국세기본법 제26조의2 제6항 제1의2호에 따른 특례부과제척기간 적용대상임

사 건 2025구합50516 종합소득세부과처분취소 원 고 홍AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 5. 판 결 선 고

2025. 9. 19.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 6. 9. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 종합소득세 102,529,290원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 주식회사 BB개발(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)은 2002. 6. 3. 설립되어 부동산분양업, 건설업 등을 영위하다가 2021. 12. 1. 해산간주된 후 2024. 12. 2. 청산종결 간주된 회사로서 인천 ○○ ○○ 505-8 대 283.9㎡ 토지 지상에 공동주택(‘CC’)를 신축하는 소규모재건축사업 { 시행자는 DD(주택재개발조합)이며 이하 ‘이 사건 사업’이라 한다}의 시공사 겸 시행대행사이고, 원고는 2015. 8. 25.부터 2016. 1. 27.까지 이 사건 회사의 법인등기부상 사내이사로 등기되어 있던 사람이다.
• 나. 이 사건 사업에 따라 신축된 인천 ○○ ○○ 505-8 CC 601호 및 801호(통칭하여 이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)에 관하여, 2015. 3. 23. 위 주택재개발조합의 조합원인 유○○ 등 9명 명의의 각 소유권보존등기가 마쳐진 후, 2015. 4. 29. 원고 명의로 각 소유권이전등기(등기원인: 2015. 2. 6. 매매)가 마쳐졌다.
• 다. ○○세무서장은 2021. 1. 28.부터 2021. 2. 26.까지 이 사건 회사에 대한 법인세 부분조사를 실시하였는데, 이 사건 회사가 이 사건 사업에 대한 공사대금을 이 사건 사업으로 신축된 주택으로 대물변제 받았음에도 매출신고를 누락하였고, 대물변제 받은 주택을 주주인 원고 등에게 이전하였다고 보아 원고가 취득한 주택의 가액(340,000,000원)을 이 사건 회사의 익금에 산입한 뒤 2021. 3. 2. 위 가액을 원고에 대한 2016년도 귀속 배당으로 소득처분하는 내용의 세무조사 결과를 □□세무서장에게 통보하였다.
• 라. 이에 따라 □□세무서장은 2021. 11. 1. 원고에게 2016년도 귀속 종합소득세 102,529,298원(가산세 포함)을 경정․고지(이하 ‘이 사건 선행처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고는 이 사건 선행처분에 불복하여 2022. 5. 25. 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2022. 7. 20. 원고가 이 사건 회사의 주주가 아닌 직원임에도 원고에 대하여 배당으로 소득처분을 한 것은 부당함을 이유로 이 사건 선행처분을 취소하는 결정을 하였으며, 위 결정은 그대로 확정되었다.
• 바. 이에 따라 ○○세무서장은 2022. 9. 8. 이 사건 주택의 가액을 원고에 대한 2015년도 귀속 상여로 소득처분하였고, 피고는 2023. 6. 9. 원고에게 2015년도 귀속 종합소득세 128,030,861원(가산세 포함)을 경정․고지(이하 ‘이 사건 원처분’이라 한다)하였다.
• 사. 원고는 이 사건 원처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2023. 11. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2024. 12. 5. 이 사건 원처분에 따라 경정․고지된 세액 중 이 사건 선행처분에 따라 경정․고지된 세액을 초과하는 부분은 국세기본법 제79조 의 불고불리 및 불이익변경금지 원칙에 위반됨을 이유로 이 사건 원처분에 따라 경정․고지된 세액을 102,529,290원으로 경정하는 결정(이 사건 원처분 중 이와 같이 감액되고 남은 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 6호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 이 법원에 현저한 사실, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 처분은 이 사건 선행처분과 과세기간이 다르므로 이 사건 처분에 대하여 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 또는 제1호의2에 따른 제척기간이 적용되지 않고, 종합소득세의 부과제척기간은 5년이므로 원고에 대한 2015년도 귀속 종합소득세의 부과제척기간 만료일은 2021. 5. 31.인데, 이 사건 선행처분 및 이 사건 처분은 위 부과제척기간을 경과한 시점에 이루어졌으므로 무효이다.
• 나. 이 사건 회사는 이 사건 사업에 대한 미지급 공사대금의 대물변제로 이 사건 사업에 따라 신축된 7세대의 주택을 시행자인 DD(주택재개발조합)로부터 이전받았고, 원고는 이 사건 회사로부터 이 사건 주택을 적법하게 할인분양 받아 분양대금도 완납하였으므로, 이 사건은 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 의 ‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우’에 해당하지 않으며, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

별지 기재와 같다.

• 가. 부과제척기간 관련 주장에 대한 판단

1. 관련 규정 및 법리 가) 국세기본법 제26조의2 제6항 제1의2호에 의하면 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구, 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우 지방국세청장 또는 세무서장은 위 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다(한편 원고가 소장에서 인용한 대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결 등은 ‘기간과세에 있어서 특정 과세기간에 관한 국세 부과처분에 대하여 행정심판 또는 행정소송 등의 결정 또는 판결이 확정된 후 그 결정 또는 판결의 취지에 따른다는 명목으로 위 과세처분과 과세기간을 달리하는 기간에 대하여 새로운 과세처분을 하는 경우, 새로운 처분에 대하여 구 국세기본법 제26조의2 제2항 에서 정한 제척기간의 특례가 적용되지 않는다’고 판시하였으나, 2016. 12. 20. 법률 제14382호로 국세기본법 제26조의2 제2항 제1의2호가 신설된 후 여러 차례의 개정을 거친 결과 이 사건에 적용되는 국세기본법제26조의2 제2항 제1의2호는 위와 같이 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 것이라면 다른 과세기간에 대하여 새로운 과세처분을 하는 경우에도 제척기간의 특례가 적용된다고 규정하고 있다).

• 나) 종전의 과세처분이 위법하다는 이유로 이를 취소하는 판결이 선고·확정된 후 1년 내에 과세관청이 그 잘못을 바로 잡아 다시 과세처분을 한 경우에는 구 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항이 정한 제척기간의 적용이 없다(대법원 2002. 7. 23. 선고 2000두6237 판결 등 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 이 사건 선행처분은 국세청장의 심사청구 결정으로 취소되어 소멸하였으므로 이 사건 선행처분의 부과제척기간 도과 여부는 이 사건 처분의 위법 여부와 무관할 뿐더러, 이 사건 선행처분은 2016년도 귀속 종합소득세 부과처분이므로, 국세기본법 제26조의2 제1항 에 따라 부과할 수 있는 날인 2017. 6. 1.부터 5년의 부과제척기간이 적용되고, 이 사건 선행처분이 부과제척기간 내인 2021. 11. 1. 이루어졌음은 앞서 본 바와 같다.
• 나) 한편 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정들에 비추어보면, 이 사건은 국세기본법 제26조의2 제6항 제1의2호의 “심사청구에 따른 결정이 확정됨에 따라 그 결정의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우”에 해당한다고 보아야 하고, 이 사건 선행처분에 대한 심사청구 절차에서 국세청장이 2022. 7. 20. 이 사건 선행처분을 취소하는 결정을 한 사실, 위 결정이 확정된 날부터 1년이 지나기 전인 2023. 6. 9. 피고가 이 사건 원처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 결국 이 사건 처분은 국세기본법 제26조의2 제6항 제1의2호가 규정한 부과제척기간 내에 이루어진 것으로서 적법하다고 봄이 상당하다. 그리고 위와 같이 이 사건 처분에 대하여 제척기간의 특례가 적용되는 이상 국세의 원칙적인 부과제척기간을 5년으로 정한 국세기본법 제26조의2 제1항 은 적용되지 않으므로 원고의 주장은 이유 없다.

(1) 이 사건 선행처분과 이 사건 처분은 그 세목이 종합소득세로 동일하므로, 이 사건 처분의 과세기간(2015년도)이 이 사건 선행처분의 과세기간(2016년도)과 다르다고 하더라도 이 사건 선행처분의 과세표준 또는 세액과 연동되는 것이라면 국세기본법 제26조의2 제6항 제1의2호의 적용대상이 된다.

(2) 이 사건 선행처분과 이 사건 처분은 그 사실관계가 동일하고, 단지 이 사건 주택이 원고에게 귀속된 2015. 4. 29. 당시 원고가 이 사건 회사의 주주인지 아니면 직원인지에 대한 판단만을 달리하여 상호 양립불가능의 관계에 있으므로, 이 사건 처분의 과세표준 또는 세액은 이 사건 선행처분의 과세표준 또는 세액과 연동된 것이라고 볼 수 있다.

(3) 이 사건 처분은 국세청장의 심사청구 결정의 취지에 따라 이 사건 선행처분의 잘못을 바로 잡은 것으로서 심사청구 결정의 범위를 초과하지 않는다.

• 나. 소득처분의 요건 관련 주장에 대한 판단 이 사건 회사가 이 사건 사업에 대한 미지급 공사대금의 대물변제로 이 사건 사업에 따라 신축된 7세대의 주택을 시행자인 DD(주택재개발조합)로부터 이전받았고, 그 후 위 주택 중 이 사건 주택이 원고에게 이전된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 나아가 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정, 즉 ① 원고와 이 사건 회사 사이에 작성된 분양계약서 등이 전혀 제출된 바 없고 원고가 분양대금이라고 주장하는 178,925,000원도 이 사건 회사가 아닌 대표이사 이○○ 명의의 계좌로 지급된 점, ② 원고는 이 사건 주택을 담보로 178,925,000원을 대출받아 이를 분양대금 명목으로 이○○에게 지급하였고 위 돈은 이 사건 회사가 미지급 하도급 공사대금 등을 지급하는데 사용되었다고 주장하고 있는데, 위 주장에 의하여도 이 사건 회사가 직접 이 사건 주택을 담보로 대출을 받지 않고 굳이 이 사건 주택을 원고에게 이전할 만한 합당한 이유를 찾기 어려운 점, ③ 원고는 국세청장에 대한 심사청구 절차에서는 이 사건 회사에 대한 178,925,000원의 대여금채권 및 53,210,000원의 급여채권에 대한 대물변제로 이 사건 주택을 이전받았다며 이 사건 주택의 이전 원인에 대해 전혀 다르게 주장하기도 하였던 점 등에 비추어보면, 이 사건은 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 의 ‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우’에 해당한다고 봄이 상당하다. 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.