4. 판단
1. 행정소송에 있어 쟁송의 대상이 되는 행정처분의 존재는 소송의 적법요건이므로, 원고가 취소를 구하는 처분이 존재하지 아니하면 그 소는 부적법하여 각하되어야 한다(대법원 1997. 8. 26. 선고 96누6707 판결 등 참조). 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경에 해당하므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두7370 판결 등 참조).
2. 피고가 원고에 대한 2021 사업연도 법인세에 대하여 세 차례에 걸쳐 감액경청처분을 하여 이 사건 처분만이 남아있음은 앞서 본 바와 같다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 처분을 초과하는 부분의 취소 청구 부분은 부적법하다.
- 나. 법인세법상 익금에 해당하는지(2.가.주장에 대한 판단)
1. 피고는 출자전환으로 인하여 원고의 순자산이 취득 주식의 시가와 채권의 장부가액의 차이만큼 증가하였다고 보고 그 증가한 금액을 익금에 산입하여 과세표준을 계산한 후 법인세를 증액 경정하였다. 구 법인세법(2021. 12. 21. 법률 제18590호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다)은 제14조 제1항에서 법인세의 과세표준이되는 소득을 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액으로 규정하면서, 제15조 제1항에서 ‘익금’이란 자본 또는 출자의 납입 및 같은 법에서 규정한 것 이외에 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익의 금액을 말한다고 정의하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제11조 제10호는 그 밖의 수익으로서 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액을 익금으로 보고 있다. 즉 법인세법 및 법인세법 시행령에서 구체적으로 열거하고 있지 않더라도 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 발생한 수익금액은 원칙적으로 익금에 해당한다. 즉 출자전환에 따라 취득하는 주식의 시가와 채권의 장부가액 사이의 차액이 법인세법상 익금에 해당하는지 여부는 그 차액이 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익에 해당하는지에 따라 판단하여야 한다.
2. 원고는 출자전환 전 BB산업개발과 CC산업개발에 대하여 대여금 반환채권을보유하고 있었고 출자전환을 통하여 위 대여금 반환 채권을 주금 납입채무와 상계하여 소멸시킨 후 그 대가로 BB산업개발과 CC산업개발의 주식을 취득하였다. 따라서 원고가 출자전환으로 취득한 신주의 가액이 원고가 보유하던 대여금 채권의 가액을 초과한다면 이는 원고의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익으로서 구 법인세법 제15조 제1항, 구 법인세법 시행령 제11조 제10호 에서 정한 익금에 해당한다.
3. 따라서 출자전환이 교환거래에 해당하지 않기에 과세할 수 없다는 취지의 원고주장은 받아들일 수 없다(원고가 주장하고 있는 구 법인세법 시행령 제72조 는 법인이 보유하는 자산 및 부채의 계산방법에 관한 규정일 뿐 ‘익금’의 의미에 대한 규정은 아니다).
- 다. 주식 취득가액 평가방법의 적법 여부(2.나항 및 다항에 대한 판단) 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4의2호는 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식의 취득가액은 원칙적으로 취득 당시의 시가에 의한다고 규정하고 있다. 그리고 앞서 본 것처럼 원고가 취득한 신주의 취득가액이 채권의 장부가액을 초과할 경우 이는 법인세법 제15조 제1항 등에서 말하는 익금에 해당하게 되는데, 피고는 원고가 취득한 주식이 비상장주식으로 객관적인 교환가치가 확인되지 않아 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 원고가 취득한 주식의 가액을 산정한 후 주식 취득가액과 채권 장부가액의 차액을 익금으로 산입하였다. 이에 대하여 원고는 주식 취득가액 평가방법이 잘못되었다는 취지로 주장하고 있으므로, 아래에서는 원고가 취득한 BB산업개발 및 CC산업개발 주식의 취득가액을 상증세법에 따라 평가한 방법이 정당한지에 관하여 본다.
1. CC산업개발 관련(2.나.항 주장) 위 인정사실, 앞서 든 각 증거, 갑 제4호증의 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 구 상증세법 시행령 제63조 제1항 제6호의 ‘신탁계약 또는 수익증권에 따른 우선수익자인 채권자의 수익한도금액’을 해당 신탁계약상 우선수익자인 채권자의 수익권증서 발행금액으로 해석하여 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.
- 가) 구 상증세법 시행령 제63조 제1항 제6호 ‘수익한도금액’의 의미 ⑴ 상증세법 제60조 제1항은 ‘이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다.’고 규정하고 있고, 같은 법 제66조는 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산은 제60조에도 불구하고 그 재산이 담보하는 채권액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제60조에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다.’고 규정하면서 제1호로 ‘저당권, 동산ㆍ채권 등의 담보에 관한 법률에 따른 담보권 또는 질권이 설정된 재산’, 제4호로 ‘위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 대통령령으로 정하는 신탁계약을 체결한 재산’을 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 상증세법 시행령 제63조 제1항은 ‘법 제66조에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.’고 규정하고, 제1호로 ‘저당권(공동저당권 및 근저당권을 제외한다)이 설정된 재산의 가액은 당해 재산이 담보하는 채권액’, 제3호로 ‘근저당권이 설정된 재산의 가액은 평가기준일 현재 당해 재산이 담보하는 채권액’, 제6호로 ‘법 제66조 제4호에 따른 신탁계약을 체결한 재산의 가액은 신탁계약 또는 수익증권에 따른 우선수익자인 채권자의 수익한도금액’을 규정하고 있다. ⑵ 구 상증세법 시행령 제63조 제1항 제6호는 ‘신탁계약을 체결한 재산의 가액은 신탁계약 또는 수익증권에 따른 우선수익자인 채권자의 수익한도금액’이라고 규정하고 있다. 위 6호 규정은 2019. 2. 12. 신설되었는데 그 개정이유(2019. 2. 12. 대통령령 제29533호)에는 ‘신탁계약 또는 수익증권에 따른 우선수익자인 채권자의 수익한도 금액이 원칙적인 시가 평가방법에 따른 가액보다 큰 경우에는 그 수익한도금액을 평가가액으로 하고, 재산을 위탁자의 채무이행을 담보하기 위해 수탁으로 운영하는 내용으로 체결되는 신탁계약을 피담보채권액 등을 기준으로 가액을 평가하는 담보신탁계약으로 함’이라고 하여 담보신탁계약의 정의 및 담보신탁의 경우 수익한도금액을 평가가액으로 한다는 점을 명시하고 있다. 따라서 시행령의 문언상 ‘수익한도금액’이란 CC산업개발이 수탁자인 EEE신탁주식회사와 체결한 부동산담보신탁 계약에서 정한 우선수익권금액, 즉 우선수익자가 신탁계약에 따라 신탁부동산의 처분대금 등 신탁재산으로부터 피담보채권의 변제를 위하여 우선하여 지급받게 될 금액의 한도를 의미하는 것으로 보는 것이 타당하다. 원고는 위 규정을 합목적적으로 해석할 필요가 있다는 취지로 주장하나, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는데(대법원 2012. 7. 5. 선고 2012두3972 판결 등 참조), 위 규정에서 정한 ‘수익한도금액’은 그 문언 자체로 내용이 명확하고 달리 문언만으로 그 내용이 불명확하여 법규 상호간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에 해당한다고 보이지는 않는다. 따라서 위 규정의 문언 내용과 달리 합목적적 해석이 필요하다는 이유로 담보신탁계약의 경우 ‘신탁계약 또는 수익증권에 따른 우선수익자인 채권자의 수익한도금액’의 문언을 ‘신탁계약 또는 수익증권이 우선수익자인 채권자에 대해 담보하는 채권액’의 의미로 해석하는 것은 문언의 가능한 범위를 벗어나는 것이다. ⑶ 원고는 담보신탁이 근저당권과 유사한 제도이므로 담보신탁이 설정된 재산의 평가방법은 근저당권이 설정된 재산 가액의 평가방법(피담보채권액)과 동일하여야 한다고 주장한다. 그러나 상증세법 제66조는 ‘그 재산이 담보하는 채권액’이 아니라 ‘그 재산이 담보하는 채권액 등’으로 규정되어 있어 그 재산이 담보하는 채권액 외에 다른 평가기준도 허용 가능한 규정형식을 취하고 있다. 또한 위 규정은 상속․증여재산의 평가에 관하여 시가주의의 원칙을 규정한 같은 법 제60조 제1항의 규정을 보충하여 시가에 보다 근접한 가액을 산정하려는 취지에서 만들어진 특례규정이므로(대법원 2013. 6. 13. 선고 2013두1850 판결 등 참조), 그 취지에 부합하는 한 해당 재산의 평가기준을 ‘그 재산이 담보하는 채권액’으로 하지 않더라도 그것이 부당하다 할 수 없다. 또한 근저당권이 설정된 재산의 가액 평가기준도 처음부터 ‘재산이 담보하는 채권액’으로 규정되어 있었던 것이 아니라 근저당권이 설정된 재산의 시가에 보다 근접한 가액을 산정하기 위하여 변화하여 왔다. 즉, 1981. 12. 31. 대통령령 제10667호로 개정된 상속세법 시행령 제5조의2 제3호로 신설될 당시에는 ‘당해 재산이 담보하는 채권의 최고액’이었으나, 1990. 12. 31. 대통령령 13196호로 개정된 상속세법 시행령 제5조의2 제3호에서는 ‘근저당권이 설정된 재산으로서 당해 근저당권을 설정하기 위하여 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가업자가 감정한 가액(2인이상의 감정가액이 있을 때에는 최고의 가액)이 있는 경우에는 그 가액’으로 변경되었다가 1998. 12. 31. 대통령령 제15971호로 개정된 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제3호 에서는 현재와 같이 ‘평가기준일 현재 당해 재산이 담보하는 채권액’으로 변경되었다. 대법원도 근저당권이 설정된 재산의 평가기준이 ‘당해 재산이 담보하는 채권의 최고액’으로 규정되었을 당시 ‘위 규정은 시가주의의 원칙을 정한 법률 규정을 보충하여 시가에 보다 근접한 가액을 산정하려는 취지에서 규정된 것으로 어떤 재산에 관하여 근저당권을 설정하는 경우 그 피담보채권최고액은 통상 그 재산의 실제가액 범위 내에서 결정되는 것으로 볼 수 있어서 근저당권의 피담보채권최고액이 다른 방법으로 산정한 가액보다 클 때에는 그 채권최고액을 실제가액으로 봄이 일반적으로 거래의 실정에 부합한다는 데에 그 타당성의 근거가 있다.’고 판시하기도 하였는바(대법원 1993. 3. 23. 선고 91누2137 판결 참조), 반드시 ‘그 재산이 담보하는 채권액’이 근저당권이 설정된 재산 등의 시가에 보다 근접한 가액을 산정하기 위하여 유일한 평가기준이라고 볼 수도 없다. ⑷ 따라서 구 상증세법 시행령 제63조 제1항 제6호 ‘수익한도금액’은 문언 그대로 우선수익자가 신탁계약에 따라 신탁부동산의 처분대금 등 신탁재산으로부터 피담보채권의 변제를 위하여 우선하여 지급받게 될 금액의 한도로 해석하는 것이 타당하므로, 이 부분 원고 주장은 받아들일 수 없다.
- 나) 개정 상증세법 시행령 소급적용 여부 ⑴ 구 상증세법 시행령 제63조 제1항 제6호는 2025. 2. 28. 대통령령 제35351호로 개정되면서 ‘신탁계약 또는 수익증권에 따른 우선수익자인 채권자의 수익한도금액’이 ‘신탁계약 또는 수익증권이 우선수익자인 채권자에 대해 담보하는 채권액’으로 변경되었고, 개정 시행령 부칙<제35351호, 2025. 2. 28.> 제6조(담보신탁계약을 체결한 재산의 평가에 관한 적용례)는 ‘제63조 제1항 제6호의 개정규정은 이 영 시행 이후 결정 또는 경정하는 경우부터 적용한다’라고 규정하고 있다(이하 위 개정 시행령 부칙 제6조를 ‘이 사건 부칙’이라 한다). 원고는 ① 이 사건 처분에 대하여 경정청구를 할 수있으므로 이 사건에 개정된 상증세법 시행령 규정이 소급적용되어야 한다거나, ② 피고가 개정 시행령 시행 이후 감액경정을 한 이상 이 사건에 개정 시행령 규정이 적용되어야 한다고 주장하고 있다. ⑵ 우선, 원고의 위 ① 주장에 관하여 보면, 이 사건 부칙은 상증세법 시행령 제63조 제1항 제6호를 개정 시행령 시행 이후 ‘결정 또는 경정하는 경우’부터 적용하도록 규정하고 있는데, 납세자가 경정청구를 할 수 있다거나 관할세무서장이 직권으로 경정처분을 할 수 있다는 가능성만으로 위 규정이 소급적용된다고 해석하는 것은 문언의 가능한 해석범위를 벗어나는 것이므로 이 부분 원고 주장은 이유 없다(원고는 상증세법 시행령 개정을 이유로 관할세무서장에게 경정청구를 하지는 않은 것으로 보인다). ⑶ 다음으로 원고의 위 ② 주장에 관하여 본다. 피고가 개정된 상증세법 시행령 제63조 시행 이후인 2025. 4. 9. 원고의 2021 사업연도 법인세 중 193,460원을 감액경정한 것은 위 1.사.항 및 아래 다.6)항 기재와 같다. 다만 앞서 본 증거들 및 앞서 본 사실들, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 부칙에서 말하는 ‘결정 또는 경정하는 경우’란 납세의무의 확정과 관련된 결정 또는 경정을 의미한다고 보는 것이 타당하므로, 피고의 2025. 4. 9.자 감액경정을 이 사건 부칙에서 말하는 ‘이 영 시행 이후 결정 또는 경정하는 경우’에 해당한다고 볼 수 없다. 이 부분 원고 주장 역시 받아들일 수 없다. ㈎ 원칙적으로 조세법령이 폐지 또는 개정되더라도 그 전에 이미 완성된 과세요건사실에 대하여는 별도의 규정이 없는 한 종전의 법령이 계속 적용되고, 새로 제정되거나 개정된 법령은 조세법령 불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙에 따라 그 효력 발생 이후에 완성되는 과세요건사실에 대하여만 적용된다(대법원 2021. 10. 28. 선고 2019두39635 판결). 이 사건 부칙은 상증세법 시행령 제63조 제1항 제6호 규정을 개정 시행령의 시행 이후 ‘결정 또는 경정하는 경우’부터 적용한다고 규정하고 있고, 이는 법률불소급 원칙 또는 소급과세금지 원칙의 예외에 해당한다. ㈏ 국세기본법 제22조 는 ① 법인세의 경우 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때 납세의무가 확정되고 다만 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 않거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정되며, ② 상속세 및 증여세의 경우 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때에 납세의무가 확정된다고 규정하고 있다. 또한 법인세법 제66조 는 내국법인이 법인세 과세표준과 세액을 신고하지 않은 경우 과세관청이 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 ‘결정’하고(제1항), 내국법인의 과세표준 신고에 오류 또는 누락이 있거나 신고 내용이 불성실하다고 판단되는 경우에는 과세관청이 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 ‘경정’한다(제2항)고 규정하고 있다. 즉 ‘납세의무의 확정’과 관련하여, 부과과세방식의 조세(상속세, 증여세 등)의 경우 및 신고납세방식의 조세(법인세 등)에서 납세자의 신고가 없는 경우에 과세관청이 과세표준 등과 세액 등을 정하여 납세의무를 확정하는 처분이 ‘결정’이고, 신고납세방식의 조세(법인세 등)에 관하여 납세자가 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정한 바와 맞지 않는 경우에 과세관청이 이를 바로잡아 납세의무를 확정하는 처분이 ‘경정’이다. 한편 납세의무의 확정 이후에도 결정 또는 경정에 오류, 탈루나 누락이 있을 경우 과세관청이 직권으로 기존 처분을 경정할 수 있다(법인세법 제66조, 상증세법 제76조 등). ㈐ 피고는 원고가 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정한 바와 맞지 않는다고 보아 2023. 2. 6. 원고에게 법인세 경정처분을 하였고, 이후 2021 사업연도 법인세와 관련하여 세 차례에 걸쳐 감액경정처분을 하였다. 원고는 2023. 2. 6. 경정처분뿐 아니라 그 이후에 이루어진 감액경정처분 특히 2025. 4. 9.자 감액경정처분이 이 사건 부칙에서 말하는 ‘경정’에 해당한다고 주장한다. 그러나 원고의 주장처럼 이 사건 부칙의 ‘결정 또는 경정’을 납세의무의 확정을 의미하는 ‘결정 또는 경정’ 외에 납세의무 확정 이후에 이루어지는 직권 경정까지 포함하는 것으로 해석할 경우 과세관청의 잘못이라는 우연한 사정으로 경정을 할 때마다 그 적용법령이 계속 달라질 수 있는 문제점이 생길 수 있고, 납세의무 성립시기가 동일한 납세자들 사이에서 과세관청의 경정결정이라는 우연한 사정의 유무에 따라 개정규정의 적용 여부가 달라질 수 있어 불합리하다. 이러한 사정 및 앞서 본 법리를 종합해보면, 이 사건 부칙에서 말하는 ‘결정 또는 경정’은 납세의무의 확정과 관련된 결정 또는 경정(이 사건에서 2023. 2. 6.자 경정처분)을 의미하고 납세의무 확정 이후 이루어지는 경정결정은 제외한다고 해석하는 것이 개정 규정의 적용범위를 명확하게 해석할 수 있을 것으로 보이고, 조세공평의 원칙 및 엄격해석의 원칙상 타당하다. ㈑ 따라서 법인세의 과세표준과 세액 결정에 있어서 이 사건 부칙 및 개정 상증세법 시행령 제63조 제1항 제6호가 적용되는 경우는 ① 납세의무가 있는 내국법인이 과세표준 등을 신고하지 않아 과세관청이 과세표준 등과 세액 등을 ‘결정’하는 경우와 ② 내국법인이 신고한 과세표준 등이 세법에서 정하는 바와 맞지 않아 과세관청이 과세표준 등을 ‘경정’하는 경우(국세기본법 제22조 제2항 의 경우)를 말한다고 해석하여야 하므로, 피고가 이 사건 처분에 오류가 있다는 이유로 2021 사업연도 법인세 일부를 감액한 2025. 4. 9.자 감액경정처분은 이 사건 부칙에서 말하는 ‘결정’에 해당한다고 볼 수 없다.
2. BB산업개발 관련(2.다.항 주장) 앞서 든 증거들, 다툼 없는 사실, 을 제3, 19호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합해보면, BB산업개발 주식평가에 적용한 매매가액이 정상적인 시가가 아니라는 원고 주장은 받아들일 수 없다.
- 가) BB산업개발은 2018. 11월경부터 국유지인 이 사건 토지를 비롯하여 11필지 총 28,171㎡에 관하여 한국자산관리공사와 대부계약을 체결하고 이를 골프장부지로 사용하여 오다가, 2020. 10. 15. 위 골프장 부지에 관하여 2020. 8. 14.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
- 나) 한국자산관리공사 ○○지역본부는 이 사건 토지를 포함한 골프장 부지를 BB산업개발에게 매도하기 위해 주식회사 FF감정평가법인 ○○지사에 부동산 감정을 의뢰하였고, 위 평가법인 소속 감정평가사는 2019. 8. 30. 실지조사를 실시하고 공시지가기준법에 따른 시산가액과 거래사례비교법에 의한 시산가액을 비교 검토한 후 공시지가기준법에 따른 시산가액을 기준으로 이 사건 토지의 시가를 78,000원/㎡로 결정하였다.
- 다) 한편 한국자산관리공사가 2018. 11. 8.경 BB산업개발에 보낸 ‘국유재산 대부계약 체결안내’에는 ○○리 ○○○-○ 토지의 재산가격은 195,400,000원(면적 15,632㎡), ○○리 ○○○-○ 토지의 재산가격은 158,498,000원(면적 4,171,000원)으로 기재되어 있는데, 이는 이 사건 토지의 2018. 1. 1. 기준 개별공지시가에 기초하여 계산된 것으로 보인다(○○리 ○○○-○ 토지의 개별공시지가 1㎡ 당 12,500원, ○○리 ○○○-○ 토지의 개별공시지가 1㎡ 당 38,000원).
- 라) 구 법인세법 제41, 52조, 구 법인세법 시행령 제72조 제2항, 제89조, 구 상증세법 제60조, 구 상증세법 시행령 제49조에 의하면, 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식은 취득 당시 시가를 그 취득가액으로 보고, 시가가 불분명한 경우 상증세법의 규정을 준용하여 평가한 가액을 시가로 본다. 법인세법 및 상증세법 등 관련 규정의 내용에 비추어 보면 피고가 이 사건 토지 매매가액에 근거하여 계산한 BB산업개발의 순자산가액을 기초로 BB산업개발의 주식 가치를 평가한 것은 적법하다.
- 마) 이 사건 토지의 매매가액이 개별공시지가 및 이에 기초한 대부계약 재산가격보다 높기는 하나 이 사건 토지에 관하여 감정평가를 거쳐 감정평가액대로 매매대금이 정해진 이상 매매대금이 아니라 개별공시지가에 기초한 가격을 이 사건 토지의 정당한 시가라고 할 수는 없고, 감정평가 절차를 거쳐 매매대금이 정해진 사정에 비추어 보면 한국자산관리공사가 우월적 지위에서 일방적으로 이 사건 토지의 매매대금을 정한 것이라고 볼 수도 없다.
- 라. 임원 보수 손금 불산입(2.라항 주장) 다툼 없는 사실, 갑 제20, 21, 22호증, 을 제4 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정을 종합하면, 피고가 겸직임원의 보수 중 원고의 분담금액을 초과하는 부분을 손금불산입한 것이 위법하다고 할 수 없다.
1. 구 법인세법 제26조 제4호 는 ‘법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 대통령령으로정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제48조 제1항 제2호 ㈎목 본문은 ‘비출자공동사업자 사이에 제2조 제5항 각 호(경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자)의 어느 하나의 관계가 있는 경우 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 봄)에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다.
2. 원고의 임원 정GG, 박HH, 백II, 박JJ, 양DD(이하 ‘이 사건 임원들’이라 한다)는 원고 외에 AAKKKKKK 주식회사(○○시 ○○면 소재 임직원 기숙사 운영), AALLLL 주식회사(폐기물처리업), AAMMMMMM 주식회사(폐기물처리업)의 대표이사, 사내이사, 비상무이사 등 임원직을 겸직하였다(이하 위 겸직회사들을 ‘이 사건 계열사들’이라 한다). 피고는 이 사건 임원들이 원고 뿐 아니라 이 사건 계열사들의 임원으로서 그룹차원의 업무를 수행하였으므로 각 임원을 위해 지출한 비용은 공동경비에 해당한다고 보고 구 법인세법 제26조 제4호, 구 법인세법 시행령 제48조 에 따라 원고가 이 사건 임원들의 사용을 위해 지출한 비용 중 각 임원이 겸직한 원고 및 계열사의 직전사업연도 매출액 총액에서 원고의 매출액이 차지하는 비율에 의한 분담금액을 초과하는 금액을 손금불산입하였다(같은 이유로 2020 사업연도에 57,966,557원, 2021 사업연도에 47,672,512원, 2019 사업연도에 135,985,597원을 각 손금불산입함).
3. 원고가 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 의하여 작성한 2021 사업연도 연결재무제표에 의하면 이 사건 계열사들과 CC산업개발, BB산업개발 등은 원고의 종속기업(주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 시행령 제3조)이고, 원고는 이 사건 계열사들의 주식 100%를 소유하고 있다. 원고의 홈페이지에는 이 사건 계열사들이 원고의 사업장으로 표시되어 있고, 이 사건 계열사들의 업무와 관련된 언론사 기사들은 업무의 주체를 원고로 표시하고 있다(‘주식회사 AA는 ○○도 ○○에서 KKKKKK 운영을 시작한다’는 내용의 머니투데이 기사, ‘주식회사 AA는 ○○ ○○에 AALLLL 등 2개 소각장을 운영 중이다’라는 중앙일보 기사).
4. 원고의 대표이사 최NN은 세무조사 당시 ‘이 사건 임원들이 그룹 내에서 진행하는 사업을 공동으로 수행하고 있고, 공동수행업무에 대하여 다른 계열사로부터 공동경비 대가를 수취한 사실이 없으며, 공동업무 수행으로 지출한 경비를 공동경비 손금불산입에 따라 분담하여야 하나 원고가 이를 초과부담하였다’는 내용의 확인서를 작성하여 제출하였다. 위 확인서에는 공동업무 수행으로 지출한 경비의 구체적인 금액이 이 사건 계열사들별로 구분되어 자세히 기재되어 있고, 위 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었다고 볼만한 사정은 없다.
5. 앞서 본 여러 사정들을 종합하면, 원고와 이 사건 계열사들은 구 법인세법 제26조 에서 규정하고 있는 ‘동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영’한다고 볼 수 있으므로 이 사건 임원들에게 지출되는 비용은 원고와 이 사건 계열사들의 공동경비에 해당한다.
6. 한편 원고 주장 중 양DD 부분은 피고가 위 1.사.항에서 본 것처럼 직권으로 감액경정을 하였으므로 원고의 이 부분 청구는 더 살피지 않는다(위 가항 참조).
- 마. 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지(2.마.항 주장)
1. 관련 법리 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이므로, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원2006. 10. 26. 선고 2005두3714 판결). 반면 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 참조).
2. 가산세 감면 경위
- 가) 조사청인 ○○지방국세청장은 조세심판과정에서 BB산업개발 관련 가산세는 면제하고, CC산업개발 관련 가산세를 부과한 이유에 대하여 아래와 같이 설명하였다. 구분 내용 BB산업개발 가산세 면제 이유
① 조사청이 조사기간 중 매매사례가액을 적용하여 재평가한 점에서 원고에게 그 의무를 이행하는 것이 무리라고 하는 사정 존재
② 조사청이 재평가시 매매사례가액으로 사용한 비교대상토지는 세법해석상 견해의 대립이나 의의가 존재할 수 있음
③ 유사한 조세심판원의 사례 존재(조심 2020서2807) CC산업개발 가산세 과세 이유
① 담보신탁이 설정된 재산은 신탁계약서에 기재된 수익한도금액으로 평가하여야 하는바, 법령의 무지는 가산세 면제의 정당한 사유에 해당 안됨
② 원고는 채무 출자전환시 비상장 주식을 시가로 평가하여 장부에 계상해야 한다는 사실을 알고 있으므로 원고의 평가방법의 오류는 정당한 사유에 해당 안됨
③ 국세청 과세기준자문신청 결과 우선수익자인 채권자의 수익한도금액은 신탁계약 등에 따른 금액으로 당해 재산이 담보하는 채권과 동일한 것이 아님을 분명히 밝히고 있는바 세법 해석상 의의(疑意)가 존재하거나 견해의 대립이 발생하지 않음
- 나) 한편 조세심판원은 CC산업개발 관련 신고불성실 가산세(과소신고 가산세)에 대해서는 ① 채무의 출자전환으로 취득한 주식의 시가와 대여금 채권의 장부가액의 차액이 법인세법상 익금에 해당하는지 여부에 대해 세법 해석상 의의가 존재한다고 볼 수 있는 점, ② 처분청인 피고 역시 BB산업개발에 대한 과세처분시 유사한 조세심판원의 사례(조심 2020서2807)의 취지를 고려하여 관련 가산세를 감면한 점, ③ 원고가 이 건 쟁점에 대한 내용을 이미 알고 있었다고 단정하기 어려운 점, ④ 원고는 BB산업개발 때와는 달리 CC산업개발에 대해서는 주식평가 과정을 거쳐 출자전환을 한 점 등을 고려하여 이를 취소하는 것이 타당하다고 판단하였다. 그러나 CC산업개발 관련 납부불성실 가산세(납부지연 가산세)는 ① 납부불성실 가산세는 법정납부기한과 납부일과의 기간에 대한 이자에 해당하는 금액으로 정상 납부자와의 형평성을 유지하기 위한 성격이 있는 점, ② 납부불성실 가산세를 감면하게 되면 제때 세금을 납부한 납세자들과의 형평이 무너지게 되고 납부기한 내 납세하지 않은 자를 유리하게 취급하는 결과가 되는 점을 고려하여 피고가 납부불성실 가산세를 부과한 것은 잘못이 없다는 이유로 가산세를 감면해달라는 원고의 청구를 받아들이지 않았다.
3. 정당한 사유가 있는지 여부
- 가) 가산세 감면 사유인 ‘납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우(국세기본법 제48조 제1항)’란 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못하거나 이를 이행하지 못하는 등 그 의무를 게을리 한 점을 비난할 수 없는 사정이 있는 경우를 뜻하고, 과소신고 가산세와 납부지연 가산세의 성격이 다르다고 하더라도 정당한 사유의 판단기준은 동일하다.
- 나) 우선 원고는 조세심판원에서 CC산업개발 주식과 관련된 과소신고 가산세를 취소하였다는 점을 이유로 들고 있다. 그러나 조세심판원의 결정은 관계 행정청을 기속하지만(국세기본법 제80조) 위 기속력이 법원에도 미친다고 할 수 없으므로, 조세심판원에서 CC산업개발 관련 과소신고 가산세를 감면하였다 하더라도 납부지연 가산세를 면제할 ‘정당한 이유’가 있는지 여부는 앞서 1)항에서 본 법리에 따라 판단해야 한다.
- 다) 원고는 담보신탁이 설정된 재산의 가액에 관한 평가방법에 관해 세법 해석상 견해가 대립하였다고 주장하나, 앞서 다.1)항에서 본 것처럼 상증세법 제66조, 구 상증세법 시행령 제63조는 신탁계약을 체결한 재산의 가액은 신탁계약 또는 수익증권에 따른 우선수익자인 채권자의 수익한도금액을 말한다고 명시하고 있었고, 문언상 ‘수익한도금액’이란 신탁계약에서 정한 우선수익권금액, 즉 우선수익자가 신탁계약에 따라 신탁부동산의 처분대금 등 신탁재산으로부터 피담보채권의 변제를 위하여 우선하여 지급받게 될 금액의 한도를 의미하는 것이 명백하므로, 신탁재산의 가액 평가방법에 해석의 여지가 있었다고 보이지 않는다.
- 라) 원고는 출자전환으로 취득한 주식에 대하여 과세가 이루어진 것은 최근의 일이었으므로 납부지연 가산금을 면제할 정당한 이유가 있다고 주장하고 있으나, 원고의 주장이 사실이라 하더라도 앞서 나.항에서 본 것처럼 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 발생한 수익금액은 원칙적으로 익금에 해당하므로, 원고가 주장하는 사정은 법령의 부지 내지 착오에 불과하다 {오히려 CC산업개발 비상장 주식 평가보고서(갑 제15호증)에 ‘특수관계인 사이에서 저가로 신주를 인수한 법인의 경우 분여받은 이익을 익금산입하여 법인세가 과세된다’는 내용이 기재되어 있는 점에 비추어 보면, 출자전환으로 취득한 주식에 대해 과세가 이루어진다는 사실을 몰랐다는 취지의 원고의 주장과 달리 원고는 위 이익이 익금에 산입된다는 내용을 알고 있었던 것으로 보인다}.
- 마) 이런 사정들을 종합해보면, 원고가 의무를 이행하지 않은 데에 원고를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.