원고명의로 발급된 이 사건 세금계산서가 ‘사실과 다르게 기재된 세금계산서’에 해당한다는 사실을 알 수 있었다고 보이고,이 사건 처분 중 위장수취가산세 부과처분 부분과 부당과소신고가산세 부과처분 가운데 일반과소신고가산세를 초과하는 부분은 위법함

판 결 사 건 2025구합50132 부가가치세부과처분취소 원 고 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ 주식회사 피 고 ㅇㅇㅇ세무서장 판 결 선 고 2025. 11. 14.

1. 피고가 2023. 10. 16. 원고에 대하여 한 부가가치세(가산세 포함) 2018년 제2기분 33,125,400원의 부과처분 중 24,895,535원을 초과하는 부분, 2019년 제1기분 105,297,390원의 부과처분 중 78,523,380원을 초과하는 부분, 2019년 제2기분 133,789,370원의 부과처분 중 98,942,223원을 초과하는 부분, 2020년 제1기분39,229,400원의 부과처분 중 28,763,706원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/4는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 10. 16. 원고에 대하여 한 부가가치세 2018년 제2기분 33,125,400원, 2019년 제1기분 105,297,390원, 2019년 제2기분 133,789,370원, 2020년 제1기분 39,229,400원 합계 311,441,560원(가산세 합계 150,808,096원 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 주식회사 피AAA(이하 ‘피AAA’라 한다)는 음식료 제조 및 판매업, 음식점 운영업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2016. 7. 12. ○○시로부터 그 소유의 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 806에 위치한 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ경기장 내 공유재산인 근린생활시설 중 4개 시설(1층부터 3층까지 건물면적 합계 30,007㎡, 부지면적 합계 96,644.92㎡,이하 ‘이 사건 경기장’이라 한다)을 2016. 7. 12.부터 20년간 대부받는 내용의 대부계약(이하 ‘이 사건 대부계약’이라 한다)을 체결하였으며, 그 주요내용은 아래와 같다. 아래 재산에 대하여 대부하는 자 ○○시장(이하 ‘대부자’라 한다)과 피AAA(이하‘대부받는 자’라 한다)는 다음과 같이 대부계약을 체결한다.

◦ ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 806 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ경기장 내 ◦ 건명: ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ경기장 수익시설

6. 업 종: 컨벤션웨딩홀, 가구백화점, 스포츠센터, 음식점업 및 부속되는 사업 제1조(대부계약) 대부자는 앞장에 표기한 공유재산을 대부받는 자에게 대부하고 대부받는 자는 위 공유재산을 본 계약규정 및 붙임의 각서에 따라 사용한다. 제10조(대부료 납부 등) ① 대부료는 1년분을 전액 납부하여야 하며, 대부료의 납부기한은 매년 당초 개점일에 해당하는 날로부터 30일 이전으로 한다. 제11조(준수의무) ① 대부받는 자는 공유재산의 보존책임과 사용 또는 수익의 목적에 필요한 비용 등의 부담을 지고, 공유재산을 유지·관리·운영함에 있어 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하여야 하며, 공유재산과 관련되는 일체의 사고 등에 대하여 그 책임을 진다.

⑥ 대부받는 자는 공유재산에 대한 사용권 이외의 권리주장을 할 수 없으며, 공유재산의권리이전 및 전대는 허용되지 않는다. 제16조(관리의무) ① 대부받는 자는 공유재산의 전반적인 유지관리·운영에 책임이 있으며,공유재산 운영과 관련하여 대부자 및 제3자에게 손해를 발생시킨 경우에는 민사상의 책임을 져야 한다.

⑥ 대부받는 자는 공유재산의 체계적이고 효율적인 관리 및 운영을 위하여 별도의 관리법인을 설립할 수 있다. 다만, 별도의 관리 법인에게 공유재산에 대한 관리 및 업무를 위임할 경우에는 사전에 대부자의 승인을 받아야 한다.

⑦ 제6항의 관리법인은 공유재산을 관리·운영함에 있어 대부받는 자의 책임, 권리와 의무를 승계 받아 성실히 수행하여야 한다. 제18조(금지행위) 대부받는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하지 못한다.

2. 공유재산의 전대 또는 권리의 처분 제26조(대부자에 의한 계약의 해제·해지) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대부자는 언제든지 대부받는 자와 체결한 계약의 전부 또는 일부를 해제·해지할 수 있다.

5. 공유재산을 전대하거나 공유재산의 원상을 대부자의 동의 없이 변경한 경우 제33조(계약의 해석 등) ① 본 계약에 명시되지 아니한 사항에 대하여는 공유재산 및 물품관리법, 공유재산 및 물품관리법 시행령, 지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률, 지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령, 지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙, □□□ 공유재산 관리 조례, □□□ 공유재산 관리 조례 시행규칙 등 관련 법령과 계약 관습에 따른다.

• 나. 피AAA는 2017. 12. 29. 이 사건 대부계약 제16조 제6항에 의하여 이 사건 경기장을 관리 및 운영할 원고를 설립하였고, 2018. 2. 1. 피고로부터 원고의 설립을 승인 받았으며, 2018. 4.경부터 이 사건 경기장에서 예식장 등의 영업을 시작하였다.
• 다. ○○시로부터 이 사건 경기장의 관리, 대부료 부과 등의 업무를 위탁받은 ○○시설공단은 ○○시를 대신해 원고에게 2018년도 내지 2020년도의 대부료(부가가치세 포함)를 산정하여 부과하였고, 원고는 위 대부료(부가가치세 포함)를 납부하였으며 별지1 기재와 같이 2018. 12. 21.(2018년 제2기)부터 2020. 3. 15.(2020년 제1기)까지 ○○시로부터 위 대부료에 대하여 공급받는 자를 원고로 하는 매입세금계산서(공급가액 합계 1,606,334,810원, 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 각 발급받아 위 대부료를 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 라. 그런데 ○○시는 업무처리담당자가 변경된 이후 이 사건 세금계산서를 피AAA에게 발급하여야 한다면서 이를 취소하고 피AAA에게 세금계산서를 재발행하였 으며, 2020. 9. 21.부터 이 사건 경기장의 대부료에 대하여 공급받는 자를 피AAA로 하여 세금계산서를 발급하고 있다.
• 마. 피고는 원고에 대한 과세자료를 처리하던 중 이 사건 대부계약의 계약당사자가 원고가 아닌 피AAA이고 원고가 피AAA로부터 이 사건 대부계약을 승계받은 사실이 없다는 점을 확인한 후, 이 사건 대부계약에 따라 이 사건 경기장을 대부받은 자는 원고가 아니므로 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2023. 10. 10. 원고에게 아래 표와 같이 2018년 제2기 부가가치세 33,125,400원(가산세 16,665,659원 포함), 2019년 제1기 부가가치세 105,297,390원(가산세 51,749,358원 포함), 2019년 2기 부가가치세 133,789,370원(가산세 64,095,068원 포함), 2020년 제1기 부가가치세 39,229,400원(가산세 18,298,011원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 2023. 12. 20. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 10. 16. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함하며, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지2 기재와 같다.

• 가. 원고는 이 사건 대부계약 제16조 제6, 7항에 따라 피AAA의 책임과 권리, 의무를 ○○시의 승인 하에 승계한 사실상 승계인에 해당하며, 설령 승계인으로서의 지위가 인정되지 않더라도 이 사건 대부계약 시부터 이 사건 경기장을 사용·수익할 지위에 있고 그에 따른 대부료를 납부할 수 있는 지위에 있다고볼 수 있다. 따라서 원고가 이 사건 대부계약에 따라 대부료를 ○○시에 납부하고 수취한 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다(이하 ‘제1주장’이라 한다).
• 나. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도, 원고는 그 사실에 대한 선의의 거래당사자에 해당하므로, 피고가 이 사건 세금계산서에 관하여 매입세액을 불공제한 것은 부당하다(이하 ‘제2주장’이라 한다).
• 다. 원고는 ○○시의 승인 아래 이 사건 경기장에서 웨딩홀 사업을 영위하면서 ○○시가 원고에게 발행한 이 사건 세금계산서를 통해 매입공제를 받아왔다. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도 원고의 행위는 실제 거래와 상응하는 것으로 원고가 매입세액 공제 부분의 납세의무가 있다는 사실을 알기 어려운 상황이었다. 따라서 원고의 매입세액 공제가 잘못된 것이라 하더라도 원고에게 그 의무이행을 기대하는 것은 무리라고 할 것인바, 원고에게 가산세를 부과하는 것은 부당하다(이하 ‘제3주장’이라 한다).

• 가. 제1주장 및 제2주장에 관한 판단

1. 관계 규정 내지 관련 법리

• 가) 전 단계 세액공제법을 채택하고 있는 부가가치세법 아래에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 하므로, 사업자등록과 함께 부가가치세 제도를 효과적으로 시행하기 위한 필수적인 요소이다. 이러한 취지를 반영하여 부가가치세법령에서는 세금계산서의 필수적 기재사항을 정하는 한편, 이러한 필수적 기재사항이 세금계산서에서 누락되거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없도록 규정하고 있다. 구체적으로 부가가치세법 제32조 제1항 은 세금계산서의 기재사항으로 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭(제1호)’, ‘공급받는 자의 등록번호(제2호)’를 들고 있고, 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다. 다만 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 단서 및 그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제75조 제2호 는, 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는, 해당 매입세액은 매출세액에서 공제하도록 정하고 있다. 그리고 여기에서 ‘사실과 다르다’는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이, 재화 등에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등 형식적인 기재내용에 불구하고, 그 재화 등을 실제로 공급하거나 공급받는 주체나 가액, 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결 등 참조). 나) 부가가치세법 제32조 제1항 에 의하면, 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 이를 공급받는자에게 세금계산서를 발급하여야 한다. 여기서 ‘용역을 공급받는 자’라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 역무 등을 제공받는 자를 의미하므로, 계약상 원인에 의하여 ‘용역을 공급받는 자’가 누구인가를 결정할 때에는 당해 용역공급의 원인이 되는 계약의 당사자 및 그 내용, 위 용역의 공급은 누구를 위하여 이루어지는 것이며 그 대가의 지급관계는 어떠한지 등 제반 사정을 고려하여야 한다(대법원 2006. 12. 22. 선고2005두1497 판결 등 참조).
• 다) 민사재판에서 다른 민사사건 등의 판결에서 인정된 사실에 구속받는 것은 아니라고 할지라도 이미 확정된 관련 민사사건에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거가 되므로 합리적인 이유를 제시하지 않고 이를 배척할 수 없고(대법원 2020. 7. 9. 선고 2020다208195 판결 등 참조), 이는 행정재판 역시 마찬가지이다.

2. 구체적 판단 위 법리를 토대로 보건대, 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거, 갑 제5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합해 보면, 이 사건 대부계약에 따른 ‘용역을 공급받는 자’는 그 계약당사자인 피AAA로 봄이 타당한바, 공급받는 자를 원고로 하여 발행된 이 사건 세금계산서는 ‘사실과 다르게 기재된 세금계산서’에 해당한다고 인정할 수 있으며, 원고가 그 사실을 알지 못하였거나 알지 못한 데에 과실이 없다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

• 가) 원고가 ○○시를 상대로 제기한 인천지방법원 2022가합56301호 대부계약자지위확인 사건에서 위 법원은 2023. 9. 22. 원고가 이 사건 대부계약의 당사자에 해당한다거나 ○○시의 동의 내지 승낙으로 원고가 피AAA의 지위를 승계하였음을 인정하기 어렵다고 판단하였고, 이에 대해서 원고가 서울고등법원(인천) 2023나15071호로 항소하였으나, 위 항소심 법원은 원고의 항소를 기각하였으며, 해당 판결은 2024. 9. 21. 확정되었다(이하 ‘선행소송’이라 한다). 이 사건에서 선행소송의 판단이 명백히 불합리하다고 볼 만한 다른 증거가 제출되지 않았는바, 원고가 이 사건 대부계약의 당사자 지위에 있거나 ○○시의 동의 내지 승낙으로 원고가 피AAA의 지위를승계하였음을 인정하기 어렵다는 선행소송의 판단을 배척할 수 없다. 원고가 이 사건 대부계약의 당사자 지위에 있다고 보는 이상, 이 사건 대부계약상 이 사건 경기장을대부받는 주체 및 대부료 납부의무의 주체는 계약당사자인 피AAA로 보아야 한다.
• 나) ○○시 측이 원고에게 대부료 납부 부과 공문을 발송하고, 원고 명의의 이 사건 세금계산서를 발급한 사실은 인정되나, ○○시는 이후 원고의 이 사건 대부계약의 목적물에 대한 전적인 사용ㆍ수익에 대한 문제를 제기하며 2021. 10. 7.경 및 2022. 2. 11.경 원고에게 피AAA와의 합병을 요청하였고, 이 사건 경기장에 대한 무단 점유 해소를 촉구하였으며, 원고 명의로 이 사건 세금계산서를 발급한 뒤 2023. 3.경 국세청에 위 대부료 부가가치세에 대하여 수정신고를 하고 가산세 203,439,579원을 납부하기도 하였는바, AAA가 원고를 이 사건 대부계약의 당사자로 파악하여 원고에게 이 사건 세금계산서를 발행하는 등의 행위를 한 것으로 보기는 어렵다. 나아가, 원고는 2019. 11. 15. 피고에게 대부료 체납처분 유예를 요청하면서 보낸 공문에서 “원고가 피AAA가 당사자로 되어 있는 현 대부계약에 연대보증을 하겠습니다.”라고 기재하여 이 사건 대부계약의 당사자가 피AAA임을 명시하였다. 또한 원고와 ○○시 및 피AAA가 체결한 합의서에서 “원고는 ○○시 주장 미납 대부료 중 15억 원을, 피AAA 명의로, 아래와 같이 2022. 12. 31.까지 분할하여 납부하기로 한다”고 정하였으며, 원고는 2022. 3. 16.경부터 2024. 3. 29.경까지 AAA에게 피AAA 명의로 대부료를 납부하였다. 이러한 사정을 고려하면, 원고와 ○○시 및 피AAA는 이 사건 대부계약의 대부받는 자이자 대부료 납부의 주체를 원고가 아닌 피AAA로 인식하였던 것으로 보이는바, 이 사건 대부계약의 기재와 달리 원고에게 이 사건 대부계약상 법률효과가 귀속되는 예외적인 경우에 해당한다고 보기도 어렵다.
• 다) 원고는 피AAA가 이 사건 대부계약 제16조 제6항에 의하여 ○○시의 승인을 받아 원고에게 이 사건 경기장의 관리 및 운영업무를 위임하였고, 이 사건 대부계약 제16조 제7항은 ’관리법인은 위 경기장을 관리 및 운영함에 있어 피AAA의 책임, 권리와 의무를 승계받아 성실히 수행하여야 한다‘고 규정을 근거로 원고에게 이 사건 대부계약상 대부료 납부하거나 이 사건 경기장을 사용할 수 있는 권한이 있다고 주장하나, ① 이 사건 대부계약 제11조 제6항은 ‘공유재산의 권리이전 및 전대는 허용 되지 않는다’고 규정하고 있고, 제18조 제2호는 ‘공유재산의 전대 또는 권리의 처분’을 금지하고 있으며, 제26조 제1항 제5호는 ‘공유재산을 전대하는 경우 대부계약을 해제ㆍ해지할 수 있다’고 규정하여 공유재산 및 물품 관리법 제35조 제1항 과 마찬가지로대부계약상 권리 이전을 금지하고 있는 점, ② 이 사건 대부계약서 초안의 제16조 제6항(당초 제16조 제5항에 규정되어 있던 내용이 제16조 제6항에 규정되었다)에는 본문의 내용□□□정되어 있었으나, ○○시는 위 계약서를 내부적으로 심사한 결과 ‘대부재산의 체계적이고 효율적인 관리 및 운영이라는 관리 법인의 업무범위가 지나치게 추상적이고 포괄적이어서 실질적인 대부재산의 관리 및 운영을 별도의 법인이 처리하게 될 우려가 있어 관련 법인에게 업무를 위임하고자 할 경우에는 사전에 ○○시의 승인을 받도록 계약서를 보완할 필요가 있다‘는 의견 표명하였고, 이에 같은 항 단서가 추가된 점, ③ 이 사건 대부계약의 당사자로 선정되기 위해서는 수의계약요청서, 예비낙찰자 자체평가표, 결산보고서, 사업계획서 등의 여러 서류를 종합하여 위 계약에 따른 권리 및 의무를 이행할 자격을 갖추었는지를 검토하는 과정(수의계약지정관련 심사)을 거쳐야 하고, 피AAA도 이러한 심사를 거쳐 이 사건 대부계약 당사자로 선정되었는데, 원고에 대하여 위와 같은 심사가 이루어졌다고 볼 사정은 없는 점 등을 고려하면, 이 사건 대부계약 제16조 제6, 7항은 피AAA가 위 조항에 따라 설립된 별도의 관리법인인 원고에게 이 사건 대부계약의 목적물에 대한 효율적인 관리 및 운영을 위하여 필요한 범위 내에서 ○○시의 승인을 받아 이 사건 대부계약의 목적물의 관리 업무를 위임할 수 있다는 취지의 규정에 불과하다고 봄이 상당한바, 이를 근거로 원고가 자신을 위하여 이 사건 대부계약상 대부료 납부하거나 이 사건 경기장을 사용할 수 있는 권한이 있다고 볼 수는 없다.
• 라) 원고가 들고 있는 서울고등법원(인천) 2021나17165 사건의 판결의 이유 중에는 ’원고는 이 사건 대부계약 제16조 제7항에 의한 관리법인으로서 공유재산을 관리,운영함에 있어 대부받은 자인 피AAA가 대부계약에 따라 가지는 책임과 권리ㆍ의무를 승계받았다는 점에 대하여는 당사자들 사이에 다툼이 없다‘는 판시가 있으나, 이는 초과납부한 대부료 상당의 부당이득반환청구권 등을 ’위 대부계약상 당사자가 아닌‘원고가 위 규정에 의하여 행사할 수 있다는 취지이고, 전체적인 내용에 비추어 보더라도 원고가 피AAA의 계약당사자 지위를 포괄적으로 승계하였음을 인정하는 의미로 볼 수는 없다.
• 마) 앞서 본 바와 같이, 원고는 이 사건 대부계약의 대부받는 자이자 대부료 납부의 주체를 원고가 아닌 피AAA로 인식하고 있었다고 할 수 있으므로, 피AAA가 아닌 원고 명의로 발급된 이 사건 세금계산서가 ‘사실과 다르게 기재된 세금계산서’에해당한다는 사실을 알았거나 알 수 있었다고 봄이 상당하다.
• 나. 제3주장에 관한 판단

1. 위장수취가산세 부과의 적법 여부 가) 부가가치세법 제60조 제3항 에서는 ‘사업자가 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서등을 발급한 경우[가공발급] 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트(제1호)의 금액을, 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우[가공수취] 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트(제2호)의 금액을, 재화또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우[위장발급] 그 공급가액의 2퍼센트(제3호)의 금액을, 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우[위장수취] 그 공급가액의 2퍼센트(제4호)의 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.’라고 규정하여 가산세를 부과하고 있다.

• 나) 갑 제7호증, 을 제3호증의 각 기재 및 변론전체의 취지에 의하면, 피고는 이 사건 처분 당시 원고가 수취한 이 사건 세금계산서에 대하여 부가가치세법 제60조 제3항 제4호 에 따른 위장수취가산세(2%)가 적용되는 경우라고 보아 공급가액의 2%에 해당하는 금액을 가산세로 부과한 사실이 인정된다. 부가가치세법 제60조 제3항 제4호 는 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서를 발급받은 경우에 적용되는 규정인데 이 사건 세금계산서는 공급받는 자의 명의가 사실과 다르게 기재되어 있을 뿐, 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 발급된 것은 아닌바, 이 사건 처분 중 위장수취가산세 부과처분 부분은 위법하므로 취소되어야 한다. 이에 대하여 피고는 원고가 이 사건 세금계산서를 발급받은 것이 부가가치세법 제60조 제3항 제2호 에서 정하고 있는 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우인 가공수취로 그 공급가액의 3%의 금액을 가산세로 부과할 수있는바, 이 사건 처분에서 부가가치세법 제60조 제3항 제4호 에 따라 위장수취 가산세(2%)를 부과하는 것도 가능하다는 취지로 주장하나, 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우인 가공수취와 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우인 위장수취는 기본적 사실관계가 동일하다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분 중 위장수취 가산세 부과처분 부분의 처분사유를 가공수취로 변경하는 것은 불가한바(대법원 2011.11. 24. 선고 2009두19021 판결 등 참조), 피고의 위 주장은 이유 없다.

2. 부당과소신고가산세 부과의 적법 여부 가) 국세기본법 제47조의3 에서 부당무신고 내지 부당과소신고의 경우에 가산세를 중과하는 이유는 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 경우에는 조세의 부과와 징수가 불가능하거나 현저히 곤란하므로 납세의무자로 하여금 성실하게 과세표준을 신고하도록 유도하기 위하여 ‘부정행위’에 의하지 아니한 경우보다 훨씬 높은 세율의 가산세를 부과하는 제재를 가하려는 것으로 이해되고, ‘부정행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하며, 국세에 관한 과세요건 사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 무신고 또는 과소신고하는 경우로서 그것이 누진세율의 회피, 이월결손금 규정의 적용 등과 같은 조세포탈의 목적에서 비롯된 것을 의미한다고 보아야 할 것이다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결, 대법원 2016. 2. 18. 선고 2015두1243 판결 등 참조). 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호 에서 정한 ‘부정행위로 부가가치세 등의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우’에 해당한다고 하기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결, 대법원 2018. 12. 27. 선고 2018두50468 판결 등 참조).

• 나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, ① 이 사건 세금계산서를 발급한 것은 지방자치단체인 ○○시로, 원고로서는 ○○시가 이 사건 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈할 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 보기 어려운 점, ② 이 사건 세금계산서의 실제 공급받는 자가 사실과 다르다고 하더라도 원고는 부가가치세 상당의 금원을 포함하여 대부료를 지급하고 이를 기초로 하여 대상 과세기간 동안 부가가치세 신고·납부를 하였던 것으로 보이는 점, ③ 전단계세액공제방식을 취하고 있는 부가가치세제의 특성상 공제되는 매입세액은 자신이 거래상대방에게 징수당한 부가가치세액 상당액이어서 실질적으로 자신이 지급한 부가가치세액 상당액을 공제받은 것에 불과하기 때문에, 납세자가 실물거래 당시 거래상대방이 매출세액을 정상적으로 신고․납부할 것으로 믿고거래상대방에게 부가가치세 상당액을 모두 지급한 경우에는 공급받는 자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서임을 알면서도 이를 수취하여 매입세액 공제를 받았다는 사정만으로는 부정행위로 볼 수 없는 점, ④ 원고가 매입세액 공제 부인으로 부가가치세를 이중으로 부담할 위험 등을 감수하여야 할 동기를 발견하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 세금계산서에 의해 매입세액을 공제받음에 있어서 ○○시가 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점을 인식하고 있었다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분 중 부당과소신고가산세 부과처분 부분은 위법하다.
• 다) 나아가 그 취소 범위에 관하여 보건대, 이 사건 처분 중 부당과소신고가산세 부과처분은 일반과소신고가산세 부과처분과는 독립한 별개의 과세처분이 아니라 동일한 세목의 가산세 부과처분으로서 그 세율만을 가중한 것에 불과하므로, 법원이 심리한 결과 부당과소신고가산세의 부과요건이 충족되지 아니하더라도 일반과소신고가산세의 부과요건이 충족된 경우라면 법원으로서는 일반과소신고가산세액을 초과하는 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2016두35335 판결 등 참조).앞서 본 바와 같이 원고가 선의의 거래 당사자라는 주장은 받아들일 수 없으므로, 일반과소신고가산세의 부과요건은 충족되었다고 볼 것인바, 이 사건 부당과소신고가산세 부과처분 가운데 국세기본법 제47조의3 제1항 에 따라 산출한 일반과소신고가산세(아래 표 ‘정당세액 계산내역 일반과소신고’란 기재 금액)를 초과하는 부분이 취소되어야 한다.

3. 소 결 이 사건 처분 중 위장수취가산세 부과처분 부분과 부당과소신고가산세 부과처분 가운데 일반과소신고가산세를 초과하는 부분은 위법하므로, 해당 부분을 제외하고 산정한 정당한 세액은 아래 표의 ‘정당세액 계산내역 합계’란 기재와 같다(원고는 피고의이와 같은 세액 산정에 관하여 특별히 다투고 있지 않다). 그렇다면 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분 중 아래 표의 ‘정당세액 계산내역 합계’란 기재 금액을 초과하는 부분은 모두 위법하여 취소되어야 한다.

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.