법인세 경정이나 법인소득금액 경정 처분 없이 원고에 대한 소득처분을 전제로 소득금액변동통지한 것은 적법함

사 건 2024구합50050 종합소득세부과처분취소 원 고 이AA 피 고 BB세무서장 외 1명 변 론 종 결

2024. 12. 19. 판 결 선 고

2025. 2. 20.

1. 이 사건 소 중 피고 BB세무서장의 원고에 대한 소득금액변동통지 처분에 대한 무효 확인 및 취소 청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지

1. 주위적으로,

• 가. 피고 BB세무서장이 2022. 4. 25. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 소득금액 1,207,878,000원(상여)의 소득금액변동통지 처분은 무효임을 확인한다.
• 나. 피고 CC세무서장이 2022. 5. 4. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 소득세 429,469,452원의 부과처분은 무효임을 확인한다.

2. 예비적으로,

• 가. 피고 BB세무서장이 2022. 4. 25. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 소득금액 1,207,878,000원(상여)의 소득금액변동통지 처분을 취소한다.
• 나. 피고 CC세무서장이 2022. 5. 4. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 소득세 429,469,452원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 DD종합건설 주식회사(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 대표자이다.
• 나. 이 사건 법인은 2016. 1. 27. EE건설산업과 오피스텔 및 공동주택 신축공사 도급계약(공사금액 54억 3,000만 원, 부가세 포함)을 체결하고 공사용역을 제공하였으나, 2016년 귀속 법인세에 대한 신고·납부를 하면서 위 도급계약에 따른 매출대금 중 2016 사업연도에 발생한 1,207,878,000원(이하 ‘이 사건 매출액’이라 한다)에 대한 매출 신고를 누락하였다.
• 다. 이 사건 법인은 2019. 1. 10. 및 2019. 5. 9. 두 차례에 걸쳐 이 사건 매출액을 익금에 산입한 후 유보로 소득처분하여 2016 사업연도 법인세 수정신고를 하였다(이하 2차례의 수정신고를 합해 이하 ‘이 사건 수정신고’라 한다).
• 라. 피고 BB세무서장은 2021. 4. 22.부터 2021. 10. 2.까지 이 사건 법인의 2016년 및 2017년 사업연도에 대한 세무조사를 실시한 후 이 사건 수정신고에 대해서 무납부 고지 하는 것으로 조사를 종결하였다.
• 마. ○○지방국세청장은 2022년 3월경 이 사건 법인의 주소지 관할 세무서인 피고 BB세무서장에 대한 업무감사를 실시하였고, ‘이 사건 법인이 경정이 있을 것을 미리 알고 수정 신고를 하였음에도 이 사건 매출액에 대한 수정신고 소득처분에 대한 조사를 소홀히 하여 대표자 상여처분을 누락한 것’으로 보아 피고 BB세무서장에게 이 사건 매출액에 대해 유보로 소득처분한 것을 부인하고 원고에 대한 상여로 소득처분하도록 지시하였다.
• 바. 이에 피고 BB세무서장은 2022. 4. 25. 원고에 대해 2016년 귀속 소득금액 1,207,878,000원(상여)의 소득금액 변동통지 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지 처분’이라 한다). 그리고 원고의 주소지 관할 세무서인 피고 CC세무서장은 2022. 5. 4. 원고에 대해 2016년 귀속 종합소득세 515,363,340원(가산세 85,893,890원 포함)을 부과처분하였다가 이후 가산세를 부과하지 않는 것으로 직권경정하였다 이하 원고에 대한 2016년 귀속 종합소득세 429,469,452원(515,363,340원 - 85,893,890원) 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다.
• 사. 원고는 이 사건 소득금액변동통지 처분과 이 사건 부과처분에 대해 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2023. 10. 25. 심판청구가 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6 내지 10호증, 을 1, 2, 4, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지와 같다.

• 가. 주위적 청구 이 사건 부과처분은 이 사건 법인의 2016년 귀속 법인세에 대한 국세부과제척기간(5년)이 도과한 이후에 이루어졌다. 그런데 ‘유보’ 소득처분을 ‘상여’로 변경하는 것은 이 사건 법인의 순자산을 임의로 변경하는 것으로서 법인세 신고내역에 대한 경정에 해당하므로, 법인세법상 소득처분 변경은 법인세 부과 제척기간 도과 이후에 허용될 수 없다. 이 사건 소득금액변동통지 및 이에 근거한 이 사건 부과처분은 그 전제사실(소득처분의 변경)이 성립할 수 없는 경우에 해당하여 그 자체로 위법하고, 이는 중대명백한 하자에 해당하므로 무효이다.
• 나. 예비적 청구

1. 소득금액변동통지의 대상 및 순서는 구 소득세법 시행령 제192조 제1항 에 따라야 함에도 피고 BB세무서장은 이 사건 법인에 대해 소득금액변동통지를 시도하지 않고, 곧바로 대표자인 원고에 대해서만 소득금액변동통지를 하였다. 이는 명백한 절차위반이고 납세자의 권리를 침해하는 것이므로 이 사건 소득금액변동통지 및 이에 근거한 이 사건 부과처분은 각 위법하여 취소되어야 한다.

2. 이 사건 부과처분은 원고에 대한 2016년 귀속 소득세 처분으로, 2016년 귀속 소득세의 국세부과제척기간은 2022. 5. 31.까지인데 피고 CC세무서장은 종합소득세 국세부과제척기간 도과 약 1개월 전인 2022. 4. 28.경 원고에게 과세예고통지를 하였다. 이로 인하여 원고는 과세전 적부심사청구를 하지 못하였다. 이는 과세전적부심사를 청구할 수 있는 납세자의 권리를 침해하는 것에 해당하여 위법하다.

3. 피고 BB세무서장은 이 사건 법인이 2016년 귀속 법인세에 대한 경정이 있을 것을 알고 수정신고를 했다고 주장하나 이 사건 법인이 경정이 있을 것이라는 점을 알고 수정신고를 했다는 점에 대한 입증이 없다. 그리고 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서조항의 입법 내용 및 입법 취지를 고려할 때 명백한 증거 없이 납세자의 수정신고에 반하는 처분을 할 수는 없으므로 이 사건 소득금액변동통지 및 이 사건 부과처분은 각 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서조항을 위반한 처분에 해당하여 취소되어야 한다.

4. 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 은 매출누락 등이 회수된 경우 유보로 세무조정하도록 하면서, 단서조항에서 “경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니한다”라고 정하고 있는데, 과세관청은 ‘그러하지 아니한다’의 의미를 ‘대표자 상여로 한다’는 의미로 해석하고 있고, 특히 매출누락에 대해 이미 매출누락액이 회수되어 법인이 귀속된 것이 명백함에도 이 사건 단서조항에 근거하여 대표자에게 매출 누락액이 귀속된 것과 같은 상여 처분을 하고 있다. 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서규정은 과세요건 명확주의에 반하고, 모법의 위임 범위를 일탈하였으며, 과잉금지의 원칙에도 반하므로, 위 단서규정에 근거한 이 사건 소득금액변동통지 및 이 사건 부과처분은 그 자체로 위법하다.

5. 매출 누락액과 이 사건 법인에 재입금된 금액이 거의 일치하는 점, 매출누락이 있었던 시기와 매출 누락액이 회수된 시기가 거의 일치하는 점, 매출 누락액을 회수하지 않는 경우 원고가 입게 되는 불이익이 상당한 점 등의 사정을 종합해보면 원고가 매출 누락액을 회수하려는 목적으로 매출액을 이 사건 법인에 재입금한 사실을 충분히 인정된다. 따라서 매출누락액이 회수되지 않았다는 점을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

4. 이 사건 소 중 피고 BB세무서장의 원고에 대한 소득금액변동통지 처분에 대한 무효 확인 내지 취소 청구 부분에 대한 판단

• 가. 피고의 본안전 항변 소득의 귀속자에 대한 소득금액변동통지는 원천납세의무자인 소득 귀속자의 법률상 지위에 직접적인 법률적 변동을 가져오는 것이 아니므로 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 볼 수 없다. 따라서 원고는 소득금액변동통지에 대해 다툴 수 없다(피고의 주장 내용이 명확하지는 않으나 2024. 4. 26.자 준비서면의 내용을 위와 같이 선해함).
• 나. 판단 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되고 그 때 원천징수하는 소득세 등의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되어 원천징수세액을 납부할 의무를 부담하게 되므로 원천징수의무자인 법인은 항고소송으로써 소득금액변동통지의 취소를 구할 법률상 이익이 있다(대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결 등 참조). 그러나 구 소득세법 시행령 제192조 제1항 단서에 따른 소득의 귀속자에 대한 소득금액변동통지는 원천납세의무자인 소득귀속자의 법률상 지위에 직접적인 법률적 변동을 가져오는 것이 아니므로, 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 볼 수 없다(대법원 2014. 7. 24. 선고 2011두14227 판결 참조). 앞서 본 인정사실을 위 법리에 비추어 보면, 피고 BB세무서장이 2022. 4. 25. 원고에 대하여 한 소득금액변동통지는 그 자체가 처분이라 할 수 없어 독립된 항고소송의 대상이 될 수 없으므로, 이 사건 소 중 피고 BB세무서장의 원고에 대한 소득금액변동통지의 무효 확인 내지 취소를 구하는 부분은 부적법하다[다만 소득금액변동통지가 적법하지 아니한 경우 원천납세의무자인 소득의 귀속자는 과세처분취소소송 등에서 그 흠을 주장하여 다툴 수 있으므로(대법원 2015. 1. 20. 선고 2013두4118 판결 등 참조) 원고가 주장하는 위법 사유에 대해서는 아래에서 살펴본다].

• 가. 주위적 청구 - 법인세 부과제척기간 도과 주장(위 3.가항 주장)에 대한 판단

1. 관련 법리 구 소득세법 시행령 제192조 제1항 단서의 규정은 법인에게 소득금액변동통지서를 송달할 수 없는 경우에 소득처분을 받은 거주자에게 보충적으로 송달을 이행함으로써 법인에게 원천징수의무를 발생시키기 위한 규정이 아니라, 소득처분을 받은 거주자에게 구 소득세법 시행령 제134조 제1항 에 따른 종합소득 과세표준의 추가신고 및 자진납부의 기회를 주기 위하여 마련한 특칙으로서, 과세관청이 위 단서의 규정에 의하여 소득처분을 받은 자에게 소득금액변동통지를 한 것을 법인에 대한 소득금액변동통지로 볼 수 없고, 그로써 법인이 원천징수의무를 부담한다고 볼 수도 없으므로 이 사건 소득금액변동통지에 의하여 법인에 대한 어떠한 행정처분이 있었다고 볼 수 없다(대법원 2013. 9. 26. 선고 2010두24579 판결 등 참조). 법인세법에 의하여 처분되는 상여는 그 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장이 그 결정 또는 경정일로부터 15일 이내에 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 하고, 당해 법인이 그 통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되어 있으며, 국세기본법에 의하여 원천징수하는 소득세의 납세의무는 소득금액을 지급하는 때에 성립함과 동시에 특별한 절차 없이 확정되는 것이다. 따라서 법인세법에 의한 인정상여처분에 따라 원천징수하는 소득세의 납세의무는 과세관청의 부과권의 행사에 의하지 아니하고 법률의 규정에 의하여 자동확정되는 것이어서 거기에 조세부과권의 제척기간이 적용될 여지가 없다(대법원 1996. 3. 12. 선고 95누4056 판결 참조).

2. 구체적 판단 원고는 구 법인세법 제67조 에 따른 소득처분이 법인세 신고내역에 대한 경정에 해당하므로 법인세 부과 제척기간이 도과한 이후에는 이에 기한 소득처분을 할 수 없다는 취지로 주장한다. 구 법인세법 제67조 는, 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우 … 소득처분을 한다고 규정하고 있고, 구 국세기본법 제26조의2 는 국세의 부과제척기간을 규정하고 있다. 위 규정 내용에 비추어 보면, 원고의 주장처럼 법인세 과세표준과 세액의 결정 또는 경정을 위한 구 법인세법 제67조 소득처분은 법인세 부과권의 제척기간이 경과하기 전까지 가능한 것으로 보인다. 다만 앞서 든 증거들 및 위 인정사실, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해보면, 피고 BB세무서장이 소득처분을 한 후 원고에게 소득금액변동통지를 한 것은 소득처분을 받은 거주자에 대한 소득세 납세의무를 성립․확정시키기 위한 절차일 뿐 법인세 과세표준과 세액의 결정 또는 경정을 위한 처분에 해당하지는 않으므로 이를 전제로 한 이 부분 원고 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 원천징수하는 소득세의 납세의무는 소득금액을 지급하는 때에 성립하고, 또 그 성립시기에 특별한 절차 없이 세액이 확정된다(구 국세기본법 제21조 제2항 제1호, 제22조 제2항 제3호). 과세관청이 사외유출된 익금가산액이 임원 또는 직원에게 귀속된 것으로 보고 상여로 소득처분을 한 경우 당해 소득금액의 지급자로서 원천징수의무자인 법인에 대하여는 소득금액변동통지서를 받은 날 또는 과세표준 (수정)신고일에 그 원천징수의무가 성립한다(구 소득세법 제135조 제4항, 제131조 제2항, 구 국세기본법 제21조 제3항 제1호). 반면 그 소득의 귀속자에 대하여는 법인에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지 여부와 상관없이 소득처분이 있게 되면 구 소득세법 제20조 제1항 제3호 소정의 ‘법인세법에 따라 상여로 처분된 금액’에 해당하여 근로소득세의 과세대상이 되고 당해 소득금액은 부과처분의 대상이 되는 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가 되므로(구 소득세법 제39조 제1항, 구 소득세법 시행령 제49조 제1항 제3호), 소득의 귀속자의 종합소득세(근로소득세) 납세의무는 구 국세기본법 제21조 제2항 제1호 가 정하는 바에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립한다(대법원 2006. 7. 13. 선고 2004두4604 판결 참조).
• 나) 피고 BB세무서장은 이 사건 매출액과 관련하여 이 사건 법인에게 법인세 과세표준 및 세액경정의 처분을 하거나 소득세 원천징수의무를 부과하는 등의 처분을 한 사실이 없다. 피고 BB세무서장은 이 사건 매출액과 관련된 2016 사업연도 법인세의 부과 제척기간이 도과하였다고 보고 이 사건 법인의 법인세 과세표준과 세액을 경정하거나 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 처분을 하지 않았다. 그리고 구 소득세법 시행령 제192조 는 ‘법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다’고 규정하고 있는데, 피고 BB세무서장은 원고에 대해서만 소득금액변동통지서를 송달하였을 뿐 이 사건 법인에게는 소득금액변동통지서를 송달하지 않았으므로, 앞서 본 법리에 의하면 과세관청이 원고에게 소득금액변동통지를 한 것만으로 이 사건 법인이 원천징수의무를 부담한다고 볼 수 없다.
• 다) 앞서 본 법리들 및 소득세법에서 ‘법인세법에 따라 상여로 처분된 금액’을 근로소득으로 규정하고 있는 점 등의 사정에 비추어 보면, 과세관청이 행한 구 법인세법 제67조 의 소득처분이 모두 법인세법상의 경정처분에 해당한다고 볼 수는 없고, 이에 관하여는 다른 여러 사정을 고려해서 판단해야 할 것으로 보인다. 그런데 소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지에 관하여 규정하고 있는 구 소득세법 시행령 제192조 가 소득세법 시행령 제5장 제1절의 원천징수에 관한 부분에서 규정되어 있는 점, 소득세 및 소득세 원천징수의무의 성립요건 등 앞서 본 여러 사정을 종합해보면, 과세관청이 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정절차 없이 소득처분을 하고 소득처분을 받은거주자에 대하여 소득금액변동통지를 하는 것은 소득처분을 받은 거주자에 대한 소득세 납세의무를 성립․확정시키기 위한 절차로 보아야 한다. 이 사건에서 피고 BB세무서장은 이 사건 법인에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 경정하거나 법인소득금액을 경정하는 등의 처분 없이 원고에게 소득처분을 전제로 한 소득금액변동통지를 하였으므로, 이는 원고에 대한 소득세 납세의무를 성립시키기 위한 절차에 불과할 뿐 이를 법인세법상의 경정처분이라고 볼 수는 없다.
• 나. 예비적 청구

1. 이 사건 법인에 대한 소득금액변동통지 누락 주장 위 3.나.1)항 주장

• 가) 원고의 이 부분 주장에 대하여 피고 BB세무서장은 ‘이 사건 법인은 이 사건 매출액을 회수하지 않았고 따라서 이 사건 법인에게 원천세 납부를 부담시키는 것이 부당하므로 이 사건 법인에게 소득금액통지서를 따로 송달하지 않았다’고 주장하고 있다.
• 나) 구 소득세법 시행령 제192조 제1항 은 ‘소득금액변동통지서를 해당 법인에 통지해야 하고, 다만 해당 법인의 소재지가 분명하지 않거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지해야한다’는 취지로 규정하고 있고, 이 사건 소득금액변동통지 처분 당시 이 사건 법인의 소재지가 분명하지 않거나 통지서를 송달할 수 없는 경우가 아니었다는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없다.
• 다) 앞서 본 것처럼 소득처분을 하고 법인에게 소득금액변동통지를 하는 것(구 소득세법 시행령 제192조 제1항)은 당해 법인에 대한 소득세 원천징수의무를 성립․확정시키기 위한 절차인 점, 구 소득세법 시행령 제192조 제1항 단서의 규정은 소득처분을 받은 거주자에게 구 소득세법 시행령 제134조 제1항 에 따른 종합소득 과세표준의 추가신고 및 자진납부의 기회를 주기 위하여 마련한 특칙인 점, 소득처분을 받은 거주자의 근로소득세 납세의무는 법인에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지 여부와 상관없이 발생하는 점 등을 종합해보면, 피고 BB세무서장이 원고에게 소득금액변동통지를 한 것은 구 소득세법 시행령 제192조 제1항 에 기하여 이 사건 법인에 대한 원천징수의무를 성립시키기 위한 것이 아니므로, 피고 BB세무서장이 이 사건 법인에게 소득금액변동통지서를 통지하지 않고 원고에게만 소득금액변동통지서를 송달한 것이 위 규정을 위반한 것이라고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

2. 과세전 적부심사권 침해 주장 위 3.나.2)항 주장

• 가) 관련 법리 구 국세기본법 제81조의15 는, 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(과세예고통지)하여야 하고(제1항 제1호), 과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 청구할 수 있으나(제2항 제2호), 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항을 적용하지 않는다(제3항 제3호)라고 규정하고 있다. 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화 시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하여 위법하다고 보아야 할 것이다. 그러나 구 국세기본법 및 구 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두 49228 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래의 각 사정들을 앞서 본 관련 법리나 규정에 비추어 살펴보면, 피고 BB세무서장이 국세부과제척기간 도과 약 1개월을 남겨두고 과세예고통지를 하였고 그로부터 약 10일 뒤에 피고 CC세무서장이 원고에게 종합소득세 부과처분을 한 것이 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 피고 BB세무서장은 2022. 4. 25. 원고에게 소득금액변동통지를 하였고 피고 CC세무서장은 2022. 5. 4. 원고에게 종합소득세를 부과하였다. 그러나 과세전적부심사 제도는 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우 등에는 생략할 수 있어 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아니다. 법인세법상 소득처분에 따른 원고의 2016 귀속연도 인정상여소득에 대한 종합소득세 납부의무는 당해 과세기간이 종료하는 때에 성립하고, 그 부과제척기간의 기산일은 종합소득세 신고기한 다음 날인 2017. 6. 1.이다(구 국세기본법 시행령 제12조의3, 구 소득세법 제70조 제1항). 그리고 위 기산일로부터 5년이 되는 2022. 6. 1.이 지나야 종합소득세 부과제척기간이 경과한다. 따라서 피고 BB세무서장이 원고에게 과세예고 통지를 한 날인 2022. 4. 25.부터 부과제척기간의 만료일인 2022. 6. 1.까지의 기간이 3개월 이하인 경우이므로 이는 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다.

② 부과제척기간은 과세관청과 납세의무자 사이의 조세채권채무관계를 조속히 종결지어 납세의무자의 법적안정성을 보장하려는 데 그 취지가 있다. 또한 국세기본법은 과세전적부심사의 예외와 관련하여 그에 해당하는 일정한 사유의 발생 경위, 과세관청의 고의 또는 과실 여부 등의 다른 요건을 규정하지 않고 있다. 따라서 과세관청으로서는 부과제척기간을 도과하지 않는 한 제척기간 내에서 언제든지 부과권을 행사할 수 있으므로, 이러한 부과제척기간 제도의 취지나 특성상 단지 부과권 행사가 제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 이루어졌다는 사정만으로 이를 위법하다고 할 수 없다.

③ 피고들은 인천지방국세청장의 업무감사 결과에 따라 원고에게 종합소득세를 부과하는 처분을 하였는데, 인천지방국세청장의 업무감사는 2022년 3월경 이루어졌다. 따라서 피고들이 이 사건 부과처분 절차의 진행을 고의로 지연한 것으로 보기 어렵고, 그렇다고 볼 만한 사정을 찾기 어렵다.

④ 부과제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 과세전적부심사 절차를 거치도록 하는 경우 부과제척기간의 도과로 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험이 발생하고, 납세의무자가 부과제척기간을 도과시키기 위한 목적으로 이를 남용할 가능성도 배제할 수 없으며, 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있다. 실제로 원고는 이 사건 소득금액변동통지처분 및 이 사건 부과처분에 불복하여 조세심판을 청구하였다.

3. 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서가 위법명령에 해당한다는 주장 위 3.나.4)항 주장

• 가) 구 법인세법 제67조 는 ‘법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다’라고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제106조 는 ‘법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명하고 그 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 처분하되(제1항 제1호), 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다(제4항)’고 되어 있다. 즉 사외유출된 금액이 임원에게 귀속된 경우 이를 귀속자에 대한 상여로 처분하고, 다만 예외적으로 국세기본법상 수정신고기한 내에 이를 회수하고 세무조정하여 신고하는 경우에는 사내유보로 처분하되 만약 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 원칙대로 상여로 처분하도록 규정하고 있다.
• 나) 원고는 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서에서 ‘사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하고 있는 것이 불확정개념이라고 주장하나, 여기서 ‘그러하지 아니하다’는 사외유출된 금액을 사내유보로 처분하지 않고 원칙대로 귀속자에 대한 상여 등으로 처분한다는 의미임이 명백하므로, 위 규정이 과세요건 명확주의에 반한다고 할 수 없다.
• 다) 원고는 매출누락된 매출액이 회수되어 명백하게 법인으로 귀속된 경우에도 상여로 처분하는 것은 모법인 구 법인세법 제67조 의 위임범위를 일탈한 것이라고도 주장하고 있다. 본래 사외유출되어 당해 법인의 대표자 등에게 귀속된 금액에 관하여 일단 소득세 납세의무가 성립하면 사후에 그 금액이 당해 법인에 환원되었다 하더라도 이미 성립한 소득세 납세의무에 영향을 미칠 수 없으므로(대법원 1999. 12. 24. 선고 98두7350 판결 등 참조) 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 에 따라 소득처분을 하는 것이 원칙이지만, 같은 조 제4항 본문은 당해 법인이 소정의 기한 내에 자발적인 노력에 의하여 그 금액을 회수한 경우에는 그 금액이 사외유출되지 아니한 것으로 보아 위 원칙에 따른 소득처분을 하지 아니함으로써 당해 법인에게 자발적인 자기시정의 기회를 준 것이다. 따라서 당해 법인이 사외유출된 금액을 회수하더라도 그것이 당해 법인의 자발적인 노력에 의한 것이 아닌 경우에는 다시 원칙으로 돌아가 소득처분을 하도록 한 것이 같은 항 단서이므로, 그것이 헌법상 보장된 재산권의 본질적인 내용을 침해한다거나 소득세법에 위반하여 소득의 귀속이 없음에도 과세하는 것이라고 볼 수 없다(대법원 2011. 11. 10. 선고 2009두9307 판결). 따라서 구 법인세법 시행령 제160조 제4항 단서가 위임입법의 범위를 일탈하였다는 원고 주장은 이유 없다.
• 라) 또한 원고는 사외유출된 금액이 실질적으로 귀속되지 않아도 대표자 등에게 다시 소득세를 부과하는 것은 이중으로 과세하는 것으로 과잉금지의 원칙에 위반된다고 주장하나, 위 다)항에서 본 바와 같이 그 금액이 당해 법인에 환원되었다 하더라도 이미 성립한 소득세 납세의무에 영향을 미칠 수 없는 점, 예외적으로 자기시정의 노력을 한 경우에는 사내유보로 소득처분을 할 수 있도록 하는 규정을 마련해 둔 점 등의 사정에 비추어 보면 위 규정이 소득세를 이중으로 부과하는 것이라고 볼 수 없다.

4. 사외유출된 금액을 회수하였고, 경정이 있을 것을 미리 알지 못하였다는 주장 위 3.나.3)항 및 5)항 주장

• 가) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조). 그리고 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조). 위 법리들 및 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료는 납세의무자측에서 이를 제시하기가 용이한 점 등의 사정에 비추어 보면, 이 사건 매출액이 회수되었는지 여부는 이를 주장하는 원고에게 입증책임이 있다고 보는 것이 타당하다.
• 나) 원고는, 이 사건 법인의 2016년 매출액으로 귀속되어야 할 이 사건 매출액을 원고 개인계좌로 지급받는 방법으로 매출을 누락하였으나 같은 회계연도 중에 이 사건 법인의 운영자금이 부족해지자 원고 개인계좌에서 매출누락액을 모두 인출하여 이 사건 법인계좌로 이체하는 방식으로 이 사건 매출액을 모두 회수하였다고 주장하고 있다. 이에 대하여 피고들은, 이 사건 법인이 작성한 공사미수금 원장에 의하면 원고가 입금한 돈은 원고가 아닌 다른 사업자와 관련한 공사미수금 회수분인 것을 알 수 있으므로, 이 사건 매출금이 회수되지 않았다고 주장하고 있다.
• 다) 앞서 든 증거들 및 갑 제4, 5, 11호증, 을 제3호증의 각 기재(가지번호 포함)에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고가 EE건설산업으로부터 원고 개인계좌로 돈을 송금받은 사실 및 원고가 이 사건 법인계좌로 돈을 송금한 사실, 이 사건 법인은 원고가 이 사건 법인계좌로 입금한 돈을 공사대금 미수금으로 회계처리한 사실이 인정된다. 구체적 내역은 아래 표와 같다. [표 생략]
• 라) 그런데 다음과 같은 사정을 종합해보면, 원고가 이 사건 법인계좌에 입금한 돈이 이 사건 매출금을 회수한 것이라고 보이지 않는다.

① 이 사건 법인의 공사미수금 명세서(을 제8호증)에는 이 사건 법인의 2016. 12. 31. 현재 FF건설산업에 대한 공사미수금이 844,800,000원, GG개발(HH뷰)에 대한 공사미수금이 439,873,620원이라고 기재되어 있다. 이러한 사정에 비추어 보면, 이 사건 법인은 FF건설산업과 GG개발(HH뷰)에 대하여 실제 공사미수금 채권을 가지고 있는 것으로 보이고, 이 사건 법인은 원고가 이 사건 법인 계좌에 입금한 돈을 모두 GG개발(HH뷰) 또는 FF건설산업의 공사대금으로 회계처리하였다.

② 이 사건 법인의 계좌거래내역(을 제14호증의 1 내지 3)에 의하면, 위 다)항 기재 표에서 본 거래 외에도 원고와 이 사건 법인 사이에 금융거래가 빈번하게 이루어지고 있는 것으로 보인다. 예컨대 2016. 11. 9. 이 사건 법인 계좌에서 원고에게 3억원이 송금되었고, 2016. 11. 22.에는 원고가 이 사건 법인계좌에 5,000만 원을 입금하였다. 그리고 위 계좌거래내역 및 이 사건 법인의 공사미수금 원장에 의하면, 이 사건에서 문제가 된 금액 외에도 원고가 이 사건 법인 계좌로 입금한 돈이 공사대금으로 회계처리된 부분이 확인된다. 예컨대 원고는 2016. 11. 15. 이 사건 법인 계좌로 합계 2억 5,500만 원을 입금하였는데, 공사미수금 원장에 같은 날 GG개발(HH뷰)의 공사대금 2억 5,500만 원이 입금된 것으로 기재되어 있다.

③ 원고는 당시 원고가 이 사건 매출액을 누락한 이유에 대하여 ‘이 사건 매출액을 소외 법인의 매출로 신고하는 경우 이 사건 매출액에 대한 부가가치세와 법인세를 납부해야 하나 매출 누락을 하는 경우 일시적으로 위 세금을 내지 않고 그 세금 상당액을 소외 법인의 운영자금으로 이용할 수 있었기 때문’이라고 주장하고 있다. 그러나 조세심판과정에서는 이 사건 매출액 누락에 대하여 ‘착오로 청구인의 개인사업자에 대한 공사미수금 회수로 회계처리되었다. 담당 직원이 결산 과정에서 돈의 성격을 확인하지 않고 이름만 보고 회계처리한 것이다’라고 주장하였다. 조세심판단계에서와 이 사건 소송에서의 원고의 주장 내용 및 앞서 든 여러 사정들을 종합해보면, 원고의 주장을 쉽게 믿기는 어렵다.

④ 원고와 이 사건 법인 사이에 금융거래가 빈번하게 이루어지고 있었던 점, 원고가 이 사건 법인에 입금한 돈이 거래처인 GG개발(HH뷰) 또는 FF건설산업의 공사대금 미수금으로 회계처리된 점, GG개발(HH뷰)은 원고가 운영하는 개인사업자인 점 등의 사정을 종합해보면, 원고가 이 사건 법인계좌에 송금한 돈이 이 사건 매출금을 회수한 것이라고 보기 어렵고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기 부족하다.

• 마) 따라서 이 사건 법인이 이 사건 매출금을 회수하였다고 볼 수 없으므로 이 사건 매출금이 회수되었다는 원고 주장은 이유 없고, 이를 전제로 한 주장(경정이 있을 것을 알지 못하고 회수하였다)에 대해서는 더 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
• 다. 소결론 이 사건 매출금이 원고 계좌로 송금된 이상 이는 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에 해당하고, 사외유출된 금액이 임원인 원고에게 귀속되었다는 이유로 이를 상여로 소득처분하고 원고에게 종합소득세를 부과한 것은 구 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항, 구 소득세법 제20조 에 따른 처분으로 적법하다. 그리고 이 사건 법인이 수정신고기한 내에 사외유출된 금액을 회수하였다고 볼 수 없으므로 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 은 적용되지 않는다. 따라서 위 규정에 따라 이 사건 매출금을 사내유보로 소득처분하지 않은 것이 위법하다고 할 수 없다.

이 사건 소 중 피고 BB세무서장의 원고에 대한 소득금액변동통지 처분에 대한 무효 확인 및 취소 청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각한다.