2019. 1.1. 양도한 토지 및 건물의 가액이 불분명한 경우 건물의 양도가액을 토지 및 건물의 기준시가로 안분하여 산출하여야 함

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 0000. 00. 00. 원고들에 대하여 한 2019년 1기분 부가가치세 000,000,000원의 경정처분을 취소한다.

• 가. 원고들은 0000. 0. 0.부터 보유하던 ○○시 소재 토지(이하 ‘이 사건 토지’) 및 그 지상 5층 건물 (이하 ‘이 사건 건물’이라 하고 이사건 토지와 통틀어 ‘이 사건 부동산’)에서 부동산 임대업을 영위하였다.
• 나. 원고들은 0000. 00. 00. 이 사건 부동산을 소외 A 외 1명(이하 ‘양수인’)에게 000억 원에게 양도하는 내용의 계약을 체결한 후(이하 ‘이 사건 매매계약’), 2019. 5. 30.(잔금지급약정일) 양수인에게 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳐 주었고, 같은 날 부동산 임대업과 관련한 사업자등록 폐업신고를 마쳤다.
• 다. 서울지방국세청장은 피고에 대한 종합감사를 실시한 결과, 이 사건 부동산과 관련한 토지 및 건물의 가액이 불분명하므로 000억 원을 토지와 건물의 기준시가로 안분한 후 건물의 기준시가 해당분인 0,000,000,000원을 공급가액으로 하여 부가가치세를 경정하도록 감사처분 지시하였고, 이에 따라 피고는 0000. 00. 00. 원고들에게 2019년 제1기 부가가치세 000,000,000원(가산세 000,000,000원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’).

• 가. 원고의 주장

1. 이 사건 건물의 공급시기이자 양수인이 재화(이 사건 건물)를 이용가능하게 된 때는 이 사건 매매계약의 체결시점인 2018. 10. 30.로 보아야 하므로, 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 구 부가가치세법’, 위와 같이 개정된 제16101호 법률을 ‘개정된 구 부가가치세법’)의 적용을 받는다. 이 사건 건물의 실지거래가액이 0원이므로, 개정 전 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서에서 정한 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우’에 해당하지 않으므로, 이 사건 건물의 양도가액은 2019년 1기분 부가가치세의 과세표준금액에서 제외되어야 한다. (① 주장)

2. 설령 개정 후 구 부가가치세법이 적용된다고 보더라도, 원고들은 국세청의 유권해석(사전-2016-법령해석부가-0419, 갑 8호증)과 담당 공무원과의 논의과정을 신뢰하여 신고‧납세 의무의 범위를 잘못 파악한 것으로 원고가 그에 관하여 신고‧납세를 온전히 이행하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다. (② 주장)

• 나. 판단

1. ① 주장에 관하여

• 가) 위 증거들, 을 3 내지 6호증의 기재에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(1) 원고들은 이 사건 매매계약 체결 무렵 상호 ‘BB주차장’, ‘CC설농탕’, ‘DD꼬치구이’, ‘EE당구카페’ 사업장 운영자에게 이 사건 건물 중 각 해당 부분을 임대중이었다. 원고들의 부가가치세 신고서 중 부동산임대공급가액명세서(을 2호증)에 기재되어 있는 각 임대차보증금은 0,000만 원, 0억 0,000만 원, 0억 원, 0,000만 원이다.

(2) 원고들과 양수인은 이 사건 매매계약 당시 ‘원고들이 원고들의 부담으로 잔금일 전일까지 임차인 명도를 완료한 후 이 사건 건물 철거 신고를 해당관청 해당부서에 접수하는 것’을 특약하였다.

(3) 원고들은 각 임차인들의 퇴거일을 모두 ‘2018. 9. 30.’으로 기재한 위 부동산임대공급가액명세서를 제출한 적이 있다. 그러나 원고들은, ① 2018. 11. 5. CC설농탕 대표와 명도합의서를 작성한 후 2018. 11. 7. 명도비용 0,000만 원을 송금하였고(폐업일 2018. 11. 2.), ② 2019. 2. 28. DD꼬치 구이 대표와 명도합의서를 작성한 후 2019. 2. 28. 명도비용 0,000만 원을 송금하였으며(2019. 4. 29. 소재지변경), ③ 2019. 3. 11. EE당구카페 대표와 명도합의서를 작성한 후 2019. 3. 22. 명도비용 0,000만 원을 송금하였고(폐업일 2019. 4. 8.), ④ 2019. 5.경 ‘철거일자 2019. 5. 23.부터 2019. 8. 23.‘로 된 건축물철거·멸실신고서를 ○○시장에게 제출하였다.

• 나) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 건물은 사업자등록의 대상이 되는 건물로서(상가건물 임대차보호법 제2조 제1항 등 참조) 마지막 명도비용 송금일인 2019. 3. 22. 이후에도 사용되었다고 볼 수 있으므로, 이 사건 건물의 공급시기 또한 2019. 3. 22. 이후부터 2019. 5.경까지 사이로 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없다. {나아가 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제100조 제3항은 일괄 양도된 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세 회피를 방지하기 위하여 2015. 12. 15. 신설되었는데, 그 내용은 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 기준시가 등으로 안분 계산한 금액과 30% 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다는 것이다. 이는 개정된 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 에서 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 기준시가에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액’을 공급가액으로 하도록 규정한 것과 동일한 취지라고 할 수 있다. 원고들은 총 매매대금에서 이 사건 토지가액이 차지하는 비율은 100%이고, 이 사건 건물가액이 차지하는 비율은 0%에 불과하다는 주장을 할 뿐, 이 사건 부동산의 각 기준시가, 각 장부가액, 각 감정가액이나 양도소득세 신고자료 등 납득할만한 근거 있는 자료 제출이 없는바(조세심판원 결정문에 따르면, 이 사건 부동산의 기준시가 0,000백만원 중 이 사건 건물의 기준시가는0,000백만원, 대차대조표상의 가액 총 0,000백만원 중 이 사건 건물의 그것은 0,000백만원), 이에 의하더라도 이 사건 건물의 매매가액은 현저히 과소하게 정해진 것으로서 부당하다고 볼 수 있다.}

2. ② 주장에 관하여

• 가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며(대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결, 대법원 1999. 12. 28. 선고 98두3532 판결 등 참조), 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다(대법원 1993. 11. 23.선고 93누15939 판결, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).
• 나) 살피건대, 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지와 이 사건 건물의 가액 구분은 불분명하다고 할 것이므로 원고들은 개정된 구 부가가치세법 제29조 제9항 에 따라 이 사건 건물 가액을 기준시가로 안분계산한 금액을 이 사건 건물의 공급가액으로 산정하여, 이에 관한 부가가치세 신고‧납부를 할 의무가 있다고 보아야 함은 앞서 인정한 바와 같다. 따라서 원고들이 이에 대한 판단을 달리한 것은 단순한 법률의 부지나 착오에 해당한다고 보아야 하고, 원고들이 제시하는 국세청의 유권해석은 ‘노후화 및 안전검사 미필로 사용할 수 없자 2014년부터 방치된 건물’에 관한 것으로 이 사건과 사안을 전혀 달리하며, 원고들 주장과 같은 사정만으로는 세법 해석상 의의로 인한 견해대립이 있었다거나, 그로 인하여 원고들에게 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다. 따라서 원고들의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

원고들의 청구는 모두 이유 없으므로 기각한다(원고들은 이 사건 변론종결 이후인 2024. 6. 14. 증인신청 등을 위하여 변론재개를 신청하였으나, 원고들이 추가하고자 하는 주장·증명으로 인하여 위와 같은 판단에 영향을 미칠 수 있다고 보이지 아니하므로, 변론재개신청을 받아들이지 않는다).