비지정기부금단체에 지출된 기부금은 필요경비 산입 및 기부금 특별세액공제 대상에 해당하지 않음

사 건 2024구합53912 종합소득세부과처분취소 원 고 김aa 피 고

○○세무서장 외 16 변 론 종 결

2024. 11. 12. 판 결 선 고

2025. 3. 13.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 9. 19. 원고에게 한 2018년 종합소득세 xxx원, 2019년 종합소득세 xxx원 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. B교회(이하 ‘이 사건 교회’)는 재단법인 C(이하 ‘이 사건 재단’)에 소속된 종교단체이다. 이 사건 재단은 종교의 보급 등을 목적으로 민법 제32조 에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립된 비영리법인으로서, 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 마목에서 정한 지정기부금단체에 해당한다. 원고는 이 사건 교회의 교인으로서, 기존 담임목사 측의 목회 및 재정관리 등에 반대하고 위 교회의 개혁을 바라는 사람들로 구성된 D단체(이하 ‘D단체’)를 지지하고 있다.
• 나. 피고는 D단체이 지정기부금단체에 해당하지 않으므로 원고가 2018년경부터 2021년경까지 D단체에 기부한 헌금(이하 ‘이 사건 헌금’)은 사업자의 필요경비 공제대상 또는 근로소득자의 특별세액 공제대상인 기부금에 해당하지 않는다고 판단하여, 원고에게 2023. 9. 19. 2018년과 2019년 귀속 종합소득세 각 xxx원과 xxx원을 경정‧고지(이하 ‘이 사건 처분’) 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 헌금은 지정기부금단체인 B교회에 기부된 것으로 보아야 하므로 해당 기부금에 대한 필요경비 산입 및 기부금 특별공제를 적용하지 않는 것을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 ■ 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제59조의4(특별세액공제)

④ 거주자(사업소득만 있는 자는 제외하되, 제73조제1항제4호에 따른 자 등 대통령령으로 정하는 자는 포함한다)가 해당 과세기간에 지급한 기부금[제50조제1항제2호 및 제3호에 해 당하는 사람(나이의 제한을 받지 아니하며, 다른 거주자의 기본공제를 적용받은 사람은 제 외한다)이 지급한 기부금을 포함한다]이 있는 경우 다음 각 호의 기부금을 합한 금액에서 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입한 기부금을 뺀 금액의 100분의 15(해당 금액이 1천만원을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 100분의 30)에 해당하는 금액(이하 제61조 제2항에서 "기부금 세액공제액"이라 한다)을 해당 과세기간의 합산과세되는 종합소득산출세 액(필요경비에 산입한 기부금이 있는 경우 사업소득에 대한 산출세액은 제외한다)에서 공제 한다. 이 경우 제1호의 기부금과 제2호의 기부금이 함께 있으면 제1호의 기부금을 먼저 공 제하되, 2013년 12월 31일 이전에 지급한 기부금을 2014년 1월 1일 이후에 개시하는 과세기 간에 이월하여 소득공제하는 경우에는 해당 과세기간에 지급한 기부금보다 먼저 공제한다.

2. 지정기부금. 이 경우 지정기부금의 한도액은 다음 각 목의 구분에 따른다.

• 가. 종교단체에 기부한 금액이 있는 경우 한도액 = [종합소득금액(제62조에 따른 원천징 수세율을 적용받는 이자소득 및 배당소득은 제외한다)에서 제1호에 따른 기부금을 뺀 금액 을 말하며, 이하 이 항에서 "소득금액"이라 한다] × 100분의 10 + [소득금액의 100분의 20 과 종교단체 외에 지급한 금액 중 적은 금액] ■ 구 소득세법 시행령(2019. 12. 31. 대통령령 제30285호로 개정되기 전의 것) 제80조(지정기부금의 범위)

① 법 제34조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법인세법 시행령 제39조제1항 각 호의 것 ■ 구 법인세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것) 제39조(지정기부금의 범위 등)

① 법 제24조제4항에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 것을 말한다.

• 마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 민법 제32조 에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)
• 다. 판단 위 증거들, 갑 18 내지 22호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들에 비추어 보면, 이 사건 헌금은 지정기부금단체 또는 그 소속 단체에 지출한 기부금에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 그리고 이 사건 처분은 원고가 구 소득세법령에서 정한 특별세액 공제의 요건을 충족하지 못하였음에도 해당 공제 규정을 적용하여 근로소득세를 신고한 데에 오류가 있다는 이유로 구 소득세법 제80조 제2항 제1호 에 근거하여 이루어진 것이어서 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

1. E은 D단체의 재정팀장이다. E은 2020. 8.경 법원에서 ‘기부금 영수증의 기부금단체란과 기부금수령인란에 B교회라고 기재한 후, 그 옆에 D단체라는 직인을 찍어 이 사건 교회 명의의 사실증명에 관한 사문서를 위조하고 이를 600여 명의 기부자에게 교부하여 행사하였다’는 등의 범죄사실에 관하여 사문서위조죄 및 위조사문서행사죄로 유죄판결을 선고받았다[서울남부지방법원 2019고정924, 2019고정1241(병합), 2020고정345(병합)].

2. D단체은 이 사건 교회의 기존 대표자와 그 후임자 등의 교회 운영이나 인사권행사, 재정관리 등을 비판하고 이에 대항하기 위하여 위 교회의 교인 중 일부가 결성한 단체이나, D단체이 비법인사단으로서의 실체를 갖추지 못하여 독자적인 법인격을 가진 단체에 이르지 못하였다(위 형사사건 전에 제기된 서울남부지방법원 2017가합112004, 2018가합101827, 2019가합112770, 등). 그러므로 D단체 그 자체는 원칙적으로 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 마목에서 정한 지정기부금단체인 비영리법인에 해당한다고 볼 수 없다. 나아가 D단체은 이 사건 교회의 구성원 중 교회의 운영 등에 관하여 공통된 의견을 가진 일부의 사람들에 의하여 결성된 단순한 내부 모임에 불과하다고 보아야 하므로, 엄밀한 의미에서 공ㆍ사법상 단체법적 행위를 할 수 있는 단체에도 해당하지 않는다.

3. 이 사건 헌금은 이 사건 교회의 정관 또는 규약, 그 전체 구성원에 의한 총회 결의 등에서 정한 방식이 아니라 D단체이 지정한 계좌 등으로 입금되었다. 그리고 이 사건 헌금은 이 사건 교회의 전체 구성원들에 의한 의사결정 방식, 예컨대 구성원 과반수의 출석 및 출석 구성원의 과반수 찬성이나 총 구성원의 2/3 이상의 동의에 기한 방식이 아니라 D단체을 구성하는 교인들만의 의사에 따라 관리ㆍ처분되었다. 이 사건 헌금을 수령하고 기부자들에게 기부금영수증 등을 발급한 D단체의 간부는 이 사건 교회의 명의로 기부금영수증 등을 작성할 권한이 없다는 이유로 사문서위조죄로 형사처벌을 받았다. 법원과 수사기관(서울남부지방검찰청 2017형제51934)은 이 사건 헌금을 기부한 사람들이 그 사용목적을 사전에 고지 받고 이 사건 교회가 아닌 D단체에 자발적으로 금원을 기부하였으므로, D단체의 간부 등이 이를 임의로 인출하거나 사용하였더라도 민사상 불법행위 또는 형사상 업무상 배임죄에 해당하지 않는다는 취지로 판단하였다. 결국 이 사건 헌금은 지정기부금단체인 이 사건 재단 또는 그 소속 단체인 이 사건 교회에 기부되었다고 볼 수 없고, 이 사건 교회의 총유재산이 아니라 D단체 구성원들만의 재산으로 관리ㆍ처분되었다고 봄이 타당하다.

4. 한편, 원고는 ’설령 이 사건 헌금이 소득세법령 등에서 정한 특별세액 공제대상에 해당하지 않는다고 하더라도, 원고는 이 사건 헌금이 특별세액 공제대상이라고 믿었고, 그와 같이 믿은 데에 과실이 없는 선의의 거래당사자에 해당한다‘고 주장한다. 그러나 이 사건 처분은 이 사건 헌금이 기부금으로서의 객관적인 요건을 갖추지 못하였다는 이유로 이루어진 것이고, 구 소득세법령은 위와 같은 요건의 충족 여부를 판단할 때에 원고의 주관적인 인식이 어떠하였는지를 따지지 않고 있다. 따라서 원고가 공제요건을 충족한 것으로 인식하였고, 그와 같이 인식한 데에 과실이 없다고 하더라도, 이 사건 처분이 위법하다고 보기 어렵다(원고가 드는 대법원 1989. 10. 24. 선고 89누2134 판결 등은 다단계 ’거래세‘적인 성격의 부가가치세에 관한 것으로 이 사건과 사안을 달리하므로 그대로 적용할 수는 없다).

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.