조정대상지역 내에 상속받은지 5년 경과한 상속주택과 일반주택을 1개씩 보유한 1세대가 일반주택을 양도한 경우, 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 없고 장기보유특별공제 적용을 배제하며 중과세율을 적용함
조정대상지역 내에 상속받은지 5년 경과한 상속주택과 일반주택을 1개씩 보유한 1세대가 일반주택을 양도한 경우, 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 없고 장기보유특별공제 적용을 배제하며 중과세율을 적용함
이 건 과세전적부심사청구는【불채택】결정합니다.
① 장기보유 특별공제액 산정 및 ② 적용 세율에 관하여는, 쟁점주택과 상속주택이 소득세법 제104조 제7항 제1호, 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 에 의해 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 2주택에 해당하는 주택’에 해당한다고 보아, 쟁점주택 양도소득에는 ① 소득세법 제95조 제2항 본문 규정에 의해 장기보유 특별공제 적용을 배제하고 ② 제104조 제7항 제1호에 따라 기본세율에 10%p(퍼센트포인트)를 더한 52%의 중과세율을 적용하는 것이 타당하다고 판단하였다.
1990. 5.1.
1997. 7.12.
2018. 10.19.
2018. 12.3.
2019. 2.20.
2020. 12.30. △ △ △ ▲ ▲ ▼ 상속주택 취득 쟁점주택 취득 쟁점주택 양도 (양도가액 42억 원) 예정신고 기한후신고 감사결과 과세예고통지
① 장기보유 특별공제 80% 골프회원권 양도소득 합산
① 장기보유 특별공제 배제
② 기본세율 42%
② 중과세율 52%
① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(괄호 생략) 이상인 것(괄호 생략)을 말한다. (단서 생략)
⑪ 법 제89조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 1-2) 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것)
② 상속받은 주택[법 제89조제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, (중략) 이하 이 항에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. (단서 생략) 부칙 <대통령령 제24356호, 2013. 2. 15.> 제20조(1세대1주택 특례가 적용되는 상속주택에 관한 적용례) 제155조제2항, (중략)의 개정규정은 이 영 시행 후 취득하여 양도하는 분부터 적용한다. 1-3) 소득세법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】
① 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{괄호 생략}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)
① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호 1) 에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(괄호 생략)에 대하여 그 자산의 양도차익(괄호 생략)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 <법률 제15225호, 2017. 12. 19.> 제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.
1. (중략) 제95조제2항 각 표 외의 부분 본문, 제104조 (중략) 제7항 (중략)의 개정규정: 2018년 4월 1일 2-1) 소득세법 시행령 제159조의3 【장기보유특별공제】(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것) 법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 부칙 <대통령령 제29242호, 2018. 10. 23.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제159조의3의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(장기보유특별공제에 관한 적용례) 제159조의3의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 양도하는 분부터 적용한다. 2-2) 소득세법 시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것)
① 법 제95조제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. (후단 생략)
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 3) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)
① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. (후문 생략)
1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조제1항에 따른 세율
⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. (후문 생략)
1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
⑧ 그 밖에 양도소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3-1) 소득세법 제55조 【세율】(2020. 12. 29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것)
① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 3-2) 소득세법 시행령 제167조의10 【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것)
① 법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
1. 수도권정비계획법 제2조제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(괄호 생략) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
2. 제167조의3제1항제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택
10. 1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우 그 해당 주택 ※ (참고-개정령) 소득세법 시행령 제167조의10 【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 것)
13. 제155조제2항에 따라 상속받은 주택과 일반주택을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우로서 제154조제1항이 적용되고 같은 항의 요건을 모두 충족하는 일반주택 ※ 부칙<대통령령 제31442호, 2021. 2. 17.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례)
② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. 3-3) 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것)
① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
7. 제155조제2항에 해당하는 상속받은 주택(상속받은 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)
1. 기초사실
(1) 상속주택 취득 청구인의 가족관계증명서, 모친 망 현CC의 주민등록표 초본, ZZ 부동산등기부등본에 따르면 청구인은 1990. 1. 3. 모친 현CC의 재산상속을 원인으로 1990. 5. 1. XX XX구 ZZ동 00외 0필지 ZZ 0동 000호에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 위 주택은 2005년경 재건축 절차에 돌입하였다. 상속주택 부동산등기부등본 상, 청구인은 재건축된 상속주택에 관하여 2009. 1. 15. 소유권보존등기를 마친 뒤 쟁점주택 양도시까지도 계속 보유하다가 2019. 11. 25. 양수인 앞으로 상속주택에 관한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.
(2) 쟁점주택 양수도 쟁점주택 부동산등기부등본에 의하면, 청구인은 1997. 6. 4. 쟁점주택 매매계약을 체결하고 1997. 7. 12. 위 주택에 관한 소유권이전등기를 마쳤다가, 2018. 8. 2. 엄AA과 조BB에게 주택을 매매하기로 하는 계약을 체결하고 2018. 10. 19. 위 양수인들 앞으로 소유권이전등기를 마쳐 주었다. 주민등록표 초본에 따라 확인되는 청구인의 주민등록지는 다음과 같다. 전입일 주소
1988. 4.26. XX XX구 1997.11. 3. 쟁점주택
2006. 4.10. XX XX구 2013.12.20. 쟁점주택
2019. 3.29. XX XX구
(1) 청구인은 통지관서에 2018. 12. 3. 예정신고 시 장기보유 특별공제율 80%, 세율 42%를 적용하여 쟁점주택 양도로 인한 양도소득세 납부할 세액을 175,408,416원으로 산정하였다가, 2019. 2. 20. 기한후신고를 하면서 2018. 5. 30. 양도한 골프 회원권 양도소득금액 12,897,903원을 합산하여 추가 납부할 세액을 4,793,245원으로 계산하였다.
(2) 국세청 감사관은 청구인 등에 대한 2020. 8. 18.부터 2020. 9. 4.까지 재산분야 기획감사를 실시한 결과, 청구인의 쟁점주택 양도는 ① 소득세법 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제2항, 제156조 제1항이 정하는 ‘양도당시 실지거래가액이 9억 원을 초과하는 고가주택’에 해당하므로, 그 양도차익은 소득세법 제95조 제3항, 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호 에 따라 법 제95조 제1항에 따른 양도차익에다가 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하는 방식으로 계산하여야 하고,
② 소득세법 제104조 제7항 제1호 의 가중세율 적용대상인 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’을 양도하였으므로 ②-1 소득세법 제95조 제2항 본문에 따라 장기보유 특별공제를 적용받을 수 없고 ②-2 소득세법 제104조 제7항 전문에 의하여 기본세율에 10%p 가중한 52%의 세율이 적용된다고 파악하였다.
(3) 통지관서는 위와 같은 감사 결과에 따라 청구인의 쟁점주택 양도소득금액 계산 시 장기보유 특별공제를 적용 배제하고 세율을 52%로 적용하여, 2020. 12. 30. 청구인에게 2018년 과세연도 양도소득세 예상 고지세액 1,416,837,958원을 통지하였다. (표 생략)
① 소득세법 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제2항, 제156조 제1항에 의하면 쟁점주택 양도당시 실지거래가액이 42억 원으로 9억 원을 초과하는 ‘고가주택’에 해당한다는 점, ② 그 결과 소득세법 제95조 제3항, 소득세법 시행령 제160조 에 따라 계산한 고가주택 양도차익이 2,522,124,000원이라는 점에 관하여는 다툼이 없다. 다만, 그 양도차익에 대하여 조정대상지역 소재 다주택으로서 장기보유 특별공제를 적용할지 및 가중세율을 적용할지 여부가 쟁점이다.
2. 청구인 세부주장 및 제출증빙
(3) 상속주택 1개 보유세대가 나머지 1개의 일반주택을 양도한 경우에 비과세 혜택을 부여하는 소득세법 시행령 제155조 제2항 의 개정연혁을 살펴보면, ① 2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전에는 1세대 1주택자의 상속주택은 보유기간 및 거주기간의 제한 없이 1세대 1주택으로 보아 비과세하였으나, ② 위 개정으로 상속주택과 일반주택을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우 상속주택은 없는 것으로 보아 1세대 1주택 해당 여부를 판정하게 되었다. ③ 그 후 소득세법 시행령이 2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되면서는 2013. 2. 15. 이후 취득하여 양도하는 분부터 일반주택의 범위를 축소하여 ‘상속개시 당시 보유한 주택’으로 한정하였다. 위와 같은 개정사항 이외에 소득세법 시행령 제155조 제2항 은 상속주택의 범위를 제한한 사실이 없고, 그 보유기간의 장단에 따라 일반주택의 비과세 여부를 달리하지도 않았다. 그럼에도 불구하고 국세청 감사관과 통지관서는 비과세 특례 규정인 소득세법 제89조 와 소득세법 시행령제155조 제2항이 1세대 1주택의 예외로 규정하지도 아니한 ‘조정대상지역 소재 다주택 보유자’라는 사실을 들어, 입법구조 상 별개의 절에 위치한 양도소득금액과 세액의 계산 관련 규정인 소득세법 제104조, 소득세법 시행령 제167조의10 을 적용하였고, 결국 ‘상속받은 날부터 5년이 경과한 상속주택을 보유한 자가 양도한 일반주택’인 쟁점주택을 조정대상지역 1세대 2주택으로 보아 비과세 혜택을 제한하였으므로, 이는 체계 정당성의 원리에 반한다.
(1) 1세대 1주택 특례주택의 종류별 다주택자 중과 여부를 비교한 결과는 다음과 같다. 위 표와 같이 조정대상지역 3주택 이상의 경우에 중과세 대상인 주택 양도 중 대부분 유형이 2주택일 경우에는 중과 대상에서 제외되지만, 2주택자가 상속받은 날부터 5년이 경과한 주택을 양도하는 경우에는 여전히 중과 대상이다.
(2) 중과대상인 다주택자가 양도하는 조정대상지역 주택에 관하여는 3주택 이상에 관한 규정(소득세법 시행령 제167조의3)을 2주택 규정(소득세법 시행령 제167조의3)이 준용하고 있고, 시기상 앞서 도입되었으므로 이를 먼저 검토할 필요가 있다. (가) 소득세법 제104조 제7항 제3호 는 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우 기본세율에 20%p를 더한 세율을 적용하고, 위 조항의 위임에 따른 소득세법 시행령제167조의3 제1항은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 각 호 중 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 정하였다. 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 3주택 이상에 포함된다 하더라도 중과세 대상에서 제외되는 것인데, 제7호는 ‘제155조 제2항에 해당하는 상속받은 주택(상속받은 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정)’을 중과 제외 주택으로 정하였다. (나) 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 장기보유 특별공제 적용을 제외하고 60% 중과세율을 적용하는 규정은, 구 소득세법이 2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되어 제104조 제1항 제2호의3(중과세율 적용)이 신설되고 제95조 제2항이 제104조 제1항 제2호의3을 준용(장기보유 특별공제 배제)하는 것으로 개정되면서 도입되었다. 다만 부칙 제16조 본문에서 ‘이 법 시행 당시 1세대 3주택 이상에 해당하는 자가 이 법 시행전에 취득한 주택(괄호 생략)을 2004년 12월 31일 이전에 양도하는 경우에는 (중략) 제95조 및 제104조 제1항 제2호의3의 개정규정을 적용하지 아니한다’는 경과규정을 두었다. 소득세법 시행령도 같은 날인 2003. 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정되면서 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)이 신설되었고 제7호가 상속받은 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우를 중과 제외 주택으로 규정하였는데, 이는 상속주택의 취득이 상속인 개인의 자유의사에 따른 것이 아니라 불가피하게 이루어진다는 측면을 고려하여 기한 제한을 두어서라도 중과세 대상에서 제외해주려는 취지이다. (다) 이렇듯 중과대상인 다주택자의 범위를 정한 것에 불과한 위 조항이 소득세법 시행령 제167조의10 에 규정된 1세대 2주택자의 경우에는 오히려 1세대 1주택 비과세 혜택을 제한하게 된 것인데, 혜택을 주고자 한 중과 배제 규정이 청구인에게 독소조항으로 작용하는 모순이 발생한다.
(3) 위 규정은 3주택자에 한하여 2004년말까지 경과조치가 적용된다고 정하였을 뿐, 청구인과 같이 이미 상속주택을 상속받은 날부터 5년이 경과한 2주택자에 대하여는 구제받을 수 있는 경과규정이 없었다. 이는 기존 세법을 믿고 자신의 재산권을 어떻게 행사할지에 관한 합리적인 의사결정을 준비하던 납세의무자의 신뢰를 보호하는 조치 없이 새로운 법령을 적용하는 것으로, 헌법의 기본원리인 법치주의원리에서 도출되는 신뢰보호의 원칙에 위배되는 것이다. 대법원은 ‘법령의 개정에 있어서 구 법령의 존속에 대한 당사자의 신뢰가 합리적이고도 정당하며, 법령의 개정으로 야기되는 당사자의 손해가 극심하여 새로운 법령으로 달성하고자 하는 공익적 목적이 그러한 신뢰의 파괴를 정당화할 수 없다면, 입법자는 경과규정을 두는 등 당사자의 신뢰를 보호할 적절한 조치를 하여야 하며, 이와 같은 적절한 조치 없이 새 법령을 그대로 시행하거나 적용하는 것은 허용될 수 없는 바, 이는 헌법의 기본원리인 법치주의 원리에서 도출되는 신뢰보호의 원칙에 위배되기 때문이다’는 입장이다(대법원 2006. 11. 16. 선고 2003두12899 전원합의체 판결). 청구인을 조정대상지역 내 다주택자로 보아 장기보유 특별공제를 적용 배제하고 가중세율을 적용하여 이루어진 과세예고통지는 신뢰보호의 원칙에 위배되어 위법하다. ※ 1세대 2주택자에 대하여 장기보유 특별공제를 배제하고 50%의 가중된 세율을 적용하는 규정은 소득세법이 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되어 제104조 제1항 제2호의5(중과세율 적용)가 신설되고 이를 제95조 제2항이 준용(장기보유 특별공제 배제)하면서 도입되었다. 위 법률 부칙 제1조 단서는 ‘제95조 제2항(각 호 외의 본문 중 제104조 제1항 제2호의5 내지 제2호의8에 관한 부분에 한한다), (중략) 및 제104조 제1항의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다’고 규정하여 경과규정을 두었다. ※ 다주택자에 대한 양도소득세 중과제도는 2014. 1. 1. 폐지되었다가, 2017. 12. 19. 소득세법 제104조 제7항 이 신설되면서 다주택자가 조정대상지역에 있는 주택을 양도하는 경우 기본세율에 10%p 또는 20%p 가산하고(제104조 제7항) 장기보유 특별공제를 적용 배제(제95조 제2항)하도록 개정되었다. 위 법률 부칙 제1조 단서 제1호는 ‘제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문, 제104조 (중략) 제7항 (중략)의 개정규정: 2018년 4월 1일’을 시행일로 하여 경과규정을 두었다. 소득세법 제104조 제7항 각호의 위임에 따라 소득세법 시행령제167조의3, 10 등이 2018. 2. 13. 개정·신설되었고, 부칙 제1조 단서 제1호는 해당 규정 시행일을 위 법률 조항과 같이 2018. 4. 1.로 하였다.
(4) 더구나 청구인은 위와 같은 다주택자 양도소득세 중과 제도가 마련되고 5년 경과 상속주택은 다주택으로 보는 규정이 도입되기 이전에 이미 상속주택을 상속받은 날부터 5년이 경과한 상황이었다. 헌법 제13조 제2항에 의하면 모든 국민은 소급입법에 의하여 재산권을 박탈당하지 아니하고, 조세법령불소급의 원칙이라 함은 그 조세법령의 효력발생 전에 완성된 과세요건 사실에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 의미이다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결). 청구인에게는 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 소득세법 시행령 제155조 제2항 에 따라 쟁점주택 양도소득에 1세대 1주택 비과세 특례조항이 적용되는 것인데, 해당 조항은 아무런 개정이 없음에도 불구하고 다른 절에 속하는 제104조 제7항, 제95조 제2항 개정에 따라 쟁점주택 양도가 1세대 2주택자의 주택 양도로서 가중세율이 적용되고 장기보유 특별공제가 배제된다고 해석한다면 이는 조세법령 불소급의 원칙에 위배된다. 다) 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 의 개정에 비추어 보더라도 청구인은 중과대상인 다주택자라고 볼 수 없다. (1) 소득세법 시행령이 2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되면서, 제167조의10 제1항 제13호가 다음과 같이 신설되었다. 소득세법 시행령 제167조의10 【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 것)
① 법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
13. 제155조제2항에 따라 상속받은 주택과 일반주택을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우로서 제154조제1항이 적용되고 같은 항의 요건을 모두 충족하는 일반주택 부칙<대통령령 제31442호, 2021. 2. 17.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례)
② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. 위 개정 시행령에 따르면 쟁점주택은 소득세법 제104조 제7항 제1호 의 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령(제167조의10)으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’에 해당하지 않게 되고, 그 결과 쟁점주택 양도가액 중 9억 초과분에 대하여 적용받는 세율은 중과세율이 아니라 일반세율이 적용되며 80% 공제율로 장기보유 특별공제를 받을 수 있게 된다.
(2) 기획재정부장관은 2021. 1. 27. 위 시행령 일부개정령(안) 재입법예고를 하면서, 개정이유와 주요내용을 다음과 같이 공표하였다. ◎ 기획재정부 공고 제2021-29호 소득세법 시행령을 개정함에 있어 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을 듣고자 그 개정이유와 주요내용을 행정절차법 제41조 에 따라 다음과 같이 공고합니다. 2021년 1월 27일 부총리 겸 기획재정부장관 소득세법 시행령 일부개정령(안) 재입법예고
양도소득세가 중과되는 1세대 2주택 또는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에서 제외되는 주택을 추가하여 중과 대상 주택의 범위를 합리적으로 조정하려는 것임.
(3) 청구인은 위 소득세법 시행령 개정과 관련하여 기획재정부의 개정안에 대하여 입법예고 기간 중 개정안 적용시점에 대한 수정입법의견을 개진하였고, 2021. 2. 15. 기획재정부에 본 과세전적부심사청구 관련 ‘청구인이 1세대 1주택양도소득세 비과세 특례대상에 해당함에도 불구하고, 상속주택이 상속받은 날부터 5년이 경과한 주택이라는 이유로 쟁점주택 양도가액 중 9억 원 초과분에 대하여 ‘중과대상인 1세대 2주택자가 양도하는 조정대상지역 내 주택’을 양도하는 것으로 보아 중과세율을 적용하며 장기보유 특별공제 적용을 제외하는 것이 입법취지에 부합하는지 여부’에 관하여 유권해석을 신청하기도 하였다.
(4) 쟁점주택 양도일인 2018. 10. 19.을 기준으로, 청구인은 1997. 7. 12. 취득한 쟁점주택은 21년 3개월 이상, 1990. 5. 1. 취득한 상속주택을 28년 5개월 이상 각 보유하였고, 위 기간 중 쟁점주택에 주민등록을 두고 거주한 기간은 13년 8개월 이상이다. 부모님의 추억이 깃든 상속주택을 상속받은 날부터 5년 이내에 처분하지 않았을 뿐인데, 이러한 청구인의 경우를 들어 과세당국이 다주택자 중과 및 장기보유 특별공제 배제 대상으로 삼고자 하는 투기꾼으로 볼 수 있는지 의문이다. 대법원은 ‘“1세대 1주택”의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니하는 취지는, 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주려는 데 있다’고 판시하였다(대법원 1994. 9. 13. 선고 94누125 판결). 헌법재판소는 ‘시혜적 소급입법을 할 것인지 여부는 입법재량의 문제로서 그 판단은 일차적으로 입법기관에 맡겨져 있는 것이므로 이와 같은 시혜적 조치를 할 것인가를 결정함에 있어서는 국민의 권리를 제한하거나 새로운 의무를 부과하는 경우와는 달리 입법자에게 보다 광범위한 입법형성의 자유가 인정된다. 입법자는 입법목적, 사회실정이나 국민의 법감정, 법률의 개정이유나 경위 등을 참작하여 시혜적 소급입법을 할 것인가 여부를 결정할 수 있고, 그 판단은 존중되어야 하며, 그 결정이 합리적 재량의 범위를 벗어나 현저하게 불합리하고 불공정한 것이 아닌 한 헌법에 위반된다고 할 수 없다(헌재 1998. 11. 26. 97헌바67 등)’고 결정하였다. 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제13호 가 2021. 2. 17. 신설되었으나 부칙 제2조 제2항에 따라 개정규정은 시행일(2021. 2. 17.) 이후 양도하는 분부터 적용하여 시혜적 소급입법은 이루어지지 않았다. 그렇지만 위 기획재정부 공고와 같이 ‘중과 대상 주택의 범위를 합리적으로 조정’하고자 소득세법 시행령을 개정한 취지를 고려한다면, 납세자에게 유리한 시혜적 성격의 개정세법은 청구인에게도 소급적용 되어야 한다.
② 본문 - (중략) “장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 (중략)에 대하여 그 자산의 양도차익에(괄호 생략) 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (표1 생략)
② 단서 – 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(괄호 생략)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (표2 생략) 소득세법 시행령 제159조의3 【장기보유특별공제】 법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조(중략)에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】
② 상속받은 주택(괄호 생략)과 그 밖의 주택(괄호 생략, 이하 이 항에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.
(1) 장기보유 특별공제에 관한 규정인 소득세법 제95조 제2항, 소득세법 시행령 제159조의3 은 다음과 같은 구조로 규정되어 있는데, 쟁점주택은 1세대 1주택에 해당하는 자산이므로 80% 공제율로 장기보유 특별공제가 적용되어야 한다.
(2) 소득세법제95조 제2항, 소득세법 시행령 제159조의3, 제155조의 문리해석에 의하면, 위 법 제95조 제2항 ① 본문의 주어는 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산’(토지와 건물)인데 그 중 중과대상인 다주택자가 양도하는 조정대상지역 주택 등은 제외하는 것이고, ② 단서의 주어는 상속주택과 일반주택 1개씩 소유하고 있는 1세대가 양도하는 일반주택 등 ‘1세대 1주택에 해당하는 자산’이다. 따라서 법 제104조 제7항에 따라 중과대상인 다주택자가 양도하는 조정대상지역 주택의 양도소득에 장기보유 특별공제를 배제하는 것은 제95조 본문의 경우뿐이고, 청구인의 쟁점주택 양도에는 소득세법 제95조 제2항 단서와 소득세법 시행령 제159조의3, 제155조 제2항이 적용되어 1세대 1주택에 해당하기 때문에 80% 공제율로 특별공제를 받을 수 있다. 1세대 1주택으로 간주되는 경우에는 위 법률 조항 단서에 따라 장기보유 특별공제 적용대상이 되는 것이 타당함에도, 국세청 감사관과 통지관서는 본문 괄호의 제외조항이 적용되는 것을 전제로 쟁점주택 양도에 장기보유 특별공제를 적용 배제하여 과세예고통지를 하였으므로 위법하다.
(3) 본문 괄호의 규정이 수차례 개정되었음에도 불구하고 단서규정은 개정이 없이 계속 지속되었으므로 본문과 단서를 병렬적 규정으로 보아야 한다. 통지관서와 같이 해석하기 위해서는 본문 괄호가 ‘(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)’와 같이 규정되어 있었어야 할 것이다. 세월호참사 사건에 관한 전원합의체 형사판결에서 대법원 다수의견에 대한 대법관 2인의 보충의견은, ‘수난구호법 제18조 제1항 단서는 본문과는 전혀 다른 취지에서 입법이 이루어진 것이고 단지 입법의 편의상 본문과 단서를 같은 조항에 함께 둔 것뿐이어서, 이를 반대의견과 같이 본문과 그에 대한 예외로서의 단서와 같은 관계로 해석하여 본문의 요건을 충족하는 본문의 주체만이 단서의 주체에 해당한다고 보기는 어렵다’고 하였다(대법원 2015. 11. 12. 선고 2015도6809 전원합의체 판결). 소득세법 제95조 제2항 의 경우에도 본문과 단서는 전혀 별개의 것이므로 본문을 전제로 단서규정을 해석하여서는 안 된다. 소득세법 제95조 제2항 본문과 단서가 충돌하는 근본적인 이유는 소득세법 시행령 제155조 제2항 1세대 1주택의 특례 규정과 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 이 상호 모순되기 때문인데, 입법자가 위 시행령 제167조의10 제1항 제2호, 제167조의3 제1항 제7호(5년 경과 상속주택은 1세대 2주택으로 중과세율 적용)의 규정을 두고자 하였다면 제155조 제2항(상속주택과 일반주택 1개씩 소유한 세대의 일반주택 양도 시 1주택자로 간주)에도 기간 제한을 두었어야만 일관성이 유지된다.
3. 감사관 세부주장 및 제출증빙
(1) 청구인은 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제2항에 따라 쟁점주택 양도소득은 비과세 대상이므로 9억 원 초과분에 대하여도 장기보유 특별공제와 기본세율이 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 소득세법 제89조 제1항 제3호 는 1세대 1주택에 해당하더라도 고가주택은 비과세 대상에서 제외하고 있으므로, 쟁점주택 양도소득은 비과세가 배제되어 과세대상이 되며 다만 양도차익을 계산할 때에 양도가액 중 9억 원을 초과하는 가액 비율을 반영함으로써 혜택을 부여하는 것이다. ※ 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 따라서 감사관은 ‘과세대상’인 쟁점주택 양도소득에 대하여 소득세법 제95조 제3항, 소득세법 시행령제160조 제1항에 의해 양도차익을 계산한 뒤, 그에 대해 적용할 세율을 확정하는 과정에서 소득세법 제104조 제7항 을 적용한 것이다. 양도소득세 비과세를 정하는 조항과 과세대상인 소득에 적용되는 세율을 정하는 조항은 명확히 구분됨에도 불구하고, 청구인은 비과세 규정과 양도차익의 계산 규정, 양도소득금액 계산 규정, 세율 규정의 체계와 적용국면을 착오하여 타당하지 않은 주장을 하고 있다. (2) 소득세법 제104조 제7항 제1호 의 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’을 양도한 경우에는 ① 소득세법 제95조 제2항 본문에 따라 장기보유 특별공제를 적용받을 수 없고 ② 소득세법 제104조 제7항 각 호 외의 부분 전문에 의하여 기본세율에 10%p 가중한 세율을 적용한다. 위 법률 조항의 위임에 따라 규정된 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제2호, 제167조의3 제1항 제7호는 ‘제155조제2항에 해당하는 상속받은 주택(상속받은 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)’을, 제167조의10 제1항 제10호는 ‘1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우 그 해당주택’을 각 중과세율 적용을 배제하는 주택으로 규정하고 있다. 위 조항에 따르면 청구인은 ‘상속받은 날부터 5년이 경과한 상속주택’과 일반주택(쟁점주택)을 소유하고 있으므로, 쟁점주택은 소득세법 시행령제167조의10 제1항 제10호의 주택에 해당하지 않는다. (3) 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 은 ‘법 제104조제7항제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 정하고 있다. 위 규정 괄호의 반대해석 상 제1호의 주택 외 주택은 주택의 수를 계산할 때에 산입하므로, 중과대상 여부를 판단할 때에 청구인은 조정대상지역인 서울특별시에 상속주택과 일반주택(쟁점주택)을 보유한 1세대 2주택자가 된다. 결국 청구인은 소득세법 시행령제167조의10 제1항 각 호 외의 부분에 규정된 ‘국내에 주택을 2개 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는’ 쟁점주택을 양도하여 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도한 것이다.
(4) 따라서 쟁점주택 양도는 소득세법 제104조 제7항 제1호 에 의하여 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’을 양도한 경우로서 제95조 제2항 본문에 의해 장기보유 특별공제를 적용받을 수 없고 가중된 세율이 적용되어야 한다.
(1) 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다(대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두11233 판결 등 참조). 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).
(2) 소득세법상 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에게 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유 특별공제를 배제하고 양도소득 과세표준에 60%의 단일 세율을 적용하도록 하는 규정이 국민의 재산권을 침해하거나 신뢰보호원칙에 위배되는지 여부에 관한 소득세법 제95조제2항 등 위헌소원 사건에서, 헌법재판소(헌재 2010. 10. 28. 2009헌바67)는 ① ‘장기보유특별공제 조항에 의한 소득공제 비율은 가장 높은 경우에도 양도소득금액의 30%(1세대 1주택의 경우 최고 45%)로 한정되어 있고, 장기보유특별공제가 배제되더라도 이 사건 가중세율조항에 의하여 양도소득 과세표준에다 60%라는 단일세율이 적용되어 양도소득 과세표준 금액 중 일부에 대하여만 양도소득세가 부과되는 것이고, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항에 의하여 장기보유특별공제가 배제되어 명목소득만이 발생할 수 있는 예외적인 상황이라면 이 사건 부칙조항이 정한 유예기간 내에 주택을 양도함으로써 1세대 3주택 이상의 요건을 피할 수 있는 길이 열려 있으므로, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항으로 인하여 명목소득만이 발생하고 실질소득이 없는 경우에도 양도소득세를 부담할 수 있다는 사정만으로는 침해의 최소성원칙을 벗어났다고 볼 수 없다’고 하였고, ‘가중세율조항에 의한 세율이 일반 양도소득세율과 비교하여 높기는 하지만, 입법자가 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위하여 사실상 1세대 3주택 이상의 주택 소유를 억제할 수 있는 정도의 세율을 정하고 그것도 과세구간에 따른 누진세율이 아니라 고율의 단일세율을 정한 것으로, 이 사건 가중세율조항의 위와 같은 입법목적, 이 사건 부칙조항과 같은 유예기간을 두고 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 가중세율조항이 일반 양도소득세율에 비하여 고율의 단일세율이라는 이유만으로 침해의 최소성원칙을 벗어났다고 볼 수는 없다.’는 이유로 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 장기보유 특별공제 배제와 가중세율 적용이 국민의 재산권을 침해하지 않는다고 보았다.
② 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부에 관하여는, ‘조세의 정책적 기능, 이 사건에 있어서 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 주택 양도에 따른 양도소득세 강화를 통한 주거생활의 안정이라는 정책적 목적과 조세·재정정책의 탄력적·합리적 운용 필요성에 따른 조세에 관한 법규·제도의 신축적 변화 가능성 등을 고려하면, 1세대 3주택 이상에 해당하는 자들에 대한 장기보유특별공제 조항과 일반 양도소득세율의 존속에 대한 청구인의 기대는 불확실하고 잠정적인 것에 불과하다고 할 것이다. 따라서 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유특별공제, 일반 양도소득세율 제도가 변함없이 존속될 것이라는 청구인의 신뢰는 헌법상 특별히 보호하여야 할 가치나 필요성이 있는 것이라고 보기 어려워, 장기보유특별공제 배제조항, 가중세율조항, 이에 관한 경과규정이 신뢰보호원칙에 위배된다고 볼 수 없다’고 결정하였다(헌재 2010. 10. 28. 2009헌바67).
(3) 위 헌법재판소 합헌결정의 취지는 1세대 2주택의 경우에도 그대로 적용될 수 있는 바, 청구인의 쟁점주택 양도에 중과세율을 적용한 것은 재산권을 침해한다거나 신뢰보호원칙에 위배되는 행위라고 볼 수 없다.
(1) 청구인은 소득세법 제95조 제2항 의 본문과 단서 구조에 비추어 보았을 때 소득세법 시행령 제155조 제2항 에 따라 상속주택과 일반주택을 보유한 1세대가 일반주택인 쟁점주택을 양도하여 1세대 1주택의 특례에 해당하므로, 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택은 장기보유 특별공제 적용을 제외한다는 위 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호가 아니라, 같은 항 단서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우’로서 장기보유 특별공제가 적용되어야 한다고 주장한다.
(2) 그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조). (3) 소득세법 제95조 제2항 본문은 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(토지 또는 건물) (제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산(조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 등)은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 명확하게 규정되어 있다.
(4) 쟁점주택은 소득세법 제104조 제7항 제1호, 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 의 조정대상지역에 위치한 1세대 2주택에 해당하는 주택이므로 소득세법 제95조 제2항 본문에 따라 장기보유 특별공제의 적용 대상에서 제외되는 것이다. 청구인은 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호에서 장기보유 특별공제 적용 배제 자산을 규정하면서 ‘∼제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다. 이하 이 조에서 같다’는 문구가 없어 법 규정이 명확하지 않다는 이유로, 쟁점주택이 소득세법 제95조 제2항 단서, 소득세법 시행령 제159조의3, 제155조 제2항 ‘1세대 1주택에 해당하는 자산’으로 장기보유 특별공제 적용 대상이 된다고 주장하는 것이지만, 이는 관련 규정이 명확하여 달리 해석할 여지가 없음에도 합리적인 이유 없이 축소해석한 것으로 법문언의 해석상 한계를 벗어난 것이다.
3. 소득세법제95조 제2항 본문에 따르면 장기보유 특별공제액이란 토지 또는 건물(제104조 제7항 각 호에 따른 중과대상 자산은 제외)로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 보유기간에 따른 공제율(최대 30%)을 곱하여 계산한 금액을 말하고, 같은 항 단서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 본문의 경우보다 더 큰 공제율(최대 80%)을 적용하게끔 정하고 있다. 청구인은 본문과 단서 조항이 병렬적 규정이므로, 조정대상지역에 소재하는 2주택을 보유하고 있더라도 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제2항에 따라 쟁점주택은 1세대 1주택으로 의제되기 때문에 위 소득세법 제95조 제2항 단서가 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 소득세법 제95조 제2항 본문은 원칙 규정이고 단서는 예외규정이며, 위 조항 본문에서 장기보유 특별공제의 적용범위를 한정하는 괄호부분(중과세율 적용대상 주택은 장기보유 특별공제 배제)은 단서 규정의 당연한 전제가 되는 점, 조정대상지역 1세대 2주택자로서 본문 괄호의 중과세율 적용대상에 해당함에도 단서부분만 분리 적용하여 1세대 1주택자로 가장 높은 공제율을 적용받아야 한다고 주장하는 것은 모순이라는 점 등에 비추어 보면, 조정대상지역에 위치한 1세대 2주택자에 해당하는 청구인의 쟁점주택 양도소득에 대하여는 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호가 적용되어 장기보유 특별공제의 적용이 배제된다고 할 것이다.
4. 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법 질서에 따른 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다. 일반적으로 새로운 과세대상을 설정하거나 세율의 인상 또는 과세표준 산정방법을 변경하는 경우 법령이 개정되기 이전에 재산을 취득하여 개정 후 양도한 자가 취득 당시의 법령이 계속 바뀌지 않을 것이라는 기대를 했다고 하더라도 이는 법적으로 보호되는 신뢰라고 보기 어렵다. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 2주택에 해당하는 주택의 양도에 장기보유 특별공제 적용을 배제하고 가중세율을 적용하는 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항, 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 은 2017. 12. 19. 공포되어 2018. 4. 1.부터 시행되었다. 결국 위 조항은 쟁점주택 양도 이전에 이미 공포되어 시행되었으므로, 청구인이 쟁점주택을 양도하면서 위 조항이 적용될 수 있음은 충분히 알 수 있었던 것으로 보이고, 아래에서 살피듯이 청구인에 대한 양도소득세 납부의무가 성립한 시점도 위 조항 시행일 이후이다. 따라서 위 소득세법령 조항의 적용이 헌법상 신뢰 보호의 원칙에 위반된 것이라고 볼 수 없다. 5) 국세기본법 제18조 제2항 은 ‘국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다’라고 하여 소급과세금지원칙을 규정하고 있고, 같은 법 제21조 제3항 제2호는 예정신고납부하는 소득세를 납부할 의무는 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일에 성립한다고 정하였다. 따라서 청구인의 쟁점주택 양도소득세의 납세의무는 양도소득이 발생한 달의 말일인 2018. 10. 31.에 성립하는 바, 감사관과 통지관서가 위 양도소득세에 대하여 2018. 4. 1.부터 시행된 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항, 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 을 적용하는 것이 소급과세금지원칙에 위배된다고 볼 수 없다.
6. 한편, 소득세법 시행령이 2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되면서 제167조의10 제1항 제13호가 신설되어, 청구인과 같이 상속주택과 일반주택을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우로서 제154조 제1항이 적용되고 같은 항의 요건을 모두 충족하는 일반주택은 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에서 제외되는 것으로 바뀌었으나, 위 시행령 부칙 제1조, 제2조 제2항에 따르면 위 개정규정은 2021. 2. 17. 이후 양도하는 분부터 적용하므로 쟁점주택 양도에는 적용될 여지가 없다.
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조의15 제5항 제1호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 등
결정 내용은 붙임과 같습니다.