1세대 2주택이 아닌 1세대 3주택으로 보아 처분한 이 사건 부과처분은 적법함

사 건 2025구단50297 양도소득세 부과처분취소 원 고 이AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 12. 23. 판 결 선 고

2026. 1. 27.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 10. 16. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 양도소득세 292,446,000원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고의 배우자 ○○○는 2015. 9. 14. 전남 ○○○○ ○○○ ○○○ 674-6 소재 단층주택(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 취득하였다.
• 나. 원고는 2016. 11. 18. 인천 ○○○ ○○○ ○○-6 ○○○○○1차 ○○○○동 ○○○2호(이하 ‘이 사건 기존 아파트’라 한다)를 5억 500만 원에 취득하였다.
• 다. ○○○는 2021. 3. 31. 인천 ○○○ ○○○ ○○-7 ○○○○○○○○○ 201동 2104호(이하 ‘이 사건 신규 아파트’라 한다)를 취득하였다.
• 라. 원고는 2022. 3. 29. 이 사건 기존 아파트를 9억 4,400만 원에 양도하였다.
• 마. 원고는 이 사건 기존 아파트 양도와 관련하여 일시적 2주택으로 비과세가 적용되는 경우로 보아 2022년 귀속 양도소득세 신고를 하지 아니하였고, 이에 피고는 이 사건 기존 아파트가 양도 당시 조정대상지역에 소재하였고, 1세대 3주택자로서 소득세법 제89조 에 따른 비과세 적용대상이 아니라고 판단하여 2024. 10. 16. 원고에게 2022년 귀속 양도소득세 292,446,000원(가산세 80,691,261원 포함)의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 11. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2025. 4. 1. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 15호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 주택은 전남 읍면에 소재하고 있고 기준시가가 3억 원을 초과하지 않아 구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의10 제1항 제1호, 제8호에 따라 주택의 수에 산입되지 아니하고, 이 사건 기존 아파트를 취득한 후 1년이 경과한 후에 이 사건 신규 아파트를 취득하였고, 그로부터 1년 이내에 이 사건 기존 아파트를 양도하였으며, 원고 세대가 이 사건 기존 아파트를 2년 이상 보유 및 거주하였으므로, 원고의 이 사건 기존 아파트 양도는 일시적 1세대 2주택자의 양도로서 비과세 적용대상에 해당하므로 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). (2) 소득세법 제89조 제1항 3호 나목에서는 ‘1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거보양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택의 양도로 발생하는 소득에 대하여 과세하지 아니한다’고 규정하고 있고, 이와 같은 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 은 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 종전의 주택을 양도하기 전에 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 본다’고 규정하면서 제2호는 ‘종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우’라고 정하고 있고, 가목에서는 ‘신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사하고 주민등록법 제16조 에 따라 전입신고를 마친 경우’를, 나목에서는 ‘신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우’를 각 규정하고 있다. 따라서 국내에 1주택을 소유한 1세대가 종전의 주택을 양도하기 전에 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상 지난 후 신규 주택을 취득하고, 종전의 주택과 신규 주택이 모두 조정대상 지역에 소재한 경우라면 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 신규 주택으로 세대전원이 이사하고 전입신고를 마치고 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도한 경우에 1세대 1주택으로 보아 비과세가 적용된다고 할 것이다.

(3) 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 기존 아파트 양도 당시 원고 세대는 원고 명의의 이 사건 기존 아파트와 ○○○ 명의의 이 사건 주택 및 이 사건 신규 아파트를 각 보유하여 총 3채의 주택을 보유하고 있었다. 게다가 이 사건 기존 아파트와 이 사건 신규 아파트는 모두 인천광역시 연수구에 소재하고 있고, 연수구는 2020. 6. 19. 조정대상지역으로 지정되었다가 2022. 11. 14. 해제되어 이 사건 신규 아파트 취득 당시 및 이 사건 기존 아파트 양도 당시 조정대상지역에 소재하고 있었는바, 원고는 ○○○가 이 사건 신규 아파트를 취득한 2021. 3. 31.로부터 1년이 경과한 이후인 2022. 4. 6. 이 사건 신규 아파트로 전입신고를 마쳤다. 결국 원고는 앞서 본 관계 법령에 따른 비과세 요건을 갖추지 못하였으므로, 이를 전제로 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.

(4) 원고는, 이 사건 주택의 경우 수도권 외에 소재하고 기준시가가 3억 원을 초과하지 않아 비과세 판정시 주택수에 산입되지 않는다는 취지로 주장하므로 살피건대, 원고가 이와 같이 주장하는 근거규정은 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제1호, 제8호로서 이는 비과세가 아닌 양도소득의 중과세율 적용에 관련된 규정에 해당하여 이를 곧바로 적용할 수 없고, 달리 이를 준용하는 규정도 없을 뿐만 아니라, 앞서 본 법리에 따르면 원고가 주장하는 비과세 부분은 명백한 특혜규정에 해당하므로 이를 유추적용할 수도 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없어 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.