토지 취득과 관련한 매입세액 및 과세사업에 관한 매입세액의 안분 계산에 관하여 매입가액의 비율로 안분한 당초처분은 적법함

사 건 2025구합50309 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 태AAAAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2026. 1. 23. 판 결 선 고

2026. 2. 13.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. xx. xx. 원고에 대하여 한 2022년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 서울 xx구 xx동 xx 대 xx㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하고 그 지상에 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 건축하여 해당 건물 중 일부는 사옥으로 사용하고 나머지는 오피스텔 등으로 분양·판매하는 내용의 개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 시행자이다.
• 나. 원고는 2022. 1.경 주식회사 xxxx(이하 ‘와xxxx’라 한다)로부터 이 사건 토지 매수업무, 이 사건 건물의 건축 관련 금융 조달, 회계·세무상 쟁점, 이 사건 건의 신축 및 분양에 따른 재무 분석 등의 자문용역(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)을 제공받고 투자자문용역비로 이 사건 토지의 매매대금인 xx,xxx,xxx,xxx원의 1%(그 내역은 아래 표와 같다)인 xxx,xxx,xxx원(이하 ‘이 사건 용역비’라 한다)을 지급하기로 하는 내용의 부동산자문용역계약(이하 ‘이 사건 용역계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 다. 원고는 2022. xx. xx. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤으며, 같은 날 xxxx로부터 이 사건 용역의 공급가액을 xxx,xxx,xxx원으로 하는 세금계산서를 - 토지매수자문 용역비 = 매매대금의 0.10%(부가세 별도) - 이 사건 건물 관련 금융조달 자문 용역비 = 매매대금의 0.30%(부가세 별도) - 이 사건 건물 관련 회계·세무 쟁점 자문 및 건축주 명의변경, 건축관계자 변경신고 관련 용역비 = 매매대금의 0.35%(부가세 별도) - 이 사건 건물 신축 및 분양에 따른 재무리스크 분석 = 매매대금의 0.25%(부가세 별도)발급받았고, 그에 따라 원고는 xxxx에게 위 xxx,xxx,xxx원을 지급하였다.
• 라. 원고는 피고에게 2022년 제1기 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 용역비 전액에 대한 부가가치세액을 매입세액으로 공제하였다.
• 마. 피고는 원고의 2022년 제1기 부가가치세 예정신고에 대한 환급검토 시 이 사건 용역비 중 10%인 xx,xxx,xxx원에 관한 매입세액(즉, x,xxx,xxx원)을 토지 취득 관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제하였으며, 나머지 용역비 xxx,xxx,xxx원에 관한 매입세액만 공제하여 그에 대한 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 원고에게 환급하였다.
• 바. xx지방국세청 xx에서 피고에 대한 xx를 실시하면서 이 사건 용역비의 전체 매입세액 xx,xxx,xxx원 중 90%인 위 xx,xxx,xxx원은 과·면세 겸영사업자의 공통매입세액에 해당하므로 안분하여 부가가치세를 경정할 것을 통보하였고, 이에 따라 피고는 2023. 8. 16. 이 사건 사업에 관한 투자자문(매수) 용역보고서상 총비용 xx,xxx,xxx,xxx원 중 이 사건 토지 관련비용인 xx,xxx,xxx,xxx원인 71.1%를 토지관련 매입으로 보고 위 xx,xxx,xxx원 중 xx,427,200원(= xx,632,000원×71.1%)을 추가로 불공제하기로 하여 원고에 대하여 2022년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 당초처분’이라 한다).
• 사. 원고는 이 사건 당초처분에 불복하여 2023. xx. xx. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2024. 8. 22. ‘이 사건 당초처분인 2022년1) 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원의 부과처분은 이 사건 사업을 위하여 지급한 이 사건 용역비 xxx,xxx,xxx2)의 매입세액 xx,xxx,xxx원3)에 대하여 공제되지 아니하는 매입세액을 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 에 따라 안분 계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.’는 결정(이하 ‘이 사건 재결’이라 한다)을 하였다.
• 아. 피고는 2024. xx. xx. 원고에게 이 사건 당초처분이 이 사건 재결에 따라 산정한 정당세액 범위 내에 있어 이 사건 당초처분을 유지한다는 이유를 들며 2022년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

별지 기재와 같다.

3. 당사자들의 주장 및 쟁점의 정리

• 가. 원고의 주장 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서는 이 사건 용역비와 같이 해당 과세기간에 과세사업 또는 면세사업 등의 공급가액이 없고, 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는, 공통매입세액을 총 예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율(제3호)을 우선 적용하여 안분 계산하도록 규정하고 있으므로, 이에 따를 때 x,xxx,xxx원[= xx,xxx,xxx원{= xx,xxx,xxx원×1137.6㎡(이 사건 토지의 면적)/5879.33㎡(이 사건 토지 및 건물의 면적)} - x,xxx,xxx원(수정신고 매입세액 불공제액)]만을 매출세액에서 불공제하는 취지로 원고에 대한 2022년 1기 부가가치세 경정처분을 해야 한다. 였다.
• 나. 피고의 주장 이 사건 토지 지상에 이 사건 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 해당하지 않으므로 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서 제3호를 적용할 수 없으며 제1호가 적용되어야 하고, 이 경우 불공제 매입세액의 액수가 이 사건 당초처분의 전제가 된 불공제 매입세액 보다 크므로, 이 사건 당초처분은 정당세액을 초과하지 않는다.
• 다. 이 사건의 쟁점 원, 피고의 위 주장에 의하면, 이 사건 쟁점은 이 사건 사업을 위하여 지급한 이 사건 용역비 xxx,xxx,xxx원의 매입세액 xx,xxx,xxx원 중 이 사건 토지 취득에 관한 매입세액을 산정함에 있어서 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서 제3호를 적용할 수 있는지 여부라 할 것이다.

• 가. 관계 규정 내지 관련 법리 1) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 는 ‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제80조는 ‘법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.’고 규정하면서, ‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’(제1호), ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액’(제2호), ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’(제3호)을 각각 들고 있다. 이러한 규정에 따르면, 사업자가 토지를 취득하면서 지출한 취득가액이나 그 취득부대비용에 대한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 의 ‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’이므로 이를 매출세액에서 공제하여서는 안 된다. 2) 부가가치세법 제40조 는 ‘사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ’공통매입세액‘이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 ’공통매입세액 안분기준‘이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.’고 정하고 있으며, 위 법률의 위임에 따른 같은 법 시행령 제81조 제1항 본문은 ‘과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 공통매입세액이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산한다.’고 규정하고 있는데, 같은 법 시행령 제81조 제4항은 ‘제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.’고 규정하면서, ‘총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율’(제1호), ‘총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율’(제2호), ‘총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율’(제3호)을 각각 들고 있다. 부가가치세법 제40조 의 위임에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 범위를 정하기 위하여 공통매입세액의 안분계산방식 등을 규정한 시행령 제81조 제1항, 제4항은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항에 관하여 헌법 제75조에 따라 대통령이 발한 법규명령이라 할 것이고, 한편 시행령 제81조 제1항, 제4항의 내용 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 위 각 규정은 거기서 정하고 있는 안분계산방식과 순서에 구애됨이 없이 언제든지 다른 방식으로 공통매입가액을 안분할 수 있는 예시규정에 불과한 것으로 볼 수는 없으므로, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 위 각 규정에서 정한 안분계산방식과 순서에 따르는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위 각 규정에 따라 안분 계산하여야 한다(대법원 2010. 3. 25. 선고 2007두18017 판결 등 참조).
• 나. 구체적 판단

1. 앞서 본 바와 같이, 원고가 이 사건 토지를 매수한 것은 그 지상에 이 사건 건물을 건축하여 해당 건물 중 일부는 사옥으로 사용하거고 나머지는 오피스텔 등으로 분양·판매하는 이 사건 사업을 위한 것으로, 이 사건 토지를 취득하면서 지출한 매매대금이나 그 취득부대비용은 토지관련 매입세액에 해당한다고 할 수는 있어도, 이를 면세사업에 관련된 매입세액에 해당한다고 보기는 어렵다. 다만, 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 및 제4항의 내용 및 취지와 함께 토지관련 매입세액 역시 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없다는 점, 위 각 규정에서 정한 안분계산방식과 순서에 따르는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 위 각 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업을 하면서 토지관련 매입을 하였을 경우에도 적용된다고 보는 것이 타당하다(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결, 대법원 2010. 3. 25. 선고 2007두18017 판결 등 참조). 2) 이 사건 용역비에 관한 매입세액이 이 사건 토지 취득과 관련한 매입세액 및 과세사업에 관한 매입세액 모두와 관련된 것으로 실질귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있다. 3) 2022년 제1기 부가가치세가 성립한 시점인 2022. 7. 1.경 아직 이 사건 건물은 건축 중이어서 과세사업 내지 이 사건 토지와 관련한 공급가액은 존재하지 않으므로, 이 사건 용역비에 관한 매입세액을 안분 계산함에 있어서는 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 이 적용되어야 할 것이다. 이와 관련해서 원고는 이 사건 용역비에 관한 매입세액을 안분함에 있어 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서의 ‘건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.’는 규정을 적용해야 한다고 주장한다. 그러나 위 규정은 건물 또는 구축물의 신축 내지 취득과 관련된 매입세액을 안분하는 경우 건물 등의 신축 내지 취득과 관련하여 발생하는 비용은 그 사용면적을 안분하는 것이 가장 합리적이므로 예정사용면적을 우선 적용하도록 하기 위해 도입된 것으로 보이는 점, 토지관련 매입세액이 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없다는 점에서 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 및 제4항을 유추적용할 수 있더라도, 그 토지면적이 면세사업등에 제공할 예정면적에 해당한다고 해석하는 것은 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서의 문언 내용이나 취지에서 벗어나는 것으로 허용되기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 용역비에 관한 매입세액을 이 사건 토지 취득과 관련한 매입세액 및 과세사업에 관한 매입세액으로 안분함에 있어서 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서가 적용된다고 할 수는 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들이지 않는다. 4) 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서가 적용되지 않는다면 그 본문에 따라 각 호의 순서에 따라 이 사건 용역비에 관한 매입세액을 이 사건 토지 취득과 관련한 매입세액 및 과세사업에 관한 매입세액으로 안분 계산해야 하는데, 제1호에서는 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율로 안분 한다고 규정하고 있는바, 이에 따를 때 이 사건 용역비에 관한 매입세액은 이 사건 사업의 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 이 사건 토지 취득과 관련된 매입가액의 비율로 안분된다고 할 것이다. 을 제3호증(가지번호를 포함한다)의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 2022년 제1기(2022. 1. 1.부터 2022. 6. 30.까지) 이 사건 사업의 총매입가액은 xx,xxx,xxx,xxx원이고 그중 이 사건 토지 취득 관련 매입가액은 xx,xxx,xxx,xxx원이므로, 이 사건 용역비에 관한 매입세액을 위 제1호의 규정에 따라 안분하면 이 사건 토지 취득과 관련한 매입세액으로서 불공제 되는 매입세액은 xx,xxx,xxx원[=xx,xxx,xxx,xxx원/(x,xxx,xxx,xxx원＋xx,xxx,xxx,xxx원)×xx,xxx,xxx원]으로 이 사건 당초처분의 전제가 된 불공제 매입세액 43,275,200원(=x,xxx,xxx원＋xx,xxx,xxx원)을 상회하므로, 이 사건 당초처분은 정당세액의 범위를 넘지 않는바, 이 사건 당초처분과 동일한 내용으로 내려진 이 사건 처분에 정당세액을 초과한 위법이 있다고 할 수 없다. 나아가, 피고가 이 사건 재결의 주문의 내용과 같이 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 에 따라 이 사건 용역비의 매입세액을 안분 계산하여 이 사건 처분을 한 이상 이 사건 처분의 내용이 이 사건 당초처분의 내용과 동일하더라도 이 사건 재결의 기속력에 반한다고 보기는 어렵다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.