이 사건 거래는 허위거래가 아님

판 결 사 건 2025구합66 부가가치세부과처분취소 원 고 진ㅇㅇ 피 고 ㅇㅇㅇ세무서장 판 결 선 고 2025. 12. 18.

1. 피고가 2024. 5. 16. 원고에게 한 2015년 2기 부가가치세 155,629,500원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2015. 9. 21. 상호 ‘BB산업’으로 개업하여 건축자재(철강재) 도소매업을 영위하다 2020. 6. 1. 폐업하였는데, 2015년 2기, 2016년 1기 부가가치세를 신고·납부할 때, 아래와 같이 주식회사 CC기업(2016. 2. 26. 상호를 주식회사 ▲▲▲로 변경하였다. 이하 ‘▲▲▲’라고만 함)으로부터 받은 매입세금계산서상의 공급가액을 매입세액으로 공제하였다(그중 2015년 2기 매입거래를 이하 ‘이 사건 거래’라 함).
• 나. ① AA세무서장은 2019. 8. 20. ▲▲▲에 대한 부가가치세 세목별조사를 착수하고, 2019. 11. 5. 조세범칙조사로 전환하여 2019. 11. 20.까지 세무조사를 실시한 후, 피고에게 위장·가공매입에 관한 과세자료를 통보하였다. ② 위와 같은 과세자료를 통보받은 피고는, 원고가 2016년 1기에 ▲▲▲로부터 받은 매입세금계산서는 가공매입에 해당하여 매입세액에서 공제되어야 하고 필요경비에 산입되어서는 안 된다고 보아 2020. 12. 1. 원고에게 2016년 1기 부가가치세 및 종합소득세를 경정·고지하였다 (이하 ‘종전 처분’). ③ 원고는 위 부가가치세 및 종합소득세를 모두 납부하였다.
• 다. 피고는 종전 처분일로부터 3년이 경과한 2024. 5. 16. 아래와 같은 사유로 원고에게 2015년 2기 부가가치세 155,629,500원(가산세 90,478,481원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’) [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 거래는 실재하므로 그 매입세금계산서는 허위ㆍ가공의 세금계산서 아니다.그렇지 않더라도 ▲▲▲와 원고가 이 사건 거래에 대하여 정상적으로 부가가치세를 신고·납부하였음에도 피고가 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 판 단 1) 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 는 부가가치세 과세대상으로서 ‘재화의 공급’을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.”라고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 에 규정된 ‘인도 또는 양도’는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고, 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하고(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결, 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조). 그러나 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지 비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

2. 위 증거들과 갑 4 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사실 또는 사정들을 종합하면, 피고가 주장하는 여러 사정들을 고려하더라도 이 사건 거래에 관한 매입세금계산서가 실물 거래 없이 허위로 작성되었음이 증명되었다고 인정하기 어렵고, 상당한 정도로 증명되었다고 보기도 어렵다.

• 가) 이 사건 거래에 따른 거래대금 즉, 원고가 ▲▲▲로부터 매입한 물품에 대한 대금이 아래와 같이 실제로 수수된 것으로 볼 수 있다.
• 나) 원고의 2015년 2기 매출내역은 아래와 같고, 피고는 위 매출거래를 정상거래로 보았으므로, 경정 후 부가가치율(매출가액/매입가액×100)은 335%에 이른다(갑 3호증 15쪽). 그렇다면 위와 같은 이례적인 부가가치율을 설명할 만한 근거가 없는 이사건에서, 2015년 2기에 매도되거나 보유하는 물품은 원고의 주장처럼 이 사건 거래를 통해 실제 구매한 것이라고 보지 않을 수 없고, 발주 및 출하현황표(갑 4호증), 문자내역표(갑 6호증) 등이 이를 뒷받침하고 있다.
• 다) 피고는 아래와 같은 표를 제시하면서, ▲▲▲가 철강을 ㈜□□□, ㈜DD철강에서 매입하여 이를 다시 ㈜□□□, ㈜DD철강, 원고로 판매하는 등 회전거래를 하였다는 취지의 주장을 한다. 그러나 위 표는 ▲▲▲의 2015년 1기부터 2016년 1기까지의 매출·매입 개요로서(갑 2호증 5쪽, 갑 3호증 22쪽) 거래순서와 과세기간을 구분하지 않은 것일 뿐만 아니라 2), ① AA세무서장의 조세범칙조사 결과 이 사건 거래와 관련한 고발 및 기소 등이 이루어졌다고 볼 자료가 없는 점, ② ▲▲▲의 실질적 대표 김EE은 관련사건(대전지방법원 서산지원 2016가단5780) 증언에서도 이미 ‘㈜□□□, ㈜DD철강 으로부터 물품을 외상매입하였다. 원채무는 2016. 7. 12.자 이행각서상 변제하기로 한 4억 원이다’는 취지의 증언을 한 적이 있고(갑 3호증 21-22쪽), ‘㈜□□□에 인적·물적 담보를 제공하고 외상거래를 하였다. 자금난으로 ㈜□□□에 대금 지급이 늦어지자 ㈜□□□ 측에서 제품을 공급해 줄 수 없다고 하여 ㈜DD철강과 거래를 하게 되었다’는 취지의 사실확인서(갑 9호증)도 제출하였던 점, ③ 이 사건 거래에 따른 대금이 지급된 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 2016년 1기 매입거래는 별론으로 하고(원고도 종전 처분에는 불복하지 않았다), 위와 같은 사정만으로 이 사건 거래를 허위 거래라고 단정하거나 허위 거래라고 의심할 수 있을 만큼 상당한 정도로 증명이 되었다고 볼 수는 없다.

3. 이 사건 처분은 그 처분사유를 인정하기 어려워 위법하다.

원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.