당시 시행 중이던 법령에 따라 감경 여부가 정해진다고 봄이 타당함

사 건 2024구합51985 원 고 AA 피 고 aa세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 4. 판 결 선 고

2025. 10. 23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 7. 8. 원고에 대하여 한, 2017년 귀속 종합부동산세 xxx원 및 농어촌특별세 xxx원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 수도권 신공항 건설 및 관리운영을 효율적으로 추진함으로써 항공수송의 원활을 도모하고 나아가 국민경제의 발전에 이바지하기 위한 목적으로 OOOO공항공사법에 따라 설립된 법인이다.
• 나. 원고는 OOOO공항의 건설 및 부대사업을 영위하기 위하여, 수용 또는 공유수면 매립 등의 방법으로 OO OO구 △△동,△△동, △△동, △△동 등 □□도 일대의 토지를 취득하여 왔고, 그에 따라 2017년에는 OO OO구 △△동 ▲▲-▲ 등 xxx 필지의 토지를, 2018년에는 OO OO구 △△동 ▲▲-▲ 등 xxx 필지의 토지를 각각 소유하였다.
• 다. 원고는 2017. 12. 11. 2017년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2017. 6. 1.) 현재 보유 중인 위 나.항 기재 토지 중 별도합산과세대상으로 재산세가 과세된 OO시 OO구 △△동 ▲▲-▲ 외 xxx개 필지의 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대하여 2017년 귀속 종합부동산세 xxx원 및 2017년 귀속 농어촌특별세 xxx원을 신고·납부하였다.
• 라. 원고는 2022. 5. 31. 피고에게, ‘이 사건 토지는 사권제한토지로서 구 종합부동산세법 제6조 제1항 및 구 지방세특례제한법 제84조 제2항 에 따라 종합부동산세액의 50%를 감면해야 한다’는 등의 주장을 하며 2017년 귀속 종합부동산세 xxx원및 농어촌특별세 xxx원에 대한 환급을 구하는 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다).
• 마. 피고는 ‘종합부동산세는 지방세가 선행되어야 경정할 수 있는 후행조세에 해당하는데, 해당연도에 대한 재산세 자료 통보가 없으므로 직권 경정 불가하여 인용불가’ 등의 이유로 이 사건 경정청구를 기각하고, 2022. 7. 12. 원고에게 경정청구 결과를 통지하였다(경정청구 처리결과 통지서 시행일은 2022. 7. 8., 이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다). 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2022. 10. 7. 이의신청을 거쳐 2023. 2.25. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다.
• 바. 조세심판원은 2023. 11. 23. ‘이 사건 토지가 2017년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2017. 6. 1.)을 기준으로 구 지방세특례제한법 제84조 제2항 에 따라 재산세가 감면되는 토지에 해당되는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라’는 결정을 하였다.
• 사. 피고는 조세심판원의 위 결정에 따라 재조사를 한 후, 2023. 12. 28. 원고에게‘2017년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 경정청구 기각통지한 당초 처분 정당하여 원처분 유지’라는 내용의 통지를 하였다.
• 아. 이 사건 토지는 2017년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2017. 6. 1.) 당시 이미 도시관리계획의 결정 및 도시관리계획에 관한 지형도면의 고시, 그리고 그에 따른 도시관리계획의 집행이 마쳐진 토지들이다. [인정근거] 다툼 없는 사실 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 과거 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하‘과거 지특법’이라 한다) 제84조 제2항은 도시관리계획의 결정·고시가 된 토지에 대하여 재산세의 100분의 50을 2018년 12월 31일까지 경감해주었고, 2016. 12. 27. 법률제14477호로 개정된 구 지방세특례제한법(이하 ‘구 지특법’이라 한다) 제84조 제2항에는 ‘과세기준일 현재 도시관리계획이 미집행된 토지’라는 감면요건이 추가되었다. 이사건 토지는 도시관리계획의 결정·고시 및 그 집행이 마쳐진 토지이지만 구 지특법 부칙 제15조 및 과거 지특법 제84조 제2항에 따라 재산세가 50% 경감되는 토지에 해당한다. 그리고 구 종합부동산세법 제6조 제1항 은 ‘ 지방세특례제한법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.’고 규정하고 있으므로 이 사건 토지에 대한 2017년 귀속 종합부동산세액을 산출할 때에는 구 종합부동산세법 제6조 제1항, 구 지특법 부칙 제15조 및 과거 지특법 제84조 제2항에 따라 50% 감면이 적용되어야 한다.
• 나. 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 지방세법 제106조 제1항 에 따라 분리과세대상으로 간주된다. 그리고 종합부동산세법 제11조 에 의하면 토지에 대한 종합부동산세는 재산세 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상인 토지에 대하여만 과세된다. 이 사건 토지는 재산세가 50% 감면되는 토지로 재산세 분리과세대상에 해당하여 종합부동산세 과세대상에 해당하지 않는다.

• 가. 관련 법령 별지와 같다.
• 나. 감면 주장(위 2.가. 주장)에 대한 판단

1. 관련 법리 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ”이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.“는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이다(대법원 1994. 5. 24. 선고 93누5666 전원합 의체 판결, 대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2015. 9. 24. 선고 2015두42152 판결 등 참조). 2) 지방세특례제한법 개정 경과

• 가) 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 지방세특례제한법은 제84조 제2항에서 ‘공공시설을 위한 토지로서 도시관리계획의 결정 및 지형도면의 고시가 된 토지의 재산세를 100분의 50 경감한다’고 규정하고 있었고, 위 규정은 이후 아래 표 기재와 같이 각 개정되었다(개정된 부분은 밑줄로 표시하였음). 각 개정 지방세특례제한법 부칙은 일반적 적용례로 ‘이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다’라는 규정 및 일반적 경과조치로 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다’는 규정을 마련해두었다.
• 나) 2016. 10. 19. 제출된 지방세특례제한법 일부개정법률안 심사보고서(을 제4호증, 8면)에는 구 지특법 제84조 제2항에 ‘고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된 토지’라는 문구를 추가하게 된 이유에 대하여 ‘도시관리계획의 결정 이후 미집행으로 사권이 제한되고 있는 개별 부동산의 소유자들을 지원하기 위한 것이 당초 입법취지이고, 이를 명확히 하여 해석상 논란을 없애기 위한 것’이라고 설명하고 있다.

3. 피고의 주장 지방세특례제한법이 2016. 12. 27. ‘미집행 도시관리계획으로 인한 사권 제한 토지’에 대해서만 재산세 등을 경감하는 것으로 개정되었는데 이 사건 토지 관련 도시관리계획은 이미 오래전 집행이 완료되었다. 따라서 개정 이후에 납세의무가 성립하는 2017년 종합부동산세 등에는 위 경감규정이 적용되지 않는다.

4. 구체적 판단

• 가) 2016. 12. 27. 개정된 구 지특법 제84조 제2항은 적용대상에 관하여 ‘지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된’이라는 새로운 요건을 부가하여 집행이 완료된 토지를 감면대상에서 제외하고 있다. 앞서 본 것처럼 이 사건 토지는 이미 도시관리계획의 결정 및 도시관리계획에 관한 지형도면의 고시, 그리고 그 집행까지 완료된 토지이므로, 지방세특례제한법 제84조 제2항 의 개정으로 인하여 원고는 이 사건 토지에 대한 2017년 귀속 종합부동산세 등을 감경받지 못하게 되었다. 따라서 구 지특법 제84조 제2항은 납세의무자에게 불리하게 개정된 것에 해당한다.
• 나) 그리고 구 지특법 부칙 제1조는 그 개정 조항을 2017년 1월 1일부터 시행한다고 규정하면서, 부칙 제15조는 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있고, 구 종합부동산세법(2018. 12. 31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1항은 지방세특례제한법에 의한 재산세의 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다고 규정하고 있으며, 과거 지특법 제84조 제2항은 도시관리계획의 결정 및 도시관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 토지의 재산세를 ‘2018. 12. 31.까지 감면한다’는 내용을 명시적으로 규정하고 있었다.
• 다) 다만 지방세특례제한법 제84조 제2항 의 개정경과와 앞서 든 증거들에 변론전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 토지에 대한 2017년 귀속 종합부동산세(농어촌특별세 포함)에 관하여는 과거 지특법이 아니라 개정된 규정인 구 지특법 제84조 제2항이 적용된다고 보는 것이 타당하다. ⑴ 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세․재정정책을 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규․제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수 없다. 따라서 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전․후의법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이다. 그리고 앞서 본 바와 같은 지방세특례제한법 제84조 제2항 의 입법의 경위와 동기 및 그 연혁 등에 비추어 보았을 때, 지방세특례제한법 제84조 제2항 은, 공공시설로 예정되었으나 미집행된 경우에 수용 대상 토지의 소유자에게 손실을 보상하여 주기 위한 취지로 도입되었고, 이 사건과 같이 도시계획 용도대로 집행이 완료된 토지에 대하여까지 적용될 것을 예정한 것은 아니었던 것으로 보인다. ⑵ 원고와 같은 사업시행자의 경우 도시관리계획에 따라 공공시설을 설치하기 위하여 필요한 토지를 직접 수용하는 지위에 있으므로 도시관리계획의 집행을 통하여 자신의 재산권을 확보해 나간다고 볼 수 있을지언정 도시관리계획으로 인해서 자신의 재산권 행사에 제약을 받게 된다고는 볼 수 없고, 원고가 향후 일정 기간 구 지방세특례제한법 제84조 제2항 이 정하는 바에 따라 세액 감면을 받을 수 있다는 것을 신뢰하여 이 사건 토지를 취득 또는 보유하고 있었다고 보기도 어려우므로, 지방세특례제한법에 따른 지방세 감면의 혜택을 부여하여야 할 필요성이 크지는 않다. ⑶ 지방세특례제한법이 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되면서 제84조 제2항에 세액감경기간이 명시된 것인 데다가 앞서 본 지방세특례제한법 제84조 제2항 의 입법 취지 및 목적 등까지 더하여 보면, 원고가 이 사건 토지를 보유하는 동안 향후 지방세특례제한법 제84조 제2항 의 적용범위가 축소되는 방향으로 개정될 것을 전혀 예견할 수 없었다고 보기는 어렵고, 설령 원고가 지방세특례제한법 제84조 제2항 에서 명시한 기간 동안 재산세 등을 감경받을 수 있다고 신뢰하였다고 하더라도 그와 같은 신뢰가 주관적인 기대를 넘어 보호가치가 있는 신뢰에 해당한다고 보기 어렵다.
• 다. 소결 따라서 과거 지특법이 적용되어야 한다는 원고 주장은 받아들일 수 없고, 이를 전제로 한 원고의 2.나. 주장에 대해서는 따로 판단하지 않는다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.