비영리회계 전입만으로 고유목적사업에 사용한 것으로 보는지 여부

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 12. 4. 원고에게 한 2021사업연도 법인세 4,475,037,286원의 경정처분을 취소한다.

1.처분의경위

• 가. 원고는 19. . . 사립학교법에 따라 설립된 학교법인으로, 19. . . 00 00구 00동 000-00 00지 00000㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 출연받아 수익용기본재산으로 보유하며 부동산 임대사업에 사용하였다.
• 나. 원고는 2014. 7. 17. BB시교육감으로부터 이 사건 토지에 대한 수익용기본재산 처분허가를 받고, 2015. 10. 8. 주식회사 AAAAA에게 이 사건 토지를 000억0000만 원에 매도하였으며, 2015. 11. 27. 주식회사 AAAAA에게 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 다. 원고는 2016. 5. 25. 이 사건 토지의 양도차익 ,,,0원[= 매도가액 억 만 원 - 취득가액 ,,,(이 사건 토지 면적 00000㎡ × 00,000원(19. . . 공시된 이 사건 토지의 기준시가)]을 수입으로 계상하여 2016사업연도(2015. 3. 1. ~ 2016. 2. 28.)에 대한 법인세신고를 하면서, 이 사건 토지의 양도차익을 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금에 산입하였다가 이를 정기예금에 예치하고 비영리사업회계로 전출하면서 고유목적사업에 지출한 것으로 보아 위와 같이 설정한 고유목적사업준비금과 상계한 것으로 처리하였다.
• 라. BB지방국세청장은 2023년경 원고가 2016사업연도에 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금에 산입한 이 사건 토지 양도차익 18,416,293,500원과 관련하여 구 법인세법(2021. 3. 16. 법률 제17924호로 개정되기 전의 것) 제29조 제5항 제4호에 따라 고유목적을 손금에 산입한 2016사업연도의 종료일인 2016. 2. 28. 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에 사용하였는지 여부에 대한 사후관리 업무를 진행하면서, 원고가 비영리사업회계로 전출한 이 사건 토지 양도차익을 정기예금으로 운용 중인 것을 확인하였다.
• 마. BB지방국세청장은, 원고가 이 사건 토지 양도차익을 정기예금에 예치한 후 비영리사업회계로 전출한 사정만으로는 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없다는 이유로, 원고에 대하여 이 사건 토지 양도차익을 손금에 산입한 2016사업연도 종료일인 2016. 2. 28.부터 5년 내 사용하지 않은 이 사건 토지 양도차익 전부를 2021사업연도(2020. 3. 1.~2021. 2. 28.)의 익금에 산입하여 산정된 법인세 5,532,985,940원을 경정·고지하도록 피고에게 통보하였고, 이에 따라 피고는 2023. 12. 4. 원고에게 2021사업연도 법인세 5,532,985,940원을 경정·고지하였다.
• 바. 원고는 위 2023. 12. 4. 자 법인세경정처분에 불복하여 2024. 2. 27. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원장은 2024. 8. 7. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
• 사. 피고는 2025. 2. 4. 이 사건 토지의 양도차익을 1990. 8. 30. 공시한 공시지가 140,000원/㎡이 적용하여 ,,080,000원[= 매도가액 000억 0000만 원 - 취득가액,,,000원(이 사건 토지 면적 0000㎡ × 140,000원)]으로 재산정하고 이를 과세표준으로 하여 2021사업연도 법인세를 4,475,037,286원으로 감액경정하였으며, 2025.2. 6. 원고에 대하여 과다징수한 2021사업연도 법인세 1,057,948,654원을 환급해주었다(이하 2023. 12. 4. 자 법인세 경정처분 중 위와 같이 감액경정 되고 남은 4,475,037,286원의 경정처분을 ‘이 사건 처분‘이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

원고는 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 사립학교법에 따른 학교법인으로 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문에 따라 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 할 수 있다. 원고는 이 사건 토지 양도차익을 비영리사업회계에 전입하여 그 원본은 금융기관에 예치하고 있고 그 이자 수입은 원고의 고유목적인 학교운영자금으로 사용하고 있으므로, 이와 같은 비영리사업회계 전입을 명목상 전입이라고 할 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 토지 양도차액의 비영리사업회계로의 전출시점인 2016사업연도에 이를 손금으로 보고 2016사업연도 법인세 신고를 한 것에 잘못이 있다고 할 수 없다.

• 가. 인정사실 아래와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제6호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의해서 인정된다.

1. 원고는 대한민국 교육의 근본이념에 입각하여 중등교육 및 기초적인 전문교육을 실시함을 목적으로 하며, 그 목적을 달성하기 위하여 CC고등학교를 설치·경영하고 있다.

2. 원고가 2014. 7. 17. BB교육감으로부터 받은 이 사건 토지에 관한 수익용기본재산 처분허가는 ‘처분대금을 수익용기본재산(현금성 자산)에 편입’할 것 등을 조건으로 하고 있다.

3. 원고는 2016사업연도에 이 사건 토지 양도차익을 금융기관의 정기예금에 예치하였으며, 2016사업연도의 종료일인 2016. 2. 28.부터 5년을 초과하는 기간 동안 위 정기예금을 유지하였으며 그 이자 수익은 학교 운영자금으로 사용하였다.

• 나. 관계 규정 및 쟁점의 정리

1. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제3조 제3항제5호에 의하면, 비영리내국법인이 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 처분하여 생기는 수입(수익사업)은 법인세 과세대상이다. 그러나 비영리법인이 수익사업을 영위하는 것은 수익사업에서 소득을 얻어 비영리사업에 사용하기 위한 것인데 과세소득에 한하여 비영리사업에 사용될수 있도록 한다면 교육, 사회복지, 의료 등 각종 고유목적사업을 지원할 책임이 있는국가가 공익사업에 사용될 재원 중 일부를 법인세 형태로 취하여 오히려 고유목적사업의 수행을 방해하는 결과를 초래하게 된다. 이러한 상황을 방지하기 위하여 위 구 법인세법 제29조 제1항 은 ‘비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 법정 한도액 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.’고 규정하고 있으며, 고유목적사업준비금의 손금산입 특례규정인 구 조세특례제한법(2016. 5. 29. 법률 제14198호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호는 ‘사립학교법에 따른 학교법인에 대해서는 구 법인세법 제29조 제1항 제4호 에도 불구하고 해당 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.’고 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법(2021. 3. 16.법률 제17924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제5항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하도록 규정하여 기설정된 고유목적사업준비금을실제 고유목적사업에 사용하도록 사실상 강제하고 있다.

2. 반면, 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후단에서는 ‘‘학교법인의 경우 수익사업 회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.’고 규정하고 있다.

3. 위 관계 규정과 원고의 주장을 종합해 보면, 사립학교법에 따른 학교법인인 원고가 2016사업연도에 이 사건 토지 양도차익을 수익사업회계에서 비영리사업회계로 전출하였으므로, ① 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후단 규정에 따라 이 사건 토지양도차익이 비영리사업에 지출된 것으로 의제되어 원고가 이 사건 토지 양도차익을 5년 내에 고유목적사업에 사용하지 않는 경우에도 이를 익금에 산입하지 않아도 되는지, ② (이러한 경우에도 여전히 이 사건 토지 양도차익을 고유목적사업에 사용해야한다면) 원고가 이 사건 토지 양도차익을 정기예금에 예치하고 그 이자 수익을 학교운영자금으로 사용한 것만으로 고유목적사업에 사용하였다고 볼 수 있는지가 이 사건의 쟁점이라 할 것이다.

• 다. 구체적 판단

1. 이 사건 토지 양도차익의 고유목적사업 사용 의제 여부 판단

• 가) 원고가 수익용기본재산인 이 사건 토지의 처분대금을 대체 수익용기본재산(현금성 자산)에 편입할 것을 조건으로 이 사건 토지에 대한 처분허가를 받아 이를 매도한 사실은 앞서 인정한 바와 같으며, 원고가 실제로 이 사건 토지 양도차익을 정기예금으로 예치하여 그 이자 수익을 학교 운영자금에 충당하는 등 이를 수익용기본재산으로 사용하고 있다는 사실에 대하여 당사자 사이에 다툼이 없다. 사립학교법 제6조 제1항 에서 사립학교 교육에 지장에 없는 범위에서 그 수익을 사립학교의 경영에 충당하기 위하여 수익을 목적으로 하는 사업을 수익사업이라고 규정하고 있으며, 구 법인세법 제4조 제3항 제2호 에서 이자소득을 올리는 것 역시 비영리법인의 수익사업으로 규정하고 있으므로, 원고가 이 사건 토지 양도차익을 정기예금에 예치하여 이자소득을 올리는 것은 수익사업에 해당한다고 할 것이다. 이와 같이 원고는 이 사건 토지 양도차익을 비영리사업회계에 전입할 당시부터 이를 이자소득을 위한 수익사업에 사용할 목적이었고 그 후 실제 이를 수익사업에 사용하였으므로 이는명목상으로만 비영리사업회계에 전입한 경우에 해당한다고 할 것인바, 이 사건 토지 양도차익을 비영리사업회계에 전입하였다는 이유만으로 이 사건 토지 양도차익이 고유목적사업에 사용되었다고 보기는 어렵다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2012두690 판결 참조).
• 나) 나아가, 아래와 같은 관계 규정의 입법취지 내지 입법목적, 관계 규정에 의하여 인정할 수 있는 사정, 관련 법리들을 종합해 보면, 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후단에 따라 비영리사업에 지출한 것으로 의제되는 것만으로 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용하였다고 볼 수는 없으므로, 설령 원고가 이 사건 토지 양도차익을 비영리사업회계에 전입한 것이 명목상의 전입으로 평가하기 어렵더라도, 원고는 여전히 구 법인세법 제29조 제5조 제4호에 따라 5년 내에 이 사건 토지 양도차익을 고유목적사업에 실제로 사용해야 하며, 그렇지 않을 경우에는 이를 익금에 산입해야한다고 봄이 타당하다.

① 구 법인세법 제29조 는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록하기 위한 규정이다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조). 위 규정의 입법취지에 비추어 볼 때, 구 법인세법 제29조 제5항 제4호 에서 규정하고 있는 고유목적사업준비금의 고유목적사업등에 사용이라 함은 실제로 사용하는 것을 의미하고 단지 회계상 지출한 것으로 의제되는 경우는 여기에 포함되지 않는다고 보아야 한다.

② 구 법인세법 제29조 제10항 의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2021. 5. 4.대통령령 제31660호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제6항에서도 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제1호) 등을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보고 있으며, 비영리사업회계로 전입하였다는 사정만으로 고유목적사업에 지출한 것으로 의제하는 규정은 존재하지 않는다.

③ 구 법인세법 제113조 제7항 (제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.), 구 법인세법 시행령 제156조 제1항 (법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.)의 위임에 따른 법인세법 시행규칙 제76조 에서는 비영리법인의 구분경리 방법을규정하고 있을 뿐이다. 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 본문에서 일반 비영리법인이수익사업에 속하는 자산을 비영리사업 자산으로 이전하는 경우, ‘전입’ 이후 실제 ‘지출’이 발생한 경우에 거래를 인식하여 ‘㉠ 고유목적사업준비금 지출, ㉡ 소득금액(잉여금 포함) 지출, ㉢ 자본원입액 반환’의 순서로 경리하여야 한다는 원칙을 정하고 있으므로, 같은 항 후문의 ‘ 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인(사립학교법에 따른 학교법인 등)이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.’는 규정은 학교법인 등의 경우 구분경리를 함에 있어 일반 비영리법인에 비해 거래인식시점을 앞당긴 것에 불과하다고 봄이 상당하다. 이처럼 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문은 구분경리의 방법을 정한 것에 지나지 않는바, 이를 근거로 기설정된 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 실제로 사용하도록 사실상 강제하고 있는 구 법인세법 제29조 제5항 제4호 의 적용을 배제할 수 있다고 해석하는 것은 법인세법 등 관련 규정의 체계적·합목적적 해석에 부합하지 않는다.

④ 고유목적사업준비금에 의한 손금산입은 비영리법인에 대한 과세특례에 해당하므로 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 이를 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 구 법인세법 제29조 의 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따 른설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 구 법인세법 시행령 제3조 제1항 에 따른 수익사업 외의 사업에 한정되므로(구 법인세법 시행령 제56조 제5항), 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문(사립학교법에 따른 학교법인 등이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.)에서 규정하고 있는 ‘비영리사업’은 ‘고유목적사업’을 포괄하는 개념으로 보아야 하는바, 법인세법시행규칙 제76조 제4항 후문을 문언 그대로 해석하더라도 원고가 이 사건 토지 양도차익을 비영리사업회계에 전입하였다는 사정만으로 고유목적사업에 이를 지출한 것으로 의제하기는 어렵다고 할 것이다.

2. 이 사건 토지 양도차익의 고유목적사업 사용 여부 판단 구 법인세법 시행령 제56조 제5항 에서는 ‘법 제29조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접수행하는 사업으로서 제3조 제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.’고 규정하고있으며, 같은 조 제6항에서는 ‘비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제1호) 등을 고유목적사업에 지출 또는 사용한금액으로 보되, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.’고규정하고 있다. 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 토지 양도차익을 금융기관의 정기예금에 예치하고 그 이자 수익을 올리고 있는 것은 수익사업에 해당하는바, 원고는 수익사업에이 사건 토지 양도차익을 사용하고 있다고 봄이 타당하다. 이러한 수익사업이 원고의설립목적인 중등교육 및 기초적인 전문교육실시를 직접 수행하는 사업이라고 할 수는 없고, 이 사건 토지 양도차익을 예치한 정기예금이 위 교육사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 내지 무형자산에 해당하거나 그 외에 구 법인세법 시행령 제56조 제6항 각 호에 규정된 금액에 해당된다고 볼 만한 사정도 없는바, 위 규정에 비추어 볼 때 원고가 이 사건 토지 양도차익을 정기예금에 예치하고 그 이자 수입을 학교운영경비에사용하였다는 사정만으로 이를 고유목적사업에 사용하였다고 보기는 어렵다.

3. 소결 원고가 이 사건 토지 양도차익을 비영리사업회계에 전입하고 정기예금에 예치한 것만으로 이를 고유목적사업에 사용하였다고 할 수 없으므로, 이 사건 토지 양도차익을 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금에 산입한 2016사업연도의 종료일인 2016.2. 28. 이후 5년이 되는 날이 속하는 2021사업연도(2020. 3. 1.~2021. 2. 28.)의 익금에이 사건 토지 양도차익을 산입하여 법인세를 경정·고지한 이 사건 처분은 적법하다고할 것이다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.