외국환은행장이 발급한 쟁점구매확인서를 근거로 재화를 공급하였고, 조세회피 목적으로 쟁점거래처와 공모하여 쟁점구매확인서를 발급받았다고 볼 수 없으므로 영세율 적용을 배제하여 부가가치세를 과세예고한 통지는 잘못이 있음
외국환은행장이 발급한 쟁점구매확인서를 근거로 재화를 공급하였고, 조세회피 목적으로 쟁점거래처와 공모하여 쟁점구매확인서를 발급받았다고 볼 수 없으므로 영세율 적용을 배제하여 부가가치세를 과세예고한 통지는 잘못이 있음
이 건 과세전적부심사청구는 채택결정합니다.
0.
00. 설립된 국내 유일의 AAA 및 BBB 제조 전문기업이다.
2. 18.부터 2021.
5. 27.까지 청구법인의 2016 사업연도부터 2018 사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하고, 청구법인이 수출업자 등에게 판매한 BBB 중 일반세금계산서 발행분(약 30%)에 해당하는 쟁점거래처에 대한 AAA 판매량은 허위 내지 하자 있는 구매확인서를 근거로 영세율을 부당하게 적용하였다고 보아 2021.
6.
15. 청구법인에게 부가가치세 2016. 1기 0,000,000,000원, 2016. 2기 0,000,000,000원, 2017.1기 0,000,000,000원, 2017.2기 0,000,000,000원(합계 0,000,000,000원)을 과세할 예정으로 세무조사결과를 통지하였다.
6.
30. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.
6.
11. 선고 2003두3642 판결로 확정된 부산고등법원 2003.
3.
28. 선고 2002누4464 판결에서는, 부가가치세법상 영세율 적용대상이 되기 위하여 공급되는 재화가 실제로 수출되어야 할 것을 부가가치세법령이 요구하고 있지 아니하고, 같은 법 기본통칙 11-24-9(現 집행기준 21-31-8➇)에 의하더라도 구매확인서에 의하여 공급하는 재화는 공급된 이후 당해 재화를 수출용도에 사용하였는지의 여부에 불구하고 영세율을 적용한다고 규정하고 있으므로, 사업자가 공급한 물품이 실제로 수출되었는지 여부는 영세율의 적용 여부에 영향을 미칠 수 없다고 판시하였다. 5) 위와 같은 부가가치세법 규정, 관련 유권해석 및 판례의 내용에 비추어 볼 때, 쟁점구매확인서상 AAA의 구매물량과 2차 구매확인서로 공급하는 BBB에 사용된 AAA의 물량이 불일치하고, 이에 따라 구매된 AAA 중 일부가 실제로 수출제품에 사용되지 아니하였다고 할지라도 적법하게 발급된 쟁점구매확인서상 AAA의 구매물량 전체에 대하여 영세율이 적용됨이 타당하다고 할 것이다.
6.
30. 선고 2010두8577 판결 등)에서는 재화의 공급자가 구매자와 공모하여 허위의 구매확인서를 발급받았다거나 구매승인서의 발급에 하자가 있음을 알면서도 영세율을 적용하여 판매한 경우, 구매자가 수출을 목적으로 하지 아니하고 국내에 판매함으로써 조세를 포탈할 의도 하에 하자 있는 구매확인서를 이용하는 사정을 알면서도 이를 묵인하는 경우 등 부가가치세의 징수질서를 해하는 특별한 사정이 있는 경우에는 영세율의 적용을 받지 못한다는 입장을 취하고 있으며, 허위업체를 통해 조세포탈을 목적으로 공모하여 부가가치세를 탈루하고, 구비서류 불비 또는 허위의 구비서류로 구매확인서를 발급받은 경우에 한하여 구매확인서 및 영세율 제도를 악용한 것으로 인정하고 있다. 또한, 최근 하급심 판례(서울행정법원 2020.
4.
21. 선고 2019구합65283 판결)에서는 구매확인서의 발급에 하자가 존재한다 하더라도 구매확인서는 산업통상자원부 장관으로부터 권한위임을 받은 외국환은행장이 관련 법령에 따른 요건 심사 후 발급한 것이고, 이와 같이 발급된 구매확인서의 효력을 부인하고 해당 거래에 대해 영세율 세금계산서가 아닌 일반 세금계산서를 발급할 것을 기대하기는 어려운 바, 이와 같이 하자 있는 행정행위를 신뢰하여 영세율 세금계산서를 발급하였다는 사정만으로는 과세표준 양성화를 저해하거나 조세행정 상 협력의무를 다하지 않았다고 볼 수 없고, 부정행위를 통해 조세를 회피하려는 의도나 목적이 있었다고 볼 수도 없다고 판단하였다. 2) 통지관서는 청구법인이 실제 수출에 사용되지 아니한 AAA 물량에 대하여도 영세율 세금계산서를 발급함으로써 부가가치세를 탈루하였다고 주장한다. 가) 그러나 부가가치세법에서는 구매확인서에 의하여 공급된 재화가 실제 수출에 사용되지 아니하는 경우 해당 영세율 공급자에게 소급하여 부가가치세를 납부하게 하는 것이 아니라 이후 거래단계에서 부가가치세를 부담하게 함으로써 일반 세금계산서를 통해 공급받는 경우와 동일하게 조세수입을 확보할 수 있도록 하고 있는바, 이는 설령 구매확인서에 따른 영세율을 적용한 이후 해당 구매물량이 실제 수출물량과 일부 불일치하더라도 이후 거래단계에서 부가가치세가 거래징수됨으로써 영세율 세금계산서 발급에 따른 조세일실의 위험이 전혀 발생하지 않기 때문이다. 나) 조세심판원에서도 이와 같은 취지로 공모사실 등이 없이 구매확인서에 의하여 공급한 재화가 공급된 이후 단지 수출용도에 사용되지 아니하였다는 이유만으로 영세율 적용을 배제하기는 어렵다고 판단하면서, 내수용으로 판매하고 부가가치세를 신고ㆍ납부함으로써 세수일실이 발생하지 아니하였다는 점을 판단 근거 중 하나로 보고 있는바(조심 2010중2261, 2011.10.20.), 구매확인서에 의하여 공급한 재화에 대해서는 수출장려 목적 등의 취지를 고려하였을 때 실제 수출용도로 사용되지 않았더라도 이후 거래단계에서 정상적으로 부가가치세가 신고, 납부되는 경우 조세탈루가 없는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. 3) 그렇다면 지금까지 살펴본 바와 같이, i) 청구법인은 공모를 통해 허위의 구매확인서를 발급받은 것도 아니거니와 구매승인서의 발급에 하자가 있음을 알면서도 영세율을 적용한 것도 아니라는 점, ii) 청구법인은 당초부터 조세를 포탈할 의도가 있었던 것이 아니며, 전 단계 매입세액공제법을 취하고 있는 부가가치세법의 체계상 영세율 세금계산서의 발급에 따른 조세일실도 전혀 발생하지 아니한다는 점, iii) 무엇보다도 청구법인은 지난 수 십 년간 부가가치세법 집행기준 및 대외무역법령에 따른 구매확인서 발급절차를 신뢰하고 어떠한 악의적 의도도 없이 영세율 거래를 해 왔고, 설령 쟁점구매확인서에 하자가 있다고 하더라도 이는 그 발급에 책임이 있는 외국환은행장의 하자 있는 행정행위에 불과할 뿐, 이에 대한 귀책사유를 청구법인에게 돌릴 수는 없다는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점구매확인서 및 그에 따른 영세율 세금계산서 발급 과정에 있어 부가가치세의 징수질서를 해하였다고 보기는 어렵다고 할 것인바, 쟁점구매확인서상 AAA의 구매물량 중 AAA 추정소요물량을 초과하는 물량에 대하여 영세율 적용을 배제하고 그에 따른 거래징수 미이행분에 대하여 과세하는 것은 부당하다고 할 것이다.
6. 11 선고 2003구3642 판결 참조)하고 있다.
9. 11 외 다수)하고 있는 바, 청구법인은 구매확인서 발급절차상 허위 내지 하자가 있었으며, 수출이 되지 않음을 사전에 알고 있었으므로 쟁점구매확인서에 따른 재화의 공급 시 영세율이 적용될 수 없다. 4) 청구법인은 조세포탈의 의도가 없었으며, 결과적으로 조세일실이 발생하지 않았으므로 하자있는 구매확인서라고 하더라도 영세율이 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나, 대법원은 ‘재화의 공급자가 구매자와 공모하여 허위의 구매확인서를 발급받았거나 구매확인서의 발급에 하자가 있음을 알면서도 영세율을 적용하여 판매한 경우, 구매자가 수출을 목적으로 하지 아니하고 국내에 판매함으로써 조세를 포탈할 의도 하에 하자 있는 구매확인서를 이용하는 사정을 알면서도 이를 묵인하는 경우 등 부가가치세의 징수절차를 해하는 특별한 사정이 있는 경우에는 영세율의 적용을 받지 못한다’고 판시(대법원2003두3642, 2004.06.11. 참조)하고 있는 바, 앞서 기재한 내용은 예시규정에 해당하는 것으로 조세포탈에 해당하지 않으므로 영세율이 적용되어야 한다는 청구법인의 주장은 해당 판례를 오인하여 해석한 것으로 이유 없으며, 부가가치세는 재화 또는 용역이 어떠한 형태이든 독립된 경제거래의 대상이 될 때에 과세함으로써 각 유통단계마다 모두 과세하는 다단계 거래세로 청구법인이 납부하여야 할 부가가치세를 쟁점거래처에 전가한 것에 해당하며, 이는 부가가치세의 근간인 적법한 세금계산서 수수행위를 부정하는 것이다.
① 재화의 공급이 수출에 해당하면 그 재화의 공급에 대하여는 30조에도 불구하고 영(零) 퍼센트의 세율(이하 "영세율"이라 한다)을 적용한다.
② 제1항에 따른 수출은 다음 각 호의 것으로 한다.
1. 내국물품(대한민국 선박에 의하여 채집되거나 잡힌 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것
2. 중계무역 방식의 거래 등 대통령령으로 정하는 것으로서 국내 사업장에서 계약과 대가 수령 등 거래가 이루어지는 것
3. 기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 재화[금지금(金地金)은 제외한다]를 공급하는 것 등으로서 대통령령으로 정하는 것 1-1) 부가가치세법 시행령 제31조 【수출의 범위】
② 법 제21조제2항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 재화를 말한다.
1. 사업자가 기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화(금지금은 제외한다) 1-2) 부가가치세법 시행규칙 제21조 【내국신용장 등의 범위】 법 제21조제2항제3호와 영 제31조제2항제1호 및 제33조제2항제4호에서 "기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서"란 다음 각 호의 내국신용장 또는 구매확인서를 말한다.
2. 구매확인서: ｢대외무역법 시행령｣ 제31조 및 제91조제11항에 따라 외국환은행의 장이나 전자무역기반사업자가 제1호의 내국신용장에 준하여 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 25일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다) 이내에 발급하는 확인서 2) 대외무역법 제18조 【구매확인서의 발급 등】
① 산업통상자원부장관은 외화획득용 원료ㆍ기재를 구매하려는 자가 ｢부가가치세법 ｣ 제24조에 따른 영(零)의 세율을 적용받기 위하여 확인을 신청하면 외화획득용 원료ㆍ기재를 구매하는 것임을 확인하는 서류(이하 "구매확인서"라 한다)를 발급할 수 있다. 2-1) 대외무역법 시행령 제31조 【구매확인서의 신청ㆍ발급 등】
① 법 제18조제1항에 따른 구매확인서를 발급받으려는 자는 구매확인신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 산업통상자원부장관에게 제출하여야 한다.
1. 구매자ㆍ공급자에 관한 서류
2. 외화획득용 원료ㆍ기재의 가격ㆍ수량 등에 관한 서류
3. 법 제16조제1항에 따른 외화획득용 원료ㆍ기재라는 사실을 증명하는 서류로서 산업통상자원부장관이 정하여 고시하는 서류
② 산업통상자원부장관은 제1항에 따른 신청을 받은 경우 신청인이 구매하려는 원료ㆍ기재가 제26조에 따른 외화획득의 범위에 해당하는지를 확인하여 발급 여부를 결정한 후 구매확인서를 발급하여야 한다. 2-2) 대외무역관리규정 제2조【정의】 이 규정에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
18. "구매확인서"란 외화획득용 원료·기재를 구매하려는 경우 또는 구매한 경우 외국환은행의 장 또는 ｢전자무역 촉진에 관한 법률｣ 제6조 에 따라 산업통상자원부장관이 지정한 전자무역기반사업자(이하 "전자무역기반사업자"라 한다)가 내국신용장에 준하여 발급하는 증서(구매한 경우에는 구매확인서 신청인이 세금계산서를 발급받아 ｢부가가치세법 시행규칙｣ 제9조의2 에서 정한 기한 내에 신청하여 발급받은 증서에 한한다)를 말한다. 2-3) 대외무역관리규정 제36조【구매확인서의 신청서류】
① 영 제31조제1항제1호 및 제2호에 규정한 서류는 구매확인서를 발급받으려는 자가 별지 제13호 서식에 의한 외화획득용원료․기재구매확인신청서(이하 "구매확인신청서"라 한다)를 ｢전자무역 촉진에 관한 법률｣ 제12조 에서 정하는 바에 따른 전자무역문서로 작성하여 외국환은행의 장 또는 전자무역기반사업자에게 제출하는 경우 첨부한 것으로 본다.
② 영 제31조제1항 제3호에 규정한 "외화획득용 원료․기재라는 사실을 증명하는 서류"란 다음 각 호의 어느 하나를 말한다.
2. 수출계약서(품목·수량·가격 등에 합의하여 서명한 수출계약 입증서류)
3. 외화매입(예치)증명서(외화획득 이행 관련 대금임이 관계 서류에 의해 확인되는 경우만 해당한다)
6. 수출신고필증(외화획득용 원료·기재를 구매한 자가 신청한 경우에만 해당한다)
7. 영 제26조 각 호에 따른 외화획득에 제공되는 물품등을 생산하기 위한 경우임을 입증할 수 있는 서류 2-4) 대외무역관리규정 제37조【구매확인서의 발급신청 등】
① 영 제31조에 따라 국내에서 외화획득용 원료·기재를 구매하려는 자 또는 구매한 자는 외국환은행의 장 또는 전자무역기반사업자에게 구매확인서의 발급을 신청할 수 있다.
② 구매확인서를 발급받으려는 자는 구매확인신청서를 ｢전자무역 촉진에 관한 법률 ｣ 제12조에서 정하는 바에 따른 전자무역문서로 작성하여 외국환은행의 장 또는 전자무역기반사업자에게 제출하여야 하고, 제36조 제2항 각호의 어느 하나에 해당하는 서류를 동법 제19조에서 정하는 바에 따라 제출하여야 한다.
④ 외국환은행의 장 또는 전자무역기반사업자는 제1항에 따라 신청하여 발급된 구매확인서에 의하여 2차 구매확인서를 발급할 수 있으며 외화획득용 원료·기재의 제조·가공·유통(완제품의 유통을 포함한다)과정이 여러 단계인 경우에는 각 단계별로 순차로 발급할 수 있다.
⑥ 영 제31조제2항에 규정한 "외화획득의 범위에 해당하는지를 확인"이란 외국환은행의 장 또는 전자무역기반사업자가 구매확인서 발급 신청인으로부터 제36조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류를 확인하는 것을 말한다.
4. 다툼없는 사실 청구법인이 유틸리티 공급 및 기타서비스 용역계약에 따라 쟁점거래처의 BBB 생산․판매, 무역, 회계, 세금계산서 및 구매확인서 발급 등 제반업무를 수행하고, 쟁점구매확인서가 2차 구매확인서 금액 범위 내에서 발급된 사실에 대해서는 청구법인과 통지관서 간에 다툼이 없다. 5) 일반세율 적용대상 AAA 공급량 산정(통지관서) 통지관서가 제출한 심리자료에 따르면, 청구법인이 쟁점거래처에 판매한 AAA 공급량 중 일반세율 적용대상 공급량을 산정한 계산방식은 다음과 같다. 가) 쟁점거래처는 BBB 제조업체로 BBB의 수요량이 공급량보다 많은 경우 해외에서 BBB(상품)을 수입하여 청구법인을 통해 수출업자 등에게 공급(영세율 적용)한바, 청구법인이 발급받은 1차 구매확인서상 영세율 판매량 중 위 상품판매량을 제외하면 청구법인이 영세율로 판매한 BBB 제품판매량(쟁점거래처 직접 생산)이 계산된다. <표> 1차 구매확인서상 BBB(제품) 판매량(생략) 나) BBB 제조공정에 소요되는 원재료 및 원재료 투입량, 실제 BBB의 생산수율을 바탕으로 BBB 제품에 투입되는 AAA의 원재료 소요량, 청구법인의 AAA 공급량 및 일반세율 적용대상 공급량을 계산하였다. <표> BBB 1ton 생산을 위한 실제 원재료 소요량(생략) <표> 영세율 AAA소요량 및 AAA공급량 차이(일반세율 적용대상)(생략) 6) 통지관서 의견에 대한 청구법인의 항변 가) BBB 구매확인서상 구매금액만을 기준으로 쟁점구매확인서가 발급되었다는 점을 들어 쟁점구매확인서가 기망행위를 통해 발급받은 하자 있는 것이라는 통지관서 의견에 대하여 (1) 구매확인서의 발급 요건 및 절차를 규정하고 있는 대외무역관리규정의 법문상, 구매확인서 발급신청자는 구매확인신청서에 원구매확인서상 구매금액의 범위 내에서 구매하고자 하는 해당 원료의 구매금액, 단위, 수량을 기재하여, 해당 구매가 외화획득의 범위에 해당하는지를 확인할 수 있는 원신용장 또는 원구매확인서 등의 증빙서류를 함께 제출하기만 하면 그에 기하여 순차적으로 구매확인서를 발급받을 수 있다. (2) 한편, 대외무역관리규정 어디에도 구매하고자 하는 원료의 물량이 실제 수출제품에 사용될 원료의 물량과 일치하여야만 구매확인서가 발급될 수 있다는 규정은 존재하지 아니하고, 나아가 구매확인서에 의하여 공급한 원료의 실제 수출 여부를 사후관리 하여야 한다는 규정도 없다. (3) 외화획득용 원료의 구매와 관련한 사후관리 사항은 오로지 구매확인서를 발급받은 자(구매자)가 해당 원료를 실제 구매하였는지 여부이며(대외무역법 제18조 제2항), 이는 구매확인서 발급 건에 대하여 대금지급정보와 세금계산서정보를 제출함으로써 이루어진다. (4) 또한 지식경제부(현 기획재정부)에서 2012.
11. 발간한 대외무역법유권해석사례집을 살펴보면, 구매확인서 발급금액의 한도는 구매확인서상 수출용 재화에 소요되는 수량이 아닌 외화획득 금액의 한도 내에서 발급가능한 것으로 회신한 바 있다. 즉, 이에 따르면 수출업체가 발급한 1차 구매확인서의 금액의 한도 내에서 발급한 2, 3차 구매확인서의 발급은 대외무역법상 정당한 구매확인서이다. (5) 그렇다면 위와 같은 대외무역관리규정의 내용 등을 종합하여 볼 때, 1차 구매확인서에 의하여 청구법인이 수출업자에게 공급할 BBB이 수출용 원료임이 확인되었고, 이에 근거하여 쟁점거래처가 청구법인에게 원 구매확인서의 범위 내에서 2차 구매확인서가 발급되었으며, 이에 근거하여 청구법인이 쟁점거래처에 BBB의 원재료인 AAA 공급을 목적으로 발급받은 쟁점구매확인서도 2차 구매확인서의 금액 범위 내에서 발급된 이상, 쟁점구매확인서는 규정에 따라 수출금액의 범위 내에서 정상적으로 발급된 구매확인서에 해당되는 것이다. 나) 청구법인은 BBB이 일반세율로 공급되는 시점, 공급가액 등을 AAA 공급시점에 정확히 안다는 것은 불가능하므로, 쟁점구매확인서에 하자가 있다는 통지관서 의견은 타당하지 않다. (1) 통지관서는 청구법인이 쟁점거래처의 업무를 대행하고 있어 AAA 공급량 중 일정량은 일반세율로 공급될 BBB의 원재료로 사용될 것을 알고 있었음에도 이를 고려하지 않고 1차 구매확인서 금액 범위 안에서 발급받은 구매확인서에 하자가 있다고 주장한다. 그러나 이 주장에 타당성이 있기 위해서는 ‘알고 있었다’라는 것은 적어도 원재료인 AAA 공급시점에 일반세율로 발행해야할 공급가액을 특정할 수 있을 정도로 알 수 있어야 한다고 봄이 타당한 바, 단순히 그러한 사건이 존재함을 안다는 사정만으로 납세자가 관련 구매확인서의 효력을 부인당하고 세무상 불이익을 받는다는 것은 불합리하다. (2) 통지관서의 주장과 달리 청구법인이 AAA 공급량 중 일정량은 외화획득용이 아닌 일반세율로 공급될 BBB의 원재료로 사용될 것임을 ‘알 수 없었다’는 이유는 다음과 같다. (가) 청구법인의 BBB 공급은 구매기업의 의사에 의해 계속적으로 사용되고 합의된 시점마다 정산하므로 사전에 그 공급량을 정확히 알 수 없다. 청구법인이 BBB 구매기업과의 계약서상 공급물량은 BBB 구매기업이 필요한 전량을 공급하도록 명시되어 있고, BBB은 배관을 통해 자율적으로 사용한 뒤 매월 공급량을 정산하여 구매확인서를 발급받고 세금계산서를 발급하므로 매월 BBB의 공급량은 구매기업의 의사에 따라 사후적으로만 확인되는 것이어서 쟁점거래처의 모든 업무를 위탁대행하는 청구법인으로서도 원재료인 AAA 공급 시에 제품인 BBB이 구매확인서로 공급될 수량을 파악할 수 있다는 것은 물리적으로 불가능하다. 즉, 공급된 AAA은 BBB로 제조되어 모두 구매확인서에 의해 공급될 수도 있고 그렇지 않을 수도 있는 것이며, 이는 청구법인의 거래구조상 사후적으로만 BBB의 제조 수율에 의해 수량 추정이 될 뿐, 그 수율 또한 오차가 존재하여 정확하다고 볼 수 없다. (나) 공급된 AAA은 액체상태인 BBB로 제조된 후 다양한 방법으로 저장되어 공급되므로, 원재료의 공급시점과 제품의 공급시점 간 정확한 대응이 불가능하다. BBB은 생산 즉시 판매되는 것이 아니고, 다양한 방법(사내저장탱크, 사외저장탱크, 탱크로리, 배관 등)으로 액체상태의 재고로 존재하게 되는 바, 설령 당월에 공급될 BBB의 일반세율분과 영세율분의 수량을 사전에 알 수 있다고 하더라도 해당 BBB 제조에 소요된 AAA이 언제 공급된 AAA인지 여부를 파악하여 각 단가를 고려하는 것은 사실상 불가능하다. (다) 통지관서 또한 AAA 공급 시 일반세율로 공급되어야 할 과세금액 산출에 있어서 관련법령, 판례나 유권해석에 근거 없이 상당한 추정을 반영하여 산출하였는바, 이러한 사실이 오히려 청구법인이 AAA공급에 있어서 일반세율 분을 합리적으로 예측할 수 없었음을 반증하는 근거라고 할 것이다.
① 통지관서는 BBB 공급분 중 30%가 일반세금계산서 발행분임을 주장하나, 실제 비율은 2016년 31.5%(658억원), 2017년 26.7%(596억원)으로 차이가 있으며, 매 세금계산서 발행시점에는 더욱 오차가 발생함에도 불구하고 마치 청구법인이 모든 공급량을 사전에 알 수 있는 것처럼 단정하였다. 통지관서가 실제 과세되어야 할 물량으로 제시한 일반세금계산서 발행대상 AAA 공급량을 살펴보면 해당 수량은 ① 해당 월의 BBB 판매량을 기준으로 환산한 AAA의 수량과 BBB 생산을 위해 공급된 AAA 수량의 차이로 계산한 추정치(당월 판매제품은 모두 당월에 공급된 원재료에 의해 생산되었음을 가정한 추정치)에 불과하며, ② 이러한 논리로 계산된 2017.
6. AAA 공급분은 일반세금계산서로 발행해야할 공급가액이 음수가 도출되어 해당 추정치에 논리적 오류가 존재함을 알 수 있다.
② 위와 같이 청구법인은 AAA공급시점에 제조될 BBB이 언제, 얼마만큼 일반세율로 공급될 것을 정확히 알 수 없고, 단순히 일반세율로 공급될 수 있다는 것을 인지한 사정만으로 쟁점구매확인서 발급에 하자가 있다고 볼 수는 없다. 다) 청구법인이 1차 구매확인서를 통해 공급되는 BBB의 수량을 사후적으로 알 수 있다는 사정만으로 구매확인서에 의하여 외화획득용 원료를 공급하는 수많은 다른 업체들과 달리 실제 수출되지 아니한 물량에 대하여 과세하는 것은 명확한 법적 근거가 없는 명백한 차별에 해당한다. (1) 앞서 살펴본 바와 같이, 부가가치세법상 영세율 적용을 위해 구매확인서에 의하여 공급하는 재화가 실제로 수출되어야 할 것을 요구하고 있지 아니하고, 부가가치세법 집행기준에서도 명시적으로 구매확인서에 의하여 정당하게 공급된 경우에는 해당 재화를 수출용도에 사용하였는지의 여부에 관계없이 영세율이 적용된다고 정하고 있으며, 부산고등법원 판결에서도, 위 부가가치세법 집행기준 등을 근거로 사업자가 공급한 물품이 실제로 수출되었는지 여부는 영세율의 적용 여부에 영향을 미칠 수 없다고 판시하고 있다. (2) 또한, 대전지방법원 2015. 11.18. 선고 2014구합104093판결(대법원 2017.
1.
12. 선고 2016두49679 판결로 확정)에서는, 내국신용장 또는 구매확인서에 의한 국내 거래에 영세율을 적용하는 취지는 수출의 전 단계 거래이거나 실질적으로 수출과 다를 바 없는 거래로 일단 과세하고 다시 환급하는 번거로움을 피하고, 그 결과 수출업자 등의 원자재 구매가 용이해지게 되어 수출지원을 위한 것으로, 재화 공급 시 내국신용 장 또는 구매 확인서를 요구하는 것은 수출사실의 확인에 있는 것이 아니라 수출에 사용될 재화의 공급이라는 것을 확인하기 위한 것이고, 따라서 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화는 공급된 후에 공급받은 자가 수출에 사용하지 않고 국내에 판매한다 할지라도 이미 적용된 영세율에는 영향을 미치지 아니한다고 판시하였다. (3) 위와 같은 법령 및 판례의 내용을 종합하면, 구매확인서에 의한 거래에 대하여는 해당 거래 재화가 실제 수출되었는지 여부에 관계없이 영세율을 적용함으로써 과세절차상의 번거로움을 피하고 수출원자재 거래를 지원할 수 있도록 하는 것이며, 그렇게 하더라도 결과적으로 조세일실이 발생하지 아니하기 때문에 실제 수출 여부는 아무런 문제가 되지 않는 것이다. (4) 통지관서는 청구법인이 BBB 구매기업으로부터 수령한 1차 구매확인서가 수출제품 제조 시 BBB 원재료 소요량이 계산된 구매확인서라고 주장하나, 통지관서의 주장과 달리 BBB 구매기업 또한 청구법인과 같이 수출, 내수 구별 없이 제품 제조에 필요한 BBB 전체 물량에 대하여 수출실적을 근거로(수출 금액이 범위 내에) 구매확인서를 발급하고 있으며, BBB 구매기업 뿐만 아니라 대부분의 업체가 수출금액 또는 원 구매확인서 금액 범위 내에 구매확인서를 발급하고 있음에도 청구법인의 경우에만 쟁점구매확인서를 인정하지 않고 영세율 적용을 배제해야한다는 주장은 부당하다. 라) 구매확인서에 의한 외화획득용 원료의 거래 관행 및 관련부처의 유권해석, 구매확인서 발급에 대한 최종적인 권한 및 주의의무를 부담하는 외국환은행의 역할 등을 고려하였을 때, 청구법인이 쟁점구매확인서를 발급받아 영세율로 공급한 사실이 공모에 의한 기망행위라고 보는 것은 부당하다. (1) 실무적으로도 대부분의 구매확인서에 의한 거래에 있어 실제 수출 물량을 정확히 따져 한 치의 오차도 없이 구매확인서를 발급받는 것이 아니라, 수출금액 내에 들어오는 구매물량 전체에 대하여 구매확인서를 발급받고 있고, 이는 실제 수출 여부와 관계없이 적법한 구매확인서로 인정된다. 청구법인도 1차 구매확인서의 금액 범위 내에서 공급한 AAA 물량 전체에 대하여 구매확인서를 발급받아 공급하였는데, 이러한 구매확인서를 발급받아 공급하게 된 경위는 다음과 같다. (가) 구매확인서는 수출금액 또는 전 단계의 구매확인서 금액 한도 내에서 발급가능한 것이 대외무역법 유권해석에 따른 정론이며, 2011년부터 구매확인서는 KTNET 발급시스템에 따라 전자적으로만 발급가능한데, 해당 시스템에서도 전 단계의 구매확인서 금액 한도 내에서 자유롭게 구매확인서 신청 및 발급이 가능하도록 되어 있어 산업계 관행상 수출금액 또는 원구매확인서의 금액 범위 내에 구매확인서를 발급하고 있다(청구법인은 AAA의 원료를 구매함에 있어서도 매입물량 전체에 대하여 구매확인서를 발급하고 구매처로부터 100% 영세율로 공급받은 바 있음). (나) 청구법인이 공급하는 AAA이 BBB로 제조되는 즉시 모두 판매되는 것이 아니며, 원재료가 투입되고 제품으로서 판매되는 시점 간의 차이, BBB의 재고량, 통지관서가 제시하는 수율과 화학제품 특성상의 오차 등을 고려하면, 청구법인이 쟁점거래처의 업무를 대행하고 있다 하더라도 AAA 공급 시점에 이를 원재료로 제조되는 제품이 국내 판매분인지, 구매확인서에 의한 공급분인지 명확히 파악하여 일반세율이 적용되는 공급가액을 특정하기 어렵다. (다) 청구법인과 쟁점거래처의 거래구조상, 청구법인이 쟁점거래처에 AAA을 구매확인서에 의해 영세율로 공급하더라도 BBB을 국내에 공급하는 경우 쟁점거래처는 청구법인으로부터 부가가치세를 거래징수하여 납부하게 되어(영세율 적용으로 매입세액공제는 없음) 조세일실이 없고, 청구법인이 쟁점거래처에 일반세율로 공급하더라도 쟁점거래처는 이를 매입세액공제 받고 청구법인으로부터 부가가치세를 거래징수하여 납부하게 되어 이 또한 국가 입장에서 동일한 조세수입을 실현할 수 있는 바, 청구법인의 입장에서는 어느 방법으로도 상대적인 이점이 없다. (라) 구매확인서에 의하여 정당하게 공급된 경우에는 해당 재화를 수출용도에 사용하였는지의 여부에 관계없이 영세율이 적용된다는 부가가치세법 집행기준을 신뢰하여 과거부터 일관성 있게 부가가치세 신고 ․ 납부를 이행해 왔다. (마) 과거 수차례 세무조사 시 청구법인이 100% 영세율로 공급하는 건에 대하여 영세율 적용이 타당한지 여부에 대한 검토가 이루어졌으나, 그 때마다 정당한 구매확인서에 의해 공급되어 영세율 적용에 문제가 없다는 답변을 받고 과세되지 않아왔던 점 등에 근거하여 1차 구매확인서의 금액 범위 내에서 공급한 AAA 물량 전체에 대하여 구매확인서를 발급받아 공급해 왔다. (2) 통지관서는 청구법인이 쟁점거래처의 업무대행 용역을 제공한 사실을 이유로 공모하였다고 주장하나, 공모의 구체적인 증거 또는 정황을 제시하지 못하고 있고, 청구법인 입장에서는 공모에 의해 영세율을 적용받을 유인도 존재하지 않는다. 또한, 소요량을 고려하지 않는 금액 범위 내로 구매확인서를 발급받은 사실이 기망행위라는 주장도 마찬가지인데, 대외무역법 등 관계법령 어디에도 수출량을 기준으로 환산한 원재료 소요량을 한도로 구매확인서를 발급해야한다는 내용이 전혀 없으므로 관련 부처의 유권해석 및 전자발급시스템상 발급 가능한 범위 내에서 발급한 행위를 기망행위로 단정한다면, 기업이 신뢰해야할 행위의 기준은 도대체 어디에 있는지 의문이고, 이러한 논리라면 구매확인서를 발급받고 영세율을 적용하는 대부분의 기업은 기망행위를 통해 영세율을 적용받고 있다고 보아야 할 것이다. (3) 더욱이 서울중앙지방법원 2009.
6.
17. 선고 2006가합75301 판결에서는, 구매한 물품을 수출하지 않으면서 부가가치세를 포탈할 의도 또는 거래상대방으로부터 부가가치세를 거래징수당하지 않을 의도 하에서 피고 은행들로부터 구매한 물품을 수출한다는 명목으로 구매승인서를 발급받은 다음 영세율의 적용을 받아 폴리에스터 원사 또는 금지금을 구매한 22개의 거래에 대한 부가가치세 부과처분 및 그에 대한 행정소 송과 관련하여, 구매확인서를 발급한 외국환은행들의 과실 인정 여부를 판단하고 있다. (가) 동 판례에 의하면, 피고 은행들은 대외무역관리규정에 근거하여 외국환은행으로서 구매승인서 발급 권한을 행사해왔고, 구매승인서 발급과정에서 외화획득용 물품 등으로 사용함을 증명할 수 있는 근거서류의 확인은 필수적인 절차이며, 대외무역관리규정에서 외국환은행장은 위 근거서류에 의하여 구매확인서를 발급할 수 있다고 명시적으로 규정하고 있는바, 피고 은행들은 구매승인서 발급 권한을 행사한 외국환은행으로서 구매승인서를 발급함에 있어 적어도 수출계약서 등의 근거서류를 확인하여야 할 업무상 주의의무를 부담한다고 봄이 상당하므로, 피고 은행들이 위와 같은 근거서류를 제대로 확인하지 않고 구매승인서를 발급한 경우에는 위와 같은 주의의무를 위반한 과실이 인정된다고 판시하였다. (나) 이처럼 외국환은행은 근거서류를 확인하여 구매확인서를 발급할 주의의무를 부담한다고 할 것인바, AAA 구매분 전부에 대하여 쟁점구매확인서를 발급한 것을 구매확인서의 하자라고 본다고 할지라도, 외국환은행은 쟁점구매확인서 발급 신청 시 첨부된 2차 구매확인서를 통하여 위 하자를 사전에 인지하고 구매확인서 발급을 거부하거나 보완을 요청할 수 있었음에도 아무런 저지 없이 쟁점구매확인서를 적법하게 발급하였다는 점에 비추어 볼 때 청구법인이 공모 또는 기망행위에 의하여 쟁점구매확인서를 발급받았다는 통지관서의 주장은 과도한 억측에 불과하다. 마) 통지관서가 존재하지도 않는 쟁점구매확인서의 하자를 문제 삼는 것은 대법원 판례를 무리하게 적용하여 쟁점구매확인서에 의한 AAA 공급에 대하여 영세율의 적용을 배제하기 위한 것으로 밖에 볼 수 없다. (1) 영세율을 적용받지 못하는 경우에 대하여 판시하고 있는 다수의 대법원 판례 (대법원 2011.
6.
30. 선고 2010두8577 판결 등) 의 판시내용을 살펴보면, 구매확인서에 의하여 공급하는 재화로서 부가가치세의 징수질서를 해하는 특별한 사정이 있는 경우에는 영세율의 적용을 받지 못하고, 영세율 적용에 관한 취지와 관계 법령에 비추어 볼 때 위 특별한 사정에는 i) 공모에 따른 허위 구매확인서를 발급받아 영세율 거래를 한 경우, ii) 구매승인서의 발급에 하자가 있음을 알면서도 영세율 거래를 한 경우, iii) 구매한 물품을 수출하지 아니하고 국내에 판매함으로써 조세를 포탈할 의도 하에 하자 있는 구매확인서를 이용하는 사정을 알면서도 이를 묵인하는 경우 등이 포함된다. (2) 청구법인의 경우 앞서 살펴본 바와 같이 공모 내지 기망행위에 의하여 쟁점구매확인서를 발급받은 것이 아니므로 위 i) 공모에 따른 허위 구매확인서 발급에 해당하지 않는다. 설령 구매확인서의 발급에 하자가 있다고 하더라도 그와 같은 하자 있는 행정행위를 신뢰하여 영세율 세금계산서를 발급하였다는 사정만으로는 과세표준 양성 화를 저해하거나 조세행정상 협력의무를 다하지 않았다고 볼 수 없고, 부정행위를 통 해 조세를 회피하려는 의도나 목적이 있었다고 볼 수도 없으므로(서울행정법원 2020.
4. 21. 선고 2019구합65283 판결), 청구법인에게 조세포탈의 의도가 있었다고 보기 어렵다. (3) 더욱이, 통지관서가 제시한 대법원 2008.
9.
11. 선고 2007두16554 판결에서는, 구매확인서에 의한 거래 직후 거래 당사자가 모두 휴 ․ 폐업 상태로 전환되었고, 해당 거래 이전에 동일한 형태의 거래에 대하여 과세관청으로부터 영세율 적용을 부인당하여 부가가치세 환급 거부 및 국내 거래에 관한 부가가치세를 추징당한 전력이 있으며, 대규모 거래행위에 비하여 거래 당시 회사의 설립과정, 자금사정, 거래경위 등이 석연치 않다는 사정이 있음에도, 이와 같은 사정만으로는 구매확인서 발급절차상의 하자가 있음을 알면서 거래하였거나 물건이 해외로 수출될 것이 아니라 국내에 유통될 것이라는 사정을 알고 있었다고 인정할 수 없다고 판단하고 있는바, 지난 수십 년간 아무 문제없이 부가가치세법 집행기준 및 대외무역법령에 따라 구매확인서를 발급받아 영세율 거래를 해오고 있는 청구법인이 위 ⅲ)의 조세를 포탈할 의도 하에 구매확인서의 하자를 묵인하는 경우에 해당한다고는 볼 수 없을 것이다. (4) 결국 통지관서는 청구법인이 위 ⅱ) 구매승인서의 발급에 하자가 있음을 알면서도 영세율 거래를 한 경우에 해당한다고 판단하기 위해 관련 법령상 요구하지도 아니하는 절차를 청구법인에게 강요하고 청구법인의 쟁점구매확인서에 의한 AAA 공급을 문제 삼고 있는 것이다. (5) 한편, 구매확인서에 의한 공급에 대하여 영세율을 배제하기 위한 위와 같은 특별한 사정은 과세요건사실의 존재와 조세부과처분의 적법성에 관한 입증책임을 부담하는 과세관청이 입증하여야 하는바(대법원 2008.6.12. 선고, 2007두15490 판결 등), 통지관서는 쟁점구매확인서에 의한 AAA 공급거래에 있어 청구법인이 부가가치세의 징수질서를 해하였다는 점에 대하여 명확히 입증하여야 한다. 앞서 살펴본 바와 같이 어떠한 조세일실도 발생하지 아니하였고, 청구법인이 부가가치세의 징수질서를 해하였다고 보기 어려운바, 그렇다면 통지관서가 존재하지도 아니하는 쟁점구매확인서의 하자를 문제 삼는 것은 위 대법원 판례를 무리하게 적용한 국고주의적 처사로밖에는 볼 수 없을 것이다. 7) 청구법인 항변에 대한 통지관서의 추가의견 가) 쟁점구매확인서는 허위 내지 하자있는 구매확인서이며, 청구법인은 쟁점구매확인서가 발급상 하자가 있었음을 사전에 알고 있었다. (1) 청구법인은 2차 구매확인서상 수출금액 이내로 쟁점구매확인서를 발급하였으므로, 정당한 구매확인서라고 주장하나, 순차적인 구매확인서 발급에 있어 전 단계 구매확인서의 범위 내에서 수출에 공하는 부분에 대해 구매확인서를 발급할 수 있다는 것이지 전 단계 구매확인서 금액 내에서 수출과 무관하게 구매확인서를 발급할 수 있다는 것은 아니다. (2) 쟁점거래처가 청구법인에 판매하는 BBB의 약 30%는 일반세금계산서 발행분이므로, 청구법인이 BBB의 원재료로 쟁점거래처에 공급하는 AAA의 약 30%도 일반세율로 세금계산서를 발행하여야 한다. (3) 쟁점구매확인서는 일반세율 판매분 약 30%를 포함하여 전체 AAA 판매분에 대해 발급되었으나, 2차 구매확인서는 영세율 판매분(약 70%)에 대해서만 발급된 것 이 며, 따라서 쟁점구매확인서의 약 30%는 2차 구매확인서가 없이 발급된 경우에 해당한다. (4) 그러므로 청구법인이 일반 세금계산서로 판매한 BBB의 수출 여부와는 무관하게 청구법인이 쟁점거래처에 판매한 약 30%의 AAA은 구매확인서가 존재하지 않는 것으로 영세율이 적용될 수 없으며, 해당 AAA은 수출에 공하는 원재료에 해당되지도 않는다. 나) 청구법인은 AAA의 약 30% 정도가 일반세율로 공급되고, 부가가치세 신고 시에는 공급시점 및 공급가액을 정확하게 인지하고 있었다. (1) 청구법인은 쟁점거래처에 공급하는 AAA에 대하여 매월 말 세금계산서를 발행하였으며, BBB 역시 매월 말 쟁점거래처가 청구법인에 발행한 세금계산서와 동일한 금액으로 구매기업에 발행하였다. (2) 청구법인은 1차 구매확인서를 다음 달 초 발급받고 2차 구매확인서와 쟁점구매확인서는 1차 구매확인서 발급받은 다음날 발급하거나 발급받고 있으며, 청구법인은 AAA 및 BBB을 공급 시마다 세금계산서를 발행한 사실이 없는바, 부가가치세 확정신고 시 정확한 금액으로 조정 가능할 뿐 아니라, 6개월 단위로 계산하여 정산하면 합리적인 결과를 도출할 수도 있다. (3) 일반적으로 회사가 작성․보관하는 자료는 신뢰성이 높은 자료로 과세처분의 근거로 활용할 수 있다. 통지관서가 계산한 수량 및 금액은 청구법인이 제출한 이론적 수율과 AAA 및 BBB의 월별 공급량을 근거로 계산하였고, 청구법인의 담당자와도 해당 결과를 공유하여 이론적으로 잘못된 점이 없다는 답변을 받았다. (4) 통지관서는 청구법인이 제출한 자료를 근거로 매월 BBB의 일반세금계산서 발행 비율로 AAA의 일반세금계산서 발행하여야 할 금액(약 30%)을 계산하였으며, 부가가치세의 과세기간은 6개월 단위이므로 정확한 금액을 산출할 수가 있다. 다) 청구법인 및 쟁점거래처의 구매확인서의 발급 신청 행위와 권한 있는 외국환은행장의 발급 행위는 별개의 사안으로, 승인권자(권한 있는 외국환은행장)가 시스템적 허점으로 하자있는 구매확인서를 인지하지 못하고 구매확인서의 발급을 승인을 했다고 하여 발급신청의 하자가 치유되는 것은 아니다 (1) 청구법인은 최초 구매확인서의 금액 전부 범위로 2차, 3차 구매확인서를 발급하는 것이 업체 관행이며 모든 회사가 동일한 방법으로 구매확인서를 발급한다고 주장하나 이는 사실과 다르다. (2) 실무적으로는 최초 구매확인서 금액의 범위 내에서 실제 수출에 공하는 부분에 대해서만 2차, 3차 구매확인서를 신청하여 발급받는 것이 일반적인 구매확인서 신청․발급 방법이다. 예를 들어 3가지 원재료를 국내에서 구매한 후 1가지 제품(a제품)을 제조하여 70%는 수출, 30%는 내수 판매하는 기업(A기업)을 가정할 경우, 3가지 원재료의 각 매입금액이 A기업이 제조하여 수출하는 a제품(생산품의 70%) 수출금액 범위 내에 있다고 하여 일반 내수 판매분(생산품의 30%)을 포함한 전체 매입금액에 대해 구매확인서를 신청하여 외국환은행장으로부터 구매확인서를 발급받는 경우는 없다. (3) 특수관계거래가 많은 일반적인 대기업들은 실무적으로 월별 결산하여 실제 수출에 공하는 부분을 확인하여 그 부분에 대해서만 영세율 세금계산서를 발행하고 구매확인서를 발급한다. (4) 청구법인이 예를 들고 있는 대외무역법 유권해석(지식경제부) 사례는 ‘수출에 공하는 물품의 가격상승 등으로 원자재 가격이 상승했다고 하더라도 전 단계 구매확인서의 한도 내에서 단계별 구매확인서를 발급해야 한다’는 내용으로 구매확인서의 기능을 강조한 경우에 해당하며 청구법인의 주장과는 전혀 다른 내용이다. 오히려 해당 유권해석에 따라 판단하면 쟁점구매확인서의 약 30%는 전 단계 구매확인서가 존재하지 않는 구매확인서로 쟁점구매확인서는 하자가 있는 구매확인서에 해당하는 것이다. (5) 일반적인 거래에서 정상적인 법인이 수출에 공하지 않는 원재료가 있음을 알고 있음에도 불구하고, 최초 구매확인서 금액 전액에 대해 구매확인서를 신청하여 매입처에게 발급해 줄 이유가 없으며, 쟁점구매확인서 발급행위는 청구법인과 쟁점거래처의 특수관계자 간 거래이기 때문에 가능한 것으로 비정상적이다. 이는 통정 내지는 공모를 통하여 영세율 분에 해당하는 BBB의 원재료인 AAA 구매 시 AAA 구매분 전부(일반세율 적용분 포함)에 대해 구매확인서를 신청하여 발급받음으로써 구매확인서 발급 시스템의 허점을 이용, 외국환은행장으로부터 발급받은 하자있는 구매확인서로 하자에 대한 책임은 전적으로 청구법인에게 있다. (6) 청구법인은 수 차례 세무조사 시 영세율 적용에 대한 검토가 이루어졌고, 그때마다 영세율 적용에 문제없다는 답변을 받았다고 주장하나 이는 명백히 사실과 다르다. 통지관서는 청구법인에 대한 조사과정에서 과거 세무조사 당시 청구법인의 세무팀장, 세무책임 등에게 영세율에 대한 검토가 있었는지 물어보았고 검토가 되었다면 해당 검토서 및 관련 서류를 제출을 요청하였으나, 담당직원은 과거 세무조사에서 검토가 없었다고 답변하였으며, 관련 자료도 일절 제출하지 않았다. 라) 구매확인서에 의한 외화획득용 원료의 거래 관행 및 관련부처의 유권해석, 구매확인서 발급에 관한 최종적인 권한 및 주의의무를 부담하는 외국환은행의 역할을 고려하였을 때, 청구법인이 쟁점구매확인서를 발급받아 영세율로 공급한 사실이 공모에 의한 기망행위라고 보는 이유는 아래와 같다. (1) 공모의 판단 근거 (가) 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점거래처는 종업원이 대표이사 1명(청구법인의 대표이사가 겸임)으로, 청구법인과의 용역 및 유틸리티 공급계약에 따라 청구법인의 임직원이 용역을 제공하여 VAM(BBB) 생산․판매, 무역, 회계 등 제반업무를 수행하였다.
① AAA 판매에 관한 업무는 청구법인의 AAA마케팅부에서 세금계산서 발행을 포함한 판매관련 업무 전부를 수행하며, AAA 구매확인서는 청구법인의 BBB마케팅부에서 발급
② BBB 판매에 관한 업무는 청구법인의 BBB마케팅부에서 세금계산서 발행을 포함한 판매관련 업무 전부를 수행하며, BBB 구매확인서도 청구법인의 BBB마케팅부에서 발급
③ AAA 및 BBB 관련 세금계산서․구매확인서 발급: 청구법인 내부의 ERP시스템에 공유(결재라인: 담당
• 팀장
• 상무
• 마케팅부 대표)되고 있으며, AAA 및 BBB 판매에 관한 모든 관리를 청구법인이 수행 (나) 이러한 사실을 종합하면 청구법인과 쟁점거래처는 AAA 및 BBB의 제조, 재고현황, 판매현황, 구매확인서 발급신청, 세금계산서 발행 등 모든 사항에 대해 서로 공유하고 있으며, 구매확인서 발급신청에 하자가 있음을 알고 있었음에도 구매확인서 를 발급받아 부당하게 영세율세금계산서를 발행한 것은 두 회사의 공모로 밖에 볼 수 없다. (2) 기망행위 판단 근거 (가) 청구법인은 권한있는 외국환은행(○○은행)의 구매확인서 발급에 관한 업무내규를 제시하면서 동 내규 제5항에 해당하는 경우이므로 적법한 구매확인서의 발급이라고 주장하였다. (나) 위 내규 제2항 및 제6항에는 외화획득의 범위에 해당하지 않을 경우 수신문서 거절응답서를 작성하여 회신한다는 내용이 포함되어 있는데, 청구법인은 쟁점구매확인 서를 통하여 공급하는 AAA의 약 30%는 일반 세금계산서 발행 대상으로 전 단계 구매확인서(약 70%)의 범위에 포함되지 않고(제2항) 외화획득범위에도 해당하지 않는다는(제6항) 사실을 알고 있음에도 해당 사실을 권한 있는 외국환은행장(○○은행)에게 숨기고(쟁점거래처와 공모 내지는 통정을 통하여) 청구법인이 쟁점거래처에 공급하는 AAA 전부에 대해서 구매확인서를 신청하여 발급받았으므로, 이는 명백히 구매확인서 발급 시스템의 허점을 이용, 기망행위를 통한 하자있는 구매확인서의 신청이라 할 수 있다.
1. 관련 법리 재 화의 공급자가 구매확인서에 의하여 재화를 공급한 경우에 그 구매확인서의 발급에 흠이 있어 사후에 그 구매확인서의 승인이 취소되었다고 하더라도 공급자가 재화를 공급할 당시 그 구매확인서의 발급과정에 흠이 있음을 알고 있었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 구매확인서에 의하여 이루어진 재화의 공급이 영세율 적용대상에서 제외된다고 할 수는 없고(대법원 2004.
6.
11. 선고 2003두3642 판결, 대법원 2004.
8.
30. 선고 2002두9100 판결 등 참조), 공급자가 구매확인서의 발급과정에 흠이 있음을 알고 있었다는 등의 특별한 사정에 관한 입증책임은 과세관청에 있다고 할 것이다(대법원 2008.
5.
15. 선고 2007두13456 판결). 2) 쟁점구매확인서의 하자 등을 이유로 영세율 적용대상에서 제외할 수 있는지에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 쟁점구매확인서에 의하여 이루어진 재화의 공급이 영세율 적용대상이 아니라고 보기 어렵다.
① 통지관서는 쟁점구매확인서상 AAA의 구매물량과 2차 구매확인서로 공급되는 BBB 원료인 AAA의 물량이 일치하지 않으므로 쟁점구매확인서에 하자가 있다는 의견이나, 다음과 같은 사실에 비추어 쟁점구매확인서에 하자가 있다고 보기는 어렵다. i) 쟁점구매확인서는 수출업자가 구매하는 BBB이 외화획득용 원료임이 확인되어 적법하게 발급된 1차 구매확인서에 기하여 순차로 발급되었고, 쟁점구매확인서상 AAA 구매금액도 2차 구매확인서상 BBB의 구매금액 범위 내인 것으로 확인된다. ii) 대외무역법 시행령 제31조 및 대외무역관리규정 제36조는 구매확인서를 발급받으려는 자는 구매확인신청서에 외화획득용 원료ㆍ기재의 가격ㆍ수량 등에 관한 서류 및 외화획득용 원료ㆍ기재라는 사실을 증명하는 서류(수출신용장, 구매확인서 등) 등을 첨부하여 제출하여야 하고, 외국환은행의 장 등은 신청인이 구매하려는 물품이 외화획득의 범위에 해당하는지를 확인하여 구매확인서를 발급하여야 한다고 규정하고 있는바, 구매확인서는 원료의 구매물량과 수출제품에 사용될 원료의 물량이 일치하여야 하는 것을 요건으로 발급되는 것은 아닌 것으로 보인다. iii) 구매확인신청서 및 무역관리시스템의 구매확인신청서 서식에 따르더라도 2차 구매확인서상 구매금액만을 기재(2차 구매확인서 첨부)하면 될 뿐이어서 쟁점구매확인서 및 2차 구매확인서에 기재된 각각의 구매물량이 일치하는지 여부는 고려대상이 아닌 것으로 보인다. iv) 청구법인은 BBB을 배관을 통해 구매기업에 공급한 뒤 매월 그 공급량을 정산하여 구매확인서를 발급받고 있는 점을 감안하면, 청구법인이 쟁점거래처에 AAA을 공급하는 시점에 사후적으로 일반세율이 적용될 BBB의 공급량, 공급가액 등을 미리 파악하고 이를 토대로 수출제품에 사용될 AAA의 물량에 대해서만 쟁점구매확인서를 신청하여 발급받기는 어려워 보인다.
② 청구법인은 외국환은행장이 관련 법령에 따른 요건 심사 후 발급한 쟁점구매확인서를 근거로 쟁점거래처에 AAA을 공급하고 영세율 세금계산서를 발급한 만큼, 이러한 사정만으로 쟁점구매확인서의 효력을 부인하고 쟁점구매확인서에 의하여 공급한 재화를 영세율 적용대상에서 배제하기는 어려워 보인다(서울행정법원2019구합65283, 2020.04.21. 참조).
③ 청구법인이 쟁점거래처와의 용역 및 유틸리티 공급계약에 따라 쟁점거래처의 BBB 생산․판매, 회계, 세금계산서 및 쟁점구매확인서 발급 등 제반업무를 수행하였다고 하나, 이러한 사실만으로 청구법인이 쟁점구매확인서에 하자가 있다고 인식하거나, 그 하자를 사전에 알고 있었다고 보기 어렵다.
④ 청구법인과 쟁점거래처의 거래구조상 청구법인이 쟁점거래처에 일반세율을 적용하여 AAA을 공급하는 경우에도 쟁점거래처는 관련 매입세액을 공제받게 되므로, AAA 공급량 전부에 대한 영세율 적용으로 인하여 국가의 조세수입 감소가 있다고 보기 어렵고, 청구법인이 조세를 회피하려는 의도 또는 목적으로 쟁점거래처와 공모하여 쟁점구매확인서를 발급받아 영세율을 적용하였다고 보기도 어렵다. 나) 따라서, 통지관서가 쟁점구매확인서의 하자 등을 이유로 영세율 적용을 배제하여 청구법인에게 한 이 건 세무조사결과통지는 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제5항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.