중소기업기본법 시행령제2조 등에 따른 ‘관계기업’으로서조세특례제한법 시행령제2조 제1항의 ‘졸업기준’에 해당하여,중소기업기본법 시행령제3조 제1항 에 따라 ‘실질적 독립성’ 기준을 만족하지 못하여 중소기업을 졸업하는 경우에는 2012.1.1. 이후부터는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하는 것이 타당함
중소기업기본법 시행령제2조 등에 따른 ‘관계기업’으로서조세특례제한법 시행령제2조 제1항의 ‘졸업기준’에 해당하여,중소기업기본법 시행령제3조 제1항 에 따라 ‘실질적 독립성’ 기준을 만족하지 못하여 중소기업을 졸업하는 경우에는 2012.1.1. 이후부터는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하는 것이 타당함
이 건 과세전적부심사청구는 불채택합니다.
• 그러나, 2013 사업연도에 최초로 매출액이 1,000억원을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되었다.
2. 2013 사업연도 청구법인과 관계기업의 매출액 합계는 1.509억원이다. < 청구법인과 관계기업의 매출액 내역 > (단위: 백만원) 회사명 2013년 2014년 2015년 2016년 합 계 150,933 165,338 205,058 218,301 청구법인 118,306 120,646 153,540 159,144
○○테크윈 32,627 44,582 51,398 58,759
○○글로벌 110 120 398
- 라. 통지관서는 부산지방국세청으로부터 감사원 지적사항에 대한 자료를 수보하여 2013 사업연도 법인세 86,491,376원에 대하여는 2019.3.7. 고지서를 발송하였고, 2014부터 2016까지 사업연도 법인세 294,393,757원에 대하여는 2019.11.26. 과세예고 통지하였다.
- 마. 청구법인은 2019.11.28. 과세예고통지서를 수령하였고, 이에 불복하여 2019.12.24. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.
1. 청구법인은중기령제2조 및 같은 령 제3조의2 규정에 따라 (주)○○테크윈, (주)○○글로벌과중기령제3조 제1항 제2호 다목의 ‘관계기업’에 해당한다. 가)중기령제2조 제3호에 따르면 ‘관계기업은 외부감사대상이면서, 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 해당하는 기업집단’이라고 규정하고 있다.
2. 청구법인과 관계기업의 2012부터 2016까지 사업연도 법인세 신고내용 중 중소기업의 판단요소인 매출액, 자산총액, 자기자본, 상시근로자와 관련한 내역은 아래와 같다. < 청구법인과 관계기업의 연도별 법인세 신고내역 합계 > (단위: 명, 백만원) 회사명 구분 2012년 2013년 2014년 2015년 2016년 합 계 매출액 104,981 150,933 165,338 205,058 218,301 자산총액 32,385 27,533 26,170 29,124 34,950 자기자본 9,147 10,907 11,782 12,906 13,242 상시근로자 123 116 130
• -
3. 청구법인은조특령제2조 제1항에 따라 중소기업 여부를 판단하였을 때 2013년에 매출액 118백만원으로 ‘각호 외의 부분 단서’(이하, “졸업기준”이라 한다) 중 ‘매출액 1천억원 이상’에 해당하여 중소기업을 졸업하였다.
○ 제1항 본문 후단 단서의 중소기업 졸업기준 해당여부 기준만족 중소기업 ×→유예기준 제1항 제1호 규모기준(중기령 별표1) 적합여부 기준만족 중소기업
○ 제1항 제3호 독립성기준(중기령 제3조 제1항 제2호) 적합여부 기준만족 중소기업
○ ① 독점규제법상 따른 상호출자제한기업집단 해당여부 ×
② 자산총액이 5천억원 이상인 법인이 최대출자자인 기업 ×
③ 관계기업 합산하여 [별표1]에 맞지 않거나, 제1항 제1호 각목 해당 × * ③에 부적합한 경우 중소기업 졸업기준 적용으로 봄(조특령 제1항 제3호 후단) 나)조특령제2조 제1항 제3호에 따른 “실질적인 독립성”은중기령제3조 제1항 제2호에 적합여부로 판단하는 바, 청구법인은 실질적인 독립성에 적합한 것으로 확인되었다.
① 2013년 기준으로 청구법인은중기령제3조 제1항 제2호 가목, 나목에 해당하지 않으므로, 다목을 기준으로 보면,
② 상시근로자는중기령제7조의4 및 [별표2]에 따라 관계기업의 상시근로자수 등을 합산하여 판단하였다.
③ 자본금은조특법시행규칙제2조 제6항에 따라 외부감사대상인 경우에는 자본금과 자본잉여금을 합한 금액으로, 외부삼사대상이 아닌 경우에는 자본금과 자기자본 중 큰 금액으로 판단하였다.
④ 위의 기준에 따라 청구법인의 2013년 실질적인 독립성을 판단한 바, ‘상시근로자 수등’이 [별표1]의 기준을 초과하지 않고,중기령제3조 제1항 제1호의 졸업기준에도 미달함이 확인되었다.
4. 그러나, 청구법인은조특령제2조 제2항 따라 중소기업 유예기간을 적용하는 법인에 해당하므로 최초로 중소기업을 졸업한 2013 사업연도와 2014부터 2016년까지 중소기업 유예기간 적용을 받아야 한다.
• 청구법인은 2013년에 최초로 [졸업기준]을 충족하여 중소기업에서 졸업한 법인에 해당하고, 유예기간 배제사유에도 해당하지 않는 것으로 판단된다. <조특령제2조 제2항에 해당 여부 판단 > 판단할 내용 청구법인
제2항 본문, 중소기업 유예기간 적용대상 해당 여부 (① or ②) 해당 유예기간 적용대상
① 최초로 제1항 단서[졸업기준]에 해당하는 경우 매출액 해당
② 최초로 제1항 제1홍[별표기준]을 초과하였는지 여부
• 해당안함 제2항 단서, 유예기간 배제사유 해당여부 해당안함 배제대상 아님
① 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 × 해당안함
② 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우 × 해당안함
③ 실질적인 독립성 적합기업외의 기업에 해당하는지 여부 × 해당안함
3. 처분청(감사원) 의견
1. 중소기업에 해당하는 실질적인 독립성을 만족하려면중기령제3조 제1항 제2호에 적합해야 하는데, 관계회사의 경우 같은 호 다목의 요건을 적용함에 있어서는조특령제1항 제3호 규정에 따라조특령제2조 제1항 후단 단서 규정[졸업기준]을 적용하는 것이 문언 해석상 타당하다.
• 따라서중기령제3조 제1항 제2호 다목은 “관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 ”상시근로자수등“이라 한다)이조특령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 기업”이라고 해석하여야 한다.
2. 또한,조특령제1항 제3호에 따른 실질적인 독립성 기준을 만족하지 못한 경우에는 같은 조 제2항 제3호에 따라 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는 것이 해석상 타당하다.
3. 청구법인은 2013 사업연도에 관계기업 매출액 합계가 1천억을 초과하였으므로중기령제3조 제1항 제2호 다목에 해당하여 실질적인 독립성을 요건을 만족하지 못하였다.
• 따라서조특법제2조 제1항 제3호에 따라 중소기업으로 보지 아니하고, 같은 조 제2항 제3호 규정에 따라 중소기업 유예기간 적용이 배제되어야 한다.
① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31>
① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다)(중간 생략)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. <개정2010.12.30.>
1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것 <개정2000.12.9.>
중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다. <개정2010.12.30.>
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수・자기자본・자본금・매출액・자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. <개정 2010.12.30> 1-3) 조세특례제한법 시행령 제3조 【중소기업의 범위】(2015.2.3.일부개정-26070호)
① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다)(중간 생략)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. <개정 2015.2.3>
중소기업기본법 시행령별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다. <개정 2015.2.3>
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. <개정 2015.2.3>
3. 제1항 제3호(중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우
④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 매출액, 자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. <개정 2015.2.3>
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. <개정 2012.2.2> 1-4) 조세특례제한법 시행규칙 제2조 【중소기업의 범위】(2012.12.31.-309호)
④ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업・분할・합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.
⑤ 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산총액으로 한다. <신설 2003.3.24, 2012.2.28>
⑥ 영 제2조 제1항 제1호에 따른 자본금은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제15항 제3호 에 따른 주권상장법인과주식회사의 외부감사에 관한 법률제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업의 경우에는 대차대조표상의 자본금과 자본잉여금을 합한 금액
2. 제1호 외의 기업인 경우에는 대차대조표상의 자본금과 대차대조표상의 자산에서 부채를 차감한 금액중 큰 금액 1-5) 조세특례제한법 시행령 부칙 제1조(시행일)(2010.12.30.-22583호) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, (중략) 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 1-6) 조세특례제한법 시행령 부칙 제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) (2015.2.3.-26070호) 제2조 제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다. 2) 조세특례제한법 제10조 【연구․인력개발비에 대한 세액공제】(2012.10.2.-11486호)
① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 3) 중소기업기본법 제2조 【중소기업자의 범위】(2011.7.25.-10952호)
① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. <개정 2011.7.25>
1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업
③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. 3-1) 중소기업기본법 시행령 제2조 【정의】(2011.12.28.- 23412호) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. “관계기업”이란주식회사의 외부감사에 관한 법률제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 3-2) 중소기업기본법 시행령 제3조 【중소기업의 범위】(2011.12.28.- 23412호)
① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업
① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. <개정 2014.4.14>
1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것
① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서주식회사의 외부감사에 관한 법률제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다. <개정 2011.12.28>
1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 3-5) 중소기업기본법 시행령 제3조의1 【중소기업 여부의 판단 및 적용기간】(2011.12.28.- 23412호)
① 제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다. 3-6) 중소기업기본법 시행령 제7조 【매출액】(2011.12.28.- 23412호)
① 제3조 제1항 제1호에 따른 매출액은 회계관행에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 업종의 특성에 따라 매출액에 준하는 영업수익 등을 사용하는 경우에는 영업수익 등을 말한다. <개정 2011.12.28>
② 제1항에 따른 매출액은 다음 각 호의 구분에 따른 방법에 따라 산정한다.
1. 직전 사업연도의 사업기간이 12개월 이상인 기업: 직전 사업연도의 매출액
2. 직전 또는 해당 사업연도에 창업하거나 합병 또는 분할한 기업으로서 제1호에 해당하지 아니하는 기업: 다음 각 목의 구분에 따라 연간 매출액으로 환산하여 산정한 금액
(1) 산정일이 창업일이나 합병일 또는 분할일이 속하는 달에 포함되는 경우
(2) 창업일이나 합병일 또는 분할일이 속하는 달의 다음달 초일부터 산정일까지의 기간이 1개월 미만인 경우 3-7) 중소기업기본법 시행령 제7조의4 【관계기업의 상시근로자수등의 산정】(2011.12.28.- 23412호)
① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다. <개정 2011.12.28>
② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.
③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다. 3-8) 중소기업기본법 시행령 제9조 【유예 제외】(2011.12.28.- 23412호) 법 제2조제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다. <개정 2009.3.25, 2011.12.28>
3. 중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 3-9) 중소기업기본법 시행령 [별표1] (2011.12.28.- 23412호) 해당 업종 분류기호 규모 기준 제조업 C 상시근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하
• 이하 생략 - 3-10) 중소기업기본법 시행령 [별표1] (2014.4.14.- 25302호) 주된 업종별 평균매출액등의 규모 기준 (제3조 제1항 제1호 가목 관련) 해당 기업의 주된 업종 분류기호 규모 기준
C30 평균매출액등 1,000억원 이하
• 이하 생략 - 3-11) 중소기업기본법 시행령 [별표2] (2011.12.28.- 23412호) 관계기업의 상시근로자수등의 산정기준(제7조의4제1항 관련)
1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 상시근로자수등은 다음 각 목에 따라 계산한다.
1. 양자간에 다툼이 없는 내용
① 청구법인과 (주)○○테크윈, (주)○○글로벌의 2013부터 2016까지 사업연도 주주현황과 외감대상여부는 아래와 같이 확인된다.
② 따라서 청구법인과 최대주주(표○봉 및 친족)이 (주)○○테크원과 (주)○○글로벌에 대한 지분을 각각 99.6% 와 100% 보유하고 있으므로중기령제3조의2에 따른 지배․관계에 해당하고,중기령제2조 제3호에 규정된 “관계기업”에 해당하는 것으로 확인된다. 회사명 구분 2013년 2014년 2015년 2016년 청구법인 표○봉 (96.8%) 174,200 174,200 176,400 176,400 박○ (3.7%) 2,000 2,000 2,000 2,000 표○식 (1.8%) 3,200 3,200 0 0 외감대상여부 외감대상 외감대상 외감대상 외감대상 (주)○○테크윈 표○봉 (68.8%) 165,000 166,000 166,000 166,000 박○ (3.7%) 9,000 9,000 9,000 9,000 오토텍 (27.1%) 65,000 65,000 65,000 65,000 외감대상여부 외감대상 아님 아님 아님 (주)○○글로벌 표○봉 (57.0%) 51,300 51,300 51,300 51,300 오토텍 (43.0%) 38,700 38,700 38,700 38,700 외감대상여부 아님 아님 아님 아님 < 청구법인과 관계기업의 주주현황 >
① 청구법인과 관계기업의 2013부터 2016까지 사업연도 법인세 신고내용은 아래와 같이 확인된다. < 청구법인 및 관계기업의 법인세 신고내역 > 회사명 구분 2012년 2013년 2014년 2015년 2016년 합계 매출액 104,981 150,933 165,338 205,058 218,301 자산총액 32,385 27,533 26,170 29,124 34,950 자기자본 9,147 10,907 11,782 12,906 13,242 상시근로자 123 116 130
• - 청구법인 매출액 92,398 118,306 120,646 153,540 159,144 자산총액 23,034 19,189 17,754 19,480 24,943 자기자본 7,914 8,779 9,472 10,114 10,283 상시근로자 84 81 82 중소기업감면 0 14 22 50 37 연구인력공제 65 61 38 40 60 (주)○○테크윈 매출액 12,583 32,627 44,582 51,398 58,759 자산총액 9,351 7,456 7,622 8,840 9,229 자기자본 1,233 1,255 1,548 1,997 2,230 상시근로자 39 34 46 (주)○○글로벌 매출액
• - 110 120 398 자산총액
• 888 794 804 778 자기자본
• 873 762 795 729 상시근로자
• 1 2 (단위: 명, 백만원)
② 청구법인 자체로는 2013 사업연도에 최초로조특령제2조 제1항에 따른 졸업기준(매출액 1천억 이상)을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것으로 확인된다.
③ 그러나, 청구법인이 신고서와 함께 제출한 “중소기업 등 기준 검토표”에 따르면 졸업기준에 ‘적합’으로 표기하여 신고한 것으로 확인된다.
• 다만, 2016 사업연도에는 ‘중소기업 유예기간 적용’란에 2013연도에 최초로 기준초과한 유예기간 적용대상인 것으로 표기하여 신고하였다.
① 감사원의 2019.10.22. 공문(재정경제감사국제4과-27*호)에 따르면, 감사원은 2019.3.25.부터 2019.4.19.까지 ‘부산지방국세청 기관운영감사’를 실시한 결과 ‘청구법인 등이 중소기업 유예기준 배제대상임에도 중소기업 유예기준을 적용’한 사실을 발견하고 처분요구한 사실이 확인되다. 제 목 중소기업 관련 세액감면․공제 인정 부적정 내 용 (중략)
① 중소기업 관련 세액감면․공제를 부당하게 적용받은 (주)일* 등 6개 법인에 대하여 [별표3] “중소기업 관련 조세특례 부당 공제․감면 명세”와 같이 부족징수된 법인세를 법인세법제66조에 따라 부과하는 방안을 마련하고(통보) (이하 생략) < 2019.10.22.자 감사원의 주의요구 및 통보 내용 발췌 > [표] 중소기업 판단기준 주요 변경 내용 구분 구 조특령 제2조 (2016.2.3. 개정되기 전의 건) 구 조특령 제2조 (2017.2.7 개정되기 전의 것) 규모 기준 ․ 중기령[별표1]의 업종별 규모기준에 따른 상시 사용하는 종업원 수, 자본금 또는 매출액을 충족할 것 ․ 중기령[별표1]의 업종별 매출액 기준을 충족할 것 상한 기준 ․ 상시 사용하는 종업원 수 1,000명, 자산총액 5,000억원, 자기자본 1,000억원, 매출액 1,000억원 ․ 자산총액 5,000억원을 초과하지 않을 것 실질적 독립성 ․ 관계기업의 상시 사용하는 종업원 수, 매출액, 자기자본 또는 자산 합계가 각각 상한기준을 초과하지 않을 것(2012년부터 최초로 도래하는 사업연도부터 적용) ․ 관계기업의 전체 매출액이 업종별 규모기준을 초과하지 않을 것 유예 기간 ․ 사유발생연도를 포함하여 다음 연도부터 3년간 중소기업으로 봄(최초 1회에 한하여 적용) ․ 유예기간 제외 사유
• 대기업과의 합변
• 유예기간 중인 기업과의 합병
• 실질적 독립성 요건 미충족
• 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 규모기준 초과 ․ 좌동
• 단, 관계기업이 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하더라도 2015.1.1.이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 유예 허용 주 주: 2015.2.3. 조특령을 일부 개정하면서 부칙 제4조에 실질적 독립성 요건을 갖추지 못한 관계기업의 경우 법률 제12853호 조특법 일부 개정법률 시행(2015.1.1.) 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다고 규정 [별표1] 중소기업 미해당 사유 (단위: 백만원) 연 번 세무서 유형 법인명 사업 연도 매출액 주 사 유 3 북부산 실질적 독립성 요건 위배 청구법인 2013 150,933 ․2013사업연도 관계기업의 매출액 합계액이 상한기준(1,000억원) 초과로 실질적 독립성 요건을 미충족하여 중소기업 미해당 및 유예기간 적용 배제 ․2014~2016사업연도 매출액이 제조업 규모(1,000억원)을 초과 →2013~2016사업연도 중소기업으로 신고 2014 165,228 2015 153,540 2016 159,144 주: 청구법인의 매출액은 관계기업의 매출액 합계임 [별표2] 부당한 조세특례 적용 명세 연 번 법인명 항목 사업연도 정당한 적용 (중소기업 미해당 시) 회사 부당 적용 3 청구법인 연구․인력개발비 세액공제 주 2013~2016 8% 적용 25% 적용 중소기업 특별세액감면 2013~2016 적용 배제 적용 주: 조특법 제10조 제1항 제3호 나목에 따르면 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 중소기업 유예기간(4년)이 종료한 이후 3년 간은 15%, 이후 2년간은 10%를 적용하여야 하나 실질적 독립성 요건 위배로 중소기업 유예기간을 적용받지 못한 법인은 8%를 적용 (조심2014중5711, 2015.2.2.) [별표3] 중소기업 관련 조세특례 부당 공제․감면 명세 (단위: 백만원) 연 번 세무서 부당 공제․ 감면 법인명 사업 연도 공제․감면 내역 부당 공제․감면 신청세액 가산세 2 추징예상세액 3 북부산 청구법인 2013 ~ 2016 연구․인력개발비 세액공제 143 108 365 중소기업 특별세액감면 113 주: 2. 2019.4.12. 기준으로 산정 < 감사원 통보내용 [표], [별표1], [별표2], [별표3] 발췌 >
① 2019.3.7. 2013 사업연도 법인세 경정고지 ⅰ) 처분청은 감사원 지적에 따라 2013 사업연도의 국세부과제척기간(2019.3.31.) 임박으로 연구인력개발비세액공제 공제율축소(25%→8%), 중소기업특별세액감면 배제하여 2019.3.7. 법인세 86백만원을 경정결정 고지하였다. < 법인세 경정결의 내역 > (생략) ⅱ) 청구인은 2019.3.10. 고지서를 수령하고 2019.6.5. 조세심판원에 심판청구서를 제출하였고(조심2019대23**), 현재 심리진행중인 것으로 확인된다.
② 2019.11.26. 2014부터 2016까지 사업연도 법인세 과세예고 통지
• 처분청은 감사원 지적에 따라 2014부터 2016까지 사업연도의 법인세 신고에 대하여 연구인력개발비세액공제 공제율축소(25%→8%), 중소기업특별세액감면 배제하여 2019.11.26. 법인세 294백만원을 과세예고통지하였다. < 법인세 경정결의 내역 > (생략)
2. 청구법인이 중소기업 유예기준에 해당한다는 청구주장 및 증빙
○ 제1항 본문 후단 단서의 중소기업 졸업기준 해당여부 기준만족 중소기업 ×→유예기준
① 상시 종업원수 1천명 이상 81 해당안함
② 자기자본 1천억원 이상 8,779 해당안함
③ 매출액 1천억원 이상 118,306 해당
④ 자산총액 5천억원 이상 19,189 해당안함
⑤ (제1항 제3호 후단) 중기령 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “별표1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 “조특령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다 제1항 제1호 규모기준(중기령 별표1) 적합여부 기준만족 중소기업
○ ① 상시 종업원수 300명 미만 81 해당
② 자본금 80억원 이하 1,800 해당
③ 매출액 기준 없음 118,306 해당없음 제1항 제3호 독립성기준(중기령 제3조 제1항 제2호) 적합여부 기준만족 중소기업
○ ① 독점규제법상 따른 상호출자제한기업집단 해당여부 ×
② 자산총액이 5천억원 이상인 법인이 최대출자자인 기업 ×
③ 관계기업으로 별표1에 맞지 않거나, 제1항 제1호 각목 해당 × ⅰ) 관계기업여부 해당 ⅱ) 중기령 제7조의4에 따른 별표1의 기준 해당 여부 해당 a) 상시근로자 수(관계기업 합계) 300명 미만 116 해당 b) 자본금(관계기업 합계) 80억원 이하 3,900 해당 c) 매출액(관계기업 합계) 기준 없음 150,933
• ⅲ) 중기령 제3조 제1항 제1호 각목 해당 여부(관계기업 합계) 해당안함 a) 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 116 해당안함 b) 자산총액이 5천억원 이상인 기업 27,533 해당안함 c) 자기자본이 1천억원 이상인 기업 10,907 해당안함 d) 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업 120,492 해당안함 (단위: 명, 백만원)
- 나) 청구법인은조특령제2조 제1항 제3호 및중기령제3조 제1항 제2호 다목에 따른 “실질적인 독립성”기준을 만족하였다고 주장하면서 아래와 같이 검토표를 제출하였다. < 청구법인 실질적인 독립성 판단 내용 > (단위: 명, 백만원) 구분 청구법인 (주)○○ 테크윈 (주)○○ 글로벌 합계 [별표1] 기준 중기령 제3조1호
근로자수 81 34 1 116 300 1천명이상 기준미달 자본금 1,800 1,200 900 3,900 8,000
• 기준미달 매출액 118,306 32,627 0 150,933 기준없음
• - 자산총액 19,189 7,426 888 27,533
• 5천억이상 기준미달 자기자본 8,779 1,254 873 10,906
• 1천억이상 기준미달 3년평균매출액 100,617 19,875 0 120,492
• 1.5천억이상 기준미달
3. 처분청(감사원)의 중소기업 유예기준 배제 해당 주장 및 증빙
• 이에 따라조특령제2조 제1항 제3호 규정에 따른 실질적인 독립성기준을 만족하지 못하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되었다고 주장하였다.
• 이에 따라조특령제2조 제2항 제3호 규정에 따라 중소기업 유예기간 적용을 배제함이 타당하다고 주장하였다. (이면 이하 여백)
4. 청구법인과 처분청의 중소기업 범위에 대한 주장 비교 청구인 처분청 다목에 규정된 원문 그대로 해석 ‘관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 상시근로자수 등이 별표1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 조특령 제2조제1항제3호 후단에 따라 해석 ‘관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 상시근로자수 등이조특령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 기업 ⅰ)중기령관계기업여부 ○ ⅰ)중기령관계기업여부 ○ ⅱ)중기령제7조의4에 따라 계산 ⅱ)중기령제7조의4에 따라 계산 근로자수, 자산총액, 자기자본, 매출액 등 근로자수, 자산총액, 자기자본, 매출액 등 ⅲ)중기령[별표1]의 기준 이내 여부 ⅲ) 조특령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 [졸업기준] a) 상시근로자 수 300명 미만 - 116명 ○ a) 상시종업원수 1천명 이상 - 116명 × b) 자본금 80억원 이하 - 39억원 ○ b) 자기자본 1천억원 이상 - 39억원 × c) 매출액 - 기준 없음 c) 매출액 1천억원 이상 - 1,509억원 ○ d) 자산총액 5천억원 이상 - 275억원 × ⅳ) 중기령제3조 제1항 제1호 각목 해당여부 ⅳ) 기준 없음
○중기령제3조 제1항 제2호 다목 관계기업의 실질적 독립성 판단기준
- 라. 판단
1. 관련 법리 및 규정
- 가) 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된조특령제2조 제1항 제3호에서는 ‘실질적인 독립성이중기령제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것’과 ‘중기령제3조 제2호 다목을 적용할 때 “제1호에 따른 기준을 초과하는”은 “조특령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다’고 규정하고 있고,조특령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서는 ‘매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다’고 규정하고 있다. 나)조특령제2조 제2항 제3호에서는 ‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하는 것’으로 규정하고 있다. 다)조특령부칙 제1조에서는 ‘제2조 제1항 제3호 전단(중기령 제3조 제2호 다목의 부분) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다’고 규정하고 있다.
2. 청구법인은 관계기업에 해당하더라도 실질적 독립성 기준에 적합하므로 중소기업 유예기간을 적용하여야 한다는 주장의 당부
- 가) 앞서 본 규정과 사실관계를 종합하여 인정되는 아래의 사실과 사정에 따르면, 청구법인은 2013 사업연도에 관계기업으로서 실질적 독립성에 적합하지 않은 기업에 해당하는 것으로 판단된다.
① 청구법인이 2013 사업연도를 기준으로 (주)○○테크윈 및 (주)○○글로벌과 함께중기령제2조 및 제3조의2 규정에 따라 ‘관계기업’에 해당한다는데 대하여는 이견이 없는 것으로 확인된다.
② 청구법인과 관계기업의 2013 사업연도 매출액 합계는 1,509억원으로조특령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 졸업기준 중 매출액 1천억원 이상에 해당하여, 청구법인은중기령제3조 제1항 제2호 다목의 규정에 해당하게 되었다고 봄이 타당하다.
③ 이에 따라 청구법인은조특령제2조 제1항 제3호의 실질적 독립성 기준에 적합하지 아니한 기업에 해당하여 중소기업이 아니게 되었다.
- 나) 2012.1.1.부터는조특령제2조 제2항 본문 단서에 따라 중소기업이중기령제3조 제1항 제2호에 위배되어 실질적 독립성이 없는 기업으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 않는 것이다(심사법인2015-0062, 2016.2.5., 조심2014중0588, 2014.7.29. 등 참조).
- 다) 따라서 청구법인은 2013 사업연도에 중소기업에 해당하지 아니하고 중소기업 유예기준 배제대상에 해당하는 것으로 판단한 이건 과세예고 통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제5항 제1호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 자기자본 1천억원 이상, 자산총액 5천억원 이상, 근로자 수 1천명 이상인 경우 포함
결정 내용은 붙임과 같습니다.