이 사건 오피스텔 분양수입에 대하여 추계조사로 결정하여 과세한 처분은 적법함

사 건 2025구합50454 종합소득세부과처분취소 원 고 김AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 7. 25. 판 결 선 고

2025. 8. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 5. 7. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 종합소득세 가산세 304,603,330원 중 금 153,405,223원, 2019년 귀속 종합소득세 가산세 297,479,089원 중 금 139,640,140원, 2020년 귀속 종합소득세 가산세 75,171,118원 중 금 33,393,927원을 각 초과하는 부분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2017. 1. 5. B와 공동으로 비주거용건물 신축판매업 등에 대한 사업자등록(상호 ‘C’)을 마치고 ○○시 □동 54-5 외 5필지에 지하 3층, 지상 14층 건물(주 용도는 업무시설 및 공동주택이며 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하여 2018. 5. 15. ○○시장으로부터 사용승인을 받았고, 2018. ~ 2020. 이 사건 건물 중 공동주택 30세대 및 업무시설(오피스텔) 35세대를 분양하였다.
• 나. 원고는 위와 같이 비주거용건물 신축판매업 등에 대한 사업자등록을 한 사업자로서, 이 사건 건물 중 공동주택 30세대 및 업무시설(오피스텔) 35세대에 대한 분양수입금액에 대하여, ‘주거용 건물 건설업’(업종코드 451101)의 기준경비율에 의한 추계소득을 적용하여 산정한 2018년도 ~ 2020년도의 각 종합소득세를 신고․납부하였다.
• 다. 피고는 2024. 2. 23. ~ 2024. 4. 2. 원고에 대하여 2020년도분 종합소득세에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 이 사건 건물 중 업무시설(오피스텔)에 대한 분양수입금액에 대하여 ‘주거용 건물 건설업’(업종코드 451101)의 기준경비율을 적용하였음을 확인하고 2024. 5. 7. 위 분양수입금액에 대하여 ‘비주거용 건물 개발 및 공급업’(업종코드 703021)의 기준경비율을 적용하여 2018년도 ~ 2020년도의 각 종합소득세를 경정․고지(각 경정결정 중 가산세 부분을 통칭하여 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 각 연도별 당초 신고세액 및 경정세액은 아래와 같다. 2018년 2019년 2020년 당초 신고세액(원) 806,914,915 714,607,896 166,266,439 당초 신고세액 중 가산세액(원) 153,405,223 139,640,140 33,393,927 경정세액(원) 1,179,020,935 1,154,196,805 297,532,946 경정세액 중 가산세액(원) 304,603,330 297,479,089 75,171,118
• 라. 원고는 위 경정결정에 불복하여 2024. 7. 12. 감사원에 심사청구를 하였으나, 2024. 12. 19. 기각결정이 내려졌다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 8 내지 12호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함하며, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고는 감사원에 대한 심사청구 시에 이 사건 건물 부지의 취득 관련 자료, 이 사건 건물에 관한 공사도급계약서 및 분양계약서 등을 제출하였는바, 위 자료를 토대로 한 실지조사가 가능함에도 피고가 추계조사를 통해 과세표준과 세액을 결정한 것은 위법하고, 이와 같이 경정결정이 위법한 이상 위 경정결정으로 증액된 세액에 대하여 부과된 납부지연 가산세 부분 역시 위법하다.
• 나. 원고가 2018년도 ~ 2020년도의 각 종합소득세를 신고할 당시 세법상 업무시설(오피스텔)을 ‘주택’으로 볼 수 있는지에 대하여 조세심판원의 결정이 일관되지 않고 서울고등법원(2018누78185 판결)과 대법원(2020두44725 판결)의 판단이 엇갈리는 등의 이유로 원고로서는 업무시설(오피스텔)의 법적 지위를 정확히 알기 어려웠으므로, 가산세 부과를 면제할 ‘정당한 사유’가 존재한다.
• 다. 성실신고확인서 제출 불성실 가산세는 기장이 이루어졌음을 전제로 하는 것이므로, 무기장 가산세와 별도로 성실신고확인서 제출 불성실 가산세를 부과하는 것은 이중과세 금지원칙 위반 또는 불가능한 행위에 대한 조세부과에 해당하여 위법하다.

별지 기재와 같다.

• 가. 추계조사의 위법 여부

1. 관계규정 및 관련 법리 가) 소득세법 제80조 제3항 은 “납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.”고 규정하고 있다. 그 위임에 따라 동법 시행령 제143조 제1항 제1호는 “과세표준을 계산할 때 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 한국표준산업분류에 따른 동종업종 사업자의 신고내용 등에 비추어 수입금액 및 주요 경비 등 중요한 부이 미비 또는 허위인 경우”를 동법 제80조 제3항 단서에서 대통령령으로 정하는 사유 중 하나로 규정하고 있다. 1)

• 나) 소득세의 과세표준은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사의 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없을 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이며 이러한 추계조사결정의 필요성에 관한 입증책임은 과세관청에 있다(대법원 1985. 12. 10. 선고 84누49 판결 참조).

2. 구체적 판단 앞서 든 증거에 갑 제3, 5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하면, 이 사건 건물 중 업무시설(오피스텔)의 분양에 따른 원고의 소득에 대하여는 과세표준을 계산할 때 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 수입금액 및 주요경비 등 중요한 부분이 미비하다고 인정되므로 추계조사결정이 허용된다고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 2018년도 ~ 2020년도의 각 종합소득세 신고 시부터 이 사건 소송에 이르기까지 이 사건 건물의 신축 및 분양에 관하여 원고가 작성한 장부가 전혀 제출된 바 없다.
• 나) 원고는 2018년도 ~ 2020년도의 각 종합소득세 신고 시 이 사건 건물의 신축 및 분양으로 발생한 소득에 대해 추계신고를 하였는데, 이는 위 소득에 대한 과세표준 계산을 위해 필요한 장부나 증빙서류가 없거나 미비함을 뒷받침한다.
• 다) 이 사건 건물의 신축과 관련하여 제출된 증빙서류는 공사도급계약서와 설계도 및 사용승인 필증 뿐이고, 실제로 원고가 공사대금을 지급하였음을 증빙하는 서류는 전혀 제출된 바 없다. 또한 원고는 이 사건 건물의 신축을 위하여 ‘D 건축사사무소’와 설계 및 감리용역계약을 체결한 것으로 보이는데, 이와 관련하여 지출한 금액에 대한 증빙서류도 전혀 제출되지 않았다.
• 라) 이 사건 건물의 분양과 관련하여 제출된 증빙서류는 각 분양계약서와 부동산거래계약신고필증 뿐이고, 실제로 원고가 분양대금을 지급받았음을 증빙하는 서류는 전혀 제출된 바 없다.
• 나. 가산세 부과를 면제할 ‘정당한 사유’의 존재 여부

1. 관련 법리 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조). 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 원고가 이 사건 건물 중 업무시설(오피스텔) 관련 분양수입에 대한 납세의무를 해태한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

• 가) 원고가 들고 있는 조세심판원 결정들과 서울고등법원 및 대법원 판결은 공급 당시 공부상 용도가 ‘업무시설’인 오피스텔이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 에서 부가가치세 면제대상으로 정한 ‘국민주택’에 해당하는지 여부가 문제된 사안에 대한 것으로서, 업무시설(오피스텔)에 대해 ‘주거용 건물 건설업’의 경비율을 적용할 수 있는지가 문제된 이 사건과 쟁점을 달리 한다.
• 나) 2020. 8. 12. 신설된 지방세법 제13조의3 및 동법 시행령 제28조의4 역시 법인이나 다주택자의 주택 취득 시 오피스텔을 주택 수에 가산한다는 내용으로서 이 사건의 쟁점과는 관련이 없다.
• 다) 원고는 2018년도 ~ 2020년도의 각 종합소득세 신고 당시 세무대리인을 선임한 상태였으므로, 이 사건 건물 중 업무시설(오피스텔) 관련 소득세의 신고 및 납부에 관하여 위 세무대리인의 조력을 받을 수 있는 위치에 있었다.
• 라) 원고 주장과 같이 업무시설(오피스텔)에 대해 ‘주거용 건물 건설업’의 경비율을 적용할 수 있는지에 대해 의문이 있었다면 그에 대해 세무당국에 질의하는 등의 방법으로 위와 같은 의문을 해소할 수 있었음에도, 원고가 그러한 노력을 하였음을 인정할 자료가 없다.
• 다. 성실신고확인서 제출 불성실 가산세 부과의 위법 여부

1. 관계 규정의 내용 및 개정 경과 가) 소득세법 제70조의2 에 의하면 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정되어 수입금액이 업종별로 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업자(성실신고확인대상사업자)는 종합소득과세표준 확정신고를 할 때에 동법 제70조 제4항 각 호가 정한 첨부서류에 더하여 동법 제160조 및 제161조에 따라 비치ㆍ기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 사업소득금액의 적정성을 세무사 등 대통령령으로 정하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인하고 작성한 확인서(성실신고확인서)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 또한 동법 제81조의2에 의하면 성실신고확인서 제출 불성실 가산세는 성실신고확인대상사업자가 그 과세기간의 다음 연도 6월 30일까지 성실신고확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하지 아니한 경우에 부과된다.

• 나) 한편 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 제6항은 납세자가 무신고가산세와 무기장가산세 및 성실신고확인서 제출 불성실 가산세의 부과대상에 모두 해당하는 경우 그 중 가산세액이 큰 가산세만 부과하고, 가산세액이 같은 경우에는 무신고가산세만 적용하도록 규정하였다. 그런데 2017. 12. 19. 법률 제15220호 법률 개정으로 위 조항에서 성실신고확인서 제출 불성실 가산세에 관한 부분이 삭제되었고, 이에 따라 2018. 1. 1. 이후 개시하는 과세기간 분부터는 무신고가산세와 무기장가산세의 경우 그 중 가산세액이 큰 가산세만 부과하되, 성실신고확인서 제출 불성실 가산세는 이와 별도로 부과된다. 이와 같이 개정한 취지는 성실신고확인제도의 실효성을 제고하기 위함이다(법제처 국가법령정보에 수록된 개정이유 참조).

2. 구체적 판단 위 관계 규정 등에 의하면 성실신고확인서 자체는 기장이 이루어졌음을 전제로 작성되는 것이지만, 성실신고확인서 제출 불성실 가산세는 기장이 이루어졌는지, 성실신고확인서가 작성되었는지 여부와 무관하게 ‘성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하지 않은 것’에 대한 제재로서 부과되는 것이라고 봄이 상당하다. 따라서 ‘성실신고확인서 제출 불성실 가산세는 기장이 이루어졌음을 전제로 하는 것이므로 무기장 가산세와 별도로 이를 부과하는 것은 불가능한 행위에 대한 조세부과에 해당하여 위법하다’는 취지의 원고 주장은 이유 없다. 또한 성실신고확인대상사업자에 해당하는 사업자가 소득세법 제81조의5 에 따른 기장의무를 이행하지 아니하여 무기장가산세가 부과되는 경우 필연적으로 성실신고확인서 제출 불성실 가산세도 함께 부과되나, 위 두 가산세는 제재대상인 행위와 부과목적 및 취지를 달리하므로 이를 함께 부과하는 것이 이중과세 금지원칙 위반으로서 위법하다고 할 수 없어 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 2019년도 이전의 과세기간에 대해 적용되는 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제143조 제1항 제1호는 “과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우”를 동법 제80조 제3항 단서에서 대통령령으로 정하는 사유 중 하나로 규정하고 있다.