조세심판원 과세적부 법인세

대표이사에게 지급한 직무발명보상금을 손금부인한 것이 적정한지

사건번호 적부-국세청-2019-0101 선고일 2020.03.18

청구법인이 제출한 증거들만으로는 대표이사가 특허권의 실제 발명자라고 인정하기 부족하므로 대표이사에게 지급한 직무발명보상금은 정당한 직무발명보상금으로 보기 어려우므로 대표이사에게 직무발명보상금을 손금부인한 것은 정당함

주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.

1. 과세예고통지 내용
  • 가. 사실관계 1) 청구법인은 1990... 설립되어 ○○ 등을 제조하여 ○○○○ 분야에 공급하는 업체로 전 대표이사인 김AA이 2018.4.17. 주식 전부를 PP국 법인인 CCC(이하 “㈜CCC”라 한다)에 양도하였고, 1999.1.5.부터 2018.4.17.까지 김AA이 대표이사로 재직하다가 2018.4.17.부터 현재까지 PP국인 DDDD가 대표이사로 재직하고 있다. 2) 김AA은 청구법인이 특허권자 및 실용신안권자로 등록된 특허권 7건과 실용신안권 4건의 발명자로 되어 있으며, 청구법인은 이 중 2건의 특허권(이하 “쟁점 특허권”이라 한다)에 대해 외부 감정평가기관의 감정평가를 거쳐 2016.12.29. 직무발명보상금 0,000백만원(이하 “쟁점 직무발명보상금”이라 한다)을 김AA에게 지급하고(비과세 기타소득으로 원천세 신고하였음), 쟁점 직무발명보상금 지급액을 무형자산인 특허권으로 계상한 후에 2016사업연도에 00,000,000원, 2017사업연도에 000,000,000원, 2018사업연도에 000,000,000원을 무형자산 상각비로 계상하였다.
  • 나. 통지내용 1) 통지관서는 2019...부터 2019...까지 청구법인에 대한 법인사업자 통합조사를 실시한 결과, 특허권으로 계상한 쟁점 직무발명보상금 지급액에 대해 김AA이 직무발명보상금 명목으로 법인자금을 부당하게 유출한 가공의 무형자산으로 보아 손금불산입하고 김AA에 대한 상여로 소득처분하고, 가공의 무형자산 계상액에 대해 자산 감액 손금산입하고 유보 처분하는 등 기타 적출사항을 포함하여 2019... 청구법인에게 2016사업연도~2018사업연도 법인세 예상고지세액 000백만원, 2016년 귀속 소득처분액 0,000백만원 및 이에 대한 원천칭수예상세액 0,000백만원으로 세무조사결과를 통지하였다. 2) 청구법인은 통지관서의 세무조사결과 통지내용 중 쟁점 직무발명보상금을 가공의 무형자산으로 보아 손금불산입, 상여처분한 내용(2016사업연도~2018사업연도 법인세 00백만원, 2016년 귀속 원천징수세액 000백만원)에 대해 2019... 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장
  • 가. 쟁점 특허권의 내용 및 발명자 김AA의 공헌 1) 쟁점 특허의 내용 가)

○○ 시스템 기존 ○○ 시스템은 ○○○○을 사용하였으나, ○○가 닫힐 때 ○○○○에 많은 손상이 있었다. 이에 대한 문제를 해결하고자 ○○가 충분히 ○○할 수 있도록 한 특허이다. 나)

□□ 장치 대형 ○○에 있어서 단점으로 ○○○○가 발생하는 현상이 있어 이를 보완한 특허이다. 2) 발명자 김AA의 약력 김AA은 1973년 EE고등기술학교 기계과를 우수한 성적으로 졸업하고 FF 기계사업부, ㈜GGG에서 13년을 근무한 후 청구법인을 설립하였다. 김AA은 청구법인의 전반적인 경영뿐만 아니라 ○○ 제조에 대한 그동안 노하우와 기술을 바탕으로 생산공정, 제품 개발 등 기술 분야에서도 선도적인 역할을 수행하여 왔다. 3) 발명자 김AA의 공헌 가)

○○ 시스템 2000년대 접어들면서 ○○의 역할이 상당히 중요하였고, ○○의 성능이 시장화와 이익 창출에 있어 결정적인 역할을 수행한다고 보아도 과언이 아니다.

○○ 시스템은 이전에는 존재하지 않았던 기술로 김AA은 청구법인의 그동안 기술적 문제를 해소하기 위해 획기적인 아이디어(발명)를 제공함으로써 고객이 요구하는 수준의 제품을 생산 납품하여 기술적 상용화를 이룰 수 있었다. 김AA은 이러한 아이디어에 대해 당시 HH대학교 교수였던 박JJ 교수에게 자문을 구하여 별다른 시행착오 없이 제품화에 성공하였다. 이 건 특허는 청구법인이 2012... 김AA이 작성한 연구노트(‘○○ 시스템 연구노트’ 참조)를 기초로 변리사의 도움을 받아 2012... 출원하고, 2014... 등록되었으며 그 과정은 비교적 순탄하게 이루어졌다. 나)

□□ 장치 1990년대 초반 ○○○○ 사고가 발생되었고, 이후 ○○는 ○○○○를 요구하게 되었다. 청구법인은 당시 이러한 기술요건에 일부 부합하지 않아 판매된 제품의 반품 또는 하자발생으로 제품에 대한 신뢰도가 하락하여 많은 어려움을 겪고 있었다. 김AA은 청구법인을 설립하기 이전부터 ○○ 관련업에 종사를 했었고, 청구법인 설립 후에도 지속적으로 ○○ 제조과정의 단순화, 전문화를 위하여 노력하여 왔다. 이에 이러한 기술적 문제를 해결하기 위한 방법으로 □□ 가공을 효율적으로 할 수 있는 장치를 생각해내게 되었다.

□□ 장치가 상용화가 되기 위해서는 아이디어 창출과정 뿐만 아니라 공정에 적합하도록 하기 위해 도안을 작성하고, 접목하고, 다시 재수정하는 과정을 거쳐야 했다. 당시 청구법인의 기술연구소 직원들은 전체적인 메카니즘을 제대로 이해하지 못한 상태에서 김AA이 도안을 제시하면 실제 구현 가능한지를 검토하여 피드백하는 과정을 거쳐 실제 제품에 적합하도록 하는 데도 6개월 정도의 시일이 걸렸다. 기술연구소가 있었다고 할지라도 40년 이상의 현장 경험과 기술자인 김AA의 역할이 지배적이었다고 할 수 있다. 이 건 특허는 청구법인이 2014... 김AA이 작성한 연구노트‘□□ 장치 연구노트’ 참조)를 기초로 특허법인의 도움을 받아 2014... 출원하였으나 몇 차례 거절통보와 김AA 등의 보완과정을 통해 2015... 등록되었다. 다) 쟁점 특허의 발명 과정 등 발명의 보편적 특징은 발명 전에는 상상하기 어려운 것이나 발명 후에는 지극히 단순하고 간단해 보인다는 것이다. 발명은 물리학이나 화학 등 높은 수준의 학문을 연구한 결과로 얻어지는 것이 있는 반면, 우연한 사고의 결과 혹은 주변에서 흔히 볼 수 있는 기술을 접목하는 과정에서 탄생하기도 한다. 쟁점 특허들 역시 다른 기계의 작동원리에서 흔히 볼 수 있는 원리를 차용하여 접목한 것으로 많은 시행착오와 설계 변경 등을 거쳐 특허 출원에 이르게 된 것들이다. 외부 제작은 KK산업(‘KK산업 대표 유LL의 사실확인서’ 참조)에서 주로 이루어졌는데 김AA이 자주 KK산업에 방문하고, 밤늦게 회의와 작업을 통해 특허 출원단계에 이르게 된 것이다.

○○ 시스템은 HH대학교 박JJ 교수로부터 많은 자문을 받으면서 기술의 실현 가능성을 확신하였고, 김AA이 만든 도면 초안을 기초로 기술연구소에서 상세도면을 작성하고, 상세도면에 따라 생산부서 직원과 김AA이 견본품을 제작했다. 처음에는 ○○의 정도, 재질의 종류 및 강도 등을 선택하는 데 많은 시행착오가 있었고, 수많은 실험 끝에 특허 출원이 가능해진 것이다. 쟁점 특허는 국책연구과제 수행의 결과물도 아니며, 김AA이 40여 년간 ○○ 분야에 종사하면서 얻은 경험과 Know-how에서 우러나온 창작물로서 김AA이 아이디어 창출, 외부 자문, 생산부서, 기술연구소, 외부 제작업체 등과 긴밀한 협력의 결과물이다. 당시 기술연구소는 국책연구과제 수행으로 쟁점 특허와 관련하여서는 상세설계 정도의 도움을 주었을 뿐이다. 특히, 쟁점 특허는 대형 ○○와 관련되어 있어 견본품 제작에도 상당한 비용이 수반되는 만큼 최종 의사결정권자이자 아이디어 제공자인 김AA을 배제하고서는 연구의 진행이 어렵고 사실상 불가능한 것이었다.

  • 나. 쟁점 직무발명보상금은 「발명진흥법」 제15조 에서 정한 보 상규정 및 절차에 따라 적법하게 지급하였다. 1) 청구법인은 ○○ 등 대규모 프로젝트에 핵심적인 ○○를 생산하고 있으며, 기술의 선진화 없이 저가 제품으로는 시장에서 살아남기 힘든 영업환경에 직면하고 있었다. 꾸준한 기술 개발만이 지속적인 성장을 위한 동력임을 자각하고, 종업원등에게 직무발명을 장려하고 이에 상응하는 보상을 위하여 「발명진흥법」을 준수하여 ‘직무발명보상규정’과 ‘산정기준세칙’을 마련하였다. 2) 직무발명보상규정과 산정기준세칙은 전임직원의 동의와 참여로 제정되었으며(‘직무발명보상제도 종업원 심의위원선출 공고 및 투표결과’, ‘직무발명보 상규정 및 세칙 제정내용 동의서’ 참조), 직무발명 대상여부에 대하여도 적법한 절차에 따라 선임된 위원들의 비밀 채점결과에 따랐을 뿐만 아니라, 객관적인 보상금액 산정을 위해 독립적인 외부평가기관(MMMM 감정평가법인)에 의뢰하였다. 3) 독립적인 외부평가기관의 평가금액 0,000백만원(○○ 시스템 0,000백만원, □□ 장치 0,000백만원)을 기초로 하여 사용자위원 3명, 종업원위원 3명, 간사 1명, 자문위원 1명이 참여한 직무발명심의위원회에서 김AA의 공헌도와 회사가 얻은 이익을 고려하여 쟁점 직무발명보상금을 정한 것이다. 4) 직무발명심의위원회는 쟁점 특허를 취득하기 김AA의 기여도를 산정함에 있어 특허를 취득하는 과정에서 김AA의 아이디어에 대한 가치를 높이 평가하였다. 특히, ○○ 시스템의 경우에 있어서는 기술 상용화까지 아이디어 자체가 중요하였다. 반면, □□ 장치는 김AA의 아이디어에 따라 초안 작성, 수차례의 설계를 변경하는 과정에서 기술연구소 직원이 참여하여 보조하였다. 이를 종합하여 김AA의 공헌도를 100%가 아닌 80%로 산정하였던 것이다. 5) 적법한 규정과 절차에 따라 산정된 금액 전부를 부당행위계산 부인을 적용하여 전액을 손금불산입한 것은 쟁점 직무발명보상금의 시가를 “0”원으로 보았다는 반증이므로 이에 대해서 통지관서는 그 근거를 제시하여야 하며 그렇지 않을 경우 이 건 세무조사결과 통지는 취소되어야 한다.
  • 다. 통지관서 의견에 대한 청구법인의 항변 1) 김AA의 이력에 대하여 통지관서는 김AA이 사회과학계열인 경영학과 졸업, FF 경리부에 근무하였고, 1998.12.24.부터 청구법인의 대표자로 선임되어 관리업무를 맡아 왔으므로 특허권 개발이나 직무발명과는 무관하다는 취지로 의견을 제출하였다. 그러나, 김AA은 EE고등기술학교 기계과를 우수한 성적으로 졸업하였고, 고등학교 재학 중에는 NNNN주식회사 생산직에서 근무한 사실이 있고, 졸업 후에는 FF 기계사업부에서 근무하였다. FF 재직 중 HH대학교 경영학과(야간에 개설되는 학과 과정임)를 졸업하였고, 퇴사할 당시는 기계사업부의 생산공정 및 기술을 총괄하는 책임자이었다. 다음 근무지인 ㈜GGG는 미국법인으로 매월 원가계산 자료를 미국 모법인에 보고하여야 하는데, 당시 원가계산에 대하여 비교적 생소한 영역에 해당하여 사내 적당한 인재가 없는 상태이었다. 마침 김AA은 오랜 기간 생산분야에 종사하여 공정흐름, 원가발생 양태에 대해 많은 지식이 있었고, HH대학교 경영학과에서 원가계산의 이론적 토대를 형성한 상태라 ㈜GGG에서 생산과 경리부서에서 생산․원가업무를 겸직하다 차츰 원가․경리 업무를 전담하게 되었다. 2) 2015.4.6. QQ은행에 제출한 ‘기술평가자료’에 대하여 IBKQQ은행이 기술평가를 통한 대출실행, 기술력이 우수한 중소기업에 대한 지원을 할 요량으로 청구법인에 요청하여 작성한 것으로, 내용을 살펴보면 기술연구소의 현황, 기술개발 실적, 특허보유 현황 등을 기술한 것일 뿐 기술연구소의 인원만으로 적시된 기술이나 특허를 취득했다는 취지의 표현은 하나도 없다. 3) “쟁점 특허권 2건에 대하여만 평가하고 다른 직원들에게는 직무발명보상금을 지급한 사례가 없다”는 통지관서 의견에 대하여 총 7건의 특허 중 쟁점 특허 2건만 신청한 것은 나머지 특허는 산업자원부 등의 국책연구과제 수행결과에 따른 것이고, 국책연구과제는 기술연구소가 주가 되어 수행되었다. 따라서, 김AA의 직무와는 특별한 관계가 없는 특허였으므로 신청에서 제외하였던 것이다. 또한, 김AA이 아닌 다른 임직원에 의한 직무발명보상 기준을 충족한 발명이 있음에도 보상을 하지 않은 경우가 있다면 통지관서의 의견대로 ‘계속적, 반복적으로 적용하여 온 일반적이고 구체적인 것이 아닌 급조된 것’에 해당한다는 통지관서의 의견이 일리가 있을 수 있으나, 김AA 외 보상기준을 충족한 직무발명이 없었기 때문에 지급 사례가 없었던 것이다. 김AA 외 보상기준을 충족한 직무발명이 없어 지급된 사례가 없을 뿐임에도, 다른 지급 사례가 없었다고 하여 적법하게 제정된 직무발명보상기준이 급조되었다는 표현은 적절하지 않다. 4) ATC(우수기술연구센터)사업에 대하여 ATC사업은 사내 기술연구소에 근무하는 핵심 연구인력에게 동기를 부여하고 연구성과를 제고하기 위해 한국산업기술평가관리원에서 주관하는 사업으로서 연구 인센티브를 지급하는 것이다. 따라서, 대표이사인 김AA이 지급받을 수 있는 연구수당이 아니며, 기술연구소에서 근무하는 직원만이 받을 수 있는 연구수당으로 직무발명보상제도와는 아무런 관련이 없는 사업이다. 5) “쟁점 직무발명보상금은 매출액 등에 비추어 통상적인 보상율보다 지나치게 과다하게 평가되었으며, 대표자에게만 지급한 직무발명보상금은 일반적이지 않다”는 통지관서 의견에 대하여 MMMM 감정평가법인은 쟁점 특허권의 가치는 쟁점 특허의 기여 가능 기간을 10년(2016년부터 2025년까지)으로 보고 현금흐름을 추정하였고, 할인율(WACC)은 15.39%를 적용하여 산출하였다. 통지관서는 쟁점 직무발명보상금이 매출액에 비추어 통상적인 보상율보다 지나치다고 주장하나, 특허권은 통상 법률적으로 20년을 보장받음에도 기여 가능 기간을 10년으로 보수적으로 산정하였고, 할인율 또한 2016년 12월 현재 회사와 유사한 신용평가를 적용받을 수 있을 것으로 보이는 회사채(장외3년, BBB-)의 금리인 8.281%보다 훨씬 높은 15.39%를 적용하였으므로 특허권의 가치가 과다할 수 없는 것이다. 통지관서가 말하는 매출액이 1년간의 매출액인지 쟁점 특허의 기여로 발생할 수 있을 것으로 추정되는 10년간의 매출액인지는 불확실하나, 보상율은 각 회사마다 그 처한 환경이나 발명자의 기여도에 따라 충분히 달라질 수 있는 것으로 직무발명심의위원회 회의에서 선정된 외부감정평가법인의 독립된 평가결과에 따라 직무발명심의위원회 회의에서 결정된 것을 두고 단순한 추정이나 한 두 사례를 두고 ‘통상적인 보상율보다 지나치다’라는 것은 합당한 과세 논거로 볼 수 없는 것이다. 6) “대표이사에게 대여한 고액의 가지급금을 처리하기 위해 부당하게 법인자금을 유출한 것에 지나지 않는다”는 통지관서 의견에 대하여 본 청구는 쟁점 직무발명보상금이 부당한지 여부에 대하여 다투는 것으로, 쟁점 직무발명보상금으로 가지급금 상환에 사용하였는지는 별개의 문제이다. 청구법인의 ‘직무발명보상규정’은 전임직원의 과반수 이상의 동의로 제정되었고, 변경(폐지 포함) 또한 과반수 이상의 동의 등 일정 요건이 충족되어야만 가능한 것이며, 동 규정과 세칙에서 정한 요건을 충족한 직무발명이 있을 경우 청구법인은 반드시 보상해야 할 의무를 가진다. 통지관서 의견대로 특정 1인의 가지급금 해소를 위해 동 규정을 제정한 것이라면, 가지급금이 해소되는 시점에 당연히 동 규정이 폐지되었음이 마땅한 것이나 현재까지 유지되고 있고, 동 규정을 적용받는 자에 특별한 제한을 둔 것이 아니라 직무발명에 해당하면 임직원 누구라도 지급 대상이 되는 것이므로 어떠한 특정인을 위한 것이 아니다. 더욱이 쟁점 직무발명보상금이 가지급금 상환에 사용되었다는 것을 두고 쟁점 직무발명보상금 지급이 부당하다는 의견은 논리적 비약에 해당한다. 7) 연구노트에 대하여 2건의 연구노트는 여러 특허 대리인에게 특허출원 성사 여부를 타진하기 위해 김AA이 작성한 초안이다. 이는 연구노트상 기재일자와 특허 대리인의 선정 이후 작성된 ‘특허 진행내역 리스트’와 비교하면 명확할 것이다. 기술연구소장 박OO는 직무발명보상회의가 종료된 2016.12.27.에 김AA이 제출한 연구노트에 서명한 것일 뿐이다. 연구노트가 모두 직무발명보상금 지급 당시에 소급하여 작성되었다는 통지관서의 의견은 근거가 없는 것이다. 8) “특허권의 특성상 기술의 실현가능성‧효율성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 및 실험에 따른 상당한 설비 및 비용이 소요될 것이므로 이를 대표이사 개인의 힘으로 모두 이루었다고 보기에는 신빙성이 없어 보인다”는 통지관서 의견에 대하여 만약, 청구법인이 김AA으로부터 쟁점 특허권을 취득하고 그 대가로 지급한 것이라면 통지관서의 의견은 설득력을 가질 수 있다. 그러나, 쟁점 특허의 소유권은 당초부터 청구법인에게 있었으므로 특허 취득과 관련하여 발생한 비용은 청구법인이 당연히 부담하여야 하는 것이었다. 청구법인이 김AA에게 지급한 것은 특허권의 대가가 아닌 직무발명보상금으로, 보상율은 김AA이 청구법인의 인적․물적 자원을 일부 이용한 점을 고려하여 직무발명심의위원회에서 80%로 결정된 것이다. 9) 외부감정평가법인의 특허권 평가에 대하여 MMMM 감정평가법인은 2014년과 2015년 2개연도의 매출자료를 이용하여 매출비율을 산정하였고, 매출원가율이나 판관비율은 2013년, 2014년 및 2015년 3개년 평균을 사용하였다. 통지관서는 매출액이 상대적으로 낮은 2013년을 의도적으로 제외하여 쟁점 특허권의 가치를 임의적으로 높였다고 주장하나, 2013년을 제외한 것은 쟁점 특허로 인한 매출이 2014년부터 발생하였기 때문이다. 또한, 2016년 매출이 감소한 것을 두고 ‘쟁점 특허권이 이전까지는 존재하지 않던 또는 이전과는 확연히 다른 어떤 획기적인 발명이 아닌 단순한 성능개량이나 일부 기능적인 단점을 개선한 것으로서 실질적으로 법인의 매출증가에 거의 영향을 미치지 못하였다는 것을 반증한다’는 의견 제출하였으나, 이는 대외 변수(국제유가의 하락으로 인한 중동 경제의 변화, 중동을 둘러싸고 있는 정치 경제학적 역학관계의 변화 등)를 염두에 두지 않은 결과로 보인다. 특히, 단순한 성능개량이나 일부 기능적인 단점을 개선한 것만으로 특허 등록이 불가능함을 간과한 측면이 있다. 10) “대표이사 김AA의 주식양도시 쟁점 특허권에 대한 향후 책임소재가 전부 양도자 측에 있다는 조항을 해당 계약서에 기재한 것은 쟁점 특허권의 가치가 청구법인의 주장과 다르다는 것을 반증한다”는 통지관서 의견에 대하여 ㈜CCC(PP국 법인)나 실사를 담당한 회계법인은 계약 체결 전에 회사가치 산정, 인수위험을 파악하기 위해 실사를 수행하였다. 양수자는 제한된 시간내 실사 목적을 달성하기 위해서는 확실한 위험과 불확실한 위험을 구분하고, 불확실한 위험은 주식양수도계약서에 삽입하는 방법을 택함으로써 미래의 손실을 최소화하고자 하는 것이 통상적인 절차이다. ㈜CCC 또한 쟁점 직무발명보상금이 정당하게 지급된 것인지를 스스로 판단함으로써 발생할 수 있는 세무상 위험을 주식양수도계약서에 삽입함으로써 향후 문제가 될 경우 양도자에게 그 책임을 전가시키는 방법을 선택한 것이다. 이러한 사정을 보지 않고 주식양수도계약서에 양도자의 책임조항이 있다는 사실만으로 쟁점 특허권의 가치에 문제가 있다는 취지의 주장은 설득력이 없다. 더욱이, 양도자는 양도소득세 신고 시 주식양수도계약서를 필히 첨부해야 하는데 그런 의미로 해석하였거나 해석될 여지가 있다고 인지하였다면 주식양수도계약서에 그 내용 삽입을 받아들였을 리가 만무한 것이다. 11) “통지관서는 조사시 쟁점 직무발명보상금 지급으로 인해 계상된 쟁점 특허권의 가치가 없다는 것을 확인하기 위해 청구법인에 양수도계약 관련 주식평가서를 요구하였으나 청구법인은 해당 주식에 대한 평가서를 제출하지 않았다”는 통지관서 의견에 대하여 인수․합병을 추진하는 양수자는 인수 대상회사가 속한 산업 전망, 인수 대상회사의 강점과 약점, 기회와 위기요인, 미래현금흐름 추정 등 다양한 실사 분석을 통해 인수 여부를 결정한다. 양수자인 ㈜CCC가 양수도계약 관련 주식평가가 있었는지 여부에 대하여는 청구법인도 확인할 수 없으며 양수자는 그러한 사실을 청구법인에 제출할 리가 만무한 것이다.
3. 통지관서 의견
  • 가. 쟁점 직무발명보상금은 직무발명보상금 명목으로 법인자금을 부당하게 사외유출한 것에 불과하다. 1) 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 한 경우 또는 자금․설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원․위탁하였을 뿐인 정도인 경우는 발명이라고 할 수 없다. 가) 대법원 판례(대법원2011두67705, 2012.12.27.)에 따르면 “발명자에 해당하기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 한 경우 또는 자금․설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원․위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고.....(중략)... 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다”라고 판시하고 있다. 나) 김AA의 이력서(25 페이지 참조)에 따르면, 1972년 FF 경리부 입사하여 근무하였고, 1981년 사회과학계열인 경영학과를 졸업하였으며, 1990년까지 FF 경리부장, ㈜GGG 경리부장으로 재직하였으며, 1990.7월 청구법인을 공동출자 설립하고, 1998.12월 청구법인의 대표이사로 선임되었다. 이력서에서 보듯이 김AA은 특허권 개발 등의 연구개발과는 무관한 대표자로서 관리업무를 수행하였다고 봄이 일반적이며 상식적이다. 다) 또한 청구법인이 2015.4.6. QQ은행에 제출한 기술평가자료(25 페이지 참조)에 의하면 기술개발책임자는 청구법인의 전무인 박OO이며, 기술개발전담직원이 기술개발연구소 부장인 이RR 외 9명을 포함한 총 11명으로 기재되어 있고 이들이 기술개발업무를 수행하는 것으로 기재되어 있으며, 기술연구소의 ‘기술개발실적(최근 3년 이내)’에는 쟁점 특허권인 □□ 장치 특허 출원을 실적으로 기재하였는바, 김AA은 특허권 개발업무와는 직접 관련이 없다. 2) 청구법인은 2016년까지 특허권 등록건수가 7건(22 페이지 ‘청구법인 특허권, 실용신안권 현황’ 참조) 있으며, 그 중 2건만을 평가하여 이에 대해 김AA에게만 쟁점 직무발명보상금을 지급한 것은 법인자금을 고의로 유출하기 위한 편법에 지나지 않는다. 가) 서울고등법원 판결(서울고등법원2014누68838, 2015.7.16.)에 따르면, 근무규칙(이사회 회의록, 정관 포함) 등에 명시되어 있더라도 동 규칙 등이 계속적, 반복적으로 적용하여 온 일반적이고 구체적인 것이 아닌 급조된 것이라면 인정되지 않는다고 판결하였다. 나) 조사일 현재 청구법인은 쟁점 특허권을 제외하고 특허권 평가를 실시하여 직무발명보상금을 대표자 본인 및 직원들에게 지급한 사례가 없다. 다) 청구법인은 특허권 등록 7건 중 쟁점 특허권 2건에 대해서만 직무발명보상금을 지급하였다. 특히 청구법인은 ‘핵심 연구인력 인센티브 및 연구노트 관리기준’을 제정하고 한국산업기술평가관리원에 직무발명보상계획서를 제출(26 페이지 참조)하여 ATC사업에 참여함으로써 국고보조금도 수취한 사실이 확인되나 이후 대표이사 김AA을 제외한 직원들에게 지급한 직무발명보상금은 단 한 건도 없다. 3) 쟁점 직무발명보상금은 매출액 등에 비추어 통상적인 보상율보다 지나치게 과다하게 평가되었으며, 대표자에게만 지급한 직무발명보상액은 일반적이지 않다. 가) 직무발명보상금 산정시 일반적으로 직무발명에 의해 사용자가 얻을 이익(사용자의 매출액 × 직무발명의 매출기여도 × 실시료율 × 독점권기여율)에 발명자 공헌도(발명자 보상율)와 공동발명자가 있을 경우 발명자 개인의 기여도(발명자 기여율)을 곱하는 방식으로 산정함이 적정하나(서울고등법원2013나2016228, 2014.7.17. 판결 등 참조), 청구법인은 쟁점 특허권의 감정평가액에 발명자 보상율(공헌도)을 곱하여 산정함으로써 과다하게 산정하였다.
  • 나) 또한, 청구법인은 발명자 보상율을 80%로 적용하였는바, 통상적인 발명자 보상율이 10% 내외인 것으로 볼 때 쟁점 직무발명보상금은 지나치게 과다하게 평가되었다는 것을 알 수 있다. 4) 이 건 세무조사시 청구법인의 현 대표이사 DDDD는 “쟁점 특허권 계상액은 2016.12.29. 청구법인이 전 대표자 김AA에게 직무발명보상금 명목으로 0,000백만원을 부당하게 사외유출하고 이에 대해 회계처리한 가공의 무형자산임을 확인한다”는 내용의 확인서를 제출하였다.
  • 나. 쟁점 직무발명보상금은 법인자금을 유출하기 위한 형식만 갖추어 놓았을 뿐 정당한 직무발명보상이 아니므로 실질과세원칙에 따라 쟁점 특허권 계상액을 감액처분하고 동 금액에 대하에 귀속자에게 상여처분함이 타당하다. 1) 청구법인이 대표이사에게 지급한 쟁점 직무발명보상금은 「발명진흥법」 등에 따른 직무발명에 대한 정당한 보상이 아니며, 대표이사에게 대여한 고액의 가지급금을 처리하기 위해 부당하게 법인자금을 유출한 것에 지나지 않는다. 가) 청구법인이 증거로 제출한 쟁점 특허권에 대한 2건의 ‘연구노트’에는 각 쟁점 특허권에 대한 연구주제, 연구의 배경기술, 연구의 구체적인 내용 등이 기록되어 있으나, 연구일자별 연구자, 연구내용에 대한 기록 등 쟁점 특허권이 형성되는 과정에 대한 단계별 기록이 전혀 없고, 김AA이 2건의 연구노트를 기록한 날짜는 각각 2012...과 2014...로 되어 있으나 당시 기술연구소장인 박OO가 각각의 연구노트를 확인한 날짜는 동일하게도 2016.12.27. 인 것으로 보아 쟁점 특허권에 대한 연구노트가 모두 쟁점 직무발명보상금 지급 당시에 소급하여 작성되었음을 알 수 있다. 게다가 각각의 연구노트에는 쟁점 특허권에 대한 개괄적인 내용만이 기재되어 있어 김AA과 쟁점 특허권과의 관련성을 찾을 수 없다. 나) 또한 기업이 직무발명을 특허출원함에 있어 실무적으로 출원인은 법인으로, 발명자는 대표이사를 통상적으로 기재하고 있는 것일 뿐으로 이를 특허청에서 대표이사를 발명자로 공식 확인하였다고 볼 수 없다. 다) 특허권의 특성상 기술의 실현가능성․효율성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 및 실험에 따른 상당한 설비 및 비용이 소요될 것이므로 이를 대표이사 개인의 힘으로 모두 이루었다고 보기에는 신빙성이 없어 보이는 점, 청구법인은 쟁점 직무발명보상금을 지급하기 이전에 특허권 취득과 관련하여 계속적․반복적으로 관련 연구원 인건비 2,794백만원을 포함하여 연구개발비용 0,000백만원을 지출하고 비용 및 자산으로 계상(2011~2015사업연도 경상연구개발비로 2,194백만원, 개발비로 2,581백만원 계상)하였음이 확인되는 점, 대표이사가 쟁점 발명의 기술적 과제를 해결하기 위해 구체적인 착상을 새롭게 지시․보완하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위해 구체적인 수단과 방법을 제공 또는 조언․지도를 한 것에 대한 객관적인 증빙자료가 미비한 점, 쟁점 특허권 뿐만 아니라 청구법인이 등록한 특허권 7건 모두 대표이사인 김AA이 발명자로 등재되어 있는 점 등으로 보아 대표이사 김AA을 쟁점 특허권의 진정한 발명자로 볼 수 없으며, 쟁점 직무발명보상금 지급에 대한 합당한 이유를 전혀 찾을 수 없다. 라) 청구법인은 통지관서가 쟁점 직무발명보상금의 시가를 “0”원으로 보고 부당행위계산 부인의 법리를 적용하여 쟁점 직무발명보상금 전부를 손금불산입하였으므로 시가 산정근거를 제시하여야 한다고 주장하나, 통지관서는 쟁점 직무발명보상금의 시가를 “0”원으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용한 것이 아니라, 쟁점 직무발명보상금은 청구법인이 감정평가법인의 컨설팅을 통해 직무발명보상금 명목으로 법인자금 유출을 위한 형식만 갖추어 놓았을 뿐 정당한 직무발명보상이 아닌 바 실질과세 원칙에 따라 쟁점 특허권 계상액을 감액처분하고 동 금액에 대해 귀속자인 김AA에게 상여처분을 하는 내용의 세무조사결과 통지를 한 것이다. 2) 쟁점 특허권 출원 이후 청구법인의 매출은 오히려 감소한 것으로 확인되며, 청구법인은 쟁점 특허권 금액을 자의적으로 산정하기 위해 쟁점 특허 관련 매출을 임의로 정하여 쟁점 특허권을 평가하였으므로 이를 전혀 신뢰할 수 없다. 가) 청구법인의 매출액은 쟁점 특허권 중 ‘○○ 시스템’이 출원(2012... 2014...등록)된 해인 2012년 401억원에서 다음 해인 2013년에 170억원으로 무려 230억원이 감소하였으며, 쟁점 특허권의 다른 하나인 ‘□□ 장치’가 출원(2014... 2015...등록)된 2014년에도 매출액이 456억원이었으나 다음 해인 2015년 449억으로 오히려 7억원 감소한 것으로 확인된다. 또한 쟁점 특허권을 평가(2016.12.26.)한 해인 2016년은 매출액이 308억원으로 전년도 대비 141억원이 급격히 감소하였다. <표> (생략) 나) 이는 쟁점 특허권이 이전까지는 존재하지 않던 또는 이전과는 확연히 다른 어떤 획기적인 발명이 아닌 단순한 성능개량이나 일부 기능적인 단점을 개선한 것으로서 실질적으로 법인의 매출증가에 거의 영향을 미치지 못하였다는 것을 반증한다. 다) 쟁점 특허권에 대한 감정평가 서류에는 특허권 가치산정을 위한 매출액 추정시 최근 3년간의 매출비율 평균치를 사용한 것으로 나와 있으나 아래와 같이 매출액이 급격하게 감소한 2013년의 매출액은 최근 3년간 매출비율 평균치 산정에서 제외하였으며, 매출액이 상대적으로 높은 2014년과 2015년의 매출액만을 가지고 쟁점 특허권이 창출할 미래현금흐름을 추정하여 쟁점 특허권을 평가하였다. <표> (생략) 라) 또한 쟁점 특허권 모두 특허관련 매출은 감정평가법인이 아닌 청구법인이 임의로 산출하였으며, 그 산출기준 또한 어떠한 과정을 거쳤는지 명확히 확인할 수 없다. 마) 이는 당초 목표로 하는 쟁점 직무발명보상금의 산정을 위해 청구법인에 유리한 사업연도만을 선별하고 이에 대해 청구법인이 임의로 산출한 특허관련 매출액을 쟁점 특허권의 가치산정에 반영한 것으로서 쟁점특허권 평가에 스스로 객관성과 정당성을 훼손시켰다 할 것이다. 3) 대표이사 김AA의 주식양도시 쟁점 특허권에 대한 향후 책임소재가 전부 양도자 측에 있다는 조항을 해당 계약서에 기재한 것은 쟁점특허권의 가치가 청구법인의 주장과 다르다는 것을 반증한다. 가) 2018.3.30. 김AA은 외국법인인 ㈜CCC에 청구법인의 주식 100%를 양도하는 주식양수도계약을 체결하였다. 나) 동 계약서의 ‘별지1의2. 대상회사에 관한 사항 (10)지적재산권’에는 “ⅵ) 대상 회사는 양도인의 직무발명에 관한 대가 지급에 대한 세무상 리스크(세무당국, 사법․행정기관 등으로부터 시가보다 높은 금액으로 직무발명에 대한 대가를 지급하였다고 인정될 경우 ‘시가를 초과한 대가분’에 대한 법인세상의 손비 불인정 리스크, 원천소득세상 해당 ‘시가를 초과한 대가분’이 급여로 간주되었을 경우의 원천징수에 관련된 대상회사의 세무상 리스크를 포함하되, 이에 한정되지 아니한다)를 부담하지 아니한다.”라고 약정되어 있다. 다) 이는 당해 주식 양수도계약시 양도자와 양수자 모두 상호간에 쟁점 직무발명보상금 지급으로 인한 쟁점 특허권 계상에 문제점이 있다는 것을 사전에 인식하고 있었다는 반증이다. 라) 또한 통지관서는 조사시 쟁점 직무발명보상금 지급으로 인해 계상된 쟁점 특허권의 가치가 없다는 것을 확인하기 위해 청구법인에 양수도계약 관련 주식평가서를 요구하였으나, 청구법인은 해당 주식에 대한 평가서를 제출하지 않았다. 위 양수도계약 관련 주식평가액에서 쟁점 특허권 평가액만큼을 차감하기 위해 예상되는 미래 현금흐름 크기를 조정하거나 적용되는 할인율을 높이는 등 상호간의 합의가 있었을 것으로 보인다.
  • 다. 청구법인 항변에 대한 통지관서 반박의견 1) 청구법인은 김AA의 이력서에 ‘FF 경리부 퇴사’ 기재사항은 “FF 원가부서에서 근무하였을 것이므로 청구법인 경리이사가 정확한 검증없이 기재한 것이라고 주장하고 있으나, 세무조사시 청구법인의 회계담당자가 제출한 전 대표자의 이력서가 오류일 가능성이 없으므로 청구법인의 객관적이지 않는 일방적인 주장에 지나지 않는다. 또한 이력서에 ‘NAPPCO 경리부장’ 기재사항 또한 이와 같다. 2) 청구법인은 QQ은행에 제출한 기술평가자료에 대해 청구법인은 쟁점 특허권 개발과 관련 없다고 주장하고 있으나, 위 기술평가자료는 청구법인 기술부서의 계속적이고 일반적인 기술개발 현황을 나타내고 있으므로 당시 청구법인 기술부서에서 기술개발 등을 수행하였다는 객관적인 증거에 해당된다. 따라서 대표자가 쟁점 특허권을 독자적으로 개발하였다고 볼 수 없다. 3) 청구법인은 대표자 김AA 외 직무발명보상기준을 충족한 직무발명이 없어 직무발명보상금을 지급한 사례가 없다고 주장하고 있으나, QQ은행에 제출한 기술평가자료, ATC사업 ‘핵심 연구인력 인센티브 및 연구노트 관리기준’ 등에 비추어 볼 때 김AA만 특허권에 대한 기여를 했다고 볼 수 없으며, 청구법인이 7건의 특허권 중 2건만을 평가한 것은 대표자에게 직무발명보상금 명목으로 법인자금을 유출하기 위한 수단에 지나지 않는다. 4) ATC사업(우수기업연구소 육성사업)에 대해 청구법인은 쟁점 특허권 개발과 관련한 직무발명보상금과는 관계없다는 주장하나, ATC사업의 ‘핵심 연구인력 인센티브 및 연구노트 관리기준’은 연구인력에 대한 인센티브 및 연구 등을 규정한 것이므로 쟁점 특허권과 밀접한 관련성이 있다. 5) 청구법인은 발명자 보상율은 각 회사마다 처한 환경이나 발명자의 기여도에 따라 충분히 달라질 수 있는 것으로 직무발명심의위원회 회의에서 결정되었음에도 단순히 추정으로 통상적인 보상율보다 과다하다고 판단하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 직무발명보상금은 연구부서 전체에 대해 기여율을 감안하여 일률적으로 지급하는 것이 일반적이며, 통상적인 발명자 보상율 10% 내외인 점(서울고등법원2003나52410, 서울고등법원2008나119134)을 감안하면 대표자에게만 직무발명보상금을 지급한 것은 과다하고 부당하다. 또한 2016.12.27. 작성된 외부 컨설팅업체(MMMM 컨설팅)의 ‘직무발명보상금 산정 검토보고서’를 살펴보면, 청구법인은 쟁점 특허권에 대한 직무발명보상금 지급에 대한 회계처리(2016.12.29. 지급) 및 세무신고사항을 미리 검토한 것으로 보아 대표자에게 쟁점 직무발명보상금 지급하기 위해 직무발명보 상규정 및 직무발명 심의위원회 등을 급조하였다고 판단된다. 6) 청구법인은 통지관서가 쟁점 직무발명보상금이 가지급금 상환에 사용되었음을 사유로 쟁점 직무발명보상금 지급이 부당하다고 판단한 것처럼 주장하고 있으나, 통지관서는 앞에 기재한 조사내용에 비추어 대표자에게 지급한 쟁점 직무발명보상금은 부당하다는 의견이며, 결론적으로 부당하게 자금을 유출하여 대표자의 가지급금을 상환하였다는 것이다. 7) 청구법인은 ㈜CCC는 실사를 수행한 결과 쟁점 직무불명보상금이 정당하게 지급된 것인지를 스스로 판단함으로써 발생할 수 있는 세무상 위험을 주식양수도계약서에 삽입함으로써 향후 문제가 될 경우 양도자에게 전가시키는 방법을 선택하였을 뿐이라고 주장하나, ㈜CCC가 주식 양수도계약 체결 전에 실사를 수행한 결과 쟁점 특허권의 가치평가가 적정하고 쟁점 직무발명보상금 지급과 무형자산 인식에 문제점이 없다고 판단하였다면, 주식 양수도계약시 위 양도자의 책임조항을 기재하지 않았을 것이다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 대표이사에게 지급한 쟁점 직무발명보상금을 손금부인한 세무조사결과 통지가 정당한지 여부
  • 나. 관련법령 1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 1-1) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

21. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 2) 소득세법 제12조 【비과세소득】(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

  • 라. 「발명진흥법」 제2조 제2호 에 따른 직무발명으로 받는 다음의 보상금

1. 종업원이 「발명진흥법」 제15조 에 따라 사용자로부터 받는 보상금 3) 발명진흥법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

1. “발명”이란 「특허법」․ 「실용신안법」 또는 「디자인보호법」에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자․법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 3-1) 발명진흥법 제10조 【직무발명】

① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2013.7.30>

1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정

2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정 3-2) 발명진흥법 제15조 【직무발명에 대한 보상】

① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 한다. <개정 2013.7.30>

③ 사용자등은 제2항에 따른 보상규정의 작성 또는 변경에 관하여 종업원등과 협의하여야 한다. 다만, 보상규정을 종업원등에게 불리하게 변경하는 경우에는 해당 계약 또는 규정의 적용을 받는 종업원등의 과반수의 동의를 받아야 한다. <개정 2013.7.30>

④ 사용자등은 제1항에 따른 보상을 받을 종업원등에게 제2항에 따른 보상규정에 따라 결정된 보상액 등 보상의 구체적 사항을 문서로 알려야 한다. <신설 2013.7.30>

⑤ 사용자등이 제3항에 따라 협의하여야 하거나 동의를 받아야 하는 종업원등의 범위, 절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2013.7.30>

⑥ 사용자등이 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 종업원등에게 보상한 경우에는 정당한 보상을 한 것으로 본다. 다만, 그 보상액이 직무발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2013.7.30> 3-3) 발명진흥법 제17조 【직무발명심의위원회의 운영 등】

① 사용자등은 종업원등의 직무발명에 관한 다음 각 호의 사항을 심의하기 위하여 직무발명심의위원회(이하 “심의위원회”라 한다)를 설치ㆍ운영할 수 있다. <개정 2013.7.30>

1. 직무발명에 관한 규정의 작성ㆍ변경 및 운용에 관한 사항

2. 직무발명에 대한 권리 및 보상 등에 관한 종업원등과 사용자등의 이견 조정에 관한 사항

3. 그 밖에 직무발명과 관련하여 필요한 사항

② 심의위원회는 사용자등과 종업원등(법인의 임원은 제외한다)을 각각 대표하는 같은 수의 위원으로 구성하되, 필요한 경우에는 관련 분야의 전문가를 자문위원으로 위촉할 수 있다. <개정 2013.7.30>

③ 그 밖에 심의위원회의 구성 및 운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2013.7.30> 3-4) 발명진흥법 시행령 제7조의3 【직무발명심의위원회의 구성】

① 법 제17조제2항에 따라 직무발명심의위원회(이하 “심의위원회”라 한다)를 구성하는 경우 사용자등을 대표하는 위원(이하 “사용자위원”이라 한다)과 종업원등(법인의 임원은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)을 대표하는 위원(이하 “종업원위원”이라 한다)은 다음 각 호의 요건을 충족하여야 한다.

1. 사용자위원: 사용자 또는 법인의 대표자와 사용자 또는 법인의 대표자가 위촉하는 사람일 것

2. 종업원위원: 종업원등이 직접ㆍ비밀ㆍ무기명투표로 선출한 사람일 것

② 법 제17조제2항 및 제18조제3항 후단에 따른 자문위원은 사용자위원과 종업원위원이 합의하여 위촉한 사람으로 한다.

③ 법 제18조제3항에 따른 심의위원회의 사용자위원과 종업원위원의 수는 각각 3명 이상으로 하여야 한다. 다만, 상시 근무하는 종업원의 수가 30명 미만인 경우에는 각각 1명 이상으로 할 수 있다.

④ 심의위원회에 위원장을 두며, 위원장은 사용자위원과 종업원위원 중에서 호선(互選)한다. 이 경우 사용자위원과 종업원위원 각각 1명을 공동위원장으로 할 수 있다. 3-5) 발명진흥법 시행령 제7조의4 【직무발명심의위원회의 운영】

① 위원장은 심의위원회의 회의를 소집하여 그 의장이 되며, 회의 개최 15일 전에 회의 일시, 장소 및 의제 등을 각 위원에게 통보하고 심의 관련 자료를 제공하여야 한다.

② 위원장은 필요하다고 인정하는 경우 위원이 아닌 사람을 심의위원회에 참석하게 하여 의견을 들을 수 있다. 다만, 종업원등이 법 제18조제1항에 따라 심의를 요구한 경우에는 그 종업원등의 의견을 들어야 한다.

③ 심의위원회의 회의는 사용자위원과 종업원위원의 각 과반수의 출석으로 개의(開議)하고, 출석위원(법 제17조제2항 및 제18조제3항 후단에 따른 자문위원은 제외한다) 과반수의 찬성으로 의결한다.

④ 심의위원회의 회의는 공개한다. 다만, 심의의원회의 의결로 공개하지 아니할 수 있다.

⑤ 심의위원회는 회의록을 작성하여 회의를 개최한 날부터 3년간 보존하여야 한다. 다만, 심의위원회가 활동 종료 등으로 회의록을 보존할 수 없는 경우에는 사용자 또는 법인의 대표자가 회의록을 보존하여야 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 심의위원회의 운영 등에 필요한 사항은 심의위원회의 의결을 거쳐 위원장이 정한다. 4) 특허법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.

2. “특허발명”이란 특허를 받은 발명을 말한다. 4-1) 특허법 제33조 【정의】

① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다. 4-2) 특허법 제42조 【특허출원】

① 특허를 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 특허출원서를 특허청장에게 제출하여야 한다.

1. 특허출원인의 성명 및 주소(법인인 경우에는 그 명칭 및 영업소의 소재지)

2. 특허출원인의 대리인이 있는 경우에는 그 대리인의 성명 및 주소나 영업소의 소재지[대리인이 특허법인·특허법인(유한)인 경우에는 그 명칭, 사무소의 소재지 및 지정된 변리사의 성명]

4. 발명자의 성명 및 주소

② 제1항에 따른 특허출원서에는 발명의 설명·청구범위를 적은 명세서와 필요한 도면 및 요약서를 첨부하여야 한다.

③ 제2항에 따른 발명의 설명은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하여야 한다.

1. 그 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 사람이 그 발명을 쉽게 실시할 수 있도록 명확하고 상세하게 적을 것

2. 그 발명의 배경이 되는 기술을 적을 것

④ 제2항에 따른 청구범위에는 보호받으려는 사항을 적은 항(이하 “청구항”이라 한다)이 하나 이상 있어야 하며, 그 청구항은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하여야 한다.

1. 발명의 설명에 의하여 뒷받침될 것

2. 발명이 명확하고 간결하게 적혀 있을 것 4-3) 특허법 제100조 【전용실시권】

① 특허권자는 그 특허권에 대하여 타인에게 전용실시권을 설정할 수 있다.

② 전용실시권을 설정 받은 전용실시권자는 그 설정행위로 정한 범위에서 그 특허발명을 업으로서 실시할 권리를 독점한다. 4-4) 특허법 제102조 【통상실시권】

① 특허권자는 그 특허권에 대하여 타인에게 통상실시권을 허락할 수 있다.

② 통상실시권자는 이 법에 따라 또는 설정행위로 정한 범위에서 특허발명을 업으로서 실시할 수 있는 권리를 가진다.

  • 다. 사실관계 1) 청구법인의 주주 현황 및 대표이사 내역 가) 청구법인의 주주현황은 2009년~2012년 기간에 김AA이 주식 100%를 보유하다가 2013년~2015년 기간에 김AA이 66.3%, 케이티비신성장동력사모투자전문회사 3개 회사가 33.7%를 보유하였으며, 2016.10.31. 김AA이 위 사모투자전문회사들 보유주식을 취득하여 다시 주식 100%를 보유하다가 2018.4.17. 주식 전부를 ㈜CCC(PP국 법인)에 양도하여 현재 ㈜CCC가 주식 100%를 보유하고 있다. <표> (생략) 나) 청구법인의 대표이사는 1999.1.5.부터 2018.4.17.까지 김AA이 대표이사로 재직하다가 ㈜CCC가 김AA으로부터 청구법인 발행주식을 양수한 2018.4.17. 이후부터 현재까지 PP국인 DDDD가 대표이사로 재직하고 있다. 2) 법인세 신고내역 및 연구원 인건비 등 계상내역
  • 가) 청구법인의 법인세 신고내역은 다음과 같다. < 표> (생략)
  • 나) 청구법인의 연구원 인건비 지급내역은 다음과 같다. <표> (생략)
  • 다) 청구법인의 연구 관련 비용을 경상연구개발비 및 개발비로 계상한 내역(연구원 인건비 지급액이 포함된 금액임)은 다음과 같다. <표> (생략) 3) 청구법인의 특허권 등 보유내역 및 발명자 청구법인의 특허권 및 실용신안권 보유내역은 다음과 같고 모두 김AA이 발명자로 등재되어 있다. <표> (생략) 4) 쟁점 특허권의 등록특허 공고전문 일부 특허청의 등록특허공보에 의하면 쟁점 특허권의 등록특허 공고전문 내용의 일부는 다음과 같다. <그림> (생략) 5) 쟁점 직무발명보상금에 대한 장부계상 및 김AA의 가지급금 상환 가) 쟁점 직무발명보상금에 대한 장부계상, 원천세 신고내용 청구법인은 2016.12.29. 쟁점 직무발명보상금 0,000백만원을 김AA에게 지급하고 무형자산인 특허권 계정에 계상하고, 비과세 기타소득으로 원천세 신고를 하였으며, 이후 무형자산 상각비로 2016사업연도에 00,000,000원, 2017사업연도 000,000,000원, 2018사업연도에 000,000,000원을 계상하였다. 나) 청구법인의 예금계좌거래내역 및 결산보고서에 의하면, 김AA은 쟁점 직무발명보상금을 지급받은 후 2016.12.30. 그 중 0,000백만원으로 청구법인의 김AA에 대한 가지급금 일부를 상환하였는바, 일부 상환 후 2016.12.31. 기준 청구법인의 김AA에 대한 가지급금 잔액은 0,000,0000,000원인 것으로 확인된다. 6) 김AA의 청구법인 발행주식 양도 김AA은 청구법인 발행주식 전부(보통주 000,000주)를 보유하고 있던 중 2018.3.30. 위 주식 전부에 대해 ㈜CCC와 사이에 양도금액 00,000백만원으로, 거래 종결일을 2018.4.17.로 하여 주식양수도계약을 체결하였고, 이에 김AA은 2018.6월 경 위 주식 양도에 대해 양도소득세 예정신고(납부세액 0,000백만원)를 하였다. 7) 청구주장 근거와 입증 등 가) 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인의 쟁점 특허 출원, 직무발명보상제도 도입 및 쟁점 직무발명상금 산정․지급과정은 다음과 같다.

• 2016.9.30. 임시주주총회를 실시하여 ‘직무발명보상제도 도입’, ‘사용자심의위원회 위원 선출 결정’ 및 ‘종업원심의위원회 위원 추천’ 안건에 대하여 의결

• 2016.10.4. 직무발명보상제도 종업원심의위원회 위원 선출 공고

• 2016.10.10 투표를 통한 위원선출결과를 공지

• 2016.10.25 직무발명보상심의위원회 위원에 대한 인사발령 조치

• 2016.10.25. 직무발명심의위원회(제1회) 회의를 거쳐 직무발명보상규정과 산정기준세칙 제정(의안: 위원장 선출 등에 대한 합의, 직무발명보상제도 규정 및 세칙 제정)

• 2016.10.26. 전 임직원을 대상으로 직무발명규정 및 세칙 제정(안)에 대한 통지와 의견수렴을 위한 공지, 전 임직원의 동의서 수령

• 2016.11.4. 전 임직원에게 직무발명보상제도에 대한 발명신고를 공지

• 2016.11.23. 김AA으로부터 쟁점 특허 발명신고서를 접수

• 2016.11.24. 직무발명심의위원회(제2회) 개최 알림(의안: 신고된 직무발명 승계여부 결정, 발명특허 평가의 외부평가기관 선정), 심의위원에게 통지서 발송, 2016.11.24.부터 심의위원들로부터 채점표 접수

• 2016.12.9. 직무발명심의위원회(제2회) 회의를 개최하여 쟁점 특허가 직무발명에 해당함을 승인하고 회사에서 승계하기로 결정하고, 직무발명보상금 지급액의 객관적인 평가를 위해 MMMM감정평가법인을 선정

• 2016.12.12. 직무발명심의위원회 심의결과 통지

• 2016.12.12. 직무발명심의위원회(제3회) 개최 알림(의안: 외부감정평가법인의 평가액 및 보상액 승인 여부)과 개별위원들에게 통지서 발송

• 2016.12.26. MMMM감정평가법인으로부터 감정평가보고서 수령(쟁점특허에 대한 감정평가액 0,000백만원)

• 2016.12.27. 직무발명심의위원회(제3회) 회의를 개최하여 쟁점 직무발명보상금을 산정하였고 이를 승인 나) 2016.9.30. 실시한 임시주주총회 의사록은 다음과 같다. <그림> (생략) 다) 청구법인은 직무발명보상제도와 관련하여 ‘직무발명보상제도 종업원심의위원선출 공고(2016.10.4. 작성)’ 및 ‘직무발명보상제도 종업원심의위원 투표결과 공지(2016.10.10. 작성)’ 서류를 제출하였다. 라) 청구법인은 ‘직무발명보 상규정 및 세칙 제정(안) 공지(2016.10.26.)’ 및 동 규정 및 세칙 제정(안) 내용에 대한 전 임직원들의 ‘동의서’를 제출하였다. <그림> (생략) 마) 청구법인은 김AA이 2016.11.23. 청구법인의 특허전담부서장에게 신고한 ‘발명신고서’를 다음과 같이 제출하였다. <그림> (생략) 바) 청구법인은 2016.12.26. MMMM 감정평가법인(주)로부터 쟁점 특허권에 대하여 0,000백만원(○○ 시스템 0,000백만원, □□ 장치 0,000백만원)으로 평가된 ‘무형자산 평가보고서’를 수령하였는데, 평가보고서의 주요 내용은 다음과 같다. <그림> (생략) 사) 2016.12.27. 개최한 제3회 ‘직무발명심의위원회 회의’에서 감정평가액에 보상율 80%를 적용하여 보상금액을 0,000백만원으로 정하였다. <그림> (생략) 아) 쟁점 특허에 대한 ‘연구노트’ 청구법인은 김AA이 작성한 연구노트를 기초로 쟁점 특허를 출원하였다고 주장하면서 쟁점 특허에 대한 연구노트를 제출하였다. ※ 통지관서는 연구일자별 연구자, 연구내용의 기록 등 쟁점 특허의 발명 과정에 대한 단계별 기록이 없고, 2건의 연구노트를 기록한 날짜는 2012...과 2014...로 되어 있으나 기술연구소장인 박OO가 연구노트를 점검한 날짜는 모두 2016.12.27.로 기재되어 있는 것으로 보아 쟁점 직무발명보상금 지급 당시에 소급 작성되었다는 의견이다. ※ 청구법인은 2건의 연구노트는 여러 특허 대리인에게 특허 출원 성사여부를 타진하기 위해 김AA이 작성한 초안이며, 기술연구소장 박OO는 직무발명심의위원회 회의가 종료된 2016.12.27.에 김AA이 제출한 연구노트에 서명한 것뿐이라는 주장이다. <그림> (생략) 자) KK산업 대표 유LL의 ‘사실확인서 ’ 청구법인은 KK산업 대표 유LL가 작성한 ‘□□ 장치 개발 자문 및 협력에 대한 사실확인서’를 제출하였다. <그림> (생략)

  • 차) 쟁점 특허 적용 매출액 산출근거 이 건 과세전적부심사청구에 대한 심리자료 사전열람 결과, 청구법인은 청구법인은 쟁점 특허의 평가보고서상 ‘특허 적용 매출액’의 산출근거가 명백하게 있다고 주장하면서 당시 감정평가법인에 제출한 쟁점 특허의 계약별 매출기여도 산정내역을 다음과 같이 제출하였다.

○ ○○ 시스템 특허의 매출기여도 <표> (생략)

○ □□ 장치 특허의 매출기여도 <표> (생략) 8) 통지관서 과세근거와 입증 등 가) 세무조사 당시 청구법인의 현 대표이사의 확인서 <그림> (생략) ※ 심리과정에 세무조사 당시의 확인내용을 번복하고 과세전적부심사청구를 제기한 사유를 문의한바, 청구법인은 당초 제출한 확인서상 주관적 가치판단(특허권 계상액은 김AA에게 직무발명보상금 명목으로 00억원을 부당하게 사외유출하고 이에 대해 회계처리한 가공의 무형자산임)에 대하여 오해가 있었기에 이를 정정하기 위해 과세전적부심사청구를 제기하였다고 답변하였다. 나) 김AA 이력서 통지관서는 김AA은 특허권 개발 등의 연구개발과는 무관한 관리업무를 수행하였다고 보는 것이 타당하다는 의견을 제시하면서 세무조사 당시 청구법인으로부터 제출받은 김AA의 이력서(2017.1.3. 대표이사 재직시 작성분)를 제출하였다. <그림> (생략) ※ 청구법인은 김AA의 EE고등기술학교 졸업증명서와 성적증명서를 제출하면서 김AA은 EE고등기술학교 기계과를 우수한 성적으로 졸업하였으며, 졸업 후에는 FF 기계사업부에 근무하였고, ㈜GGG에서 원가․경리업무를 전담하였는데 청구법인 경리이사가 FF 경리부장, ㈜GGG 경리부장으로 착오 기재한 것이라고 주장한다. 다) 2015.4.6. QQ은행에 제출한 ‘기술평가자료’ 통지관서는 청구법인이 2015.4.6. QQ은행에 기술사업 계획(기술명: ○○○○ 제작을 위한 대형 ○○ 제조기술)에 대한 기술평가자료를 제출하면서 ‘기술개발 현황’란에 ‘기술개발책임자’는 청구법인의 전무인 박OO로, ‘기술개발전담조직의 인력’은 기술개발연구소 부장인 이RR 외 9명을 포함한 총 11명으로 기재하고, ‘기술개발 실적(최근 3년 이내)’은 쟁점 특허권인 □□ 장치 특허 출원을 실적으로 기재하였는바, 김AA은 특허권 개발업무와 직접 관련이 없다고 주장하면서 청구법인이 2015.4.6. QQ은행에 제출한 기술평가자료를 제출하였다. <그림> (생략) 라) ATC(우수기술연구센터사업)사업 관련 직무발명보상계획서 통지관서는 청구법인이 ATC사업과 관련하여 ‘핵심 연구인력 인센티브 및 연구노트 관리기준’을 제정하고, 2013.6월 경 한국산업기술평가관리원에 ‘직무발명보상계획서’를 제출하여 국고보조금도 수취하였으나 직원들에게 지급한 직무발명보상금은 단 한 건도 없다고 주장하면서 청구법인의 ‘핵심 연구인력 인센티브 및 연구노트 관리기준’, 한국산업기술평가관리원에 제출한 ‘핵심 연구인력 인센티브 후지급계획’ 및 ‘직무발명 보상 계획서’를 제출하였다. <그림> (생략) 마) 주식양수도계약서상 쟁점 직무발명보상금에 대한 양도자의 책임조항 통지관서는 김AA과 ㈜CCC 간에 2018.3.30. 체결한 주식양수도계약서의 ‘양도인에 의한 진술 및 보증’ 부분에 쟁점 직무발명보상금 지급에 대한 세무상 리스크에 대한 부담은 양도자에게 있는 것으로 약정한 것은 양수도 계약시 양도자와 양수자 모두 쟁점 직무발명보상금 지급으로 인한 특허권 계상액에 문제점이 있다는 것을 인지하고 있었다는 반증이라고 주장하면서 주식양수도계약서상 ‘쟁점 직무발명보상금 지급에 대한 양도자의 책임조항’을 제출하였다. < 주식양수도계약서상 쟁점 직무발명보상금 지급에 대한 양도자 책임조항 발췌 > [별지1] 양도인에 의한 진술 및 보증

2. 대상 회사에 관한 사항

(10) 지적재산권 (iv) 대상 회사는 양도인의 직무 발명에 관한 대가 지급에 대한 세무상 리스크(세무 당국, 사법․행정기관 등으로부터 시가보다 높은 금액으로 직무 발명에 대한 대가를 지급하였다고 인정될 경우 “시가를 초과한 대가분”이 급여로 간주되었을 경우의 원천징수에 관련된 대상 회사의 세무상 리스크를 포함하되, 이에 한정되지 아니한다)를 부담하지 아니한다.

  • 라. 판단

1. 관련 법리 「특허법」 제33조 제1항 본문은 ‘발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다.’고 규정하고 있는데, 「특허법」 제2조 제1호 는 “발명”이란 ‘자연법칙을 이용하여 기술적 사상을 고도로 창작한 것을 말한다.’고 규정하고 있으므로, 「특허법」 제33조 제1항 본문에서 규정하고 있는 ‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금ㆍ설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원・위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시ㆍ부가ㆍ보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언ㆍ지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다고 할 것이다(대법원 2014.11.13. 선고 2011다77313, 77320 판결 등 참조). 2) 대표이사에게 지급한 쟁점 직무발명보상금을 손금부인한 세무조사결과 통지가 정당한지 여부에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 보건대, 청구법인이 제출한 증거들만으로는 김AA이 쟁점특허권의 실제 발명자라고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 김AA에게 지급한 쟁점 직무발명보상금은 「발명진흥법」 제15조 에 따른 정당한 직무발명보상금으로 보기 어렵다고 판단된다.

① 청구법인이 제출한 자료만으로는 김AA이 쟁점 특허권과 관련하여 구체적으로 어떤 연구개발 활동을 수행하였는지가 확인되지 않고, 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하였다고 인정할 만한 입증자료의 제시도 부족하다.

② 김AA의 이력서에 따르면 사회과학 계열인 경영학과를 졸업하고 1972년부터 1990년까지 FF 경리부 입사, FF 경리부장 재직 및 ㈜GGG 경리부장 재직한 것으로 나타나는바, 김AA은 연구개발 업무와는 직접 관련이 없는 대표자로서 관리업무를 수행하였다고 봄이 타당하다.

③ 청구법인의 기술연구부서는 2011년부터 2015년까지 연평균 12명의 전담연구원이 근무하면서 연구개발비로 0,000백만원을 지출하였으며, 청구법인이 QQ은행에 제출한 기술평가자료에는 쟁점 특허인 □□ 장치 특허 출원을 기술개발실적으로 기재하였는바, 청구법인이 전담연구원과 연구시설을 이용하여 다양한 구상과 수많은 실험 및 시행착오를 거쳐 쟁점 특허권을 발명하였다고 보는 것이 합리적이다.

④ 쟁점 특허권의 특성상 기술의 실현가능성․효율성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 및 실험에 따른 상당한 설비, 비용, 인원이 소요될 것이므로 이를 대표자 개인 혼자 모두 하였다고 보기 어렵다.

⑤ 청구법인은 실시보상금 산정시 고려해야 할 ‘사용자가 얻을 이익’을 고려한 사실이 확인되지 아니하고, 또한 발명자 보상율을 감정평가액의 80%로 산정한 것은 정당한 직무발명보상금으로 보기 어렵다.

⑥ 김AA과 ㈜CCC 간에 체결한 주식양수도계약서상 쟁점 직무발명보상금 지급에 대한 세무상 리스크에 대한 부담은 양도자(김AA)에게 있는 것으로 약정한 것은 양수자와 양도자 모두 쟁점 직무발명보상금 지급으로 인한 특허권 계상에 문제점이 있다는 것을 인지하고 있었다고 보인다. 나) 따라서, 통지관서가 김AA에게 지급한 쟁점 직무발명보상금을 손금부인한 이 건 세무조사결과 통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」 제81조의15 제5항 제1호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)