4. 판단
- 가. 관련 법리 1) 부가가치세법 제26조 는 가공되지 아니한 식료품(식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물 및 임산물을 포함한다) 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령 제34조 제1항, 제2항은 ‘가공되지 아니한 식료품(이하 ’미가공식료품‘이라 한다)은 곡류(1호) 등 또는 그외에 식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물(12호)로서 가공되지 아니하거나 탈곡ㆍ정미ㆍ정맥ㆍ제분ㆍ정육ㆍ건조ㆍ냉동ㆍ염장ㆍ포장이나 그 밖에 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공하는 것으로 하고, 김치, 두부 등 기획 재정부령으로 정하는 단순 가공식료품을 포함한다’고 규정하면서, ‘미가공식료품의 범위’에 관하여 필요한 사항을 기획재정부령에 위임하고 있다. 이에 따라 구 부가가치세법 시행규칙(2020. 3. 13. 기획재정부령 제775호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제24조 제1항 및 [별표 1]은 ‘12. 그 밖에 식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물과 단순가공식료품’에서 ‘관세율표 제1212호에 해당하는 물품 중 주로 식용에 적합한 과실의 핵(核)과 그 밖의 식물성 생산품으로서 따로분류되지 아니한 것(산채류를 포함한다)’을 면세하는 미가공식료품으로 분류하고 있다. 또한 같은 법 시행령 제34조 제3항은 위 규정에 따른 농산물, 축산물, 수산물, 임산물중 식용이 아닌 것에 대하여 ‘원생산물’(1호), ‘원생산물 본래의 성상이 변하지 아니하는 정도의 원시가공을 거친 것’(2호), ‘제2호에 따른 원시가공을 하는 과정에서 필수적으로 발생하는 부산물’(3호)이라고 규정하고 있다. 2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2000두4378 판결 참조). 부가가치세법상의 과세요건인 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지 여부나 과세표준인 공급가액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세청에게 있으나(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결), 비과세는 일반적으로 과세대상이 되는 물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서 과세대상에서 제외시키는 것이고, 이는 납세자 측의 예외적이고 특수한 사실에 관한 것이므로 비과세요건, 감면요건에 대한 입증책임은 비과세, 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 등 참조).
- 나. 구체적 판단
1. 위 인정사실 및 위 증거들, 갑 제2, 10 내지 12호증, 을 제2호증의 각 기재 및변론 전체의 취지에 의하면, 아래와 같은 사실이 인정된다.
- 가) 원고는 202X. XX. XX. ‘천연재료를 이용한 건축용 자재’라는 명칭으로 특허를출원하여(출원번호 000-000-00000-0000) 202X. XX. XX. 특허청으로부터 특허결정을 받았는데(이하 ‘이 사건 특허’라 한다), 원고는 이 사건 각 매입처와의 사이에 이 사건 각 매입처가 위 특허를 사용할 수 있는 권리를 부여한다는 내용의 202X. XX. XX. 자 특허권사용계약서를 작성하였다(갑 제10, 11호증).
- 나) 2022. 12.경 작성된 피고의 이 사건 조사 종결보고서 및 보충조서(을 제6호증)에는 원고의 진술 등 조사사항에 관하여 다음과 같이 기재되어 있다. -생략-
2. 관련 법리에 따르면 이 사건 거래에서 판매된 약용재화가 부가가치세법상 비과세대상에 해당한다는 사정은 이를 주장하는 원고에게 그 입증책임이 있다. 그런데 위에서 든 증거들 및 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 관련 법리에 비추어 보면, 원고가 매입처에 공급한 것이 농산물 또는 임산물의 원생산물이거나 원시가공에 해당하는 물품이라고 보기 어렵다. 그리고 이 사건 각 매입처들이 원고로부터 특허 사용권한을 수여받았다는 점 및 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 약용재화가 부가가치세법 제26조 제1항 제1호 의 면세대상에 해당한다는 점을 인정하기부족하다. 가) 원고가 발행한 전자계산서(갑 제3호증, 을 제5호증) 중에는 하나의 품목란에 여러 약용재화를 함께 기재한 내역들이 확인되는데 약용재화를 혼합한 품목의 가격이개별 품목합산액보다 훨씬 높은 것으로 보인다. 예컨대 원고가 ○○○종합건설에게발행한 2020. 12. 31.자 세금계산서(을 제5호증의 1)에 의하면, 아래 표 기재와 같이혼합된 약용재화의 가격은 1T당 180,000,000원이다(1㎏당 180,000원). 반면 원고가 ●●●산업개발공사에게 발행한 2019. 3. 30.자 세금계산서(을 제5호증의 2)에 기재되어 있는 개별 약용재화의 가격은 아래 표 기재와 같다(1㎏당10,000원 내지 20,000원). 이에 대해 원고는 자신이 특허를 받은 혼합물은 재료의 비율이 중요하고 처음부터 재료의 비율을 맞춰 공급하는 것이므로 개별 재료의 가격이 상승할 수 있다고주장하나, 재료의 수량이나 품질이 변경되는 것이 아닌 이상 단순히 개별 재료의 비율을 맞춰서 공급하는 것만으로는 그 공급가액이 증가될 합리적 이유가 있다고 보기 어렵다.
- 나) 원고는 ‘농축산물, 임산물의 생산, 공동출하, 가공 및 수출입’, ‘농축산물, 임산물의 생산, 공동출하, 가공 및 수출입 등 작업의 대행’ 등을 목적으로 하는 법인인반면, ○○○종합건설은 건설업을, ●●●산업개발공사는 화장품 제조업․도소매업을 각 목적으로 하여 설립된 법인이므로 약용재화 등을 생산하지 않는 이 사건 각 매입처로서는 혼합된 완제품을 구매하는 것이 보다 간편할 것이다. 또한 원고의 주장에 따르면약용재화의 비율 자체가 원고의 영업 노하우이기 때문에 이를 반영하여 약용재화의 판매가격이 높아진다는 것인데, 그렇다면 구매자가 개별 재료를 구입한 뒤 직접 혼합함으로써 얻을 수 있는 비용절감의 이익이 사실상 없을 것으로 보인다. 따라서 이 사건각 매입처가 혼합되기 이전의 약용재화를 구매할 합리적 이유는 없다고 보인다.
- 다) 황토혼합물 더미가 보관되어 있던 부천시 ㅁㅁ동 산XX 소재 토지는 원고소유1)(소장 4면)이다. 이에 대하여 원고는 사업장 일부를 이 사건 각 매입처에 대여해 주었고 위매입처들의 혼합물을 보관하고 있었던 것이라고 주장하나 그러한 대여 사실을 입증할만한 증거는 제출되지 않았다. 그리고 원고와 이 사건 각 매입처 사이에 거래명세서나판매장부 등 이 사건 거래와 관련된 자료가 작성된 사실은 없다.
- 라) 피고는 원고가 임산물 등의 생산, 출하를 그 설립목적으로 하고 있고 실제로도 임산물 가공 등의 사업을 영위하고 있는 점, 원고 사업장 내에 임산물 가공기계가 설치되어 있는 점, 원고 사업장 내 분말 혼합물이 보관되어 있다는 점 등을 근거로원고가 이 사건 약용재화를 혼합하여 판매한 것으로 보고 이 사건 각 처분을 하였는데, 앞서 본 바와 같은 여러 사정들을 고려하면 피고의 그러한 판단이 현저히 부당하거나 불합리한 것으로 보기 어렵다. 5. 결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각한다.