소득세법 시행령의 대주주 요건 규정은 헌법이나 법률에 위배되지 않고, 위임입법 금지원칙에 위반되지 않음

사 건 2022구합56689 양도소득세경정거부처분취소 원 고 A 피 고 연수세무서장 변 론 종 결

2023. 5. 12. 판 결 선 고

2023. 6. 9.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 7. 16. 원고에게 한 양도소득세 677,721,778원의 경정청구거부처분을 취소한다.

• 가. 원고의 주식 양도 및 양도소득세 신고․납부

1. 주식회사 ○○○○(이하, ‘○○○○’이라 한다)은 2005. 7. 19. 코스닥시장에 상장되었고, 2018. 2. 9. 유가증권시장으로 이전되었다.

2. 원고는 2015년 말 기준 ○○○○ 주식 42,500주, 원고의 아들 B은 2015년 말 기준 ○○○○ 주식 6,706주를 보유하고 있었다. 원고가 보유한 ○○○○ 주식 42,500주의 2015년 말 기준 시가총액은 3,591,250,000원(= 42,500주 × 84,500원), 원고와 B이 보유한 ○○○○ 주식 합계 49,206주(= 42,500주 + 6,706주)의 2015년 말 기준 시가총액은 4,157,907,000원(= 49,206주 × 84,500원)이었다.

3. 원고는 2016년에도 ○○○○ 주식을 추가로 매수한 뒤 2016. 3. 22. ○○○○ 주식 65,400주(이하, ‘이 사건 주식’이라 한다)를 7,041,110,400원에 양도하였다.

4. 남양주세무서장은 2018. 10. 12. 원고에게 ‘원고와 특수관계인 B이 2015년 말에 보유한 ○○○○ 주식의 시가총액이 4,000,000,000원 이상이어서 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하, ’구 소득세법‘이라 한다) 제94조 제1항 제3호(이하, ‘이 사건 법률조항’이라 한다), 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항 제1, 2호(이하, ‘이 사건 시행령조항’이라 한다)에 규정된 대주주 요건에 해당함에도 원고가 이 사건 주식을 양도하고 양도소득세를 신고하지 않았다’는 이유로 양도소득세를 기한 후 신고․납부할 것을 안내하였고, 이에 따라 원고는 2018. 10. 26. 이 사건 주식 양도에 관한 양도소득세(가산세 포함) 677,721,778원을 신고․납부하였다.

• 나. 원고의 경정청구 및 피고의 거부처분

1. 원고는 이 사건 시행령조항 중 ‘대주주’의 범위를 산정하는 방식이 법률우위원칙에 반하고 주식을 양도한 주주의 주식 외에 특수관계인의 주식을 합산하여 ‘대주주’ 요건을 판단하는 것은 헌법에 반한다는 이유로 2021. 5. 31. 피고에게 양도소득세(가산세 포함) 677,721,778원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

2. 피고는 2021. 7. 16. 이 사건 법률조항이 ‘대주주’의 범위를 대통령령에 위임하고 있으나 경제규모의 변동 등에 따라 유연하게 대처하여 정할 필요가 있는 점 및 법률조항의 입법취지 등을 종합해 볼 때 그 내용과 범위의 대강을 예측할 수 있어 조세법률주의․포괄위임입법금지원칙에 반한다고 볼 수 없다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하, ‘이 사건 처분’이라 한다).

• 다. 전심절차의 경유 원고는 2021. 10. 14. 피고에게 이의신청을 하였으나, 피고는 2021. 12. 3. 이의신청을 기각하였다. 원고가 2022. 2. 25. 조세심판원장에 심판청구를 제기하였으나, 2022. 6. 29. 심판청구가 기각되었다. 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1에서 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 시행령조항이 헌법 및 이 사건 법률조항에 반한다는 주장 다음과 같이 이 사건 시행령조항은 헌법 및 이 사건 법률조항에 반하므로, 그에 근거한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1. 조세법률주의 및 위임입법의 한계 위반 이 사건 법률조항은 “소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”을 과세소득으로 규정하면서 구체적인 ‘대주주’의 요건을 시행령에 위임하고 있는데, 이 사건 법률조항이 개별 납세의무자의 소유주식의 비율․시가총액만을 과세요건으로 규정하고 있음에도 이 사건 시행령조항에서 납세의무자의 특수관계인의 소유주식의 비율과 시가총액까지 합산하여 과세요건을 판단하도록 정함으로써 과세요건을 소액주주에게까지 확장한 것은 모법에 규정된 과세요건을 근거 없이 확장하는 것에 해당하여 조세법률주의의 원칙에 반한다. 또한, ① 어떤 납세의무자가 소득세법상 ‘대주주’에 해당하여 양도소득세에 대한 납세의무를 부담하는지 여부는 해당 납세의무자의 재산권 제한 여부와 관련된 것으로 국민의 권리와 의무의 형성에 관한 기본적이고 본질적인 사항이므로, 의회유보의 원칙이 지켜져야 할 영역에 해당하는 점, ② 이 사건 법률조항의 입법목적은 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세 형평을 도모하려는 것인데, 상장주식의 명의신탁 등을 통한 변칙증여는 ｢상속세 및 증여세법｣상 명의신탁 증여의제 규정을 통해 규제되고 있을뿐더러, 상장주식 명의신탁을 통한 양도소득세 회피는 배우자나 특수관계인이 아닌 자와의 통모를 통해서도 가능하여 이 사건 시행령조항이 입법목적 달성에 효과적인지 불확실하고, 부동산 등 다른 자산과 달리 상장주식의 경우에만 특수관계인이 보유한 주식을 포함하여 과세 여부를 판단하도록 한 것이 과세 형평을 도모하는 방안이라고 보기도 어려운 점, ③ 상장주식 양도에 따른 차익이 양도소득세 과세 대상이 되는지 여부를 판단함에 있어 본인의 담세력과는 전혀 무관한 특수관계인의 주식까지 고려하는 것은 모법의 위임범위를 벗어나는 점, ④ 이 사건 법률조항으로 인해 대주주가 양도소득세를 부담하게 되는 불이익이 공익(상장주식을 이용한 변칙증여 방지 및 과세 형평 도모)에 비해 커서 법익의 균형성 원칙에 반하는 점, ⑤ 소득세법이 개인을 소득세 과세단위로 규정하고 있고, 과세요건 충족 여부를 판단함에 있어 특수관계인까지 고려하는 경우에는 이를 시행령이 아닌 법률에 규정하고 있으므로, 이 사건 법률조항이 주주의 특수관계인의 주식까지 합산하여 과세요건 충족 여부를 판단하도록 하는 부분을 이 사건 시행령조항에 위임하였다고 볼 수 없는 점, ⑥ ‘대주주’의 사전적 의미가 ‘한 회사의 주식 가운데 많은 몫을 가지고 있는 주주’이고, ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에서 보유주식 지분율이 10% 미만이거나 기업에 대한 지배권이나 사실상의 영향력을 행사할 수 없는 소액주주를 대주주의 범위에서 제외하고 있으며, 법인세법 시행령 제50조 도 발행주식 총수의 1%에 미달하는 주식을 보유한 주주를 소액주주로 규정하고 있는데, 이 사건 법률조항만으로는 ○○○○ 주식 중 약 0.04%를 보유하고 있던 원고와 B과 같은 소액주주까지 대주주에 포함될 것이라는 것을 예측하기 어려운 점, ⑦ 이 사건 시행령조항은 소유주식의 비율 또는 시가총액 기준 중 어느 하나에만 해당하여도 대주주에 해당하도록 규정함으로써 지나치게 엄격한 기준을 설정하여 과잉금지원칙에 반하는 점, ⑧ 주주가 자신과 특수관계인이 보유한 주식의 시가총액 합계가 대주주 요건에 해당하는지 판단하기 위해서는 상당한 관심과 주의가 필요하고, 특수관계인의 주식보유현황까지 함께 파악하도록 하는 것은 개인에게 지나치게 가혹한 의무를 지우는 것인 점 등에 비추어, 이 사건 시행령조항에는 이 사건 법률조항의 위임입법의 한계를 일탈한 위법이 있다.

2. 헌법 제36조 제1항 위반 이 사건 시행령조항으로 인해, 특수관계인(6촌 이내의 혈족, 4촌 이내의 인척, 배우자, 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자․직계비속)이 존재하는 자는 특수관계인의 주식 보유 사실만으로 특수관계인이 없는 자보다 더 낮은 비율․금액에 해당하는 주식을 보유하고도 양도소득세를 부담하게 된다. 이처럼 이 사건 시행령조항은 혼인이나 가족생활을 근거로 부부나 가족이 있는 자를 그렇지 아니한 자에 비해 차별 취급하고 있고, 그와 같이 취급할 합리적 근거도 없으므로, 이 사건 시행령조항은 헌법 제36조 제1항에 반한다.

3. 조세평등주의 위반 이 사건 시행령조항은 어떤 납세의무자의 특수관계인이 같은 종목의 주식을 일정 비율․금액 이상 보유하고 있다는 사실만으로 해당 납세의무자에 대한 양도소득세를 다른 납세의무자에 비해 불리하게 과세하고 있으므로, 동일한 담세능력을 가진 자에 대해 원칙적으로 동일하게 과세하여야 한다는 조세평등주의(수평적 조세정의) 또는 응능부담의 원칙에 반한다.

4. 연좌제 금지 원칙 위반 원고의 ○○○○ 주식 보유와 B의 ○○○○ 주식 보유 사이에는 관련성이 전혀 없으므로, 이 사건 시행령조항을 통해 원고에게 양도소득세를 과세하는 것은 오로지 원고와 B이 친족이라는 이유만으로 원고에게 불이익한 처우를 가하는 것에 해당한다. 따라서 이 사건 시행령조항은 헌법 제13조 제3항에 규정된 연좌제 금지 원칙에도 반한다.

• 나. 이 사건 주식 양도에 이 사건 시행령조항이 적용되지 않는다는 주장 설령 이 사건 시행령조항이 헌법이나 이 사건 법률조항에 반하여 무효가 아니라고 보더라도, 이 사건 법률조항 및 시행령조항의 입법취지 등에 비추어 조세회피목적 없이 주주 1인과 그 특수관계인이 양도소득세 과세대상인 ‘대주주’에 해당하게 되었다면 이 사건 시행령조항이 적용되지 않는다고 해석하여야 하는데, 원고와 B에게는 조세회피목적이 없으므로 이 사건 주식 양도에 이 사건 시행령조항을 적용할 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 가. 관계 규정 별지 기재와 같다.
• 나. 이 사건 시행령조항이 헌법 및 이 사건 법률조항에 반하는지 여부

1. 조세법률주의 및 위임입법의 한계 위반 여부 이 사건 법률조항은 “｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”으로 인하여 발생하는 소득을 양도소득세의 과세대상으로 규정하고, 그 위임에 따른 이 사건 시행령조항은 이 사건 법률조항에서 말하는 ‘대통령령으로 정하는 대주주’의 하나로 “주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 에 따른 특수관계인(이하, ‘기타주주’라 한다)이 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 5,000,000,000원(코스닥시장상장법인의 주식 등의 경우에는 4,000,000,000원으로 한다) 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주”를 들고 있으며, 구 국세기본법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33276호로 개정되기 전의 것) 제1조의2 제1항은 특수관계인으로 6촌 이내의 혈족, 4촌 이내의 인척, 배우자 등을 규정하고 있다. 그런데 이 사건 법률조항 및 시행령조항의 내용과 형식 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어 보면, 이 사건 시행령조항이 조세법률주의에 반한다거나 위임입법의 한계를 일탈하였다고 볼 수 없다.

• 가) 양도소득세 과세대상인 주권상장법인의 대주주의 범위는 경제규모의 변동 등에 따라 유연하게 대처하여 그 범위를 정할 필요가 있으므로, 양도소득세 과세대상인 대주주의 범위가 의회유보의 원칙이 지켜져야 할 영역에 해당하여 반드시 이 사건 법률조항에 규정되어야 하는 것이라고 볼 수 없다.
• 나) 이 사건 법률조항의 입법목적은 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 상장주식의 양도에 관하여도 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세 형평을 도모하는 데에 있고, 자본시장의 충격을 완화하고 소액투자자의 이익을 어느 정도 보호해 주기 위하여 일단 일정 규모 이상의 주식을 소유한 자의 거래 등을 과세대상으로 하다가 자본시장이 건전하게 발전되면 그 범위를 점진적으로 확대하고자 하는 입법자의 의도가 있다고 할 것이다. 그런데 상장주식 양도차익의 과세대상이 되는 ‘대주주’에 해당하는지의 여부를 해당 주식 등을 양도한 주주 1인만을 기준으로 산정한다면 ‘대주주’에 해당하지 않도록 주식 명의를 분산시킴으로써 양도소득세의 부과를 회피할 수 있게 되어 변칙증여 방지라는 입법목적을 달성할 수 없게 되므로, 주식을 양도하는 해당 주주 1인뿐만 아니라 배우자와 자녀 등 그와 특수관계에 있는 자의 주식도 일체로 파악하여 과세할 필요가 있다. 또한, ｢상속세 및 증여세법｣ 제38조 제1항, 제39조의2 제1항에서 일정 범위의 제3자도 포함하는 의미로 ‘대주주’라는 용어를 사용하고 있으므로, ‘대주주’라는 말이 반드시 1인을 지칭하는 용어라고 볼 수는 없다. 이러한 사정을 종합하여 보면, 이 사건 법률조항이 주식을 양도한 ‘주주 1인’이 소유한 주식의 비율․시가총액만을 고려하여 ‘대주주’의 범위를 정하도록 이 사건 시행령조항에 위임한 것이라고 볼 수 없다.
• 다) 이 사건 법률조항의 입법목적 및 구 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호와의 균형 등을 고려하여 보면, 이 사건 법률조항의 적용을 받는 상장주식양도는 상장주식의 보유량이나 보유가치 등이 적어도 토지 또는 건물 등의 재산적 비중과 유사한 정도의 가치를 가지는 것이 될 것임을 예측할 수 있고, 나아가 이 사건 법률조항은 그 자체에서 이미 이를 예측할 수 있을 정도의 기준으로서 ‘소유주식의 비율․시가총액’ 등을 규정하고 있으므로, 이 사건 법률조항으로부터 대통령령에 규정될 ‘대주주’ 범위의 대강을 충분히 예측할 수 있다고 봄이 타당하다.
• 라) 이 사건 법률조항은 “소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있을 뿐 반드시 소유주식의 비율 요건과 시가총액 요건을 모두 충족하는 주주만을 대주주에 포함시키도록 위임하고 있지는 않으므로, 이 사건 시행령조항이 소유주식의 비율 또는 시가총액 기준 중 어느 하나에 해당할 경우 대주주에 포함되도록 규정한 것이 위임입법의 범위를 벗어난 것이라고 볼 수 없다.
• 마) 이 사건 법률조항 및 시행령조항은 주권상장법인의 대주주가 상장주식을 양도한 경우 그 양도차익에 대하여 양도소득세를 부과함으로써 상장주식을 이용한 변칙증여 방지와 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세 형평을 도모하기 위한 것으로서 그 입법목적이 정당하고, 대주주의 상장주식 양도차익에 대하여 양도소득세를 부과하는 것은 이러한 입법목적 달성을 위한 적절한 수단에 해당한다. 또한, 이 사건 법률조항 및 시행령조항으로 인하여 대주주가 상장주식 양도차익에 대하여 양도소득세를 부담하게 된다 하더라도, 그 불이익은 상장주식을 이용한 변칙증여 방지 및 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와 과세 형평이라는 공익에 비하여 균형을 상실할 정도로 크다고 할 수 없으므로, 법익의 균형성 원칙을 위반하였다고 볼 수도 없다.
• 바) 이 사건 시행령조항의 대주주 해당 기준(코스닥시장상장법인의 주식의 경우 시가총액 4,000,000,000원 이상의 주식 보유)과 주식보유 상황에 관한 정보의 접근성 등에 비추어 이 사건 시행령조항에 따라 과세대상이 될 정도의 규모로 상장주식을 소유한 주주로서는 조금만 관심과 주의를 기울인다면 자신이 양도소득세 과세대상인 대주주에 해당되는지 여부를 예측할 수 있으므로, 개인에게 지나치게 가혹한 의무를 지우는 것이라고 볼 수도 없다.

2. 헌법 제36조 제1항 및 조세평등주의에 반하는지 여부

• 가) 헌법 제36조 제1항은 “혼인과 가족생활은 개인의 존엄과 양성의 평등을 기초로 성립되고 유지되어야 하며, 국가는 이를 보장한다.”고 규정하여 혼인과 가족생활에 불이익을 주지 않을 것을 명하고 있다. 이러한 헌법 원리로부터 도출되는 차별금지의 명령은 헌법 제11조 제1항의 평등원칙과 결합하여 혼인과 가족을 부당한 차별로부터 보호하고자 하는 목적을 지니고 있고, 따라서 특정한 조세 법률조항이 혼인이나 가족생활을 근거로 부부 등 가족이 있는 자를 혼인하지 아니한 자 등에 비하여 차별 취급하는 것이라면 비례의 원칙에 의한 심사에 의하여 정당화되지 않는 한 헌법 제36조 제1항에 위반된다. 이는 단지 차별의 합리적인 이유의 유무만을 확인하는 정도를 넘어, 차별의 이유와 차별의 내용 사이에 적정한 비례적 균형관계가 이루어져 있는지에 대해서도 심사하여야 한다는 것을 의미한다(헌법재판소 2011. 11. 24. 선고 2009헌바146결정 등 참조).
• 나) 이 사건 법률조항 및 시행령조항에 따르면, 주권상장법인의 주식을 보유한 주주로서 자신이 보유한 주식만으로는 대주주 요건에 해당하지 않는 주주가 주식을 양도한 경우, 같은 주식을 보유한 특수관계인(6촌 이내의 혈족, 4촌 이내의 인척, 배우자 등)이 있는 주주가 주식을 양도한 경우에는 특수관계인의 주식과 합산하여 대주주 요건에 해당하면 양도소득세를 부담하게 되는 반면, 같은 주식을 보유한 특수관계인이 없는 주주가 주식을 양도한 경우에는 양도소득세를 부담하지 않으므로, 이 사건 시행 령조항은 특수관계인이 있는 주주와 없는 주주를 차별 취급한다고 볼 수 있다. 그러나 ① 앞서 본 대로 이 사건 법률조항 및 시행령조항의 입법목적은 상장 주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 도모하기 위한 것이므로, 동일한 상장주식을 가지고 있는 특수관계인이 있는 주주와 그러한 특수관계인이 없는 주주 사이에 과세부담의 차이가 발생한다고 하더라도 그 차별에는 합리적이고 정당한 이유가 있다고 보이는 점, ② 앞서 3. 나. 1) 마)항에서 살펴본 대로 이 사건 법률조항 및 시행령조항이 비례의 원칙에 반한다고 볼 수도 없는 점, ③ 양도소득세 과세대상인 대주주에 해당하는지 여부를 결정하기 위해 특수관계인이 보유한 주식의 비율․시가총액을 합산하는 것일 뿐 과세표준과 세액을 결정함에 있어서는 특수관계인의 양도소득을 합산하지 않는 점(각자의 양도소득에 대하여 양도소득세를 부담할 뿐이다) 등에 비추어 보면, 이 사건 시행령조항이 헌법 제36조 제1항 또는 조세평등주의․응능부담의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

3. 연좌제 금지 원칙에 반하는지 여부 헌법 제13조 제3항은 “모든 국민은 자기의 행위가 아닌 친족의 행위로 인하여 불이익한 처우를 받지 아니한다.”고 규정하고 있는데, 이는 ‘친족의 행위와 본인 간에 실질적으로 의미 있는 아무런 관련성을 인정할 수 없음에도 불구하고 오로지 친족이라는 사유 그 자체만으로’ 불이익한 처우를 가하는 경우에만 적용된다(헌법재판소 2005. 7. 21. 선고 2005헌마19 결정 참조). 그런데 이 사건 법률조항 및 시행령조항은 앞서 본 입법 목적을 달성하기 위해서 주식을 양도하는 주주 1인뿐만 아니라 그와 특수관계에 있는 자들의 주식을 일체로 파악하여 과세하는 것으로, 주주 1인과 그와 특수관계에 있는 자들 사이의 실질적․경제적 관련성(배우자와 직계존비속의 경우 납세자 본인과 일상을 공유하면서 실질적으로 하나의 경제단위를 이루거나 경제적으로 밀접한 관계를 맺는 경우가 많다)에 근거한 것이지, 실질적으로 아무런 의미 있는 관련성을 인정할 수 없음에도 오로지 특수관계에 있다는 이유만으로 불이익한 처우를 가하는 것이 아니다. 따라서 이 사건 시행령 조항이 헌법 제13조 제3항에 규정된 연좌제 금지 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

4. 소결 이 사건 시행령조항이 헌법 또는 이 사건 법률조항에 반하여 무효라고 볼 수 없으므로, 이 사건 시행령조항에 근거한 이 사건 처분은 적법하다.

• 다. 조세회피목적이 없는 경우 이 사건 시행령조항이 적용되지 않는지 여부 이 사건 법률조항 및 시행령조항의 입법취지는 단지 상장주식을 이용한 변칙증여 방지에만 있는 것이 아니라, 상장주식의 양도차익을 과세대상으로 삼을 것인지에 대한 논란이 있는 상황에서 일정 비율 또는 일정 가액 이상의 주식을 가지고 있는 대주주의 상장주식 양도에 대하여만 과세하는 방식을 택함으로써 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세 형평을 기하기 위한 것이다. 또한, 주권상장법인의 일정 비율 또는 일정 가액 이상의 주식 등을 보유한 자가 그 주식 등의 양도로 시세차익을 얻은 경우 그 차익 범위 내에서는 담세력이 있다 할 것이므로, 설령 그에게 조세회피목적이 없다 하더라도 그 양도차익에 대한 세금을 부담하는 것이 오히려 조세정의나 과세 형평에 부합할 수 있다[헌법재판소 2018. 5. 31. 선고 2016헌바384, 2017헌바364․435․439 (병합) 결정 참조]. 위와 같은 이 사건 법률조항․시행령조항의 입법취지 및 해당 조항의 구체적인 문언을 고려할 때 원고와 B에게 조세회피목적이 있는 경우에만 이 사건 주식 양도에 관하여 양도소득세 납부의무가 발생한다고 해석할 근거가 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이기 어렵다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. <별지 생략>