조세심판원 과세적부 부가가치세

영세율을 적용하여 수취한 대가를 공급대가로 보아야 하는지 여부

사건번호 적부-국세청-2021-0072 선고일 2022.09.28

용역 거래시에 부가가치세를 납부할 의사가 없이 부가가치세가 제외된 금액으로 거래한 것이어서 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에 해당하지 아니한 것이고, 거래상대방으로부터 부가가치세를 징수하지 못하였다 하여 그 수취한 대가가 공급가액에서 공급대가로 변경되지는 아니함

주 문

이 건 과세전적부심사청구는 【불채택】결정합니다.

1. 사실관계 및 통지내용
  • 가. 청구법인은 2016.5.12. 컴퓨터 시스템의 개발 및 운영을 목적으로 설립된 업체로서 ㈜AAA(이하 “AAA”라 한다)의 블록체인(가상연결 서비스) 부분 계열사이다.
  • 나. 2017년 5월 DI의 대표이사였던 이AA, DI의 CFO 김BB, DI의 이사 이CC, 청구법인 대표 김DD, 김EE는 분산형 블록체인 네트워크를 표방한 ‘II 프로젝트’를 진행하기로 합의하였다.
  • 다. 이AA, 김BB, 이CC, 김DD은 II 프로젝트를 실행하기 위하여 2017.8.9. ○○ ○○주에 오픈소스 생태계 조성 및 퍼블릭 블록체인 비즈니스를 목적으로 II재단을 설립하였다.
  • 라. 청구법인은 2017년경 II재단과 Service and Development Agreement, Consulting Service Agreement 등 용역 계약을 체결하고 가상화폐 개발 및 제반업무(이하 “쟁점 용역”이라 한다)를 수행하였고, 부가가치세 신고시 영세율로 신고하였다.. * 조사청은 II재단을 영리 내국법인으로 보아 2021.5.10. 직권으로 사업자등록하였고, 2021.8.12. II재단에 법인세 등 172,764,152,836원을 과세하겠다는 예고통지를 하였으며, II재단은 2021.9.9. 과세전적부심사청구를 제기하였으나 2022.8.31. 국세청 국세심사위원회는 II재단을 내국법인으로 보아야 한다는 내용으로 과세전적부심사청구를 모두 불채택하였다.
  • 마. 한편, 청구법인은 2017년 10월 김DD으로부터 차입한 2,089,980,000원을 2018.12.21. 출자전환하여 신주 23,222주를 발행(이하 “쟁점 출자전환”이라 한다)하였고, 2018년 사업연도 법인세 신고시 주식발행초과액 1,973,870,000원을 채무면제이익으로 익금산입하는 세무조정을 하였다.
  • 바. 청구법인은 2019.12.20. 주식발행초과액 1,709,000,000원을 자본에 전입하고 김DD 등 기존 주주들에게 341,800주를 무상 교부하였다.
  • 사. 조사청은 2021.2.23.부터 2021.6.16.까지 청구법인의 2017년부터 2019년까지 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 쟁점 용역을 내국법인간 거래로 보아 부가가치세 2,109,340,647원, 청구법인이 2019년 1,709,000,000원 무상증자시 원천징수누락한 배당소득세 147,183,417원 및 지급명세서 미제출 가산세 16,494,722원 등을 포함하여 총 2,320,649,831원을 과세하겠다는 내용으로 2021.6.22. 세무조사 결과 통지하였다.
  • 아. 청구법인은 세무조사결과 통지서를 수령하고 2021.7.20. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장
  • 가. (쟁점① 관련) 당초 영세율 거래로 인식하고 부가가치세를 수취하지 않았음에도 조사청이 쟁점 용역에 대한 대가를 공급대가가 아닌 공급가액으로 보아 부가가치세를 산출한 것은 부당하다.

1. 부가가치세법제29조제7항은 ‘사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다’라고 규정되어 있다.

2. 쟁점 용역에 대한 계약서, 인보이스 등에는 부가가치세가 포함되어 있지 않은 것이 분명하므로 청구법인이 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 산출하여 부가가치세 과세표준을 계산하여야 마땅함에도 대가로 받은 금액 전체를 공급가액으로 본 과세예고 통지는 위법·부당하다.

  • 나. (쟁점② 관련) 국내사업장이 없는 II재단에 세금계산서를 발급하지 않았다 하여 세금계산서 미발급 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

1. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 세법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반하는 경우에 세법이 정하는 바에 의하여 부과되는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이다(대법93누15939, 1993.11.23.).

2. II재단을 내국법인으로 보아 쟁점 용역에 대한 세금계산서 발급 의무가 존재한다고 하더라도 II재단에게는 세금계산서에 기재할 국내 사업자등록번호조차 없었던 점, II재단은 ○○에서 적법한 절차를 거쳐 설립·등록된 법인이었던 점, 청구법인은 쟁점 용역의 거래대금 또한 외국환은행을 통해 외화로 지급받은 점 등을 고려하면, 청구법인 입장에서는 II재단을 내국법인으로 상정하여 세금계산서를 발행할 것을 기대할 수 없는 상황이었는바, 쟁점용역에 대한 세금계산서를 발행하지 않은 것에 대한 ‘정당한 사유’가 존재하는 것이다.

  • 다. (쟁점③ 관련) 청구법인이 쟁점 출자전환시 발행한 가액은 시가이며, 청구법인이 착오로 과대하게 익금산입하여 세무조정한 채무면제이익을 근거로 조사청이 무상주 의제배당 금액을 산출하여 배당소득세를 부과하겠다는 과세예고 통지는 부당하다.

1. 청구법인은 2016년 설립된 소규모 법인으로 세법에 대한 전문적인 지식이 전혀 없었기 때문에, 쟁점 출자전환 당시 단순히 시가를 액면가액과 동일한 것으로 판단하였고, 주식발행초과액 1,973,870,000원을 전액 채무면제이익으로 익금산입하는 오류를 범하였다.

2. 이후 청구법인은 시가와 액면가액은 서로 구별되어야 할 개념이라는 사실을 알게 되었으나, 블록체인 기술사업의 확장에 주력하느라 미처 채무면제이익에 대한 법인세 수정신고를 진행하지 못하였을 뿐, 쟁점 출자전환 당시 발행가액은 시가로 볼 수 있는 객관적 교환가치를 반영한 금액이다.

3. 또한, 세무조사 당시 청구법인은 회계담당자의 변경 등으로 인하여 쟁점 출자전환과 관련하여 받았던 주식가치평가보고서를 조사청에 제시하지 못하였으나 이 건 과세전적부심사를 통하여 제출하는 바이며, 쟁점 출자전환시 발행가액과 액면가액 간 차액 전부를 채무면제이익으로 신고한 것은 세법상 무지에 기인한 단순 착오에 불과하다.

4. 청구법인과 김DD(당시 대표이사)은 대등한 거래주체로서 서로의 경제적 이익을 추구하는 범위 내에서 쟁점 출자전환을 추진하게 되었고, 둘 다 청구법인의 자세한 정보를 기초로 제반 사정이나 성장 가능성 등을 고려하여 1주당 90,000원이라는 합리적인 금액을 도출한 것이므로 쟁점 출자전환가액은 시가에 해당한다(이는 청구법인이 주식가치평가절차를 통해 확인한 1주당 평가가액인 89,657원과 매우 유사하다).

3. 조사청 의견
  • 가. (쟁점① 관련) 쟁점 용역에 대한 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되지 않았음이 분명하므로 거래금액을 공급가액으로 보아 과세표준을 산출함이 타당하다.

1. 부가가치세법제29조제7항의 규정은 거래대금에 부가가치세가 포함되어 있는지가 불분명한 경우에 한하여 거래대금에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 부가가치세 상당액을 제외한 금액을 공급가액으로 보도록 한 것으로서 거래대금에 부가가치세가 포함되지 않았음이 분명한 경우에는 위 규정을 적용할 수 없다.

2. 청구법인은 II재단과의 용역계약서를 토대로 2018년 1기 과세기간부터 쟁점 용역에 대한 대가로 받은 금액을 공급가액으로 보고 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였고, 청구법인 스스로도 청구이유서에서 계약서, 인보이스 등에 기재된 용역의 공급에 대한 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있지 않은 것이 분명하다고 인정하고 있듯이 쟁점 용역에 대한 거래대금에 부가가치세가 포함되지 않은 점이 분명하므로 쟁점 용역의 공급에 대한 대가로 받은 금액을 공급가액으로 보아야 하며 부가가치세법제29조제7항의 규정이 적용될 여지는 없다.

  • 나. (쟁점② 관련) 청구법인이 쟁점 용역에 대하여 세금계산서를 미발급한 행위에 대하여 가산세 적용은 정당하다.

1. 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등 납세의무자가 그 의무를 이행하지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 경우를 정당한 사유라 볼 수 있고, 정당한 사유의 유무는 법규재량사항이며, 그 주장 및 입증책임은 청구법인에게 있다.

2. 청구법인이 인용한 조세심판원 사건은 제3자인 거래처가 국내사업장에 해당하는지를 알 수 없었던 사정에 대하여 귀책사유가 없다고 보아 가산세 면제의 정당한 사유를 인정한 것이나, II재단은 가상화폐를 개발하여 판매 또는 수익할 목적으로 기획된 II 프로젝트의 자금조달을 위하여 만들어진 ○○ 페이퍼컴퍼니로서 청구법인과 II재단의 경영진은 동일하며 경제적 이해관계가 일치한다.

3. 따라서 청구법인은 II재단의 실질적 관리장소가 국내인 내국법인이었음을 인지하였다고 봄이 타당하고, 쟁점 용역거래가 국내거래라는 사실을 충분히 알고 있었다고 보아야 한다.

4. 또한, AAA그룹의 자회사들이 가상화폐 발행을 위하여 ○○에 II재단을 설립한 것은 청구법인 경영진을 포함한 AAA그룹 내 경영진의 의사에 따른 것으로 II재단이 국내에서 미등록 사업자로 영업활동을 한 이상, 사업자등록번호가 존재하지 않아 세금계산서를 발급할 수 없었다는 주장은 가산세 면제의 정당한 사유로 인정될 수 없다.

  • 다. (쟁점③ 관련) 청구법인이 쟁점 출자전환시 발행한 가액은 시가로 볼 수 없고, 채무면제이익을 재원으로 무상주 배당을 한 것은 의제배당에 해당하므로 배당소득세 및 지급명세서 미제출 가산세에 대한 과세예고 통지는 정당하다.

1. 청구법인은 쟁점 출자전환 발행가액이 시가라고 주장하나 해당 거래는 거래당사자간 객관적 교환가치가 반영되지 않는 거래이다. (가) 청구법인은 쟁점 출자전환 당시 완전자본잠식으로 계속기업의 가정이 불확실한 상태이었으며, 2018년 12월 내에 재무구조 개선을 위하여 아래와 같이 다른 주주들에게 출자전환 동의 메일을 보내는 등 특수관계인인 대표이사 김DD에 대한 차입금 2,089,980,000원을 다급하게 출자전환 진행하였다.(아래 청구법인의 재무이사가 당시 주주였던 SS대학교 산학협력단 소속 직원에게 보낸 메일 참조) (나) 청구법인은 이 건 과세전적부심사에서 YY회계법인의 주식가치평가보고서를 제출하면서 1주당 주식 평가액 89,657원이 출자전환 발행가액과 유사하여 객관적 교환가치가 적정하게 반영되었다고 주장하나, 해당 주식가치평가 보고서는 출자전환이 이루어지고 3개월 뒤인 2019.3월에서야 재무보고 목적으로 사후에 소급하여 작성된 것으로 쟁점 출자전환 가액이 객관적 교환가치를 적절하게 반영하였다고 볼 근거가 될 수 없다. (다) 또한, 청구법인이 CH회계법인에 2020.6.17. 문의한 내용에서는 쟁점 출자전환시 발행가액 90,000원이 2016.9.12. PP대학교기술지주 주식회사와 체결한 보통주 투자계약서를 바탕으로 산정되었음이 확인된다(해당 계약서에는 청구법인이 ‘투자연계형 기업성장 R&D 지원사업’ 선정 및 ‘Private Blockchain 활용 비상장주식 및 채권 거래원장 적용 PoC’ 결과 보고서 검수 후 조건이 달성한다면 PP대학교기술지주에서 청구법인 주식을 1주당 82,167원으로 인수한다는 계약이 있었으나, 청구법인은 해당 조건을 달성하지 못하였고 PP기술지주는 2017.8.30. 청구법인 주식을 매각하였다). (라) 청구법인은 앞서의 투자조건을 충족하지 못하였음에도 조건 달성시 1주당 인수가액을 바탕으로 쟁점 출자전환시 발행가액을 산정하였으므로 쟁점 출자전환시 1주당 발행가액은 시가가 될 수 없고, 2020년 6월 쟁점 채무면제이익으로 인한 의제배당 문제를 해결하기 위하여 1주당 발행가액 90,000원이 시가가 될 수 있도록 아래와 같이 다수의 회계법인에 소급하여 주식가치 평가를 할 수 있는지 문의하였다. (마) 이와 같이 청구법인이 산정한 쟁점 출자전환 1주당 발행가액 90,000원은 합리적인 방법에 따라 도출한 것이 아니라, 자본잠식을 상쇄시킬 수 있는 발행가액(90,000원)을 산정하였고, 이후 의제배당 문제로 소급평가를 진행하려고 한 것으로 확인되므로 청구법인이 착오로 시가와 액면가액을 동일하게 본 것으로 판단할 수 없다.

2. 청구법인의 쟁점 출자전환 당시 순자산가치는 0이므로 청구법인이 2018년 사업년도에 발행가액과 액면가액의 차이를 채무면제이익으로 법인세 신고한 것은 적법하고 그에 따라 조사청이 2019년 과세연도에 대한 배당소득세를 과세예고한 통지내용은 정당하다. (가) 채무의 출자전환시 시가가 액면가액보다 낮은 경우 액면가액 초과분에 대해서만 채무면제이익을 계상하도록 되어 있다. 청구법인은 쟁점 출자전환 당시 2018.11.30. 기준으로 재무상태표를 가결산하였는바, 가결산 재무상태표상 순자산은 △1,986백만원이었으므로 쟁점 출자전환 당시 청구법인의 1주당 순자산가치는 0원임을 알 수 있었던 상황이다. (나) 출자전환 당시 청구법인은 사업개시 후 3년 미만 법인으로 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법으로 평가하는 경우 순자산가치만으로 평가하여야 하므로 청구법인이 1주당 순자산가치가 0원인 상태에서 액면가액을 초과하는 부분에 대하여 채무면제이익으로 세무조정한 것은 정당하며 단순 착오로 인한 오류로 볼 수 없다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

1. 쟁점용역을 공급하고 수취한 대가를 공급대가로 보아 부가가치세 과세표준을 산출하여야 하는지 여부

2. 쟁점용역에 대하여 세금계산서 미발급 가산세를 부과하여야 하는지 여부 3) 쟁점 출자전환 당시 발행가액이 시가에 해당하는지 여부

  • 나. 관련법령 1) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 2) 부가가치세법 제24조 【외화 획득 재화 또는 용역의 공급 등】

① 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

3. 그 밖에 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 공급으로서 대통령령으로 정하는 경우 2-1) 부가가치세법 시행령 제33조 【그 밖의 외화 획득 재화 또는 용역 등의 범위】

② 법 제24조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 공급하는 경우를 말한다.

1. 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자(국내에 거소를 둔 개인, 법 제24조제1항제1호에 따른 외교공관등의 소속 직원, 우리나라에 상주하는 국제연합군 또는 미합중국군대의 군인 또는 군무원은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 외국법인에 공급되는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 사업에 해당하는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 것.

  • 바. 정보통신업 중 뉴스 제공업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(영화관 운영업과 비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 소프트웨어 개발업, 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합관리업, 자료처리, 호스팅, 포털 및 기타 인터넷 정보매개서비스업, 기타 정보 서비스업 3) 부가가치세법 제29조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다. 4) 부가가치세법 제33조 【세금계산서 발급의무의 면제 등】

① 제32조에도 불구하고 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 같다)를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 세금계산서를 발급하지 아니할 수 있다 4-1) 부가가치세법 시행령 제71조 【세금계산서 발급의무의 면제 등】

① 법 제33조제1항에서 "세금계산서를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우를 말한다.

1. 택시운송 사업자, 노점 또는 행상을 하는 사람, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 사업자가 공급하는 재화 또는 용역

2. 소매업 또는 미용, 욕탕 및 유사 서비스업을 경영하는 자가 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 소매업의 경우에는 공급받는 자가 세금계산서 발급을 요구하지 아니하는 경우로 한정한다.

3. 법 제10조제1항, 제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 재화

4. 법 제21조(제31조제1항제5호에 따른 원료, 같은 조 제2항제1호에 따른 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화와 같은 항 제2호부터 제4호까지의 규정에 따른 한국국제협력단, 한국국제보건의료재단 및 대한적십자사에 공급하는 재화는 제외한다), 제22조 및 제23조(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우와 법 제23조제2항에 따른 외국항행용역으로서 항공기의 외국항행용역 및 항공사업법에 따른 상업서류 송달용역으로 한정한다)에 따른 재화 또는 용역

5. 제33조제2항제1호, 제2호, 제5호(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우로 한정한다), 제6호 및 제7호에 따른 재화 또는 용역과 법 제24조제1항제1호에 따른 외교공관등에 공급하는 재화 또는 용역

6. 부동산 임대용역 중 제65조제1항 및 제2항이 적용되는 부분

7. 전자서명법 제2조제8호 에 따른 전자서명인증사업자가 같은 조 제6호에 따른 인증서를 발급하는 용역. 다만, 공급받는 자가 사업자로서 세금계산서 발급을 요구하는 경우는 제외한다.

8. 법 제53조의2제1항 또는 제2항에 따라 간편사업자등록을 한 사업자가 국내에 공급하는 전자적 용역

9. 그 밖에 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 그 비거주자 또는 외국법인이 해당 외국의 개인사업자 또는 법인사업자임을 증명하는 서류를 제시하고 세금계산서 발급을 요구하는 경우는 제외한다. 5) 부가가치세법 제60조 【가산세】

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. 6) 소득세법 제17조 【배당소득】

① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금 2의2. 법인세법 제5조제2항 에 따라 내국법인으로 보는 신탁재산(이하 "법인과세 신탁재산"이라 한다)으로부터 받는 배당금 또는 분배금

3. 의제배당(擬制配當)

4. 법인세법에 따라 배당으로 처분된 금액

5. 국내 또는 국외에서 받는 대통령령으로 정하는 집합투자기구로부터의 이익

② 제1항제3호에 따른 의제배당이란 다음 각 호의 금액을 말하며, 이를 해당 주주, 사원, 그 밖의 출자자에게 배당한 것으로 본다.

1. 주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전, 그 밖의 재산의 가액(價額) 또는 퇴사ㆍ탈퇴나 출자의 감소로 인하여 사원이나 출자자가 취득하는 금전, 그 밖의 재산의 가액이 주주ㆍ사원이나 출자자가 그 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자의 금액에 전입함으로써 취득하는 주식 또는 출자의 가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액을 자본에 전입하는 경우는 제외한다.

  • 가. 상법 제459조제1항 에 따른 자본준비금으로서 대통령령으로 정하는 것
  • 나. 자산재평가법에 따른 재평가적립금(같은 법 제13조제1항제1호에 따른 토지의 재평가차액에 상당하는 금액은 제외한다) 7) 법인세법 제16조 【배당금 또는 분배금의 의제】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본이나 출자에 전입(轉入)함으로써 취득하는 주식등의 가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액을 자본에 전입하는 경우는 제외한다.

  • 가. 상법 제459조제1항 에 따른 자본준비금으로서 대통령령으로 정하는 것
  • 나. 자산재평가법에 따른 재평가적립금(같은 법 제13조제1항제1호에 따른 토지의 재평가차액에 상당하는 금액은 제외한다) 8) 법인세법 제17조 【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】

① 다음 각 호의 구분에 따른 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입(算入)하지 아니한다.

1. 주식발행액면초과액: 액면금액 이상으로 주식을 발행한 경우 그 액면금액을 초과한 금액(무액면주식의 경우에는 발행가액 중 자본금으로 계상한 금액을 초과하는 금액을 말한다). 다만, 채무의 출자전환으로 주식등을 발행하는 경우에는 그 주식등의 제52조제2항에 따른 시가를 초과하여 발행된 금액은 제외한다. 9) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 9-1) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외하며, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조제1항제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조제2항제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. 10) 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가
  • 가. 생략
  • 나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다 10-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 【비상장주식의 평가】

① 법 제63조제1항제1호나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(소득세법 제94조제1항제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 = 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.

1. 법 제67조 및 법 제68조에 따른 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행 중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등

2. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업·폐업 중인 법인의 주식등. 이 경우 법인세법 제46조의3, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다.

1.

  • 다. 사실관계 1) AAA 블록체인 부분의 지배구조도 및 사업자등록 내역은 아래와 같다.

2. 청구법인의 2018년 1기부터 2019년 2기까지의 과세기간에 대한 부가가치세 매출 신고내역은 아래와 같다. <표>

3. 청구법인은 영세율 부가가치세 신고시부가가치세법제24조제3항 및 같은 법 시행령 제33조제2항제1호에 따른 국내에서 외국법인에 제공하는 용역으로 보아 0의 세율을 적용하였다. <표>

4. 조사청은 청구법인이 신고한 영세율 매출 중 쟁점 용역거래에 대하여 영세율 적용을 부인하면서 청구법인이 신고한 영세율 매출 과세표준에 그대로 일반세율(10%)를 적용하고 세금계산서미발급가산세(2%)를 적용하여 부가가치세 과세 예고 통지를 하였다. <표>

5. 국세청 전산자료에 의하여 확인되는 2017년〜2020년 중 주식변동내역은 아래와 같다. <표> 6) 청구법인은 2018.12.31.현재 자본금과 주식발행초과금이 2017.12.31.현재 대비하여 각각 118,610,000원, 1,970,463,028원 증가하였고, 2018년 사업연도 법인세 신고시 주식발행초과액 1,973,870,000원을 채무면제이익으로 익금산입하는 세무조정을 하여 법인세 신고·납부하였다.

7. 청구법인은 2016.5.12. 개업하여 사업개시 3년 미만의 법인으로 상속세 및 증여세법제54조제4항제2호의 규정에 따라 비상장주식 평가시 순자산가치로만 평가하며, 조사청이 제출한 2018.11.30.현재 청구법인의 재무상태표는 아래와 같다(참고로 청구법인의 2016년 사업연도와 2017년 사업연도의 각사업연도 소득금액은 △111,873,433원, △604,492,775원으로 확인된다). <표>

8. 청구법인이 2018년 사업연도에 대한 법인세 신고시 제출한 표준대차대조표는 아래와 같이 확인된다. <표>

9. 청구법인이 이 건 과세전적부심사청구시 제출한 청구법인에 대한 주식가치평가보고서(2019.3월 작성) 중 주요내용은 아래와 같다.

10. 조사청의 청구법인에 대한 조사종결 보고서 중 쟁점과 관련된 조사내용은 아래와 같다. <그림>

  • 라. 판단

1. 쟁점 용역을 공급하고 수취한 대가를 공급대가로 보아야 하는지

  • 가) 관련 법리 부가가치세법제29조는 재화의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우 그 대가를 비롯한 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 보아야 한다고 규정하고 있다.
  • 나) 쟁점 용역에 대한 대가에 부가가치세가 포함되어 있는지에 대한 판단 청구법인은 II재단에 쟁점 용역을 공급하고 0의 세율을 적용하여 부가가치세 신고하였는바, 이는 쟁점 용역 거래시에 부가가치세를 납부할 의사가 없이 부가가치세가 제외된 금액으로 거래한 것이어서 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에 해당하지 아니한 것으로 보이고, 또한 거래상대방으로부터 부가가치세를 징수하지 못하였다 하여 그 수취한 대가가 공급가액에서 공급대가로 변경되지는 아니하므로 쟁점 용역에 대한 대가를 공급가액으로 보아 이 건 과세예고한 통지는 잘못이 없다고 판단된다.

2. 세금계산서 미발급 가산세 부과 대상인지

  • 가) 관련 법리 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다고 할 것이나(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두4089판결 등 참조), 세법상 가산세는 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다고 할 것이다(대법원 2007. 4. 26. 선고 2005두10545판결 등 참조).
  • 나) 쟁점 용역에 대하여 세금계산서 미발급 가산세를 부과하여야 하는지에 대한 판단 II재단이 청구한 과세전적부심사에서 II재단의 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정 회의가 청구법인 사무실에서 개최되고 II재단의 회계자료를 청구법인에서 보관하였다는 사실이 확인되므로 청구법인으로서는 II재단의 실질적 관리장소가 국내인 내국법인인 사실 및 쟁점 용역거래가 국내거래라는 사실을 충분히 인식할 수 있었다고 보여지고, II재단이 사업자등록을 하지 않았다고 하더라도 세금계산서를 교부할 수 없는 정당한 사유로 인정되기는 어려우므로 쟁점 용역에 대하여 세금계산서 미발급 가산세를 과세하겠다는 이 건 통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 쟁점 출자전환 당시 발행가액이 시가에 해당하는지

  • 가) 관련 법리 법인세법 시행령제89조는 주식에 대한 시가의 범위를 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격,상속세 및 증여세법규정을 준용하여 평가한 가액으로 규정하고 있고, 상속세 및 증여세법 시행령제54조제4항은 비상장주식에 대한 평가에 있어 사업개시 후 3년 미만의 법인의 경우 주식의 평가는 순자산가치에 따르도록 규정하고 있다.
  • 나) 쟁점 출자전환 발행가액이 시가에 해당하는지에 대한 판단 청구법인의 쟁점 출자전환 당시 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 없으므로 상속세 및 증여세법제63조 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 평가하여야 하고, 청구법인의 사업개시일은 2016.5.12.이고 쟁점 출자전환일은 2018.12.21.이므로 쟁점 출자전환 당시 청구법인은 사업개시 후 3년 미만인 경우에 해당하므로 청구법인의 주식을 평가함에 있어서 순자산가치로만 평가하여야 하며, 조사청이 제출한 청구법인의 재무상태표에 의하면 쟁점 출자전환 당시 청구법인의 순자산가치는 0으로 확인되므로 조사청이 쟁점 출자전환 발행가액을 시가로 보지 아니하고 이 건 과세예고한 통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)