주택으로서의 구조와 기능을 계속 유지하지 않은 부분을 주택으로 보지 않은 경정청구 거부처분은 적법함

사 건 2023구단50216 양도소득세경정거부처분취소 원 고 김AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 7. 4. 판 결 선 고

2023. 8. 29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 00. 00. 원고에 대하여 한 원고의 2021. 00. 00.자 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 0000. 00. 00. 부천시 상동 소재 대 223.8㎡ 및 같은 동 소재 대 222.9 ㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 소유권을 취득하여 그 지상에 3층짜리 건물(공부상 다가구주택, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 짓고 그 곳에서 2009. 7. 10.경부터 ‘BBB’라는 이름의 교회를 운영하였다.
• 나. 원고는 0000. 00. 00. 이 사건 토지를 CCC에게 00억 원에 매도하였고, 0000. 00.

00. 이 사건 건물을 멸실시킨 후 2021. 5. 21. CCC에게 이 사건 토지에 관한 소유권 이전등기를 마쳐주었다.

• 다. 원고는 0000. 00. 00. 북인천세무서장에게 이 사건 부동산에 관한 0000년 귀속 양도소득세를 신고하면서 이 사건 건물에 대해서는 건물 전체를 일반건물로 보아 장기 보유특별공제율 30%를 적용해 계산한 000,000,000원을 양도소득세로 신고․납부하였다.
• 라. 원고는 0000. 00. 00. 북인천세무서장에게 이 사건 건물 3층을 제외한 1층과 2층이 주택에 해당하고, 1층(137.4㎡)과 2층(260.16㎡)의 면적 합계(397.56㎡)가 3층 면적(260.16㎡)보다 크다는 이유로 이 사건 건물 전체를 1주택으로 보아 장기보유특별공제율 80%를 적용해야 한다면서 0000년 귀속 양도소득세 000,000,000원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 마. 피고는 0000. 00. 00. 이 사건 건물 중 1층만이 주택에 해당하고, 2층과 3층은 주 택이 아닌 종교시설(교회)이기 때문에 이 사건 건물 1층에 대하여만 장기보유특별공제율 80%(당초 30%)를 적용하여 원고에게 기존에 납부한 양도소득세 중 00,000,000원을 환급하고, 나머지 부분에 대한 경정청구는 받아들이지 않았다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 0000. 00. 00. 북인천세무서장에게 이 사건 처분에 대한 이의신청을 하였 으나 이의신청이 기각되었고, 0000. 00. 00. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나, 0000. 00. 00. 그 청구가 기각되었다.

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 건물 3층만을 교회 시설(예배당)로 사용하였고, 2층은 외국에서 생 활하는 자녀들이 귀국시 그곳에서 거주할 수 있도록 주거 공간으로 꾸며 자녀들이 귀 국시 그곳에서 생활하였고, 자녀들이 외국에 있을 때는 거처가 없는 교인들이 그곳에 서 생활해왔다. 따라서 이 사건 건물 2층은 종교시설이 아닌 주택임이 분명한데도, 피 고는 이 사건 건물 1층만을 주택으로 인정하여 원고의 양도소득세 경정청구 중 일부만 받아들였으므로 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 판단

1. 쟁점 원고가 이 사건 건물 3층을 교회 예배당으로 사용한 사실, 원고가 이 사건 건물 1층에서 거주한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 이 사건의 쟁점은 이 사건건물 1, 2층의 면적 합계가 교회시설로 사용된 3층 면적을 초과하는 이 사건에서, 이 사건 건물 1층 외 2층도 주택으로 보아 양도소득세의 산정에 있어 이 사건 건물 전체 를 주택으로 인정할 수 있는지 여부이다.

2. 관련 법리 소득세법 상 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구본에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언 제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보 아야 한다(대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결 참조). 한편, 비과세는 일반적으로 과세대상이 되는 물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서 과세대상에서 제외시키는 것이고, 이는 납세자 측의 예외적이고 특수한 사실 에 관한 것이므로 비과세요건, 감면요건에 대한 입증책임은 비과세, 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 등 참조).

3. 구체적인 판단 갑 제2 내지 10호증, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 건물은 공부상 다가구주택으로 등재되어 있고, 멸실 전 이 사건 건물에 관한 현 황조사를 실시한 부천시 소속 공무원 최DD이 작성한 확인서에 ‘이 사건 건물 2층에 는 여러 방, 부엌 및 욕실 등이 있었으며 몇몇 방에는 침대가 놓여져 있었다’고 기재되어 있는 사실, BBBB 소속 신도 오○○, 문○○, 윤○○가 원고의 주장과 같이 이 사건 건물 2층을 교회용으로 사용한 적이 없다는 취지의 진술서를 작성하여 이 법원에제출하였고, 이 사건 토지의 매수인 CCC은 부동산 매매계약 당시 이 사건 건물 2층 방 내부에 가재도구와 가족사진들이 있었다는 내용의 진술서를 작성하여 이 법원에 제 출한 사실은 인정된다. 그러나 을 제1 내지 5호증의 각 기재 내지는 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 각 사정들을 종합하면, 앞서 인정한 사실만으로 이 사건 건물 2층이 주택으로서의 구조와 기능을 계속 유지하고 있었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 부천시 상동장은 0000. 00. 00. 원고가 신고한 용도와는 다르게 이 사건 건물 전체를 종교시설(교회)로 사용하고 있음을 이유로 원고에게 그 전체면적(657.72㎡)에 대한 위반건축물 시정명령을 하였다.

② 부천시 소속 공무원이 작성한 이 사건 건물에 관한 0000년부터 0000년까지 의 주택특성조사표 조사자 의견란에는 ‘건축물대장상 주택이나 교회로 사용중’이라고 기재되어 있고, 0000년부터 0000년까지 부천시에서 실시한 이 사건 건물에 관한 재산 세 비과세·감면조사 결과에는 이 사건 건물 1층은 ‘목양실’, 2층은 ‘식당, 교육관, 소예 배실’, 3층은 대예배실로 적혀 있다.

③ 이 사건 건물 안에 설치되어 있었던 ‘층별 안내도’에도 1층은 ‘목양실’, 2층은 ‘소예배실, 식당, 교육관’, 3층은 ‘대예배실’로 표시되어 있고, 원고가 운영한 BBBB의 인터넷 카페 공지사항란에는 이 사건 교회에서 예배 후 ‘교회식사’를 한다는 내용의 글이 게시되어 있는 등 이 사건 건물 2층은 예배 후 식사를 위한 공간 내지는 종교 모임을 위한 공간으로 사용되었던 것으로 보인다.

④ 원고의 자녀들은 모두 미국 시민권자로 원고와 떨어져 미국에 거주하고 있고, 자녀들이 귀국시 이 사건 건물에 2층에 머물렀다는 신도들의 진술에 의하더라도, 이 사건 건물이 주거로서 기능한 것은 아주 일시적인 기간이었을 것으로 보인다. 반면, 원고는 2009. 7. 10.부터 이 사건 건물에서 교회를 계속 운영한 이상 이 사건 건물이 멸실되기 전까지 이 사건 건물 2층은 앞선 안내도와 같이 계속 소예배실, 교육관 및 식당으로 이용되었을 것으로 보인다.

⑤ 원고가 이 사건 건물 2층에 거처가 없는 교인들의 거주 공간으로 제공하였다고 하나, 이 사건 건물 2층에서 BBBB 신자가 장기 거주하였다는 객관적인 증거는 없다.

⑥ 최DD이 2021. 8.경 작성한 확인서의 전반적인 취지는 이 사건 건물 1층은 원고가 거주하는 공간으로, 이 사건 건물 3층은 교회 예배당으로 사용되는 것이 분명하나, 부엌과 욕실 및 방이 있는 이 사건 건물 2층은 창고로 사용되는 등 상시 사용하는 공간으로 보이지는 않다는 것으로서 그 전체적인 취지가 이 사건 건물 2층이 주거용인지 교회용인지 불분명하다는 취지로 해석될 뿐, 최DD이 당시 이 사건 건물 2층이 주거용으로 사용됨을 확인하였다는 내용은 아니다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한