필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당한다고 보아 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법함

사 건 2024구합52247 부가가치세등부과처분취소 원 고 이aa 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 10. 16. 판 결 선 고

2025. 11. 13.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에 대하여,

1.

2016년 1기 부가가치세 xxx 원, 2016년 2기 부가가치세 xxx 원, 2018년 1기 부가가치세 xxx 원, 2018년 2기 부가가치세 xxx 원, 2019년 1기 부가가치세 xxx 원의 부과처분(이하 ‘2024. 1. 9.자 부과처분’), 2024. 5. 1. 한 2019년 제2기 부가가치세 xxx 원, 2020년 제1기 부가가치세 xxx 원의 부과처분(이하 ‘2024.

5. 1.자 부과처분’)을 각 취소한다.

• 가. 원 고는 자녀 bb 명의로 ○○시 □□구 △△대로 xxx, xxx 동 xxx 호 (▲▲동, ■■)에 ‘AA’(이하 ‘이 사건 사업장’)라는 상호로 사업자등록을 한 이 사건 사업장의 실사업자이다.
• 나. 2024.

1. 9.자 부과처분

1. 아래 표 기재와 같이 관할 조사청은 ‘이 사건 사업장이 매입처인 주식회사 BB, CC, DD 유한회사, EE(이하 주식회사 및 유한회사 생략)로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 각 부가가치세 과세기간의 매입세액에 산입하였다는 것’을 내용으로 하는 과세자료를 피고에게 각 통보하였다.

2. 이에 피고가 bb에게 2021. 9. 1.(과세기간 2018 년 1기, 2018년 2기, 2019년 1

• 기) 및 2021. 11. 1.(과세기간 2016년 1기, 2016년 2기) 각 부가가치세 부과처분(이하 합쳐 ‘종전 부과처분’)을 하였다.

3. bb이 종전 부과처분에 불복하여 심판청구(위 표 순번 1 내지 3 거래) 및 심사청구(위 표 순번 4 기재 거래, 이하 위 심판청구와 합쳐 ‘종전 심판청구 등’)한 결과, 이 사건 사업장의 실사업자가 원고 아닌 bb이라는 것에 상당한 의문이 있다는 취지의 심사청구 결정(결정일 2023. 10. 18.)과 조세심판원의 재조사결정(결정일 2023. 9. 19.)이 각각 있었다. 실사업자 외 위 재조사결정의 취지는 ‘위 표 순번 1 내지 3 거래와 관련한 금액이 실제 매출처에 지급되었는지 여부 및 매출처에 지급되었다면 지급된 금액 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액 경정 등을 하라’는 것이다.

4. 피고는 위 재조사결정에 따라 재조사를 거쳐(조사기간

10. 19.부터

2023. 11. 17.까지)

2023. 11. 21. 이 사건 사업장의 대표자를 원고로 경정하고, ‘위 표 순번 1 내지 3 거래 관련 매출은 정상매출로 확인되나 정상적인 사업자로부터 수취한 세금계산서가 아닌 사실과 다른 세금계산서’라는 내용의 심판청구 재조사결정에 따른 처분결과 통지 및 과세예고 통지를 하였다.

5. 그후 피고는 2024. 1. 9. 원고에게 2016년 1기 부가가치세 xxx 원(가산세 포함), 2016년 2기 부가가치세 xxx원(가산세 포함), 2018년 1기 부가가치세 xxx원(가산세 포함), 2018년 2기 부가가치세 xxx 원(가산세 포함), 2019년 1기 부가가치세 xxx 원(가산세 포함)을 부과하였다.

• 다. 2024.

5. 1.자 부과처분 피고는 아래 표 기재와 같이 ‘주식회사 FF, GG 주식회사(이하 주식회사 생략, BB, CC, DD, EE과 합쳐 ’이 사건 매입처‘라 함)로부터 사실과 다른 세금계산서{(이하 위 나.의 1)항 기재 세금계산서와 합쳐 ’이 사 건 세금계산서‘라 함}를 수취하여 각 부가가치세 과세기간의 매입세액에 산입하였다는 것’을 내용으로 하는 과세자료를 관할 조사청으로부터 각 통보받고, 2024. 5. 1. 원고에게 2019년 2기 부가가치세 xxx원(가산세 포함), 2020년 1기 부가가치세 xxx원 (가산세 포함)을 부과하였다(이하 2024. 1. 9.자 부과처분과

5. 1.자 부과처분을 합쳐 ‘이 사건 부과처분’이라 함). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4, 15 내지 20, 34, 35호증, 을 1 내지 10, 25 내지 28호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 세금계산서는 실물거래에 기초한 적법한 것으로서 사실과 다른 세금계산서가 아니다.
• 나. 본안전항변에 관한

피고는, 원고가 bb의 납세관리인으로서 다툰 종전 심판청구 등을 2024. 1. 9.자 부과처분과 관련한 전심절차에 해당한다고 보기 어려우므로 이 부분 취소청구 부분은 전치요건을 갖추지 못하였다는 취지로 항변하나, 국세기본법 제56조 제2항 단서에서 “심사청구 또는 심판청구에 대한 제65조제1항제3호 단서(제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다)의 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대한 행정소송은 그러하지 아니하다”고 명시하고 있을 뿐만 아니라, 종전 심판청구 등에서도 ‘이 사건 세금계산서가 실물거래에 기초한 적법한 것인지’ 여부가 심리된 점 등을 고려할 때, 2024. 1. 9.자 부과처분에 대하여 따로 전심절차를 거치지 아니하였더라도 행정소송으로 다툴 수 있다고 보아야 한다. 피고의 본안전항변은 받아들이지 않는다.

• 다. 본안에 관한

1. 구 부가가치세법(2020. 12. 22. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가 가치세법’이라 함) 제39조 제1항은 “발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또 는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”라고 규정하고, 제32조 제1항 제1호는 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’을 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로 규정하고 있으므로 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우에 있어서의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 한편, 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 의한 매입세액공제를 제한하는 취지는 부가가치세법 제38조 에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계 사업자가 거래 징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 것으로서, 세금계산서의 다른 기재 사항으로 보아 거래사실이 진정한 것으로 확인되는 등의 특별한 사정이 없는 경우, 거래에 대한 매입세액이 공제될 수 없다(대법원 2009. 6. 25. 선고 2007두15469 판결, 대법원

2.

2014두35706 판결 등의 취지 참조).

2. 위 증거들, 을 11 내지 23, 29, 30호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들을 고려할 때, 원고가 제출하는 증거와 사유만으로 이 사건 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실이 진정한 것으로 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 이 사건 세금계산서가 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당한다고 보아 한 이 사건 부과처분은 적법하다.

• 가) 이 사건 매입처는 각 세무조사에 대하여 불복을 제기한 바 없어 자료상으로 확정되었고, 각 관할 조사청은 이 사건 매입처가 실물거래 없이 거짓 세금계산서를 발 급 및 수취한 것에 대하여 각 대표자를 고발(대표자 사망으로 EE에 대한 고발 제외)하였다.
• 나) 이 사건 매입처의 또 다른 매출처인 주식회사 HH(이하 ‘HH’)은 II, 주식회사 JJ, 주식회사 KK 등 자료상으로 확정된 업체들과 동일한 PC를 사용하여 세금계산서를 발급하였는데, 이 사건 사업장의 전자세금계산서 발급 IP를 확인한 결과 HH과 발급 IP주소, 맥 주소, CPU 고유번호가 동일하다. HH과 그 대표자는 허위세금계산서교부등의 범죄사실로 유죄판결을 받아 그 판결이 확정되었다(●●지방법원

○○지원 2023고합215, ■■고등법원 2024노2002).

• 다) BB의 금융거래내역에 의하면 대금 지급 후 2분 뒤에 바로 LL 주식회사의 140007 계좌로 출금되는 것을 확인할 수 있는데 LL 주식회사는 BB와 동일한 IP로 전자세금계산서를 발급한 업체로, ◆◆세무서에서 세무조사한 결과 2018년 1기 거래에 대한 세금계산서를 전액 가공으로 확정한 바 있다.
• 라) CC는 건축자재 도소매업종으로 사업자 등록하였던 업체로, 범칙혐의자 심문 당시 건축자재를 매입해서 판매하는 회사라고 진술한 바 있으나 세금계산서상 확인된 거래품목은 전자부품(콘트롤 등)으로 거래품목이 상이하다{원고는 cc(CC)에 대한 불기소결정서의 일부(갑 34호증 4쪽)만을 제출하였으나, 피의사실 중 이 사건 사업장 관련 부분은 기소되어 유죄판결을 받은 것으로 보인다}.
• 마) DD의 사업개시일 이후 농수산물 도소매업이나 컴퓨터 주변기기 도소매업 등을 영위하는 업체들로부터 매입세금계산서를 수취하였을 뿐인데, 이 사건 사업장에 발급한 세금계산서는 전기자재 등의 품목으로 매입과 매출 품목이 상이하다. CC와 전자세금계산서 발급 IP주소, Mac주소, CPU 고유번호가 동일하다.
• 바) 이 사건 사업장은 EE로부터 2016 사업연도동안 ‘건조대자재, 전자 단자’의 품목 재화를 공급받고 매입세금계산서를 수취한 것으로 신고하였으나 EE은 이 사건 사업장에 공급할 재고자산 및 매입내역이 없다. 이 사건 사업장으로부터 대금이 입금되면 당일 EE의 가공매입처로 확정된 주식회사 KK 명의 계좌로 송금되었다. 또한 HH의 대표이사 dd은 2015사업연도부터 EE의 주주로 등재되어 있다.
• 사) FF의 모든 매입처인 GG 외 2개 업체는 FF와 사업장, 대표자 등이 전혀 다름에도 불구하고 전자세금계산서 발행 IP주소, 랜카드고유번호, CPU고유번호 등이 일치하는 경우가 다수 확인되었고, 정상적인 사업 운영 시 발생되는 통신비, 소모품비, 임차료 등의 매입내역이 없으며, 매출대금이 입금되면 전액 현금으로 출금되거나, 매입처에 지급한 대금과 세금계산서 매입액 등이 불일치하였다. GG의 사업장은 비상주 사무실인 공유오피스로 하나의 사무실에 호수만 달리하여 여러 사업자가 존재하는 것으로 그 실체가 없다.

원고의 이 사건 청구는

없으므로 모두 기각한다.