쟁점주택이 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택인지 여부

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

• 가. A(이하 “청구인1”이라 한다)와 배우자 B(이하 “청구인2”라 하고 청구인1과 청구인2를 함께 “청구인들”이라 한다)은 ○○ ○○시 ○○구 ○○동 536-6 소재 대지 226.1㎡를 2012. 1. 20. 이○○, 남○○로부터 취득한 후 2013. 4. 24. 단독주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 신축하여 토지․건물 지분을 각각 1/2씩 보유 및 거주하다가 2018. 12. 15. 황○○과 권○○에게 총 2,000백만원에 양도하였으며, 2019. 2. 28. 쟁점주택 양도분에 대한 2018년 과세연도 양도소득세 신고시 취득가액을 1,092백만원(토지취득가액은 실거래가액 596백만원, 건물취득가액은 환산가액 496백만원)으로 하고, 쟁점주택이 고가주택에 해당함에 따라 양도가액 중 9억원 초과분에 대해서는 일반세율과 장기보유특별공제를 적용한 뒤 2018년 과세연도 양도소득세 26,510,250원과 35,463,231원을 각각 신고․납부하였다.
• 나. 청구인들은 쟁점주택 양도 당시 주택임대사업자로 사업자등록을 하여 임대 주택 5채(이하 “쟁점외임대주택”이라 한다)를 보유하고 있었고, 쟁점주택을 양도하기 전 주거 목적으로 2018. 10. 4. ○○ ○○시 △△동 △△△아파트 204동 2301호(이하 “쟁점외대체주택”이라 한다)를 취득한 바, 처분청은 청구인들이 장기임대주택을 포함하여 3주택 이상 보유자에 해당하므로 고가주택 9억원 초과분에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 2019. 11. 4. 청구인들에게 2018년 과세연도 양도소득세 92,728,993원과 99,622,313원을 각각 과세예고통지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019. 12. 3. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

• 가. 쟁점주택은 소득세법 시행령제155조 제1항 및 제20항을 동시에 만족하는 주택으로, 1세대 1주택 특례요건을 갖춘 비과세 주택이다.

1. 청구인들이 양도한 쟁점주택은 소득세법 시행령제155조 제20항 제1호의 거주주택 요건에 충족하는 주택으로, 거주주택을 양도하는 경우 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 령 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것이다.

2. 임대주택을 소유하고 있는 경우에도 같은 령 제155조 제1항에 따른 일시적 2주택 특례를 적용받을 수 있는 것으로 쟁점주택은 1세대 1주택 특례요건을 만족하는 비과세 주택에 해당한다(부동산납세-33, 2015.1.21.).

• 나. 쟁점주택은 1세대 1주택에 해당하므로 중과세가 아닌 기본세율 적용대상에 해당된다. 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위해 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용대상에서 제외하고 있는 입법취지와 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서, 거주자에게 투기목적이 없는 현실 등에 비추어 사회 통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 쟁점주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2010두27806, 2014. 2. 27).
• 다. 장기보유특별공제가 배제되는 주택은 중과세 주택인데 반해, 쟁점주택은 기본세율 적용 대상이므로, 장기보유특별공제액이 배제될 이유가 없다. 쟁점주택은소득세법제95조 제2항의 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하므로 9억원 초과분의 양도차익에 대해서는 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 장기보유특별세액공제액을 계산해야 하는 것이다.
• 라. 동일한 하나의 주택에 대해서 9억원 이하는 실수요 목적의 비과세가 적용되고, 9억원 초과분에 대해서는 투기를 방지하고자 중과세가 적용되는 것은 입법취지가 상충되는 것이다.

1. 1세대 1주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 부과하지 아니하는 취지는, 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 또는 투기를 할 목적으로 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거 생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는데 있다(대법원94누125, 1994.9.13).

2. 반면, 다주택자 중과세 제도는 투기적 수요를 억제하고 투기이익을 환수함으로써 부동산 시장의 안정과 과세형평을 도모하기 위함으로, 비과세와 중과세의 입법취지는 서로 상반된 것이며 두 제도가 하나의 주택에 있어서 동시에 적용될 수는 없는 것이다. 주택은 하나인데, 가액이 9억원이 넘는다고 하여 투기목적으로 중과할 수는 없는 것이다.

3. 심지어 쟁점주택과 쟁점외대체주택은 실수요 목적에서 양도 및 취득한 것인데, 이를 임대주택과 함께 주택 수에 포함하여 투기적 수요로 보아 9억원 초과분에 대해서 중과세를 적용하는 것은 가혹한 처사이다.

• 마. 통지관서는문서번호 서면-2018-부동산-3457. 2019. 2. 14.의 유권해석을 근거로 세무조사를 하였고, 그 결과 2019. 11. 4. 세무조사결과통지를 하였는바, 본 유권해석은 소득세법 시행령 제167조의3, 제167조의4(3주택 이상자 보유 주택 중 중과 제외 주택의 범위), 소득세법 시행령 제167조의10, 제167조의11(2주택자 보유주택 중 중과제외 주택의 범위) 규정 해석의 오류에 해당된다.

1. 이 규정은 다주택자의 중과세율 적용과 장기보유특별공제 배제 시 적용되고, 주거안정을 위한 대체주택 취득자의 일시적 2주택 비과세 특례의 적용취지에는 부합되지 않기 때문이다.

2. 또한, 본 유권해석은 고가주택의 경우에는 소득세법 제89조 제1항 제3호 단서 규정에 의한 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 없다는 내용에 대해 어떠한 법적인 근거를 제시하지 못하고 있다. 3) 소득세법 시행령 제167조의10 【양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위】제1항 제2호와 제8호 내용을 볼 때, 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위에서 장기임대주택 등에 대해서는 해당하지 않는다고 규정하고 있고, 일시적 2주택자에 대해서는 종전의 주택을 중과되는 2주택에서 제외하고 있는바,

• 청구인들의 경우 동 시행령의 열거된 항목에 의하여 1세대 3주택 중과 규정이 아니라 1세대 2주택 중과 규정을 적용함이 타당하며, 당초 장기임대주택을 중과 제외 주택으로 판단한다면, 당연히 8호의 내용으로 미루어 일시적 2주택을 소유한 경우에 해당되는 바, 당초 신고가 정당하다고 판단된다.

• 바. 쟁점주택 양도의 귀속시기는 2018. 12월이며, 유권해석 발표는 2019. 2월로, 이 건 세무조사 통지는 조세법률주의 기본원칙인 소급과세금지 원칙을 위반한 것으로 부당하다.

1. 국세청 질의회신(서일46014-10788, 생산일자 2002. 6. 10.)에서는 ‘고급주택도 일시적 2주택의 비과세 특례 적용 가능’하다고 판단하였고, 대법원 판결(2010두27806, 2014. 2. 27.)에서도 청구인들과 같은 경우의 사건에 대해 3주택자의 중과세는 법리를 오인하였다하여 2심 판결을 파기환송하였는바, 청구인들은 이를 근거로 정당하게 신고 납부의무를 이행하였고, 청구인들로서는 이 이상의 근거 외에는 적용할 근거를 달리 알 수 없는 상황이었다.

2. 더구나 청구인들의 양도는 대법원 판결에 반하는 본 유권해석(서면2018부동산3457, 2019.2.14.) 발표 전인 2018. 12. 양도분이므로 적어도 새로운 유권해석 전의 양도에 대해서는 적용하지 않는 것이 선량한 납세자의 권리를 보장하는 것이라고 생각된다.

• 사. 결어 위에서 진술한 바와 같이 청구인들은 쟁점주택에 대해서 1세대 1주택 비과세요건을 갖추었음에도 불구하고 9억원 초과분에 대해서 중과세가 적용되고 장기보유특별공제가 배제되는 것은 납득할 수 없다. 청구인들에게 투기목적이 없고 비과세를 만족한 요건과 입법취지 등을 종합적으로 고려하여 납세자의 억울한 사정을 혜량하시어 올바른 판단을 내려주길 바란다.

가.민간임대주택에 관한 특별법제2조 제3호에 해당하는 장기임대주택을 보유하고 있으면서 조정대상 지역에 있는 일시적 2주택인 고가주택을 양도하는 경우,소득세법제104조 제7항 제3호 규정의 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 고가주택의 양도가액 9억원 초과분에 대해서는 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하며, 소득세법시행령 제167조의3 규정에 따라 장기임대주택은 중과세율 적용시 주택수 계산에서 제외되지 않는다.

• 소득세법제89조 제1항 제3호 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택의 비과세 적용시 양도가액이 9억원을 초과하는 고가주택은 제외하나, 1세대 1주택에 해당하는 경우에는 소득세법 시행령제160조 제1항 고가주택에 대한 양도차익 계산에 따라 양도소득금액을 계산한다.

• 장기임대주택을 보유하고, 양도하는 주택이 소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 비과세 되는 경우 주택수에서 제외되는 것이나, 양도주택이 고가주택인 경우에는 제외되지 않는다.

• 나. 따라서 양도하는 주택의 양도가액이 9억원을 초과하는 고가주택이고 양도당시 장기임대주택을 보유하여 일시적으로 1세대 3주택인 경우에는, 9억원 이하에 해당하는 양도소득은 소득세법 시행령 제160조 제1항 에 따라 1세대 1주택으로 보는 것과 동일하게 계산되나,

• 양도소득세가 과세되는 9억원 초과분에 대해서는 소득세법 제89조 의 제1항 제3호의 단서 규정에 의해 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 없고,

• 양도 당시 조정대상 지역에 보유하고 있는 주택이 3주택 이상자인 경우 양도하는 주택이 소득세법 시행령제167조의3 제1항 각 호에서 규정하는 주택에 해당하지 않는 한 중과세율 적용 및 장기보유특별공제가 배제됨이 타당하다.

• 다. 청구인은 이 건 세무조사결과통지가 소급과세금지원칙을 위반한 것으로 부당하다고 주장하나, 새로운 해법 해석이 최초의 해석에 해당하고 이와 배치되는 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 받아들여진 것으로 볼 수 없는 경우 세법 해석 전 양도건에 대하여 새로운 해석을 적용하더라도 소급과세금지원칙에 위배되지 아니하는 것으로(과세기준자문기준-2016-법령해석기본-0248, 2016.11.3.),

• 감면받는 임대주택을 포함한 3주택 보유자가 고가주택 양도시 9억원 초과분에 대한 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 배제와 관련된 유권해석(서면2018부동산3457, 2019.2.14.)은 종전의 해석이 존재하지 않는 최초의 해석에 해당되는 것으로 판단된다.

• 또한, 청구인이 인용한 대법원 판례(2010두27806, 2014.2.27.)는 판결 당시 법률을 적용하여 6억원 이하의 고가주택 이하에 해당하는 주택에 대해 중과세율을 배제하고 일반세율을 적용한다는 판결로, 본 사건과는 그 사실관계가 다르므로 동 판례를 적용하기 어렵고, 동 판례에서도 중과세율 적용만 배제되고 소득세법 시행령 제167조의3 제1호 제10호 에 따라 일반세율이 적용된 것으로 확인된다.

• 가. 쟁점

① 쟁점주택을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 보아 양도가액 9억원 초과분에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제할 수 있는지

② 소급과세금지원칙을 위반하였는지

• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. ~ 2. (생략) 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택(이하 생략) 2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제2호 에 따른 민간건설임대주택 또는 공공주택 특별법 제2조제1호 의2에 따른 공공건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다. 가.~다. (생략)

3. 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

4. ~ 5. (생략)

② 조정지역은 다음 표에 해당하는 지역으로 한다. 다만, 법률 제14866호 주택법 일부개정법률 제63조의2에 따라 국토교통부장관이 같은 조 제1항제1호의 조정대상지역을 지정ㆍ공고한 경우에는 그 지역을 말한다. [표 생략]

③ ~⑩ (생략)

⑪ 법 제89조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 3) 소득세법 시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 3년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

② ∼ ⑲ (생략)

⑳ 제167조의3제1항제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3제1항제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것

3. (생략)

㉑ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다) 또는 장기가정어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 “운영기간요건”이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보아 제20항을 적용한다. (이하 생략) 4) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 5) 소득세법 시행령 제159조 의 3【장기보유특별공제】 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조·제155조의 2·제156조의 2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 6) 소득세법 시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익등의 계산 】

① 법 제95조제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조제1항에 따른 양도차익 × 양도가액 - 9억원 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액 × 양도가액 - 9억원 양도가액 7) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조제1항에 따른 세율

2. ∼ 8. (생략)

② ∼ ⑥ (생략)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. (이하 생략) 8) 소득세법 시행령 제167조 의 3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조제3항·제4항에 따른 읍·면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조제3항 에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

• 가. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제3호 에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.
• 나. ∼ 바. (생략)

3. ∼ 9. (생략)

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다) (이하 생략) 9) 소득세법 시행령 제167조의4 【1세대3주택ㆍ입주권 이상에서 제외되는 주택의 범위】

① 삭제 <2017.2.3>

② 법 제104조제7항제4호에서 1세대가 소유한 주택(주택에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권의 수를 계산함에 있어 수도권정비계획법 제2조제1호 의 규정에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조제3항 에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역은 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택 또는 조합원입주권으로서 해당 주택의 기준시가 또는 조합원입주권의 가액(도시 및 주거환경정비법 제74조제1항제5호 에 따른 종전 주택의 가격을 말한다)이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 및 조합원입주권은 이를 산입하지 아니한다.

1. 삭제 <2018.2.13>

2. 삭제 <2018.2.13>

③ 법 제104조제7항제4호 단서에서 "대통령령으로 정하는 장기임대주택 등"이란 국내에 소유하고 있는 주택과 조합원입주권 수의 합이 3개 이상인 1세대가 소유하고 있는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

1. 제2항의 규정에 따른 주택

2. 제167조의3제1항제2호 내지 제8호 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

3. 삭제 <2018.2.13>

4. 1세대가 제1호 및 제2호에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택

5. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택

④ 제2항 및 제3항을 적용할 때 제167조의3제2항부터 제8항까지의 규정을 준용한다. <개정 2018.2.13> 10) 소득세법 시행령 제167조 의 10【1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조제3항·제4항에 따른 읍·면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조제3항 에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 제167조의3제1항제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

3. ~ 7. (생략)

8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다]

9. ~ 11. (생략)

② 제1항을 적용할 때 제167조의3제2항부터 제8항까지의 규정을 준용한다. 11) 소득세법 시행령 제167조의11 【1세대 2주택ㆍ조합원입주권에서 제외되는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 장기임대주택 등"이란 국내에 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 소유하고 있는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다. <개정 2018.10.23>

1. 제156조의2제3항부터 제5항까지의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보아 제154조제1항을 적용받는 주택으로서 양도소득세가 과세되는 주택

2. 제167조의3제1항제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

3. 제2항에 해당하는 주택 (이하 생략)

• 다. 사실관계

1. 일자별 주택 취득 및 양도 내역

2. 청구인들의 쟁점주택 양도 당시 주택 보유 내역 소유자 주택종류 부동산소재지 취득일자 양도일자 비고 청구인들 단독주택

○○ ○○ 536-6 2013.4.24 2018.12.14 양도 청구인2 아파트

○○ △△ 202 2018.10.4

• 대체취득 청구인1 오피스텔

○○ SS 23-1

2015. 1.29

• 임대 〃 〃

○○ GG 161 2013.11.15

• 임대 〃 〃

○○ GG 165 〃

• 임대 〃 〃

○○ GG 165 〃

• 임대 〃 〃

○○ GG 210 2017.1.16

• 임대

3. 쟁점주택 취득 및 양도내역

○ 쟁점주택 매매계약서와 토지 및 건물등기사항전부증명서에 따르면, 청구인들은 2012. 1. 20. 한국토지주택공사로부터 대지 226.1㎡를 취득 하고 2013. 5. 27. 철근콘크리트구조 평스라브지붕 2층 단독주택(2가구)(지1층 101.27㎡, 1층 100.95㎡, 2층 96.9㎡)을 신축하여 소유권 보존등기하였으며, 2011.11.23. 작성된 토지매매계약서에 따르면, 분양권 상태로 이

○○ ․남

○○ 로부터 569백만원에 매수함

• 2018. 8. 21. 동 쟁점주택 및 토지를 권

○○, 황

○○ 에게 매매대금 2,000백만원에 양도하기로 계약하고 계약금 150백만원은 계약시 지불하고 중도금 300백만원은 2018. 10. 4. 지불하며, 잔금 1,550백만원은 2018. 12. 15.에 지불하기로 하였으며, 2018. 12. 14. 양수인 명의로 소유권 이전 등기된 사실이 나타난다.

4. 쟁점외대체주택 취득내역

○ 쟁점외대체주택의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인2는 2018. 8. 23. 매매를 원인으로 하여 2018. 10. 4. 매매대금 750백만원에 쟁점외대체주택을 취득한 사실이 나타난다.

5. 청구인1의 쟁점주택 양도 당시 주택임대사업내역

○ 2019. 5. 7. ○○시장이 증명하는 청구인1의 임대사업자등록증에 따르면, 등록번호 2014-○○시-임대사업자-4***, 주소(사무소 소재지)는 ○○ ○○시 ○○구 ○○로 50로 나타나며, 임대주택등록 세부내역은 다음과 같다. 소재지 호수․세대수 또는실수 종류 유형 규모(㎡) 임대시작일

○○시 1 장기일반민간임대주택 준주택(오피스텔) 45.22

○○시 1 매입임대주택 준주택(오피스텔) 48.55 2014.6.5

○○시 1 매입임대주택 준주택(오피스텔) 29.88 2015.10.19

○○시 1 매입임대주택 준주택(오피스텔) 36.87 2014.6.5

○○시 1 매입임대주택 준주택(오피스텔) 36.87 2014.6.5

○○시 1 단기임대 준주택(오피스텔) 2017.2.19 합계 6

6. 청구인의 사업자등록내역

○ 국세통합전산망에 따르면 청구인은 2014. 6. 5.을 개업일로 하고 쟁점주택을 사업장으로 하여 부동산/주택임대업으로 사업자등록 하였고, 2019. 9. 17. 쟁점외대체주택으로 사업자등록 정정신고를 한 사실이 확인된다.

7. 다주택 중과제도 개정 연혁 구 분 중과 내용 및 이력 폐 지 법§104① (일반지역) ’04.1.1.부터 3주택(60%) 중과, ’07.1.1.부터 2주택(50%) 중과까지 확대 ’14.1.1. 법§104④ (지정지역) 3주택(주택+조합원입주권 3개) 이상 중과 (기본세율+10%p) ⇒ ’09.3.16.~ ’12.5.15. 및 ’17.8.3.~’18.3.31. 적용 ’18.4.1. (’ 17.12.19.개정) 법§104⑦ (조정지역) ’18.4.1.부터 2주택(1주택+1조합원입주권)(기본+10%p) 및 3주택(주택+조합원입주권 3개)이상(기본+20%p) 중과 시행 중

• 라. 판단

1. 쟁점주택을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 보아 양도가액 9억원 초과분에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제할 수 있는지

• 가) 관련법리 ⑴ 소득세법 제89조 제1항 제3호 에서 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 같은법 시행령 제154조 제1항의 요건을 충족하는 주택의 경우 양도소득세를 과세하지 아니하나 고가주택은 제외한다고 규정되어 있으며, 소득세법 제95조 제3항 및 같은법 시행령 160조에서 고가주택의 양도소득금액은 양도가액 9억원 초과분에 대하여 산정하도록 규정되어 있다. ⑵ 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도하는 경우 소득세법 제55조제1항 에 따른 세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용한다고 규정되어 있고, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서는 ‘1세대 3주택 이상에 해당하지 아니하는 주택’을 열거하고 있다. (3) 소득세법 제95조 제2항 에서는 같은 법 제104조 제7항 제3호에 따른 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’은 장기보유특별공제 대상에서 제외한다고 규정하고 있다.
• 나) 쟁점주택이 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로서 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 제외 대상인지 여부에 대한 판단 ⑴ 위 관련법령과 사실관계에 비추어 보건데, 쟁점주택은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 보는 것이 타당하다.

① 청구인들은 쟁점주택 양도 당시 쟁점주택, 쟁점외대체주택, 쟁점외장기임대주택을 합하여 총 7채의 주택을 보유하고 있고, 7채의 주택 모두 수도권 내 소재하는 주택이므로 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 따라 주택수의 산입에서 제외되는 주택에 해당하지 않는다.

② 또한, 쟁점주택은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 내지 제8의2에서 규정하는 양도소득세 중과세율 적용에서 제외되는 주택에 해당되지 않는다.

③ 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택은 중과대상에서 제외되는 것이나, 청구인들은 쟁점주택 양도 당시 쟁점외장기임대주택을 제외하고도 쟁점주택과 쟁점외대체주택을 소유하고 있으므로 쟁점주택은 중과대상에서 제외되는 주택으로도 볼 수 없다 할 것이다. ⑵ 따라서, 통지관서가 쟁점주택 양도차익 중 9억원 초과분에 대하여 중과세율 적용 및 장기보유특별공제를 배제하여 과세예고통지한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 2) 소급과세금지원칙을 위반하였는지

• 가) 관련법리 소급과세금지의 원칙을 규정하고 있는 국세기본법 제18조 제3항 소정의 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것”이라고 함은 특정한 납세자가 아닌 불특정의 일반 납세자에게 그와 같은 해석 또는 관행이 이의 없이 받아들여지고, 납세자가 그 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다고 할 것이며(대법원91누9824, 1992.03.31.), 과세처분이 납세의무 성립 당시의 조세법규에 근거하는 이상, 그 해석과 관련하여 그 후에 개정 또는 제정된 기본통칙의 규정을 참작하였다고 하더라도 그것이 조세관행존중의 원칙에 위배되지 아니하는 한 그 점만으로 소급과세라 할 수 없음은 물론, 잘못이라 할 수도 없다(대법원91누13670, 1992.09.08.).
• 나) 이 건 과세예고통지가 소급과세원칙을 위반하였는지 여부에 대한 판단 ⑴ 위 법리와 사실관계에 비추어 보건데, 이 건 과세예고통지가 소급과세원칙을 위반한 것으로 보기 어렵다.

① 국세청 해석(서면-2018-부동산-3457, 2019.2.14.)에서 감면되는 임대주택을 포함한 1세대 3주택자가 양도하는 고가주택의 9억원 초과분에 대해 중과세율 적용 및 장기보유특별공제를 배제하는 것으로 해석한 것은, 종전의 해석이 존재하지 않는 최초의 해석에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다.

② 새로운 해법 해석이 최초의 해석에 해당하고, 이와 배치되는 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 불특정 일반납세자가 정당한 것으로 받아들였다고 볼만한 근거가 없다.

③ 청구인이 인용한 대법원 판례(2010두27806, 2014.2.27.)는 판결 당시 법률을 적용하여 6억원 이하의 고가주택 이하에 해당하는 주택에 대해 중과세율을 배제하고 일반세율을 적용한다는 판결로, 본 사건과는 그 사실관계가 다르므로 청구주장의 근거가 될 수 없다. ⑵ 따라서 이 건 과세예고 통지가 소급과세원칙을 위반한 것이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15제5항제1호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.