부가가치세 비과세 사업자가 기업지배 목적의 주식취득을 위한 자문용역을 제공받은 경우 매입세액공제 대상에 해당하는지 여부

*** 세무서장이 2020.3.9. 청구인에게 한 2019년 2기분 부가가치세 443,878,359원을 부과하겠다는 과세예고 통지는 청구법인이 2019.9.30. HH시스템(주)로부터 수취한 매입세금계산서 11,057,099,102원 중 HH시스템이 국외자문사로부터 제공받은 국외제공 용역에 해당하여 매입세금계산서를 수취하지 못한 부분에 해당하는 3,233,472,443원과 HH시스템이 2018년에 수취한 매입세금계산서에 해당하는 2,421,886,663원의 합계 5,655,359,106원을 제외한 부분은 적법한 매입세금계산서에 해당하고, 적법하지 아니하다고 판단한 부분에 대하여도 가공세금계산서 수취 불성실가산세 부과대상에는 해당하지 아니하는 것으로 “일부채택” 결정합니다.

• 가. 청구법인은 서울 중구 동 에서 2018.8.8. 개업한 투자 및 주식취득업을 주업으로 하는 특수목적법인으로 HH시스템(주)(이하 “모법인”이라 한다)가 캐나다 자동차부품회사 MMMMM International Inc(이하 “MMMMM"라 한다)의 Fluid Pressure&Controls 사업부(이하 “FP&C”라 한다)의 주식을 취득(이하 “쟁점프로젝트”라 한다)하기 위하여 설립한 특수목적법인으로 모법인은 2018.8.8. 100백만원 투자하여 청구법인을 2018.8.14. 설립하였고, 2019년 사업연도 중 **백만원을 추가로 출자하였다.

1. 출자내용은 모법인의 사업보고서 및 반기별 보고서에 기재되어 있으며, 해당 출자비용은 약 1조 4천억으로 MMMMM FP&C 주식인수 자금이다.

2. 모법인은 청구법인에 100% 출자하고 청구법인은 캐나다EFP, 멕시코EFP, 독일EFP(이하 “자법인들”이라 한다)라는 특수목적법인에 100% 출자를 하고 있으며, 모법인의 등기임원을 대표자로 등록하고, 자산 및 직원이 존재하지 않고 주식취득 및 출장 업무만 하는 곳이다. * 다. 사실관계 24 페이지 ‘계열회사 등의 상호지분 관계도’ 참조

• 나. 청구법인은 2019.2기 부가가치세 확정신고를 하면서 작성일자 2019.9.30. 공급가액 원의 세금계산서(1장, ROTOR 자문비용, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 예정신고 미환급 세액에 반영하여 원의 환급신고를 하였다. * 다. 사실관계 37페이지 ‘2019.2기 매입세금계산서 내역’ 참조

1. 모법인은 청구법인과 자법인들(이하 “SPC들”이라 한다)은 2018.9월부터 2019.9월까지 쟁점프로젝트와 관련한 자문(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 매, K*(이하 “자문사”라 한다)로부터 제공받았고 자문용역비는 모법인이 먼저 지급하고 세금계산서(이하 “원세금계산서”라 한다)를 수취하였다.

2. 모법인은 원세금계산서에 대한 매입세액공제 받은 후, SPC들이 쟁점프로젝트로 인한 자산을 취득한 주체이고 쟁점용역의 실제 소비자이므로 쟁점용역 비용을 나누어 부담하여야 한다고 보아 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발행하였다.

• 다. 통지관서는 청구법인의 부가가치세 환급신고내역을 검토한 결과, 쟁점세금계산서는 청구법인이 모법인으로부터 재화나 용역을 공급받지 아니하고 발급받았으므로 매입세액을 불공제하고, 이에 따른 세금계산서불성실가산세 331,712,973원과 초과환급신고가산세 112,175,386원 합계 443,878,359원을 부과하겠다는 과세예고통지서를 2020.3.9. 발송하였다.
• 라. 청구법인은 2020.3.12. 과세예고 통지서를 수령하였고, 이에 불복하여 2020.4.2. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

• 가. 모법인과 SPC들은 쟁점프로젝트를 공동으로 수행하고, 쟁점용역은 쟁점프로젝트에 대한 공동비용에 해당하므로, 모법인이 SPC들의 분담금이 확정된 때 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발급한 것은 적법한 것이다.

1. ｢부가가치세법｣은 일정한 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있도록 규정하고 있다. 가) ｢부가가치세법｣ 제32조 제1항 은 사업자가 용역을 공급하는 경우 공급받는 자에게 세금계산서를 발급하도록 규정하면서, 제6항에서는 대통령령이 정하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다고 규정하고 있다.

• 나) 아울러, ｢부가가치세법 시행령｣ 제69조 는 위 규정에 따라 용역을 공급하지 않은 자가 세금계산서를 발급할 수 있는 경우를 규정하고 있다.
• 다) 즉, 부가가치세법령은 용역을 공급받는 자가 다수여서 그 중 1인이 대표로 공급받는 자가 되거나, 용역을 실제로 공급받는 자를 알 수 없어 법원이 명의상 공급받는 자가 되는 등 실제로 용역을 제공받은 자와 세금계산서상 공급받는 자의 명의가 다른 경우에, 세금계산서상 명의자가 실제 용역을 제공받은 자에게 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급할 수 있도록 하는 예외 규정을 두고 있는 것이다.
• 라) 국세청 역시 ‘동업자 중 1인이 대표로 세금계산서를 발급받은 경우 그 1인은 각 사업자들을 공급받는 자로 하여 분담금에 대하여 세금계산서를 발급할 수 있고, 각 사업자들은 해당 세금계산서 발급분에 대하여 매입세액공제를 받을 수 있다’고 회신하고 있다(서면인터넷방문상담3팀-2227, 2004.11.2., 서삼46015-11740, 2203.11.7., 부가가치세과-749, 2009.6.1. 등 같은 뜻).

2. 쟁점세금계산서는 ｢부가가치세법｣에서 허용하는 공동사업에 따른 공동비용에 대하여 적법하게 세금계산서를 발급한 것이다.

• 가) 모법인은 쟁점프로젝트를 위하여 SPC들을 설립하였으나, SPC들은 쟁점프로젝트 수행과정에서 설립된 법인으로 법인 설립 전에는 쟁점프로젝트에 관여할 수 없었고, 설립 후에도 법인특성상 충분한 인적․물적 시설을 갖추고 있지 않았기 때문에 실질적인 업무는 모법인이 주로 수행할 수밖에 없었다.

• 이에 따라 모법인은 자신이 쟁점프로젝트 관련 계약들의 당사자가 되었고, 이 과정에서 필요한 용역을 자신의 명의로 공급받은 것으로, 쟁점프로젝트는 실질적인 업무를 수행한 모법인과 SPC들의 공동사업이었다. * 다. 사실관계 26 페이지 ‘Sale and Purchase Agreement 일부’ 참조

• 나) 모법인과 SPC들은 쟁점프로젝트 수행 과정에서 이와 관련된 쟁점용역을 자문사로부터 공급받았는데, 쟁점용역은 모법인이 공급받은 것으로 보아야 할 용역과 각 SPC들이 공급받은 것으로 보아야 할 용역이 섞여 있었다.

① 이에 따라 모법인은 일단 자문용역에 대한 비용은 자신이 모두 부담하고, 2019.9. 쟁점프로젝트가 종료되자 SPC별 분담금을 정산하여 SPC들에게 청구한 것이다. * 다. 사실관계 26 페이지 ‘Intercompany Reimbursement Agreement’ 참조

② 구체적으로, 쟁점용역의 자문료 23,247백만원 중 모법인과 SPC들은 쟁점용역 중 모법인의 공시관련 자문, FP&C 인수금융 상환가능성 관련 자문 등은 모법인을 위한 용역으로 보아 958백만원은 모법인이 부담하였고,

• 이 사건 자산실사, 자산의 취득가액 평가, 자산취득 이후 처리에 관한 자문 등은 이 사건 자산을 실제로 취득한 SPC들을 위한 용역으로 보아 각 SPC들이 부담하는 것으로 분담액을 정하였다. < 모법인 및 SPC 별 분담액 > (생략) * 다. 사실관계 27 페이지 ‘SPC별 쟁점용역 비용 정산자료’ 참조

• 다) 이에 따라 모법인은 청구법인의 분담액 ***백만원을 청구하면서 쟁점세금계산서를 발행한 것으로 ｢부가가치세법｣에서 허용하는 동업자 중 한 사업자가 공동비용 전체에 대해 세금계산서를 발급받은 경우, 다른 동업자에게 분담비용을 청구하면서 세금계산서를 발급한 것으로 가공세금계산서에 해당하지 아니한다.

3. 모법인이 쟁점세금계산서를 2019.9.30. 발급한 것은 청구법인이 부담하여야할 비용이 2019.9월 확정되었기 때문이다.

• 가) 과세관청이 ｢부가가치세법｣에서 허용하는 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 본 것은 모법인과 SPC들이 자문사로부터 쟁점용역을 공급받은 기간은 2018.9월부터 2019.9월까지인 반면, 쟁점세금계산서는 2019.9.30.을 작성일로 하였기 때문으로 보인다.
• 나) 그러나, 쟁점세금계산서는 모법인이 청구법인에게 자문용역을 공급하면서 발급한 세금계산서가 아니라 공동비용 중 청구법인의 분담금 ***백만원을 청구하면서 발급한 세금계산서이고, 이 때에는 모법인이 제공한 용역은 존재하지 아니하므로 용역의 공급시기에 세금계산서를 발급하는 것이 아니라 분담금 청구시기에 세금계산서를 발급할 수 있다고 보는 것이 타당하다.

① 게다가 쟁점프로젝트는 2019.9월 MMMMM와의 가격정산이 이루이지고 나서야 종결되었기 때문에 공동비용 중 청구법인이 부담하여야할 비용이 얼마인지 역시 2019.9월이 되어서야 확정될 수밖에 없었다.

② 즉, 2019.9월 이전에는 쟁점세금계산서의 공급가액에 해당하는 분담금이 얼마인지 확정되지 아니하여 세금계산서를 발행할 수도 없었던 것이다.

• 다) 이와 관련하여 대법원은 용역제공이 이루어졌으나 공급가액이 확정되지 않은 사안에서, ‘용역제공의 완료시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에는 역무제공의 완료시가 일반적인 공급시기가 된다 할 것이나, 역무제공의 완료시점에 공급가액이 확정될 수 없는 특별한 사정이 있는 경우에는 그 공급가액이 확정되는 시점을 용역의 공급시기로 보아야 한다’고 판단하였다(대법원 2015.1.29. 선고 2014두43240 판결 참조).

• 또한 조세심판원에서도 “계약당사자간 용역의 존부나 용역의 내용 등에 대한 다툼이 발생하여 당해 용역의 제공자가 용역대가 지급일이나 용역 제공이 완료된 날에 대가를 지급받지 못한 경우에는 계약당사자 중 일방에게 그 책임을 돌려야 할 명백한 사유가 존재하지 아니하는 한, 당사자간 합의 등에 의하여 당해 용역의 대가가 확정되는 날을 공급시기로 보는 것이 타당하다”라고 판단하였다(조심2009부3576, 2010.2.25. 등 참조)

• 라) 따라서 실제 용역의 공급에 대한 세금계산서를 발급하는 경우에도 공급가액이 확정되지 않은 경우에는 역무제공 완료시가 아니라 공급가액 확정시를 공급시기로 보아야 한다는 점을 고려한다면 공통비용 분담금에 대한 세금계산서 역시 분담금이 확정된 때를 공급시기로 하여 발급하여야 한다고 보는 것이 타당하다.
• 나. 청구법인은 부가가치세 과세사업자에 해당하므로 쟁점세금계산서는 매입세액 불공제대상에 해당하지 아니한다.
• 다. 통지관서 의견에 대한 항변

1. 모법인이 공동경비 분담액에 대하여 쟁점세금계산서를 발급한 것은 부가가치세법령 및 질의회신, 과세실무에 따라 적법한 것이다. 가) ｢부가가치세법 시행령｣은 꼭 동업자간에 조합을 조직하지 아니하더라도 공동으로 용역을 공급받고, 그 중 1인이 대표로 공급받는 자가 되었다면 용역대금을 정산하면서 세금계산서를 발급․수취할 수 있도록 규정하고 있다.

• 나) 부가가치세법령이 세금계산서 발급에 대한 특례규정을 두고 있는 것은 비용을 대외적으로 지출하는 자와 이를 종국적으로 분담하는 자가 서로 다를 경우 납세자가 대외적으로 지출한 비용 중 분담비율을 넘어서는 비용에 대해서는 매입세액 불공제를 당하는 불이익을 겪을 수 있기 때문이다.

• 그리고 이렇게 분담액에 대하여 세금계산서를 발급할 수 있게 하는 경우 실제 비용부담자가 누구인지 투명하게 밝혀져 효율적이 과세행정이 이루어지는 효과도 발생한다.

• 다) 이 때문에 과세관청은 그동안 해당 규정을 넓게 해석하여 동업자들 간에 어떤 단체를 조직한 것은 아니더라도 공동사업을 수행하면서 공동비용을 지출한 경우, 그 공동비용이 전력공급용역이나 도시가스공급용역 등 ｢부가가치세법 시행령｣ 제69조 에 명시된 용역에 대한 것이 아니라하더라도 공동비용을 정산하면서 세금계산서를 수수하는 것을 허용하여온 것이다.

• 이 사건에서도 만약 모법인이 쟁점세금계산서를 발급하지 아니하였다면 청구법인 분담액 부분에 대하여는 청구법인은 물론이고 모법인 역시 매입세액을 공제받을 수 없게 될 위험이 있었고, 이에 따라 위험을 없애기 위하여 부가가치세법령과 질의회신, 과세실무에 따라 쟁점세금계산서를 발행한 것으로 쟁점세금계산서는 적법한 것이다.

• 라) 한편, 통지관서의 자문용역에 대하여는 ｢부가가치세법｣ 제32조 제6항 을 적용할 수 없다고 주장한다.

• 그러나, ｢부가가치세법 시행령｣ 제69조 제15항 은 용역의 종류를 한정하고 있지 아니하므로 통지관서의 주장은 관계법령 및 질의회신 등에 위반되는 주장으로 타당하지 않다.

• 마) 통지관서는 청구법인이 자문용역을 모법인에게 위임한 계약서가 존재하지 아니하므로 청구법인의 주장은 인정하기 어렵다고 주장한다.

• 그러나, 모법인과 청구법인은 쟁점프로젝트를 공동으로 수행하면서 쟁점용역 역시 공동으로 제공받았으므로 통지관서의 주장은 타당하지 않다.

• 바) 통지관서는 질의회신(서면2018법인-3221, 2019.8.1.)을 제시하면서 쟁점세금계산서가 재화 또는 용역의 공급에 해당하지 아니하므로 가공세금계산서라고 주장한다.

① 그러나, 해당 질의회신 말미에는 “그 경비 중 세금계산서 수취 분에 대하여는 부가가치세법 시행규칙제18조의 규정을 준용하여 세금계산서를 수취할 수 있는 것” 이라고 하여, 역시 공동비용에 대한 분담금에 대하여 세금계산서를 수수할 수 있다고 회신하고 있다.

② 즉, 법인이 공통적인 업무를 수행하기 위하여 소요된 경비를 다수의 법인을 대표하여 지급한 후 개별법인으로부터 지급받는 것은 재화 또는 용역의 공급에 해당하지는 않지만 세금계산서 수취대상에는 해당한다고 분명하게 밝힌 것으로 오히려 청구법인의 주장에 부합하는 질의회신이다.

• 사) 통지관서는 청구법인과 모법인은 별개의 법적실체로서 동업자 관계가 아니라고 주장한다.

① 그러나, 모법인과 SPC들은 쟁점프로젝트를 공동으로 수행하였으므로 서로 동업자관계에 있다고 볼 수 있다.

② 모법인은 라디에이터, 자동차용 냉․난방기 및 공기조절장치 등 자동차용 열 관리 시스템을 생산하는 사업을 영위하고 있는 법인으로 열관리 및 펌프제품을 제조하여 완성차 업체들에게 판매하는 사업부를 인수함으로써, 매출․수익 증대 등 회사 기존 사업과의 시너지를 창출하기 위하여 MMMMM와 FP&C 인수계약(이하 “쟁점인수계약”이라 한다)을 체결한 것이다.

③ 다만, 쟁점인수계약은 모법인과 지정된 자회사들이 사업부 자산을 인수하는 것으로 정하였는데, 모법인은 이 사건 자산을 직접 취득하지 아니하고, 한국, 멕시코, 캐나다, 독일에 SPC를 설립하여 이 사건 자산을 나누어 취득하게 하였다. * 다. 사실관계 26 페이지 ‘쟁점프로젝트 주요 일정’ 참조

④ 쟁점프로젝트는 청구법인 설립되기 이전인 2017.말부터 시작되어 2018.4월 본건 인수에 관한 Exclusivity Agreement가 체결되면서 공식화된 것이고, 당시 청구법인은 아직 설립되지 않았기 때문에 모법인이 계약의 당사자가 될 수밖에 없었다. * 다. 사실관계 26 페이지 ‘Exclusivity Agreement’ 참조

⑤ 이후 모법인은 2018.9.20. MMMMM와 쟁점인수계약을 체결하면서 FP&C 사업부의 자산과 주식은 모법인 및 모법인이 지정한 자회사(Purchaser's Designated Subsidiary)들이 구매하는 내용으로 계약을 체결하였다. * 다. 사실관계 26 페이지 ‘Sale and Purchase Agreement 계약서 내용’ 참조

⑥ 청구법인은 2019.3.29. 모법인의 지정된 자회사로서, 쟁점인수계약에 참가하는 내용의 Joinder Agreement 계약을 체결하여 당사자가 되었다. * 다. 사실관계 26 페이지 ‘Joinder Agreement 계약서 내용’ 참조

⑦ 이처럼 모법인과 SPC들은 쟁점인수계약의 당사자로서 쟁점프로젝트라는 공동사업을 수행하였으므로 동업자 관계에 있는 것이고, 이 과정에서 지출된 비용은 공동비용에 해당하므로 모법인과 청구법인을 동업자로 볼 수 있는 계약이 존재하지 아니한다는 통지관서의 주장은 사실과 다르다.

⑧ 아울러, 모법인은 SPC들이 설립되기 이전부터 MMMMM와 사업부 인수논의를 시작하였기 때문에 자신이 쟁점인수계약 및 인수와 관련된 쟁점용역 계약의 당사자가 되어 자문사들로부터 자문을 받으며 FP&C 사업인수의 방식/구조 등을 결정한 것이다.

• 그리고 쟁점프로젝트 관련 자문비용도 자문계약의 당사자인 모법인이 대표로 부담할 수밖에 없었기 때문에 모법인이 원세금계산서를 수취하고, 각 분담액에 대한 세금계산서를 청구법인 등에게 발급한 것이다.

• 아) 통지관서는 모법인과 청구법인이 공동매입을 한 것으로 보더라도 쟁점용역 공급완료시점에 세금계산서를 발행한 것이 아니므로 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 주장한다.

① 그러나, 쟁점세금계산서는 모법인이 청구법인에게 자문용역을 공급하면서 발급한 것이 아니라, 공동비용 중 청구법인의 분담금 ***백만원을 청구하면서 발급한 것이고, 이러한 때에는 모법인이 제공한 용역은 존재하지 아니하므로 용역의 공급시기에 세금계산서를 발급하는 것이 아니라 분담금 청구시기에 세금계산서를 발급할 수 있다고 봄이 타당하다.

② 쟁점프로젝트는 2019.9월 MMMMM와의 가격정산이 이루어지고 나서야 종결되었기 때문에 공동비용 중 청구법인이 부담하여야 할 비용이 얼마인지 역시 2019.9월이 되어서야 확정될 수밖에 없었으므로 그 이전에는 세금계산서를 발행할 수도 없었던 것이다.

③ 따라서 청구법인의 분담액이 확정된 때에 발급된 쟁점세금계산서는 적법하게 발급된 세금계산서에 해당한다.

2. 서울고등법원 판례에 따라 청구법인은 과세대상 사업을 영위하는 법인에 해당하므로 쟁점세금계산서는 매입세액 공제대상에 해당한다.

• 통지관서는 청구법인이 인적․물적 실체가 없는 SPC로 과세사업을 영위하지 않으므로 쟁점세금계산서는 매입세액 불공제 대상이라고 주장한다.

① 그러나, 서울고등법원에서는 ‘지분증권의 소유를 통하여 다른 회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 국내회사가 그 사업을 하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 금융용역인 집합투자업에서 제외되어 과세대상이 되므로, 원고가 그 주장과 같이 AA주식의 소유를 통하여 AA의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 지주회사일 경우 그 사업목적 수행을 위해 AA의 주식을 취득하면서 지출한 매입세액은 과세대상 사업과 관련된 매입세액으로서 공제대상이 된다.’고 판시하였다(서울고등법원 2017.6.21. 선고 2016누54574 판결 참조).

② 관련 판례에 따르면 청구법인은 자동차 및 이륜차부품 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사의 주식취득 및 사업내용 지배를 주된 사업으로 하는 법인으로 과세대상 사업을 영위하는 법인이고, 쟁점세금계산서는 그 사업목적 수행을 위해 주식을 취득하면서 지출한 자문비용에 대한 분담금이므로 쟁점세금계산서가 매입세액 불공제 대상이라는 통지관서의 주장은 타당하지 않다. * 다. 사실관계 28 페이지 ‘청구법인 등기사항전부증명서 내용’ 참조

③ SPC는 특수한 목적을 수행하기 위하여 만들어지는 법인을 의미하는 것으로 사업을 아예 영위하지 아니하는 법인을 의미하는 것은 아니고, 청구법인은 대부분의 업무를 다른 회사에 위탁하여 수행하기 때문에 많은 인적․물적 시설을 갖추지 아니하고 있을 뿐 과세사업은 영위하고 있다.

3. (예비적 주장) 설령 쟁점세금계산서가 부적법한 세금계산서라 하더라도 가공세금계산서로 보아 가산세를 부과한 부분은 위법하다.

• 가) 국세청은 ‘부가가치세 과세대상거래에 해당하지 않음에도 불구하고 착오로 세금계산서를 교부한 경우에는부가가치세법제60조 제3항 제1호에 따른 가산세를 적용하지 아니한다’고 회신하고 있다(부가-698, 2014.8.12.).
• 나) 따라서, 쟁점세금계산서가 용역의 공급 없이 발행된 세금계산서로 부적법한 세금계산서라 하더라도 이는 착오로 세금계산서를 교부․수취한 것에 불과하므로 이를 가공세금계산서로 보아부가가치세법제60조 제3항 제2호 가산세를 부과함은 위법하다.
• 다) 아울러, 통지관서가 제시한 예규(법규과-2897, 2006.7.14.)는 ‘차입금 상환’에 관한 것으로 이 건 과세처분의 근거로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점세금계산서는 ｢부가가치세법｣상 발행 근거가 없어 적법한 세금계산서에 해당하지 아니한다.

1. 청구법인이 주장하는 자문용역은 ｢부가가치세법｣상 공동매입 준용규정을 적용할 수 있는 대상이 아니고, 실제 공급받는 자를 알 수 없는 경우 또는 위임계약관계에 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다.

• 가) 청구법인은 ｢부가가치세법｣ 제32조 6항 에 따라 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급 받는자가 아닌 경우에도 세금계산서를 발급하거나 발급 받을 수 있다고 주장한다.
• 나) 그러나 ｢부가가치세법｣상 공동매입을 준용하는 경우에는 청구법인이 주장하는 자문용역은 해당하지 아니한다.

① ｢부가가치세법｣ 제32조 제6항 에서 규정하는 같은 법 시행령 제69조【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】제14항에서는 ‘｢전기사업법｣에 따른 전기사업자가 공급하는 재화의 공급’이라고 규정하고 있다.

② 그리고, 같은 령 제15항에 따라 ‘동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 경우’와 ‘｢국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률｣에 따른 공동 도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동 수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우’ 및 ‘｢도시가스사업법｣에 따른 도시가스사업자가 도시가스를 공급할 때 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우’에만 제14항을 준용한다고 명백히 규정하고 있다.

• 다) 아울러, 청구법인은 공급 받는 자가 다수여서 그 중 1인이 대표로 공급 받는 자가 되거나, 용역을 실제로 공급 받는 자를 알 수 없어 실제로 용역을 공급 받은 자와 세금계산서상 공급받는 자의 명의가 다른 경우에, 세금계산서를 용역의 공급 없이 세금계산서상 명의자가 실제 용역을 제공 받은 자에게 발급할 수 있다고 주장한다.

① 그러나 청구법인은 2018.8월 설립되었고, 자법인들 또한 자문사의 용역 완료시점인 2019.9월 이전에 설립되었으며, 자문용역 내용이 모두 쟁점프로젝트와 관련된 내용이므로 용역을 실제 공급받는 자를 알 수 없다는 것은 성립할 수 없다.

② 또한, 세금계산서를 발급받은 SPC들이 자문용역에 대하여 모법인에게 위임한 사실이 적시된 계약서가 존재하지 않으므로 청구법인의 위임주장은 인정하기 어렵다.

2. 모법인과 SPC들은 동업자로 볼 수 있는 계약이 존재하지 아니하고, 모법인이 청구법인의 업무를 대신 수행한 것은 공동사업에 해당하지 아니한다.

• 가) 청구법인은 동업자 중 1인이 대표로 세금계산서를 발급받은 경우 그 1인은 각 사업자들을 공급받는 자로 하여 분담금에 대하여 세금계산서를 발급 받을 수 있다고 주장한다.
• 나) 그러나, 모법인과 SPC들은 동업자 관계가 아닌 별개의 법적실체이고, 공동매입이 되려면 ｢법인세법 시행령｣ 제48조 에 따라 공동사업에 대한 공동 출자관계, 공동의 매출, 공동의 매입, 공동의 광고 등 업무자체가 공동성이 있어야 할 것이나, 모법인과 SPC들은 공동매입에 대한 어떠한 관련 계약이 존재하지 아니한다. < 공동계약운용요령 (회계예규 2200.04-136-18, 2009.6.29.) > 제2조(정의) 이 예규에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “공동계약”이라 함은 공사‧제조‧기타의 계약에 있어서 발주관서와 공동수급체가 체결하는 계약을 말한다.

2. “공동수급체”라 함은 구성원을 2인 이상으로 하여 수급인이 당해 계약을 공동으로 수행하기 위하여 잠정적으로 결성한 실체를 말한다. 제2조의2(공동계약의 유형) 공동계약은 공동수급체가 도급받아 이행하는 방식에 따라 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. “공동이행방식”이라 함은 공동수급체 구성원이 일정 출자비율에 따라 연대하여 공동으로 계약을 이행하는 공동계약을 말한다.

2. “분담이행방식”이라 함은 공동수급체 구성원이 일정 분담내용에 따라 나누어 공동으로 계약을 이행하는 공동계약을 말한다.

• 다) 아울러, 청구법인은 인적·물적 실체가 없는 SPC로 쟁점프로젝트 수행을 위한 실질적 업무수행은 모법인이 하였으므로 청구법인과 모법인은 공동사업이라고 주장한다.

• 그러나, 청구법인의 주장대로 청구법인은 paper company로 인적·물적 실체가 없어 모법인으로부터 용역을 제공받아 관리용역비를 지급하고 있다 하더라도(세금계산서 수취함), 부가가치세는 사업장별로 판단하는 것이므로 모법인이 청구법인의 업무를 대신 수행 하여주는 관리용역은 공동사업에 해당하는 것이 아니다.

3. 청구법인과 MMMMM Inc.와 가격정산 시점에 쟁점용역 부담분 세금계산서를 수취할 것이 아니라, 청구법인이 주체가 되어 자문사로부터 세금계산서를 수취하여 자법인들에 배분하였어야 한다.

• 가) 청구법인은 청구법인이 부담하여야 할 비용이 2019.9월에 확정되었기 때문에 청구시기에 세금계산서를 발급 받을 수 없었다고 주장한다.
• 나) 그러나, 이러한 사정이 모법인이 청구법인과 MMMMM Inc.와 2019.9월 가격정산시점에 청구법인의 쟁점용역 비용 부담분에 대한 세금계산서를 발행할 정당한 사유라 할 수 없다.

① 모법인의 청구법인 최초 설립투자일은 2018.8.8.이며 청구법인의 개업일은 2018.8.14. 이고, 주식과 자산을 양수하는 MMMMM FP&C 계약체결일도 2018.9.20. 이전이다.

② 해외주식취득의 주체인 청구법인 설립일 이후에 주식양수 계약을 체결하였고, 자문사로부터 쟁점프로젝트와 관련하여 모법인이 쟁점용역을 공급받은 기간은 2018.9월부터 2019.9월까지이다.

③ 모법인이 청구법인의 MMMMM Inc.와의 가격정산시점인 2019.9월 청구법인 분담분에 대하여 세금계산서를 발행할 것이 아니라, 청구법인이 자문용역을 공급받는 주체로 자문용역이 완료되는 시점에 자문사로부터 세금계산서를 수취하거나, SPC들의 공동매입으로 보아 용역의 대가가 확정될 때 청구법인이 자법인들에게 청구하여야 하는 것으로 봄이 타당하다.

• 주식인수가 종결된 시점에서 모법인이 청구법인에게 정산을 위한 목적으로 쟁점세금계산서를 발급하는 것은 타당하지 않다.

• 나. 설령, 청구법인의 주장처럼 쟁점용역이 공동매입에 해당한다 하더라도 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이고, 청구법인은 과세사업을 영위하지 않으므로 매입세액 공제대상에 해당하지 아니한다.

1. 청구법인이 주장하는 것처럼 쟁점용역이 공동매입이라 하더라도, 모법인이 공급받은 것과 청구법인이 제공받은 용역거래 내용은 동일거래임에도 불구하고 공급시기가 다르므로 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 이에 따라 매입세액 불공제 대상이다.

2. 아울러, 설령 용역완료 시점에 적법하게 수취한 세금계산서라 하더라도 청구법인은 물적·인적 실체가 없는 SPC로 부가가치세 과세사업을 영위하고 있지 않으므로 매입세액 불공제 대상이다.

3. 국세청 예규에서도 “재화나 용역의 공급 없이 부가가치세 과세대상이 아닌 자금거래로 확인된 금액에 대하여 세금계산서를 교부하고 매출처별세금계산서합계표를 제출한 경우 ｢부가가치세법｣ 제22조 제3항 의 규정에 의한 가산세를 적용하는 것”이라고 하였다(법규과-2897, 2006.7.14. 참조).

• 다. 따라서 통지관서가 쟁점세금계산서를 과세사업과 관련 없는 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하고 사실과 다른 세금계산서로 보아 가산세 부과를 통지한 것은 정당하다.
• 라. 통지관서 추가의견

1. 쟁점세금계산서는 모법인이 청구법인의 해외주식취득을 위하여 제공받은 용역에 대하여 대금을 대신 지급하고, 주식인수가 완료된 시점에서 정산하기 위하여 세금계산서를 발행한 것으로 ｢부가가치세법｣ 상 공동매입 준용규정을 적용할 수 있는 대상에 해당하지 아니한다.

• 모법인이 수수한 쟁점용역 관련 매입 중 ***백만원은 국외에서 제공받은 용역에 대하여 청구법인에 세금계산서로 청구한 것에 해당하여 ‘외국법인에게 용역대금을 일괄 지급한 경우에는 이를 다시 다른 법인에게 세금계산서를 발급 할 수 없는 것이다’(법규과-30, 2012.1.10.).

2. 청구법인은 해외주식 취득을 위하여 설립한 법인으로 이자수익과 배당금 수익만 존재하는 과세사업을 영위하지 아니하는 법인이므로 청구법인의 매입세액은 불공제 대상에 해당한다.

• 가) 청구법인은 법인등기사항전부증명서상의 목적사업에 ‘자동차 및 이륜차부품 제조 및 판매업’을 과세사업을 영위하는 근거로 제시하였으나, 이는 주식취득 자회사의 업종을 보완한 실질을 무시한 등기상 목적사업일 뿐이고,

• 청구법인은 제조 및 판매업을 영위 할 수 있는 자산과 직원이 존재하지 아니하여 인적·물적 자원이 없으므로 과세사업을 영위한다고 볼 수 없다.

• 나) 또한, 사업자등록증상 업종은 서비스 투자 및 주식취득업으로 실제로 제조 판매관련 과세사업과 관련된 업종을 영위한다고 볼 수 없다.

3. 따라서, 모법인의 관리용역을 근거로 공동매입으로 보아 추가 제공용역 없이 세금계산서를 발행하여 수취하고 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고한 것에 부가가치세 과세사업과 관련되지 않는 매입세액 공제로 보아 불공제 처리한 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. (쟁점①) 쟁점세금계산서는 모법인과 공동사업진행에 따른 공동비용 분담에 따른 것이므로 정상세금계산서에 해당한다는 주장의 당부

2. (쟁점①-2, 예비적 청구) 쟁점세금계산서는 착오로 수취한 것으로 세금 계산서 불성실가산세는 부당하다는 주장의 당부

3. (쟁점②) 청구법인은 과세사업자에 해당하므로 쟁점세금계산서는 매입세액공제 대상이라는 주장의 당부

• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제2조 【정의】(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2018.12.24>

1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

6. "과세사업"이란 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다.

7. "면세사업"이란 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다. 1-1) 부가가치세법 기본통칙 2-2-1 【재화의 범위】 재화란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말하므로 물ㆍ흙ㆍ퇴비 등은 재화의 범위에 포함하며, 재산 가치가 없는 것은 재화의 범위에 포함하지 아니한다. (2014.12.30. 개정) 2) 부가가치세법 제4조 【과세대상】(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2-1) 부가가치세법 시행령 제2조 【재화의 범위】(2014.1.1. 대통령령 제25057호로 개정된 것)

① 부가가치세법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1호의 물건은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 상품, 제품, 원료, 기계, 건물 등 모든 유체물(有體物)

2. 전기, 가스, 열 등 관리할 수 있는 자연력

② 법 제2조 제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다. 2-2) 부가가치세법 기본통칙 4-0-3 【유가증권 등】 수표ㆍ어음 등의 화폐대용증권은 과세대상이 아니다. (1998.8.1. 개정) 3) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것)

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

4) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것)

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다. 4-1) 부가가치세법 시행령 제69조 【세금계산서 등】(2016.8.31. 대통령령 제27472호로 개정된 것)

⑭ 전기사업법에 따른 전기사업자가 전력을 공급하는 경우로서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 그 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 그 명의자는 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위에서 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였을 때(세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에 그 세금계산서를 발급하였을 때를 포함한다)에는 그 전기사업자가 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

⑮ 동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률에 따른 공동 도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동 수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및도시가스사업법에 따른 도시가스사업자가 도시가스를 공급할 때 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 관하여는 제14항을 준용한다. 4-2) 부가가치세법 시행규칙 제51조 【공동매입 등에 대한 세금계산서 발급】(2013.6.28. 기획재정부령 제355호로 개정된 것) 영 제69조 제14항에서 "세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우"란 제52조 제2호에 따른 사업자가 전력이나 도시가스를 공급하는 경우에 영 제71조 제1항 제1호에 따라 세금계산서 발급이 면제되는 경우를 말한다. 4-3) 부가가치세법 시행규칙 제18조 【공동매입 등에 대한 세금계산서 발급】(2013.6.28. 기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것)

① 전기사업법에 의한 전기사업자가 전력을 공급함에 있어서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 당해전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 당해명의자는 그 발급받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위안에서 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 때(제17조제2호의 규정에 의하여 세금계산서의 발급이 면제된 경우에 이를 발급한 때를 포함한다)에는 당해전기사업자가 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

② 제1항의 규정은 동업자가 조직한 조합 또는 이에 유사한 단체가 그 조합원 기타 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률에 의한 공동도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 도시가스사업법에 의한 도시가스사업자가 도시가스를 공급함에 있어서 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 이를 준용한다. 5) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】(2014.1.1. 법률 제25057호로 개정된것

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. <개정 2014.1.1>

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 6) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 6-1) 부가가치세법 시행령 제77조 【사업과 직접 관련이 없는 지출】(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것) 법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령제78조 또는 법인세법 시행령제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다. 6-2) 소득세법 시행령 제78조 【사업과 직접 관련이 없는 지출】(2010.12.30. 대통령령 제22580호로 개정된 것) 법 제33조제1항제13호에서 "직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <개정 2010.12.30>

1. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득・관리함으로써 발생하는 취득비・유지비・수선비와 이와 관련되는 필요경비

2. 사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지・건물등의 유지비・수선비・사용료와 이와 관련되는 지출금

5. 제1호부터 제4호까지, 제4호의2 및 제4호의3에 준하는 지출금으로서 기획재정부령으로 정하는 것 6-3) 법인세법 시행령 제78조 【사업과 직접 관련이 없는 지출】(2019.7.1. 대통령령 제29933호로 개정된 것)

① 법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액 중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

2. 제1호 외의 경우로서 해당 조직ㆍ사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 매출액의 범위 등 분담금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. <개정 2008.2.29> 6-4) 부가가치세법 기본통칙 39-75-1 【공급시기 후에 발급받은 세금계산서의 매입세액 불공제】 공급시기 후에 발급받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제 또는 환급하지 아니한다. 다만, 재화 또는 용역의 공급시기 후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우에는 그러하지 아니한다. (2014.12.30. 단서개정) 7) 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

11. 금융ㆍ보험 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. 7-1) 부가가치세법 시행령 제40조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】(2018.9.28. 대통령령 제29183호로 개정된 것)

① 법 제26조 제1항 제11호에 따른 금융ㆍ보험 용역은 다음 각 호의 용역, 사업 및 업무에 해당하는 역무로 한다. <개정 2018.2.13> 2.자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 다음 각 목의 사업

• 다. 집합투자업. 다만, 집합투자업자가 투자자로부터 자금 등을 모아서 부동산, 실물자산 및 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 자산에 운용하는 경우는 제외한다.
• 마. 투자매매업 및 투자중개업과 이와 관련된 다음의 구분에 따른 업무
• 바. 일반사무관리회사업(집합투자기구 또는 집합투자업자에게 제공하는 용역으로 한정한다)
• 사. 투자일임업. 다만, 투자일임업자가 투자자로부터 자금 등을 모아서 부동산, 실물자산 및 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 자산에 운용하는 경우는 제외한다.
• 자. 경영참여형 사모집합투자기구에 경영참여형 사모집합투자기구 집합투자재산의 운용 및 보관ㆍ관리, 경영참여형 사모집합투자기구 지분의 판매 또는 환매 등 용역을 공급하는 업무(경영참여형 사모집합투자기구의 업무집행사원이 제공하는 용역으로 한정한다) 8) 부가가치세법 제60조 【가산세】(2017.12.19. 법률 제15223호로 개정된 것)

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. <개정 2017.12.19>

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우: 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우: 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

⑦ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 사업자가 수령한 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 거래사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다. <개정 2016.12.20.>

1. 제39조 제1항 제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액의 0.5퍼센트

3. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 경우에는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액의 0.5퍼센트 8-1) 부가가치세법시행령 제108조 【가산세】(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것)

⑤ 법 제60조 제7항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 그 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우를 말한다. <개정 2016.2.17.> 8-2) 부가가치세법시행령 제108조 【가산세】(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것)

⑤ 법 제60조제7항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 제75조 제3호ㆍ제7호 또는 제8호에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2019.2.12.> 8-3) 부가가치세법시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2019.2.12>

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 6개월 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 국세기본법 시행령제25조 제1항에 따른 과세표준수정신고서와 같은 영 제25조의3에 따른 경정 청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우
• 나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)이 결정 또는 경정하는 경우

8. 재화 또는 용역의 공급시기 전에 세금계산서를 발급받았더라도 재화 또는 용역의 공급시기가 그 세금계산서의 발급일부터 30일 이내에 도래하고 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장등이 결정 또는 경정하는 경우 8-4) 국세기본법 제47조 의 3【과소신고․초과환급신고가산세】(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정된 것)

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,교육세법제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다. <개정 2017.12.19>

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 9) 국세기본법 제48조 【가산세의 감면】(2017.12.19. 법률 15220호로 개정된 것)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다. 9-1) 국세기본법 시행령 제28조 【가산세의 감면 등 신청】】(2018.6.26. 대통령령 제28989호로 개정된 것)

① 법 제48조 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 관할 세무서장(세관장 또는 지방자치단체의 장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다.

1. 감면을 받으려는 가산세와 관계되는 국세의 세목 및 부과연도와 가산세의 종류 및 금액

2. 해당 의무를 이행할 수 없었던 사유(법 제48조 제1항의 경우만 해당한다)

② 제1항의 경우에 같은 항 제2호의 사유를 증명할 수 있는 서류가 있을 때에는 이를 첨부하여야 한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점프로젝트 개요 < 쟁점프로젝트 개요 도 > (생략) < 계열회사 등의 상호지분 관계도 > (생략)

2. 양자 간에 다툼이 없는 사실관계

• 가) 청구법인 사업자등록 내역

① 청구법인은 2018.8.8. 서울 중구 5길 , 10층(동)에 서비스 투자 및 주식취득업을 주업으로 대표이사를 나로 하여 사업자등록을 하였다.

② 청구법인은 2019.3.26. 대표이사만 성○석으로 변경하였고, 기타 세적변경이력은 확인되지 아니한다.

• 나) 청구법인 부가가치세 신고내역

① 청구법인의 2018.2기부터 2019.2기까지 부가가치세 신고내역에 따르면 매출은 없으며, 매입만 ***백만원 기재되어 있다. < 청구법인의 부가가치세 신고내역 > (생략)

② 청구법인의 2019.2기 매입금액 백만원은 모법인으로부터 수취한 백만원과 김○법률에서 수취한 10백만원으로 확인된다. < 2019.2기 매입세금계산서 수취 내역 > (생략) 2019.4.17. 매입한 700천원은 신용정보제공업체 (주)나이스*로부터 받은 ‘OTS new' 임

③ 모법인이 2018.2기부터 2019.2기까지 쟁점용역과 관련하여 수취한 원세금계산서는 매인코 백만원, 삼 백만원, 김& 백만원, 클리어리 가틀립 백만원 등 합계 *백만원으로 확인된다. < 모법인의 쟁점프로젝트 관련 원세금계산서 수취 내역 > (생략)

④ 모법인은 쟁점용역 비용 백만원 중 원세금계산서를 받은 백만원을 제외한 ***백만원은 자문사가 국내사업장이 없고, 국외에서 제공받은 용역에 해당하여 세금계산서를 받지 못한 것으로 확인된다.

• 다) 청구법인 법인세 신고내역

① 청구법인의 법인세 신고내역에 따르면 매출액, 매출원가는 없으며, 영업외수익은 이자수익 백만원, 배당금수익 백만원, 외환차익 백만원 등 백만원이고, 쟁점세금계산서는 영업외비용 기타 ***백만원으로 처리되어 있다. < 청구법인 법인세 신고내역 > (생략)

② 청구법인의 법인세 신고내역에 따르면 청구법인의 이자소득 중 ***백만원은 해외에 있는 자법인들로부터 수취하였음이 확인된다. < 청구법인의 국외특수관계인 거래내역 > (생략)

• 라) 쟁점프로젝트 관련 모법인의 기업공시 내용

① 모법인의 기업공시자료에 따르면, FP&C 쟁점인수계약은 2018.9.20., K의 외부기관평가는 2018.7.27.～2018.09.20., 양수대금 백만원(USD ***백만달러)는 SPC들을 통해 2019.3.29. 지급된 것으로 기재되어 있다.

② 청구법인은 인수자금 마련을 위해 2019.3.14. 백만원을 증자했으며, 해당자금으로 독일EFP, 캐나다EFP 등에 2019.3.26. 백만원을 출자하고, MMMMM 자회사에 2019.3.29. ***백만원을 출자한 것으로 확인된다. < 모법인의 기업공시 내용 발췌 > (생략)

• 마) 통지관서의 부가가치세 과세예고 통지

① 통지관서는 이 건 과세예고와 관련하여 세무조사 및 현장확인은 실시하지 않은 것으로 확인된다.

② 통지관서는 쟁점세금계산서에 대하여 매입세액을 불공제하고, ｢부가가치세법｣ 제60조 제3항 제2호 에 따른 ‘재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 발급받은 세금계산서’로 보아 가산세 3%를 적용하였고, 초과환급신고에 대한 가산세 1%를 적용하였음이 확인된다. < 2019.2기 확정 부가가치세 경정내역 > (생략) < 쟁점① 관련 >

3. 청구법인이 제출한 주요 증빙 및 주장 검토

• 가) 쟁점프로젝트 주요 일정 및 계약당사자 관련 내용

① 청구법인은 쟁점프로젝트 주요 일정을 제출하면서, 모법인과 MMMMM간 사업부 인수논의는 2017.말부터 시작하였는데, 청구법인 및 자법인들은 그 이후에 설립되어 모법인이 계약 당사자가 될 수밖에 없었다고 주장하였다. < 쟁점프로젝트 주요 일정 > (생략)

• 청구법인의 법인세 신고서 등에 따르면 청구법인은 2018.8월, 독일EFP는 2018.7월, 멕시코EFP는 2018.11월, 캐나다EFP는 2019.1월 설립된 사실는 확인되나, 모법인이 MMMMM와 쟁점프로젝트에 관한 논의를 언제 시작하였는지에 대한 자료는 제출되지 아니하였다.

② 청구법인은 2018.4 모법인과 HH&Company은 MMMMM와 배타적협상계약을 체결하면서 쟁점프로젝트가 공식화 되었다고 주장하였고, 계약서에는 실사허용, 만료기간 2018.6.1., 기간 자동연장 등이 포함되어 있다. < 2018.4. Exclusivity Agreement 내용 발췌 (원문영어) > (생략)

③ 청구법인은 2018.9.20. 쟁점인수계약 당사자는 모법인이나, 추후 SPC들이 계약당사자로 포함될 수 있도록 하였다고 주장하였고, 쟁점인수계약서에는 ‘구매자와 구매자의 지정 자회사는’, ‘구매자는 구매자의 지정자회사가... 각 당사자의 책임을 지게하기를 원한다’라고 기재되어 있다. < 2018.9.20. SALE AND PURCHASE AGREEMENT 일부 (원문영어) > (생략)

④ 청구법인이 제출한 2019.3.29.자 ‘신규참여합의서’에 따르면, ‘쟁점인수계약에 따라 모법인(매수인)이 지정하는 자회사(SPC들)이 FP&C를 인수하는 것에 합의한다‘라고 기재되어 있다. < 2019.3.29. JOINDER AGREEMENT 일부 발췌 (원문영어) > (생략)

• 나) 쟁점용역 관련 주요계약서 및 내용

① 모법인과 SPC들은 2019.9.26.(추정) ‘상환협약서’를 체결하였고, ‘쟁점용역은 2019.3.29. 완료’, ‘SPC들은 회사가 대신 지불한 쟁점용역 비용을 정산하는데 동의’, ‘청구일로부터 3개월 이내에 지불’ 등의 내용이 기재되어 있다. < INTERCOMPANY REIMBURSEMENT AGREEMENT 발췌 (원문영어) > (생략)

② 청구법인은 쟁점용역 중 ‘모법인 공시, 인수금융상환’관련 용역의 비용 백만원은 모법인에게, ‘자산실사, 자산취득가액평가, 취득 후 처리’관련 용역의 비용 22,289백만원은 자산인수 가액비율로 실제로 취득한 SPC들이 부담하도록 하였다고 주장하면서, ‘가격정산 e-mail'과 ‘분담액 정산자료’를 제출하였다. ⅰ) 2019.8.1.부터 2019.8.29.까지 모법인과 MMMMM의 직원이 주고받은 e-mail에 따르면, ‘2019.8.27. 쟁점프로젝트관련 최종PPA 금액 및 지불 프로세스에 동의하였고, 2019.9.4. 최종결재를 위해 전신송금한다’고 기재되어 있다. < 가격정산 관련 e-mail 내용 발췌 (원문영어) > (생략) ⅱ) 쟁점프로젝트와 관련한 SPC들의 최종 인수가격 합계는 USD 백만$이고, 최종 송금액 합계는 USD ***백만$(불명제외)로 정리하면 아래와 같다. < SPC별 최종 인수가격 > (생략) < SPC별 인수대금 송금내역 > (생략) ⅲ) 정산자료에 따르면 특정이 불가능한 실사, 법률자문 등은 SPC들의 인수가액을 기준으로, 특정이 가능한 것은 각 SPC에 직접 배분한 것으로 되어있다. < SPC별 쟁점용역 비용 정산자료 > (생략)

③ 모법인이 2018.2기부터 2019.2기까지 쟁점용역과 관련하여 수취한 원세금계산서는 매인코 백만원, 회계 백만원, 김& 백만원, 클가틀립 백만원 등 합계 백만원으로 확인된다. 다. 사실관계 24 페이지 ‘모법인 원세금계산서 수취 내역’ ⅰ)모법인은 쟁점용역 비용 백만원 중 원세금계산서를 받은 백만원을 제외한 백만원은 자문사가 국내사업장이 없고, 국외에서 제공받은 용역에 해당하여 세금계산서를 받지 못한 것으로 확인된다. ⅱ) 쟁점세금계산서 중 ***백만원은 국외 자문사의 국외제공 용역에 해당하여 모법인도 세금계산서를 수취하지 않았음이 확인되고, 원세금계산서 수취분 안분계산내역 검증결과 2019.9.4. 최종인수계약기준으로는 36백만원, 2019.9.4. 최종송금액기준으로는 -523백만원의 차이가 있는 것으로 확인된다. < 쟁점용역 관련비용 배분 검토 내역 > (생략) * 청구법인은 모법인의 세금계산서 사본과 INVOICE, 송금내역 자료를 별도로 제출함

④ 청구법인이 제출한 쟁점용역관련 계약서에 따르면, 계약당사자는 모법인, 용역제공 기간 및 서비스요금 등이 기재되어 있음이 확인된다. < 2019.3.19.자 'PM 플래닝' 자문계약서 일부 발췌 (원문영어) > (생략) < 2018.12.6.자 'Project ROTOR DD' 자문계약서 일부 발췌 (원문영어) > (생략) < 2018.12.19. INVOICE NO 673572 내용 발췌 (원문영어) > (생략)

4. 처분청이 제출한 주요 증빙 및 주장 검토

• 처분청은 2019.9.26.(추정) 체결된 ‘상환협약서’에 따르면, ‘회사와 수취인은 독립계약자’로 명시되어 있으므로 쟁점용역이 공동매입이라는 청구법인 주장은 타당하지 아니하다고 주장하였다. < 2019.9월 회사간 상환 협약서 발췌 (원문영어) > (생략) < 쟁점② 관련 >

5. 청구법인이 제출한 주요 증빙 및 주장 검토

• 청구법인은 과세사업을 영위한다고 주장하면서 등기시항전부증명서를 제출하였는데, 사업목적에는 ‘자동차 및 이륜차부품 제조 및 판매업’, ‘자회사 주식의 취득, 소유 및 회사 제반 사업내용의 지배’등이 기재되어 있다. < 청구법인 등기사항전부증명서 내 용 발췌 > (생략)

6. 청구인과 통지관서의 주장 비교 (생략)

• 라. 판단

1. 쟁점①에 대하여

• 가) 관련 법리

① 용역제공의 완료시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에는 역무제공의 완료시가 일반적인 공급시기가 된다 할 것이나, 역무 제공의 완료시점에 공급가액이 확정될 수 없는 특별한 사정이 있는 경우에는 그 공급가액이 확정되는 시점을 용역의 공급시기로 보아야 할 것인데, 역무 제공의 완료시점에 용역의 공급자와 수급자 사이에 공급가액에 관하여 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우 그와 같은 분쟁이 사안의 성질상 명백히 부당하다고 할 수 없는 경우라면 그 공급가액의 확정 여부 및 시기는 거래의 성질이나 내용 및 법률상․사실상의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 결정하여야 할 것이고 그에 따라 결정된 시점을 용역의 공급시기로 볼 것이다(대법원 2008.8.21. 선고 2008두5117 판결 등 참조).

② ｢부가가치세법｣(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것) 제32조 제1항은 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 재화 및 용역의 공급시기에 공급가액과 부가가치세액 등을 기재한 세금계산서를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다고 규정하였으나, 제6항에서는 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령에 따라 세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다고 규정하면서, ｢부가가치세법 시행령｣(2016.8.31. 대통령령 제27472호로 개정된 것, 이하 같다) 제69조 제14항에서는 전기사업법에 의한 전기사업자가 전력을 공급하는 경우로서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 그 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 그 명의자는 그 발급받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위 안에서 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였을 때에는 그 전기사업자가 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다고 규정하고, 제15항에서는 동업자가 조직한 조합 또는 이에 유사한 단체가 그 조합원 기타 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우에도 제14항을 준용한다고 규정하고 있다.

• 나) 쟁점세금계산서는 공동비용 분담에 따른 정상세금계산서인지 여부

① 앞서 본 법리와 사실관계를 종합하여 인정되는 아래의 사실과 사정에 따르면, 통지관서의 쟁점세금계산서는 ｢부가가치세법｣상 발행 근거가 없으므로 적법하지 아니한 세금계산서에 해당한다는 주장은 받아들이기 어렵다. ⅰ) a) 모법인의 기업공시자료, MMMMM와 체결한 2018.4월 Exclusivity Agreement, 2018.9월 Sale And Purchase Agreement, 2019.3월 Joinder Agreement 등 계약서, MMMMM와 인수가격 조정 e-mail 등에서 모법인과 SPC들이 공동으로 쟁점프로젝트를 진행하였음은 확인되는 점, b) 2019.9월 Intercompany Reimbursement Agreement에서는 쟁점용역 비용에 대하여 모법인과 각 SPC들이 정산하기로 합의한 사실이 확인되는 점, c) 청구법인은 인적․물적 설비 없는 특수목적법인으로 쟁점프로젝트 진행을 직접 주도할 입장이 아니었다는 사실을 배척하기 어려운 점, d) 국세청에서도 ‘동업자 중 1인이 대표로 세금계산서를 발급받은 경우 그 1인은 각 사업자들을 공급받는 자로 하여 분담금에 대하여 세금계산서를 발급할 수 있고, 각 사업자들은 해당 세금계산서 발급분에 대하여 매입세액공제를 받을 수 있다’고 회신하고 있는 점(서면인터넷방문상담3팀-2227, 2004.11.2. 등 참조) 등에 비추어 보았을 때 쟁점세금계산서가 공동업무수행에 따른 공동비용의 배분에 해당하여 ｢부가가치세법｣에서 허용하는 동업자 중 한 사업자가 공동비용 전체에 대해 세금계산서를 발급받은 경우, 다른 동업자에게 분담비용을 청구하면서 세금계산서를 발급한 것에 해당한다는 청구법인의 주장을 배척하기 어려운 것으로 보인다. ⅱ) 모법인과 MMMMM의 직원이 2019.8.1.부터 2019.8.29.까지 주고받은 e-mail내용과 SPC별 인수대금 송금내역 자료에 따르면 2019.9.4. 쟁점프로젝트 인수가격이 최종적으로 확정되었음이 확인되고, 대법원에서도 ‘역무제공의 완료시점에 공급가액이 확정될 수 없는 특별한 사정이 있는 경우에는 그 공급가액이 확정되는 시점을 용역의 공급시기로 보아야 한다’고 판단하고 있다(대법원 2015.1.29. 선고 2014두43240 판결 참조).

② 다만, 앞서 본 법리와 사실관계를 종합하여 인정되는 아래의 사실과 사정에 따르면, 쟁점세금계산서 중 모법인이 국외자문사의 국외제공 용역에 해당하여 세금계산서를 수취하지 못한 부분과 2018년에 수취한 세금계산서에 대한 부분에 대하여는 적법한 세금계산서라고 하기 어렵다. ⅰ) 쟁점세금계산서 중 백만원은 모법인도 국외 자문사의 국외제공 용역에 해당하여 원세금계산서를 수취하지 못하였음이 확인되고, 국세청에서는 ‘갑과 을이 공동으로 국내 사업장이 없는 외국법인으로부터 제공받은 컨설팅용역에 대하여는 갑이 그 수수료를 외국법인에게 일괄 지급한 경우에도 갑이 을에게 세금계산서를 발급할 수 없다’고 답변하고(법규과-30, 2012.1.10. 참조) 있으므로 적법한 세금계산서로 보기 어렵다. ⅱ) 쟁점세금계산서 중 백만원(ⅰ)해당금액 제외)은 모법인이 2018년에 수취한 원세금계산서에 해당하는 것으로, 국세청에서는 ‘공동비용에 대한 세금계산서를 발급받은 경우에는 동 세금계산서의 공급받은 날을 발행일자로 한 세금계산서를 발급하는 것’이라고 답변하고(법령해석부가-4045, 2016.11.21. 등 참조) 있고, ｢부가가치세법 시행령｣(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것) 제108조 제5항에서도 ‘재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 그 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우’에만 매입세액공제를 허용하는 것으로 규정하였다가, 2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 이후부터는 ‘공급시기 이후에 세금계산서를 발급받았으나, 실제 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한 다음날부터 6개월 이내에 발급받은 것으로서 거래사실이 확인되는 경우’에는 매입세액공제를 허용하고 있는 점 등에 비추어 보았을 때 적법한 세금계산서로 보기 어렵다.

③ 따라서 통지관서가 쟁점세금계산서 중 모법인이 국외자문사의 국외제공 용역에 해당하여 세금계산서를 수취하지 못한 부분과 2018년에 수취한 세금계산서에 대한 부분을 제외한 나머지 부분은 정상세금계산서에 해당하므로, 가공세금계산서 수취 불성실 가산세를 적용하여 과세예고 통지한 부분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

2. 쟁점1-②에 대하여

• 가) 관련 법리 및 규정 ◦ 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다고 할 것이다(대법원 2002.11.13. 선고 2001두4689 판결 등 참조).
• 나) 쟁점세금계산서는 가공세금계산서가 해당하는지 여부

① 앞서 본 법리와 사실관계를 종합하여 인정되는 아래의 사실과 사정에 따르면, 쟁점세금계산서는 재화와 용역의 거래 없이 수취한 가공세금계산서에 해당한다는 통지관서의 주장은 받아들이기 어렵다. ⅰ) 쟁점세금계산서 중 쟁점①에서 정상세금계산서에 해당하지 아니하는 것으로 판단한 ***백만원은 모법인이 쟁점프로젝트 추진과 관련하여 공급받은 쟁점용역에 대하여 SPC들과 비용배분을 위하여 대금청구를 목적으로 발급한 세금계산서로 과세대상 거래에 해당하지 아니하는 것으로 보인다. ⅱ) 국세청은 ‘부가가치세 과세대상거래에 해당하지 않음에도 불구하고 착오로 세금계산서를 교부한 경우에는부가가치세법제60조 제3항 제1호에 따른 가산세(가공세금계산서 수취 불성실 가산세)를 적용하지 아니한다’고 회신하고 있다(부가-698, 2014.8.12.).

② 따라서, 통지관서가 쟁점세금계산서 중 정상세금계산서가 아닌 부분에 대하여 가공세금계산서 수취 불성실 가산세를 적용하여 과세예고 통지한 부분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

3. 쟁점②에 대하여

• 가) 관련 법리 및 규정 ◦ 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).
• 나) 쟁점세금계산서는 매입세액공제 대상에 해당하는지 여부

① 앞서 본 법리와 사실관계를 종합하여 인정되는 아래의 사실과 사정에 따르면, 청구법인의 쟁점용역이 과세대상사업과 관련된 기업지배 목적의 주식취득을 위한 자문용역을 제공 받은 것으로 쟁점세금계산서는 부가가치세 과세대상 사업을 위한 것으로 매입세액 공제대상이라는 주장은 받아들이기 어렵다. ⅰ) ｢부가가치세법｣(2014.1.1. 법률 제25057호로 개정된 것) 제38조 제1항은 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 제39조 제1항 제1호 및 제7호에서는 사업과 직접 관련이 없는 지출과 관련된 매입세액 또는 면세사업 등(비과세사업 포함)에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 공제하지 아니하도록 규정하고 있고, 한편 법원에서도 ‘과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실질귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다’고 판결하고 있다(대법원 2016.3.23. 선고 2013두19875 판결 등 참조). ⅱ) 청구법인은 쟁점프로젝트는 기업지배 목적으로 MMMMM의 주식 및 자산을 취득하는 것으로 서울고등법원 판례(서울고등법원 2017.6.21. 선고 2016누54574 판결 참조)에 따라 매입세액 공제대상이라고 주장하나, a) 청구법인의 사업자등록 내역에 따르면 청구법인은 투자 및 주식취득 서비스업을 주업으로 2018.8.8. 사업자등록을 하였고, 지금까지 업종을 추가하거나 변경한 사실은 확인되지 아니한 점, b) 청구법인의 2018.2기 예정부터 2019.2기 확정까지 부가가치세 신고내역에 따르면 청구법인은 과세대상매출로 신고한 금액은 없고, 2018년부터 2019년까지 사업연도 법인세 신고내역에서도 매출액으로 신고한 금액은 없는 것으로 확인되는 점, c) 청구법인도 청구서에서 인적․물적 설비가 없고, 주식취득 목적의 특수목적법인에 해당한다고 하였고, 실제로 종업원이 없어 모법인에서 청구법인의 업무를 관리하고 ‘Management Service Fee'명목으로 세금계산서를 수취하고 있음이 확인되는 점, d) 아울러, ｢부가가치세법｣(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것) 제4조에 따르면 부가가치세는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입에 대하여만 과세한다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제2조에서 재화의 범위는 상품, 제품, 원료, 기계, 건물 등 모든 유체물과, 전기, 가스, 열 등 관리할 수 있는 자연력이라고 규정하고 있는 반면, 같은 법 기본통칙 4-0-3에서는 수표․어음 등의 화폐대용증권은 과세대상이 아니라고 하였고, 국세청에서도 ‘부가가치세 과세대상은 사업자가 공급하는 재화 또는 용역과 수입하는 재화를 말하며, 유가증권(주식, 채권 등)의 매매는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것’이라고 답변하고 있는 점(서면인터넷방문상담3팀-1964, 2005.11.7. 참조) 등에 비추어 보았을 때 청구법인이 영위하는 사업은 부가가치세법의 적용을 받지 아니하는 비과세 사업에 해당하는 것으로 보인다. ⅲ) 청구법인이 쟁점세금계산서가 매입세액 공제대상이라는 근거로 제시하고 있는 서울고등법원 판례(서울고등법원 2017.6.21. 선고 2016누54574 판결)와 법령해석사례(법령해석부가-0479, 2019.7.11.)는 과세사업을 운영하는 사업자의 사례임에 비추어 보았을 때, 그 취지를 과세사업을 운영하는 자가 과세사업의 확대를 목적으로 다른 기업의 주식을 취득하는 경우 주식취득과 관련한 법률자문 등 용역을 제공 받은 경우에만 ｢부가가치세법｣상 매출세액에서 공제할 수 있는 매입세액으로 보아야 한다는 것으로, 청구법인의 경우처럼 부가가치세법상 비과세사업만 운영하는 경우에도 매입세액 공제대상이라고 해석하기는 어렵다.

② 따라서, 통지관서가 청구법인을 부가가치세법상 비과세 사업만을 운영하는 것으로 보아 쟁점세금계산서를 매입세액 불공제하는 것으로 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 쟁점①과 쟁점①-2는 청구주장에 이유가 있으므로, 쟁점②는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제5항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.