4. 판단
1. 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2015. 2. 12. 선고 2014두43028 판결 등 참조).
2. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되어 2019. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제3조는 제1항 단서에서 비영리법인에 대하여는 ‘각 사업연도의 소득’ 및 ‘토지 등 양도소득’에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있고, 구 법인세법 제3조 제3항 에서 비영리법인의 각 사업연도 소득은 그 각호의 사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 제14조 는, ‘각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액으로 한다’고 규정하고 있으며, 제15조 및 제19조는 ‘익금은 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 하고, 손금은 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로서, 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 제40조 는 ‘각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있고, 제113조 제1항은 비영리내국법인이 수익사업을 영위하는 경우 자산․부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있다. 그런데 구 법인세법 제113조 제6항, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되어 2019. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제156조의 위임에 의하여 구분경리의 방법을 정하고 있는 구 법인세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제730호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 하고, 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리하며, 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 하도록 규정하고 있다. 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하고, 업종이 다른 경우의 공통되는 손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산하도록 하되, 다만 개별손금이 없는 경우 등 기타 사유로 위와 같은 기준을 적용하는 것이 불합리한 경우에는 작업시간 등을 기준으로 안분하도록 규정하고 있다. 위와 같이 법인세법은 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 권리․의무 확정주의 및 수익․비용 대응원칙을 채택하고 있다. 따라서 원고가 구체적인 용도를 정하지 않은 정부출연금을 수령한 시점에는 이를모두 수익사업을 위하여 지급받은 금원이라고 단정할 수 없으나, 원고가 해당 사업연도별로 수익사업과 비수익사업에 대하여 구분경리를 하고 결산을 하는 시점에는 정부출연금에 대해서도 정해진 용도에 따라 수익사업과 관련하여 배분된 부분에 대하여는 수익사업에 대한 익금으로 처리한 다음, 수익사업에 관련하여 지출된 비용을 손금으로 처리하는 것이 합당하고(대법원 2022. 3. 17. 선고 2017두69908 판결 참조), 정부출연금 역시 각 사업별로 실제 사용내역이 구분되는 경우에는 구분경리하되, 전체 사업에 공통으로 사용되어 구분이 안 되는 정부출연금은 특별한 사정이 없는 한 수입금액 또는 매출액에 비례하여 이를 안분하거나, 안분할 사업의 구체적 특성 등으로 인하여 그와 같은 방식의 안분이 불합리하다고 인정되는 경우에는 실질적인 사용 기준 등에 따라 공통익금 및 공통손금을 안분 계산할 수 있다고 봄이 타당하다.
- 나. 피고가 정부출연금을 토대로 익금을 산정한 방식 피고의 이 사건 처분은, 이 사건 조사 당시 원고로부터 입수한 이 사건 회계자료를 근거로 이루어진 것으로서, 해당 회계자료의 ‘세항명’란에 ‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ‘정부출연인건비’(예산코드 3501)라고 기재되어 있는 내역이 정부출연금을 집행한 실제 세부내역임을 전제로 이루어졌다. 을 제5호증의 기재에 의하면, 피고는 수익사업의 익금과 관련하여, 해당 회계자료에서 추출한 정부출연금의 집행내역을 토대로 정부출연금을 수익사업에 사용된 금액(수익사업의 인건비), 비수익사업에 사용된 금액(비수익사업의 인건비), 수익‧비수익사업에 공통으로 사용된 금액(위 각 수익사업, 비수익사업에 속하지 않는 인건비)에 안분한 다음, 공통으로 사용된 금액은 다시 수익사업과 비수익사업의 익금 비율에 따라 안분하여 합산하는 방식으로 수익사업에 대한 전체 익금을 산정하였음을 알 수 있다(피고는 수익사업의 손금에 대해서는 원고와 동일하게 산정하였다). 2017년도를 기준으로 정부출연금 약 775억 원을 수익 사업의 익금에 산입한 방식은 각 다음과 같다.
- 다. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단
1. 인정사실 아래와 같은 사실은 이 법원에 현저하거나, 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제7 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.
- 가) 원고는 수지차보전 방식으로 예산을 지원받는 기관 즉, 수지차 보전기관으로 지정되어 있다. 정부출연금은 원고가 다음 해 지출예산 총액과 자체수입예산 총액을 산정하여 그 부족액을 정부의 예산에 반영해 줄 것을 요청하면, 기획재정부에서 심의한 후 국회의 승인을 거쳐 출연금 예산이 확정되고, 원고는 확정된 출연금을 분기별로 교부받고 있다.
- 나) 2019년도 출연금 예산 설명회 결과알림(갑 제9호증)에는 ‘2019년부터 원고에게 새롭게 적용되는 제도로서 총지출예산 1,890억 원 중 수지차 출연금 1,048억 원을 사업출연금 964억 원, 기관출연금 84억 원으로 구분하여 예산배정하며, 기관출연금인 경상경비/인건비 822억 원을 자체수입으로 조달한다.’고 기재되어 있다.
- 다) 수지차보전기관 2018년 예산요구 가이드라인(갑 제10호증)에는 ‘수지차 출연금은 사업출연금으로 우선 편성하고, 출연금이 사업비 초과시, 초과액은 기관운영출연금으로 편성’한다고 기재되어 있으며, 기획재정부는 원고가 위 가이드라인에 따라 정부출연금을 ‘사업비’에 우선 충당 후 ‘기관운영비(인건비 및 경상비)’에 충당하고 있다고 회신하였다(갑 제11호증).
- 라) 중부지방국세청장은 2011년경 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 수익사업에 사용된 정부출연금은 예산상 수지차액을 기준으로 산출된 정부출연금 지원요청액을 해당 수익사업에 배분하여 산입하는 방식(이하 ‘예산상 수지차액 방식’이라 한다)으로 익금에 산입함이 타당함에도, 원고가 이와 다른 기준을 적용하여 정당한 법인세를 신고하지 아니하였다는 등의 내용이 포함되어 있는 과세자료를 피고에게 통보하였다. 피고는 2012년경 위 세무조사결과에 따라 수익사업의 익금과 관련하여 ㉠ 수익사업으로 사용된 정부출연금, ㉡ 수익‧비수익사업 공통으로 사용된 정부출연금 중 수익사업 해당분 등을 모두 익금에 산입하는 등의 세무조정을 한 다음 2006년부터 2008년까지 각 법인세와 2010년 법인세 부과처분을 하였다(이하 ‘종전 법인세 부과처분’이라 한다).
- 마) 원고는 피고의 종전 법인세 부과처분 등에 불복하여 행정소송을 제기하였고, 제1심 법원은 2017. 2. 17. ① 지방자치단체 등으로부터 지급 받은 업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질귀속자는 원고라고 보아야 하므로 해당 부분에 관한 세무조정은 부당하고, ② 정부출연금 중 수익사업에 사용된 부분은 법인세법상 익금으로 산입하는 것이 타당하다고 판단한 다음, 법인세 정당세액을 계산할 수 없다는 취지로 원고의 청구 전부를 인용하였다(인천지방법원 2013구합11318 사건). 원고와 피고는 위 제1심 판결에 불복하여 항소하였고, 항소심 법원은 2017. 8. 31. 위 제1심 판결과 같은 결론을 내린 다음 항소심에 제출된 과세자료를 기준으로 정당한 세액을 계산하여 초과된 세액에 한하여 종전 법인세 부과처분 등의 일부를 취소하는 판결을 선고하였으며(서울고등법원 2017누40656), 대법원은 2022. 3. 17. 종전 법인세 부과처분에 관한 판단에 대하여는 위 항소심 법원의 판단에 잘못이 없다는 이유로 종전 법인세 부과처분에 관한 원고와 피고의 상고를 모두 기각하여 종전 법인세 부과처분을 확정하였다(대법원2017두69908, 이하 ‘선행사건’이라 한다).
2. 구체적 판단 전술한 바와 같이 피고의 이 사건 처분은 이 사건 회계자료의 ‘세항명’란에 ‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)라고 기재된 내역이 정부출연금의 실제 사용내역을 반영한 것임을 전제로 하고 있으므로, 위 회계자료가 피고가 주장하는 의미를 가진 것으로 볼 수 있는지, 아니면 원고의 주장과 같이 해당 항목 기재내용이 정부출연금의 실제 집행내역과는 무관한 것인지 여부가 이 사건의 쟁점이다. 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거 및 갑 제3, 5, 6호증, 을 제5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 제출된 증거만으로 이 사건 회계자료 중 ‘세항명’란에 ‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)라고 기재된 지출내역이 정부출연금의 실질적 집행내역에 해당한다고 인정하기 어렵고, 달리 이 사건 과세신고·납부액이 정당세액에 미치지 못한다고 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
- 가) 2017년도 출연금 예산 설명자료(갑 제3호증)에 기재된 원고의 예산요구 내용을 살펴보면 수입항목은 ‘환경시설진단수입, 검사/분석/인증수입, 폐기물제도운영수입, 폐기물자원화수입, 기타수입’ 등으로 구성되어 있고, 지출항목은 ‘인건비, 경상경비, 사업비(환경시설진단, 검사/분석/인증, 폐기물제도운영, 폐기물자원화, 국가정책지원, 교육/홍보/정보화, 국제협력사업 등)’로 되어 있고 그 부족액 차액을 정부출연금으로 요구하였음을 알 수 있다. 이에 의하면, 원고는 매년 예정된 사업내역과 전년도 사업내역을 기준으로 전체 사업의 총 수입액과 총 지출액의 차액을 정부출연금 예산으로 요구하였다고 봄이 상당하다.
- 나) 정부도 위와 같은 원고의 요구에 따라 예산상 수지차액에 해당하는 금원을 총액으로 원고에게 정부출연금으로 지급하였으며, 적어도 2019년 이전에는 정부출연금의 구체적인 용도를 특정하거나 구분하지 않은 채 원고에게 이를 지급하였던 것으로 보인다.
- 다) 원고가 정부출연금과 자체수입금을 재원으로 하여 이를 각 사업의 비용으로 지출하고 있다는 사실에 대해서는 당사자 사이에 다툼이 없다. 정부출연금의 구체적 용도가 특정되어 있지 않았던 이상 원고가 정부출연금과 자체수입금을 구분하여 지출하여야할 필요가 있다고 볼 수 없으며, 실제로도 원고는 정부출연금과 자체수입금을 하나의 통장으로 관리하며 집행하고 있어 정부출연사업의 집행금액의 재원이 정부출연금인지 자체수입금인지 구분하기 어려운 구조였던 것으로 보이는바, 원고가 각 개별 정부출연사업별로 정부출연금을 직접 사용한 규모를 파악하는 것은 어렵다고 봄이 상당하다.
- 라) 정부출연사업 출연금 비수익사업 배분 요령(을 제6호증)은 원고가 정부출연금을 각 사업별로 배분하는 기준을 정하고 있는데, 위 요령의 단계1. ②항에는 ‘세항3101과 3501의 인건비를 관리코드별로 각 세항별로 배분’이라고 기재되어 있으며, 출연금 배분 예시 표에서 예산코드 3101과 3501의 인건비를 각 정부출연사업의 인건비로 계상하고 있다. 이는 이 사건 회계자료의 ‘세항명’란에 ‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)라고 기재된 지출내역은 각 정부출연사업에 지출된 인건비를 의미하는 것이라는 원고의 주장과 일치한다.
- 마) 을 제5호증의 기재에 의하면, 피고도 이 사건 회계자료의 ‘세항명’란에 ‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)라고 기재된 지출내역이 각 정부출연사업에 지출된 인건비에 해당한다는 것은 전제하고 있으며, 다만 피고는 위 ‘세항명’의 명칭으로 미루어 볼 때 해당 인건비의 재원이 전부 정부출연금으로 구성되어 있다고 판단하고 이를 기준으로 정부출연금을 배분하였다. 그러나 원고의 각 정부출연사업에 지출된 인건비의 재원이 반드시 정부출연금으로만 구성되어야 할 당위성이나 필요성이 있음을 인정할 근거자료는 찾아보기 어렵고, 정부의 가이드라인(갑 제10호증)에 따를 때 원고는 정부출연금을 ‘사업비’에 우선 충당한 후 나머지를 ‘기관운영비(인건비 및 경상비)’를 충당하고 있는바, 정부출연금이 모두 해당 인건비 지출 용도로 사용되었다고 판단하기는 어렵다[원고는 2019년도 출연금 예산 설명회(갑 제9호증)에서 2019년부터는 인건비를 자체수입으로 조달한다는 점을 분명히 하였다]. 특히, 이 사건 회계자료의 ‘세항명’에 ‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)로 기재된 내역의 합계액은 2017 사업연도의 경우 81,803,053,533원, 2018 사업연도의 경우는 87,212,326,539원인 것에 비해, 실제 정부출연금은 2017 사업연도 77,575,627,543원, 2018 사업연도 83,700,112,133원으로 과소한바, 이에 의하면 이 사건 회계자료의 ‘세항명’란 ‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)의 내역에 계상되어 있는 각 정부출연사업에 지출된 인건비의 재원이 전부 정부출연금이라고 볼 수 없다는 점이 드러난다.
- 바) 결국 이 사건 회계자료의 ‘세항명’란에 ‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ‘정부출연인건비’(예산코드 3501)라고 기재된 내역은 각 정부출연사업에 지출된 인건비에 불과하고, 이는 실제 정부출연금의 집행내역과는 무관하다고 판단함이 상당한바, 이 사건 회계자료를 통해 원고가 정부출연사업에 정부출연금을 직접 사용한 규모를 구체적으로 파악하는 것은 불가능하다.
- 사) 이 사건 정부출연금은 원고의 지출예산 총액과 자체수입예산 총액을 차감한 수지차를 보전해주기 위한 목적에서 원고에게 지급되는 금원이므로, 그 본래의 목적에 따라 손실이 발생한 사업을 위하여 사용되었다고 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 피고도 종전 법인세 부과처분 당시에는 원고의 정부출연금의 실제 집행내역을 파악하기 어렵다고 보고 수익사업에 사용된 정부출연금을 예산상 수지차액 방식으로 계산하여 익금에 산입하는 것으로 세무조정 하였고, 선행사건에서 법원도 이와 같은 피고의 세 무조정이 정당하다고 판단한바 있다. 다만, 예산상 수지차액 방식은 정부출연금의 실질적인 집행내역과는 차이가 있으므로, 예산상 수지차액보다는 결산시점에서 각 사업별수지차액(실제 수익 –실제 비용)을 확정한 다음 위 결산상 수지차 부족액에 대하여 정부출연금이 사용된 것으로 보고 이를 기준으로 익금을 계상하는 결산상 수지차액 방식의 회계처리가 가장 적정하다고 판단되는바, 이에 따른 이 사건 과세신고·납부는 정당한 것으로 봄이 타당하다.
- 아) 반면, 피고는 이 사건 정부출연금의 실제 집행내역을 알 수 없다면, 이 사건 정부출연금 전부가 수익사업과 비수익사업의 공통익금에 해당한다고 보아야 한다면서 구 법인세 시행규칙 제76조 제6항 제1호에 따라 이 사건 정부출연금을 수익사업과 비수익사업의 수입액에 안분하여 배분해야 한다고 주장하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 정부출연금은 원고의 수지차이로 인한 손실을 메꾸기 위해서 원고에게 지급되는 것으로 각 사업별 수지차이 부족액을 산정할 수 있는 이상 이 사건 정부출연금 전부가 수익사업과 비수익사업의 공통익금이라고 볼 수 없으며, 종전 법인세 부과처분 당시 피고도 원고에게 지급된 정부출연금 전부가 공통익금에 해당한다고 보지는 않았다. 더구나, 을 제5호증의 기재에 의하면 원고는 각 정부출연사업의 결산상 수지차 부족액에 비례하여 이 사건 정부출연금이 사용된 것으로 배분하고, 수익‧비수익사업에 공통으로 사용된 비용에 대하여 배분된 정부출연금은 수익·비수익사업의 매출액에 위와 같은 방식으로 배분된 정부출연금을 합산한 금액을 기준으로 안분하여 수익사업과 비수익사업의 익금으로 계상하였음을 알 수 있는바, 공통익금을 구분계산한 방식도 구 법인세 시행규칙 제76조 제6항 제1호의 규정에 비추어 부당하다고 판단되지 않는다. 따라서 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다.