이 사건 법인의 실질적인 운영자가 아닌 자에게 한 부과처분은 실질과세의 원칙을 위반하여 위법함

사 건 2024구합52711 종합소득세부과처분취소 원 고 김AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 8. 21. 판 결 선 고

2025. 9. 4.

1. 피고가 2023. 6. 1. 원고에 대하여 한 2019년도 귀속 종합소득세 633,555,210원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. C주식회사 종합건설(변경 전 상호: D종합건설 주식회사, 이하 ‘이 사건 법인’이라 한 다)은

1994. 10. 5. 토목공사업 등을 목적으로 설립되어, 1994. 12. 24.경 사업자등록을 하고 토목공사업 등을 영위하다가 2019. 5. 22. ◇◇세무서장에 의해 직권폐업된 법인이고, 원고는

2018. 2. 1.부터 2020. 8. 21.까지 이 사건 법인의 법인등기부에 대표이사로 등재되어 있었다.

• 나. 이 사건 법인이 2019사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 법정신고기한까 신고하지 아니하자, ◇◇세무서장은 2020. 12. 1. 이 사건 법인에 대하여 2019사업연도 법인세 과세표준을 추계결정하여 고지하고, 추계소득금액을 원고에 대한 상여로 소득처분하였다.
• 다. ○○지방국세청장은 ◇◇세무서장에 대한 종합감사를 실시하여, 이 사건 법인의 2018사업연도 법인세 신고서상 확인되는 대표이사 단기대여금 1,478,513,388원 중 1,378,513,388원(이하 ‘이 사건 단기대여금’이라 한다)과 그에 대한 인정이자 24,669,725원 합계 1,403,183,113원이 위 직권폐업일까지 회수되지 않았다고 보아 원고에게 상여로 소득 처분하고 소득금액변동통지를 한 후, 피고에게 2019과세연도 종합소득세 자료를 통보하였다.
• 라. 피고는, 원고가 위 소득금액변동통지에도 불구하고 그에 따른 종합소득세 신고를 하지 아니하자, 2023. 6. 1. 원고에게 2019과세연도 종합소득세 633,555,225원을 경정·고지하였다 (이하 ‘이 사건 처분’이라 한다) 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 6. 14. 이의신청을 한 후 2023. 10. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 3. 27. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고는 양BB의 부탁에 따라 매월 300만 원의 급여를 받는 조건으로 이 사건 법인의 명의상 대표이사로 등재된 것에 불과하고, 이 사건 법인의 실질적인 대표이사는 양BB이다. 그럼에도 불구하고 피고는 원고가 이 사건 법인을 실질적으로 운영하였음을 전제로 이 사건 처분에 이르렀으므로, 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 위반한 것이다.

별지 기재와 같다.

• 가. 관련 법리

1. 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호는 과세관청이 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타 소득, 기타 사외유출로 하되, 다만 그 귀속이 불분명한 것은 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정하고 있다. 여기서 대표자는 실질적으로 그 회사를 사실상 운영하는 대표자이어야 하고, 비록 회사의 대표이사로 법인등기부상에 등재되어 있다고 하더라도 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없었다면 이와 같은 인정소득을 그 대표자에게 귀속시킬 수 없다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결, 대법원 2016. 11. 10. 선고 2014두4764 판결 등 참조). 2) 한편 국세기본법 제14조 제1항 은 ‘과세의 대상이 되는 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다’고 하여 실질과세의 원칙을 천명하고 있다. 따라서 소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 이를 지배․관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 해당 과세대상을 지배․관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 하고, 그러한 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리․처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다. 그리고 소득 등의 귀속 명의와 실질적인 귀속주체가 다르다는 점에 관하여는 과세처분을 받은 명의자가 법관으로 하여금 상당한 의문을 갖게 할 정도로 주장ㆍ증명할 필요가 있으나, 그 결과 소득 등의 실질이 명의자에게 귀속되었는지가 불분명하게 되어 법관이 확신할 수 없게 되었다면, 그로 인한 불이익은 과세요건사실의 존부 및 과세표준에 관하여 궁극적인 증명책임을 지는 과세관청에 돌아간다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결 참조).

• 나. 구체적 판단 1) 원고가 2018. 2. 1.부터 2020. 8. 21.까지 약 2년 6개월 동안 이 사건 법인의 등기부에 대표이사로 등재되어 있던 사실은 앞서 본 것과 같다.

2. 그러나 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 거시한 증거, 갑 제5, 6, 9, 10, 16, 19, 20, 22증, 을 제3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 위 기간 동안 실질적인 대표이사로서 이 사건 법인을 운영하였는지에 관하여 상당한 의문이 들고, 피고가 제출한 증거 들을 종합하더라도 위 사실을 인정하기 어렵거나 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분에는 실질과세의 원칙에 위반한 위법이 있다.

• 가) 이 사건 법인은 1994. 10. 5. 설립 후 2017. 8. 18. 현재의 상호로 변경되었는데, 양BB은 2015. 11. 5.부터 2018. 2. 6.까지는 대표이사로, 2020. 8. 24.부터 현재까지는 사내이사로 등재되어 있으며, 2018사업연도 기준 이 사건 법인의 발행주식의 43.9%를 소유한 대주주였고 이후에 위 대주주의 지위가 변동되었음을 인정할 자료는 찾아볼 수 없다. 또한 양BB이 이 사건 법인의 대표이사를 사임한 날의 직전일인 2018. 1. 31. 기준 이 사건 법인의 대표이사 가지급금은 이미 3,473,809,468원에 이르렀던 반면, 같은 날 기준 이 사건 법인의 대표자 가수금은 2,698,828,300원이었다. 나) 원고는 급여로 매월 말 300만 원을 받고, 출퇴근 하지 않아도 되며, 이 사건 법인의 공사 수주를 위해 필요한 회의 등에는 별도의 경비를 받고 참석하기로 하는 등의 조건으로 이 사건 법인의 대표이사로 등재되었으나, 2018. 5. 31., 같은 해 6. 29., 같은 해 8. 27.에 각 3,000,000원 1) 합계 9,000,000원을 급여로 지급받은 자료가 확인 될 뿐(갑 제19호증)인 반면, 양BB은 이 사건 법인의 대표이사를 사임한 것으로 등재된 이후 다시 사내이사로 등재 되기 전에도 이 사건 법인으로부터 수시로 상당 금액의 돈을 지급받았던 것으로 보인다(갑 제19호증). 다) 원고가 이 사건 법인의 대표이사로 등재된 이후인 2018. 2. 3.부터 2018. 4. 17.까지 사이에 발생한 이 사건 법인의 임금체불과 관련한 형사 사건에서 제1심 법원은, ① 양BB이 ‘원고는 명의상 대표이사였을 뿐 대표이사로서 회사의 업무를 집행하지 아니하였고, 본인(양BB)이 실질적 대표이사로서 업무를 집행하였다’고 증언한 점, ②2018. 8. 13.과 2018. 12. 5.에 있었던 지방고용노동청 조사에 양BB 등이 출석하여 조사받았고, 2018. 12. 11. 원고가 피의자로서 조사받을 당시에도 양BB 등이 함께 출석하여 조사받으면서 양BB이 해당 공사계약, 공사진행 및 입금지급과 관련한 구체적인 사실관계에 대하여 진술한 점, ③ 해당 공사의 하수급인이 양BB과 공사 진행에 대하여 논의하였다고 진술한 점 등을 이유로 원고는 이 사건 법인의 명목상 등기된 대표이사로서 실질적으로 대표이사로서 업무를 집행하지 아니하였다고 보아 원고에 대하여 무죄 판결을 하였고(E지방법원 20xx고정2xx), 항소심 법원은 ㉮ 원고가 이 사건 법인의 대표이사로 등재된 것은 양BB이 개인신용 등의 문제로 대표이사를 명의를 변경하는 것이 필요하였기 때문인 점, ㉯ 관련 공사 현장 관련 업무 지시, 현장 관리 등은 양BB 등이 모두 하였던 것으로 보이는 점, ㉰ 기록상 원고가 본사에 출근하여 업무를 하고 해당 공사 현장에 관하여 보고를 받았다는 것을 알 수 있는 증거나 자료를 찾아보기 어려운 점 등을 이유로 검사의 항소를 기각하였으며(E지방법원 20xx노2xxx), 검사가 상고하지 않아 위 판결은 그대로 확정되었다.
• 라) 양BB은 ①자신이 이 사건 법인의 주주 겸 회장이고 원고를 대표이사로 등재하고도 원고를 대리하여 업무를 진행하였다는 취지의 사실확인서를 작성하였고(갑 제9호증), 위 관련 형사사건 재판과정에 ② ‘2018년 2월 1일 취임한 대표이사 김AA는 본인(양BB)이 고용한 직원입니다’라는 취지 사실확인서(갑 제6호증)를 제출하였으며, ③ 앞서 본 바와 같이 위 형사재판에 증인으로 출석하여 같은 취지의 증언을 한 것으로 보이는데, 양BB의 위와 같은 일련의 진술은 상당히 구체적이고 모순점이 없으며, 허위로 진술한 동기나 이유를 발견할 수 없어 그 신빙성이 높다. 마) 위와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 법인등기부에 대표이사로 등재된 기간 동안 실제 이 사건 법인을 운영하였는지에 관하여 합리적인 의문이 들고, 원고의 주장과 같이 양BB이 이 사건 법인의 실질적인 운영자일 가능성이 큰 것으로 보인다. 피고는, 이 사건 법인이 2018년 원고에게 급여로 68,102,592원을 지급한 것으로 근로지급명세서를 제출하였고, 원고가 이 사건 법인의 2019사업연도 법인세 무신고 결정에 따른 상여처분(위 제1의 나항 참조)에 대하여 2021. 8. 23. 2019년 귀속 종합소득세 기한후신고를 하였으며, 원고가 이 사건 법인의 대표이사로서 부담한 채무에 관하여 민사소송에서 패소판결을 받았다는 사정 등을 그 주장의 근거로 들고 있으나, 이는 명의대여에 수반되는 사정에 불과하므로 이러한 사정만으로 원고가 실제 대표이사로서 이 사건 법인을 운영하였다고 보기는 부족하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구를 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 이 사건 법인의 금융거래내역에는 위 일시에 원고에게 각 3,000,500원이 송금된 것으로 나와 있으나, 500원은 송금수수료로 보인다