쟁점사업이 부가가치세가 과세되는 용역의 공급사업으로 보기보다는 기술의 고도화를 위한 공동연구개발사업으로 보이므로 관련 매입세액을 불공제함이 타당함
쟁점사업이 부가가치세가 과세되는 용역의 공급사업으로 보기보다는 기술의 고도화를 위한 공동연구개발사업으로 보이므로 관련 매입세액을 불공제함이 타당함
이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.
3. 통지관서(조사청) 의견
① 쟁점사업이 부가가치세 과대대상이 아닌 공동연구개발사업인지, 과세대상 용역의 공급사업인지 여부
② (예비적 청구) 총사업비 중 A국 측이 부담분 또는 청구법인 부담분과 관련된 매입세액이 공제대상인지 여부
③ 조사청이 쟁점사업과 관련된 것으로 보아 불공제한 매입세액 중 109백만원은 동 사업과 무관하여 불공제 대상에서 제외하여야 하는지 여부
④ 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부
1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제4조 【과세대상】 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제11조【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 제24조 【외화 획득 재화 또는 용역의 공급 등】
① 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.
3. 그 밖에 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 공급으로서 대통령령으로 정하는 경우 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
15. 저술가ㆍ작곡가나 그 밖의 자가 직업상 제공하는 인적(人的) 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제38조 【공제하는 매입세액】
① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 1-1) 부가가치세법 시행령 (2016.2.17. 대통령령 제26983호로 일부개정된 것) 제33조 【그 밖의 외화 획득 재화 또는 용역 등의 범위】
② 법 제24조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 공급하는 경우를 말한다.
2. 개인, 법인 또는 법인격 없는 사단·재단, 그 밖의 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음 각 목의 인적 용역
① 법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액 중 당해 법인이 출자한 금액의 비율 2) 국세기본법 (2015.12.15. 법률 제13552호로 일부개정된 것) 제14조 【실질과세】
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제47조의3【과소신고‧초과환급신고 가산세】
① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항·제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 제47조의4【납부불성실‧환급불성실가산세】
① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.(단서 생략)
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율
2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조 【가산세 감면 등】
① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 다툼이 없는 사실관계
(1) 2015년 3월 미래창조과학부와 A국에너지원은 원자력협력프로그램(SMART원자로 파트너십 및 공동원자력 인력양성 및 학술연구) 양해각서(MOU)를 맺었고, 그 1단계로 2015.9.2. 청구법인과 A국에너지원은 A국 내 SMART원자로 첫 호기 건설을 위한 SMART건설 전 설계 협약인 SMART PPE협약(쟁점협약)을 체결하였는바, 양해각서 및 쟁점협약의 주요내용은 다음과 같다.
(2) 쟁점사업과 관련한 지적재산권(IP, Intellectual Property rights)에 관한 협약의 주요내용은 다음과 같다.
(3) 쟁점사업(SMART PPE사업) 중단시 단계별 SMART 소유권(Ownership) 배분비율 내역은 다음과 같다.
□ A국에너지원 귀책시 SMART 소유권 배분비율
□ 청구법인 귀책시 SMART 소유권 배분비율 (4) 쟁점협약에 따라 A국 내 첫 호기 건설을 위한 FOAK(First-Of-A-Kind) Engineering은 사업을 총괄하는 청구법인의 주관 하에 국내대형원전 설계 경험이 많은 원자력 유관기관이 참여하여 A국 부지조건을 반영한 SMART 기본설계를 수행하고, 관련 설계문서 및 도면을 발행하고, 예비안전성 분석보고서 및 사고관리계획서 작성계획서를 작성하였다(000/2000-0호, 통권 00호 참조). (5) 쟁점협약의 교육훈련 프로그램(SMART Training Program)에 따라 청구법인은 A국 측에 ① 원자력공학 기본교육(3개월), ② SMART 설계 기본교육(3개월), ③ 직무훈련 교육(OJT, On the Job Training, 노심설계, 유체설계, 기계설계, 안전해석, 인간기계연계체계, 검증시험, 확률론적 사고분석/중대사고 등 실제 그룹에 참여하여 설계기술 전수, 12개월)을 제공하였고, ④ 직무훈련 교육을 수료한 A국 엔지니어들이 직무참여 교육(OJP, On the Job Participation, 12개월)으로서 직접 SMART FOAK Engineering 설계문서 및 도면생산에 참여하였다. 나) 청구법인에 대한 조사 조사청은 당초 2021.1.28.부터 2021.3.8.까지를 기간으로 하여 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시하였으나, 2차례 조사 중지(1차: 2021.2.2.∼2021.2.15. 청구법인 요청, 2차: 2021.3.20.～2021.4.20. 조사청의 조사기간 연장 및 조사범위확대의 부당성과 중복조사 논쟁으로 청구법인의 권리보호 요청하였으나 받아들여지지 아니함)되었고, 1차례 조사기간 연장(2021.3.23.～2021.4.6.) 및 1차례 조사범위 확대(부가가치세 2017년 제1기～2019년 제1기)가 있어 세무조사가 2021.5.8.까지 실시된 것으로 나타난다. 2) 조사청의 조사내용 및 의견 가) (쟁점①) 쟁점사업(SMART PPE사업)은 우리나라(정부 및 민간)와 A국이 공동투자하여 진행된 공동연구개발사업으로 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업(비과세사업)에 해당되고, 청구법인이 A국에너지원에게 연구개발용역을 공급한 것으로 볼 수 없으므로 관련 매입세액은 불공제 대상이다. (1) 쟁점사업은 청구법인이 A국 측에게 용역을 수출(외화를 획득하는 용역의 공급)한 사업이 아니며 SMART 고도화를 위한 공동개발사업이다. (가) 청구법인은 쟁점사업이 새롭게 연구하고 개발하는 사업이 아니라, 이미 기술개발이 전부 완료된 스마트 원자로를 건설하기 위해 대상 부지(敷地)에 맞도록 추가 설계 작업을 하고, 건설허가를 받기 위한 각종 인·허가 서류를 준비하는 “용역의 수출사업”이라고 주장하나, 이는 사실과 다르다. 2015년 3월 맺은 양해각서(MOU)를 보면, PPE(Pre-Project Engineering)는 엔지니어링 단계로 SMART에 대한 연구, 개발, 건설 및 상용화에 대한 우리나라와 A국 양국 정부의 다단계 협력의 첫 단계로 정의하고 있고, 조항 2. 목적에서는 우리나라와 A국 간 SMART 글로벌 파트너십(PROGRAM-A) 추진을 위한 1단계 협력사업이라는 사실이 나타난다. (나) 쟁점사업은 한-A국 간 스마트파트너십 구축 및 공동원자력 인력양성과 학술연구 원자력협력 프로그램(PROGRAM-B)을 위한 양해각서를 기반으로 SMART 원자로 건설 및 상용화를 위한 장기 프로젝트의 첫 단계로 실증 경험이 없는 SMART의 고도화를 위해 공동투자하여 연구하고 개발하였던 사업이다. (다) 한편, 청구법인이 작성한 2016사업연도 청구법인의 사업계획인 예산(안)에 따르면, 신규 과제명으로 ‘SMART 고도화 공동개발사업’으로 예산을 편성하고 집행한 사실이 있는바, 청구법인에 대한 조사시 쟁점사업의 총괄 책임연구원인 강○○부장은 2021.4.28. 조사청과의 문답 등에서 쟁점사업은 연구개발(R&D)사업이자 투자단계의 사업으로서 기술성숙도(TRL)측면에서도 쟁점사업을 하기 전과 쟁점사업을 한 이후의 수치값을 묻는 질문에 5∼6단계에서 7단계로 기술향상이 있었다는 취지로 진술하였다. (라) 또한, 강○○부장의 문답서(2021.4.28.)에 따르면, 쟁점사업은 향후 원전 수주가 있어야 하고 한국수력원자력 주식회사(시공사)에게 기술을 양도하고 실제로 원자로를 건설할 때 청구법인에게 기술사용료(로열티) 수익이 발생하지만 현재 스마트 원자로 원전 수주는 기약이 없고, 불분명한 상태이다. (2) 쟁점사업을 “공동연구개발”로 본 근거는 다음과 같다. (가) 청구법인이 2015.12.23. 작성한 ‘2016년도 사업계획 및 예산(안)’ 최종본의 SMART 고도화 공동개발사업 신규협약 예정과제에 따른 자금조달 부분을 보면, 정부수탁사업 342억원(정부투자 50% → 65.7%, 민간투자 50% → 33.3% 향후 조정됨), 민간수탁사업(A국 측) 1,140억원을 부담하는 것으로 하여 과제로 선정되었는바, 이는 분담금액만큼 공동투자하여 쟁점사업을 진행한 사실이 확인되는 것이다. (나) 쟁점사업에 대한 예산(총사업비) 분담내역을 구체적으로 보면 다음 <표2>와 같으며, 우리나라 부담분(0.3억 달러, 342억원) 중 乙기업 등 민간업체가 부담하는 68.4억원의 구체적인 내역은 다음 <표3>과 같다. <표2> 쟁점사업의 총사업비 분담내역 <표3> 우리나라 민간업체가 부담하는 투자(출자금) 내역 (다) 청구주장처럼 쟁점사업이 용역의 공급이라면 공급대가가 표기되어 있어야 하나, 양해각서(MOU) 및 쟁점협약서 어디에도 이러한 표기가 없고, 이들 문서에는 단지 사업 분담금(각 당사자가 이 협약에 따라 PPE단계에서 분담할 의무가 있는 금액을 의미), 출연금액(PPE사업 단계 동안에 각 당사자에게 의무적으로 부과된 출연금액), 총투자금액을 정의하고 있을 뿐이다. 두 개 이상의 법인이 공동으로 연구개발을 함에 있어 소요비용을 공동부담하고 개발결과물을 공동소유하는 계약을 체결하는 경우, 양 법인 간에는 부가가치세 과세대상인 재화·용역의 공급이 발생하지 않는 것이다. 기획재정부는 ㉠ 약정을 체결하여, ㉡ 비용을 분담하고, ㉢ 개발결과물을 공동으로 소유하는 경우에 해당하는 경우에는 공동기술개발에 해당한다고 유권해석하고 있는바(부가가치세제과-402, 2014.6.2.), 청구법인과 A국 측간 체결한 쟁점사업에 관한 협약은 이 세 가지 요건을 모두 충족하므로 쟁점사업은 공동기술개발에 해당한다. (라) 한편, 사업자가 자기의 과세사업(예컨대, 제품의 생산·판매)을 위하여 연구개발을 하는 경우 내부활동에 불과한 연구개발에 대해서는 부가가치세를 과세하지 않으며, 전체적인 내부활동이 완료되어 최종적으로 창출한 부가가치의 총체로서 재화 등(즉, 제품)이 외부 판매되는 때에 비로소 과세하는 것으로 두 법인이 공동으로 연구개발을 수행하기로 약정하여 행하는 공동연구개발의 경우 각 법인 입장에서는 스스로 자기의 사업을 위하여 행하는 내부적인 부가가치 창출과정에 불과할 뿐이지 창출된 부가가치를 외부에 판매하는 용역의 공급에는 해당되지 않는다. 법인 간의 공동행위는 반드시 고용관계에 있는 인력 또는 유형자산의 투입 없이도 충분히 가능한 것이며, 이러한 관점에서 두 법인이 공동기술개발을 하는 경우 어느 한 법인이 인력·시설 등 내부비용을 전액 또는 비용분담비율을 초과하여 선부담하고 정산하는 경우에도 두 법인 간에는 부가가치세 과세대상인 용역의 공급거래에는 해당하지 아니하는 것이다(국심 2005부3918, 2006.8.10.). (마) 청구법인이 용역을 제공하고 있는 다른 일반적인 민간수탁용역의 경우에는 쟁점사업과 달리 실시결과물의 소유권이 용역제공을 의뢰한 민간기업에 귀속된다. 일반적인 민간수탁 용역계약은 수임인이 계약의 목적을 달성하지 못할 경우 위임인이 그 대가를 회수하거나 지급하지 않는데, 쟁점협약서에는 A국 측의 귀책사유가 아닌 경우에도 A국 측이 이미 부담한 분담금을 회수할 수 있는 규정이 확인되지 않는다. 이처럼 분담금을 두 기업이 나누어 부담하고, 부담한 분담금의 회수할 방법이 존재하지 않는 점 등에 비추어 쟁점협약은 통상적인 용역거래계약과는 그 형태가 매우 다름을 알 수 있다. 청구주장대로 쟁점사업이 용역의 수출에 해당하기 위해서는 해당 용역의 결과물[설계도면 및 개발된 지적재산권(IP)]을 A국 측이 단독으로 소유하여야 함에도 청구법인과 공동소유하고 있는 점만 보아도 쟁점사업이 용역의 수출에 해당되지 않는다는 사실을 알 수 있다. (바) 청구법인은 1990년대 중반부터 SMART원자로를 개발해왔으나, 해당 원자로는 현재까지 1기도 실지 건설된 적이 없어, 실증단계를 거치지 못하였으며(SMART원자로 건설을 위해서는 실증단계가 필수적임) 세계시장에서도 중소형원자로의 개발에 박차를 가하여 중소형원자로 시장을 선점하기 위한 노력들이 활발히 진행되고 있는 상황이다. 현재 우리나라뿐만 아니라 수많은 국가들에서 총 71종 이상의 스마트원자로(SMR)를 개발하고 있는데, 미국 17기, 중국 8기, 일본 7기, 한국 2기 등 미국과 러시아가 기술개발을 주도하고 있고, 개념설계 40기, 기본설계 5기 등 대다수가 개발초기단계이며 현재 상용화를 앞둔 노형은 운영 1건, 건설 중 2건, 설계인증 2건 수준이다(2000.0.00. 기사). 쟁점협약에 따라 쟁점사업을 진행한 것은 원자력기술을 도입하고자 하는 A국과 원자로를 실제 건설함으로써 원자력기술의 실증을 필요로 하는 청구법인의 이해관계가 맞아 떨어진 것으로, 결론적으로 쟁점사업은 공동연구개발의 일환으로 수행된 사업으로 청구법인이나 A국에너지원 입장에서는 각자 자기 사업을 위한 내부적인 부가가치 창출 과정에 불과하므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하며, 이에 따라 쟁점사업과 관련된 매입세액은 불공제되어야 한다. (사) 한편, 청구법인이 발행한 ‘2016년도 사업계획 및 예산(안)’ 86페이지 하단에 민간수탁연구 수행현황 계획을 살펴보면, 신규과제명은 SMART 고도화[고도화(高度化)의 사전적 정의는 정도가 높아짐, 정도를 높임]를 위한 공동개발사업으로 표시가 되어있으며 사업비는 114,000백만원(연구기간 2016.01.01.∼2018.12.31., 추후 2019.2.28.까지 연장됨)으로 기재되어 있는 것에서 보듯이 청구법인도 스스로 쟁점사업을 공동개발사업으로 인식한 사실이 드러난다. (아) 청구법인은 A국 측이 청구법인과 “공동연구개발”을 수행할 역량이 없다고 주장하나, A국 측은 엔지니어 연구인력(석·박사) 40여명을 발탁하여 참여시키고 금전을 출자하였고, 청구법인은 기존 보유하고 있던 원자력 기술 및 연구인력을 출자하여 쟁점사업의 설계 및 도면, 예비분석보고서 작성 등의 “공동연구개발”활동을 3년간 수행하였다. 파트너십 구축 및 교육훈련을 위한 ‘SMART 핵증기공급계통 노심설계 상호협력 프로그램’ 조항5. 자금조달 및 지불방법(원문 The costs for research and development during PPE Phase) 부분을 보면, 쟁점사업에 소요된 비용을 연구개발비라고 명시적으로 표기한 사실이 나타난다. 또한, 청구법인이 제출한 SMART 기술 지적재산권 및 품질보증 협약을 보면, 청구법인의 기여는 금전적 기여(0.3억 US달러), 기술 리더십, 프로그램 관리, 기술직원 등을 기여할 것으로 예상한다고 기재되어 있으며, A국 측의 기여는 기술직원 및 금전적 기여(1억 US달러)를 할 것으로 예상된다고 기재되어 있다. (자) 청구법인과 A국 측 간 지적재산권 협약 제2조 (f),(g)항에서도 사업비용을 PPE의 연구비용(원문 PPE research cost)이라고 기재하고 있다. 이처럼 쟁점협약서에서도 연구개발 또는 연구비용이라고 기재되어 있는 부분이 있는 다수 나타나는 등 쟁점사업은 청구법인과 A국에너지원 등이 공동으로 수행한 “공동연구개발”에 해당한다는 사실이 확인되고 있다. (차) 청구법인은 쟁점사업이 끝난 이후 연결되는 후속사업으로 2018.12.27. ○○○○○○○ 주식회사(이하 “甲기업”이라 한다)와 공동으로 쟁점사업의 결과를 활용하여 국내 인․허가기관으로부터 SMART100 표준설계인가를 받기 위한 사업(이하 “SMART SDA사업”이라 한다)을 추진하기로 하는 공동추진협약을 체결하였다. 공동추진협약서의 주요 내용은 다음과 같다. 청구법인은 국세청(법령해석과)에 쟁점사업의 후속사업인 ‘SMART SDA 사업’과 관련하여 甲기업으로부터 분담금을 받는 경우 부가가치세 과세대상인지 여부를 사전질의하였고, 국세청은 2019.8.28. 다음과 같이 청구법인이 받은 분담금은 용역의 공급으로 받은 대가에 해당되지 아니하여 부가가치세 과세대상이 아니라고 회신한 사실이 있다. 그리고 청구법인이 이 사전질의에서 밝힌 ‘SMART SDA 사업’에 관한 사실관계를 보면, 공동연구결과로 생성된 지적재산권을 공동(청구법인, 甲기업, A국 측)으로 소유한다는 사실 또한 나타난다. (카) 쟁점사업은 청구법인이 사전질의한 ‘SMART SDA 사업’의 선행사업으로서 역시 공동추진협약이 체결되었으며, 해당 사업에 소요되는 비용을 공동부담하였고(A국 1억$, 한국 0.3억$), 개발결과물을 공동으로 소유하는 점(G.I.는 특허청에 지분비율 50:50으로 등록하였음)만 보아도 청구법인이 A국 측으로부터 수령한 분담금을 용역의 공급으로 받은 대가로 볼 수는 없는 것이다. (타) 쟁점사업은 청구법인의 다른 민간수탁사업과 달리 이윤을 추구하는 사업이 아니었고, A국 측과 공동투자로 진행한 연구개발(R&D)사업에 해당한다. 청구법인은 일반적인 용역계약을 체결할 때에는 내부 인력을 경력에 따라 기술사, 특급기술자, 고급기술자 등으로 구분하여 엔지니어링기술자 노임단가를 측정한다. 그리고 측정한 노임단가를 기준으로 직접 인건비를 산정하고 여기에 직접인건비의 110%∼120%를 가산하여 제경비를 산정한 후 직접인건비+제경비의 합계액에 20%∼35%를 가산하여 기술료를 산정한다. 산정한 기술료가 청구법인의 이익으로 계상되는 구조를 띠고 있다. 하지만 청구법인의 쟁점사업(SMART PPE사업)에 관한 감사보고서(2015.12.1.〜2019.2.28.)를 보면, 다음과 같이 쟁점사업과 관련하여 청구법인이 분담한 출자금을 사용한 내역만 있고 이윤(마진)은 나타나지 않는다. (파) 현재 SMART 원자로 수출은 성사 여부가 불투명하다. 청구법인이 쟁점사업과 관련하여 실제 수익인 기술사용료 수익(로얄티 수익)은 A국에 SMART 원전을 건설할 경우에만 수익을 얻을 수 있다. 우리나라 정부는 2020년 1월 A국에 원전 건설을 추진하기 위한 현지법인을 설립한다고 밝혔지만, 이후 1년이 지나도록 합작법인 설립조차 못하고 있는 상태이다. 2019년 2월 쟁점사업이 종결되었지만, 2021년 7월 현재까지도 사업방향이 불투명한 상황이다. 이처럼 SMART 원전 건설 여부가 불투명한 상태이며, 쟁점사업 단독으로는 위 ‘사업비 사용명세서’의 내역과 같이 이윤을 낼 수 없는 구조이다. 따라서 수익사업아 아닌 쟁점사업과 관련된 매입세액은 불공제되는 것은 타당하다. (1) 설령 쟁점사업을 부가가치세가 과세되지 아니하는 “공동연구개발”로 보지 아니하더라도, 부가가치세가 면제되는 학술‧기술 연구용역에 해당하고, 그러한 경우에도 관련 매입세액이 불공제되는 것은 마찬가지이다. (가) 쟁점사업은 제품의 성능이나 질ㆍ용도 등을 개선시키는 연구용역에 해당되어 학술·기술 연구용역의 범주에 포함된다. SMART사업과 관련하여 청구법인이 제공한 민간수탁연구용역이 부가가치세 면세사업인지를 국세청에 질의하여 면세사업이라고 회신받은 내용(법규부가2010-163, 2010.5.25.) 중에는 청구법인 스스로 SMART 기술개발이 연구개발 단계라고 밝힌 사실이 나타난다. (나) 청구법인은 원자력연구개발사업(1997년∼2006년)의 일환으로 중소형 원자로 모델인 SMART의 연구개발을 시작하였다. 해당 SMART 원자로는 2012년 7월 표준설계인가를 발급받음으로써 기술개발이 완료되었다(○○○ 내용 중). 쟁점사업은 SMART 고도화를 통해 변경된 설계를 A국 법규(실제로는 우리나라의 원자력 안전법을 기준으로 함)에 맞게 인․허가기관들로부터 표준설계인가를 받아야 기술개발이 완료되는 것이다. 청구법인은 甲기업과 공동으로 ‘SMART SDA사업’을 추진하고 있으며 쟁점사업의 변경된 설계에 대해 국내 인․허가기관으로부터 표준설계인가를 획득하지 못한 상태이므로 쟁점사업은 새로운 기술개발을 위한 연구개발 단계로 보아야 할 것이다. A국에 실제 SMART 원전을 건설하기 위해서는 기존 표준설계인가를 받은 모델을 변경해야하고, 변경된 모델에 대해 원자력안전위원회로부터 새로운 표준설계인가를 받아야 한다. 이 새로운 표준설계인가는 신청 후 약 2년 정도 소요되는 것으로 알려져 있다. (다) 쟁점사업에서는 안전성향상연구과정에서 개발한 완전 피동안전계통을 SMART 플랜트 표준설계에 접목하여 경제성을 향상시켰고, A국 부지특성을 반영해 SMART 플랜트 전 계통을 설계하였으며, A국 건설허가를 위한 PSAR(예비안전성 분석보고서)도 작성하였다. 또한 원자로 열출력을 10% 격상하여 365 MW로 설계함으로써 경제성 향상도 기하고 있다. SMART BOP(Balance of Plant: 원자력발전소에서 증기를 이용하는 설비 쪽의 총칭) 설계는 표준설계의 단일호기 개념에서 쌍둥이 2기를 건설하는 것으로 설계하고 있으며, 피동원자로에 알맞게 보조계통을 최적화함으로써 경제성을 향상시켰다. 乙기업(주) 홈페이지에는 우리나라와 A국 간에 체결된 ‘한-A국 스마트원전 건설 전 상세설계(PPE: Pre-Project Engineering)협약’(쟁점협약)에 따른 ‘SMART 원전건설 전 설계사업의 종합설계’를 수행하여 안전성이 대폭 향상된 피동형 스마트원전(SMART 100)개발을 2018년 12월에 완료하였다는 내용이 있다. (4) 청구법인은 스스로 쟁점사업을 부가가치세가 과세되지 아니한 사업이라고 여겨 당초 매입세액을 불공제한 사실이 있다. 쟁점사업과 관련한 청구법인이 받은 정부출연금은 총 17,100백만원으로 2016년 6,840백만원, 2017년 3,420백만원, 2018년 6,840백만원인바, 이를 지출하고도 스스로 당초 쟁점사업을 비과세사업으로 판단하여 관련 매입세액을 공제를 모두 받지 않았다(2021.4.28. 재무팀 서OO팀장의 진술). ABC법인의 세무컨설팅에 따라 2018.1.8. 경정청구시 청구법인이 받은 정부출연금 중 2016년 지출분 6,840백만원 부분만 매입세액공제를 경정청구하였고, 나머지 2018.1.8. 경정청구를 하기 이전, 이미 신고한 2017년 3,420백만원 지출분과 2018년 6,840백만원 합계 10,260백만원의 지출분은 쟁점사업이 부가가치세 비과세사업으로 판단하여 관련 매입세액을 불공제한 사실이 있다는 취지로 답변하였다. (5) 상기의 내용과 같이 쟁점사업의 연구결과물은 표준설계인가를 받지 않은 상태이며, 쟁점사업은 SMART 고도화를 위한 공동개발사업으로, 공익을 목적으로 하는 청구법인이 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위하여 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등을 연구하는 것이므로 신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질ㆍ용도 등을 개선시키는 연구용역으로 판단된다. 따라서 쟁점사업은 부가가치세 비과세 대상이므로 부가가치세법 제26조 에 따라 관련 매입세액은 전액 불공제하는 것이 타당하다. (6) 쟁점사업이 공동연구개발이 아닌 용역의 수출이라는 청구주장에 대한 반박의견 (가) 청구법인이 쟁점사업을 용역의 수출이라고 주장하는 것은 국가 간의 장기적 다단계 협력의 사전 프로젝트인 쟁점사업의 공식 계약내용을 부인하고 있는 것이다. 쟁점협약서에는 쟁점사업(PPE 단계)을 ‘SMART의 연구, 개발, 배포 및 상용화와 관련하여 우리나라와 A국 두 정부 간의 다단계 협력의 사전 프로젝트 엔지니어링을 의미한다’라고 정의되어 있고, 그 비용을 연구비용이라고 표현하고 있다. 현재 SMART 원전은 “경제성”, “안전성”과 같은 중요한 요소들이 입증이 되지 않은 상태로, 쟁점사업의 사업계획서에서도 사업개발목표에는 “경제성 향상과 안전성”을 확보하기 위한 것이라고 기재되어있는 점만 보아도 쟁점사업은 공동연구개발사업인 사실을 알 수 있다. 결론적으로 쟁점사업은 A국 정부로부터 1억달러를 투자받아 공동으로 연구개발사업을 진행한 것이며, 그 결과물도 청구법인과 A국에너지원이 공동소유한 사업이다. (나) 한국(과학기술정보통신부)과 A국은 공동으로 쟁점사업의 사업의 일반적인 운영 방안에 관한 사항 및 일정 조정, 결과물의 평가에 대한 사항 등을 심의하기 위한 기구인 SMART 운영위원회(미래창조과학부장관과 A국에너지원 원장이 지명하는 1인이 공동위원장이 됨)를 운영하였으며, 4차례 회의를 개최하였다 쟁점사업 운영규정 제2조는 규정이 정하지 않은 부분 또는 A국의 관련 법률 및 쟁점협약서와 상충하는 부분은 제4조에 따라 설치한 SMART 운영위원회의 결정을 따르도록 되어 있는 점만 보아도 청구법인이 단독으로 쟁점사업의 중요한 사항을 결정하지 못하였던 사실이 나타난다. (다) 청구법인이 제시하고 있는 한국 원전의 대표적인 수출 사례인 B국 원전은 APR1400 모델로, 국내 원전인 ○○○ 0호기에 첫 적용된 모델이다. APR1400은 우리나라의 주력 원전 모델인 QPR1000을 개량하여 개발한 차세대형 원전이다. 반면에 쟁점사업은 이와 전혀 다른 사례로 쟁점협약 체결시 각종 언론에서 “A국과 SMART 동반자 협력을 맺고 A국 정부로부터 투자비 1억달러까지 지원받았다.”는 내용으로 보도되었을 뿐, 어떤 보도에도 A국으로 SMART원자로를 수출하는 것과 관련한 계약을 체결하였다는 내용을 없었다. 이는 즉 쟁점협약에 따른 쟁점사업이 원전 수출 이전단계인 사실을 나타내는 것이다. 원전은 성능과 안전성을 인정받아도 실제 건설 모델이 없으면 사실상 수출이 불가능하다. 청구법인도 국내에 SMART 원전에 대한 실증로(SMART-P)를 건설하고자 하였지만 결국 건설하지 못하였다. (라) 만약, 쟁점사업이 용역의 제공이라면, A국 측이 SMART 소유권을 전부를 가질 것이지 SMART 소유권의 지분을 청구법인과 나누어 가질 이유가 없었을 것이다. 이는 용역의뢰자가 용역결과물을 모두 소유하는 것이 당연하기 때문이다. (마) 청구법인은 甲기업과 함께 진행한 표준설계변경인가사업(SDA사업)이 쟁점사업과 무관한 사업이라고 주장하나, 이는 사실이 아니다. 청구법인이 국세청에 사전질의한 사실관계 및 SDA사업 결과로 생성된 지적재산권을 공동(청구법인, 甲기업, A국 측)으로 소유한다는 사실만 보아도 SDA사업이 쟁점사업의 후속사업으로써 쟁점사업과 관련된 사실이 나타난다. (사) 청구법인은 쟁점사업에서 14억원의 이윤이 발생하였다고 주장하나, 쟁점사업은 공동투자단계로 이윤이 발생하지 않았으며, 수익이 창출되려면 장래에 원전수주를 성공한 후 발생하는 기술사용료 수익(로열티)이 발생하여야 비로소 청구법인의 수익이 창출되는 것이다. 청구법인이 주장하는 이윤은 사업비 예산 중 집행잔액에 불과한 것이지 이윤이 아니고, 이는 정부에 반납 또는 용도를 변경하여야 할 금액에 지나지 않는다. 쟁점사업에서 수익이 발생하지 않는다는 사실은 쟁점사업의 총괄 책임연구원인 강○○부장은 2021.4.28. 조사청과의 문답에서도 나타난다. (아) A국 측 연구인력이 전문적인 경력직 엔지니어들이 아닌 학사과정의 교육만 받았다 하여 공동연구개발을 할 수 있는 능력이 없다고 평가절하 하는 청구주장은 잘못된 것이다. 2016.8.31. 미래창조과학부가 작성한 ‘한-A국 건설 전 설계(PPE) 사업 순항 중’ 보도자료를 보면, A국 인력을 ‘연구인력’이라 표현하고 있으며, A국 전문인력인 엔지니어들은 청구법인이 주관하는 교육과정을 모두 이수하였고, 연구개발에 필요한 실무중심의 자격요건을 모두 소지한 자들이다. 청구법인이 학사 학위 소지자를 채용하지 않는 것과 A국 엔지니어가 대부분 학사 학위 소지자라는 이유로 연구개발 능력이 없다고 보는 것은 잘못된 것이다. 일련의 교육훈련 모든 과정은 아랍어가 아닌 영어로 진행된 사실에서 보듯이 A국 엔지니어들은 상당한 연구개발능력이 있는 자들이었다. 한편, 쟁점사업과 관련되어 작성된 예비안전성분석보고서(PSAR)에 A국 엔지니어들의 이름이 기재되어있는 사실만 보아도 쟁점사업이 공동연구개발사업인 사실을 증명하는 것이다. 또한, 우리나라와 A국은 공동으로 한국에 원자력 연구센터를 설립할 이유가 없음에도 청구법인과 A국은 2019.9.18. 공동으로 원자력연구센터 설립에 합의하고, 원자력연구센터를 운영하고 있는 사실만 보아도 쟁점사업이 공동연구개발사업이라는 사실이 드러난다. 나) (쟁점②) 청구법인은 쟁점사업 전체를 부가가치세 과세대상으로 볼 수 없다고 하더라도 쟁점사업비 중 A국 측이 부담한 금액비율(1억 달러/1.3억 달러, 약 77%)만큼은 청구법인이 A국에 영세율로 수출한 것(용역의 공급)이므로 관련 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하나, 쟁점사업 전체가 SMART 고도화를 위하여 청구법인과 A국 측이 공동연구개발사업을 한 것일 뿐 청구법인만이 연구개발을 한 것이 아니므로 청구주장은 이유가 없다. (1) 한편, 쟁점사업이 청구법인과 A국에너지원 간 쟁점협약에 따라 부가가치세가 과세되지 아니하는 SMART 고도화를 위한 공동연구개발사업일 뿐이어서 청구법인이 부담한 사업비(227.6억원, 비율 15.4%)라 하여 이를 부가가치세 과세대상 사업으로 보아 관련 매입세액을 공제할 수는 없다. (2) 한편, 설령 쟁점사업을 부가가치세가 과세되는 용역의 공급으로 보더라도 쟁점사업비 중 A국 측이 부담한 금액비율 만큼에 상당하는 매입세액을 공제할 것이 아니라 청구법인이 부담한 비율만큼(15.2%, 정부출연금 등 225억원/ 총투자금액 1,482억원)의 관련 매입세액만 공제되어야 한다. 과학기술정보통신부(舊 미래창조과학부)는 ‘공동투자’, ‘분담금’ 으로 쟁점사업을 설명하고 있고(2000.0.0. 부처 보도자료), 청구법인 내부전표에 A국 측이 출원한 재원은 출자금으로, 청구법인이 부담하는 재원은 분담금으로 표기하고 있다. 쟁점협약서를 보면, A국 측이 일방적으로 사업비를 분담금형태로 부담하는 것이 아니라 청구법인과 분담금을 공동으로 분담하기로 약정하고 있으며 쟁점협약내용에 따라 A국 측이 분담금을 청구법인에 지급하였다. 쟁점사업은 분담금을 회수할 수 있는 장치가 없다는 점, 지적재산의 소유권(Ownership)의 배분을 분담금 비율을 기초로 하고 있다는 점, 개발된 지적재산권(IP)을 공동소유하며, 이에 대한 처분은 타방의 승낙이 필요하다는 점을 고려할 때 쟁점사업은 청구법인과 A국 측이 공동으로 운영하였다고 보는 것이 타당하다. 따라서 설령, 쟁점사업을 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급거래로 보더라도 쟁점사업은 출자금을 매개로 한 공동사업이므로 법인세법 시행령 제48조 제1항 제1호 에서 규정하고 있는 출자에 의하여 공동사업을 영위하는 경우에 해당하는바, 청구법인은 청구법인이 출자(분담)한 금액의 비율만큼의 매입세액만 공제를 받아야 함이 타당하다(대법원 2017.3.22. 선고 2016두57175 판결, 조심2014중5066, 2015.3.4. 같은 뜻임). 다) (쟁점③) 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 청구법인이 공제받은 매입세액이 8,079,597,549원이라는 확인서를 조사청에게 작성하여 주었으나, 그 중 109,748,323원은 쟁점사업과 무관한 ‘SMART 건설관련 안정성 향상연구사업’과 관련된 매입세액이 포함되어 있는 것으로 확인되므로 이를 불공제 대상에서 제외되어야 한다고 주장한다. 그러나 쟁점사업과 무관하다고 주장하는 ‘SMART 건설관련 안정성 향상연구사업’은 다음의 쟁점사업에 관한 ‘사업계획서’에서 보듯이 동 사업은 쟁점사업과 관련되어 있는 ‘SMART 완전피동안전계통 개발사업’과 관련된 것이므로 청구주장은 이유가 없다. 그리고 설령 쟁점사업과 관련이 없다고 하더라도 청구법인이 2015.12.23. 작성한 ‘2016년도 사업계획 및 예산(안)’ 책자(80페이지)를 보면, 미래창조과학부 계속과제인 ‘SMART 건설관련 안전성 향상연구사업’(예산: 93억원, 연구기간: 2015.3.1.∼2016.2.29.)은 정부수탁사업인 사실이 나타나는바, 정부수탁사업은 부가가치세 비과세사업이다. 따라서 청구법인이 주장하는 109,748,323원의 매입세액은 불공제대상이라는 점은 변함이 없다. 라) (쟁점④) 청구법인은 설령, 쟁점사업을 부가가치세가 과세되지 아니하는 공동연구개발사업으로 보아 이 건 부가가치세를 경정․고지하는 것이 적법하다고 하더라도 ○○지방국세청장이 검토하여 2018.3.7. 청구법인의 경정청구를 인용한 점을 들어 청구법인에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 이를 받아들이기는 어렵다. (1) 과세관청이 경정청구를 인용하였다가 추징하는 경우 납세자에게 무조건 정당한 사유가 있는 것은 아니며, 귀책에 따라 사실판단할 사항이다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005.11.25. 선고 2004두930 판결, 대법원 2010.1.14. 선고 2007두23200 판결). 그러나 과세관청은 과세표준과 세율을 결정 또는 경정한 후에도 그 결정 또는 경정에 오류나 탈루가 있는 경우 부과제척기간이 도과하기 전까지는 이를 다시 경정할 수 있으므로 과세관청이 납세의무자의 경정청구를 받아들였다는 사정만으로는 재경정처분을 하지 아니하겠다는 과세관청의 공적인 견해표명이 있었다고 볼 수 없다(서울행정법원2013구합59019, 2014.2.28. 판결 등 참조). (2) 청구법인이 2018.1.18. 2016년 제1기〜제2기분 경정청구하여 2018.3.7. 인용결정되었고, 경정청구시 쟁점협약서 전부를 제출하지 아니한 이유가 계약상 비밀유지 조항과 국가 간 계약인 이유를 들어 향후 스마트 원자로 수출에 차질을 줄 수 있다는 점을 들어 가산세 감면을 주장하고 있으나, 청구법인이 쟁점사업이 과세대상인지 여부의 핵심적인 판단 근거인 쟁점협약서를 의도적으로 제출하지 아니하여 과세관청이 쟁점사업을 과세대상 영세율 거래로 오인하게 한 결정적인 빌미를 제공하였다. (3) 한편, 청구법인은 2018.1.8. 2012년 1기 예정∼2016년 2기 확정 과세기간에 대해 총 17억원(쟁점사업 관련 매입세액은 2016년 1기∼2기 13억원)의 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 청구법인은 경정청구 담당공무원에게 관련 자료를 제출하는 과정에서 쟁점사업 관련한 매입세액에 대해서도 경정청구를 하면서 비밀유지조항을 근거로 제대로 된 쟁점협약서를 고의적으로 제출하지 않았다. 더 나아가 조사청이 이 건 조사시 쟁점협약서 제출을 요구하자 A국의 승인을 받아야만 쟁점협약서를 제출할 수 있다며 쟁점협약서를 제출하지 않다가 조사기간이 끝날 즈음 원본(영문)을 제출(A국에 승인을 받지 않고 제출한 것으로 판단되어 변명에 불과한 것으로 보임)한 사실에서 보듯이 청구법인은 쟁점사업이 과세대상인지 여부를 판단한 결정적인 근거자료인 쟁점협약서를 과세관청에 성실하게 제출을 하지 않았다. 2018.1.8. 경정청구시 부가가치세를 환급을 받을 목적으로 고의로 쟁점협약서를 제출하지 아니하고, 쟁점협약서 중 첫 장, 서명이 나오는 끝장과 송장(인보이스, Invoice)만 제출하였다. 청구법인은 경정청구시 쟁점협약서 내용을 알 수 있는 보도자료(미래창조과학부, 2015.9.2.) 등을 제출하였다고 주장하나, 청구법인이 중복세무조사라며 납세자권리보호요청으로 2021.4.15. 개최된 국세청 납세자보호위원회에서 경정청구 담당자가 이러한 사실을 부인하였고, 동 위원회도 이러한 담당자의 진술을 인정한 사실이 있다. (4) 청구법인의 쟁점사업은 고도의 원자력 전체 기술에 대한 이해가 선행되어야 하고, 원자력의 특성상 고도의 보안이 유지되어야 하는 점 때문에 정보의 접근가능성이 떨어지고 쟁점사업을 이해하지 못하면 과세관청이 짧은 시간동안 정기 신고서 및 경정청구서 검토를 통하여 문제점을 밝히는 것은 쉽지 않다. 즉, 과세관청이 쟁점협약서를 충분히 검토하지 못하고, 청구법인의 연구원들과 궁금한 사실관계에 관한 문답이 없이 정기 신고서류 및 경정청구서류를 서면상으로만 검토한 결과, 쟁점사업이 수출하는 용역거래(영세율 매출거래)로 오인할 수밖에 없는 상황이 가능하였던 것으로 판단된다. 청구법인은 쟁점사업과 관련한 경정청구 인용결정일인 2018.3.7. 이전, 2017년 제1기 예정∼2017년 제2기 확정 과세기간분 부가가치세 신고시 이미 쟁점사업과 관련하여 A국 측으로부터 받은 사업비 분담금 금액을 영세율 매출로, 관련한 매입세액을 공제대상으로 하여 신고하였다. 정기 신고서를 검토한 세무서 공무원이 작성한 2017년 제2기 예정 환급검토조사서를 보면, 청구법인은 쟁점사업이 영세율 매출이라는 증빙으로 쟁점협약서 5조 대금결제에 관한 부분(영문으로 제출)과 A국 측으로부터 수취한 외화입금증만 제출한 사실이 나타난다. (5) 청구법인은 2017년 제1기∼2기 부가가치세 정기 신고시 쟁점협약서를 제출하지 않아도 부가가치세 환급이 되는지를 살핀 후 2018.1.8. 경정청구를 통하여 2016년 제1기∼제2기분 부가가치세 1,312백만원을 환급받은 사실이 확인된다. 청구법인은 2018.3.7. 경정청구 인용결정일 이전의 과세기간에 대하여 이미 쟁점사업과 관련한 매입세액을 공제받을 매입세액으로 신고한 사실이 있다. 또한, 경정청구시 쟁점협약서를 제출하지 아니하여 과세관청으로 하여금 쟁점사업과 관련하여 A국 측으로부터 받은 분담금을 일반적인 영세율 거래로 오인하게 만든 점, 법령의 부지나 오해는 가산세 감면의 정당한 사유가 아닌 점 등에 비추어 청구법인에게 이 건 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 2) 청구법인의 상세한 청구주장 가) (쟁점①) 청구법인은 선진적인 SMART 원전기술을 보유하고 있고, 이 기술을 쟁점사업을 통하여 A국에 SMART 원자로의 설계용역 및 이와 관련하여 교육․훈련용역제공 형태로 이 기술을 영세율 수출한 것(외화를 획득하는 용역의 공급)임에도 조사청이 공동연구개발로 비추어지는 쟁점협약의 형식적 계약조항을 근거로 쟁점사업을 부가가치세 과세대상 사업이 아닌 공동연구개발 사업(비과세사업)으로 보아 관련 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다. (1) 청구법인의 원자로 연구활동 청구법인은 1960〜1970년대에 연구용 원자로 도입, 원자로 설계, 핵연료주기 연구를 통하여 우리나라 원자력 기술 자립의 토대를 수립하고, 1980〜1990년대에 핵연료 국산화, 한국표준형원전(OPR1000) 원자로계통 설계, 연구용 원전 하나로(HANARO) 설계 등 우리나라 원자력 산업의 기틀을 마련하였다. 이와 같은 장기간의 노력 끝에 우리나라의 원자력 기술은 국제적으로도 안정성∙기술력을 인정받게 되었고, 대표적으로 2009년 B국에 한국표준형원전(APR1400) 4기를 수출한 것을 비롯해서 요르단과 네덜란드에 연구용 원자로를 수출하였고, 미국, 일본, 덴마크, 노르웨이, 터키, 베트남, 태국 등 전세계 수많은 국가들에게 원자력 품목과 기술용역을 수출하는 원전 수출국의 반열에 오르게 되었다. (2) 청구법인의 SMART 원자로 개발 SMART 원자로 개발은 1997년도에 시작되었다. 청구법인은 한국표준형원전(OPR1000)을 개발하면서 독자적으로 원전을 설계할 수 있는 기술력을 갖추게 되었는데, 새로운 중소형 원자로 시장에 주목하여 소규모 전력생산 및 해수담수화 기능을 갖춘 수출전략형 원자로 개발을 추진한 것이다. 청구법인은 SMART 원자로 개발을 위해 SMART 개념설계(1997.7월〜1999.2월), 기본설계(1999.4월〜2002.3월), 열출력 65MW 규모 실증로 개발(2002.7월〜2006.2월), 상세요건 기획 연구개발(2006.7월〜2007.6월)을 수행하였고, 이어서 乙기업, 한전원자력연료, 두산중공업 등 부문별 최고 기술을 보유한 국내 원자력 산업체들과 함께 2009년부터 2012년까지 ‘SMART 기술검증 및 표준설계인가 획득사업’을 수행하여 2012.7.4. 원자력안전위원회로부터 세계 최초로 중소형 일체형 원자로에 대한 표준설계인가를 획득하였다. ※참고: 표준설계인가 획득까지의 기술개발 과정 “표준설계인가”는 ‘같은 설계의 발전용 원자로 및 관계시설을 반복적으로 건설하려는 경우 그 설계에 관하여 원자력안전위원회로부터 받는 인가’를 의미한다(원자력안전법 제12조 참조). 표준설계인가를 받는 경우 사업자의 입장에서는 기술검증 효과를 누릴 수 있고, 개별 원전의 심사 과정에서 소요되는 시간과 비용을 단축할 수 있으며, 규제기관의 입장에서도 표준설계 부분을 제외한 나머지 부분에 심사를 집중할 수 있다는 장점이 있다. SMART 원자로 개발은 15년간 연인원 약 1,700명의 박사급 연구원이 투입되었고, 총 3,103억 원의 예산이 소요되었다(정부 1,488억 원, 민간 1,615억 원). (3) SMART 원자로 피동안전계통 향상 연구 한편, 청구법인이 표준설계인가를 신청(2010년 12월)한 후 일본 후쿠시마 원전사고가 발생했고(2011년 3월), 그에 따라 지진 등 설계기준사고가 발생하여 원전 내부의 비상디젤발전기 및 외부의 전력계통을 이용할 수 없고 운전원의 별도 조치가 어려운 경우에도 자연력을 이용하여 원자로를 안전하게 유지할 수 있는 “완전피동안전계통기술” 개발이 필요하게 되었다. 이에 2012년 3월부터 2016년 2월까지 SMART 원자로에 대한 피동안전계통 향상 연구를 수행하여 SMART 원자로의 안정성을 높이고, 대규모 연구시설(SMART 종합효과시험장치)을 이용하여 완전피동안전계통 관련 기술 검증까지 모두 완료하였다(연구비 약 293억원). (4) SMART 원자로 표준설계변경인가 추진 청구법인은 A국에 SMART 원자로를 수출하기로 하였는데, 이때의 SMART 원자로 설계에는 2012년에 표준설계인가를 획득한 SMART 원자로에 새로 안전성향상연구로 개발된 완전피동안전계통이 반영되었다. 이는 2012년에 받은 SMART 원자로에 대한 표준설계인가에는 새로 개발된 피동안전계통 향상 연구가 완료되기 전에 이루어진 것이기 때문이다. 한편, A국은 완전피동안전계통기술이 반영된 SMART원자로를 표준설계에 반영하는 표준설계변경인가의 진행을 요청하였는데, 자국 내 SMART원자로를 건설하는데 표준설계변경인가는 불필요한 절차이지만 원자력 관련 인허가 역량(기술·지식·인력)이 부족하기 때문에 국내 규제기관의 인허가를 통해 자국에 건설되는 SMART 원전의 안전성을 담보하고, 동시에 표준설계변경인가 절차를 거침으로써 원자력 관련 규제정책을 습득하기 위한 것으로 보인다. 이에 청구법인은 2018.12.27. 甲기업과 SMART 표준설계변경인가 공동추진협약서를 체결하고, 표준설계변경인가 사업(SMART SDCA사업, 여기에는 쟁점사업 착수 전 연구개발을 완료한 완전피동안전계통기술이 포함되어 있음)을 진행하고 있다. (5) 쟁점사업(SMART 원자로 PPE 사업)의 실질은 청구법인이 A국 내 건설할 예정인 ‘SMART원전 건설 전 설계용역’이고 청구법인이 A국 측에 이 용역을 제공한 부가가치세 과세대상 사업이다. (가) 쟁점사업은 A국에 SMART 원자로를 건설하기에 앞서 원자로가 건설될 특정 부지의 기후, 지형 등 특수성을 반영한 건설 전 설계용역(Pre-Project Engineering)을 제공하고, 예비안정성분석보고서 등 인․허가문서를 작성하는 것이 요체다. (나) 통상적으로 원전을 수출하는 경우 원전의 설계부터 시작해서 건설까지 전부 진행한 다음, 최종적으로 완공된 원전을 발주국에 제공하고 원전의 운영에 관한 계약을 체결하는 턴키(turn-key) 방식의 수출계약이 진행된다. 이 건도 턴키 방식의 수출을 고려하였으나, A국은 처음부터 대규모 재정투자를 약정하는 것에 일정한 부담을 느낀다는 입장이었고, 양국의 협의 끝에 SMART 원전 도입을 단계별로 나누어 첫 단계부터 추진하기로 하였다. SMART 원전을 건설함에 있어 첫 번째 단계인 “설계용역” 부분만을 쟁점사업의 형태로 먼저 추진하기로 한 것이다. 쟁점사업이 바로 이 “설계용역” 부분이다. ※A국 SMART 원전 도입 시 업무별 진행절차 (다) 청구법인 2012년 7월 SMART원자로에 대한 표준설계인가를 획득하여 이미 관련 기술력을 인정받았다. 다만, 표준설계인가 대상이 되는 “표준설계”는 원전이 건설되는 부지의 특성과 관련된 설비 부분을 제외한 나머지 플랜트 설계에 한정되기 때문에(사업 부지에 따라 달리 설계되는 부분은 애당초 “표준설계”의 일부가 되지 못함) 개별 원전을 건설하기 위해서는 A국 사업 부지의 고유한 특성을 반영하는 추가 설계작업이 필요하고, 청구법인이 수행한 쟁점사업이 바로 그러한 사업이다. 즉, 쟁점사업은 종래 없던 기술을 새롭게 연구하고 개발하는 “연구개발사업”이 아니라, 이미 기술개발이 전부 완료된 SMART 원자로를 건설하기 위해 대상부지에 맞도록 추가 설계작업을 하고, 건설허가를 받기 위한 각종 인∙허가 서류를 준비하는 “용역의 수출사업”에 해당하는 것이다. (라) 이러한 사실은 쟁점사업의 결과물을 보면 명확해진다. A국의 경우 원자력 관련 법규 등 규제체계가 설립되어 있지 않아 쟁점사업을 우리나라의 원자력안전법을 기준으로 진행되었는데, 사업결과 “예비안전성분석보고서” “해체계획서” “사고관리계획서 작성계획서” 등 원자력안전법상 원자로의 건설허가를 신청할 때 제출하는 핵심 서류들을 준비하였다. 이와 같이 원자력 건설허가를 위한 서류들을 생성하는 것을 주된 목적으로 하는 사업을 두고 “연구개발사업”이라고 볼 수는 없는 것이다. (6) A국은 청구법인과 어떠한 “공동연구개발”을 수행할 기본역량 자체를 가지고 있지 않다. 청구법인은 세계적으로 SMART 원자로 등에 관한 고도기술을 보유하고 있는 반면, A국은 원자력 발전소를 전혀 보유하고 있지 않고, 원자력 발전소와 관련한 인∙허가 제도조차 제대로 도입하지 못하고 있는 원전 불모지 국가이다. 그렇기 때문에 쟁점사업에 있어 A국에너지 측은 전문인력에 대한 교육∙훈련도 SMART 원자로 수입 조건으로 요구하였다. 이에 청구법인은 쟁점협약에 따라 과거 미국으로부터 원전을 수입(○○호기 사업)하면서 받았던 현지 교육과정을 벤치마킹해서 A국 측 인력 43명에 대하여 ① 원자력공학 기본교육 (3개월), ② SMART 설계 기본교육 (3개월), ③ 직무훈련교육(OJT, 12개월), ④ 직무훈련교육 수료 후 SMART 설계과정에 참여하여 설계문서 및 도면을 생산하는 현장직무참여교육(OJP, 12개월) 등 수준 높은 원자로 계통설계 교육과정을 제공하였다. 그 중 현장직무참여교육은 원전을 수출하는 과정에서 통상적으로 이루어지는 교육과정의 일환일 뿐이나 조사청이 현장직무참여교육을 이유로 쟁점사업을 공동연구개발사업으로 보는 것은 잘못된 판단이다. (7) 한편, 쟁점협약상 양사가 공동으로 사업을 진행하도록 되어 있고, 사업비 일부를 한국이 분담한 것은 외교적 고려 때문이었다. A국은 한-A국 양국이 형식적으로나마 대등한 위치에서 함께 원자력 사업을 추진하고자 하는 목적이 있었고, 우리나라의 경우 그와 같은 형식과 무관하게 소형원전의 경쟁이 점차 치열해지는 상황에서 표준설계인가를 앞서 획득한 SMART 원자로를 성공적으로 수출∙건설함으로써 관련 시장을 선점하고자 하는 목적이 있었다. 이와 같은 양국의 이해관계에 따라 한국은 형식적인 부분에서는 A국의 요구를 수용하되, 실질적으로는 SMART 원자로를 수출하는 형태로 쟁점협약을 구성한 것이다. 국세기본법상 실질과세의 원칙에 따라 거래는 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 판단해야 하므로 쟁점사업의 실질이 SMART 원자로가 건설될 A국 사업장의 특수성을 반영하여 설계용역을 진행하고, 관련 인∙허가 서류를 준비하고 SMART 원자로 2개 호기를 설치하기에 앞서 A국 인력을 교육∙훈련하는 한 것이었다. 따라서 쟁점사업이 SMART 원자로 건설을 위한 용역의 공급인 이상 조사청이 쟁점협약서의 일부 형식적인 측면만을 근거로 하여 쟁점사업을 부가가치세법상 비과세사업으로 보는 것은 잘못이다. (8) 쟁점사업이 부가가치세 비과세사업이라는 조사청 의견에 대한 반박 (가) 조사청은 쟁점사업이 비과세사업이라는 근거로 ① 우리나라(정부, 청구법인, 민간업체)가 사업비 일부를 분담한 점, ② A국 인력 40여명에 대한 교육훈련 과정에 “직무참여 교육(OJP)”이 포함되어 있었다는 점, ③ 쟁점사업 결과 생산된 지적재산권(IP)을 청구법인과 A국 측이 공동 소유한다는 점을 들고 있다. 그러나 기본적으로 발주국 우위 시장에 해당하는 원전 시장에서는 수주국이 사업비의 일부를 부담하거나 상당 부분을 장기∙저금리로 대출하는 방법으로 발주국의 금전적 부담을 줄이고, 이에 더하여 교육훈련이나 기술이전 등 부수적인 혜택을 더하여 “패키지”를 제공하는 것이 일반적인 업계 관행이다. 특히, 원전을 처음 도입하려는 국가들은 원전 도입을 위한 금융지원뿐만 아니라 자국의 원전 인프라 구축을 위하여 인력 양성 등 많은 혜택을 요구하고 있고, 우리나라의 경우 미국이나 캐나다, 프랑스 등 세계 주요 전통적인 원자력 국가들과의 경쟁에서 우위를 점하기 위해 최대한 이를 수용하고 있는 형편이다. 단적으로, 우리나라의 대표적인 원전 수출 사례인 B국 원전의 경우도 총사업비(186억달러)의 절반 이상(100억달러)을 우리나라가 28년간 장기 대출해 주는 계약조건으로 수주가 이루어졌다. 이 건과 마찬가지로 중소형인 SMART 원전의 첫 수출을 달성하기 위해 형식적인 것 또는 여러 가지를 양보하되, 실질적으로는 SMART 원자로를 수출하는 것에 초점을 맞추어 쟁점협약을 체결하게 되었다. 공동연구개발은 대등한 기술력을 갖추고 있는 당사자(○○차:○○차 등) 사이에서나 상정할 수 있는 것이다. 세계적인 원자력 기술을 갖추고 있는 청구법인이 아무런 원자력 기술 및 규제기관조차 없는 A국 측과 실질적으로 공동연구개발활동을 한다는 것은 생각하기 어려운 것이다. 쟁점협약과 같이 형식적인 공동연구계약을 체결한다고 하더라도 그 실질은 용역의 공급(SMART 원자로 설계용역 및 교육훈련 등의 용역 제공)에 해당하는 것으로 보아야 한다. (나) 조사청은 청구법인의 2016년 예산(안)에 ‘SMART 고도화 공동개발사업’이라는 표현이 사용된 것을 들어 쟁점사업을 연구개발사업이라는 의견이나 이는 정부출연금 재원으로 수행한 사업의 명칭일 뿐이다. 쟁점사업 전체는 “SMART 건설 전 설계사업”이었다. 쟁점사업의 재원은 ① A국에너지원으로부터 받은 용역대가, ② 정부출연금, ③ 민간기업 출연금으로 구성되어 있다. 청구법인은 사업비를 구분하여 집행했고, 정부에 보고시에도 재원별로 구분하여 보고했는데, 정부출연금 부분에 대하여 “고도화”라는 표현을 사용한 것일 뿐이다. 이는 연구자들의 경우 정부출연금을 사용하는 경우 “고도화”라는 표현을 관행적으로 사용한다. 쟁점사업에 대한 청구법인의 인식이 그와 같다는 의미가 아니다. 쟁점사업의 ‘전체 총괄사업계획서’에서 쟁점사업을 “SMART 건설 전 설계사업”이라고 표현하고 있는데에서 이는 청구법인이 쟁점사업을 설계사업으로 인식하고 있다는 사실이 잘 드러난다. ※ 쟁점사업의 전체 총괄 사업계획서 중 일부 (다) 조사청은 쟁점사업에서 이윤이 발생하지 않았다고 보아 쟁점사업을 ‘연구개발사업’이라는 의견이나, 실제 14억원의 이윤이 발생하였다. ※ 쟁점사업의 총괄 사업비 사용명세서 中 (라) 조사청 의견과 달리 A국 측 교육인력 44명 중 5명을 제외하고는 전부 학사학위만 가지고 있었던 점만 보아도 그들이 청구법인의 전문인력 191명(석사이상 188명 98.4%)과 A국 측 교육인력이 청구법인 전문인력과 같이 쟁점사업에 관한 공동연구개발을 할 수 형편이 못되었다는 사실이 객관적으로 드러난다. ※ A국 측 교육인력과 청구법인의 쟁점사업 참여인력의 학력사항 (마) 조사청은 A국 측 인력 44명이 직무참여 교육(OJP)을 12개월 간 받은 점을 들어 쟁점사업을 공동연구개발사업으로 보고 있으나, 이는 잘못된 것이다. 쟁점사업에 있어 교육훈련 부분은 사업의 본질이 아니다 이러한 점은 쟁점사업의 세부 분야별 예산 1,482억 중 인력 양성 예산이 55억(3.7%)에 지나지 않는다는 점만 보아도 그 사실을 알 수 있다. ※ 쟁점사업의 세부 분야별 예산 현황 (바) 조사청은 쟁점사업의 경우 국내 인․허가기관으로부터 표준설계변경인가를 받지 못했으므로 새로운 기술개발을 위한 연구개발 단계로 보아야 한다는 의견이나, 이는 표준설계인가 제도를 완전히 오해한 것이다. 기본적으로 표준설계인가는 원자력발전소를 짓기 위한 필수사항이 아니다. 달리 말하면, SMART원전을 포함한 원자력발전소는 표준설계인가 획득 없이도 바로 건설허가를 받아 건설할 수 있다(당장 표준설계변경인가 취득 여부와 무관하게 A국 내 SMART 원전 건설하는 것은 언제든 가능함). 다만, 표준설계인가를 받은 사항에 대하여는 건설허가 또는 운영허가 제출서류에 그 내용을 기재하지 않아도 되므로 인∙허가 소요시간의 단축 및 비용절감을 할 수 있고, 기술력의 홍보 효과 등 이점이 상당하기 때문에 표준설계인가를 별도로 받는 것에 불과하다. 요약하면 표준설계인가는 기술개발의 충분조건이지, 필요조건이 아닌 것이다. 실제로 표준설계인가의 유효기간은 10년인데(원자력안전법 제12조 제3항. “제1항에 따른 인가의 유효기간은 10년으로 하되…”), 조사청 의견에 따르게 되면 직전 표준설계인가를 획득한 이후 10년 동안 기술개발을 통해 SMART 원전의 기능을 향상시키고 10년마다 표준설계변경인가를 받는 경우 청구법인의 SMART 원전 기술개발이 완료되지 않았다는 것을 뜻하는 기이한 결과에 이르게 되고 만다. 따라서 청구법인이 표준설계인가를 받은 상황은 쟁점사업의 기술개발은 이미 완료된 것이고, 표준설계변경인가를 받을지 말지는 청구법인의 선택에 불과할 뿐 이미 기술개발이 완료된 용역의 공급의 성질을 바꿀 것이 아니므로, 쟁점사업이 부가가치세 과세사업인지 여부를 판단함에 있어 표준설계변경인가사업의 추진 여부는 영향을 미치지 못한다. (사) 조사청은 청구법인과 甲기업이 진행하는 표준설계변경인가 사업(SDA사업)과 관련하여 甲기업이 청구법에게 지급하는 분담금의 경우 재화나 용역의 대가가 아니라는 취지의 답변(사전-2019-법령해석-부가-0314, 2019.8.28.)을 들어 쟁점사업 역시 부가가치세가 과세되는 용역거래가 아니라는 의견이다. 그러나 쟁점사업과 표준설계변경인가사업은 그 쟁점사업의 실질과 완전히 구별된다. 즉, ① 쟁점사업의 경우 청구법인이 단독으로 사업을 수행하고, A국 측은 단지 비용을 부담하고 연구개발 결과물을 취득한 것인 반면, ② 표준설계변경인가사업(SDA사업)의 경우 청구법인과 甲기업 모두 사업수행에 실질적으로 참여한 사례이다. 더 나아가 甲기업의 경우 기술력이 전무한 A국에너지원과는 달리 청구법인과 대등한 기술력을 갖추고 사업수행에 실제 참여할 수 있는 사업자이다. 이렇게 공동연구개발을 할 능력이 있는 당사자들이 실질적으로 사업에 참여하는 경우 상호 간에 용역의 공급이 없는 것으로 보는 것으 당연하고, 이를 근거로 본질적으로 전혀 다른 사업(용역의 수출)인 쟁점 사업을 달리 볼 수 없는 것이다. 나) (쟁점②) 쟁점사업 전체를 부가가치세 과세대상으로 볼 수 없다고 하더라도 쟁점사업과 관련되어 출연된 사업비(우리나라 부담 출연금+A국 부담 출연금) 중 A국 측이 부담한 금액비율(1억달러/1.3억달러, 약 77%)만큼은 청구법인이 A국에 영세율로 수출한 것(용역의 공급)이므로 관련 매입세액은 공제되어야 한다. (1) A국 측은 연구개발에 참여하지 아니하고 단지 연구개발비용(사업비)만 부담하고 그 결과물에 관한 권리만을 취득하기 때문에 A국 측이 부담하고 청구법인이 수취한 금액은 용역의 공급에 해당한다. 왜냐하면 연구개발활동은 청구법인만 하고 A국 측은 단순히 대가를 지급하고 그 연구결과물을 취득하였기 때문에 이러한 거래는 과세대상 거래이므로 이와 관련한 매입세액은 공제되어야 한다. 국세청은 “공동기술개발” 비용을 공동으로 부담하고 그 결과물(기술)을 공동으로 소유하더라도, 기술개발을 양측이 공동으로 한 것이 아니라 한쪽 당사자만이 수행한 경우 타방 당사자가 지출한 비용에 대해서는 용역의 공급에 대한 대가로 보고 있다(서면3팀-2134, 2005.11.25; 부가46015-105, 2001.01.15; 부가46015-2400, 1996.11.13.). (2) 백보 양보하여 쟁점사업을 통하여 A국에게 부가가치세 과세대상 용역을 공급한 것으로 볼 수 없다고 하더라고 쟁점사업과 관련하여 우리나라 부담분(0.3억달러) 중 청구법인이 부담한 금액비율(227.6억원/1,482억원, 약15.4%)만큼은 부가가치세 과세사업이므로 관련 매입세액은 공제되어야 한다. 이는 조사청 의견대로 쟁점사업이 부가가치세 과세대상이 아니라고 하더라도 쟁점사업은 SMART 원전과 관련된 연구개발비용으로써 이러한 연구개발의 결과로 습득되는 기술은 향후 수취할 기술사용료 수익(과세사업)과 관련되기 때문이다. 다) (쟁점③) 이 건 조사와 관련하여 청구법인은 2016년 제1기부터 2019년 제1기까지 쟁점사업과 관련하여 공제받은 매입세액이 8,079,597,549원이라는 확인서를 조사청에게 작성하여 주었으나, 여기에는 일부 착오가 있었다. 그 중 109,748,323원은 쟁점사업과 무관한 ‘SMART 건설관련 안정성 향상연구사업’과 관련된 매입세액이 포함되어 있는 것으로 뒤늦게 확인되므로 동 금액은 불공제할 매입세액에서 제외되어야 한다. 라) (쟁점④) 설령, 쟁점사업을 부가가치세가 과세되지 아니하는 공동연구개발사업으로 보아 이 건 부가가치세를 경정․고지하는 것이 적법하다고 하더라도 청구법인에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 있으므로 신고 및 납부불성실 가산세를 부과하는 것은 잘못이다. (1) 청구법인은 쟁점사업이 부가가치세 과세사업(외화획득 용역)이라는 전제에서 (i) 2016년 제1기〜제2기 부가가치세 1,312백만원에 대해서는 2018. 1.8. 경정청구서를 제출하였고, (ii) 2017년 제1기 이후 과세기간에 대해서는 관련 비용에 대한 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고․납부하였다. 그리고 과세관청은 2018.3.7. 청구법인의 경정청구를 인용하여 관련 과세표준을 감액하고 관련 매입세액을 환급해 주었다. 이와 같이 과세관청에서 청구법인의 경정청구를 인용한 것은 쟁점사업이 부가가치세 과세사업임을 인정한 것이다. 그리고 이러한 과세관청의 견해에 따라 청구법인은 2017년 제1기〜2017년 제2기 부가가치세 과세기간에 대해서는 별도의 수정신고를 하지 아니하였고, 2018년 제1기 이후 부가가치세 과세기간에 대해서도 계속해서 관련 비용에 대한 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고․납부하였다. 청구법인이 부가가치세 과세사업이라는 생각되어 경정청구를 하고 관련 매입세액을 환급받았는바, 나머지 과세기간에 대해 부가가치세 과세사업이 아니라고 보아 부가가치세를 신고․납부할 수는 없었던 것이다. (2) 법원, 조세심판원 및 국세청은 경정청구를 인용하였다가 다시 추징하는 경우 납세자에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정된다는 확고한 입장이다(서울고등법원2018누56574 2019.9.10. 상고심 대법원2019두54023 2020.12.24., 조심2013서4611, 2014.2.26., 조심2009서2689, 2010.9.30., 심사부가 2018-0087, 2019.3.22., 서면인터넷방문상담2팀-119, 2004.1.30. 같은 뜻임). 따라서 설령, 쟁점사업이 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업이라고 하여 이 건 부가가치세를 부과처분하는 것이 적법하다고 하더라도 청구법인에게 정확한 부가가치세 과세표준신고와 세액 납부의무 미이행에 대한 귀책을 묻기 어려우므로 이 건 가산세를 부과하는 처분은 부당하므로 취소되어야 한다. (3) 조사청의 의견과 달리, 청구법인은 비밀유지의무를 이유로 쟁점협약만을 제출하지 않았을 뿐, 조사청이 이 건 부가가치세 과세예고와 관련하여 과세의 근거로 삼고 있는 자료들을 2018.1.8. 경정청구 당시 전부 제출하였다. 구체적으로, 청구법인이 경정청구 증거자료로 제출한 2000.0.0.자 ‘미래창조과학부 보도자료’ 2쪽에는 “상세설계(PPE) 협약 주요내용”이라는 제목 아래 “양국은 PPE 사업에 3년간 총 1.3억달러(한국 0.3억달러, A국 1.0억달러)를 공동 투자하여 ① A국 내 SMART 건설을 위한 상세 설계, ② A국 연구인력(34명) 교육∙훈련, ③ SMART 1&2호기 건설 준비 등을 수행한다”는 내용이 나와 있고, 교육훈련과 관련하여 A국에너지원 연구인력에 대하여 원자력 기본교육, SMART 설계 기본교육, 설계분야별 실습교육 및 설계참여교육 등을 실시할 예정이라고 적시하고 있다. 또한, 같은 보도자료 4쪽에는 ‘쟁점사업 이전에 개발된 SMART IP의 소유권은 청구법인만 보유하며, A국에너지원에 무상 사용권을 부여하되, 쟁점사업 중 개발된 IP는 양측이 공동소유한다’는 내용도 분명하게 나와 있다. (4) 청구법인의 경정청구 담당자는 추가자료 제출요구 없이 경정청구를 인용결정하여 경정청구한 부가가세액을 환급해 주었다. 납세자가 제출 자료가 명확하지 않는 경우 추가로 자료 제출을 요청한다거나 경정청구 서류보완을 거부하는 경우 경정청구를 거부하는 것이 일반적임을 고려하면, 그 당시 경정청구는 납세자(청구법인)가 충분한 자료를 제출하였음을 짐작할 수 있다. (5) 한편, 청구법인이 관련 계약서를 제출하지 못했던 것은 비밀유지조항 때문이었다. 실제로 청구법인은 2016년 6월 국회의원 자료제출 요청 등 타 기관의 요청에도 일관되게 비밀유지조항을 근거로 이를 거부한 사실이 있다. 조사청의 거듭된 쟁점협약서 제출요구에 대하여 법률검토를 거친 결과, 제7조 제2항의 “정부에 의해 요구된 정보”에 대해서는 예외적으로 제출이 가능하다는 조항이 발견되어 쟁점협약서 사본을 제출하게 되었다. (6) 조사청은 청구법인이 2017년 제1기〜제2기 부가가치세를 신고하면서 쟁점협약서 제출 없이 부가가치세가 환급이 되는지 살펴본 후 2018.1.8. 경정청구를 제기하였다는 의견이나, 청구법인이 세무자문을 받은 후 국내분 거래와 해외분 거래를 구분하여 순차적으로 경정청구를 진행한 것을 조사청이 오해한 것이다. 청구법인은 2016년 12월경 ABC법인으로부터 부가가치세 관련 세무자문을 받은 후 관련 자료를 준비하여 반년이 조금 지난 2017년 7월경 국내분 거래 관련 경정청구(안정성 향상 연구 관련 경정청구)를 신청하여 2017년 9월 관련 매입세액을 환급받았다. 그다음 순서로 해외분 거래인 쟁점사업 관련하여 경정청구를 준비하여 2018.1.8. 제기하였다. 조사청은 2017년 제1기〜제2기 부가가치세를 신고하면서 영세율을 적용하고 관련 매입세액을 공제받은 것을 문제삼고 있으나, 청구법인은 이미 국내분 거래에 이어서 해외분 거래에 대하여도 경정청구를 제기할 것을 계획하고 있었기 때문에 정기신고시 경정청구할 내용(쟁점사업이 과세대상 사업이라는 내용)을 미리 반영한 것에 불과하다. 만약, 청구법인의 경정청구가 거부되었다면 청구법인은 당연히 2017년 제1기〜제2기 부가가치세를 수정신고하였을 것이다. 라. 판단 1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살펴본다. 가) 관련 법리 부가가치세법에서 비과세사업에 대하여 직접 규정하고 있지는 않지만, 부가가치세법상 비과세사업이란 그 문언상 부가가치세가 과세되지 않는 사업, 즉 부가가치세법에서 규정한 재화나 용역의 공급에 해당하지 않는 사업이라고 봄이 타당하다. 따라서 부가가치세법상 비과세사업에 해당하는 것은 부가가치세법에서 재화나 용역의 공급에 해당하지 않는다고 명시적으로 규정하고 있는 것(예를 들면 부가가치세법 제12조 제2항 은 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바 사업자가 제공하는 용역의 무상공급) 또는 부가가치세의 개념상 부가가치를 창출하는 것이 아니어서 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니함이 명백한 것 등을 의미한다고 할 것이다(서울행정법원 2013.11.14. 선고 2012구합29080 판결 참조). 한편, 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자의 경우 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액 역시 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것이다. 나) 쟁점사업이 부가가치세 과대대상사업인지에 대한 대한 판단 청구법인은 쟁점사업이 표준설계인가까지 받은 “SMART 원자로”를 A국에 건설하기 위해 대상부지에 맞도록 추가 설계작업을 하고, 건설허가를 받기 위한 각종 인∙허가 서류를 준비하며, A국 측 인력을 교육․훈련하는 등의 SMART 원전 수출의 첫 단계(“건설 전 설계사업”)사업이며, 이는 외화를 획득하는 용역을 공급한 사업이므로 부가가치세 과세대상사업임에도 조사청이 이와 관련한 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다고 주장하나, 다음과 같은 이유에서 쟁점사업은 부가가치세가 과세되지 아니하는 공동연구개발사업으로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 첫째, 청구법인의 사업총괄 책임연구원이 쟁점사업을 한 결과 SMART원자로의 기술향상(기술성숙도: 5․6단계→7단계)이 있었고, 현재까지 쟁점사업으로 인하여 기술사용료(로열티) 수익은 없으며 향후에도 SMART원자로 건설 수주를 못하면 기술사용료 수익이 발생하지 않는다고 진술에 비추어 국책 연구기관인 청구법인이 수행한 쟁점사업이 수익사업(제3자에게 용역을 공급한 사업)으로는 보이지 않는다. 둘째, 제3자에게 용역을 공급한 다른 수탁용역의 경우 연구결과물은 당연히 위탁자가 소유하는 반면, 쟁점사업의 연구결과로 새로 생성된 지적재산권을 청구법인과 A국 측이 공동으로 소유하고 있으며, 국세청이 쟁점사업의 후속사업으로 청구법인과 甲기업이 진행한 ‘SMART SDA사업’을 부가가치세 과세대상이 아니라고 회신한 점(사전-2019-법령해석부가-0314, 2019.8.28.)에 비추어 이에 선행하여 진행된 쟁점사업을 과세대상 사업으로 보기는 어려운 점, ‘SMART SDA사업의 연구결과로 생성된 지적재산권이 이례적으로 청구법인과 甲기업뿐만 아니라 A국 측이 공동으로 소유하고 있는 점에 비추어 쟁점사업을 부가가치세 과세대상인 수익사업으로 보기는 어렵다. 셋째, 쟁점사업에 따라 작성된 예비안전성분석보고서(PSAR)에 A국 측 엔지니어들의 이름이 기재되어 있는 점, 쟁점사업이 완료된 이후 2019.9.18. 공동으로 원자력연구센터를 설립에 합의하고 원자력연구센터를 운영하고 있는 점 등으로 보아 쟁점사업이 공동연구개발사업으로 보인다. 넷째, 위와 같이 쟁점사업은 2015년 3월 한-A국 간 맺은 원자력협력프로그램에 관한 양해각서를 기반으로 A국 내에 첫 호기 건설 및 상용화를 위한 장기 프로젝트의 첫 단계로 실증 경험이 없는 SMART원자로 기술의 고도화를 위하여 2015.9.2. 쟁점협약을 체결하고, 청구법인과 A국에너지원이 연구개발비용을 분담하여 공동연구개발활동을 한 것으로 보인다. 각 국이 원자로를 수출하기 위해서는 실제 원자로를 건설하여 경제성과 안정성을 발주 희망국가들에게 입증하여야 하나, 청구법인의 SMART원자로 기술은 현재까지 단 1기도 실제 건설된 적이 없는바, 쟁점사업을 바로 원전 수출의 첫단계라고 보기보다는 수출 이전의 SMART원자로 기술의 고도화 연구단계로 봄이 타당하다. 2) 다음으로 청구법인의 예비적 주장인 쟁점②에 대하여 본다. 청구법인은 총사업비 중 A국 측이 부담분 또는 청구법인 부담분은 부가가치세 과세대상과 관련되어 있으므로 이와 관련된 매입세액은 공제대상이라고 주장한다. 그러나 쟁점사업이 SMART 고도화를 위하여 청구법인만이 단독으로 연구개발활동을 한 것이 아니라 청구법인과 A국 측이 사업비를 분담하여 출연하고, 이를 재원으로 하여 부가가치세 과세대상이 아닌 연구개발활동을 공동으로 수행한 것으로 보이는바, 따라서 사업비 중 A국 측이 부담한 금액이라 하여 그 금액을 용역을 공급한 거래라고 볼 수는 없으며, 관련 매입세액 역시 불공제하는 것이 타당하다고 판단된다. 또한, 쟁점사업이 부가가치세가 과세되지 아니하는 공동연구개발사업일 뿐이어서 청구법인이 부담한 사업비라 하여 이를 별도로 부가가치세 과세대상 사업으로 보아 관련 매입세액을 공제할 수는 없다고 판단된다. 3) 다음으로 쟁점③에 대하여 본다. 청구법인은 조사청이 쟁점사업과 관련된 것으로 보아 불공제한 매입세액 중 109,748,323원은 동 사업과 무관한 ‘SMART 피동안전계통 개발사업’과 관련된 것이라 불공제 대상에서 제외하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 2015.12.22. 쟁점사업과 관련하여 작성한 사업계획서를 보면, ‘SMART 피동안전계통 개발사업’은 쟁점사업과 관련되어 있는 것으로 나타나고, 설령 쟁점사업과 관련이 없다고 하더라도 청구법인이 2015.12.13. 작성한 2016년 사업계획서 및 예산(안) 책자를 보면, ‘SMART 건설관련 안전성 향상연구사업’은 정부수탁사업이기 때문에 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업(비과세사업)이어서 여기에 포함되어 있는 ‘SMART 피동안전계통 개발사업’과 관련되어 있는 매입세액은 불공제대상이라는 사실에는 변함이 없어 보여 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4) 마지막으로 쟁점④에 대하여 본다. 청구법인은 2018.18. 쟁점사업과 관련하여 제기한 2016년 제1기〜제2기 경정청구를 과세관청이 2018.3.7. 인용한 사실을 들어, 설령 쟁점사업이 부가가치세 과세대상이 아니어서 관련 매입세액을 불공제하는 것이 타당하다고 하더라도 청구법인에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장한다. 그러나 다음과 같은 사정에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 첫째, 청구법인이 경정청구시 쟁점사업이 과세대상인지 여부를 판단할 수 있는 핵심적인 근거서류인 쟁점협약서를 제출하지 아니하고, 쟁점협약서 중 첫 장, 서명이 나오는 끝장 및 송장(Invoice)만 제출함으로써 과세관청이 쟁점사업과 관련하여 A국 측이 당연히 부담하는 몫이어서 청구법인에게 송금한 연구개발비(사업비)를 과세대상 영세율 매출거래(외화를 획득하는 용역의 공급거래)로 오인하게 한 요인을 제공한 것으로 보인다. 둘째, 쟁점사업과 관련한 경정청구 인용결정일인 2018.3.7. 이전, 2017년 제1기 예정∼2017년 제2기 확정 과세기간분 부가가치세 신고시 청구법인은 이미 쟁점사업과 관련하여 A국 측으로부터 받은 연구개발비를 영세율 매출로, 쟁점사업과 관련한 매입세액을 공제대상으로 하여 신고한 사실이 있어 청구법인에게 과세관청의 잘못된 경정청구 인용에 따른 신의칙을 적용할 여지가 적어 보인다. 셋째, 과세관청이 납세의무자의 경정청구를 받아들였다는 사정만으로는 재경정처분을 하지 아니하겠다는 과세관청의 공적인 견해표명이 있었다고 보기는 어렵고(서울행정법원 2014.2.28. 선고 2013구합59019 판결 등 참조), 법령의 부지나 오해는 가산세 감면의 정당한 사유가 아니다.
이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.