약용작물과 황토 등을 혼합해 가공한 재화의 판매소득은 작물재배업에서 발생하는 소득에 해당하지 않음

사 건 2024구합51220 법인세부과처분취소 원 고 AA 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 9. 27. 판 결 선 고

2024. 12. 6.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 4. 18. 원고에 대하여 한 법인세 2018 사업연도분 11,198,664원, 2019 사업연도분 58,831,524원, 2020 사업연도분 58,122,131원, 2021 사업연도분 38,641,111원의 부과처분(각 가산세 포함)을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2013. 1. 11. 설립되어, 2017. 4. 6.부터 ○○시 ○○로 273-1, 102호를 본점으로 하여 가시오가피, 두릅나무, 고로쇠 등 약용나무․약용식물(이하 통틀어 ‘약용작물 등’이라 한다)을 식재․수확하여 판매하는 주식회사이다.
• 나. 원고의 대표이사 김BB은 CC산업개발공사를, 김BB의 배우자 노EE은 DD종합건설 주식회사(이하 ‘DD종합건설’이라 한다)를 각 설립하여 운영하였는데(이하 ‘이 사건 각 공급상대방’이라 한다), 다음과 같이 이 사건 각 공급상대방에게 약용작물 등을 공급하고 전자세금계산서를 발급하였고, 해당 거래에서 발생한 소득이 조세특례제한법 제68조 제1항 (이하 ‘이 사건 감면조항’이라 한다) 전단에 따라 ‘작물재배업에서 발생하는 소득’으로 보아 법인세가 전부 면제되는 것으로 신고하였다(이하 ‘이 사건 각 거래’라 하고, 위 약용작물 등 거래 대상을 ‘이 사건 재화’, 위 거래로 발생한 소득을 ‘이 사건 소득’이라 한다).
• 다. 피고는 2022. 11. 9.부터 2022. 12. 28.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 소득이 이 사건 감면조항 전단의 ‘작물재배업에서 발생하는 소득’에 해당하지 않는다고 판단한 다음 원고의 법인세 감면을 부인하여 2023. 4. 18. 원고에게 2018 사업연도 귀속 법인세 12,798,475원(가산세 4,001,667원 포함), 2019 사업연도 귀속 법인세 92,025,109원(가산세 24,569,703원 포함), 2020 사업연도 귀속 법인세 105,982,789원(가산세 22,674,774원 포함), 2021 사업연도 귀속 법인세 68,926,165원(가산세 10,626,806원 포함)을 각 경정·고지하였다.
• 라. 원고는 2023. 6. 16. 위 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2023. 10. 6. ‘이 사건 소득이 조세특례제한법 시행령 제65조 제2항 제3호 에 따른 농산물의 유통·가공·판매에서 발생한 소득인지 여부 및 그 소득금액을 재조사하여 그 세액을 경정함이 타당하다’는 취지의 결정을 하였다(이하 ‘이 사건 재조사결정’이라 한다).
• 마. 피고는 이 사건 재조사결정에 따라 재조사를 실시한 다음 2023. 11. 29. 원고에게 과세표준과 산출세액은 그대로 유지하되, 이 사건 소득을 ‘농산물의 가공 등으로 발생한 소득’으로 판단한 다음 이 사건 감면조항 후단에 따라 50% 감면을 적용하여 종전 법인세 처분을 감액·경정하여 2018년 사업연도분 11,198,664원, 2019년 사업연도분 58,831,524원, 2020년 사업연도분 58,122,131원, 2021년 사업연도분 38,641,111원의 법인세 합계 166,793,430원을 경정·고지하였다(이하 위와 같이 2023. 4. 18.자 법인세 처분 중 감액 경정되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 재화는 원고가 재배한 약용작물 등을 자연 그대로 또는 단순 건조, 절단분쇄한 것을 판매한 것으로서 ‘가공한 농산물’이 아님에도 피고는 원고가 직접 가시오가피, 두릅나무, 고로쇠, 꾸지뽕 등 약용작물 등을 배합하고 황토와 혼합하여 가공된 농산물을 판매하였음을 전제로 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 사실오인에 기인한 위법한 처분이다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제68조 제1항 전단에서는 농업회사법인에 대하여 2021. 12. 31. 이전 과세연도까지 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 일정 범위의 금액에 대하여 법인세 전부를 면제하고, 후단에서는 작물재배업에서 발생하는 소득 외에 대통령령으로 정하는 소득에 관하여는 해당 소득 발생 과세연도부터 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50을 감면하도록 정하고 있다. 그리고 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령 제65조 제1항 은 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 소득으로, 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득(제1호), 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제19조 제1항 에 따른 농업회사법인의 부대사업에서 발생한 소득(제2호), 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득(제3호)을 들고 있다. 한편 조세특례제한법 제2조 제3항 에서는 각 업종의 분류를 한국표준산업분류에 따르도록 하고 있는 한국표준산업분류에서는 ‘작물재배업’을 “노지 또는 특정 시설 내에서 작물 및 종자를 재배․생산하는 산업활동을 말한다. 버섯, 송로, 딸기 및 견과 등의 식용 가능한 야생식물을 채취하는 활동은 임업으로 분류한다.”라고 정의하고 있는 반면, 각종 곡물 등을 도정, 제분, 분쇄하거나 곡분을 혼합한 혼합분말 등을 제조하는 산업을 ‘곡물가공품제조업(1051), 곡물 혼합 분말 및 반죽 제조업(10513)’, 인삼 분말 제조 등을 ‘인삼식품제조업(10895)’ 등으로 분류하고 있다.
• 나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2000두4378 판결 등 참조). 과세처분 취소소송에서 과세요건사실의 존부 및 과세근거로 되는 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있으나, 비과세는 일반적으로 과세대상이 되는 물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서 과세대상에서 제외시키는 것이고, 이는 납세자 측의 예외적이고 특수한 사실에 관한 것이므로 비과세요건, 감면요건에 대한 입증책임은 비과세, 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 앞에서 든 증거 및 갑 제7 내지 14호증, 을 제3 내지 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 아래와 같은 사실이 인정된다.

(1) 원고는 2020. XX. XX. ‘천연재료를 이용한 건축용 자재’라는 명칭으로 특허를 출원하여(출원번호 1○-2○○○-○○○○○4) 2021. XX. XX. 특허청으로부터 특허결정을 받았는데, 원고는 이 사건 각 공급상대방과의 사이에 이 사건 각 공급상대방이 위 특허에 관한 통상사용권을 부여받고, 그 사용료로 제품 판매 가격의 3%에 해당하는 금액을 지불한다는 내용의 2021. 10. 19. 자 특허권 사용계약서를 작성하였다.

(2) 2022. 12.경 작성된 피고의 원고에 대한 세무조사 종결보고서 및 보충조서에는 원고의 진술 등 조사진행사항에 관하여 다음과 같이 기재되어 있다.

○ (2022. 11. 09.)

○○ 동 산94 방문--- [황토 확인]

• DD종합건설 등에 판매하였다는 황토 혼합물 더미가 천막에 덮인 채 쌓여

○○ 동 산94에 보관 중인 것 확인. 황토에 약초․한약재 등 분말을 혼합하여 보관 중이라고 대표자 진술함

○ (2022. 11. 10.)

○○ 동 149-1 방문 --- [항아리 확인]

• 사업장 소재지이자 김BB이 거주하는 주택인

○○ 동 149-1 방문

• 해당 장소는 사실상 대표자 김BB의 한 개의 사업장으로, 동일 소재지 타 사업장이자 주 거래처인 CC산업개발공사(대표자: 노EE) 및 DD종합건설(대표자: 본인) 등과 사업장 구분되어있지 않음 ※ 노EE: 김BB의 배우자

• ○○ 동 149-1에 CC산업개발공사에 판매하였다는 화장품 원재료를 보관 중으로, 항아리에 담아 숙성 단계를 거치는 중이라고 대표자 진술함.

○ (2022. 11. 21.)

○○ 동 산94 재방문 --- [약초 분말, 황토 혼합물 판매 소명]

• 황토의 경우 종산(

○○ 리 산32-1)에서 무상으로 가져온 것으로 현재 25T 정도 보유 중이라고 함. 언제 운반해서

○○ 동에 갖고 왔는지 기억나지 않고, 운반 관련 거래명세서 및 세금계산서 수취 내역 없으며, 운반비는 즉시 현금으로 지급했다고 진술함.

• 특수관계 업체에 판매한 황토 혼합물 등은 여러 번의 임상실험을 거쳐 얻어낸 결과물로 완제품이 아닌 시제품이라고 진술함. 혼합 비율은 조사법인의 영업 비밀로 공개할 수 없으나 대략 황토 1T에 약초․한약재 분말 몇 백 그램을 혼합해놓았다고 함. 이에 조사자 황토 혼합물의 일부 채취함.

○ (2022. 12. 19.) 대표자 및 세무대리인 내방 --- [소명 내용 변경 진술]

• 조사법인이 아닌 주 매출처 CC산업개발공사 및 DD종합건설이 혼합․배합공정을 하였다고 진술 변경함. 현재

○○ 동 산94에 있는 황토는 혼합물이 아니며, 황토 안에 약초․한약재 분말을 묻어놓기만 한 것이라고 진술 변경함

• 이에 황토 내부 약초․한약재 분말 존재 여부 확인을 위하여 곧바로 조사자, 대표자, 세무대리인

○○ 동 산94 현장 방문하여 곡괭이 등을 이용하여 황토 더미를 발굴하여 분말혼합물 발견함.

(3) 원고가 이 사건 각 공급상대방에 이 사건 재화를 공급하면서 작성한 전자세금계산서의 구체적 내역은 다음과 같은데, 해당 전자세금계산서에는 하나의 ‘품목’란에 다양한 종류의 작물이 기재되어 있고, ‘황토’, ‘잎, 줄기, 뿌리, 분말 포함(특허출원물의 천연재료)’라는 기재가 포함되어 있거나, 약용작물 등 외 ‘벌꿀’이 포함된 것 등이 존재하였다.

(4) 한편, 원고는 CC산업개발공사에 이 사건 재화 외에도 다음과 같은 개별 약용작물을 공급하고, 전자세금계산서를 발행하기도 하였다(갑 제5호증 8면 참조).

• 나) 위와 같은 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 소득은 이 사건 감면조항 후단에 따른 ‘농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득’으로 봄이 상당하고, 이 사건 감면조항 전단에 따른 ‘작물재배업에서 발생한 소득’이라고 보기 어렵다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

① 앞에서 본 바와 같이 이 사건 재화를 공급하면서 각 작물별 수량을 기재하지 아니한 채 여러 작물 및 작물 외의 재화인 ‘벌꿀, 황토’나 원물과 다른 형태인 ‘분말’ 등을 한꺼번에 기재하는 방식 등으로 전자세금계산서를 발행하였는데, 이는 원고가 이사건 재화 외에 다른 작물을 공급하는 경우에는 단일품목별로 kg 당 단가 등을 산정하여 전자세금계산서를 발행하였던 것과는 그 방식이 상이하여 여러 작물을 혼합한 상태로 판매한 것으로 판단된다. 또한 이 사건 재화의 단가는 1kg당 150,000원 내지 180,000원 내외로 단일한 약용 작물의 단가가 1kg 당 13,000 내지 50,000 내외인 것과 비교할 때 상당한 차이가 나는바, 이는 원물 가격의 단순 합산액이라기 보다 원물인 작물을 배합·혼합하여 가공함에 따라 상당한 부가가치가 더해진 가격으로 봄이 상당하다.

② 이에 대하여 원고는 자신이 특허를 받은 혼합물은 그 효능을 발휘하기 위하여는 각 재료의 비율이 중요하고 처음부터 재료의 비율을 맞춰 공급하는 것이므로 개별재료의 가격이 상승할 수 있고, 해당 배합비 등은 원고만의 노하우이므로 재료의 비율로 맞춰 이 사건 재화를 공급하는 것만으로 그 공급가액이 상승한다는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 개별 약용작물의 배합비가 대외비라고 주장하면서도 배합비가 쉽게 드러나도록 공급상대방에게 개별 재료를 위 비율에 따른 양만큼 공급한다는 것은 선뜻 납득하기 어렵다. 이 사건 각 공급상대방의 입장에서도 원고로부터 배합·혼합하여 가공이 마쳐진 완제품을 직접 구입할 경우와 비교할 때 높은 가격을 주고 개별 약용작물을 구입한 다음 이를 직접 가공함으로써 얻는 경제적 실익은 거의 없을 것으로 보이고, 원고로부터 특허에 관한 통상사용권을 부여받아 그 사용료로 제품 판매가격의 3%를 지불하기로 약정하였던 점까지 감안하여 보면, 위 각 공급상대방이 원고로부터 개별 약욕작물 등을 구입한 후 이를 직접 배합·혼합하여 가공할 경제적 합리성이 있다고 보기 어렵다. 이렇게 본다면 이 사건 각 공급상대방은 원고로부터 배합·혼합하여 가공된 상태의 약용작물을 구매하였다고 봄이 일반적인 거래방식에도 부합하는 것으로 판단된다.

③ 이 사건 재화의 시제품 내지 반제품으로 볼 수 있는 황토혼합물 더미가 보관되어 있던 ○○시 ○○동 산94 소재 토지는 원고 소유이고, 해당 토지 위에는 원고가 사용한 것으로 보이는 건조기가 확인되었다. 이에 대하여 원고는 사업장 일부를 이 사건 각 공급상대방에 대여해 주었고 위 공급상대방들의 혼합물을 보관하고 있었던 것이라고 주장하나, 그러한 대여 사실을 확인할 자료가 없을 뿐 아니라, 이 사건 각 공급상대방이 위 토지나 이 사건 재화의 시제품 등을 관리하면서 약용작물의 배합 및 혼합작업을 직접 수행하였다고 볼 만한 정황도 확인되지 않는다.

④ 피고가 세무조사를 위하여 ○○시 ○○동 산94 및 원고의 사업장을 방문하였을 당시, 원고의 대표이사는 종산인 ○○리 산32-1에서 황토를 무상으로 가져와 무상으로 가져온 황토에 각 약용작물, 한약재 분말 등과 함께 배합하여 혼합하였고, 그 비율은 밝힐 수 없다는 취지의 진술을 하였는바, 결국 원고는 단순한 약용작물을 판매한 것이 아니라 이를 황토 등과 배합·혼합 하는 등 가공하여 생산한 이 사건 재화를 판매함으로써 이 사건 소득을 얻었다고 봄이 타당하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각한다.