원고들이 제출한 이 사건 신고서는 2019년 귀속 양도소득세 예정신고서로 보아야 함

사 건 2025구합50226 원 고 A 피 고 B세무서장. C세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 9. 판 결 선 고

2025. 11. 4.

1. 원고(선정당사자)의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고(선정당사자)가 부담한다. 청 구 취 지 피고 B세무서장이 2024. 11. 11., 원고(선정당사자, 이하 ‘원고’라고만 한다)에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 xxx원 및 선정자 D에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 xxx원의 각 부과처분을 취소한다. 피고 C세무서장이 2024.11. 16. 선정자 E에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 xxx원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고 및 선정자 D, E(이하 원고와 선정자들을 구분하지 않고 통칭할때에는 ‘원고들’이라 하고, 원고와 선정자들을 개별적으로 지칭할 때는 ‘원고 ○○○’이라 한다)는 2000. 2. 28. 인천시 F 대지 xx㎡, 같은 동 G 대지 xx㎡ 및 같은 동 H건물 4층 근린생활시설 xx㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 공동으로 상속받아 소유하였다.
• 나. I주택재건축정비사업조합(이하 ‘소외 조합’이라 한다)은 2011. 1. 31. 원고들을 상대로 서울서부지방법원 2011가합1286호로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기 등 청구 소송을 제기하여 2012. 9. 7. 승소 판결을 선고받았고, 위 판결은 항소심(서울고등법원 2012나79790)을 거쳐 2013. 10. 8. 확정되었다.
• 다. 소외 조합은 2018. 4. 25. 피공탁자를 원고 A로, 2018. 6. 12. 피공탁자를 원고 D, E로 하여 보상금 합계 784,661,784원을 공탁한 후 2018. 6. 25. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료하였다.
• 라. 원고들은 2018. 12. 3. 및 2019. 5. 13. 위 공탁금을 회수한 후 원고 A, D는 2019. 7. 2., 원고 E는 2019. 6. 30. 피고 B세무서장에게 각 이 사건 부동산의 양도일을 2019. 5. 13.로, 양도금액을 xx원으로 하여 2019년 귀속 양도소득세로서 원고 A는 xx원, 원고 D, E는 각 xx원에 관한 예정신고서(이하 ‘이 사건 신고서’라 한다)를 제출하고, 2019. 7. 29. 해당 금액을 납부하였다.
• 마. 피고 B세무서장은 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기접수일인 2018. 6.25.을 양도일로 하고, 공탁금액 784,661,784원에 소외 조합이 대환한 이 사건 부동산에 관한 대출금 xxx원을 합한 xxx원을 양도가액으로 하여 2024. 9. 10. 2018년 귀속 양도소득세로서, 원고 A에게 xxx원(무신고가산세 xxx원, 납부지연가산세 xxx원 포함), 원고 D, E에게 각 xxx원(무신고가산세 xxx원, 납부지연가산세 xxx원 포함)을 경정하겠다는 세무조사결과통지를 하였고, 원고들은 2024. 9. 24. 과세전적부심사청구를 제기하였으나 2024.10. 30. 불채택 결정을 받았다.
• 마. 피고 B세무서장은 2024. 11. 11. 원고 A, D에게, 피고 C세무서장은 2024. 11. 16. 원고 E에게 위 각 금액을 결정․고지하였고(이하 ‘이 사건 각처분’이라 한다), 이에 원고들은 2024. 12. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. 3. 27. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장

(1) 원고들은 공탁금을 실제 수령한 날을 양도일로 판단하여 양도소득세 신고를 하였는바, 비록 2019년 귀속 양도소득세 예정신고서를 제출하기는 하였으나 그 경위에 비추어 보면, 이는 실질상 2018년 귀속 양도소득세 기한후신고로 보아야 한다. 그리고이와 같이 기한후 신고로 볼 경우 피고로서는 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의3 제3항에 따라 원고들에게 신고일부터 3개월 이내에 수정된 세액을 통지해야 함에도 이러한 절차를 이행하지 아니하였다. 따라서 이 사건 처분은 위와 같은 절차가 지켜지지 아니한 채 이루어진 것으로서위법하다(①주장).

(2) 피고가 원고들의 기한후 신고에 관하여 구 국세기본법 제45조의3 제3항 에 따른 통지의무를 이행하지 아니하였으므로, 원고들이 이 사건 신고서에 따라 신고한 날로부터 위 규정에서 정한 통지기간인 3개월이 경과한 2019. 9. 30. 및 2019. 10. 2.경 원고들의 납세의무가 확정되었다고 봄이 상당하고, 그로부터 5년이 경과함으로써 피고의 국세징수권은 시효로 소멸하였다고 할 것이므로, 그 이후에 이루어진 이 사건 처분은 위법하다(②주장) 1).

• 나. 관계 법령 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 결국 이 사건의 쟁점은 원고들이 제출한 이 사건 신고서를 원고들의 주장처럼 2018년 귀속 양도소득세 기한후신고로 볼지, 피고의 주장처럼 2019년 귀속 양도소득세 예정신고로 볼지 여부이다. 살피건대, 앞서 인정한 사실 및 인용한 증거들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고들이 제출한 이 사건 신고서는 명확히 2019년 귀속 양도소득세 예정신고서로 표시되어 있고, 그 양식도 기한후신고가 아닌 예정신고 절차에 적합하게 작성되어 있는 점, ② 예정신고와 기한후신고는 근거법령과 납세의무 확정력, 제출서류와 처리 절차, 제척기간 등에 있어 명확히 구별되는 별개의 신고인 점, ③ 원고들은 공탁금을 2019년도에 수령하였기에 2019년도 귀속 양도소득세 예정신고를 한 것으로, 원고들의 의사 또한 기한후신고의 의사가 아닌 예정신고의 의사였던 점, ④ 설령 원고들이 양도소득시기에 관한 법리 등을 잘못 해석하거나 알고 있었다고 하더라도 이는 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는 점, ⑤ 오히려 예정신고와 기한후신고를 구별함에 있어 실제 제출된 신고서의 형식이나 제출시기 등을 고려함이 없이 원고들의 주장처럼 판단할 경우 신고인이 결과적으로 본인에게 유리한 신고로 그 신고의 성격을 번복하여 주장할 여지가 있을뿐만 아니라, 그로 인하여 법적 안정성과 예측가능성이 심각하게 훼손될 우려가 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고들의 이 사건 신고서를 통한 양도소득세 신고는 2019년 귀속 양도소득세 예정신고로 봄이 상당하다.

(2) 따라서 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 원고들의 신고가 기한후신고임을 전제로 한 위 각 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고들의 각 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 그 외에 이 사건 소장에 의하면, 원고들의 양도소득세 신고를 기한후 신고로 보아야 한다는 전제에서 제척기간이 5년이 적용됨으로써 피고의 징수권은 원고들이 양도소득세를 납부한 2019. 7. 29.로부터 5년이 경과한 2024. 7. 29.에 소멸하였으므로, 그 이후에 이루어진 이 사건 처분은 위법하다는 취지의 주장도 있으나, 그 이후 제출된 원고의 2025. 9. 8.자 준비서면에 따라 ②주장으로 변경된 것으로 보인다. 다만, 원고들의 의사가 위 주장 역시 병행하여 유지하는 것이라는 가정하에 보건대, 설령 원고들의 주장처럼 원고들의 신고를 기한후 신고로 보더라도 이것 또한 법정신고기한 내 신고가 이루어지지 않았다는 점에서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 에 따라 제척기간 7년이 적용된다고 할 것이어서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.