서면확인과정에서 제출하지 않은 필요경비 입증 서류를 과세전적부심사 시 제출하여 이뤄진 세무조사의 적법 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에 대하여 한 각 종합소득세부과처분 및 각 부가가치세부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2015. 11. 12.부터 2018. 11. 12.까지 전세버스 운수업을 영위하는 주식회사 AA(이하 ‘AA’이라 한다)의 대표이사로 재직하였다.
• 나. 의정부세무서장은 2019. 7. 22.부터 2019. 8. 30.까지 AA에 대하여 2014년∼2016년 사업연도에 관한 법인세 세무조사를 실시하였으며, 그 과정에서 원고는 ‘운수업 관련 차량지원 등의 요청이 있는 경우 지인에게 이를 소개하는 방식 등으로 송금받은 사실이 있다’는 내용의 사실확인서를 작성하여 의정부세무서장에게 제출하였다.
• 다. 의정부세무서장은 위 사실확인서를 근거로 원고가 전세버스 운수업을 영위하는 주식회사 BB 등으로부터 금융계좌로 이체받은 0,000,000,000원이 원고의 미등록전세버스 운수업에서 발생한 수입금액으로 보아 피고에게 ‘2013년∼2016년 기타부가세 과세자료금액 0,000백만 원의 과세자료’(이하 ‘이 사건 과세자료’라 한다)를 통보하였으며, 피고는 2020. 2. 19. 원고에게 이 사건 과세자료에 대한 해명자료 제출안내문을 송부하였다.
• 라. 피고는 2020. 5. 1. 원고에게 과세예고 종류 ‘단순과세자료’, 과세예고 내용 ‘2013년∼2019년 차명계좌 등을 통해 발생한 전세버스 운송용역 수입금액 무신고 결정’, 결정 과세표준 ‘종합소득세 000,000,000,원, 부가가치세 0,000,000,000원’, 예상 고지세액 ‘종합소득세 000,000,000원, 부가가치세 000,000,000원’을 내용으로 하는 과세예고통지를 하였다.
• 마. 원고는 2020. 5. 8. 위 과세예고통지를 송달받고, 2020. 6. 8. 피고에게 전세버스 운수업과 관련하여 지출한 비용은 과세표준에서 제외되어야 한다는 취지로 주장하며 ‘차주별 운송운임 지급명세서’를 첨부하여 과세전적부심사청구를 하였으나, 피고의 담당공무원이 원고에게 2020. 7. 10. 위 과세전적부심사청구에 대한 취하를 요청하며 ‘서면확인과정에서 제출하지 않은 서류 등에 대한 추가 검토가 필요하다고 판단되어 안내드립니다. 현재로써는 서면확인기간이 종료되어 추가검토를 위해서는 조사형태로 전환되어야 합니다. 해당 과세전적부심사에서는 검토되지 않은 사항에 대해 심의위원회 상정이 어렵기 때문입니다.’라고 기재한 공문을 발송하였으며, 2020. 7. 13. 위 과세전적부심사청구에 대한 취하를 요청하며 ‘취하내용 란에 소명기회를 더 준다고 하여 그 기회를 얻고자 취하한다고 염려되는 부분 말씀 작성해주시면 조사팀에 전달하겠습니다.’라고 기재한 공문을 발송하였다. 원고는 2020. 7. 14. 위 과세전적부심사청구를 취하하였다.
• 바. 원고는 2021. 2. 9. 2017년 귀속 종합소득세 0,000,000,000원, 2018년 귀속 종합소득세 0,000,000원을 각 신고를 하였다.
• 사. 피고는 2021. 3. 8. 원고에게 조사대상 세목 ‘통합조사(사업과 관련하여 세법에따라 신고·납부의무가 있는 모든 세목)’, 조사대상 과세기간 ‘2013. 1. 1.∼2016. 12. 2019년 과세기간에도 미등록사업 및 수입금액 무신고 혐의가 있는 것으로 판단되므로 조사범위를 확대한다는 내용의 세무조사범위 확대통지를 하였다.
• 아. 피고는 위 세무조사를 통해 원고가 사업자등록을 하지 않은 상태에서 차량운송용역을 제공한 사정을 확인하여 2021. 10. 8. 2014년 제2기 내지 2019년 제1기 부가가치세 합계 000,000,000원(가산세 포함), 2014~2019년 귀속 종합소득세합계 000,000,000원(가산세 포함)을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 1차 처분’이라 한다).
• 자. 원고는 위 부가가치세, 종합소득세 부과처분에 불복하여 2022. 1. 16. 이의신청을 하였고, 피고는 2022. 5. 12. 2014년 귀속 종합소득세를 000,000,000원(가산세 포함)으로 경정하는 결정을 하고 증액부분 000,000,000원(가산세 포함)을 납부·고지하였다(이하 ‘이 사건 2차 처분’이라 한다).
• 차. 원고는 2022. 7. 7. 조세심판원에 위 부가가치세, 종합소득세 부과처분에 대하여 심판청구를 제기하였다. 조세심판원은 2023. 9. 18. ‘피고가 2021. 10. 15. 원고에게 한 2014년 제2기 내지 2019년 제1기 부가가치세 합계 000,000,000원 및 2014∼2019년 귀속 종합소득세 합계 000,000,000원의 부과처분은 원고의 2014∼2019년 귀속 종합소득금액을 추계조사결정하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.’고 결정하였다.
• 차. 피고는 2023. 10. 10. 위 조세심판원의 일부 인용결정에 따라 원고의 2014년 귀속 종합소득세 부과액을 00,000,000원(가산세 포함)으로, 2015년 귀속 종합소득세 부과액을 00,000,000원(가산세 포함)으로, 2016년 귀속 종합소득세 부과액을 00,000,000원(가산세 포함)으로, 2017년 귀속 종합소득세 부과액을 00,000,000원(가산세 포함)으로, 2018년 귀속 종합소득세 부과액을 0,000,000원(가산세 포함)으로, 2019년 귀속 종합소 득세 부과액을 000,000원(가산세 포함)으로 각 경정하고 이를 고지하였다(이하 ‘이 사건 3차 처분’이라 하며, 이 사건 1, 2차 처분과 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12, 16호증, 을 제1 내지 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함하며, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고는 원고의 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우가 있다고 보아 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 의 규정에 따라 원고에 대한 세무조사를 개시하였는데, 원고는 부가가치세, 종합소득세를 신고한 사실이 없는바, 이 사건 세무조사는 위법하며 이에 따른 이 사건 처분 역시 위법하다.
• 나. 이 사건 세무조사 통지서에 기재된 세무조사 사유에는 국세기본법 제81조의6 제3항 제1호 가 적시되지 않았으므로, 이를 이 사건 세무조사의 개시사유로 볼 수 없다.
• 다. 원고는 이미 이 사건 과세자료를 근거로 한 피고의 2020. 5. 1.자 과세예고통지를 송달받고 2020. 6. 8. 과세전적부심사청구를 하였고, 피고의 취하권유에 따라 위 과세전적부심사청구를 취하하였으므로, 피고가 그 즉시 위 과세예고통지에 따른 과세처분을 하지 않은 이상 이 사건 과세자료에 의한 과세권은 소멸되었다고 할 것인데, 또 다시 이 사건 과세자료를 근거로 이 사건 세무조사를 실시한 것은 존재하지 않는 사유를 가지고 세무조사를 개시한 것이 되어 위법하다.

• 가. 관계 법령 내지 관련 법리 1) 국세기본법 제81조의6 제2항 은 정기선정에 의하여 세무조사를 할 수 있는 사유를 규정하고 있고 같은 조 제3항은 수시조사를 할 수 있는 사유로 ‘납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우’(제1호), ‘무자료거래, 위장‧가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우’(제2호), ‘납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우’(제3호), ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’(제4호), ‘납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공이 알선인 경우’(제5호)를 한정적으로 열거하고 있다. 따라서 국세기본법 제81조의6 이 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 구 국세기본법을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결 등 참조).

2. 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다(소득세법 제70조 제1항). 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다(부가가치세법 제49조 제1항 본문).

• 나. 구체적 판단

1. 앞서 본 바와 같이, 이 사건 과세자료에 의하면 원고에게 2013년 내지 2016년 전세버스 운송용역으로 인한 수입이 발생하였다는 것이 비교적 명확하며, 원고가 피고로부터 2020. 2.경 이 사건 과세자료에 대한 해명자료 제출안내문을, 2020. 5. 8. 과세예고통지를 각 송달받았으며, 원고가 2020. 6. 8. 피고에게 전세버스 운수업과 관련하여 지출한 비용은 과세표준에서 제외되어야 한다는 취지로 주장하며 ‘차주별 운송운임 지급명세서’를 첨부하여 과세전적부심사청구까지 하였으므로, 원고는 2013년 내지 2016년 전세버스 운송용역으로 인한 수입이 발생하였고 이는 과세대상에 해당한다는 것을 인식하고 있었을 것으로 보인다. 그럼에도 원고는 2013년 내지 2016년 귀속 종합소득세 신고 기한이 도과한 2021. 2. 9. 2017년 귀속 종합소득세 0,000,000원, 2018년귀속 종합소득세 0,000,000원만을 각 신고하였을 뿐인바, 이는 원고의 신고 내용에 탈루나 오류가 있음이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우에 해당한다고 할 것이다. 따라서 원고에게는 이 사건 세무조사 당시 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하는 세무조사 사유가 있었다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

2. 설령, 원고가 2013년 내지 2016년 귀속 종합소득세, 부가가치세에 대해서 과세표준 내지 납부세액의 신고를 하지 않았다는 점에서 신고가 있었음을 전제로 하는 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 의 세무조사 사유에 해당하지 않는다고 보더라도, 이 경우에는 원고에게 국세기본법 제81조의6 제3항 제1호 ‘납세자가 세법에서 정하는 신고 등 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우’에 해당하는 세무조사 사유가 있다고 볼 수 있다. 원고는 이 사건 세무조사 통지서에 기재된 세무조사 사유에는 국세기본법 제81조의6 제3항 제1호 가 적시되지 않았다는 점을 지적하고 있으나, 세무조사에 앞서 사전통지를 하도록 규정한 것은, 납세자의 자발적인 협력을 받아 세무조사를 원활하게 수행함으로써 세무조사의 효율성을 도모하는 한편, 납세자가 조사대상 세목과 조사사유 등을 미리 파악한 다음 충분한 시간을 갖고 준비함으로써 세무조사과정에서 방어권을 적절하게 행사할 수 있도록 보장하는 데에 그 취지가 있는바, 설사 이 사건 세무조사 통지서의 조사사유에 국세기본법 제81조의6 제3항 제1호 가 아닌 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 를 근거법령으로 적시한 것이 잘못되었더라도 원고가 이 사건 과세자료에 의해 이 사건 세무조사가 이루어진다는 것을 충분히 알 수 있었던 이상 이로 인하여 원고의 방어권 행사에 실질적인 지장이 초래되었다고 없으므로, 이러한 사정만으로 이 사건 처분에 취소하여야 할 정도의 절차상 하자가 있다고 보기 어렵다.

3. 나아가, 과세관청은 부과제척기간의 범위 내에서 과세표준 및 세액을 결정할 수 있으므로, 피고가 2020. 5. 1. 이 사건 과세자료를 근거로 원고에게 과세예고통지를 하였고, 원고가 과세전적부심사 청구를 하였다가 취하한 후 피고가 즉시 위 과세예고통지대로 과세를 하지 않았더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 과세자료와 관련한 과세권이 소멸된다고 볼 수 없는바, 이 사건 과세자료를 사유로 원고에 대하여 이 사건 세무조사에 나아갔다고 하더라도 여기에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.