재촌자경하지 않는 농지를 비사업용 토지로 보아 경정청구 거부처분 한 것은 적법함

사 건 2025구합50231 경정거부처분취소 원 고 김aa 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 19. 판 결 선 고

2025. 11. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 4. 30. 원고에 대하여 한 2023년 귀속 양도소득세 xxx원의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1981. 7. 21. □□시 △△면 ◇◇리 xxx 잡종지 xxx㎡(이하 ‘이 사건 제1 토지’라 한다) 및 같은 리 xxx 잡종지 xxx㎡(이하 ‘이 사건 제2 토지’라 하며, 이 사건 제1 토지와 통틀어 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 1981. 7. 13. 자 증여를 원인으로 각 취득하였으며, 2023. 11. 10. 이 사건 각 토지를 AA 주식회사에 xxx원에 양도하면서 이 사건 각 토지를 소득세법 제104조의3 에 따른 비사업용 토지로 보고 소득세법 제104조 제1항 제8호 에 따른 세율을 적용하여 2023년 귀속 양도소득세 xxx원을 신고·납부하였다.
• 나. 원고는 2024. 3. 14. 피고에게 이 사건 각 토지가 2010. 5. 12. 개발행위허가제한구역으로 지정되면서 이 사건 각 토지 중 xxx㎡가 도로예정부지로 고시되었기에 이 사건 각 토지는 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에 따른 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로 비사업용 토지에 해당하지 않게 되었다는 이유로 이 사건 각 토지에 대하여 소득세법 제104조 제1항 제1호 에 따른 세율(기본세율)을 적용하여 2023년 귀속 양도소득세를 xxx원 감액하여 xxx원으로 경정해달라는 취지의 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다.
• 다. 피고는 2024. 4. 30. ‘도로예정부지라 하더라도 사실상 지목이 “답”으로 경작 등 토지 본래의 용도로 사용이 금지 또는 제한되지 아니한 때에는 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당되지 아니함’이라는 이유로 원고의 이 사건 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 7. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2024. 10. 17. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고의 주장 이 사건 각 토지는 2010. 5. 12. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다) 등에 의해 도로예정지로 지정되어 개발행위가 금지되었으므로, 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에 따라 2010. 5. 12.을 기준으로 그 이전에 이 사건 각 토지의 ‘본래 용도’가 무엇인지에 의해서 이 사건 각 토지가 소득세법 제104조의3 에서 정한 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판단하여야 하는데, 그 당시 이 사건 각 토지의 ‘사실상의 현황’이 분명하지 아니하므로 ‘공부상의 등재현황’과 같이 ‘잡종지’를 이 사건 각 토지의 본래 용도로 보아야 한다. 이 사건 각 토지는 법령에 의하여 본래 용도인 잡종지에 따른 사용이 금지 또는 제한된 상태이므로 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 의 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당하여 비사업용 토지라고 할 수 없는바, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법·부당하여 취소되어야 한다.
• 나. 피고의 주장 이 사건 각 토지의 사실상 현황은 농지(답)로 국토계획법에 따라 도로예정부지로 지정되어 개발행위가 금지되었더라도 이 사건 각 토지를 그 본래 용도인 농지(답)로서 사용하는 것이 제한되지는 않으므로, 이 사건 각 토지는 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 의 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당하지 않는바, 이를 비사업용 토지로 평가하고 내린 이 사건 처분에 위법이 있다고 할 수 없다.

• 가. 관계규정 및 관련 법리 1) 소득세법 제104조 제1항 제8호 전문에서 ‘거주자의 양도소득세는 제104조의3에 따른 비사업용 토지의 경우 10억 원을 초과하는 양도소득과세표준에 대하여 “4억 8,406만 원 + (10억 원 초과액 × 55퍼센트)”의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.’고 규정하여 비사업용 토지에 해당하지 않는 경우에 적용되는 소득세법 제104조 제1항 제1호, 제55조 제1항의 양도소득세 세율) 보다 비사업용 토지에 해당할 경우 높은 양도소득세 세율을 적용하고 있다. 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 ‘비사업용 토지란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안) 농지로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지를 말한다.’고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제168조의8 제2항 전문에서는 ‘법 제104조의3제1항제1호가목 본문에서 “소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”란 제153조제3항에 따른 농지소재지에 사실상 거주(이하 ’재촌‘이라 한다)하는 자가 조세특례제한법 시행령 제66조제13항)에 따른 직접 경작(이하 ’자경‘이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.’고 규정하고 있다. 한편, 소득세법 제104조의3 제2항 에서 ‘제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.’, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호는 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지는 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지를 판정한다.’고 규정하고 있다. 2) 소득세법 시행령 제168조의7 은 ‘법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.’고 규정하고 있다. 3) 국토계획법 제64조 본문에서 ‘행정청은 도시ㆍ군계획시설의 설치 장소로 결정된 지상ㆍ수상ㆍ공중ㆍ수중 또는 지하는 그 도시ㆍ군계획시설이 아닌 건축물의 건축이나 공작물의 설치를 허가하여서는 아니 된다.’고 규정하고 있다. 4) 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 가 정한 '법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'란 '토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지'를 의미하고, 여기에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두7886 판결 등 참조).
• 나. 인정사실 아래와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제3 내지 7, 12호증, 을 제2내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함하며, 이하 같다)의 각 기재 혹은 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

1. 원고는 1981. 7. 21.경 이 사건 각 토지를 증여로 취득할 때부터 재촌자경할 의도가 전혀 없었고, 그 이후에도 재촌자경한 사실이 없으나, 인근 주민이 이 사건 각 토지에서 작물 등을 재배해왔다.

2. 2010. 5. 12. □□ △△ ◇◇지구 도시관리계획(□□시 고시 제2010-102호, 이하 ‘이 사건 고시’이라 한다)에 의하여 이 사건 각 토지 중 xxx㎡가 도시계획시설인 도로(예정지)로 지정되었다.

3. 이 사건 각 토지에 대하여 2009년, 2011년 촬영한 항공사진에 의하면, 당시 이 사건 각 토지 일대의 토지는 모두 농지(답)로 이용되었다(아래 표 참조).

4. 피고가 2024. 4. 4. 이 사건 각 토지에 대한 현장확인 결과 이 사건 각 토지를 포함한 그 일대의 토지 전부가 농지(답)로 사용되고 있었다.

5. □□시장은 이 사건 각 토지의 현황지목을 답으로 하여 2018년부터 2023년까지 재산세를 부과하였다.

• 다. 구체적 판단 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 관계 규정의 내용 및 관련 법리에 비추어 볼 때, 이 사건 각 토지는 원고가 재촌자경하지 않는 농지로서 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에 따른 비사업용 토지에 해당하며, 소득세법 제104조의3 제2항 에서 정한 예외에 해당한다고 볼 수 없는바, 이 사건 각 토지가 비사업용 토지라는 전제 하에 내려진 이 사건 처분에 위법이 있다고 할 수 없다. 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

1. 원고가 이 사건 각 토지를 AA 주식회사에 양도할 당시 이 사건 각 토지는 농지(답)로 이용되고 있었다고 볼 수 있으며, 원고가 1981. 7. 21.경 이 사건 각 토지를 증여로 취득한 이후 현재까지 이 사건 각 토지에서 재촌자경하지 않았다는 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 각 토지는 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 정한 비사업용 토지에 해당한다고 할 것이다. 2) 소득세법 제104조의3 제2항 의 ‘토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.’는 규정의 해석상 이 사건 각 토지가 그 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 비사업용 토지에 해당되게 된 경우에 한하여 위 규정에 따른 예외가 인정된다고 할 수 있다. 원고는 이 사건 경정청구서(을 제5호증 7면)에서 이 사건 각 토지를 취득할 때부터 재촌자경할 의도가 없었고, 취득 이후 전혀 재촌자경한 사실이 없는데, 인근 주민이 이 사건 각 토지에서 무단으로 작물 등을 재배하고 있었다고 밝힌바 있으며, 국토계획법에 의하면 이 사건 고시로 이 사건 각 토지 중 일부가 도로예정지로 지정되었더라도 건축물 건축이나 공작물 설치 등이 금지될 뿐, 경작이 금지되는 것은 아니므로, 이 사건 각 토지가 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문의 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지(즉, 재촌재경하지 않는 토지)로서 비사업용 토지에 해당하게 된 것이 법률에 따른 사용 금지 때문이라고 할 수 없고, 그 밖에 소득세법 시행령 제168조의14 에서 정한 부득이한 사유로 인한 것이라고 볼 만한 사정도 찾아보기 어려운바, 소득세법 제104조의3 제2항 에서 정한 예외에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 원고는 이 사건 고시가 이루어질 당시인 2010. 5. 12. 이 사건 각 토지의 ‘사실상의 현황’이 분명하지 아니하므로 공부상의 등재현황과 같이 ‘잡종지’를 이 사건 각 토지의 본래 용도로 보아야 한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 토지에 관하여 2009년, 2011년에 촬영한 항공사진에 의하면, 당시 이 사건 각 토지를 포함하여 일대의 토지는 모두 농지(답)로 이용되고 있었음을 인정할 수 있으므로, 이러한 측면에서도 원고의 위 주장은 이유 없다고 할 것이다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.