대법원 판례 부가가치세

재화의 공급 없이 수수한 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 적법함

사건번호 인천지방법원-2025-구합-50696 선고일 2025.11.28

이 사건 해사공급계약과 관련하여 수수한 이 사건 세금계산서는 재화의 공급 없이 수수한 가공세금계산서에 해당한다는 점이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 증명되었다고 보아야 함

사 건 2025구합50696 부가가치세부과처분취소 원 고 A주식회사 외 1 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 10. 31. 판 결 선 고

2025. 11. 28.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 4. 9. 원고 A주식회사에 대하여 한 2021년 1기분 부가가치세 28,058,310원, 2021년 2기분 부가가치세 83,095,200원, 2022년 1기분 부가가치세 101,802,580원, 2022년 2기분 부가가치세 311,784,440원의 각 부과처분 및 원고 주식회사 B에 대하여 한 2021년 1기분 부가가치세 29,384,910원, 2021년 2기분 부가가치세 86,848,780원, 2022년 1기분 부가가치세 54,166,500원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위
  • 가. 원고 A 주식회사(이하 ‘원고 A’이라 한다)는 2009. 7. 15. 육상 골재 판매 및 골재 운송업을 영위하기 위하여 김aa이 100% 출자하여 설립한 회사이고, 원고 주식회사 B(이하 ‘원고 B’라 한다)은 1988. 10. 1. 해사 채취 및 판매업을 영위하기 위하여 설립된 회사로, 김aa이 2021. 1. 25. 그가 100% 지배하는 법인인 주식회사 C을 통해 주식회사 E 등으로부터 원고 B의 지분 100%를 인수하였다. D은 2006. 4. 14. 골재 판매업을 영위하기 위하여 김aa이 개업한 개인사업체이고, H주식회사(변경전 상호: E 주식회사, 이하 ‘H’라 한다)는 2013. 10. 2. F그룹의 계열사로 골재 판매를 목적으로 설립된 회사다(이하 원고들, D, H를 통틀어 ‘이 사건 거래당사자들’이라 한다).
  • 나. 원고들과 H는 2021. 4.경 3자간 해사 공급계약(이하 ‘이 사건 해사공급계약’이라 한다)을 체결하였고, 원고 A과 H는 2021. 4.경 골재공급계약(이하 ‘이 사건 골재공급계약’이라 한다)을 별도로 체결하였으며, 위 각 계약의 주요내용은 아래와 같다. 이 사건 해사 공급계약서 제2조(골재의 공급)

1. 골재의 규격 공급량은 아래와 같다. 산지 품명 수량 비고

○○○, □□□□ 세척사 20만㎡ 계약기간 內

2. 계약기간 중 원고 B은 H로 납품하고, H는 원고 A에 전량 납품함에 있어 원고 A로부터 사전에 통지받은 필요 물량을 원고 B과 H는 계약물량에 한하여 지체없이 우선 공급하여야 한다. 제3조(공급단가 및 단가 조정등)

1. 본 계약 3자간의 공급단가는 공급당시의 시장단가에 할인금액(500원/㎥)을 적용하여 공급한다. 제4조(계약기간)

1. 계약기간은 2021년 5월 1일부터 2022년 4월 30일까지로(총12개월) 한다. 제5조(보증금 및 담보)

1. 제3자간 거래의 담보는 다음과 같이 한다.

  • 가) 원고 B은 원고 A로부터 지급받은 선수금을 담보로 물량을 H에 공급한다.
  • 나) H는 원고 B의 납품대금을 담보로 물량을 원고 A에 공급한다. 제7조(품질)

1. 원고 B은 국가공인기관의 골재품질시험성적서 또는 H, 원고 A이 지정하는 품질관리 업체가 시행한 품질시험 합격서를 비치하여야 하며, H, 원고 A의 요청이 있을 경우에는 이를 즉시 H, 원고 A에게 제출하여야 한다.

2. 원고 B은 한국공업규격 중 제조용 골재규격(KS) 및 H, 원고 A의 거래처가 정한 품질 기준을 상회하는 품질의 골재를 H, 원고 A에게 공급하여야 한다. 만일 원고 B이 공급한 골재 중 일부라도 이를 충족하지 못할 경우에는 H, 원고 A은 원고 B이 공급한 골재 전부의 인도를 거부할 수 있다.

3. H, 원고 A은 골재의 품질 및 상차 불량 등이 발견될 경우에는 이에 대한 시정을 요청할 수 있고 원고 B은 이에 즉시 응하여야 한다.

4. H, 원고 A과 원고 B은 골재의 품질향상을 위하여 정보교환 등 상호 지속적으로 노력한다. 이 사건 골재 공급계약서 제1조(목적) 이 계약은 원고 A이 생산하는 골재를 H에게 공급하고 H가 원고 A에게 그 대가를 지급함에 있어 상호간 권리의무를 규정함을 그 목적으로 한다. 제2조(골재의 공급)

1. 골재의 규격, 공급량은 아래와 같다. 산지 품명 수량 비고 D 인천(◇◇동) D 인천(△동) 골재(자갈, 모래) 20만㎡ 계약기간 內

2. 골재의 공급은 상차도 기준이며, 원고 A은 H에 대한 안정적인 골재공급을 위해 골재 생산 및 상차에 대한 책임과 의무를 다하고, 안정적인 골재 공급에 만전을 기하여야 한다. 제3조(공급단가 및 단가조정 등)

1. 본 계약의 공급단가는 공급당시의 시장단가에 할인금액(500원/㎥)을 적용하여 공급한다. 제4조(계약기간)

1. 계약기간은 2021년 5월 1일부터 2022년 4월 30일까지로(총12개월) 한다. 제5조(보증금 및 담보)

1. H는 원고 A에게 보증금으로 금삼십억원(₩3,000,000,000)을 이행(보증금)보증보험증권 수령 후 현금으로 지급한다.

2. 원고 A은 보증금 상환 또는 반환을 담보하기 위하여 이행(보증금)보증보험증권(서울보증보험주식회사 발행)을 H에게 제출한다. 이 경우 제반비용은 원고 A이 부담한다. 제7조(보증금의 상환 및 반환)

1. 원고 A은 계약의 해지 또는 해제 기타 사유로 이 계약이 종료되는 경우 그 즉시 제5조의 보증금을 현금으로 반환 및 상환하여야 한다.

2. 원고 A은 H로부터 지급받은 보증금을 H에게 2021년 5월말부터 매월 일정금액을 분할상환하여야 하며 월 상환금액은 최소 금이억오천만원(₩250,000,000)으로 한다.

3. H는 원고 A에게 지급할 골재대금에서 보증금 상환액을 상계처리 할 수 있으며, 이 경우 원고 A은 골재대금이 해당 월 보증금 상환액에 미달할 경우 그 부족분을 해당 월 말일까지 H에게 현금으로 상환하여야 한다.

  • 다. 이 사건 거래당사자들은 2021년 제1기부터 2022년 제2기까지의 과세기간 동안 이 사건 해사공급계약 등과 관련하여 해사(바닷모래, 세척사)나 골재에 대한 매출·매입거래(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)를 하면서, ① 원고 B은 H에 총 20건, 총공급가액 5,212,460,000원 및 D에 총 4건, 총공급가액 710,710,000원의 세금계산서를, ② H는 원고 A에 총 20건, 총공급가액 5,341,860,000원및 원고 B에 총 4건 총공급가액 738,400,000원의 세금계산서를, ③ 원고 A은 원고 B에 총 13건, 총공급가액 3,003,660,000원의 세금계산서(이하 위 세금계산서들을 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 별지1 기재 표와 같이 각 발행하였다.
  • 라. 원고들은 이 사건 세금계산서를 포함하여 2021년 제1기부터 2022년 제2기까지 과세기간에 대한 부가가치세를 신고·납부하였다.
  • 마. 서울지방국세청장은 2023. 12. 20.부터 2024. 2. 12.까지 원고들에 대하여 2021년 제1기 내지 2022년 제2기의 부가가치세에 대한 부분조사를 실시한 결과, 이 사건 거래당사자들간 해사 및 자갈 공급계약과 관련하여 수수한 이 사건 세금계산서는 ‘재화의 공급 없이 수수한 가공세금계산서에 해당한다’고 보고, 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다.
  • 바. 피고는 2024. 4. 9. 이 사건 세금계산서 중 원고들이 수취한 세금계산서의 공급가액을 부가가치세 과세표준 및 매입세액에서 각 감액하고, 세금계산서 불성실 가산세를 반영하여, ① 원고 A에 대하여 2021년 1기 부가가치세 28,058,310원(가산세포함), 2021년 2기 부가가치세 83,095,200원(가산세 포함), 2022년 1기 부가가치세 101,802,580원(가산세 포함), 2022년 2기 부가가치세 311,784,440원(가산세 포함)을 경정·고지하였고(이하 ‘이 사건 제1 처분’이라 한다), ② 원고 B에 대하여 2021년 1기 부가가치세 29,384,910원(가산세 포함), 2021년 2기 부가가치세 86,848,790원(가산세 포함), 2022년 1기 부가가치세 54,166,500원(가산세 포함)을 경정·고지하였으며(이하 ‘이 사건 제2처분’이라 하며, 이 사건 제1 처분과 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다), 2022년 2기 부가가치세 97,076,400원을 환급 결정하였다(아래 표 참조). 원고 귀속 증감세액 고지세액 청구 대상 비고 본세 가산세액 합계 원고 A

2021. 제1기 -82 28,058,310 28,058,310

○ 을 제4호증 1 내지 4

2021. 제2기 0 83,095,200 83,095,200

○ 2022. 제1기 25,181,988 76,620,600 101,802,580

○ 2022. 제2기 208,637,988 103,146,454 311,784,440

○ 합계 233,819,894 290,920,564 524,740,530 원고 B

2021. 제1기 1,298,960 28,085,951 29,384,910

○ 을 제5호증 1 내지 4

2021. 제2기 3,846,998 83,001,792 86,848,790

○ 2022. 제1기 -212,850,000 75,451,500 54,166,500

○ 2022. 제2기 -201,972,000 104,895,600 -97,076,400 합계 -409,676,042 291,434,843 73,323,800

  • 사. 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 2024. 12. 18. 국세청장에게 심사청구를하였으나, 국세청장은 2025. 3. 5. 위 심사청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2, 4, 5, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함하며, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

3. 원고들의 주장

아래와 같은 이유로, 이 사건 거래는 이 사건 거래당사자들이 그 당시 처한 상황을 종합적으로 고려하여 합리적인 경제적 목적 하에 선택하여 이루어진 적법한 거래에 해당한다고 보아야 하는바, 이 사건 거래가 가공거래에 해당한다는 전제에서 내려진 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

  • 가. 이 사건 해사공급계약은 H의 영업력으로 원고 A의 판매처를 확대하여 상호 이익을 창출하기 위한 합리적 방안을 위해 체결한 것이며, 이 사건 해사공거래에 있어 선급금 30억 원은 거래 당사자들이 최소한의 거래 물량으로 하고자 하는 계약의 결과일 뿐이다.
  • 나. 2021년 5월부터 2022년 5월까지 H의 영업으로도 원고 A이 신규판매처에 해사를 판매할 수 없자, 재고부담으로 인해 H로부터 매입한 해사를 전부 원고 B에 판매할 수밖에 없는 상황이었으나, 2022년 6월부터 원고 A은 H로부터 매입한 해사 중 일부를 제3의 판매처에 판매하기도 하였으므로 이는 정상적인 거래이다.
  • 다. 이 사건 거래에서 해사의 물리적 이동이 없었다고 하더라도 당사자들간 거래대금이 오고 간 이상 점유의 방식으로 물건이 이동된 것으로 보아야 한다.
4. 판단
  • 가. 관련 법리 1) 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 는 부가가치세 과세대상으로서 ‘재화의 공급’을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.”고 규정하고 있다. 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정의‘인도 또는 양도’는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고, 재화를 사용·소비할 수있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하나, 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 참조).

2. 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있다. 따라서 납세의무자가 신고한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있으므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이나, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

  • 나. 인정사실 아래와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 을 제6 내지 9, 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

1. 2021년 초경 단가가 높은 해사에 대한 수요가 감소하고, 해사채취를 위한 공유수면점·사용료가 올라서 원고 B을 포함한 해사를 채취 및 판매하는 업체들은 대체로 경영상 어려움을 겪고 있었으며, 원고 B은 공유수면점·사용료를 납부하기 위한 자금이 필요한 상황이었다.

2. 이 사건 거래에 있어서 H가 선급금 30억 원을 원고 B에게 지급해야 하나, 원고 B이 이행보증보험증권을 발급할 수 없었기에, 원고 A과 H가 이 사건 골재공급계약을 체결함으로써 원고 A이 원고 B을 대신하여 H에게 이행보증보험증권을 발급해주고 H로부터 선급금 30억 원을 지급받았으며, 이 사건 골재공급계약이 실제로 원고 A이 H에게 골재를 공급하기 위하여 체결된 계약은 아니다.

3. 이 사건 해사공급계약에 따라, 원고 B은 2021년 5월부터 2022년 12월까지 매월 H에 해사 공급 관련 매출세금계산서를 발행하였고, H는 같은 날, 동일물량에 대해 공급단가에 500원/㎥을 더하여 원고 A에 해사 공급 관련 매출세금계산서를 발행하였다.

4. 원고 A은 2021년 5월부터 2022년 5월까지 H로부터 수취한 매입세금계산서와 동일한 날짜, 물량, 공급단가(18,000원/㎥)로 원고 B에 매월 매출세금계산서를 발행하였으며, 이와 관련하여 원고들 사이에 체결된 계약은 없다.

  • 다. 구체적 판단 앞서 든 증거, 을 제7 내지 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알수 있는 다음과 같은 사실 혹은 사정들을 종합해 보면, 원고들이 이 사건 해사공급계약과 관련하여 수수한 이 사건 세금계산서는 재화의 공급 없이 수수한 가공세금계산서에 해당한다는 점이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 증명되었다고 할 것이고, 원고들이 들고 있는 사정이나 그 제출의 증거들만으로 위 인정을 뒤집기에는 부족하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 위 주장은 이유 없다.

1. 이 사건 거래에 있어서 거래대상인 해사의 실물 이동이 전혀 없었다.

2. 이 사건 해사공급계약에서 공급대상인 해사의 수량을 200,000㎥으로 정하고 있고(제2조), 해사의 품질 기준이 일정 수준에 미치지 못하면 H, 원고 A은 원고 B이 공급한 해사 전부의 인도를 거부할 수 있다고 정하고 있는바(제7조), 이 사건 해사공급계약에 있어서 거래대상인 해사의 수량과 품질이 가장 중요한 것이었음에도, 이 사건 거래당사자들은 각 거래 과정에서 거래대상인 해사의 수량과 품질을 검수하지 않았던 것으로 보인다(을 제10호증의2 최bb 심문조서 7, 19면).

3. H는 이 사건 해사공급계약에서 정한 해사 공급량 200,000㎥에 미치지 못하는 154,880㎥에 해당하는 세금계산서만 수취하였음에도, 원고 A에게 지급된 선급금 30억 원이 원고 A로부터 지급받은 해사 납품대금을 통해 모두 상환되었다는 이유로 이 사건 해사공급계약을 종료하였는바(을 제10호증의2 최bb 심문조서 19면), H가 이 사건 해사공급계약을 체결한 목적은 해사 공급이 아닌 이사건 골재공급계약에 따라 원고 A에 지급한 선급금 30억 원을 상환받는 것에 있었다고 볼 수 있다.

4. 이 사건 해사공급계약은 원고 B이 H에게 판매한 해사 전부를 원고 A이 500원/㎥ 더 비싸게 매수하는 구조로, 이러한 구조하에서는 H만이 이익을 보게 되고 원고 A은 매수한 해사에 대한 위험을 전부 떠안게 된다. 더구나, 원고 A은 주로 육상 골재 판매 및 골재 운송업을 영위하는 회사로 해사를 판매할 만한 거래처가 있었던 것으로 보이지 않고, 2021년 당시는 해사에 대한 수요도 크게 줄었던 상황이었다는 점을 고려하면, 원고들로서는 H로부터 선급금 30억 원을 지급받아 자금난을 타파하기 위한 목적 외에는 이 사건 해사공급계약을 체결할 유인이 없었다고 봄이 상당하다. 이에 대하여 원고들은 H가 원고 A에게 새로운 판매처를 확대해주기로 하였기 때문에 H에게 해사 1㎥당 500원의 이익을 주고 H를 통해서 거래하였다는 취지로 주장하나, H 측 임직원들은 일관되게 원고 A에게 새로운 판매처를 확보해준 사실이 없다고 진술하고 있는바(을 제10호증의1 정cc 심문조서 7, 8면, 을 제10호증의2 최bb 심문조서 23면), 원고들의 위 주장은 받아들이지 않는다.

5. 매입처로부터 공급받은 재화를 매출처에게 다시 공급하는 연속적인 거래에 있어서 재화를 공급받은 매입처에게 먼저 거래대금을 지급한 이후 재화를 공급한 공급처에게 거래대금을 지급받는 것이 통상적이라고 할 것인데, 이례적으로 H는 이 사건 해사공급계약과 관련하여 매번 매출처인 원고 A로부터 해사 공급대금을 먼저 지급받고, H의 마진 500원/㎥을 차감한 금액을 공급처인 원고 B에게 지급하였다. 이와 같은 거래구조는 H가 원고 B에 해사 매입대금을 먼저 지급하였다가 원고 A로부터 해사 매출대금을 수취하지 못할 경우 발생할 위험을 제거하여 500원/㎥의 수익을 확실하게 확보하도록 하기 위한 것으로, 이 역시 이 사건 거래가 해사공급거래가 아닌 사실상 자금거래에 해당한다는 사실을 보여주는 사정이라고 할 것이다.

6. 심지어, 원고 A이 2021년 5월부터 2022년 5월까지 H로부터 수취한 매입세금계산서와 동일한 날짜, 물량, 공급단가(18,000원/㎥)로 원고 B에 매월 매출세금계산서를 발행하였는데, 이는 전형적인 가공거래의 유형인 자전거래 내지 순환거래에 해당한다.

7. 원고 A이 자전거래의 문제를 회피하기 위해서 2022년 6월 이후에는 H로부터 수취한 세금계산서상의 해사를 원고 B이 아닌 제3자에게 판매한 것으로 보이나, 2022년 6월 이후의 거래에 있어서도 이 사건 거래당사자들 사이에서는 해사의 실물 이동 없이 세금계산서만 수수되었으며, 거래되는 해사의 양과 품질에 대한 확인이 이루어지지 않은 점, 원고 A과 원고 B은 하나의 회사인것처럼 운영하면서 골재, 해사를 공급할 때 세금계산서에 공급자를 거래처와 협의하여 임의로 정하였던 것으로 보이므로(을 제11호증의3 동dd 문답서 3면), 원고 A이 H로부터 수취한 세금계산서상의 해사를 실제로는 원고 B이 거래처에 판매하면서도 세금계산서상으로만 공급자를 원고 A로 기재하였을 가능성이 상당한 점 등을 고려하면, 2022년 6월 이후에 이루어진 거래 역시 가공거래에 해당한다고 인정할 수 있다.

5. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판결내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)