메탈의 실질적 수입자가 아닌 청구법인에게 발행된 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로, 쟁점매입세액은 매입세액 불공제 대상이다.
메탈의 실질적 수입자가 아닌 청구법인에게 발행된 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로, 쟁점매입세액은 매입세액 불공제 대상이다.
이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.
• AA(주)(본사 주소: 인천 연수구, 이하 “AA”이라 한다)은 1985.9.23. 설립되어 자동차 촉매의 제조‧판매업 등을 주요 영업으로 하고 있는 회사이다.
• 청구법인과 AA 모두 벨기에 BBBB 그룹의 계열회사로 외국인투자촉진법상 외국인투자기업이다.
• AA은 쿼터를 초과하는 물량의 추가 확보를 위해, 2020. 4월 청구법인과 “상품매매계약서”라는 명칭으로 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였다.
• 청구법인은 독일 가공법인으로부터 일부 솔루션을 수입하고 이를 AA에게 공급하는 형태로 쟁점계약 상의 의무를 이행하였다.
• 상기한 메탈‧솔루션 관련 거래의 흐름 등을 도식화하여 나타내면 다음과 같다. <그림>
• 청구법인은 쟁점세금계산서 수취와 관련하여, 2020년제2기 부가가치세 확정신고 및 2021년제1기 부가가치세 예정신고 시 관련 부가가치세(총 2,207백만원)를 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)으로 공제하여 환급신고하였다.
• 청구법인에게 2021.4.19. 2020년제2기 부가가치세 1,818,180,963원(가산세 포함)이 반영된 과세예고통지를 하고, 2021.5.14. 2021년제1기 부가가치세 1,051,257,802원(가산세 포함)이 반영된 과세예고통지를 하였다.
○ 쟁점매입세액(무환수입된 메탈에 대한 부가가치세액)은 매입세액공제 대상이다.
- 가. 재화의 무환수입과 관련된 매입세액공제의 요건 충족을 위해서는 ‘사업자가 자기의 사업을 위해 재화를 수입하는 경우’이면 되는 것이지 재화를 수입하는 당해 사업자가 반드시 재화의 소유권자가 될 필요는 없다.
1. 재화의 수입과 관련된 매입세액공제의 요건은 부가가치세법제38조 제1항 제2호에 규정되어 있다. 이에 따르면 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액”을 매입세액공제 대상으로 하고 있다.
2. 청구법인이 무환으로 수입하여 AA에게 다시 공급하는 솔루션은 청구법인이 청구법인의 사업인 사업지원 서비스업(BBBB 계열사인 AA에 대한 그룹 내 서비스 제공) 등을 위하여 사용할 목적으로 수입하는 재화에 해당되므로 매입세액공제 대상이며, 솔루션의 구성 요소인 무환수입된 메탈 역시 매입세액공제 대상으로 보아야 한다.
3. 여기서, 재화의 수입자(청구법인)가 반드시 수입 후 재화의 소유자(AA)와 일치할 필요는 없다. 기획재정부 해석례(부가, 재소비46015-149, 1997.5.12.) 등에서도 무환수입된 부품에 대해서 실제 자기자산이 아니더라도 자기의 사업을 위해 사용되는 재화로 보아 매입세액 공제를 인정한 바 있다.
- 나. 쟁점세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’가 아니다.
1. 통지관서는 무환수입된 메탈 수입의 효과가 청구법인이 아닌 AA에게 귀속됨에도 청구법인이 쟁점세금계산서를 교부받았다는 점을 들어 이를 사실과 다른 세금계산서로 보고 있다.
2. 하지만, 앞서 언급한 바와 같이 수입자와 소유자가 일치할 필요가 없고, 부가가치세법제29조 제2항, 제35조 제1항은 수입된 재화에 대한 세금계산서를 “수입하는 자”에게 발급하도록 규정하면서 재화의 수입에 대해서 일반적인 공급가액이 아니라 “관세의 과세가격” 등을 과세표준으로 보도록 규정하고 있으므로,
• 메탈의 소유권(소유권자: AA)귀속 주체와 상관없이 자신의 사업을 위해 메탈을 무환으로 수입한 이상 메탈의 수입자인 청구법인에게 발행된 수입세금계산서는 적법한 세금계산서이며 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다.
3. 더욱이 무환수입된 메탈에 대한 쟁점세금계산서는 국가기관(세관장)이 교부한 세금계산서이므로 일부 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우에 해당된다고 보더라도 이를 교부받은 납세자 보호 차원에서 그 공신력이 인정되어야 할 것이다.
- 다. 쟁점세금계산서와 관련한 부가가치세 납부 및 수취 방식으로 인해 조세의 탈루 내지 일실이 발생한 것은 아니라는 점도 고려되어야 한다.
1. 청구법인이 수입한 솔루션에 대해서는 AA이 수입한 그것과 마찬가지로 ‘(무환수입된 메탈의 가격 + 가공비 + 관세 등) × 10% ’에 해당하는 부가가치세가 납부되었고 이것이 매입세액으로 공제되게 되면,
• “AA→○○/○○ 자동차 등→최종 소비자”로 이어지는 공급 구조 하에서 궁극적으로 최종소비자가 부담한 최종생산물 가격 × 10%에 해당하는 부가가치세만이 국가의 조세수입이 된다.
2. 쟁점세금계산서가 AA을 수입자로 하여 발행된 경우에도 동일한 효과로 이어지게 되므로, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하였다고 하여 국가의 조세수입이 감소한 것은 아니다.
• 오히려, 쟁점매입세액의 공제를 부인하면 결과적으로 최종소비자가 부담하는 가격 × 10%에 해당하는 부가가치세를 초과하는 금액이 부가가치세로 납부되는 부당한 결과가 초래된다.
- 라. 결론 상기와 같은 사정을 고려할 때 쟁점세금계산서는 일반적인 형태의 수입세금계산서와 별반 다를 바 없으므로, 쟁점매입세액 역시 매입세액공제 대상으로 보아야 하며 본 건 과세예고통지는 취소되어야 한다.
○ 쟁점매입세액(메탈에 대한 부가가치세액)은 매입세액 불공제 대상이다.
- 가. 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 쟁점매입세액은 매입세액 불공제 대상이다.
1. 대법원 판례(2011.4.28. 선고 대법원2009두11546)에 따르면 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다.
2. 청구법인은 독일 가공법인으로부터 메탈의 소유권을 이전받은 것이 아니라 메탈에 대한 임가공 용역만을 제공받아 완성된 솔루션을 인도받고, 독일 가공법인에 가공비를 지불하였다.
• 또한, 청구법인은 AA에게 완성된 솔루션을 인도하고 가공비에 이윤을 가산한 금액(매출세금계산서 상 공급가액)만큼만 지급받았다.
• 청구법인 스스로도 인정하듯 청구법인이 솔루션을 인도받기 이전부터 솔루션이 AA에게 인도되기까지 메탈의 소유권자는 줄곧 AA이었으므로, 청구법인은 독일 가공법인 등에게 메탈에 대한 대가를 지불할 필요도 없었고 AA으로부터 메탈에 대한 대가를 받을 필요도 없었던 것이다.
3. 상기의 사정을 고려하면 메탈 수입의 효과는 형식상의 수입 신고 명의인인 청구법인이 아닌 AA에게 귀속된다고 보아야 할 것이다. 따라서, 쟁점세금계산서는 필요적 기재사항인 공급받는 자(의 등록번호)가 사실과 다르게 적힌 세금계산서, 즉 사실과 다른 세금계산서이므로 부가가치세법제39조 제1항에 의해 매입세액 불공제 대상이다.
- 나. 쟁점매입세액은 사업과 직접적 관련이 없는 지출에 대한 매입세액이라는 측면에서도 매입세액 불공제 대상이다.
1. 쟁점계약에 따라 청구법인이 AA에게 제공한 임가공용역(청구법인은 독일 가공법인에 대한 하청을 통해 AA에게 계약상의 의무를 이행함)의 내용을 살펴보면, 메탈은 임가공을 행하는 대상이지 임가공용역 제공을 위해 투입되는 생산요소에 해당하지 않는다.
2. 또한, 메탈은 AA이 일본 등에 소재한 메탈 공급업체로부터 직접 대금을 지급하고 구입한 것으로, 앞에서도 언급한 바와 같이 메탈의 소유권은 청구법인의 계약 이행 과정에서 줄곧 AA에게 유보되어 있다.
3. 결국, ‘메탈 구입’은 청구법인의 사업(임가공용역 제공)과 직접적 관련이 없는 지출에 해당하여 이에 대한 매입세액은 공제되지 않는다고 보아야 한다.
- 다. 쟁점세금계산서로 인해 세금계산서 상 거래흐름이 실질적 거래흐름과 어긋나게 되는 왜곡이 발생하였고, 청구법인이 이를 제재하는 의미의 매입세액 불공제 규정을 위반하여 매입세액공제를 적용하였다면 조세의 일실이 발생한 것이다.
1. 메탈은 AA이 일본 등에 소재한 공급업체로부터 구매한 것으로, AA은 메탈이 포함된 솔루션을 재료로 하여 촉매제를 제조‧판매한다. 회계처리 상으로 메탈 구매 비용은 AA의 매출원가를 구성한다.
2. 따라서, 세금계산서는 ‘세관장→AA→촉매제 등 구매자’로 이어지는 메탈의 거래흐름에 따라 그대로 발행되어야 한다. 하지만, 쟁점세금계산서로 인해 세금계산서 상 메탈의 거래흐름은 ‘세관장→청구법인’ 및 ‘AA→촉매제 등 구매자’의 형태로 분리되어 나타나게 된다. 그 결과 AA에게는 ‘매입세금계산서 없는 매출원가’가 발생하게 되어 거래질서가 왜곡된다.
3. 부가가치세법제39조 제1항 제2호에서 사실과 다른 세금계산서에 대해 매입세액을 불공제하는 것에는 이러한 거래질서 왜곡에 대한 제재의 의미가 있는 것이며, 청구법인이 이를 위반하여 매입세액공제를 적용하였다면 그만큼 조세의 일실이 발생하였다고 보아야 한다.
- 라. 결론 쟁점세금계산서는 거래질서를 왜곡하는 ‘사실과 다른 세금계산서’이고, 쟁점매입세액은 청구법인의 사업과 직접적 관련이 없는 지출에 대한 것이므로 쟁점매입세액을 불공제 대상으로 본 통지관서의 과세예고통지는 타당하다.
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다. 2) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】
① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 3) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3-1) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】([2021.2.17.-31445호]일부개정, 이하 같다) 법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
9. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우
10. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당하지 않음에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우 3-2) 부가가치세법 시행령 제77조 【사업과 직접 관련이 없는 지출】 법 제39조제1항제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조, 제49조제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다. 3-2-1) 소득세법 시행령 제78조 【업무와 관련 없는 지출】([2021.2.19.-31472호]타법개정) 법 제33조제1항제13호에서 "직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득·관리함으로써 발생하는 취득비·유지비·수선비와 이와 관련되는 필요경비
2. 사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지·건물등의 유지비·수선비·사용료와 이와 관련되는 지출금 (이하 생략) 3-2-2) 법인세법 시행령 제50조 【업무와 관련이 없는 지출】([2021.02.17.-31443호]일부개정)
① 법 제27조제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지출금액을 말한다.
1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. (단서 이하 생략) 4) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】
① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 5) 부가가치세법 제35조 【수입세금계산서】
① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.
⑤ 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 5-1) 부가가치세법 시행령 제72조 【수입세금계산서】
① 법 제35조제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 법 제50조의2제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다.
1. 청구법인 및 AA 주요 현황
(1) 등기사항전부증명서에 따르면, BBBB 그룹의 계열회사인 청구법인은 본점이 서울 서초구에 소재한 회사로 일반 무역업, 무역 중개업, 사업지원서비스업(계열 회사에 그룹 내 기능 서비스 제공 등 포함) 등을 목적으로 하고 있는 회사이다.
(2) 국세청 전산시스템(NTIS)자료에 의하면, 청구법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.
(3) 청구법인의 최근 5개 사업연도(2016∼2020년)에 대한 법인세 및 최근 부가가치세 신고 내역을 요약하면 다음과 같다. < 표 >
(4) 청구법인의 2020년 말 기준 재무제표를 요약하면 다음과 같다.
(1) AA은 독일의 D A.G와 국내의 (주)의 합작투자 계약에 의거 1985.9.23. 설립되어 자동차 촉매의 제조, 판매업 등을 주요 영업으로 하고 있으며, 현재 BBBB 그룹의 계열회사로 회사의 본점은 인천 연수구에 있다.
• 등기사항전부증명서에 따르면, AA은 자동차 촉매의 제조판매 등을 목적으로 하고 있으며, 2020.12.31. 현재 납입자본금은 28,862백만원이다.
(2) 국세청 전산시스템(NTIS)자료에 의하면, AA의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다. < AA의 사업자등록 기본사항 >
(3) 금융감독원 전자공시시스템을 통해 파악된 AA의 최근 5개연도(2016년∼2020년)의 재무제표를 요약하면 다음과 같다. < 표 >
2. 과세예고통지 및 과세전적부심사청구 내역 통지관서는 청구법인의 2020년제2기 부가가치세 확정신고 및 2021년제1기 부가가치세 예정신고와 관련하여 2021.2.24.∼2021.3.3. 현장확인을 실시한 결과,
• 쟁점세금계산서와 관련한 수입의 효과가 청구법인에게 귀속되지 않고 AA에게 귀속됨을 이유로 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 다음과 같이 과세예고통지하였고,
• 청구법인은 이에 불복하여 2021.5.7. 및 2021.6.1. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다. < 표 >
3. 부가가치세 환급 현장확인 보고서 및 검토서
4. 과세사실판단자문위원회 의결 결과 통지관서는 쟁점세금계산서 상의 쟁점매입세액 공제 여부에 대해 ○○지방국세청에 과세사실판단자문을 신청하였으며, 과세사실판단자문위원회는 2021.4.15. 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 쟁점매입세액을 불공제하는 것이 타당하고 의결하였다.
5. 쟁점계약 계약서 AA과 청구법인이 2020.4월 체결한 쟁점계약에 대한 계약서의 내용은 다음과 같다. < 그림 >
6. 청구법인의 세부주장 및 근거
(1) AA의 메탈 구입 및 가공‧수입 AA은 DDDD 등 국외에 소재한 귀금속 공급업체들로부터 자동차 촉매제 제조에 필요한 메탈을 구매한다.
• AA은 독일 가공법인에 구매한 메탈의 임가공을 맡기고, 가공이 완료된 솔루션을 수입하여 왔다.
(2) 청구법인과 AA 간의 무상사급계약 그런데 화학물질 관련 법령상 AA이 수입할 수 있는 솔루션에는 일정한 수량 제한(쿼터)이 있다. 이에 AA은 BBBB 그룹 내 계열회사들에게 지원서비스를 제공하는 청구법인과 P ** solution/P * solution(솔루션)의 임가공에 관한 무상사급계약을 체결하였다고 봄이 타당하다.
• 구체적으로, ① AA은 청구법인에게 임가공을 통한 솔루션 완성을 위탁하면서, 청구법인에게 메탈 전부를 제공하였고, ② 청구법인은 AA에게 임가공 용역을 제공하고 임가공 용역에 대한 대가를 청구하였다.
(3) 청구법인의 솔루션 수입 청구법인은 아래와 같이 청구법인의 명의로 솔루션에 대한 화학물질 등록 절차를 거쳤기 때문에, (AA의 쿼터와 별도로) 임가공업자로서 자신만의 쿼터를 가지고 솔루션을 제조‧수입할 권리를 보유하고 있었다.
• 이에 청구법인은 솔루션 완성을 위한 임가공을 직접 수행하지 않고, AA과 마찬가지로 독일 가공법인에 임가공을 하도급 한 후 가공된 용액(솔루션)을 수입하였다.
• 청구법인은 솔루션의 수입 과정에서 부가가치세법제29조 제2항, 관세법제15조에 따라 관세의 과세가격(① 메탈의 가격과 ② 청구법인이 독일 가공법인에 지급하는 임가공 비용의 합계)에 ③ 관세 등을 합한 금액을 과세표준으로 하여 수입부가가치세를 납부하고,
• 청구법인을 수입자로 하는 수입세금계산서를 인천세관장으로부터 발급받아 이를 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 한편, 청구법인은 AA에 임가공용역을 제공하기 위하여 유해화학물질(유독물질)의 수입자로서 수입하는 유독물질의 종류와 용도 등을 환경부장관에게 신고하였고(화학물질관리법제20조 제2항), 수입 이후 국내에서 유해화학물질별 취급시설기준 및 취급기준을 준수하였다(화학물질관리법제13조 등 참조).
• 이상에서 언급한 내용들을 도표로 표현하면 다음과 같다. < 그림 >
(1) 청구법인은 청구법인의 사업활동(=임가공용역)을 수행하기 위해 솔루션을 수입한 것이므로, 청구법인이 납부한 수입부가가치세는 매입세액 공제가 허용되어야 한다. (가) 사업자가 수입한 재화를 자기의 사업을 위하여 사용할 경우 관련 수입부가가치세가 매입세액 공제 대상이라는 점은 부가가치세법령의 문언상 명백하다. 부가가치세법제38조 제1항 제2호는 매출세액에서 공제하는 매입세액의 요건으로 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액”일 것을 요구하고 있다. 이를 달리 말하면, 자신의 사업과 무관하게 사용될 재화를 수입하면서 부가가치세를 납부한 경우 매입세액 공제를 받지 못하는 것이다.
• 이는 수입하는 재화에 대한 부가가치세에 특유한 원칙이 아니라 매입세액 공제를 위한 일반적인 원칙이다. 즉, 부가가치세법제39조 제1항 제4호는 위의 같은 법 제38조 제1항 제2호와 동일한 취지에서 “사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액”을 매출세액에서 공제하지 않는다고 정하고 있고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제77조, 법인세법 시행령 제50조제1항 제1호는 “다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금”을 매입세액 불공제 대상으로 규정하고 있다.
• 이와 관련하여, 이 사건의 쟁점, 즉 ‘청구법인이 발급받은 수입세금계산서가 적법한 세금계산서인지 여부’는 ‘청구법인이 솔루션에 대한 소유권을 가지고 있는지’ 내지 ‘메탈의 소유권자가 청구법인인지 아니면 AA인지’에 따라 결정될 것이 아니라 청구법인이 임가공업자로서 AA에 대하여 임가공용역을 제공하기 위해서 솔루션을 수입한 것인지 여부에 따라 결정되어야 하는 것이다. (나) 솔루션은 청구법인이 자신의 사업활동(=임가공용역)을 수행하기 위하여 수입한 것이므로 매입세액 공제가 허용되어야만 한다. 청구법인의 경우 “BBBB 계열사(AA)에 대한 서비스 제공”이라는 청구법인의 고유한 사업 목적을 달성하기 위하여 솔루션을 수입한 것이므로, 메탈의 수입에 대한 부가가치세액은 매입세액 공제가 허용됨이 타당하다.
• 기본적으로 솔루션은 AA이 자동차 촉매제를 제조함에 있어 최종적으로 사용될 재료이다. 그러나 그와 동시에 청구법인은 AA에 대한 임가공용역의 공급자이며, 청구법인은 청구법인의 사업활동(AA에 대한 임가공용역 공급)을 수행하기 위해 독일 가공법인에 위탁가공을 맡기고 그 결과물인 솔루션을 수입한 것이라는 점에서, 솔루션은 청구법인의 사업을 위하여 사용되기 위한 목적에서 수입된 것이다.
• 이는 청구법인이 독일 가공법인에게 당해 법인으로부터 제공받은 용역에 대한 대가를 직접 지급했다는 점에서도 확인할 수 있다. 청구법인은 임가공업자로서 독일 가공법인에 메탈의 임가공을 하도급 하고 그 대가를 지급한 것인 바, 그에 대한 결과물인 솔루션은 청구법인의 사업과 관련된 것으로 봄이 합리적이다.
(2) 수입자가 자기의 사업을 위해 수입한 것이라면 매입세액 공제가 허용된다는 것이 기획재정부와 국세청 해석례의 확고한 입장이다. 다수의 기획재정부 및 국세청 해석례는 내국법인이 외국법인과의 계약에 따라 “특정 용역의 공급주체”로서 이를 위한 부품을 “무환수입”하면서 부담한 부가가치세액도 매출세액에서 공제된다고 보고 있다.
• 예컨대 기획재정부는 내국법인이 국외관계사와의 계약에 따라 유지보수서비스의 주체로서 수리용부품을 무환수입하면서 부담한 부가가치세액은 매출세액에서 공제된다고 보고 있다(부가가치세제과-467, 2010.07.12.).
• 위 사안에서 내국법인이 유지보수서비스 대가의 매출세액에서 당해 서비스용 부품을 무환수입하면서 부담한 부가가치세액을 공제받을 수 있는 것과 마찬가지로, 청구법인 역시 AA에 대한 임가공용역 서비스 대가의 매출세액에서 임가공물품을 수입한 부가가치세액을 매입세액으로서 공제받을 수 있어야 한다.
• 또한, 기획재정부는 기계장비의 국내 세관 통과 및 기계설치 장소까지의 “운반용역대행업무” 수행 후 일정액의 수수료를 받는 무역대행업자(운송업자)가 기계장비를 무환수입통관(임대물품으로 세관장이 가격 결정함)함에 있어 수입신고필증에 자신을 수입자 및 납세의무자로 하여 통관 시 부담하는 관세 및 부가가치세 등을 납부하고 수입세금계산서를 발급받은 경우, 해당 무역대행업자(운송업자)가 동 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받을 수 있다고 해석하고 있다(재부가-862, 2007.12.18.).
• 즉, 재화를 수입한 자가 영위한 사업이 재화의 판매인지 용역의 공급인지, 나아가 용역의 공급인 경우 공급한 용역의 구체적인 성격이 어떠한 것인지를 불문하고, 단순히 타인의 사업을 위한 수입대행이 아니라 자신의 사업(예컨대 임가공용역)을 영위하면서 수입한 것이라면, (설령 그가 영위하는 사업이 용역을 공급하면서 수수료만을 받고 있더라도) 매입세액 공제를 인정해 주고 있는 것이다.
• 같은 취지에서, 청구법인이 솔루션을 무상으로 수입하였거나 솔루션을 사용하여 임가공용역을 공급하고 그에 대한 대가로 일정액의 수수료만 받았다 하여도, 단순 수입대행 이상의 역할을 하고 있는 청구법인을 형식상의 수입신고 명의인으로 볼 수는 없다.
(3) 청구법인의 세금계산서 수수 방식에 따라 발생한 조세의 일실이나 탈루가 없으며, 부가가치세 세원 관리에도 어떠한 문제도 없었다. (가) 청구법인은 단지 청구법인이 세관장에 납부한 수입 부가가치세를 환급 받고자 할 뿐이다. 청구법인은 솔루션을 수입할 당시 수입부가가치세를 세관장에 적법하게 납부하였고, 청구법인의 세금계산서 수수 방식에 따라 어떠한 조세의 일실이나 탈루가 없었다.
• 앞에서 언급한 바와 같이 청구법인은 솔루션의 수입 과정에서 부가가치세법제29조 제2항, 관세법제15조에 따라 관세의 과세가격(① 메탈의 가격과 ② 청구법인이 독일 가공법인에 지급하는 임가공 비용의 합계)에 ③ 관세 등을 합한 금액을 과세표준으로 하여 수입부가가치세를 납부하였다.
• 즉, 청구법인은 본 건 물품(메탈)을 무상으로 수입하였더라도 관세법과 부가가치세법에 따라 양(+)의 값으로 산정되는 관세의 과세표준과 부가가치세의 과세표준을 적법하게 신고하여 부가가치세를 세관장에게 납부하였고, 그에 따라 세관장으로부터 수입세금계산서를 적법하게 교부 받은 것이다.
• 이렇듯 재화를 수입하는 자는 부가가치세법제29조 제2항 등에 따라 재화의 수입에 대한 부가가치세액을 세관장에게 관세와 함께 납부하게 되고, 같은 법 제38조 제1항에 따르면 다시 그 부가가치세액 상당액을 매입세액 공제의 형태로 세무서에서 환급받도록 되어 있다. 즉, 전단계 세액공제제도를 채택한 우리 부가가치세제는 재화를 수입하는 자가 부가가치세액을 납부한 금액만큼 다시 이를 그 다음 단계에서 공제받는 구조이기 때문에, 당해 거래 단계를 통해 세관장이 종국적으로 징수하는 부가가치세액의 총 세수는 변동되지 않는다. 본 건에서 청구법인에 의해 관련 부가가치세가 모두 국가에 신고, 납부되어 부가가치세 일실이 없었을 뿐만 아니라 부가가치세 세원 관리에 문제가 발생한 바가 전혀 없었던 것이다.
• 그럼에도 만약 청구법인에게 쟁점매입세액의 매입세액공제를 허용해주지 않는다면, 청구법인은 스스로 창출한 부가가치를 넘는 과도한 세금(VAT)을 납부하여야 하는바, 이는 수입 시 관련 세금을 전액 납부하고 세금계산서를 수취한 청구법인으로서 도저히 예상할 수 없었던 지나치게 가혹한 처사이다.
• 오히려, 쟁점매입세액의 공제를 부인하면 전단계 매입세액공제법에 따라 향후 AA이 ○○자동차에 판매 시 발생하는 매출부가가치세와 함께 부가가치세를 이중으로 납부하게 되며 구제방법은 없게 되는 지극히 불합리한 결과가 초래된다.
• 같은 취지에서, 최근 조세심판원 합동회의 결정 및 그에 따른 후속 결정은 위탁 거래의 요소가 강하여 일반 매매거래인지 여부가 모호한 사안(즉, 공급계약의 당사자가 누구인지 모호한 사안)에서도, 일반 매매거래를 통하여 부가가치세가 탈루가 되거나 거래 단계가 왜곡된 사실이 없는 점 등을 고려하여, 매입세액 공제가 허용되어야 한다는 입장을 반복하여 밝힌 바 있다(조심2016부0275, 2016.12.20., 조심2014구3765, 2017.11.8.).
• 결론적으로, 본 건에서는 부가가치세가 누락된 바도 없고, 국가에 모든 관련 부가가치세가 신고‧납부됨에 따라 세금계산서 발급의 거래질서를 어지럽히는 결과도 전혀 발생하지 않는다. 이 점에서도 청구법인은 청구법인이 세관장에게 납부한 부가가치세를 환급받을 수 있어야 한다. (나) 청구법인이 문제된 수입세금계산서를 국가기관(세관장)으로부터 발급받았다는 점도 적극적으로 고려되어야 한다. 대법원은 명의도용 등으로 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우와 같이 ‘세금계산서’ 기재가 일부 사실과 다르다고 하더라도 공급받는 자가 실제 공급자와 세금계산서 상 공급자를 다름을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 있을 경우 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 있다고 일관되게 판시하여 왔다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결, 대법원 1986. 2. 11. 선고 85누834 판결 등).
• 납세자 입장에서는 ‘세금계산서’의 기재가 착오로 인하여 일부 사실과 달랐다고 하더라도, 관련 부가가치세를 성실히 납부한 경우가 있을 수 있고, 그렇다면 단지 세금계산서의 기재가 일부 사실과 다르다는 형식적인 이유만으로 납세자에게 추가로 부가가치세를 납부하도록 강요하고, 납세자의 억울한 착오로 국가가 망외의 이익을 누리는 것은 정의와 형평에 반하기 때문이다. 특히 이 사건에서 문제되는 수입세금계산서와 같이 세금계산서의 교부자가 국가기관이며, 국가기관이 위 세금계산서 기재를 잘못한 경우에는 납세자 보호의 필요성이 더더욱 크다. 위 법리에 비추어 보더라도 이 사건에서 매입세액 공제는 허용되어야 한다.
7. 통지관서의 세부의견 및 근거
(1) 앞에서 제시된 2020년 제2기 부가가치세 확정신고 관련 “부가가치세 환급 현장확인 보고서” 및 2021년 제1기 부가가치세 예정신고 관련 “부가가치세 환급 검토서” 등에 작성되어 있는 내용 이외에도 통지관서는 다음과 같은 자료들을 작성하여 제출하였다.
(2) 청구법인이 2020.10월∼12월 동안 솔루션 수입(공급가액 14,247백만원)과 관련하여 수취한 수입세금계산서의 내역은 다음과 같다. < 표 >
(3) ① 청구법인이 2021.1월∼3월 동안 솔루션 수입(공급가액 8,206백만원)과 관련하여 수취한 수입세금계산서와 ② 이에 대응하여 청구법인이 솔루션을 AA에 공급하면서 메탈 가액을 제외하고 지급받은 ‘임가공비‧운송료‧이윤만의 합산액’(공급가액 131백만원)에 대한 매출세금계산서 간의 비교 내역은 다음과 같다. < 표 >
(1) ‘메탈 수입’에 한해서 보면, 실질적 수입자는 AA이며 청구법인은 AA에게 명의만을 대여한 것으로 해석된다. 따라서, 쟁점세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. (가) 대법원 판례(대법원 2011.4.28. 선고 2009두11546)에 따르면 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니한 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. (나) 청구법인은 AA이 구입하여 소유하고 있는 메탈에 대해 독일 가공법인에 임가공을 의뢰하여 임가공 용역에 대한 대가만 지불하고 가공이 완료된 솔루션을 수입하였다. 청구법인은 이러한 완성된 솔루션을 AA에게 제공하면서 마찬가지로 임가공 용역에 대한 대가(이윤 포함)만을 지불받고 이에 대한 매출세금계산서를 발행하였다.
• 청구법인이 수입한 솔루션의 메탈 부분은 메탈 구입 이후 줄곧 AA이 소유하고 있던 것이며, AA은 솔루션을 재료로 하여 촉매제를 제조 및 판매한다. 따라서, 메탈의 수입 효과는 실질적으로 AA에게 귀속된다고 보는 것이 타당하다.
• 청구법인은 과세사실판단자문위원회에서 “메탈은 AA이 직접 대금을 지급하고 매입한 것이므로 청구법인의 2020사업연도 손익계산서 작성 시 메탈 관련 지출은 비용으로 계상하지 않았다”고 주장하기도 하였다.
• 청구법인의 2020사업연도 손익계산서 상 매출원가는 약 22억 원인데 이는 메탈 구입액(140억 원)이 반영되지 않은 금액이다. 즉, 청구법인의 상기 주장은 사실이다. 이를 통해 청구법인 스스로도 메탈의 수입효과가 AA에게 귀속됨을 인지하고 있고, 이에 따라 회계처리하고 있음을 알 수 있다. (다) 청구법인과 AA이 맺은 쟁점계약의 계약서 제6조(소유권)에 따르면 AA이 구입한 메탈의 소유권은 청구법인이 아닌 AA에게 귀속되며,
• 계약서 제14조(선급금 지급)에 “AA의 선급금으로 부가가치세를 납부하고 환급되는 부가가치세를 AA에게 다시 지급”하도록 작성되어 있어 실제 수입 관련 부가가치세를 부담한 것은 AA임을 알 수 있다.
• 즉, 메탈에 대한 소유권이 AA에게 있으며 실제 수입과 관련된 부가가치세 또한 AA이 부담하여 청구법인은 메탈의 수입에 관한 세금계산서를 수취할 이유가 없다. (라) 앞서 언급한 대법원 판결의 전심(부산고등법원 2008.11.6. 선고 2008구합1024) 재판에서는, 쟁점 재화를 수입‧통관하는 주요 목적이 이를 판매하기 위한 것이고, 원고의 용역제공은 판매에 부수되는 행위에 불과하며, 원고는 단지 용역제공 수수료 부분만을 매출세액으로 하여 부가가치세를 신고한 점 등을 들어 원고를 형식적 수입자인 것으로 판단하였다.
• 청구법인의 (메탈이 포함된) 솔루션 수입과 관련하여, 메탈이 수입·통관되는 주요 목적은 AA에게 이를 제공하기 위한 것이고, 청구법인은 단지 용역(메탈에 대한 가공) 부분만을 매출세액으로 하여 부가가치세를 신고하였으며,
• 수입신고필증 상 메탈 수입자가 청구법인이기는 하지만 수입부가가치세를 실제로 부담한 자는 AA인 점 등을 고려하면, 메탈과 관련하여 청구법인은 대법원 판례에서 언급된 “형식상의 수입신고 명의인”에 해당한다.
• 따라서 쟁점세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서이므로 쟁점매입세액은 부가가치세 불공제 대상에 해당한다. (마) 청구법인이 제시한 기획재정부 해석례에서의 납세자는 유지보수서비스를 제공하는 업체로서 서비스에 직접 투입되는 수리용 부품을 무환으로 수입하면서 부가가가치세를 부담하였다(부가가치세제과-467, 2010.07.12.).
• 하지만, 메탈의 수입에 관하여는 청구법인이 무환수입한 것이 아니라 AA이 해외 귀금속 공급업체들에게 대가를 지불하고 수입한 것으로 보는 것이 타당하므로 당해 해석례를 본 건에 적용하기에는 무리가 있다.
• 청구법인이 제시한 다른 해석례(재부가-862, 2007.12.18.)는 무역대행업자(운송업자)가 무환으로 수입한 기계장비 통관 시 부가가치세를 납부한 건이다. 그런데, 부가가치세를 AA이 부담한 것으로 확인된 본 건 거래와 관련하여서는 당해 해석례를 적용하기 어렵다고 보여진다. (2) 청구법인은 임가공 용역을 제공하기 위해 메탈을 직접 사용하지 않아 메탈에 해당하는 부분은 사업과 직접 관련이 없는 매입세액이므로 매입세액 불공제 대상에 해당한다. (가) 쟁점계약에 따라 청구법인은 AA에게 임가공용역을 제공한 것으로 볼 수 있다(단, 청구법인은 독일 가공법인에 대한 하청을 통해 AA에게 계약상 임가공용역 제공의 의무를 이행함). 그런데, 메탈은 임가공의 대상이지 임가공용역 제공을 위해 청구법인이 투입한 부품에는 해당하지 않는다. 즉, 메탈은 청구법인의 사업을 위해 직접 사용된 재화로 볼 수 없다. (나) 또한, 메탈은 AA이 일본 등에 소재한 메탈 공급업체로부터 직접 대금을 지급하고 구입한 것으로, 앞에서도 언급한 바와 같이 메탈의 소유권은 청구법인의 계약 이행 과정에서 줄곧 AA에게 유보되어 있다. (다) 결과적으로 (AA의) 메탈 구입은 청구법인의 사업(임가공용역 제공)과 직접적 관련이 없는 지출에 해당한다고 할 것이며, 청구법인은 이에 대한 매입세액을 공제받을 수 없다고 보아야 한다.
(3) 쟁점세금계산서로 인해 메탈 관련 세금계산서 상 거래흐름이 실제 거래흐름과 달리 왜곡되었다는 점이 고려되어야 한다. (가) 메탈은 AA이 일본 등에 소재한 공급업체로부터 구매한 것으로, AA은 메탈이 포함된 솔루션을 재료로 하여 촉매제를 제조‧판매한다. 회계처리 상으로 메탈 구매 비용은 AA의 매출원가를 구성한다.
• 따라서, 세금계산서는 ‘세관장→AA→촉매제 등 구매자’로 이어지는 메탈의 거래흐름에 따라 그대로 발행되어야 한다. 하지만, 쟁점세금계산서로 인해 세금계산서 상 메탈의 거래흐름은 ‘세관장→청구법인’ 및 ‘AA→촉매제 등 구매자’의 형태로 분리되어 나타나게 되어 거래질서가 왜곡된다.
• 청구법인의 2020사업연도 손익계산서 상 매출원가는 쟁점세금계산서 중 2020사업연도 귀속분인 140억 원이 반영되어 있지 않은 22억 원에 불과하다. 즉, 2020사업연도의 세금계산서 수취 내역과 손익계산서상 원가 계상 내용이 현저히 다른 결과가 발생하게 되었다. 반면, AA의 경우에는 상기의 140억 원만큼은 매입세금계산서 없이 매출원가로 계상되게 될 것이다. 이는 부가가치세 세원과 법인세 세원 간 중대한 왜곡이 발생하였음을 의미한다. (나) 부가가치세법제39조 제1항 제2호에서 사실과 다른 세금계산서에 대해 매입세액을 불공제하는 것에는 이러한 거래질서 왜곡에 대한 제재의 의미가 있는 것이며, 청구법인이 이를 위반하여 매입세액공제를 적용하였다면 그만큼 조세의 일실이 발생하였다고 보아야 한다. (다) 청구법인은 쟁점세금계산서가 국가기관인 세관장으로부터 발급되었다는 점을 적극적으로 고려해야 한다고 주장하나, 수입세금계산서는 수입자라고 신고한 자에게 발급된 수입신고필증에 근거하여 발급될 뿐이므로 청구법인이 주장하는 수준의 높을 공신력을 인정하기에는 무리가 있다.
1. 관련 규정 가)부가가치세법제35조 제1항에 따라 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 이 경우 같은 법 시행령 제72조 제1항에 의해 준용되는 같은 법 제32조 제1항에 따라 수입세금계산서는 재화를 공급받는 자 내지 수입자에게 발급되어야 하는 것으로 해석된다.
• 여기서, 수입되는 재화에 대하여 세금계산서를 교부받아야 할 ‘수입자’라 함은 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자를 의미한다고 할 것이다(대법원 2009두11539, 2009두11546(병합), 2011.4.28. 참조).
2. 쟁점원재료(메탈)에 대한 부가가치세액이 매입세액공제 대상인지 여부에 대한 판단
① 청구법인도 인정하고 있는 바와 같이 AA의 메탈 구입 이후 메탈의 소유권은 줄곧 AA에게 유보되어 있었으므로, 메탈 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자는 AA이라고 보아야 한다. 즉, ‘수입자’는 청구법인이 아닌 AA이다.
② 따라서, 메탈의 수입자인 AA이 아닌 청구법인에게 발행된 쟁점세금계산서는 공급받는 자 내지 수입자가 다르게 적힌 세금계산서에 해당한다.
③ 대법원 역시 단지 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다고 판시하고 있다(대법원2009두11539, 2009두11546(병합), 2011.4.28.).
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제81조의15 제5항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.