특허권의 양수대금은 대표이사 가지급금 채무 정산을 위한 것에 불과하여 특허권 양수계약은 부당행위계산 부인대상임

사 건 2024구합50319 법인세 등 부과처분 취소청구 원 고 주식회사 AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 9. 27. 판 결 선 고

2024. 11. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에 대하여, 2022. 11. 22. 한 2017 사업연도 법인세 12,338,290원, 2018 사업연도 법인세 138,144,120원의 각 부과처분과 2022. 11. 23. 한 별지1 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

• 가. 원고는 1993. 12.경 설립된 자동차용 부품의 제조 및 판매업을 영위하고 있는 회사이다. 문BB은 1998. 1.경부터 현재까지 원고의 대표이사로 재직하고 있다.
• 나. 원고는 2009. XX. XX. 케이블이 움직이지 않도록 고정시켜주는 금속 브라켓(아래 사진 참조, 이하 ‘이 사건 제품’이라 한다)을 용접 없이 하나의 공정에서 일체로 제조되도록 제조공정을 단순화하여 제조비용을 줄이고 생산성을 향상시키는 제조방법(이하 ‘이 사건 발명’이라 한다)에 대하여 발명자를 문BB, 특허출원인을 원고로 하여 특허출원을 하였다가 2010. 8. 25. 특허출원인을 문BB으로 변경하는 내용의 권리관계변경신고를 하여, 2010. XX. XX. 특허등록(발명자 및 특허출원인 문BB, 등록번호 제10-0

○○○ 0호)하였으며(이하 ‘이 사건 국내특허권’이라 한다), 2010. XX. XX. 이 사건 발명에 대하여 발명자 및 특허출원인을 문BB으로 하여 ‘CABLE F

○○○ G B

○○○ T AND OOOOO’라는 명칭으로 미국에 특허출원하여, 2012. 10. 7. 특허등록(발명자 및 특허출원인 문BB, 등록번호 제8

○○○○ 8호)하였다(이하 ‘이 사건 미국특허권’이라 하며, 이 사건 국내특허권과 통틀어 ‘이 사건 특허권’이라 한다).

• 다. 원고는 2017. 12. 5. 문BB으로부터 이 사건 국내특허권을 14억 원에 양수하는 내용의 특허권 양수계약을 체결하였으며, 2018. 6. 1. 문BB으로부터 이 사건 미국특허권을 20억 원에 양수하는 내용의 특허권 양수계약을 체결하였다(이하 위 2017. 12. 5.자 이 사건 국내특허권 양수계약과 통틀어 ‘이 사건 특허권 양수계약’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 특허권을 무형자산으로 계상하고, 이 사건 특허권에 대한 감가상각비로 2017년 10,356,864원, 2018년 257,842,550원을 손금산입하여 2017 및 2018 사업연도 법인세를 신고하였다.
• 마. 피고는 2022. 7. 11.부터 2022. 9. 22.까지 원고에 대한 2017 내지 2018 사업연도 법인세통합조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 후, ‘이 사건 특허권은 문BB의 소유가 아니라 원고 소유의 특허권으로 보아야 하고, 따라서 원고가 문BB으로부터 이 사건 특허권을 취득하며 2017, 2018년에 지급한 대가는 법인 자금을 부당하게 유출한 것’이라고 보아 이 사건 특허권 양수계약을 부인하고 이 사건 특허권에 대한 감가상각비로 계상한 2017년 10,356,864원, 2018년 257,842,550원 합계 268,199,414원을 손금불산입하고, 이 사건 특허권의 취득가액 합계 34억 원을 문BB에게 상여처분한다는 내용으로 세무조사 결과통지 하였다.
• 바. 위 세무조사 결과에 따라 피고는 2022. 11. 22. 원고에게 2017 사업연도 법인세 12,338,290원, 2018 사업연도 법인세 138,144,120원을 각 경정·납부 고지하였으며(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다), 2022. 11. 23. 원고에 대하여 대표이사 문BB을 소득자로 하여 2017년에 지급된 14억 원 및 2018년에 지급된 20억 원을 각 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지처분’이라 하며, 이 사건 법인세 부과처분과 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 2023. 1. 2. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 10. 19. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지2 기재와 같다.

이 사건 특허권은 문BB이 개인적으로 취득한 것으로 문BB에게 전부 귀속되며, 설령 문BB이 전적으로 이 사건 발명을 하였다고 보기 어렵더라도, 그 발명에 있어 실질적·구체적인 기여를 한 것은 분명하므로, 공동발명자로서 이 사건 특허권에 대한 지분권이 있다고 볼 수 있다. 따라서 문BB이 이 사건 특허권에 대한 아무런 권리도 없다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 인정사실 아래와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거, 갑 제8호증, 을제7 내지 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

1. 문BB은 1983년

○○ 대학교 금속공학과를 졸업하였고, 1986년 내지 1990년경에는 자동차용 볼트 제품 제조 및 판매 등을 주요 사업으로 영위하는 CC기계 주식회사에서 근무하였으며, 1995년경 자동차용 부품의 제조 및 판매업을 영위하는 주식회사 DD의 대표이사로 취임하여 재직하다가, 원고가 주식회사 DD를 흡수합병한 1998년경 이후에는 원고의 대표이사로 취임하여 재직 중이다.

2. 원고의 주주현황은 다음과 같다.

3. 원고는 자동차 부품제조 판매업 등을 목적으로 하는 법인으로, 이 사건 특허권을 이용하여 제조한 이 사건 제품을 미국 HH 등에 공급하여 상당한 매출을 올리고 있다.

4. 원고는 2006. 12. 18. 자동차 부품인 ‘가이드 베어링’을 드로잉 및 아이어닝 공법의 연속 공정(Progressive 공정)으로 제조하는 공정의 발명(이하 ‘기존 발명’이라 한다)에 대하여 발명자 문BB, 특허출원인 원고로 하여 특허출원을 하였고, 2008. XX. XX. 특허등록(등록번호 제1

○ -0

○○○○○○ 9호)하였다.

5. 원고는 2007. 3. 12. 기업부설연구소를 설립하였으며, 2008 사업연도 연구개발 활동조사표에는 2008년경 연구원 5명, 연구지원 기능인력 3명이 근무하고 있으며, 전체 연구개발비 중 신제품개발비는 65% 신공정개발비는 10%를 차지하고 있다고 기재되어 있다.

6. 이 사건 발명은 2008년경 개발에 착수하였으며, 2009. 8.경 개발 완료되었다.

7. 원고의 경상연구개발비 지출내역에 의하면, 원고의 2007년 경상연구개발비는 413,155,953원(인건비 175,639,630원, 재료비 등 237,516,323원), 2008년 경상연구개발비는 746,199,642원(인건비 134,675,280원, 재료비 등 611,524,362원)이었으나, 이 사건 특허권 출원이 이루어진 2009년 경상연구개발비가 27,403,060원(인건비 27,403,060원, 재료비 등 0원)으로 급격히 감소하였다.

8. 원고는 2009. 9. 11. 원고를 특허출원인, 문BB을 발명자로 하여 이 사건 발명에 대하여 특허출원을 하여 2010. 7. 27. 특허결정을 받았으나, 2010. 8. 25. 출원인을 문BB으로 변경하는 내용의 권리관계변경신고서를 제출하여, 이 사건 특허권의 특허출원인 및 발명자가 문BB으로 등록되었다.

9. 원고는 2009. XX. XX. 원고를 특허출원인, 문BB을 창작자로 하여 이 사건 제품의 디자인에 대하여 디자인 특허출원을 하였고, 2009. XX. XX. 디자인 특허등록(등록번호 제3

○ -0

○○○○○ 6호)하였다.

10. 원고가 이 사건 특허권 출원과 등록비용 가치평가와 권리이전 비용 등을 지급하였다.

11. 원고는 문BB에게 이 사건 특허권의 양수대금 합계 34억 원을 실제로 지급하지는 않았으며, 문BB에 대하여 가지는 가지급금 채권과 상계처리하였다.

12. 이 사건 조사과정에서 문BB은 ‘이 사건 발명과 관련하여 아이디어 및 공장 설계도 등을 제공하였고 기존 12개 공정을 22개의 공정으로 늘리는 등의 지시를 하였으며, 연구·개발은 당시 근무하던 직원들이 수행하였고 개발과정에서 총괄 감독, 지시를 하였다.’, ‘당시 연구일지 등은 오래돼서 관련 자료가 존재하지 않는다.’ ‘이 사건 발명은 원고의 설비를 사용하였으며 관련 시제품 개발 등에도 (원고의) 외주비용으로 처리하였다.’, ‘당시 연구개발에 참여한 직원들이 계속적으로 근무하지 아니하고, 저도 처음부터 특허에 대한 시작을 제가 하는 등 제 명의로 등록하게 되었다.’라고 진술하였다.

• 나. 문BB이 이 사건 발명의 단독발명자 내지 공동발명자에 해당하는지 여부

1. 관련 법리 공동발명자가 되기 위해서는 발명의 완성을 위하여 실질적으로 상호 협력하는 관계가 있어야 하므로, 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나, 자금·설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완하거나, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 한 경우 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 공동발명자에 해당한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009다75178 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 인정한 사실, 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 발명은 금속 제품을 가공하는 제조 공정에 대한 것으로 개발 과정에서 수많은 실험과 시행착오, 금형·시제품 제작 등이 이루어졌고, 이 과정에서 원고의 인적·물적 시설이 이용되었으며, 문BB도 이 사건 조사과정에서 이 사건 발명의 연구·개발은 기본적으로 원고 소속 연구원들이 수행하였다는 취지로 진술하였는바, 문BB이 독자적으로 이 사건 발명을 하였다고 볼 수는 없다. 다만, 앞서 인정한 사실, 갑 제1, 2, 8, 9호증, 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 내지 사실들에 비추어 볼 때, 문BB이 이 사건 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 제시하거나 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 하는 등 이 사건 발명에 실질적으로 기여한 공동발명자에 해당한다고 볼 여지가 있으며, 피고가 제출한 증거만으로 문BB의 이 사건 발명에 대한 실질적 기여도가 전혀 없다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다.

• 가) 문BB이 2008. 6.경 미국에서 개최된 ‘

○○ NA(

○○ ○○ North America) 전기차 전시회’에 참석하여 미국 HH의 임원으로부터 이 사건 제품의 생산 효율성 및 내구성을 높일 수 있는 제조방법의 개발을 제안받은 것이 이 사건 발명을 하게 된 계기인 것으로 보인다.

• 나) 문BB은 자동차 금속 부품 가공에 대한 전문적인 지식과 다수 경험이 있었으며, 이를 바탕으로 기존 발명을 할 수 있었던 것으로 보인다. 기존 발명으로 생산되는 ‘가이드 베어링’ 제품과 이 사건 발명으로 생산되는 이 사건 제품은 그 형태가 유사한 측면이 있는바, 기존 발명의 발명자인 문BB이 이 사건 발명의 아이디어를 착상하였을 가능성이 높다.
• 다) 문BB은 이 사건 조사 당시 자신이 이 사건 발명의 아이디어를 착상하였다고 구체적이고 일관되게 진술하였으며, 원고의 기업부설연구소 소장 문EE도 이 사건 발명의 개발 초기에 이 사건 제품을 드로잉(Drawing) 공법으로 원형으로 성형하였는데 깨짐 현상이 지속적으로 발생하자 문BB이 타원형으로 성형하자고 제안하고 Draw 횟수, Draw 횟수별 각각의 Drawing율, Draw 성형 시작점과 끝단점의 R 형상 값 등을 제시하였고, 역드로잉 성형 시에도 문BB이 먼저 1차로 절곡 각도를 60도로 하여 성형을 한 다음에 다시 2차 성형 시 절곡 각도를 30도 성형치수를 맞추는 공정을 제안하였으며, 연속작업 가능한 제조공정 기술을 개발하는 과정에서도 초기 12단계로 구분한 연속공정 공법이 실패하자 문BB이 25단계로 더 세분화하는 제조공법 기술을 제시하였다고 구체적으로 진술하였다.
• 라) 이 사건 발명 당시 원고의 부설기술연구소는 설립된 지 약 1년가량 되었을 뿐이고, 5명의 연구원이 있었는데 그중 석·박사급 인력은 없었으며 문BB보다 관련 분야의 경력이 오래된 사람이 있었던 것으로 보이지도 않는바, 문BB이 아닌 다른 직원이 이 사건 발명을 주도하기는 어려웠을 것으로 보인다.
• 마) 이 사건 발명의 특허출원 및 등록은 2009년 내지 2010년경 이루어졌으나, 이 사건 조사는 그로부터 12년 이상이 경과한 후에 실시되었는바, 이 사건 발명 당시 작성되었던 연구일지, 연구노트 등이 남아있지 않다는 사정만으로 문BB이 이 사건 발명에 기여한 바가 없다고 인정하기는 어렵다.
• 다. 이 사건 발명의 법적 성격

1. 관련 법리 ‘직무발명’이란 ‘종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ’종업원 등‘이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ’사용자 등‘이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다(발명진흥법 제2조 제2호). 여기서 “그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명”이란 종업원 등이 담당하는 직무내용과 책임 범위로 보아 발명을 꾀하고 이를 수행하는 것이 당연히 예정되거나 또는 기대되는 경우를 말한다(대법원 1991. 12. 27. 선고 91후1113 판결 참조).

2. 구체적 판단 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 발명은 원고의 업무 범위 및 문BB의 직무에 속하는 것으로서 발명진흥법 제2조 제2호 에서 정한 ‘직무발명’에 해당하는 것으로 판단된다. 따라서 이 사건 발명에 문BB의 실질적인 기여가 일부 인정된다고 하더라도 이 사건 발명이 개인발명에 해당함을 전제로 한 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

• 가) 문BB은 원고의 대표이사 겸 지배주주로서 원고의 제반 업무를 총괄하고 있으며, 오랜 기간 원고를 설립하여 운영하는 과정에서 프레스 공법(그중 드로잉 공법)을 통한 자동차 부품 제조에 관한 다양한 경험과 전문지식을 축적한 것으로 보이므로, 특별한 사정이 없는 한 원고의 인적, 물적 자원을 동원하여 프레스 공법 등을 통한 자동차 부품에 대한 연구·발명을 하는 것이 당연히 예정되거나 기대되는 자이다.
• 나) 원고는 자동차 부품 제조판매업 등을 목적으로 하는 법인으로, 프레스 공정 등 기술을 이용하여 생산한 자동차 부품을 판매하는 사업 등을 영위하고 있다. 이 사건 발명은 원고가 미국 HH으로부터 수주를 받은 자동차 부품 즉, 이 사건 제품의 제조방법에 관한 것으로 제조비용을 줄이고 내구성과 생산성을 향상시키는 것을 목적으로 하고 있는바, 이 사건 발명은 원고의 업무 범위에 포함된다.
• 다) 이 사건 발명 과정에서 원고 소속 연구원들이 연구·개발 내지 실험, 시제품 제작 등을 실행하였고, 그 과정에서의 원고의 설비와 장비가 이용되었으며, 개발비용, 특허출원비용 등도 원고가 전적으로 부담하였다.
• 라) 원고에 기업부설연구소가 설치되어 있으나, 그 소속 전담요원은 과장급 1명, 사원급 4명 총 5명에 불과하므로, 기업부설연구소가 설치되어 있다는 사정으로 대표이사(문BB)의 직무 범위에서 연구개발 업무가 제외된 것으로 볼 수는 없고, 그 밖에 문BB의 직무 범위에서 연구개발 업무가 제외된 것으로 볼 만한 자료도 없다.
• 마) 원고는 이 사건 발명을 이용하여 이 사건 제품을 생산하고 이를 미국 HH 등에 판매하여 매출을 올리고 있는 등 이 사건 발명 직후부터 이를 업무에 활용하고 있다.
• 라. 이 사건 특허권에 대한 양수계약이 부당행위계산의 부인대상에 해당하는지 여부

1. 관련 법리 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에 규정한 ‘부당행위계산부인’이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조). 구 국세기본법(2020. 6. 9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것) 제14조 제2항은 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다‘고 규정함으로써 실질과세의 원칙을 선언하고 있다. 이는 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조). 한편 구 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호에 의하면 이익처분에 의하여 손비로 계상한 금액을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 하고 있고, 구 법인세법 제26조 제1호 는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제43조 제1항 은 ‘법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다.’고 규정하고 있다. 법인이 임원 또는 직원이 발명한 특허권 등의 지적재산권을 취득하면서 해당 임원 또는 직원에게 지급하는 대가는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조 제1호, 구 법인세법 시행령 제43조 의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원에게 대가를 지급하였더라도, 해당 지적재산권의 가치평가의 적절성(특히 직무발명에 대한 보상금의 경우 발명진흥법이 정한 요건, 절차와 고려 사항을 감안하여 산정되었는지 여부), 영업이익 변동과의 연관성, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 대가가 지적재산권에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 구 법인세법 시행령 제43조 제1항 에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 대가 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 대가에 해당 지적재산권 가치의 일부가 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 대가 산정 경위나 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제10, 11호증의 각 기재에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 특허권 양수대금은 이 사건 특허권에 대한 정상적인 대가로 인정하기 어렵고 주로 문BB의 원고에 대한 가지급금 채무를 정산(면제)하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과하다고 판단함이 상당하다. 따라서 이 사건 특허권 양수계약은 부당행위계산의 부인대상에 해당하고, 원고가 문BB에게 지급한 양수대금은 부당하게 이익을 분여한 것으로서 익금산입 대상(혹은 이익처분으로서 손금불산입 대상)이 되는 상여금과 실질이 동일한 것으로 보이며, 나아가 제출된 증거들만으로는 이 사건 특허권의 정당한 가액을 인정하기 어려우므로, 이 사건 특허권의 양수대금 전부를 익금산입의 대상으로 보아야 한다.

• 가) 법인이 대표이사 등의 임원으로부터 특허권을 양수하면서 그 대금을 대표이사 등 임원의 업무무관 가지급금과 상계할 경우, 법인으로서는 특허권을 장부에 자산으로 계상하여 감가상각비를 손금으로 인정받아 법인세를 절감할 수 있고, 대표이사 등에 대한 업무무관 가지급금의 인정이자 수익도 더 이상 발생하지 않는다. 또한 대표이사 등의 임원이 상여 등을 통해 법인의 이익잉여금을 배당받을 경우에 비해 이를 특허권의 양수대금으로 지급받는 경우 기타소득으로 분류되어 상당 비율이 필요경비로 인정되어 대표이사 등 임원에게 유리하다. 문BB은 이 사건 특허권 양수계약 당시 원고의 대표이사이자 원고의 주식 41.25%를 소유한 지배주주(문BB의 형제자매도 원고의 주식 27%를 소유하고 있었다)로서 원고와 자신 사이의 이 사건 특허권 양수계약을 통해 이 사건 특허권을 양도하는 외관을 작출하기에 용이한 지위에 있었다.
• 나) 이 사건 특허권의 양수대금은 주식회사 FF 기술가치평가센터가 작성한 각 평가보고서(갑 제10, 11호증)에 기재된 이 사건 국내특허권에 대한 가치평가금액 1,491,600,000원, 이 사건 미국특허권에 대한 가치평가금액 2,149,880,000원에 기초하여 정해졌는데, 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 위 가치평가금액은 이 사건 특허권의 정당한 가치를 제대로 반영하고 있다고 단정하기 어렵다.

① 위 가치평가는 이 사건 특허권을 문BB으로부터 원고에게 이전하기 위한 기초자료로 활용하기 위해 원고의 의뢰로 이루어졌는데, 원고와 문BB의 관계, 평가의뢰 경위 등을 고려할 때, 위 가치평가센터는 이 사건 특허권의 가치가 최대한 높게 평가되기를 바라는 원고와 문BB의 의도에 부합하는 방향으로 이 사건 특허권의 가치를 평가하였을 가능성이 상당한 것으로 보인다.

② 위 기술가치평가센터는 이 사건 국내특허권과 관련해서는 무형자산 가치평가방법 중 하나인 수익접근법(미래 수익을 추정하여 기술의 가치를 평가하는 방법)을 적용하여, 이 사건 미국특허권과 관련해서는 로열티 공제법(특허권자가 특허권을 소유 하지 않음으로서 부담하게 되는 합리적 로열티를 추정하여 특허권의 가치를 추정하는 방법)을 적용하여 이 사건 특허권의 가치를 평가하였다. 수익접근법, 로열티 공제법을 이용한 가치산정은 대상 기술의 사업화를 통해 발생할 매출액 추정부터 시작되며 합리적인 추정근거가 제시되어야 함에도, 위 각 평가보고서는 원고가 제공한 사업계획서 등의 자료에만 근거하여 2017년부터 2026년까지 혹은 2018년부터 2025년까지 약 연30%의 매출액 성장률을 달성할 것이라고 만연히 추정하였다.

③ 이 사건 국내특허권의 가치평가와 관련하여 개별기술강도를 결정함에 있어서도 아무런 근거도 제시함 없이 20가지 평가지표에 1~5점 중 14개 지표에 4점, 5개 지표에 3.5점, 1개 지표에 3점을 부여하여 개별기술강도를 76.5%로 결정하였다.

④ 이 사건 미국특허권의 가치평가와 관련하여 로열티율을 2.63%로 산정함에 있어 특별한 설명이나 근거 자료 없이 개척률(제품화에 거액의 비용이 필요한 경우의 고려요인)을 100%로 인정하였으며, 증감률(조정률)을 133%로 산정하기 위해 이 사건 미국특허권의 기술성, 권리성, 사업성, 시장성의 각 평가항목에 점수를 매기면서도 그 점수를 부여한 구체적인 이유는 밝히지 않았다.

• 다) 발명진흥법은 ‘종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.’고 규정하면서(제15조 제1항), 보상규정의 작성 및 개정절차, 보상에 관한 통지방법을 구체적으로 정하고 있으며(같은 조 제2 내지 4항), 위 절차규정을 준수할 뿐만 아니라 보상액에 있어 ‘직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익’과 ‘그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도’를 고려한 경우에 한하여 ‘정당한 보상을 한 것’으로 보고 있다(같은 조 제6항). 그런데 원고가 발명진흥법에 따라 직무발명자에 대한 정당한 보상금 지급절차 등을 준수하여 이 사건 특허권의 양수대금을 지급하였다고 볼 만한 자료가 없고, 양수대금 산정 과정에서 직무발명에 의하여 원고가 얻을 이익과 그 발명의 완성에 문BB이 개별적으로 공헌한 정도를 고려하였다고 볼 만한 자료도 찾을 수 없으므로, 이 사건 특허권 양수대금을 발명진흥법에서 정한 ‘정당한 보상금’에 해당한다고 볼 수 없다.
• 라) 특히 사용자는 직무발명을 승계하지 않더라도 그 특허권에 대하여 무상의 통상실시권을 가지므로, 사용자가 직무발명을 직접 실시하여 그로 인한 이익을 얻은 경우에는 통상실시권에 기한 이익을 넘는 독점적·배타적 이익을 얻었거나 얻을 수 있었다는 점이 증명되어야 비로소 그 초과이익을 정당한 직무발명보상금의 결정의 고려요소로 삼을 수 있는데, 원고가 이 사건 특허권을 취득함으로써 통상실시권에 기한 이익을 넘는 독점적·배타적 이익을 얻었거나 얻을 수 있었다는 점을 확인할 수 있는 자료도 없다. 또한 발명자(종업원)의 공헌도는 해당 발명을 완성하는 데 발명자가 창조적으로 기여한 정도를 의미하므로, 이를 산정할 때에는 사용자의 공헌요소와 종업원의 공헌요소를 모두 종합하여 판단해야 한다. 구체적으로 ㉠ 직무발명의 계기와 과정, ㉡ 발명자의 학력, 경력, 보유기술, ㉢ 사용자의 인적, 물적 지원 여부와 수준, ㉣ 사용자가 보유한 관련 기술이나 특허, 연구시설 및 자재 등 해당 직무발명이 완성되기까지 발명자 및 사용자 측이 관여한 모든 사정을 종합적으로 판단하여 정하여야 한다. 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 발명 과정에서 원고의 인적, 물적 자원이 이용되었다는 점을 고려하면, 이 사건 발명에 대한 문BB의 공헌도가 상당한 정도에 이른다고 판단하기는 어렵다.
• 마. 소결 이 사건 특허권 양수계약이 부당행위계산의 부인대상에 해당하고 문BB에게 지급한 양수대금 전부는 상여금의 실질을 가져 손금불산입의 대상으로 보아야 하므로, 위 양수거래를 전제로 이 사건 특허권에 관한 감가상각비를 손금에 산입한 것은 유지될 수 없고, 피고가 이 사건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분을 한 것은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.