양도주식이「소득세법」상 기타자산(특정주식)으로 초과누진세율 적용대상인지 여부

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

• 가. 청구인은 2019.11.11. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○길 82에 소재하고 있던 ‘甲영농조합법인’(이하 “甲영농조합”이라 한다)의 총좌수(總座數) 5,000좌((1좌의 금액은 10,000원, 납입출자액의 총액은 50,000,000원임) 중 99.8%인 4,994좌(이하 “좌수(座數)”를 편의상 “주식(株式)”라고 칭하고, 4,994주를 “쟁점주식”이라 한다)를 홍모모 등 8인에게 23,126,215,200원(1주당 4,630,800원)에 매각하였다. 그리고 2020.1.31. 쟁점주식을 비상장된 중소기업의 대주주가 양도하는 주식으로 하여 양도차익 12,915,482,800원에 대하여 단일세율 20%를 적용하여 양도소득세 2,582,596,500원을 신고․납부하였다.
• 나. ○○감사관(이하 “감사관”이라 한다)은 2020.8.18.부터 2020.9.4.까지 통지관서에 대하여 ‘재산분야 업무처리실태’ 감사를 실시하여, 쟁점주식 양도 당시 甲영농조합의 자산총액 중 부동산 가액의 비율이 50% 이상이어서 동 법인에 출자된 쟁점주식은 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】제1항 제4호 다목에서 정하고 있는 기타자산(이하 “특정주식”이라 한다)에 해당하여 단일세율(20%)이 아닌 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】제1항 제1호에 따라 같은 법 제55조 제1항의 일반세율(초과누진세율)을 적용되어야 한다고 감사지적하였다. 이에 통지관서는 2020.12.30. 청구인에게 2019년 과세연도 양도소득세 3,343,402,444원을 경정․고지하고자 감사결과 과세예고통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.1.26. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점주식 양도 당시 법인의 자산총액 중 부동산 가액의 비율이 50%에 미달하므로 쟁점주식은 특정주식에 해당되지 아니한다.
• 가. 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목은 법인의 자산총액 중 부동산 가액의 비율이 50% 이상인 부동산 과다법인의 과점주주가 주식을 양도하는 경우 기타자산(특정주식)의 양도로 보아 단일세율이 아닌 일반세율(초과누진세율)을 적용하도록 규정하고 있다. 한편, 법인의 자산총액 중 부동산 가액의 비율을 산정함에 있어 소득세법 시행령 제158조 제4항 제2호 는 “양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 앙도일까지의 기간 중 차입금 또는 증자 등에 의하여 증가한 현금․금융자산 및 대여금의 합계액”은 자산총액에 포함하지 아니하도록 규정하고 있다. 이는 정상적인 영업활동에 의하지 아니한 인위적인 외부자금 유입을 통하여 자산비율을 조정함으로써 누진세율의 적용을 회피하는 것을 차단하려는데 그 취지가 있다.
• 나. 감사관은 청구인이 쟁점주식 양도 당시(2019.11.11.) 甲영농조합의 자산총액 중 부동산 가액의 비율이 50/100 이상이고, 청구인이 동 법인이 출자받은 주식 중 50/100 이상을 보유(99.8% 보유)하여 과점주주이어서 쟁점주식은 특정주식에 해당한다는 의견이나, 청구인이 50/100 이상의 주식을 보유하다 매각한 것은 사실이나, 쟁점주식은 특정주식에 해당되지 않는다. 감사관은 다음 <표1>과 같이 쟁점주식 양도 당시 가결산한 甲영농조합의 재무상태표상 자산총액에서 ① 법인이 보유하고 있던 토지의 장부가액과 2019.5.31. 공시된 기준시가와의 차액 3,865백만원을 가산하고, ② 쟁점주식 양도일로부터 1년 이내에 증가한 대여금 5,546백만원과 현금성 자산 99백만원 합계 5,645백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 소득세법 시행령 제158조 제4항 제2호 에서 규정하고 있는 ‘차입금 등에 의하여 증가한 자산’으로 보아 이를 자산총액에서 차감하였다. 그리하여 쟁점주식 양도 당시 법인의 자산총액 중 부동산 가액의 비율은 50% 이상인 50.7%로 보았다. <표1> 양도 당시(2019.11.11.) 가결산을 기준으로 부동산 비율을 계산한 내역
• 다. 이렇게 감사관은 쟁점주식 양도 당시 甲영농조합법인의 자산의 구성비율을 재계산하여 쟁점주식이 특정주식에 해당한다고 보았으나, 소득세법 시행령 제158조 제4항 제2호 에서 규정하고 있는 ‘차입금 등에 의하여 증가한 자산’으로 보아 이를 자산총액에서 차감할 수 있는 금액은 쟁점금액(5,645백만원)이 아닌 2,064백만원(이하 “쟁점①금액”이라 한다)에 지나지 않는다. 따라서 쟁점①금액만 자산총액에서 차감하면, 쟁점주식 양도 당시 자산총액 중 부동산 가액의 비율은 42.9%(10,064/23,444백만원)이어서 쟁점주식은 특정주식에 해당되지 않는다.
• 라. 설령, 감사관의 모든 의견을 따른다고 하더라도 쟁점금액(5,645백만원) 중 533백만원(이하 “쟁점②금액”이라 한다)은 2018사업연도말에 계상한 미수이자(자산)를 2019.5.31.자로 대여금 계정으로 계정대체처리한 금액인바, 쟁점②금액이 발생한 이유는 甲영농조합법인으로부터 청구인이 2018사업연도 가지급금이 있었고, 2018사업연도 법인세를 신고하면서 가지급금인정이자를 계산하여 2018사업연도 법인장부 중 미수이자 계정에 자산으로 계상한 금액이다. 즉, 쟁점②금액은 2018사업연도말부터 계속하여 甲영농조합법인의 자산으로 계상된 금액이었다가 2019.5.31. 단지 계정대체(미수이자→대여금)를 한 것에 지나지 않는다. 따라서 쟁점②금액은 소득세법 시행령 제158조 제4항 제2호 에 따라 자산총액에서 차감할 대상이 아님이 명백한바, 감사관이 자산총액에서 차감한 쟁점금액(5,645백만원) 중 적어도 쟁점②금액만 차감하지 아니한다면, 쟁점주식 양도 당시 자산총액 중 부동산 가액의 비율은 49.3%(10,064/20,396백만원)이어서 쟁점주식은 특정주식에 해당되지 않는다. 위와 같이 감사관이 쟁점주식은 특정주식이라는 의견은 여러 모로 잘못된 것이므로 이 건 통지는 마땅히 취소되어야 한다.

• 가. 청구인은 쟁점주식 양도 당시(2019.11.11.) 甲영농조합의 자산총액 중 부동산 가액의 비율이 50%에 미달한다고 주장하나, <표1>과 같이 토지가액을 기준시가에 따라 평가하여 가산하고, 1년 이내에 차입 등으로 증가한 쟁점금액(5,645백만원)을 차감한 후 재계산한 부동산 가액의 비율이 50.7%인 것으로 나타났기 때문에 감사관은 쟁점주식을 특정주식으로 보았으므로 이는 적법․타당하다. 甲영농조합은 청구인이 쟁점주식 양도 직전인 2019.10.31.과 2019.11.1. 양일간에 특수관계법인으로부터 21,076백만원을 신규로 차입하였고, 역시 비슷한 시기(2019.10.31.∼11.6.)에 쟁점주식 양수인 중 1인인 홍모모에게 5,040백만원을 단기대여하는 등 쟁점주식의 양도일(2019.11.11.)로부터 1년 이내에 차입 등으로 인하여 증가한 대여금과 보통예금 합계액이 쟁점금액(5,645백만원)인 사실을 확인하였다. 이에 쟁점금액을 소득세법 시행령 제158조 제4항 제2호 에서 규정하고 있는 ‘차입금 등에 의하여 증가한 현금ㆍ금융재산 및 대여금의 합계액’으로 보아 이를 자산총액에서 제외한 후 부동산 가액이 자산총액에서 차지하는 비율이 50.7%인 것으로 확인되어 쟁점주식 양도를 특정주식의 양도로 보았으므로 이는 적법하다.
• 나. 청구인이 쟁점주식을 양도함에 있어 쟁점주식이 특정주식에 해당되지 않도록 하기 위하여 甲영농조합은 ① 주식양도 직전인 2019.10.31. 주식양수인인 중 1인인 홍모모에게 법인이 소유하고 있던 부동산 일부(‘○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 100 주택 및 토지)를 4,400백만원에 매각하는 방법으로 법인의 부동산 보유비율을 낮추었고, ② 특수관계법인으로부터 단기 상환할 자금보다 필요 이상으로 더많이 차입하는 방법으로 대여금 계정의 잔액을 늘렸다. 이는 인위적으로 외부자금 유입을 통하여 법인의 자산총액 중 부동산 가액의 비율을 조정함으로써 특정주식의 양도에 따른 일반세율(초과누진세율) 적용을 회피하려는 것으로 보인다. 따라서 이러한 재무활동에 따라 증가된 쟁점금액을 부동산 점유비율을 계산함에 있어 자산총액에서 차감하였다.
• 다. 청구인은 대여금 증가액 중 533백만원은 2018사업연도 가지급금 인정이자가 대여금을 전환(2019.5.31.)된 것이므로 대여금 합계액 증가액에서 차감하여야 한다고 주장하나, 청구인의 가결산 현재 대여금 14,951백만원에는 2016∼2017사업연도 가지급금 인정이자를 계산하였으나 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일로부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금 인정이자 698백만원이 포함되어 있으며, 이를 청구인의 상여로 소득처분하면서 세무상 장부가액에서 차감하여야 한다(부동산거래관리과-812, 2010.6.14.). 따라서 청구주장에 따라 2018사업연도 대여금 증가액 533백만원을 자산총액 차감액에서 제외하더라도 2016∼2017사업연도 가지급금 인정이자이나 1년 이내에 미회수하여 대여금 계정으로 대체하였기 때문에 증가한 대여금 698백만원 역시 세무상 대여금 장부가액에서 차감하여야 한다. 이를 반영하여 쟁점주식 양도당시 자산총액에서 부동산 가액의 비율을 계산하면 감사관이 당초의견에서 계산한 부동산 가액의 50.7%이 아니라 오히려 51.1%로 증가한다. 따라서 쟁점주식 양도를 특정주식의 양도로 본 당초 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 청구인이 양도한 쟁점주식을 소득세법상 기타자산(특정주식)으로 보아 초과누진세율을 적용하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 (2018.12.31. 법률 제16104호로 일부개정된 것) 제55조 【세율】

① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

• 나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제283조 에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조 제1항 제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)
• 다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 과점주주(소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주를 말하며, 이하 이 장에서 "과점주주"라 한다)가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 해당 과점주주 외의 자에게 양도하는 경우(과점주주가 다른 과점주주에게 양도한 후 양수한 과점주주가 과점주주 외의 자에게 다시 양도하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 포함한다)에 해당 주식등

1. 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)의 가액

2. 해당 법인이 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다.

• 라. 대통령령으로 정하는 사업을 하는 법인으로서 자산총액 중 다목 1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등

② 제1항 제3호 및 제4호에 모두 해당되는 경우에는 제4호를 적용한다. 2) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】 (2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정되기 전의 것)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다)의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 나. 대주주가 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20 3) 소득세법 시행령 (2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정된 것) 제158조 【과점주주의 범위 등】

① 법 제94조 제1항 제4호 다목1)ㆍ2) 외의 부분에서 "소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주"란 법인의 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50을 초과하는 경우 그 주주 1인 및 기타주주(이하 "과점주주"라 한다)를 말한다.

④ 법 제94조 제1항 제4호 다목ㆍ라목 및 제2항의 자산총액은 해당 법인의 장부가액(소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산으로서 해당 자산의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 따른다. 이 경우 다음 각호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.

1. 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목 및 사목에 따른 무형자산의 금액

2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금ㆍ금융재산(상속세 및 증여세법 제22조 의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액 4) 소득세법 시행규칙 제76조 【부동산과다보유법인의 범위등】 (2019.3.20. 기획재정부령 제731호로 일부개정된 것)

① 법 제94조 제1항 제4호 라목에 해당하는지의 여부는 양도일 현재 해당 법인의 자산총액을 기준으로 이를 판정한다. 다만, 양도일 현재의 자산총액을 알 수 없는 경우에는 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 자산총액을 기준으로 한다. ※ 양도소득세 집행기준 94-158-7 [부동산과다보유법인주식의 자산총액 판정 시점 ] 부동산과다보유법인 주식 여부는 양도일 현재 해당 법인의 자산총액을 기준으로 판정하는 것이며, 양도일 현재의 자산총액을 알 수 없는 경우에는 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 자산총액을 기준으로 판정한다. 5) 법인세법 (2009.12.31. 법률 제9898호로 일부개정된 것) 제28조 【지급이자의 손금불산입】

① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

• 가. 제27조제1호의 규정에 해당하는 자산
• 나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다. 5-1) 법인세법 시행령 (2010.2.18. 대통령령 제22035호로 일부개정된 것) 제11조 【수익의 범위】 법 제15조제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 9의2. 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 "가지급금등"이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액(단서 생략)

• 가. 제87조 제1항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금등(나목에 따라 익금에 산입한 이자는 제외한다)
• 나. 제87조 제1항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자 제89조 【시가의 범위 등】

③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 비율 중 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 선택하는 비율(선택하지 아니한 경우에는 제1호의 비율을 말한다)을 시가로 하되, 선택한 비율은 해당되는 모든 거래에 대하여 적용하고, 그 후의 사업연도에도 계속 적용하여야 한다. 다만, 제2호의 비율을 선택하였으나 그 이후 사업연도에 제2호의 비율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 해당 사업연도에 한정하여 제1호의 비율을 시가로 할 수 있다.

1. 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율

2. 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.(단서 생략)

• 다. 사실관계

1. 기초 사실관계

• 가) 甲영농조합의 설립과 출자자

(1) 법인등기부에 따르면, 甲영농조합은 협업적 농축산업 경영을 통하여 생산성을 높이고 농축산물의 공동출하 및 가공, 수출 등을 통하여 조합원의 소득증대를 도모할 목적으로 2008.7.4. 설립되었으며, 출자된 총좌수는 5,000좌(1좌당 10,000원), 납입출자액의 총액은 50,000,000원이다.

(2) 국세청 대내포털시스템(NTIS)상 개업일은 2013.11.4.이며, 주업종은 서비스/관광농원이나, 개업한 이래로 쟁점주식 양도 당시(2019.11.11.)까지 영업활동에 따른 신고수입금액은 없다.

(3) 청구인은 甲영농조합의 출자좌인 쟁점주식(4,994주, 지분율 99.88%)을 2014.5.1. 1주당 2,044,600원 합계 10,210,732,400원에 취득하였다가, 다음 <표2>와 같이 2019.11.11. 홍모모 등에게 1주당 4,630,800원 합계 23,126,215,200원에 매각하였으며, 청구인이 쟁점주식을 취득한 가액 및 양도한 가액에 관한 다툼은 없다. <표2> 2019사업연도 甲영농조합의 출자자 변동내역

(4) 홍모모 등은 甲영농조합을 인수한 이후 2020.7.14. 상호를 ‘농업회사법인주식회사 甲’으로, 영농조합법인에서 회사조직을 변경하여 주식회사(자본금 5천만원)로 바꾸었다.

(5) 청구인이 쟁점주식을 양도할 당시(2019.11.11.) 甲영농조합이 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 임야 1,351㎡를 비롯하여 48필지의 토지 및 건물을 보유하고 있었고, 장부가액은 6,199백만원(토지 5,450백만원, 건물 749백만원)이며, 토지를 기준시가로 평가하면 9,315백만원(3,865백만원 증가)이라는 것에는 다툼이 없다.

• 나) 쟁점주식 양도(2019.11.11.) 전후 발생한 사실관계

(1) 2018사업연도 甲영농조합의 재무상태표를 다음 <표3>과 같이 보면, 자산계정과 부채계정은 대부분 특수관계자(청구인 및 관계회사) 간 채권․채무이거나 부동산(토지․건물)이다. <표3> 2018사업연도 재무상태표

(2) 청구인이 2019.11.11. 쟁점주식을 양도하기 직전인 2019.10.31. 쟁점주식 양수자 중 한 명인 홍모모에게 甲영농조합이 보유하고 있던 ‘○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 100 주택(530.18㎡) 및 부수토지 9,900㎡를 4,400백만원에 매각하였다.

(3) 청구인이 2019.11.11. 쟁점주식을 양도한 이후 甲영농조합이 가결산한 재무상태표의 주요 계정은 다음 <표4>와 같다. 그리고 쟁점주식 양도 당시 장부가액을 기준으로 하여 甲영농조합의 자산총액 중 부동산 가액의 비율이 28.6%(6,200/21,643백만원, 50% 미만)이어서 쟁점주식은 특정주식에 해당되지 아니한다. 그리고 가결산한 재무상태표를 보면, 2018.12.31. 대비 2019.11.11. 현금 및 단기대여금의 잔액은 5,645백만원(쟁점금액, 9,437→15,082백만원)이 증가하였다. <표4> 2019.11.11. 현재 재무상태표(가결산)

2. 감사관의 상세한 의견

• 가) 청구인이 쟁점주식을 양도할 당시 甲영농조합의 자산총액 중 부동산 가액의 비율은 50% 이상이다.

(1) 청구인이 2019.11.11. 쟁점주식을 매각하기 이전을 기준으로 하여 ① 토지의 가액을 장부가액이 아닌 2019.5.31. 공시된 기준시가를 적용하고, ② 2019.10.31. 주식양수인 홍모모에게 매각한 부동산(주택 및 부수토지)을 미리 차감한 후 법인의 자산총액 중 부동산 가액의 비율을 계산해 보아도 다음 <표5>와 같이 부동산 가액의 비율은 50% 이상 50.2%로 계산된다. <표5> 2018사업연도말 자산총액 중 부동산 가액의 비율

(2) 청구인이 2019.11.11. 쟁점주식을 매각한 이후 2019사업연도말 현재 토지의 가액을 장부가액이 기준시가를 적용하여 법인의 자산총액 중 부동산 가액의 비율을 계산해 보아도 다음 <표6>과 같이 부동산 가액의 비율은 50% 이상 66.8%에 달한다. <표6> 2019.12.31.기준 부동산 보유 비율

(3) 청구인이 2019.11.11. 쟁점주식을 매각한 당시, 가결산한 甲영농조합의 재무상태표상 자산총액에서 ① 법인이 보유하고 있던 부동산의 장부가액과 기준시가와의 차액 3,865백만원을 가산하고, ② 쟁점주식 양도일로부터 1년 이내에 증가한 쟁점금액(대여금 5,546백만원, 현금성 자산 99백만원)을 차감하면, 쟁점주식 양도 당시 법인의 자산총액 중 부동산 가액의 비율은 다음 <표1>과 같이 50.7%인 것으로 확인되었다. <표1> 양도 당시 가결산(2019.11.11.) 기준으로 부동산 비율을 계산한 내역

• 나) 자산총액 중 부동산 가액의 비율을 계산함에 있어 쟁점금액(5,645백만원)을 차감하는 것은 적법․타당하다.

(1) 甲영농조합은 2018사업연도말 현재 특수관계법인인 甲기업㈜(청구인이 50%지분 보유)로부터 18,878백만원의 단기차입금이 있었으나, ① 2019.10.31. 및 2019.11.1. 다른 특수관게법인인 ㈜乙기업(청구인 76.38% 지분 보유)로부터 7,000백만원 및 3,000백만원 합계 10,000백만원을 단기차입하는 한편, ② 2019.10.31. 쟁점주식 양수인 홍모모와 특수관계가 있는 ㈜AAA기업(홍모모가 76.8%지분 보유)로부터 11,076백만원을 단기차입하였다. 이와 같이 21,076백만원을 차입함으로써 쟁점주식 양도 당시 단기대여금 및 현금계정에서 쟁점금액(5,645백만원)이 증가하였다.

(2) 더구나 甲영농조합은 쟁점주식 양도 전 법인이 보유하고 있던 부동산(주택 및 부수토지)을 4,400백만원에 주식양수인 홍모모에게 매각함으로써 자금원천이 있었음에도 기존 차입금 18,878백만원을 상환하기 위하여 21,076백만원에 달하는 금액을 차입할 이유가 없었다. 따라서 소득세법 시행령 제158조 제4항 제2호 에 따라 21,076백만원을 차입함으로써 쟁점주식 양도 당시 단기대여금 및 현금계정에서 증가한 쟁점금액(5,645백만원)을 차감하여 쟁점주식 양도 당시 甲영농조합의 자산총액 중 부동산 가액의 비율을 산정하는 것은 당연하고 타당하다.

• 다) 가지급금 인정이자 중 이자발생 사업연도의 종료일로부터 1년 이내 미회수하여 대여금으로 대체한 금액도 자산총액 계산시 차감함이 적법하므로 3년 전까지 계상한 미회수 인정이자는 세무상 장부가액이 아니므로 이를 차감하여야 하고, 이러할 경우 재산총액 중 부동산 가액의 비율은 50% 이상인 51.1%이다.

(1) 甲영농조합은 다음 <표7>과 같이 2016사업연도말부터 청구인의 가지급금에 대해 인정이자를 계상하였으며 다음 사업연도에 현금으로 회수하지 아니하고(미회수) 대여금 계정으로 계정대체하였다. <표7> 甲영농조합의 사업연도말 가지급금 인정이자 및 대여금

(2) 법인이 양도당시 가결산한 대여금 14,951백만원에는 2016∼2017사업연도 발생한 가지급금 인정이자 698,068,566원(2017년 175,580653원, 2018년 522,487,913원)이 포함되어 있으며, 그 금액은 인정이자가 발생한 사업연도 종료일로부터 1년 이내에 회수하지 아니한 금액인바, 법인세법 시행령 제11조 제9의2호 나목에 따라 동 금액(698,068,566원)은 익금산입(상여 및 ∆유보 처분)하고 세무상 장부가액에서 차감하여야 하는 것이다. 즉, 청구주장과 같이 2018사업연도 가지급금 인정이자 533백만원을 자산총액에서 차감할 것이 아니라 2016∼2017사업연도 가지급금 인정이자 계상액 전체 698,068,566원 세무상 대여금 잔액이 아니어서 이를 당초부터 대여금 잔액에서 차감하여야 한다(부동산거래관리과-812, 2010.6.14.). 이렇게 하여 쟁점주식 양도당시 자산총액 중 부동산 가액의 비율을 계산하면, 감사관이 당초의견에서 계산한 비율 50.7.%(<표1> 참조)가 아니라 오히려 다음 <표8>과 같이 51.1%로 증가한다. 따라서 쟁점주식 양도를 특정주식의 양도로 본 당초 처분은 적법하다. <표8> 대여금 중 가지급금 인정이자 미회수액을 차감하여 양도당시(2019.11.11.) 부동산 비율을 계산한 내역

3. 청구인의 상세한 주장 및 입증

• 가) 쟁점주식 양도 당시 법인의 자산총액 중 부동산 가액의 비율이 50%에 미달하므로 쟁점주식은 특정주식에 해당되지 아니한다.

(1) 주식 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 앙도일까지의 기간 중 차입금 또는 증자 등에 의하여 증가한 현금․금융자산 및 대여금의 합계액은 자산총액에 포함하지 아니하고 부동산 가액의 비율을 계산하도록 규정하고 있는 이유는 정상적인 영업활동에 의하지 아니한 인위적인 외부자금 유입을 통하여 자산비율을 조정함으로써 누진세율의 적용을 회피하는 것을 차단하려는데 그 취지가 있다. 이는 모든 현금․대여금의 증가액을 자산총액에서 차감하는 것이 아니라 기업의 현금흐름 중 차입 또는 증자 등 ‘재무활동’을 통하여 인위적으로 자산비율을 조정하는 경우에 한하여 그 금액을 차감할 수 있는 것이다(조심2016서2856, 2018.3.16. 같은 뜻임).

(2) 다음 <표9>와 같이 쟁점주식의 양도일(2019.11.11.)과 양도일 1년 전(2018.11.11.) 甲영농조합의 재무상태표를 보면, 1년 이내 증가한 차입금(단기+장기) 총액은 2,258백만원에 불과한 반면, 대여금․현금성 자산의 증가액은 5,645백만원인바, 따라서 대여금․현금성 자산 중 3,387백만원은 인위적으로 자산비율을 조정할 수 있는 ‘재무활동’에 따른 자산의 증가가 아님을 알 수 있다. <표9> 쟁점주식 양도일로부터 1년 이내 차입금과 자산의 변동 내역 따라서 감사관이 제시한 부동산 비율을 계산한 <표1>에서 자산총액에서 차감할 금액을 5,645백만원(쟁점금액)이 아닌 2,258백만원을 차감할 경우 다음 <표10>과 같이 쟁점주식 양도 당시 자산총액 중 부동산의 가액 비율은 43.3%(50% 미만)이어서 쟁점주식은 특정주식에 해당되지 않는다. <표10> 양도 당시 재산총액 중 부동산 비율을 재계산한 내역

• 나) 쟁점주식의 양도일로부터 1년 전 기간 중 甲영농조합의 재무상태가 변동된 이유를 다음과 같이 구체적으로 설명한다.

(1) (차입금의 증가) 쟁점주식이 양도되기 1년 전부터 甲영농조합은 甲기업㈜로부터 17,131백만원의 단기차입금이 있었고, 동 법인이 차입금 상환을 요구하였기 때문에 다음 <표11>과 같이 2019.10.31.자로 ㈜乙기업․AAA기업㈜로부터 총 18,076백만원을 차입하여 같은 날짜에 17,131백만원을 상환하였다. 그리고 2019.11.1.자로 ㈜乙기업에서 3,000백만원을 추가로 차입하여 2019.11.5. 甲기업㈜의 차입금 잔액 1,879백만원을 상환하였다. 따라서 기존 차입금 19,012백만원 전부를 상환한 자금원천은 바로 신규 차입금 21,076백만원이기 때문에 기존 차입금을 상환하고 남은 잔여액(미사용액) 2,064백만원(쟁점①금액)만 한도로 하여 자산총액에서 제외할 수 있는 현금․금융자산 및 대여금의 합계액으로 볼 수 있는 것이다. <표11> 2019.10.31.〜2019.11.11. 기간 동안 법인의 차입금 변동내역

(2) (대여금의 증가) 甲영농조합은 다음 <표12>와 같이 주식양수인 홍모모에게 2019.10.31.자 대여금 3,800백만원, 2019.11.1.자 600백만원을 대여하였는바, 그 자금원천은 2019.10.31.자로 입금된 부동산 양도대금 4,400백만원이다. 그러므로 나머지 2019.11.6.자 640백만원 정도만 차입금 미사용액 중 2,064백만원을 자금원천으로 하여 대여한 것으로 볼 수 있을 뿐이다. <표12> 2019.1.1.〜2019.11.11. 기간 동안 대여금의 계정의 변동내역

(3) 위와 같이 쟁점주식을 양도하기 1년 이내의 기간 중 甲영농조합의 대여금․현금성자산 계정의 증가액 5,645백만원(쟁점금액) 중 차입금이 증가함에 따라 늘어난 금액은 넉넉히 잡아도 2,064백만원에 지나지 아니한다. 이 경우 쟁점주식 양도 당시 자산총액 중 부동산 가액의 비율은 다음 <표13>과 같이 42.9%(10,064/23,444백만원)이어서 쟁점주식은 특정주식에 해당되지 않는다. <표13> 쟁점①금액만 차감하여 재산총액 중 부동산 비율을 재계산한 내역 나머지 2,941백만원은 甲영농조합법인이 주식양수인 홍모모에게 보유 부동산 중 일부(신흥리 주택 및 부수토지)를 4,400백만원에 매각한 자금이 그 원천인바, 동 금액은 쟁점주식 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 앙도일까지의 기간 중 차입금이 아니기 때문에 이로 인하여 증가한 자산(현금․금융자산 및 대여금)을 부동산 가액의 비율을 계산함에 있어 자산총액에 포함하지 아니하는 것은 법적인 근거가 없는 것이다. 감사관은 신규 차입금은 기존 차입금과 금원을 달리하므로 대여금 발생액 전부를 차입금에 의해 증가한 것으로 보아야 한다는 의견이나, 이는 법인의 자금운용 실상과 상이한 의견일 뿐만 아니라, 기업의 자율적인 자금거래를 과세논리를 위하여 인위적으로 짜 맞추는 것에 지나지 않는다.

(4) 한편, 청구인으로부터 쟁점주식을 매수한 측(홍모모 등 8명)은 甲영농조합이 보유한 토지를 농축산업 등을 경영할 목적으로 쟁점주식을 취득하였다. 따라서 甲영농조합이 보유하고 있던 부동산 중 이미 신축되어 있는 ‘신흥리 100 소재 주택과 그 부수토지’는 향후 추진할 사업과 관련이 없어 홍모모가 별도로 구매를 희망하여 매각하게 되었는바, 홍모모가 작성한 경위서는 다음과 같다.

(5) 설령, 감사관 의견을 그대로 따라 쟁점금액(5,645백만원)을 자산총액 계산에 있어 차입금의 증가로 인하여 증가한 자산(현금․금융자산 및 대여금)으로 보아 자산총액에서 제외할 수 있다고 보더라도, 그 중 최소한 <표12>의 533백만원(쟁점②금액)은 차입금과 무관하게 대여금 계정으로 대체(미수이자→대여금)된 금액이므로 쟁점②금액만 차감하여 부동산 가액의 비율을 계산하여도 다음 <표14>와 같이 50%에 미달(49.3%)한다. 따라서 여러모로 보나 쟁점주식이 특정주식에 해당하지 아니한다는 사실은 명백히 입증된다. <표14> 쟁점②금액을 차감대상에서 제외하고 부동산 비율을 재계산한 내역 쟁점②금액(533백만원)은 청구인이 甲영농조합으로부터 가지급금(단기대여금)이 있어 2018사업연도 볍인세를 신고하면서 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】규정에 따라 ‘가지급금 인정이자’를 계산하여 2018연도말 ‘미수이자’계정에 미수이자(자산)로 계상하였다가, 2019.5.31. 대여금 계정으로 계정대체한 것에 지나지 않을 뿐이지, 차입금 증가로 인하여 증가한 대여금이 아니기 때문에 1년 전 대비 대여금 증가액이라 하여 자산총액에서 제외한 5,546백만원(쟁점금액, <표3> 9,405→14,951백만원)에서는 당연히 빠져야 할 금액이다. 즉 쟁점②금액은 차입금 또는 증자를 통하여 외부로부터 인의적으로 유입된 금액이 아니라 법인세법상 익금으로 산입한 후 자산으로 계상한 금액을 단순히 계정대체(미수이자→대여금)한 것에 지나지 않는다. 따라서 쟁점주식 양도일로부터 1년 이내에 인의적으로 외부자금이 유입된 것이 아니기 때문에 자산총액에서 부동산 가액의 비율을 계산함에 있어 쟁점②금액을 자산총액에서 제외하는 것은 잘못이다.

• 다) 감사관은 3년 전까지 계상한 미회수 인정이자(698백만원)는 세무상 대여금 장부가액이 아니므로 이를 차감하여야 한다는 의견이나, 이는 잘못된 의견이다.

(1) 세무상 장부가액은 부과처분 당시에 “법인세 과세표준 신고시 익금에 산입”되어 있다거나 또는 “과세관청의 경정처분에 의해 익금산입이 된 경우”에 비로소 장부가액을 가감할 수 있는 것인 바(상속증여-557, 2013.09.23), 甲영농조합의 경우는 이 건 과세예고통지 시점은 물론 현재까지도 청구인에 대한 미수이자를 소득처분을 통하여 익금에 산입한 사실이 없으므로 과세예고통지 시점의 장부가액은 과세표준신고서상 확정된 유보금액에 의해 장부가액을 판단하여야 하는 것이지 확정되지도 않은 법률관계를 가지고 경정 가능성을 임의로 예견하여 과세논리를 정당화시키는 것은 잘못된 것이다.

(2) 더구나 청구인은 이 사건 과세예고통지 전인 쟁점주식을 양도거래 한 당시(2019.11.11., 특수관계가 소멸한 때) 甲영농조합이 장부상 계상한 미수이자와 대여금 원금 합계 9,938,807,484원을 전액 상환하였기 때문에 미수이자를 1년 내에 회수하지 못하였으므로 세무상 장부가액에서 차감하여야 하고, 상여처분 대상이라는 감사관 의견은 관련 사실관계를 오해한 것으로 보인다.

• 라. 판단

1. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

• 가) 관련 법리 양도 당시 자산총액 중 부동산 가액의 비율이 50% 이상인 법인의 과점주주가 양도한 주식은 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목에서 정하고 있는 특정주식에 해당하여 소득세법 제104조 제1항 제1호 에 따라 같은 법 제55조 제1항의 일반세율(초과누진세율)이 적용된다. 이때 해당 법인의 자산총액 중 부동산 가액의 비율을 산정함에 있어 “양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 앙도일까지의 기간 중 차입금 등에 의하여 증가한 현금․금융자산 및 대여금의 합계액”은 자산총액에 포함하지 아니하도록 규정하고 있다(소득세법 시행령 제158조 제4항 제2호).
• 나) 청구인이 양도한 쟁점주식이소득세법상 특정주식에 해당되는지 여부에 대한 판단 청구인은 쟁점주식이 소득세법상 특정주식에 해당되지 아니한다고 주장하나, 다음과 같은 이유에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2012.11.29. 선고 2010두4810 판결 등 참조). 청구인은 쟁점주식 양도 당시 甲영농조합이 출자받은 주식 중 50/100 이상을 보유(99.8% 보유)하고 있어 동 법인의 과점주주에 해당한다는 사실에 관한 다툼은 없다. 그리고 청구인이 쟁점주식을 양도하기 전 1년 이내인 2019.10.31.과 2019.11.1.에 甲영농조합은 특수관계법인으로부터 21,076백만원을 신규 차입하였고, 2019.10.31.〜2019.11.6. 기간 동안에는 쟁점주식 매수인 홍모모에게 5,040백만원을 대여하였다. 이로 인하여 결과적으로 1년 이내에 차입 등으로 인하여 증가한 대여금이 5,546백만원, 증가한 현금성자산이 99백만원 합계 5,645백만원(쟁점금액)인 것으로 나타나므로 동 금액은 자산총액 중 부동산 가액의 비율을 산정함에 있어 자산총액에서 제외하는 것이 타당해 보인다. 이러한 경우 쟁점주식 양도 당시 甲영농조합의 자산총액 중 부동산 가액의 비율은 50.7%(<표1> 참조>로 계산된다. 그리고 쟁점①금액만 자산총액에서 차감하여야 한다는 청구주장과 쟁점②금액만이라도 자산총액 차감대상에서 제외하여야 한다는 청구주장은 타당하지 아니한 것으로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점주식 양도 당시 甲영농조합의 자산총액 중 부동산 가액의 비율이 50% 이상인 것으로 보아 쟁점주식은 특정주식에 해당하는 것으로 하여 이 건 양도소득세를 과세예고한 통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.