구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 개정전의 것) 제30조가 적용되는 경우 감가상각의제가 적용된 금액은 손금에 산입되지 않음

1. 피고가 0000. 0. 0. 원고에게 한 2015년 귀속 양도소득세 0,000,000,000원(가산세 포 함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고와 소외 안AA은 ㈜BB(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 주주로 위 법인의 발행주식 총수 000,000주 가운데 각 00,000주, 000,0000주를 소유하고 있었다.
• 나. 원고는 0000 0. 00. 소외 CC(주)에 보유 중이던 이 사건 법인주식 44,200주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 대금 0,000,000,000원에 양도하고(이하‘이 사건 양도’라 한다), 2015. 8. 17. 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 나목에 따른 비상장주식(중소기업) 에 대한 양도소득세율 10%를 적용하여 아래와 같이 양도소득세를 신고⋅납부하였다.
• 다. 이에 대해 피고는 이 사건 양도일 현재 이 사건 법인의 자산총액 가운데 구 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 부동산 관련 자산가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상이므로, 이 사건 주식이 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목, 구 소득세법 시행령(2015. 10. 23. 대통령령 제26600호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제158조 제1항 제1호 가목에 정한 ‘기타자산’(부동산과다보유법인의 주식, 이하 ‘특정주식’이라 한다)에 해당한다고 보아, 원고가 구 소득세법 제104조 제1항 제1호 에 따라 제55조 제1항에 정한 기본세율을 적용하였어야 함에도 세율 10%를 적용하여 산출세액을 과소신고 하였다는 사유로 0000. 0. 0. 원고에 대하여 2015년 귀속 양도소득세 0,000,000,000원(가산세 포함, 이하 같다)을 경정⋅고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 0000. 0. 0. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 0000. 0. 00. 위 심판청구를 기각하였다.

• 가. 피고는 정당한 사유 없이 이 사건 처분을 장기간 해태하다가 국세부과제척기간 만료일인 0000. 0. 00.에 임박해서야 과세예고통지를 함으로써 원고가 과세전적부심사를 받을 수 있는 기회를 박탈하였으므로, 이 사건 처분은 원고의 절차적 권리를 침해한 위법이 있다.
• 나. 피고는 이 사건 법인이 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호 가목에서 말하는 부동산과다보유법인에 해당하는 것으로 보아 이 사건 처분을 하였으나, 이 사건 법인의 경우 주식양도일 현재 자산총액을 알 수 없는 경우에 해당하여, 구 소득세법 시행규칙(2017. 3. 10. 기획재정부령 제604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조 제1항 단서를 준용하여 이 사건 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 자산총액을 기준으로 부동산과다보유법인 해당 여부를 판단했어야 함에도, 피고는 0000. 0. 00. 및 0000. 0. 00. 기준으로 작성된 가결산 재무제표에 의한 자산총액을 기준으로 이를 판단한 위법이 있다.
• 다. 이 사건 처분은 아래와 같이 이 사건 법인의 부동산 기준시가를 위법하게 산정하여 위 법인의 부동산보유비율을 과다하게 산출한 위법이 있다.

1. 이 사건 법인의 부동산 중 B동과 E동 건물은 철골조에 조립식패널 벽면과 지붕이 얹어진 복합구조의 건물이므로 ‘철골조 중 조립식패널’의 구조지수(80)를 적용하였어야 하나, 피고는 ‘철골조’ 건물의 구조지수(90)를 적용하였다.

2. 이 사건 법인의 부동산 중 C동과 D동은 각 공장 내에 위치하는 사무실용 건물 및 경비실 건물로서 공장의 부속건물에 해당하므로, 주된 용도인 공장의 용도지수(80)를 적용하여야 하나, 피고는 상업용 건물 사무실의 용도지수(110)를 적용하였다.

3. 이 사건 법인의 부동산 중 B동 건물은 이 사건 양도 당시 위험물제조소가 아닌 공장으로 사용되고 있었으므로, 그 사실상 사용용도에 따라 공장의 용도지수(80)를 적용하였어야 하나, 피고는 양도 당시 공부상 용도인 위험물 저장 및 처리시설의 용도지수(90)를 적용하였다.

• 라. 이 사건 처분은 자산총액 산정 시 포함하여야 할 0000. 0. 0. 이전에 취득한 취득원가 합계 0,000,000,000원의 기계장치에 대한 법인세 감면 기간인 2004년부터 2006년까지 감가상각의제로 인한 감가상각비 손금부인 유보액 000,000,000원과 퇴직보험예치금 00,000,000원을 누락하여 총자산가액을 과소산출 한 위법이 있다.

• 가. 절차적 위법 여부

1. 관련 법령 및 법리 과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 청구할 수 있으나(국세기본법 제81조의15 제2항 제2호), 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 국세기본법 제81조의15 제2항 을 적용하지 아니 한다(같은 조 제3항 제3호). 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위 등을 고려하여 보면, 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이다. 그러나 국세기본법 및 구 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세관청이 과세전적부심사를 생략하고 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결, 대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 살피건대, 피고가 0000. 0. 0. 원고에게 과세예고통지 및 이 사건 처분을 동시에하여 과세예고통지에 대한 과세전적부심사를 생략하고 이 사건 처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제18호증의 기재에 의하여 인정되나, 한편 앞서 든 증거들과 갑 제17호증, 을 제16, 17호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 처분에 관하여는, 처분 대상인 2015년 귀속 양도소득 세에 대한 부과제척기간이 국세기본법 제26조의2 제1항 에 따라 0000. 5. 31.이 되는데, 국세청장이 그 무렵 ‘기타자산에 해당하는 특정 주식을 양도한 후 기본세율(6~42%)을 적용한 양도소득세 신고를 하여야 함에도 적용 세율(10~30%)을 잘못 적용하여 양도소득세를 과소하게 신고한 사례’가 있었다는 것을 확인한 후 양도소득세를 과소하게 신고한 혐의가 있는 자를 선정하여 이를 인천지방국세청장에게 통보하였고, 인천지방국세청장이 통보받은 자료에 대한 오류 여부를 확인하여 최종적으로 점검대상자를 선정한 후 0000. 0. 00.경 피고에게 이를 통보하였으며, 피고가 이 사건 처분의 과세예고통지일을 기준으로 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하이므로, 0000. 0. 0. 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 에 따라 과세전적부심사를 생략하고 곧바로 과세예고통지 및 이 사건 처분을 동시에 한 사실을 인정할 수 있으므로, 특별한 사정이 없는 한, 이 사건 처분은 과세전적부심사를 생략할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 특별한 사정이 있는 경우에 해당하여 피고가 이를 생략하고 이 사건 처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다. 이에 대해 원고는, 피고가 0000. 0. 00. 양도세 신고납부가 있은 이후 무려 5년 7개월여가 지나도록 장기간 과세행정을 해태하다가 국세부과제척기간 만료일이 임박하자 과세예고통지와 이 사건 처분을 동시에 하여 과세전적부심사를 형해화하였으므로, 위 처분에는 원고의 절차적 권리를 중대하게 침해한 위법이 있다는 취지로 주장한다. 살피건대, ① 피고는 0000. 0. 00.경 인천지방국세청장으로부터 특정주식 양도에 대한 적 용 세율을 잘못 적용하여 양도소득세를 과소신고 한 점검대상자를 통보받아 비로소 이사건 처분을 할 수 있었고, 0000. 0. 00. 원고에게 해명자료제출안내를 발송하기도 하였던 점, ② 국세청장과 인천지방국세청장을 거쳐 피고가 이 사건 처분을 하기에 이르기까지 원고의 절차적 권리를 박탈하기 위하여 고의로 그 검토나 처리를 지연하였다고 볼 만한 사정은 기록상 특별히 발견되지 않는 점, ③ 부과제척기간이 얼마 남지 않은상태에서 과세전적부심사 절차를 거치도록 하는 경우 부과제척기간의 도과로 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험이 발생하고, 납세의무자가 부과제척기간을 도과시키기 위한 목적으로 이를 남용할 가능성도 배제할 수 없으며, 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있는 점 등을 종합하면, 피고가 합리적 이유 없이 과세를 지연하였다거나 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것으로는 보이지 않으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

• 나. 실체적 위법 여부

1. 자산총액 산정 기준일 적용이 위법하다는 주장에 관한 판단 양도대상 주식이 부동산과다보유법인의 주식, 곧 특정자산에 해당하는지 여부는 원칙적으로 양도일 현재의 당해법인의 자산총액을 기준으로 이를 판정하고, 다만, 양도일 현재의 자산총액을 알 수 없는 경우에는 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 자산총액을 기준으로 하여야 한다고 봄이 타당하다(구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목에 정한 기타자산 중 하나인 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제5호 가목에 해당하는지 여부를 판정함에 있어 해당 법인의 자산총액은 양도일 현재를 기준으로 하되, 다만 양도일 현재의 자산총액을 알 수 없는 경우에는 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 자산총액을 기준으로 하도록 한 구 소득세법시행규칙 제76조 제1항 의 준용). 다툼이 없는 사실, 앞서 든 증거 및 을 제11호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 이 사건 법인에 이 사건 양도에 따라 발생한 양도소득세 신고·납부의 적정성을 확인할 목적으로 이 사건 양도일인 0000. 0. 00. 현재의 재무제표를 요청하였고, 이 사건 법인은 피고에게 위 양도일 직전월 말일인 0000. 0. 00.과 위 양도일이 속한 달의 말일인 0000. 0. 00. 기준으로 작성된 가결산재무제표를 제출한 사실, 피고는 위 각 가결산재무제표를 기초로 이 사건 법인의 자산총액을 산정하여 이 사건 주식의 특정주식 여부를 판정한 후 이 사건 처분을 한 사실을 인정할 수 있다. 살피건대, 위 각 가결산재무제표는 원고 스스로 작성하여 과세관청인 피고에게 제출한 것이어서 믿을만하고 객관적인 증빙에 의하여 작성되지 아니하였다고 볼만한 사정도 없는 점, 이 사건 양도일이 위 각 가결산재무제표 작성 기준일과 차이가 있기는 하지만 각 작성 기준일로부터 보름 정도밖에 차이가 나지 않고, 위 각 가결산재무제표상의 자산총계 금액을 비교해 보아도 큰 차이가 없는 점, 위 각 작성 기준일로부터 이 사건 양도일 사이의 기간에 이 사건 법인의 자산총액에 특별한 변동이 있어 위 양도일 당시 자산총액을 위 각 가결산재무제표상의 자산총계 금액과 달리 볼 만한 사정도 보이지 않고, 과세관청이 그 주장하는 바와 같은 과세처분의 적법성을 합리적으로 수긍 할 수 있을 정도로 입증한 경우에는 이와 상반되는 주장과 이를 뒷받침하기 위한 입증의 부담은 상대방인 납세자에게 돌아간다고 보아야 할 것인데도 위 각 가결산재무제표 중 어느 부분에 문제가 있는지에 관하여 원고로부터 아무런 주장⋅증명이 없는 점 등을 고려하면, 피고가 이 사건 법인의 0000. 0. 00.자 및 0000. 0. 00.자 각 가결산재무제표상 자산총액을 토대로 이 사건 주식의 양도일 현재 자산총액을 산정하여 특정주식여부를 판정한 것은 합리적이고 달리 위법하다고 보기 어렵다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

2. 이 사건 부동산의 기준시가 산정이 위법하다는 주장에 관한 판단

• 가) 관련 법령 구 소득세법 제99조 제1항 제1호 에 의하면, 같은 법 제94조 제1항 제1호에 따른 토지의 기준시가는 토지의 경우 ’부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률‘에 따른 개별공시지가에 따르고, 건물의 기준시가는 건물의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정⋅고시하는 가액에 의하는데, 원고가 이 사건 주식을 양도할 당시 시행되던 구 소득세법에 의한 건물기준시가 고시(국세청고시 제2014-44호, 이하 ’이 사건 고시‘라 한다)는 개별건물에 대한 기준시가를 ’평가대상 건물의 면적(m²) × m²당 금액‘의 방법에 의하여 계산하도록 하고 있고, m²당 금액은 ’건물 신축가격 기준액 × 구조지수 × 용도지수 × 위치지수 × 경과연수별 잔가율× 개별건물의 특성에 따른 조정률‘의 방법에 의하여 계산하며, 구조지수는 철골조의 경우에는 90, 철골조 중 조립식패널의 경우에는 80을 적용하도록 하고 있다. 한편, 용도지수는 ’상업용 및 업무용 건물‘ 중 ’사무소, 금융업소, 결혼상담소 등 소개업소, 출판사, 신문사 등으로서 제2종 근린생활시설에 해당하지 아니하는 것‘은 110 등을 적용하도록 하고 있고, 건물의 용도분류에 관하여는 건축법 시행령 [별표 1]의 규정에 따르도록 하면서, 건축물관리대장 또는 등기부등본 등 공부상에 기재된 용도에 의하되 사실상의 용도와 공부상의 용도가 다른 경우에는 사실상의 용도에 의하도록 하고 있다.
• 나) B동과 E동 건물의 구조지수 적용에 관한 판단 살피건대, 이 사건 법인의 건물에 관한 일반건축물대장(을 제6호증)의 기재에 의하면 B동과 E동이 주구조 철골구조, 판넬지붕으로 되어 있으나, 나아가 갑 제4, 5, 12, 13호증, 을 제4호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 피고의 건물 기준시가 산정방법에 의하면 건물 구조는 주된 재료와 기둥 등에 의하여 분류하되, 건축물대장 또는 등기부등본 등 공부상에 기재된 구조에 따르고, 사실상의 구조와 공부상의 구조가 다른 경우에는 사실상의 구조에 따라야 하는 점, ② 조립식패널조는 비교적 살이 얇은 형강 사이에 단열재인 폴리스텐폼을 넣어 만든 조립식패널을 이용하여 건축된 건축물 및 이와 유사한 형태의 건축물 구조를 말하는 것으로서, 조립식패널 건물은 일반적으로 천장이 사선 형태이며 벽체와 천장 기둥이 H빔으로 되어 있는 점, ③ B동 및 E동 건물은 육안으로 보더라도 단순히 조립식패널의 벽체에 지붕을 트러스나 보 등의 지붕을 받치는 구조재를 사용함이 없이 조립식패널만으로 연결한 구조로 보이고, 지붕뿐만 아니라 모든 벽면이 조립식패널로 이루어져 그 주된 재료가 철골조라고 보기 어려워 전체의 구조를 철골조 구조에 해당한다고 보기 어려운 점, ④ 피고 주장대로 위 각 건물의 지붕이 일반적인 조립식패널이 아니라 고열이나 화기에 강한 그라스울 판넬에 해당한다고 보더라도, 그라스울 판넬은 주로 사용기간이 단기인 조립식 건물의 재료로 사용되는 단열재의 종류에 불과하므로 위 각 건물 구조를 조립식패널 구조로 인정함에는 아무런 영향이 없는 점, ⑤ 건물 기준시가 산출을 위한 구조지수를 적용함에 있어 건물의 구조가 이 사건 고시에 정한 기준과 정확히 일치하지 않는 경우에는 납세의무자에게 유리하게 구조지수를 조정하여야 할 것인 점 등의 사정들에 비추어 보면, 이 사건 법인의 건물 중 B동 및 E동의구조지수는 철골조 중 조립식패널의 구조지수(80)를 적용함이 타당하다. 결국 이 사건 처분 당시 피고가 위 각 건물의 구조지수를 ’일반철골조‘로 보아 지수 90을 적용한 것은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
• 다) C동과 D동 건물의 용도지수 적용에 관한 판단

(1) 먼저, C동 건물의 용도지수에 관하여 살펴본다. 피고의 건물 기준시가 산정방법 적용요령에 따르면, “주용도가 공장, 창고, 운수시설, 위험물저장및처리시설, 자동차관련시설, 자원순환관련시설, 동⋅식물관련시설로서 동일한 건물 내에 주용도에 부속하여 관리사무실, 창고, 기숙사, 실험실, 위험물저장시설, 폐기물처리시설, 휴게실 기타 이와 유사한 용도의 건물이 복합되어 있는 경우에 그 부속건물의 용도지수는 당해 주용도와 동일한 용도지수를 적용한다.”고 기재되어 있는 점, 한편 건축법 시행령 제2조 제12호 는 ’부속건축물‘에 관하여 ’같은 대지에서 주된 건축물과 분리된 부속용도의건축물로서 주된 건축물을 이용 또는 관리하는 데에 필요한 건축물을 말한다‘라고 규정하고, 같은 조 제13호 나목은 ’부속용도‘ 중 하나로 ’건축물의 주된 용도의 기능에 필수적인 용도로서 사무, 작업, 집회, 물품저장, 주차, 그 밖에 이와 비슷한 시설의 용도‘를 규정하고 있는 점, 그런데 이 사건 법인의 건물은 같은 토지에 위치한 여러 동 건물로 구성되어 있고, 위험물제조소 혹은 공장으로 이용되던 A동, B동 및 E동 건물과 위 C동 건물이 인접하여 있는 점, 이 사건 법인의 건물에 관한 일반건축물대장의 기재를 위와 같은 각 동 건물의 배치 상태, 용도 간 상호 관계 등과 종합하여 보면, 각 동 건물 중 그 주된 건물은 ’공장‘으로 보이는 점, 이 사건 양도 당시 C동 건물 2층 부분은 건축물대장상으로 그 용도가 부속건물 용도 중 하나인 기숙사로 기재되어 있고, 건축물허가도면(을 제7호증)에 비추어서도 이 사건 양도 당시까지 기숙사로 이용되고 있었다고 보이며, C동 건물의 1층 부분은 공부상·사실상 부속건물 용도 중 하나인 사무실로 이용되어 왔던 점, 달리 C동 건물이 주된 건물인 공장과 독립적으로 이용된 사정이 발견되지 않는 점 등의 사정에 비추어, 위 기준시가 산정방법 적용요령과 건축법령 조항에 따를 때 C동 건물은 위 적용요령 등에서 열거하고 있는 기숙사, 사무실 등 용도로서 주된 건물인 공장의 부속건물에 해당하므로, 주된 용도인 공장의 용도지수(80)를 적용함이 타당하다.

(2) 다음으로, D동 건물의 용도지수에 관하여 본다. D동 건물 역시 같은 토지에 위치한 이 사건 법인의 건물 중 각 동의 하나로, 각 동 건물의 배치 상태, 용도 간 상호 관계 등에 비추어 그 주된 건물은 ’공장‘으로 보이는 점, D동 건물의 용도는 ’경비실‘로 피고의 건물 기준시가 산정방법 적용요령에서 “용도분류표에 없는 주차장, 대피소, 옥탑, 로비, 현관, 복도, 계단, 수위실, 기계실, 공조실, 물탱크실, 화장실 기타 이와 유사한 용도의 부속건물은 당해 건물의 주용도의 용도지수를 적용한다.”고 설명하고 있는 점, 달리 D동 건물이 주된 건물인 공장과 독립적으로 이용된 사정이 발견되지 않는 점 등의 사정에 의하면, D동 건물 또한 이 사건 법인의 건물의 주된 건물인 공장의 부속건물로서 위 적용요령에 따라 주용도인 공장의 용도지수(80)를 적용함이 타당하다.

• 라) B동 건물의 용도지수 적용에 관한 판단 이 사건 양도 당시 B동 건물의 건축물대장상 용도는 ’위험물제조소‘인 사실,이에 피고는 이 사건 고시에 따라 위 동 건물에 대하여 위험물저장 및 처리시설의 용도지수(90)를 적용한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 본 인정사실 및 증거에 의하여 인정된다. 그러나 위 각 증거와 갑 제7, 8호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 법인은 0000. 0. 00. 건축용 철강자재 등을 제조하여 건설업체에 납품하는 CC건설 주식회사에 임대시설을 ’공장 일부‘로 하여 B동 건물 중 일부를 임대하였고 위 임대차계약은 0000. 0. 00.까지도 갱신되어 이 사건 법인이 CC건설 주식회사에 ’사무실, 공장‘을 용도로 B동 건물 중 일부를 임대하는 내용의 임대차계약서가 작성되기도 한 사실, 이 사건 법인은 2013. 1.경 포장재를 제작하여 납품하는 주식회사 DD에 B동 건물 중 일부를 임대하여 위 임대차계약은 2017. 6. 1.경까지 갱신되었던 사실이 각 인정되고, 현재는 건축물대장상 용도가 공장으로 변경되어 위 동건물 내부 사진을 보더라도 공장의 설비 및 자재가 적치된 상태가 확인된다. 위와 같은 사정에 비추어 볼 때, B동 건물은 이 사건 양도 당시 공장으로 사실상 이용되고 있었다고 할 수 있으므로, 위 B동 건물에 관하여는 그 사실상 용도에 따라 공장의 용도지수(80)를 적용함이 타당하다. 그러므로 피고가 위 B동 건물에 대하여 그 공부상 용도에 따라 위험물저장 및처리시설의 용도지수(90)를 적용한 부분은 위법하다.
• 마) 소결론 이 사건 법인의 부동산 기준시가 산정이 위법하다는 원고의 주장은 모두 이유있다.

3. 자산총액 산정에 오류가 있다는 주장에 관한 판단

• 가) 기계장치 감가상각비 유보액

(1) 관련 법령 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ’개정 전 법인세법‘이라 한다) 제23조 제1항은 ’고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상한 경우에 한하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 ‘상각범위액’이라 한다)의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다‘고 규정하고 있었는데, 이후 위 규정은 개정 전 법인세법이 2010. 12. 30. 법률 제10423호(이하 ’개정 후 법인세법‘이라 한다)로 개정되면서 ’다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제·감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다‘는 단서 조항을 추가하게 되었다. 이에 따라 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제30조는 감가상각의 의제를 규정하면서 제1항에서 ’각 사업연도의 소득에 대하여 법인세가 면제되거나 감면되는 사업을 영위하는 법인으로서 법인세를 면제받거나 감면받은 경우 제24조 내지 제29조 및 제31조 내지 제34조의 규정에 의하여 그 감가상각자산에 대한 감가상각비를 계산하여 이를 손금으로 계상하여야 한다‘고 규정하면서 제2항에서는 ’제1항의 규정에 의하여 감가상각자산에 대한 감가상각비를 손금으로 계상하지 아니한 법인은 그 후 사업연도의 상각범위액 계산의 기초가 될 자산의 가액에서 그 감가상각비에 상당하는 금액을 공제한 잔액을 기초가액으로 하여 상각범위액을 계산한다.’고 규정하였는데, 위 규정은 위 시행령이 2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되면서 ‘각 사업연도의 소득에 대하여 법인세가 면제되거나 감면되는 사업을 영위하는 법인으로서 법인세를 면제받거나 감면받은 경우에는 법 제23조 제1항 및 제2항에 따라 손금에 산입하는 개별 자산에 대한 감가상각비가 상각범위액 이상이 되도록 감가상각비를 손금으로 계상하거나 손금에 산입하여야 한다(제1항)’, ‘제1항에 따라 감가상각비를 손금으로 계상하거나 손금에 산입하지 아니한 법인은 그 후 사업연도의 상각범위액 계산의 기초가 될 자산의 가액에서 그 감가상각비에 상당하는 금액을 공제한 잔액을 기초가액으로 하여 상각범위액을 계산한다(제2항)’는 내용으로 개정되었다.

(2) 인정 사실 다툼이 없는 사실, 갑 제10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다. (가) 이 사건 법인은 2004, 2005, 2006 각 사업연도에 구 조세특례제한법(2007. 4. 11. 법률 제8371호로 개정되기 전의 것) 제7조에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받았으나, 위 기간 중에는 기계장치에 대한 감가상각비를 계상하지 아니하고 2007년도에 이르러 000,000,000원의 감가상각비를 계상하였다. 한편 이 사건 법인은 기계장치에 대하여 내용연수 5년, 감가상각방법 정률법(이 경우 연도별 감가상 각비 한도는 기초장부가액의 0.451이 된다)을 적용하여 감가상각비를 계상하였다. (나) 이에 따라 개정 전 법인세법에 따라 계산한 이 사건 법인의 2004년부터 2006년까지 기계장치에 대한 감가상각의제액은 아래와 같다.

(3) 구체적 판단 (가) 원고는, 개정 전 법인세법 제23조 는 법인세를 면제받거나 감면받은 사업연도에 감가상각비를 과소계상한 경우 해당 사업연도에 감가상각비 한도액만큼 감가상각을 의제함으로써 손금에 산입되지 않게 하고, 당해 자산을 처분한 사업연도에 비로소 손금에 산입할 수 있도록 한 규정임에 반해, 개정 후 법인세법 제23조 는 법인세를 면제받거나 감면받은 법인이 결산상 한도액만큼 감가상각비를 계상하지 않았다면 최소한 감가상각비 한도액만큼을 반드시 손금에 산입하도록 강제조정하는 것으로 변경된 규정이므로, 위 2004년부터 2006년까지 발생한 감가상각의제액 합계000,000,000원 전부가 개정 전 법인세법 규정에 따라 감가상각비 손금부인에 따른 유보액으로 잔존한다고 주장한다. 이에 반해, 피고는 개정 후 법인세법은 감가상각의제 제도를 보다 명확하게 규정하기 위한 확인적 의미의 개정일 뿐이므로, 개정 전 법인세법 규정에 의할 경우에도 감가상각의제액을 신고조정으로 손금에 산입하여야 한다는 취지로 주장한다. (나) 살피건대, 개정 전 법인세법 시행령 제30조 제1항 이 ‘법인세를 면제받거나 감면받은 경우 제24조 내지 제29조 및 제31조 내지 제34조의 규정에 의하여 그 감가상각자산에 대한 감가상각비를 계산하여 이를 손금으로 계상하여야 한다.’고 규정하면서, 같은 제2항이 위와 같은 결산조정의무를 위반하였을 때 효과로 ‘그 후 사업연도의 상각범위액 계산의 기초가 될 자산의 가액에서 그 감가상각비에 상당하는 금액을 공제한 잔액을 기초가액으로 하여 상각범위액을 계산한다.’고 하여 감가상각의제액을 그 이후 사업연도의 감가상각비로는 손금에 산입할 수 없도록 하였을 뿐 달리 손금산입을 의제하는 규정을 두지 않은 점, 이는 감가상각의제액만큼 해당 자산을 처분하기 전까지 손금산입하지 못하여 의제상각금액에 대응하는 법인세상당액을 미리 납부하는 불이익을 줌으로써 결산조정의무의 이행을 유도하고자 한 규정으로 보이는 점, 피고의 주장과 같이 위 시행령 조항을 감가상각의제액을 신고조정으로 손금에 산입하도록 의무를 부과하거나 신고조정마저 불이행하는 경우 손금산입을 의제하는 규정으로 해석하는 것은 개정 전 법인세법의 법령 문언의 한계를 넘는 것인 점, 개정 후 법인세법 제23조 제1항 이 ‘다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제·감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다‘는 단서 조항을 명시적으로 추가하여 새로이 감가상각의제액에 대한 신고조 정의무를 부과하였고, 위 의무에 대한 불이행의 효과에 관하여도 종전과 같이 감가상각의제액을 그 이후 사업연도의 감가상각비로는 손금에 산입할 수 없도록 하였을 뿐 달리 손금산입을 의제하는 규정을 두지는 않은 점 등을 고려하면, 개정 전 법인세법이 적용되는 경우 감가상각의제가 적용된 금액은 손금에 산입되지 아니하고 감가상각비손금부인(또는 손금시인 부족)에 따른 유보로 잔존하는 것이라고 봄이 타당하다. (다) 그러므로 이 사건 법인이 2004년부터 2006년까지 중소기업에 대한 특별세액감면을 받았음에도 기계장치에 대한 감가상각비를 계산하지 아니하여 감가상각으로 의제되어 손금불산입에 따른 유보액으로 잔존하게 된 금액 총 000,000,000원은 이 사건 주식에 관한 특정주식 여부 판정 시 자산총액에 가산되어야 한다[한편, 이 사건 법인은 위와 같이 2007년 이전에 취득한 기계장치에 대한 회계상 감가상각을 내용연수 기간인 2008년(취득가 0,000,000원 자산 1건은 2009년)에 모두 완료하였으므로, 법인세를 감면받은 2012·2013 사업연도를 포함하여 그 이후 이 사건 법인이 결산조정으로 계상할 감가상각비는 남아 있지 않다]. 그러므로 피고가 위 감가상각비 손금부인액이 모두 손금산입이 되었다고 보아 이 사건 주식 양도일 당시 이 사건 법인의 총자산가액에 산입하지 않고서 위 주식에 관한 특정주식 여부를 판정한 것은 위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

• 나) 퇴직연금운용자산 이 사건 법인에 대한 위 각 가결산재무상태표상 자산총액에서 퇴직연금운용자산 00,000,000원이 누락된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 위 퇴직연금운용자산 역시 이 사건 주식에 관한 특정주식 여부 판정 시 자산총액에 가산되어야 한다.
• 다) 소결론 결국 위와 같이 인정된 기계장치 감가상각비 손금부인 유보액 및 퇴직연금운용자산을 가산하여 적법하게 계산된 자산총액에 이 사건 부동산의 적법한 기준시가를 반영하여 부동산 보유비율을 재산정하면 아래 표와 같으므로, 이 사건 법인은 이 사건 주식 양도 당시 부동산과다보유법인에 해당하지 아니한다.다. 소결 결국, 이 사건 법인은 부동산과다보유법인에 해당하지 않고 이 사건 주식도 특정주식에 해당하지 않음에도 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

따라서 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.