지방법원 판례 법인세

원고가 제출한 증거들만으로는 원고와 이 사건 매입처들 사이에 동스크랩 등 재화의 공급이 실제로 있었음을 인정하기 부족하며, 달리 증거가 없음

사건번호 인천지방법원-2025-구합-50497 선고일 2026.03.27 지방법원

원고가 이 사건 매입처들로부터 수취한 이 사건 세금계산서가 실제 재화의공급 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고와 이 사건 매입처들 사이에 동스크랩 등 재화의 공급이 실제로 있었음을 인정하기 부족하며, 달리 증거가 없음

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 피고가 20. . . 원고에게 한 ① 부가가치세 20기 귀속 ,,원, 20기 귀속 ,원, 20기 귀속 ,원, 20기 귀속 ,원, 20기 귀속 ,원, 20기 귀속 ,,원, 20기 귀속 ,,원, 20기 귀속 ,,원, 20기 귀속 ,,원, 20기 귀속 ,,원 합계 부가가치세 ,,원의 부과처분을, ② 법인세 20년 귀속 ,,원, 20년 귀속 ,,원, 20년 귀속 ,,원, 20년 귀속 ,,원, 20년 귀속 ,,원, 20년 귀속 ,,원 합계 법인세 ,,원의 부과처분을, ③ 소득금액변동 통지(상여) 20년 귀속 ,,원, 20년 귀속 ,,원, 20년 귀속 ,,원, 20년 귀속 ,,원, 20년 귀속 ,,원, 20년 귀속 ,,원 합계 소득금액변경통지금액 ,,,***원의 소득금액변경통지처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위
  • 가. 원고(변경 전 상호: AAAA 주식회사)는 20. . 설립되어 비철금속 제조및 도소매업 등을 영위하던 회사로, 20. . . 상법 제520조의2 제1항 에 따라 해산간주 되었다.
  • 나. 원고는 20년 제기부터 20년 제기까지 별지1 표 기재와 같이 주식회사 BBBB(이하 주식회사의 상호는 최초 기재 이후에는 주식회사를 생략하여 기재한다), 주식회사 CCCCC, 주식회사 DDDDDD, EEEE, FFFF, GGGG의 6개 업체(이하 통칭하여 ‘이 사건 매입처들’이라 한다)로부터 공급가액 합계 ,,*,***원의 매입세금계산서(이하 통칭하여 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하였다.
  • 다. HH지방국세청 등은 이 사건 매입처들에 대한 조사를 실시한 결과, 이 사건 매입처들이 실물거래 없이 원고와 가공의 이 사건 세금계산서를 수수한 것으로 보아 과세자료를 피고에게 통보하였다.
  • 라. 피고는 20. . .부터 20. . .까지 원고에 대한 부가가치세 조사(조사대상 과세기간: 20. . .부터 20. . .까지)를 실시한 결과 이 사건 세금계산서가 실물거래 없는 가공의 세금계산서라고 판단하여 원고에게, 20. . . ① 20년 제기분부터 20년 제기분까지의 부가가치세 합계 ,,원(20년 제,,원, 20년 제,,원, 20년 제,,원, 20년 제,,원, 20년 제,,원, 20년 제,,원, 20년 제,,원, 20년 제,,원, 20년 제,,원, 20,,원)을 각 경정․고지하였고(이하 ‘이 사건 종전 부가가치세 부과처분’이라 한다), 20년분부터 20년분까지의 법인세 합계 ,,원(20,,원, 20,,원, 20,,원, 20,,원, 20,,원, 20,,원)을 각 경정․고지하였으며(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다),법인세 경정시 이 사건 세금계산서상 매입금액을 익금에 산입하면서 대표자에 대한 상여로 합계 ,,,원(20,,원, 20,,원, 20,,원, 20,,원, 20,,원, 20,*,***원)을 소득처분하여 그에 따른 소득금액 변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액 변동통지‘라 한다).
  • 마. 원고는 이 사건 종전 부가가치세 부과처분과 이 사건 법인세 부과처분 및 소득의 매입세금계산서(이하 통칭하여 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하였다.
  • 바. 피고는 20. . . 위 조세심판원의 결정에 따라 이 사건 종전 부가가치세 부과처분 중 세금계산서 불성실 가산세를 제외한 나머지 부분에 대하여 5년의 제척기간을 적용하여 20년 제기분부터 20년 제기분까지의 부분에 대하여 별지2 표 ’20. . . 감액세액‘란 기재 해당 금액 합계 ,,원을, 20. . . 직권으로 이 사건 종전 부가가치세 부과처분 중 20년 귀속분에 대한 부당가산세 부분을 반가산세로 변경하여 20년 제기 및 제기분의 부가가치세 부분에 대하여 별지2표 ’20.. . 감액세액‘란 기재 해당 금액을 각 감액경정결정하고 이를 고지하였다(이하 이 사건 종전 부가가치세 부과처분 중 위와 같이 감액경정되고 남은 부가가치세액에 해당하는 별지2 표 ’⑧고지세액-감액세액‘란 기재 각 부가가치세의 부과처분을‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분, 이 사건 법인세 부과처분, 이 사건 소득금액 변동통지를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 5, 7, 19, 20호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호를 포함하며, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고의 주장

원고는 이 사건 매입처들로부터 실제로 이 사건 세금계산서의 기재내용과 같이 물품을 공급받아 실질거래를 하였다. 그럼에도 원고와 이 사건 매입처들 사이의 거래가 가공거래임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지3 기재와 같다.

4. 판단
  • 가. 관련 법리 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 는 “발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고, 제32조 제1항 제1호부터 제4호는 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일’을 세금계산서의 필요적 기재사항으로 규정하고 있다. 부가가치세법 제9조 제1항 에 의하면, 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든원인에 의하여 재화를 인도하거나 양도하는 것을 의미하는데, 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법상에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결, 대법원2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 취지 참조). 한편 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).
  • 나. 구체적 판단 앞서 든 증거에 갑 제3 내지 10호증, 을 제9 내지 18호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 매입처들로부터 수취한 이 사건 세금계산서가 실제 재화의공급 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이고, 원고가제출한 증거들만으로는 원고와 이 사건 매입처들 사이에 동스크랩 등 재화의 공급이 실제로 있었음을 인정하기 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

1. 폐동(구리 스크랩)은 이 사건 매입처들 조사 당시 1㎏당 ,000원 내지 ,000원에 거래되는 고가의 원자재로서 동 제품을 제조하는 공장의 부산물, 재건축․재개발철거 현장에서 나오는 폐전선이나 폐동파이프, 통신회사에서 공사하고 남은 자재 등이대량으로 공급되어 유통되는 것이 일반적이었다. 폐동이 가공의 세금계산서를 통해 무자료로 공급되는 경우 폐동을 최초로 수집하는 건설현장 철거용역사업자, 동제품 가공공장 등이 비자금 조성 등의 목적으로 세금계산서 등 증빙자료를 남기지 않고 무자료로 거래를 하여 최종적으로 폐동 도매업체나 제련업체로 유통되는데, 그 과정에서 세금계산서 등 자료 양성화를 위하여 소위 ‘폭탄업체’(대부분 경제적 능력이 없고 탈세를목적으로 설립되어, 단기간에 거액의 세금계산서를 교부하고 부가가치세 신고 후 거액의 세금을 납부하지 않은 상태에서 폐업하는 업체를 의미한다) 및 ‘간판업체’(외형상사업장을 갖추고 있으며 폭탄업체로부터 매입세금계산서를 수취하고 또 다른 간판업체나 도매업체 등에 매출세금계산서를 교부하여 실거래로 위장하기 위하여 사용되는 업체를 의미한다)를 거쳐 순차적으로 세금계산서를 발행하는 유통구조를 형성하게 되는 바, 이를 도식화하면 아래와 같다.

2. ① 이 사건 매입처들 중 BBBB은 20. .. 개업 후 단기간에 자료상으로 확정되어 고발된 3개의 거래처(EEEE, JJJJ, KK)로부터의 매입이 증가하면서 매출이 급등하였고, HH지방국세청의 조사 결과 20년 제기부터 20년 제기까지의 과세기간 중 세금계산서 매출 신고액의 95.8%, 매입액의 94.9%, 20**년 제기 과세기간 중 매입액의 99% 및 매출액 전부가 실물거래 없는 가공으로 확정되었다. BBBB 이 위 EEEE 등에 매입대금을 입금하면 그로부터 30~40분 이내로 입금된 전액이 현금으로 출금되었고, 그 중 상당 부분은 BBBB의 직원인 III가 인출하였다.

② 이 사건 세금계산서 중 BBBB이 발급한 부분은 아래와 같고, 그 기재내용에 의하면 BBBB은 폭탄업체 내지 가공매입처로부터 수취한 세금계산서에 대응하여 운행거리, 거래규모와 상관없이 세금계산서 수취 당일 또는 인접한 날짜에 동일한 품목수량에 대하여 품목단가를 1kg당 50원씩 일괄적으로 증액하여 원고에게 세금계산서를 발급하였을 뿐만 아니라, 대다수의 세금계산서 발급시간 또한 BBBB이 매입업체로부터 수취한 매입 세금계산서의 발급시간보다 원고에 대한 해당 물품 관련 매출 세금계산서의 발급시간이 더 이른바, 이는 통상적인 거래형태로 보기 어렵다.

③ 원고가 2014년부터 2017년까지 사이에 BBBB과의 거래에 관한 세금계산서로 신고한 매입금액은 ,,원(공급가액), 매출금액은 ,,원(공급가액)인 반면, 원고의 BBBB 및 그 직원인 III와의 입출금 거래는 원고의 지급액이,,,원, 원고가 입금받은 금액이 ,,원에 달하여 위 각 신고금액과의 차이가 상당하다. 이에 대하여 원고는 20. *. . 자 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 통하여 ‘원고가 BBBB이나 III로부터 돈을 빌리거나, BBBB이나 III가 자금의 융통을 부탁하면 돈을 빌려주는 일이 있었다’는 취지로 주장하기도 하나, 원고와 BBBB 내지 III 사이의 입출금 내역만으로는 원고 주장과 같은 대여사실을인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

④ BBBB의 대표자 LLL과 BBBB의 주된 거래처인 EEEE의 대표자 MMM, KK의 대표자 NNN, JJJJ의 대표자 OOO는 ‘재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사실이 없음에도 불구하고 영리를 목적으로 허위 세금계산서를 발급하거나 발급받았다’는 내용이 포함된 공소사실로 기소되었고[수원지방법원 20고합 ,20고합(병합), (병합), (병합)], 수원지방법원은 20.. . ‘EEEE, KK, JJJJ의 영업형태, 자본 규모 및 거래처, 거래방식, 자금흐름, 영업시점 및 기간, BBBB과의 거래관계 및 구체적인 거래행태 등의 사정을 종합하면, MMM, NNN이 EEEE, KK을 통하여 폐동 등의 거래에 있어 BBBB에 명의만 빌려주었음에도 마치 실제로 불상의 ‘무자료 매입처’ 등으로부터 폐동 등을 매입하거나 매입한 폐동 등을 BBBB 등에 공급한 것처럼 허위의 세금계산서를 발급하거나 발급받은 사실 및 LLL이 BBBB을 통하여 실제로는 직접 불상의 ‘무자료 매입처’등으로부터 폐동 등을 매입하였음에도 마치 EEEE, KK, JJJJ로부터 폐동 등을 매입한 것처럼 허위의 세금계산서를 발급받고 JJJJ로부터 폐동 등을 공급받지 않았음에도 매입처별 세금계산서합계표에 거짓으로 기재하여 제출한 사실을 인정할 수 있다‘고 보아 피고인들에 대한 공소사실 전부에 대하여 유죄판결을 선고하였고, 20. . . 유죄판결이 확정되었다(수원고등법원 20. . . 선고 20 판결, 대법원 20. *. . 선고 20**1 판결)

3. ① 이 사건 매입처들 중 EEEE은 20. . . 개업하여 20. . . 폐업하였는데, EEEE이 신고한 폐동 매입금액은 매출액의 1% 정도에 불과하여 정상적인 매입거래가 있었다고 보기 어렵다. 폐동 도매업은 업종의 특성상 상당한 액수의 초기 사업자금이 필요함에도 EEEE의 대표자인 MMM는 EEEE의 사업자등록 전까지 폐동 관련 사업을 영위하거나 근무한 사실 및 초기 사업자금 마련을 위한 일정 소득이 신고된 사실이 없었고, 보유재산도 거의 없었던 것으로 보인다.

② 20. 3.경 당시 통상적인 동 스크랩 마진이 1㎏당 50원 내지 100원이었는데, 이 사건 세금계산서 중 EEEE이 원고에게 발급한 20. . . 자 전자세금계산 서에는 동스크랩 ,㎏의 단가가 5,320원으로 기재되어 있었고, 원고는 위 발급일 다음날인 20**. . 31. 동일 물량을 BBBB에게 단가 5,330원에 매출하였다고 신고하였는바, 위와 같은 단가는 운반비 등을 고려하면 이례적인 것으로 보인다.

4. ① 이 사건 매입처들 중 CCCCC는 HH지방국세청의 조사 결과 20**년 *기매출액의 98.9%, 매입자료의 98.2% 상당이 ‘폭탄업체’로부터 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서로 확인되었다.

② 이 사건 세금계산서 중 원고가 CCCCC로부터 수취한 부분에 관하여 원고의 금융거래내역상 CCCCC에게 이 부분 세금계산서 기재 매입대금인 을 지급한 내역을 찾을 수 없다. 이에 대하여 원고는 현금으로 지급하였다고 주장하고 있을 뿐이고, 이 부분 세금계산서 기재내용과 같은 거래가 실제로 있었다고 볼 만한자료를 찾을 수 없다.

③ 피고는 원고가 20. . . CCCCC로부터 교부받은 매입세금계산서를 포함하여 원고가 20년 제기 및 20년 제기 부가가치세 과세기간 동안 일부 거래처로부터 교부받은 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 20. . .원고에게 20년 제기 부가가치세, 20 사업연도 법인세 등을 경정․고지하였다. 이에 원고는 ‘위 거래처들로부터 실제로 폐동 등을 구입한 것이어서 위 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다’고 주장하면서 피고를 상대로 이 법원 20구단호로 위 부가가치세 부과처분 등의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 이 법원은 20. . **. 원고의 위 주장을 배척하면서 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였고, 위 판결은 그대로 확정되었다.

5. 이 사건 세금계산서 중 원고가 DDDDDD으로부터 수취한 부분에 관하여, PP세무서장은 DDDDDD이 원고에게 교부한 위 매출세금계산서를 포함하여 DDDDDD 이 20년 제기 및 20년 제기 부가가치세 과세기간 동안 일부 거래처에게 교부한 매출세금계산서 등이 실물거래 없이 발행된 가공의 세금계산서라는 이유로20. . . DDDDDD에게 20기분 및 기분 부가가치세, 20년 귀속 법인세를 경정․고지하였다. 이에 DDDDDD은 ‘위 세금계산서 등은 실제 거래에 따라 발행된 것이다’라고 주장하면서 PP세무서장을 상대로 이 법원 20구합호로 위 부가가치세 부과처분 등의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 이 법원은 20. . .DDDDDD의 위 주장을 배척하면서 DDDDDD의 청구를 기각하는 판결을 선고하였고, 이에 대한 항소(서울고등법원 20호) 및 상고(대법원 20호)가모두 기각되어 위 판결이 20. *. . 확정되었다.

6. ① 이 사건 매입처들 중 FFFF는 QQ세무서의 조사 결과 20**년 제*기 매입금액은 매출금액의 0.03%에 불과하고, 대표자인 RRR은 고․비철 사업을 운영하거나 관련 사업체에서 근무한 이력이 없었던 것으로 보인다.

② 이 사건 세금계산서 중 원고가 FFFF로부터 수취한 부분에 의하면, 원고는 20. . . FFFF로부터 공급가액 ,*,***원의 에이동 18,840㎏을 단가 6,300원에 매입하였다고 기재되어 있다. 이에 대하여 원고는 이 부분 세금계산서 기재내용과 같이 매입한 물품을 아래와 같은 내용으로 SSSSSS 주식회사에 매도하였다고 주장하나, 그 단가가 매입한 단가와 동일하여 통상적인 거래로 보기 어렵다.

7. ① 이 사건 매입처들 중 GGGG은 TT세무서의 조사 결과 매출 대비 매입이0.58%에 해당한다.

② 이 사건 세금계산서 중 원고가 GGGG로부터 수취한 부분에 관하여,GGGG의 대표자 UUU는 실제로 폐동을 공급한 사실이 없음에도 영리를 목적으로 이 부분 세금계산서 등을 허위로 발급하였다는 등의 공소사실로 기소되었고, 고등법원은 20. . . 위 공소사실에 대하여 ‘피고인이 20기의 조세를 포탈하려는단일하고 계속된 범의 아래 영리의 목적으로 해당 기간 동안 계속하여 종전의 유죄 확정판결의 범죄사실 및 변경된 공소사실 기재와 같은 각 허위 세금계산서 발급ㆍ수취범행을 저질렀던 것이고, 위 각 범행은 시간적ㆍ장소적으로 연관되어 있고 범행방법에도 동일성이 있으므로, 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 제8조의2 제1항 이 정한 하나의 위반행위로서 통틀어 포괄일죄에 해당한다’고 판단하되, 종전 확정판결의 기판력이 변경된 공소사실 전부에 그대로 미친다는 이유로 위 피고인에 대한 면소를 선고하였고(대구고등법원 20*호), 위 판결이 그대로 확정되었다.

8. 원고는 이 사건 세금계산서에 따른 거래가 실제로 있었다고 주장하면서 이 사건 매입처들에 대한 대금지금 내역, 이 사건 세금계산서 기재 물품에 관한 매출내역,일부 거래에 관한 계량표 등을 제출하고 있다. 그러나 이 사건 세금계산서 기재내용에 비추어 보면 원고가 제출한 매출내역 관련 세금계산서에 기재된 단가 및 발급시간 등의 기재내용이 통상적인 거래내용과 부합하지 않는 점, 원고가 제출한 계량표는 원고가 신고한 거래내역 중 일부에 불과할 뿐만 아니라 그에 부합하는 객관적인 자료도 찾을 수 없는 점, 원고가 제출하는 위 자료는 세금계산서 발급을 위하여 형식적으로 갖추어 두는 서류에 불과한 것을 보이는 점에 비추어 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 세금계산서 기재내용과 같은 거래가 실제로 이루어졌다고 보기 어렵다.

9. 이 사건 세금계산서에 따른 거래가 실제로 존재하였다면 앞서 본 바와 같은 원고의 거래 기간, 거래 규모 및 거래 구조 등에 비추어 실물거래의 이동을 확인할 수있는 일련의 거래순서에 의한 자료들, 즉 각 거래에 관한 공급계약서, 일자별 화물차입․출고 및 물품 계량 내역 관련 자료, 재고 관리 자료, 주문서, 물품 수령확인서, 거래명세표, 거래 장부 등의 서류가 작성되고 각 거래의 개시 경위 및 구체적인 가격결정 합의경과 등에 관한 자료가 존재하여야 할 것으로 보임에도 그러한 자료는 보이지 않는다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

상세내용과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)