청구법인과 양수법인 간 작성한 부동산매매계약서 >

5. 청구법인은 2007.9.13. 소유권 보존 등기된 쟁점부동산을 2018.12.20. 매매로 취득하여 2021.6.30. 양수법인에게 소유권이전등기를 경료한 사실이 확인된다.

6. 조사청은 쟁점양도가액 88,500,000,000원에 대하여 아래와 같이 기준시가를 기준으로 안분계산하고 쟁점건물 가액을 38,132,710,326원으로 산정하였다. <표>

7. 청구법인이 2020 사업연도 법인세 신고시 제출한 표준대차대조표에는 쟁점건물 가액 41,616,507,932원, 건물분 감가상각누계액 2,080,825,392원, 토지 가액 14,429,486,488원으로 계상되어 있다 8) 부가가치세법 제29조 제9항 및 부가가치세법 시행령 제64조 의 개정연혁은 아래와 같다. < 부가가치세법 제29조 제9항 > * 2021.7.26. 기획재정부가 발표한2021년 세법개정안 상세본에는 개정이유로서 ‘토지 및 건물 등에 대한 과세기준 합리화’ 라고 설명되어 있다. < 부가가치세법 시행령 제64조 >

• 라. 판단

1. 철거예정된 건물을 토지와 함께 양도한 것에 대하여 토지와 건물가액을 기준시가로 안분하여 건물분 부가가치세 과세예고한 통지가 부당한지

• 가) 관련법리 2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된부가가치세법제29조제9항에서는 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우나 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액’으로 하도록 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령제64조제1호에서는 ‘부가가치세법제29조제9항에 따른 안분계산한 금액은 토지와 건물 또는 구축물의 소득세법제99조에 따른 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액’이라고 규정하고 있다
• 나) 쟁점부동산을 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 건물분 부가가치세 과세예고한 통지가 부당한지에 대한 판단 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 처분청이 ‘쟁점부동산의 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 가액의 구분이 불분명’하거나 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우’로 보아 쟁점부동산의 실지거래가액 885억원을 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분계산하여 쟁점건물의 부가가치세를 과세예고한 통지는 정당하다고 판단된다.

(1) 청구법인이 양수법인과 2020.10.12. 체결한 1차매매계약서와 2021.6.2. 체결한 2차매매계약서에는 매매목적물의 매매대금 총액만 기재되어 있을 뿐, 토지와 건물 가액이 구분 기재되어 있지 않아 부가가치세법제29조제9항제1호의 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 가액의 구분이 불분명한 경우’에 해당하고, 설령 쟁점건물의 철거가 예정되어 있다는 사정으로 청구법인이 2021.6.30. 체결한 3차매매계약서에서 건물매매대금은 없는 것으로 특약하였다고 하더라도 청구법인이 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이부가가치세법제29조제9항제2호의 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우’에 해당한다고 보아야 한다.

(2) 또한, 2018.12.31. 개정된 ｢부가가치세법｣ 제29조제9항 의 개정이유는 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로서 부칙에 ‘2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용’ 된다고 규정되어 이 건 과세예고 통지에 적용되고, 청구법인이 이 건 과세예고 통지에 적용하여야 한다고 주장하는 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된 부가가치세법제29조제9항은 부칙에서 2022.1.1.이후 공급하는 분부터 적용하도록 규정되어 있어 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된 부가가치세법제29조제9항은 적용할 여지가 없다. 따라서 조사청이 쟁점부동산의 실지거래가액 885억원을 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분계산하여 쟁점건물의 공급가액을 계산하여 과세예고한 이 건 통지는 잘못이 없다고 판단된다.

2. 건물분 부가가치세를 과세하더라도 세금계산서 미발급 가산세 적용 대상에 해당되는지

• 가) 관련법리 (1)부가가치세법제60조제2항에서는 ‘세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우에는 그 공급가액의 2퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 빼도록’ 규정하고 있다. 또한 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 세법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법2002두10780, 2004.6.24.)

(2) 한편 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의심스러운 부분으로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이런한 제재를 과할 수 없으나(대법2002두66, 2002.8.23.), 세법 해석상 의심스러운 부분으로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법2002두10780, 2004.6.24.).

• 나) 세금계산서 미발급 가산세 적용대상에 해당하는지에 대한 판단 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 세금계산서 미발급 가산세를 적용하지 않아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(1) 청구법인은 2020.10.12. 체결한 1차매매계약서와 2021.6.2. 체결한 2차매매계약서에서 ‘매매목적물의 매매대금은 부가가치세를 제외하고’, ‘매도인은 종결일에 부가가치세에 관한 세금계산서를 매수인에게 제공하여야 하고’라고 약정하여 쟁점부동산 양도 당시 건물분 부가가치세 수수와 세금계산서 교부의무를 어느 정도 인지하고 있었던 것으로 보인다.

(2) 또한, 청구법인이 쟁점건물 양도 당시 계상한 쟁점건물의 장부가액이 395억원이고 청구법인이 ●●㈜에 임대하고 받은 임차보증금이 80억원에 달하는 점에 미루어 쟁점건물은 상당한 재산적 가치가 있는 것으로 보아야 하고, 쟁점 건물이 양도 후 철거예정이라는 사정은 쟁점 건물의 공급과 관련된 부가가치세 산정 및 세금계산서 교부의무에 있어 고려하여야 할 요소는 아닌 것으로 판단되므로 청구법인에게 세금계산서 교부의무를 이행하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다. 따라서 조사청이 세금계산서 미발급 가산세를 적용하여 과세예고한 이 건 통지는 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.